*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 241111042919264165.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 241111042919264165.atom to be opened.
Openam> File opened: 241111042919264165.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 378
First residue number = 67
Last residue number = 444
Number of atoms found = 3802
Mean number per residue = 10.1
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 38.012971 +/- 8.868751 From: 15.435000 To: 63.293000
= 37.377058 +/- 16.230865 From: -3.401000 To: 75.246000
= 35.000707 +/- 14.792072 From: 1.165000 To: 67.698000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.8251 % Filled.
Pdbmat> 1837817 non-zero elements.
Pdbmat> 201695 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 106.10 +/- 31.85
Maximum number = 188
Minimum number = 21
Pdbmat> Matrix trace = 4.033900E+06
Pdbmat> Larger element = 675.446
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
378 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 241111042919264165.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 241111042919264165.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
241111042919264165.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 3802 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 378 residues.
Blocpdb> 16 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 13 atoms in block 2
Block first atom: 17
Blocpdb> 18 atoms in block 3
Block first atom: 30
Blocpdb> 18 atoms in block 4
Block first atom: 48
Blocpdb> 25 atoms in block 5
Block first atom: 66
Blocpdb> 21 atoms in block 6
Block first atom: 91
Blocpdb> 17 atoms in block 7
Block first atom: 112
Blocpdb> 17 atoms in block 8
Block first atom: 129
Blocpdb> 14 atoms in block 9
Block first atom: 146
Blocpdb> 19 atoms in block 10
Block first atom: 160
Blocpdb> 17 atoms in block 11
Block first atom: 179
Blocpdb> 15 atoms in block 12
Block first atom: 196
Blocpdb> 22 atoms in block 13
Block first atom: 211
Blocpdb> 15 atoms in block 14
Block first atom: 233
Blocpdb> 26 atoms in block 15
Block first atom: 248
Blocpdb> 24 atoms in block 16
Block first atom: 274
Blocpdb> 12 atoms in block 17
Block first atom: 298
Blocpdb> 15 atoms in block 18
Block first atom: 310
Blocpdb> 18 atoms in block 19
Block first atom: 325
Blocpdb> 22 atoms in block 20
Block first atom: 343
Blocpdb> 29 atoms in block 21
Block first atom: 365
Blocpdb> 26 atoms in block 22
Block first atom: 394
Blocpdb> 15 atoms in block 23
Block first atom: 420
Blocpdb> 18 atoms in block 24
Block first atom: 435
Blocpdb> 34 atoms in block 25
Block first atom: 453
Blocpdb> 24 atoms in block 26
Block first atom: 487
Blocpdb> 23 atoms in block 27
Block first atom: 511
Blocpdb> 18 atoms in block 28
Block first atom: 534
Blocpdb> 39 atoms in block 29
Block first atom: 552
Blocpdb> 21 atoms in block 30
Block first atom: 591
Blocpdb> 29 atoms in block 31
Block first atom: 612
Blocpdb> 18 atoms in block 32
Block first atom: 641
Blocpdb> 18 atoms in block 33
Block first atom: 659
Blocpdb> 24 atoms in block 34
Block first atom: 677
Blocpdb> 14 atoms in block 35
Block first atom: 701
Blocpdb> 18 atoms in block 36
Block first atom: 715
Blocpdb> 15 atoms in block 37
Block first atom: 733
Blocpdb> 23 atoms in block 38
Block first atom: 748
Blocpdb> 23 atoms in block 39
Block first atom: 771
Blocpdb> 23 atoms in block 40
Block first atom: 794
Blocpdb> 30 atoms in block 41
Block first atom: 817
Blocpdb> 14 atoms in block 42
Block first atom: 847
Blocpdb> 17 atoms in block 43
Block first atom: 861
Blocpdb> 16 atoms in block 44
Block first atom: 878
Blocpdb> 26 atoms in block 45
Block first atom: 894
Blocpdb> 26 atoms in block 46
Block first atom: 920
Blocpdb> 26 atoms in block 47
Block first atom: 946
Blocpdb> 25 atoms in block 48
Block first atom: 972
Blocpdb> 15 atoms in block 49
Block first atom: 997
Blocpdb> 18 atoms in block 50
Block first atom: 1012
Blocpdb> 17 atoms in block 51
Block first atom: 1030
Blocpdb> 29 atoms in block 52
Block first atom: 1047
Blocpdb> 13 atoms in block 53
Block first atom: 1076
Blocpdb> 16 atoms in block 54
Block first atom: 1089
Blocpdb> 17 atoms in block 55
Block first atom: 1105
Blocpdb> 14 atoms in block 56
Block first atom: 1122
Blocpdb> 25 atoms in block 57
Block first atom: 1136
Blocpdb> 26 atoms in block 58
Block first atom: 1161
Blocpdb> 18 atoms in block 59
Block first atom: 1187
Blocpdb> 14 atoms in block 60
Block first atom: 1205
Blocpdb> 18 atoms in block 61
Block first atom: 1219
Blocpdb> 18 atoms in block 62
Block first atom: 1237
Blocpdb> 23 atoms in block 63
Block first atom: 1255
Blocpdb> 14 atoms in block 64
Block first atom: 1278
Blocpdb> 12 atoms in block 65
Block first atom: 1292
Blocpdb> 14 atoms in block 66
Block first atom: 1304
Blocpdb> 17 atoms in block 67
Block first atom: 1318
Blocpdb> 15 atoms in block 68
Block first atom: 1335
Blocpdb> 29 atoms in block 69
Block first atom: 1350
Blocpdb> 18 atoms in block 70
Block first atom: 1379
Blocpdb> 19 atoms in block 71
Block first atom: 1397
Blocpdb> 30 atoms in block 72
Block first atom: 1416
Blocpdb> 17 atoms in block 73
Block first atom: 1446
Blocpdb> 18 atoms in block 74
Block first atom: 1463
