*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 241008090208632921.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 241008090208632921.atom to be opened.
Openam> File opened: 241008090208632921.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 2144
First residue number = 25
Last residue number = 563
Number of atoms found = 16464
Mean number per residue = 7.7
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -14.774556 +/- 19.250709 From: -59.822000 To: 37.640000
= -14.719460 +/- 23.061644 From: -65.925000 To: 34.061000
= -8.157939 +/- 19.030290 From: -59.297000 To: 39.983000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is -0.7542 % Filled.
Pdbmat> 6996513 non-zero elements.
Pdbmat> 766551 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 93.12 +/- 21.01
Maximum number = 137
Minimum number = 15
Pdbmat> Matrix trace = 1.533102E+07
Pdbmat> Larger element = 531.271
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
2144 non-zero elements, NRBL set to 11
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 241008090208632921.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 11
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 241008090208632921.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
241008090208632921.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 16464 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 11 residue(s) per block.
Blocpdb> 2144 residues.
Blocpdb> 84 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 81 atoms in block 2
Block first atom: 85
Blocpdb> 83 atoms in block 3
Block first atom: 166
Blocpdb> 83 atoms in block 4
Block first atom: 249
Blocpdb> 79 atoms in block 5
Block first atom: 332
Blocpdb> 71 atoms in block 6
Block first atom: 411
Blocpdb> 85 atoms in block 7
Block first atom: 482
Blocpdb> 88 atoms in block 8
Block first atom: 567
Blocpdb> 80 atoms in block 9
Block first atom: 655
Blocpdb> 88 atoms in block 10
Block first atom: 735
Blocpdb> 80 atoms in block 11
Block first atom: 823
Blocpdb> 86 atoms in block 12
Block first atom: 903
Blocpdb> 80 atoms in block 13
Block first atom: 989
Blocpdb> 81 atoms in block 14
Block first atom: 1069
Blocpdb> 84 atoms in block 15
Block first atom: 1150
Blocpdb> 81 atoms in block 16
Block first atom: 1234
Blocpdb> 88 atoms in block 17
Block first atom: 1315
Blocpdb> 78 atoms in block 18
Block first atom: 1403
Blocpdb> 71 atoms in block 19
Block first atom: 1481
Blocpdb> 84 atoms in block 20
Block first atom: 1552
Blocpdb> 80 atoms in block 21
Block first atom: 1636
Blocpdb> 89 atoms in block 22
Block first atom: 1716
Blocpdb> 92 atoms in block 23
Block first atom: 1805
Blocpdb> 78 atoms in block 24
Block first atom: 1897
Blocpdb> 87 atoms in block 25
Block first atom: 1975
Blocpdb> 101 atoms in block 26
Block first atom: 2062
Blocpdb> 98 atoms in block 27
Block first atom: 2163
Blocpdb> 74 atoms in block 28
Block first atom: 2261
Blocpdb> 88 atoms in block 29
Block first atom: 2335
Blocpdb> 84 atoms in block 30
Block first atom: 2423
Blocpdb> 88 atoms in block 31
Block first atom: 2507
Blocpdb> 92 atoms in block 32