Blocpdb> 13 atoms in block 75
Block first atom: 1481
Blocpdb> 16 atoms in block 76
Block first atom: 1494
Blocpdb> 16 atoms in block 77
Block first atom: 1510
Blocpdb> 34 atoms in block 78
Block first atom: 1526
Blocpdb> 16 atoms in block 79
Block first atom: 1560
Blocpdb> 15 atoms in block 80
Block first atom: 1576
Blocpdb> 11 atoms in block 81
Block first atom: 1591
Blocpdb> 13 atoms in block 82
Block first atom: 1602
Blocpdb> 29 atoms in block 83
Block first atom: 1615
Blocpdb> 24 atoms in block 84
Block first atom: 1644
Blocpdb> 26 atoms in block 85
Block first atom: 1668
Blocpdb> 15 atoms in block 86
Block first atom: 1694
Blocpdb> 25 atoms in block 87
Block first atom: 1709
Blocpdb> 26 atoms in block 88
Block first atom: 1734
Blocpdb> 13 atoms in block 89
Block first atom: 1760
Blocpdb> 18 atoms in block 90
Block first atom: 1773
Blocpdb> 14 atoms in block 91
Block first atom: 1791
Blocpdb> 25 atoms in block 92
Block first atom: 1805
Blocpdb> 14 atoms in block 93
Block first atom: 1830
Blocpdb> 16 atoms in block 94
Block first atom: 1844
Blocpdb> 28 atoms in block 95
Block first atom: 1860
Blocpdb> 17 atoms in block 96
Block first atom: 1888
Blocpdb> 15 atoms in block 97
Block first atom: 1905
Blocpdb> 29 atoms in block 98
Block first atom: 1920
Blocpdb> 18 atoms in block 99
Block first atom: 1949
Blocpdb> 18 atoms in block 100
Block first atom: 1967
Blocpdb> 34 atoms in block 101
Block first atom: 1985
Blocpdb> 22 atoms in block 102
Block first atom: 2019
Blocpdb> 14 atoms in block 103
Block first atom: 2041
Blocpdb> 18 atoms in block 104
Block first atom: 2055
Blocpdb> 26 atoms in block 105
Block first atom: 2073
Blocpdb> 27 atoms in block 106
Block first atom: 2099
Blocpdb> 21 atoms in block 107
Block first atom: 2126
Blocpdb> 16 atoms in block 108
Block first atom: 2147
Blocpdb> 15 atoms in block 109
Block first atom: 2163
Blocpdb> 18 atoms in block 110
Block first atom: 2178
Blocpdb> 14 atoms in block 111
Block first atom: 2196
Blocpdb> 29 atoms in block 112
Block first atom: 2210
Blocpdb> 24 atoms in block 113
Block first atom: 2239
Blocpdb> 26 atoms in block 114
Block first atom: 2263
Blocpdb> 17 atoms in block 115
Block first atom: 2289
Blocpdb> 20 atoms in block 116
Block first atom: 2306
Blocpdb> 26 atoms in block 117
Block first atom: 2326
Blocpdb> 13 atoms in block 118
Block first atom: 2352
Blocpdb> 18 atoms in block 119
Block first atom: 2365
Blocpdb> 14 atoms in block 120
Block first atom: 2383
Blocpdb> 25 atoms in block 121
Block first atom: 2397
Blocpdb> 14 atoms in block 122
Block first atom: 2422
Blocpdb> 35 atoms in block 123
Block first atom: 2436
Blocpdb> 28 atoms in block 124
Block first atom: 2471
Blocpdb> 15 atoms in block 125
Block first atom: 2499
Blocpdb> 15 atoms in block 126
Block first atom: 2514
Blocpdb> 29 atoms in block 127
Block first atom: 2529
Blocpdb> 26 atoms in block 128
Block first atom: 2558
Blocpdb> 22 atoms in block 129
Block first atom: 2584
Blocpdb> 26 atoms in block 130
Block first atom: 2606
Blocpdb> 22 atoms in block 131
Block first atom: 2632
Blocpdb> 14 atoms in block 132
Block first atom: 2654
Blocpdb> 26 atoms in block 133
Block first atom: 2668
Blocpdb> 15 atoms in block 134
Block first atom: 2694
Blocpdb> 17 atoms in block 135
Block first atom: 2709
Blocpdb> 17 atoms in block 136
Block first atom: 2726
Blocpdb> 10 atoms in block 137
Block first atom: 2743
Blocpdb> 19 atoms in block 138
Block first atom: 2753
Blocpdb> 11 atoms in block 139
Block first atom: 2772
Blocpdb> 19 atoms in block 140
Block first atom: 2783
Blocpdb> 15 atoms in block 141
Block first atom: 2802
Blocpdb> 24 atoms in block 142
Block first atom: 2817
Blocpdb> 26 atoms in block 143
Block first atom: 2841
Blocpdb> 26 atoms in block 144
Block first atom: 2867
Blocpdb> 18 atoms in block 145
Block first atom: 2893
Blocpdb> 28 atoms in block 146
Block first atom: 2911
Blocpdb> 17 atoms in block 147
Block first atom: 2939
Blocpdb> 16 atoms in block 148
Block first atom: 2956
Blocpdb> 18 atoms in block 149
Block first atom: 2972
Blocpdb> 22 atoms in block 150
Block first atom: 2990
Blocpdb> 14 atoms in block 151
Block first atom: 3012
Blocpdb> 22 atoms in block 152
Block first atom: 3026
Blocpdb> 30 atoms in block 153
Block first atom: 3048
Blocpdb> 13 atoms in block 154
Block first atom: 3078
Blocpdb> 18 atoms in block 155
Block first atom: 3091
Blocpdb> 19 atoms in block 156
Block first atom: 3109
Blocpdb> 26 atoms in block 157
Block first atom: 3128
Blocpdb> 17 atoms in block 158
Block first atom: 3154
Blocpdb> 26 atoms in block 159
Block first atom: 3171
Blocpdb> 26 atoms in block 160
Block first atom: 3197
Blocpdb> 24 atoms in block 161
Block first atom: 3223
Blocpdb> 16 atoms in block 162
Block first atom: 3247
Blocpdb> 17 atoms in block 163
Block first atom: 3263
Blocpdb> 26 atoms in block 164
Block first atom: 3280
Blocpdb> 26 atoms in block 165
Block first atom: 3306
Blocpdb> 17 atoms in block 166
Block first atom: 3332
Blocpdb> 12 atoms in block 167
Block first atom: 3349
Blocpdb> 22 atoms in block 168
Block first atom: 3361
Blocpdb> 22 atoms in block 169
Block first atom: 3383
Blocpdb> 18 atoms in block 170
Block first atom: 3405
Blocpdb> 14 atoms in block 171