Block first atom: 2595
Blocpdb> 84 atoms in block 33
Block first atom: 2687
Blocpdb> 81 atoms in block 34
Block first atom: 2771
Blocpdb> 80 atoms in block 35
Block first atom: 2852
Blocpdb> 85 atoms in block 36
Block first atom: 2932
Blocpdb> 78 atoms in block 37
Block first atom: 3017
Blocpdb> 91 atoms in block 38
Block first atom: 3095
Blocpdb> 92 atoms in block 39
Block first atom: 3186
Blocpdb> 80 atoms in block 40
Block first atom: 3278
Blocpdb> 92 atoms in block 41
Block first atom: 3358
Blocpdb> 80 atoms in block 42
Block first atom: 3450
Blocpdb> 97 atoms in block 43
Block first atom: 3530
Blocpdb> 80 atoms in block 44
Block first atom: 3627
Blocpdb> 86 atoms in block 45
Block first atom: 3707
Blocpdb> 97 atoms in block 46
Block first atom: 3793
Blocpdb> 86 atoms in block 47
Block first atom: 3890
Blocpdb> 71 atoms in block 48
Block first atom: 3976
Blocpdb> 70 atoms in block 49
Block first atom: 4047
Blocpdb> 84 atoms in block 50
Block first atom: 4117
Blocpdb> 81 atoms in block 51
Block first atom: 4201
Blocpdb> 83 atoms in block 52
Block first atom: 4282
Blocpdb> 83 atoms in block 53
Block first atom: 4365
Blocpdb> 79 atoms in block 54
Block first atom: 4448
Blocpdb> 71 atoms in block 55
Block first atom: 4527
Blocpdb> 85 atoms in block 56
Block first atom: 4598
Blocpdb> 88 atoms in block 57
Block first atom: 4683
Blocpdb> 80 atoms in block 58
Block first atom: 4771
Blocpdb> 88 atoms in block 59
Block first atom: 4851
Blocpdb> 80 atoms in block 60
Block first atom: 4939
Blocpdb> 86 atoms in block 61
Block first atom: 5019
Blocpdb> 80 atoms in block 62
Block first atom: 5105
Blocpdb> 81 atoms in block 63
Block first atom: 5185
Blocpdb> 84 atoms in block 64
Block first atom: 5266
Blocpdb> 81 atoms in block 65
Block first atom: 5350
Blocpdb> 88 atoms in block 66
Block first atom: 5431
Blocpdb> 78 atoms in block 67
Block first atom: 5519
Blocpdb> 71 atoms in block 68
Block first atom: 5597
Blocpdb> 84 atoms in block 69
Block first atom: 5668
Blocpdb> 80 atoms in block 70
Block first atom: 5752
Blocpdb> 89 atoms in block 71
Block first atom: 5832
Blocpdb> 92 atoms in block 72
Block first atom: 5921
Blocpdb> 78 atoms in block 73
Block first atom: 6013
Blocpdb> 87 atoms in block 74
Block first atom: 6091
Blocpdb> 101 atoms in block 75
Block first atom: 6178
Blocpdb> 98 atoms in block 76
Block first atom: 6279
Blocpdb> 74 atoms in block 77
Block first atom: 6377
Blocpdb> 88 atoms in block 78
Block first atom: 6451
Blocpdb> 84 atoms in block 79
Block first atom: 6539
Blocpdb> 88 atoms in block 80
Block first atom: 6623
Blocpdb> 92 atoms in block 81
Block first atom: 6711
Blocpdb> 84 atoms in block 82
Block first atom: 6803
Blocpdb> 81 atoms in block 83
Block first atom: 6887
Blocpdb> 80 atoms in block 84
Block first atom: 6968
Blocpdb> 85 atoms in block 85
Block first atom: 7048
Blocpdb> 78 atoms in block 86
Block first atom: 7133
Blocpdb> 91 atoms in block 87
Block first atom: 7211
Blocpdb> 92 atoms in block 88
Block first atom: 7302
Blocpdb> 80 atoms in block 89
Block first atom: 7394
Blocpdb> 92 atoms in block 90