Block first atom: 3423
Blocpdb> 18 atoms in block 172
Block first atom: 3437
Blocpdb> 20 atoms in block 173
Block first atom: 3455
Blocpdb> 16 atoms in block 174
Block first atom: 3475
Blocpdb> 17 atoms in block 175
Block first atom: 3491
Blocpdb> 15 atoms in block 176
Block first atom: 3508
Blocpdb> 27 atoms in block 177
Block first atom: 3523
Blocpdb> 16 atoms in block 178
Block first atom: 3550
Blocpdb> 35 atoms in block 179
Block first atom: 3566
Blocpdb> 26 atoms in block 180
Block first atom: 3601
Blocpdb> 15 atoms in block 181
Block first atom: 3627
Blocpdb> 14 atoms in block 182
Block first atom: 3642
Blocpdb> 21 atoms in block 183
Block first atom: 3656
Blocpdb> 22 atoms in block 184
Block first atom: 3677
Blocpdb> 17 atoms in block 185
Block first atom: 3699
Blocpdb> 16 atoms in block 186
Block first atom: 3716
Blocpdb> 26 atoms in block 187
Block first atom: 3732
Blocpdb> 21 atoms in block 188
Block first atom: 3758
Blocpdb> 24 atoms in block 189
Block first atom: 3778
Blocpdb> 189 blocks.
Blocpdb> At most, 39 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 10 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1838006 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 11406
Prepmat> Matrix trace = 4033900.0000
Prepmat> Last element read: 11406 11406 261.2308
Prepmat> 17956 lines saved.
Prepmat> 15897 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 3802
RTB> Total mass = 3802.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 3802
RTB> Number of blocks = 189
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 336976.2645
RTB> 71253 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1134
Diagstd> Nb of non-zero elements: 71253
Diagstd> Projected matrix trace = 336976.2645
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1134 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 336976.2645
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.2999979 0.6283462 0.9635831 1.2242569
1.9085686 2.0281105 3.1607405 3.3732083 4.3928822
4.8058420 5.7699935 6.1489690 7.4945887 8.2118469
11.9142864 12.0060769 12.6422768 13.2429293 14.3300540
15.4998176 16.7250039 17.3928443 18.9868296 19.8410637
20.2779270 21.7834073 23.8626026 25.0653561 25.9635194
26.6773539 27.0848895 27.8515252 30.5291030 31.1221176
31.7979708 32.0426861 33.3014816 34.5144161 35.3457461
38.0521101 39.2157030 39.9294076 40.1802349 41.0883393
42.0833432 42.2670322 42.9283844 43.6798208 45.1571860
46.3743232 47.0025165 48.7676338 49.2650910 49.5629189
50.1336496 50.7241131 51.7968942 52.9680964 53.6415597
54.8132259 55.4298783 56.2261882 56.6778166 57.1392280
57.5248854 59.0674699 59.7190656 60.4512763 60.7774161
61.9410987 63.0514022 63.8279016 64.8315022 66.0318425
66.9117392 67.5179670 67.9777834 68.0608741 68.8801130
69.5858244 70.0042117 70.2805966 71.1646294 72.0677671
73.6144903 74.6064124 74.7507478 75.4406172 76.4025922
77.3661924 77.7283498 78.1204946 78.8024245 79.7045684
80.5367075 81.8084064 82.7389994 83.5931173 83.7637635
84.4632338
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034309 0.0034321 0.0034322 0.0034342 0.0034345
0.0034383 59.4777278 86.0785158 106.5957423 120.1521528
150.0200018 154.6468547 193.0588433 199.4421096 227.5988487
238.0564901 260.8452553 269.2752466 297.2823896 311.1828841
374.8256461 376.2667480 386.1072244 395.1730420 411.0732289
427.5221046 444.0975673 452.8773331 473.1746905 483.7018583
488.9979722 506.8251838 530.4618850 543.6660575 553.3208830
560.8757394 565.1436005 573.0859639 600.0014531 605.8008107
612.3433187 614.6950814 626.6529065 637.9630795 645.6004982
669.8609370 680.0256321 686.1857802 688.3376359 696.0726571
704.4503631 705.9861117 711.4879555 717.6880322 729.7241434
739.4930090 744.4848001 758.3350377 762.1929457 764.4933607
768.8824377 773.3970506 781.5326750 790.3190727 795.3274623
803.9665158 808.4762060 814.2628133 817.5264940 820.8474707
823.6129399 834.5828665 839.1735413 844.3023876 846.5768657
854.6429854 862.2687658 867.5620845 874.3560564 882.4131839
888.2729549 892.2878076 895.3210180 895.8680356 901.2436253
905.8487069 908.5678497 910.3596494 916.0672906 921.8617882
931.7018009 937.9579280 938.8647881 943.1871966 949.1816359
955.1484870 957.3814403 959.7934294 963.9734442 969.4756098
974.5232742 982.1871472 987.7576740 992.8429145 993.8557876
997.9967633
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 3802
Rtb_to_modes> Number of blocs = 189
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9825E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9889E-10
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.12
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.93
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.56
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.91
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 77.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 77.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 78.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 78.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 80.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 82.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 84.46