Block first atom: 7474
Blocpdb> 80 atoms in block 91
Block first atom: 7566
Blocpdb> 97 atoms in block 92
Block first atom: 7646
Blocpdb> 80 atoms in block 93
Block first atom: 7743
Blocpdb> 86 atoms in block 94
Block first atom: 7823
Blocpdb> 97 atoms in block 95
Block first atom: 7909
Blocpdb> 86 atoms in block 96
Block first atom: 8006
Blocpdb> 71 atoms in block 97
Block first atom: 8092
Blocpdb> 70 atoms in block 98
Block first atom: 8163
Blocpdb> 84 atoms in block 99
Block first atom: 8233
Blocpdb> 81 atoms in block 100
Block first atom: 8317
Blocpdb> 83 atoms in block 101
Block first atom: 8398
Blocpdb> 83 atoms in block 102
Block first atom: 8481
Blocpdb> 79 atoms in block 103
Block first atom: 8564
Blocpdb> 71 atoms in block 104
Block first atom: 8643
Blocpdb> 85 atoms in block 105
Block first atom: 8714
Blocpdb> 88 atoms in block 106
Block first atom: 8799
Blocpdb> 80 atoms in block 107
Block first atom: 8887
Blocpdb> 88 atoms in block 108
Block first atom: 8967
Blocpdb> 80 atoms in block 109
Block first atom: 9055
Blocpdb> 86 atoms in block 110
Block first atom: 9135
Blocpdb> 80 atoms in block 111
Block first atom: 9221
Blocpdb> 81 atoms in block 112
Block first atom: 9301
Blocpdb> 84 atoms in block 113
Block first atom: 9382
Blocpdb> 81 atoms in block 114
Block first atom: 9466
Blocpdb> 88 atoms in block 115
Block first atom: 9547
Blocpdb> 78 atoms in block 116
Block first atom: 9635
Blocpdb> 71 atoms in block 117
Block first atom: 9713
Blocpdb> 84 atoms in block 118
Block first atom: 9784
Blocpdb> 80 atoms in block 119
Block first atom: 9868
Blocpdb> 89 atoms in block 120
Block first atom: 9948
Blocpdb> 92 atoms in block 121
Block first atom: 10037
Blocpdb> 78 atoms in block 122
Block first atom: 10129
Blocpdb> 87 atoms in block 123
Block first atom: 10207
Blocpdb> 101 atoms in block 124
Block first atom: 10294
Blocpdb> 98 atoms in block 125
Block first atom: 10395
Blocpdb> 74 atoms in block 126
Block first atom: 10493
Blocpdb> 88 atoms in block 127
Block first atom: 10567
Blocpdb> 84 atoms in block 128
Block first atom: 10655
Blocpdb> 88 atoms in block 129
Block first atom: 10739
Blocpdb> 92 atoms in block 130
Block first atom: 10827
Blocpdb> 84 atoms in block 131
Block first atom: 10919
Blocpdb> 81 atoms in block 132
Block first atom: 11003
Blocpdb> 80 atoms in block 133
Block first atom: 11084
Blocpdb> 85 atoms in block 134
Block first atom: 11164
Blocpdb> 78 atoms in block 135
Block first atom: 11249
Blocpdb> 91 atoms in block 136
Block first atom: 11327
Blocpdb> 92 atoms in block 137
Block first atom: 11418
Blocpdb> 80 atoms in block 138
Block first atom: 11510
Blocpdb> 92 atoms in block 139
Block first atom: 11590
Blocpdb> 80 atoms in block 140
Block first atom: 11682
Blocpdb> 97 atoms in block 141
Block first atom: 11762
Blocpdb> 80 atoms in block 142
Block first atom: 11859
Blocpdb> 86 atoms in block 143
Block first atom: 11939
Blocpdb> 97 atoms in block 144
Block first atom: 12025
Blocpdb> 86 atoms in block 145
Block first atom: 12122
Blocpdb> 71 atoms in block 146
Block first atom: 12208
Blocpdb> 70 atoms in block 147
Block first atom: 12279
Blocpdb> 84 atoms in block 148
Block first atom: 12349
Blocpdb> 81 atoms in block 149
Block first atom: 12433
Blocpdb> 83 atoms in block 150
Block first atom: 12514
Blocpdb> 83 atoms in block 151
Block first atom: 12597
Blocpdb> 79 atoms in block 152
Block first atom: 12680
Blocpdb> 71 atoms in block 153
Block first atom: 12759
Blocpdb> 85 atoms in block 154
Block first atom: 12830
Blocpdb> 88 atoms in block 155
Block first atom: 12915
Blocpdb> 80 atoms in block 156
Block first atom: 13003
Blocpdb> 88 atoms in block 157
Block first atom: 13083
Blocpdb> 80 atoms in block 158
Block first atom: 13171
Blocpdb> 86 atoms in block 159
Block first atom: 13251
Blocpdb> 80 atoms in block 160
Block first atom: 13337
Blocpdb> 81 atoms in block 161
Block first atom: 13417
Blocpdb> 84 atoms in block 162
Block first atom: 13498
Blocpdb> 81 atoms in block 163
Block first atom: 13582
Blocpdb> 88 atoms in block 164
Block first atom: 13663
Blocpdb> 78 atoms in block 165
Block first atom: 13751
Blocpdb> 71 atoms in block 166
Block first atom: 13829
Blocpdb> 84 atoms in block 167
Block first atom: 13900
Blocpdb> 80 atoms in block 168
Block first atom: 13984
Blocpdb> 89 atoms in block 169
Block first atom: 14064
Blocpdb> 92 atoms in block 170
Block first atom: 14153
Blocpdb> 78 atoms in block 171
Block first atom: 14245
Blocpdb> 87 atoms in block 172
Block first atom: 14323
Blocpdb> 101 atoms in block 173
Block first atom: 14410
Blocpdb> 98 atoms in block 174
Block first atom: 14511
Blocpdb> 74 atoms in block 175
Block first atom: 14609
Blocpdb> 88 atoms in block 176
Block first atom: 14683
Blocpdb> 84 atoms in block 177
Block first atom: 14771
Blocpdb> 88 atoms in block 178
Block first atom: 14855
Blocpdb> 92 atoms in block 179
Block first atom: 14943
Blocpdb> 84 atoms in block 180
Block first atom: 15035
Blocpdb> 81 atoms in block 181
Block first atom: 15119
Blocpdb> 80 atoms in block 182
Block first atom: 15200
Blocpdb> 85 atoms in block 183
Block first atom: 15280
Blocpdb> 78 atoms in block 184
Block first atom: 15365
Blocpdb> 91 atoms in block 185
Block first atom: 15443
Blocpdb> 92 atoms in block 186
Block first atom: 15534
Blocpdb> 80 atoms in block 187
Block first atom: 15626
Blocpdb> 92 atoms in block 188
Block first atom: 15706
Blocpdb> 80 atoms in block 189
Block first atom: 15798
Blocpdb> 97 atoms in block 190
Block first atom: 15878
Blocpdb> 80 atoms in block 191
Block first atom: 15975
Blocpdb> 86 atoms in block 192
Block first atom: 16055
Blocpdb> 97 atoms in block 193
Block first atom: 16141
Blocpdb> 86 atoms in block 194
Block first atom: 16238
Blocpdb> 71 atoms in block 195
Block first atom: 16324
Blocpdb> 70 atoms in block 196
Block first atom: 16394
Blocpdb> 196 blocks.
Blocpdb> At most, 101 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 70 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 6996709 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 49392
Prepmat> Matrix trace = 15331020.0000
Prepmat> Last element read: 49392 49392 103.8626
Prepmat> 19307 lines saved.