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1134 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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0.99999 1.00000 1.00001 0.99998 1.00001
1.00001 0.99999 1.00002 1.00001 0.99999
1.00001 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000
1.00003 1.00000 1.00002 1.00001 1.00001
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1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999
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1.00000 0.99999 0.99998 0.99999 1.00000
1.00000 1.00001 0.99995 0.99998 1.00000
1.00000 0.99998 0.99998 1.00001 1.00001
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1.00002 0.99998 0.99996 1.00000 1.00001
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1.00002 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 68436 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00001 1.00001 1.00000 1.00000
1.00002 1.00000 0.99998 1.00001 1.00000
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1.00001 0.99999 1.00002 1.00001 0.99999
1.00001 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000
1.00003 1.00000 1.00002 1.00001 1.00001
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1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999
0.99998 1.00004 1.00001 1.00000 1.00000
1.00000 0.99997 1.00001 1.00001 1.00002
1.00000 0.99999 0.99998 0.99999 1.00000
1.00000 1.00001 0.99995 0.99998 1.00000
1.00000 0.99998 0.99998 1.00001 1.00001
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1.00002 0.99998 0.99996 1.00000 1.00001
0.99999 0.99998 0.99998 1.00005 1.00001
0.99998 0.99998 0.99999 0.99996 1.00000
1.00002 1.00002 1.00000 1.00001 1.00000
1.00002 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000-0.000
Vector 5: 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 6: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 7: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 8: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 9: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 10: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 241111042919264165.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
241111042919264165.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 241111042919264165.atom
Openam> file on opening on unit 11:
241111042919264165.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 378
First residue number = 67
Last residue number = 444
Number of atoms found = 3802
Mean number per residue = 10.1
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9825E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9889E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9896E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0025E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3000
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6283
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9636
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.224
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.909
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.028
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.161
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.373
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.393
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.806
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.770
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.149
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.495
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.212
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.01
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.50
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.39
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.99
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.91
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.46
Bfactors> 106 vectors, 11406 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.300000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.513 for 378 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.045 +/- 0.04
Bfactors> = 35.757 +/- 14.27
Bfactors> Shiftng-fct= 35.711
Bfactors> Scaling-fct= 366.631
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 241111042919264165.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
241111042919264165.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4308E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4319E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4320E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4343E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4381E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 59.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 86.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 106.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 120.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 150.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 154.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 193.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 199.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 227.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 238.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 260.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 269.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 297.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 311.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 374.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 376.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 386.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 395.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 411.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 427.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 444.1
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 452.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 473.2
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 483.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 489.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 530.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 543.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 553.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 560.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 565.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 573.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 600.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 605.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 612.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 614.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 626.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 645.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 669.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 680.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 686.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 688.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 696.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 704.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 706.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 711.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 717.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 729.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 739.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 744.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 758.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 762.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 764.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 768.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 773.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 781.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 790.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 795.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 803.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 808.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 814.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 817.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 820.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 823.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 834.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 839.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 844.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 846.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 854.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 862.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 867.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 874.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 882.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 888.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 892.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 895.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 895.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 901.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 905.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 908.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 910.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 916.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 921.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 931.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 937.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 938.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 943.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 949.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 955.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 957.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 959.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 963.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 969.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 974.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 982.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 987.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 992.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 993.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 997.9
Chkmod> 106 vectors, 11406 coordinates in file.
Chkmod> That is: 3802 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.8335
0.0034 0.6317
0.0034 0.8514
0.0034 0.8938
0.0034 0.8674
0.0034 0.8048
59.4754 0.6463
86.0717 0.5820
106.5921 0.6672
120.1344 0.3660
150.0305 0.3228
154.6360 0.7075
193.0585 0.4359
199.4274 0.2732
227.5921 0.3946
238.0502 0.6338
260.8342 0.6347
269.2644 0.4334
297.2778 0.5272
311.1724 0.6066
374.7421 0.4776
376.3121 0.4066
386.0559 0.3708
395.1124 0.0843
411.0548 0.4774
427.5063 0.0838
444.1448 0.4361
452.8209 0.2722
473.1939 0.2618
483.6681 0.1872
489.0020 0.2617
506.7638 0.2480
530.4102 0.2772
543.6931 0.2529
553.2596 0.4437
560.8795 0.4634
565.0683 0.2707
573.0457 0.4122
599.9845 0.2828
605.7542 0.3388
612.3366 0.3114
614.6429 0.2599
626.6121 0.3740
637.8949 0.4713
645.6116 0.3699
669.8136 0.2333
680.0337 0.1653
686.1614 0.2454
688.3061 0.3610
696.0568 0.3839
704.3921 0.2379
705.9806 0.3899
711.4708 0.3624
717.6587 0.3643
729.7156 0.3849
739.4268 0.1865
744.4329 0.3009
758.3209 0.2393
762.1982 0.1203
764.4380 0.2355
768.8214 0.2391
773.3325 0.1678
781.5226 0.3577
790.2993 0.2905
795.2818 0.4381
803.9083 0.3252
808.4424 0.2240
814.2555 0.0996
817.5071 0.2112
820.8178 0.3565
823.5426 0.3788
834.5649 0.2075
839.1441 0.2893
844.2572 0.2865
846.5585 0.1942
854.5987 0.1889
862.2222 0.2568
867.5391 0.3109
874.3084 0.2931
882.3630 0.1061
888.2233 0.3165
892.2629 0.0974
895.2972 0.2413
895.8238 0.2367
901.2042 0.1543
905.8370 0.2389
908.5015 0.3210
910.3167 0.3653
915.9982 0.3579
921.8365 0.2808
931.6334 0.3247
937.9402 0.3805
938.8198 0.4067
943.1428 0.3804
949.1248 0.4524
955.1310 0.2736
957.3505 0.4157
959.7492 0.3032
963.9172 0.3529
969.4062 0.4686
974.5014 0.4726
982.1546 0.2358
987.7212 0.4517
992.7818 0.2294
993.7908 0.2932
997.9348 0.4087
project conformational change on normal modes
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 241111042919264165.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
241111042919264165.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 241111042919264165.atom
Openam> file on opening on unit 11:
241111042919264165.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 241111042919264165.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
241111042919264165.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4308E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4319E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4320E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4343E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4381E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 59.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 86.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 106.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 120.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 150.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 154.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 193.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 199.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 227.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 238.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 260.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 269.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 297.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 311.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 374.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 376.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 386.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 395.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 411.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 427.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 444.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 452.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 473.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 483.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 489.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 506.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 530.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 543.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 553.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 560.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 565.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 573.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 600.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 605.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 612.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 614.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 626.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 637.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 645.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 669.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 680.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 686.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 688.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 696.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 704.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 706.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 711.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 717.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 729.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 739.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 744.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 758.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 762.