Prepmat> 17514 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 16464
RTB> Total mass = 16464.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 16464
RTB> Number of blocks = 196
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 217995.5277
RTB> 61572 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1176
Diagstd> Nb of non-zero elements: 61572
Diagstd> Projected matrix trace = 217995.5277
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1176 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 217995.5277
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 1.3313607 2.5421057 3.4054019 3.4461263
3.5201025 4.5810625 4.7825208 4.8868850 5.4549656
6.6918826 7.2018952 7.4510138 7.7128638 8.7871361
9.4528869 9.9208300 9.9796704 10.2334284 10.2843968
10.8164948 11.1266977 12.6381266 12.9343937 13.8885134
14.4876149 14.6003995 15.3467606 16.0574165 16.4997057
17.1019812 17.6530466 17.8139048 18.1787244 19.6728330
20.0966774 20.3325920 21.0870116 21.4906371 21.6317422
22.0749192 22.3309454 22.8572910 22.9412049 23.0053792
23.5371161 23.7892482 24.2357692 24.6362144 25.0555918
25.7304474 26.1564241 26.5363074 26.9717375 27.0616680
27.5770629 28.6939288 28.8136004 29.0613145 29.4267016
29.9006413 30.4012548 30.9423195 31.6192687 31.9398952
32.1555805 32.7959654 32.9609882 33.6058926 34.5774552
35.3639583 35.6665144 35.9365632 36.2331686 36.6246904
36.9743515 37.5703467 37.6429738 38.2177088 38.8421549
39.6064388 39.8562108 40.0164649 40.6005951 41.1398169
41.2944248 41.9730441 42.2221952 42.5118022 42.6629858
43.0237029 43.2930503 44.3767621 44.9115246 45.1555764
45.3170056 45.7635780 45.9131345 46.0531821 46.7298525
46.9107007
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034327 0.0034335 0.0034340 0.0034343 0.0034347
0.0034350 125.2977136 173.1378735 200.3915794 201.5862365
203.7384218 232.4226171 237.4781817 240.0553229 253.6245492
280.9114469 291.4195470 296.4169030 301.5803993 321.8985021
333.8700874 342.0340037 343.0468059 347.3808374 348.2448427
357.1400490 362.2250027 386.0438435 390.5425144 404.6906420
413.3269540 414.9326877 425.4060282 435.1441165 441.0962635
449.0746015 456.2523500 458.3263682 462.9957273 481.6468599
486.8076684 489.6566463 498.6580092 503.4077825 505.0577381
510.2051540 513.1553190 519.1676931 520.1198067 520.8467735
526.8317077 529.6459298 534.5935125 538.9919356 543.5601539
550.8317298 555.3726203 559.3910651 563.9618703 564.9012827
570.2552408 581.6882462 582.8999862 585.4002554 589.0688703
593.7936264 598.7438077 604.0483649 610.6202336 613.7083380
615.7769914 621.8784249 623.4410463 629.5105278 638.5454195
645.7668028 648.5233459 650.9738618 653.6547748 657.1768573
660.3064860 665.6070017 666.2500320 671.3169359 676.7790998
683.4050403 685.5565486 686.9334114 691.9289153 696.5085593
697.8161088 703.5265866 705.6115565 708.0273570 709.2852094
712.2774136 714.5035206 723.3909744 727.7365362 729.7111381
731.0143173 734.6073453 735.8067232 736.9280745 742.3222624
743.7572985
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 16464
Rtb_to_modes> Number of blocs = 196
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9929E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9971E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.331
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.542
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.405
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.446
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.520
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.581
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.783
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.887
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.455
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.692
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.202
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.451
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.713
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.787
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.453
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.921
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.980
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.91
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1176 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99998 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000
1.00000 1.00000 1.00001 1.00004 1.00000
1.00002 1.00001 1.00000 0.99999 1.00001
1.00001 1.00001 1.00000 0.99998 1.00000
0.99999 0.99998 0.99999 1.00001 1.00000
0.99999 0.99997 0.99997 1.00001 0.99999
1.00004 0.99999 1.00001 1.00002 1.00002
1.00000 1.00000 1.00001 1.00001 1.00000
1.00000 0.99998 0.99998 0.99998 0.99999
1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001
1.00001 1.00001 1.00002 1.00000 1.00001
1.00001 1.00000 0.99999 1.00000 0.99998
1.00001 1.00001 0.99997 1.00000 0.99999
0.99998 1.00000 1.00003 1.00000 1.00001
0.99999 0.99999 1.00002 0.99998 0.99998
1.00000 1.00001 1.00002 1.00001 0.99999
1.00001 1.00001 1.00000 1.00002 1.00002
1.00001 0.99998 1.00000 0.99999 1.00001
1.00001 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000
1.00003 0.99998 1.00001 1.00001 1.00002
1.00002 1.00001 1.00000 0.99999 1.00000
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 296352 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99998 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000
1.00000 1.00000 1.00001 1.00004 1.00000
1.00002 1.00001 1.00000 0.99999 1.00001
1.00001 1.00001 1.00000 0.99998 1.00000
0.99999 0.99998 0.99999 1.00001 1.00000
0.99999 0.99997 0.99997 1.00001 0.99999
1.00004 0.99999 1.00001 1.00002 1.00002
1.00000 1.00000 1.00001 1.00001 1.00000
1.00000 0.99998 0.99998 0.99998 0.99999
1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001
1.00001 1.00001 1.00002 1.00000 1.00001
1.00001 1.00000 0.99999 1.00000 0.99998
1.00001 1.00001 0.99997 1.00000 0.99999
0.99998 1.00000 1.00003 1.00000 1.00001
0.99999 0.99999 1.00002 0.99998 0.99998
1.00000 1.00001 1.00002 1.00001 0.99999
1.00001 1.00001 1.00000 1.00002 1.00002
1.00001 0.99998 1.00000 0.99999 1.00001
1.00001 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000
1.00003 0.99998 1.00001 1.00001 1.00002
1.00002 1.00001 1.00000 0.99999 1.00000
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4:-0.000 0.000 0.000
Vector 5: 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 6:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 7:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 8: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 9: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 10:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 241008090208632921.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
241008090208632921.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 241008090208632921.atom
Openam> file on opening on unit 11:
241008090208632921.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 2144
First residue number = 25
Last residue number = 563
Number of atoms found = 16464
Mean number per residue = 7.7
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9929E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9971E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.331