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 764.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 768.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 773.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 781.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 790.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 795.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 803.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 808.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 814.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 817.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 820.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 823.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 834.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 839.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 844.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 846.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 854.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 862.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 867.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 874.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 882.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 888.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 892.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 895.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 895.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 901.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 905.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 908.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 910.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 916.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 921.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 931.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 937.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 938.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 943.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 949.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 955.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 957.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 959.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 963.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 969.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 974.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 982.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 987.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 992.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 993.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 997.9
Projmod> 106 vectors, 11406 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 378
First residue number = 67
Last residue number = 444
Number of atoms found = 3802
Mean number per residue = 10.1
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 378
First residue number = 67
Last residue number = 444
Number of atoms found = 3807
Mean number per residue = 10.1
%Projmod-Wn> Different number of atoms for the other conformer.
%Projmod-Er> Atom 2126 of first conformer: GLN 279 N not found in second one.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 241111042919264165 7 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
241111042919264165.eigenfacs
241111042919264165.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
241111042919264165.eigenfacs
241111042919264165.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
241111042919264165.eigenfacs
241111042919264165.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
241111042919264165.eigenfacs
241111042919264165.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
241111042919264165.eigenfacs
241111042919264165.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
241111042919264165.eigenfacs
241111042919264165.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
241111042919264165.eigenfacs
241111042919264165.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
241111042919264165.eigenfacs
241111042919264165.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
241111042919264165.eigenfacs
241111042919264165.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
241111042919264165.eigenfacs
241111042919264165.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
241111042919264165.eigenfacs
241111042919264165.atom
making animated gifs
11 models are in 241111042919264165.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 241111042919264165.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 241111042919264165.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-100 378 1.607 357 1.431
MODEL 2 MODE=7 DQ=-80 378 1.286 376 1.269
MODEL 3 MODE=7 DQ=-60 378 0.964 378 0.964
MODEL 4 MODE=7 DQ=-40 378 0.643 378 0.643
MODEL 5 MODE=7 DQ=-20 378 0.321 378 0.321
MODEL 6 MODE=7 DQ=0 378 0.002 378 0.002
MODEL 7 MODE=7 DQ=20 378 0.321 378 0.321
MODEL 8 MODE=7 DQ=40 378 0.643 378 0.643
MODEL 9 MODE=7 DQ=60 378 0.964 378 0.964
MODEL 10 MODE=7 DQ=80 378 1.285 376 1.269
MODEL 11 MODE=7 DQ=100 378 1.607 357 1.431
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 241111042919264165 8 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
241111042919264165.eigenfacs
241111042919264165.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
241111042919264165.eigenfacs
241111042919264165.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
241111042919264165.eigenfacs
241111042919264165.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
241111042919264165.eigenfacs
241111042919264165.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
241111042919264165.eigenfacs
241111042919264165.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
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241111042919264165.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
241111042919264165.eigenfacs
241111042919264165.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
241111042919264165.eigenfacs
241111042919264165.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
241111042919264165.eigenfacs
241111042919264165.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
241111042919264165.eigenfacs
241111042919264165.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
241111042919264165.eigenfacs
241111042919264165.atom
making animated gifs
11 models are in 241111042919264165.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 241111042919264165.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 241111042919264165.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-100 378 1.586 359 1.353
MODEL 2 MODE=8 DQ=-80 378 1.269 374 1.221
MODEL 3 MODE=8 DQ=-60 378 0.952 378 0.952
MODEL 4 MODE=8 DQ=-40 378 0.635 378 0.635
MODEL 5 MODE=8 DQ=-20 378 0.317 378 0.317
MODEL 6 MODE=8 DQ=0 378 0.002 378 0.002
MODEL 7 MODE=8 DQ=20 378 0.317 378 0.317
MODEL 8 MODE=8 DQ=40 378 0.634 378 0.634
MODEL 9 MODE=8 DQ=60 378 0.952 378 0.952
MODEL 10 MODE=8 DQ=80 378 1.269 374 1.221
MODEL 11 MODE=8 DQ=100 378 1.586 359 1.353
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 241111042919264165 9 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
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241111042919264165.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-60
241111042919264165.eigenfacs
241111042919264165.atom
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241111042919264165.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=0
241111042919264165.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=20
241111042919264165.eigenfacs
241111042919264165.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
241111042919264165.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=60
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 241111042919264165.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-100 378 1.594 366 1.473
MODEL 2 MODE=9 DQ=-80 378 1.275 375 1.243
MODEL 3 MODE=9 DQ=-60 378 0.956 378 0.956
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MODEL 6 MODE=9 DQ=0 378 0.002 378 0.002
MODEL 7 MODE=9 DQ=20 378 0.319 378 0.319
MODEL 8 MODE=9 DQ=40 378 0.638 378 0.638
MODEL 9 MODE=9 DQ=60 378 0.956 378 0.956
MODEL 10 MODE=9 DQ=80 378 1.275 375 1.243
MODEL 11 MODE=9 DQ=100 378 1.594 366 1.473
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 241111042919264165 10 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
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241111042919264165.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=0
241111042919264165.eigenfacs
241111042919264165.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
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calculating perturbed structure for DQ=40
241111042919264165.eigenfacs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 241111042919264165.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 241111042919264165.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-100 378 1.602 347 1.113
MODEL 2 MODE=10 DQ=-80 378 1.281 360 1.020
MODEL 3 MODE=10 DQ=-60 378 0.961 375 0.922
MODEL 4 MODE=10 DQ=-40 378 0.641 378 0.641
MODEL 5 MODE=10 DQ=-20 378 0.320 378 0.320
MODEL 6 MODE=10 DQ=0 378 0.002 378 0.002
MODEL 7 MODE=10 DQ=20 378 0.320 378 0.320
MODEL 8 MODE=10 DQ=40 378 0.641 378 0.641
MODEL 9 MODE=10 DQ=60 378 0.961 375 0.922
MODEL 10 MODE=10 DQ=80 378 1.281 360 1.020
MODEL 11 MODE=10 DQ=100 378 1.602 347 1.113
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 241111042919264165 11 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
241111042919264165.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-60
241111042919264165.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=0
241111042919264165.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=20
241111042919264165.eigenfacs
241111042919264165.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
241111042919264165.eigenfacs
241111042919264165.atom
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241111042919264165.eigenfacs
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making animated gifs
11 models are in 241111042919264165.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 241111042919264165.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 241111042919264165.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-100 378 1.579 349 1.026
MODEL 2 MODE=11 DQ=-80 378 1.263 358 0.925
MODEL 3 MODE=11 DQ=-60 378 0.947 374 0.872
MODEL 4 MODE=11 DQ=-40 378 0.631 378 0.631
MODEL 5 MODE=11 DQ=-20 378 0.316 378 0.316
MODEL 6 MODE=11 DQ=0 378 0.002 378 0.002
MODEL 7 MODE=11 DQ=20 378 0.316 378 0.316
MODEL 8 MODE=11 DQ=40 378 0.631 378 0.631
MODEL 9 MODE=11 DQ=60 378 0.947 374 0.872
MODEL 10 MODE=11 DQ=80 378 1.263 358 0.925
MODEL 11 MODE=11 DQ=100 378 1.579 349 1.027
241111042919264165.10.pdb
241111042919264165.11.pdb
241111042919264165.7.pdb
241111042919264165.8.pdb
241111042919264165.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m27.222s
user 0m27.132s
sys 0m0.068s
rm: cannot remove '241111042919264165.sdijf': No such file or directory
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