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.542
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.405
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.446
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.520
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.581
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.783
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.887
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.455
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.202
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.451
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.713
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.787
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.453
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.64
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.84
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.91
Bfactors> 106 vectors, 49392 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 1.331000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.006 +/- 0.01
Bfactors> = 20.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= 19.994
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 241008090208632921.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
241008090208632921.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4326E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4348E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 125.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 173.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 200.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 201.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 203.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 232.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 237.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 240.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 253.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 280.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 291.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 296.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 301.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 321.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 333.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 342.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 343.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 347.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 348.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 357.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 362.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 386.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 390.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 404.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 413.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 414.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 425.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 435.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 441.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 449.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 456.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 458.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 463.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 481.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 486.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 489.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 498.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 503.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 505.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 510.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 513.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 519.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 520.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 520.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 526.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 529.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 534.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 539.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 543.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 550.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 555.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 559.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 563.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 564.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 570.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 581.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 582.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 585.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 589.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 593.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 598.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 604.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 610.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 613.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 615.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 621.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 623.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 629.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 638.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 645.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 648.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 651.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 653.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 657.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 660.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 665.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 666.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 671.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 676.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 683.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 685.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 686.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 691.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 696.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 697.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 703.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 705.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 708.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 709.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 712.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 714.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 723.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 727.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 729.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 731.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 734.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 735.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 736.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 742.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 743.7
Chkmod> 106 vectors, 49392 coordinates in file.
Chkmod> That is: 16464 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7733
0.0034 0.9448
0.0034 0.8170
0.0034 0.7804
0.0034 0.7809
0.0034 0.9198
125.2754 0.6632
173.1268 0.6362
200.3712 0.5068
201.5739 0.5994
203.7267 0.4648
232.4111 0.5705
237.4799 0.5928
240.0478 0.5602
253.6145 0.5685
280.9019 0.6166
291.4092 0.4667
296.4039 0.7986
301.5701 0.7307
321.8822 0.5840
333.8578 0.4778
342.0223 0.4889
343.0377 0.5028
347.3077 0.7322
348.1554 0.4470
357.1826 0.6159
362.2632 0.6547
386.0559 0.4721
390.4594 0.5024
404.6949 0.4180
413.3432 0.4947
414.9092 0.5806
425.4327 0.5078
435.1604 0.4906
441.0813 0.4952
449.0293 0.6061
456.1934 0.5810
458.2565 0.4788
462.9921 0.5377
481.5915 0.4557
486.8270 0.5152
489.6044 0.4574
498.6719 0.4684
503.3787 0.2124
505.0157 0.1868
510.1264 0.3144
513.1224 0.2713
519.1762 0.3489
520.0838 0.4917
520.8767 0.5259
526.8414 0.6547
529.6316 0.4275
534.6172 0.4265
539.0102 0.4707
543.5846 0.6097
550.8033 0.5456
555.3867 0.5648
559.4060 0.3527
563.9195 0.5014
564.8596 0.5444
570.2611 0.5193
581.6235 0.3455
582.8385 0.2961
585.3619 0.2781
589.0766 0.3640
593.7618 0.3601
598.7057 0.2917
603.9998 0.2746
610.6011 0.3685
613.6830 0.3901
615.7929 0.3544
621.8900 0.4444
623.4049 0.3426
629.5220 0.4054
638.5415 0.3556
645.7029 0.5705
648.5272 0.4145
650.9770 0.5389
653.5981 0.5478
657.1066 0.4519
660.2393 0.4957
665.5754 0.6239
666.1951 0.4588
671.3082 0.5720
676.7313 0.4469
683.4064 0.4829
685.5597 0.4118
686.9343 0.5769
691.8941 0.5371
696.4802 0.5211
697.7488 0.4971
703.4709 0.6268
705.5629 0.6115
707.9820 0.6261
709.2299 0.4721
712.2162 0.5615
714.4477 0.4420
723.3863 0.4242
727.6929 0.5045
729.7156 0.4735
731.0071 0.5242
734.5471 0.5172
735.7500 0.4441
736.8710 0.5549
742.2916 0.4887
743.7198 0.6038
project conformational change on normal modes
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 241008090208632921.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
241008090208632921.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 241008090208632921.atom
Openam> file on opening on unit 11:
241008090208632921.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 241008090208632921.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
241008090208632921.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4326E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4348E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 173.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 200.4
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 489.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 520.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 520.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 529.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 534.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 539.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 543.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 555.4
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 563.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 564.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 570.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 581.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 582.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 585.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 589.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 593.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 598.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 604.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 610.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 613.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 615.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 621.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 623.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 648.5
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 651.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 653.6
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 657.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 660.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 665.6
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 729.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 736.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 742.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 743.7
Projmod> 106 vectors, 49392 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 2144
First residue number = 25
Last residue number = 563
Number of atoms found = 16464
Mean number per residue = 7.7
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 2144
First residue number = 25
Last residue number = 563
Number of atoms found = 16464
Mean number per residue = 7.7
Projmod> File dr.res: displacement=f(atom number).
Projmod> 16464 atoms are considered.
Projmod> Atomic r.m.s. displacements= 1.56
Projmod> Atomic average masses = 1.00 +/- 0.00
Projmod> File projmod.res: dr.vector=f(fqcy), and cumulative square sum.
Vector: 1 F= 0.00 Cos= -0.000 Sum= 0.000 q= -0.0001
Vector: 2 F= 0.00 Cos= 0.000 Sum= 0.000 q= 0.0019
Vector: 3 F= 0.00 Cos= 0.000 Sum= 0.000 q= 0.0024
Vector: 4 F= 0.00 Cos= 0.000 Sum= 0.000 q= 0.0036
Vector: 5 F= 0.00 Cos= 0.000 Sum= 0.000 q= 0.0000
Vector: 6 F= 0.00 Cos= 0.000 Sum= 0.000 q= 0.0040
Vector: 7 F= 125.28 Cos= 0.999 Sum= 0.999 q= 199.8869
Vector: 8 F= 173.13 Cos= 0.004 Sum= 0.999 q= 0.7369
Vector: 9 F= 200.37 Cos= 0.005 Sum= 0.999 q= 1.0154
Vector: 10 F= 201.57 Cos= -0.003 Sum= 0.999 q= -0.6071
Vector: 11 F= 203.73 Cos= 0.001 Sum= 0.999 q= 0.2357
Vector: 12 F= 232.41 Cos= -0.002 Sum= 0.999 q= -0.3253
Vector: 13 F= 237.48 Cos= -0.000 Sum= 0.999 q= -0.0714
Vector: 14 F= 240.05 Cos= 0.000 Sum= 0.999 q= 0.0076
Vector: 15 F= 253.61 Cos= -0.001 Sum= 0.999 q= -0.2179
Vector: 16 F= 280.90 Cos= -0.002 Sum= 0.999 q= -0.3347
Vector: 17 F= 291.41 Cos= 0.003 Sum= 0.999 q= 0.5198
Vector: 18 F= 296.40 Cos= 0.002 Sum= 0.999 q= 0.3469
Vector: 19 F= 301.57 Cos= 0.000 Sum= 0.999 q= 0.0817
Vector: 20 F= 321.88 Cos= -0.013 Sum= 0.999 q= -2.6099
Vector: 21 F= 333.86 Cos= 0.002 Sum= 0.999 q= 0.4030
Vector: 22 F= 342.02 Cos= 0.000 Sum= 0.999 q= 0.0206
Vector: 23 F= 343.04 Cos= 0.001 Sum= 0.999 q= 0.2560
Vector: 24 F= 347.31 Cos= 0.001 Sum= 0.999 q= 0.1855
Vector: 25 F= 348.16 Cos= -0.001 Sum= 0.999 q= -0.1295
Vector: 26 F= 357.18 Cos= -0.006 Sum= 0.999 q= -1.2815
Vector: 27 F= 362.26 Cos= -0.001 Sum= 0.999 q= -0.1196
Vector: 28 F= 386.06 Cos= -0.002 Sum= 0.999 q= -0.4915
Vector: 29 F= 390.46 Cos= -0.004 Sum= 0.999 q= -0.7015
Vector: 30 F= 404.69 Cos= 0.005 Sum= 0.999 q= 1.0452
Vector: 31 F= 413.34 Cos= -0.007 Sum= 0.999 q= -1.4278
Vector: 32 F= 414.91 Cos= 0.013 Sum= 0.999 q= 2.6257
Vector: 33 F= 425.43 Cos= -0.002 Sum= 0.999 q= -0.3829
Vector: 34 F= 435.16 Cos= 0.001 Sum= 0.999 q= 0.2402
Vector: 35 F= 441.08 Cos= 0.005 Sum= 0.999 q= 0.9526
Vector: 36 F= 449.03 Cos= 0.004 Sum= 0.999 q= 0.7814
Vector: 37 F= 456.19 Cos= -0.008 Sum= 1.000 q= -1.5904
Vector: 38 F= 458.26 Cos= -0.010 Sum= 1.000 q= -1.9708
Vector: 39 F= 462.99 Cos= 0.001 Sum= 1.000 q= 0.1651
Vector: 40 F= 481.59 Cos= 0.000 Sum= 1.000 q= 0.0459
Vector: 41 F= 486.83 Cos= -0.001 Sum= 1.000 q= -0.1336
Vector: 42 F= 489.60 Cos= 0.002 Sum= 1.000 q= 0.3859
Vector: 43 F= 498.67 Cos= -0.001 Sum= 1.000 q= -0.1746
Vector: 44 F= 503.38 Cos= -0.000 Sum= 1.000 q= -0.0035
Vector: 45 F= 505.02 Cos= -0.001 Sum= 1.000 q= -0.1189
Vector: 46 F= 510.13 Cos= 0.002 Sum= 1.000 q= 0.3400
Vector: 47 F= 513.12 Cos= -0.000 Sum= 1.000 q= -0.0877
Vector: 48 F= 519.18 Cos= -0.000 Sum= 1.000 q= -0.0875
Vector: 49 F= 520.08 Cos= -0.008 Sum= 1.000 q= -1.5300
Vector: 50 F= 520.88 Cos= -0.002 Sum= 1.000 q= -0.3972
Vector: 51 F= 526.84 Cos= -0.000 Sum= 1.000 q= -0.0013
Vector: 52 F= 529.63 Cos= 0.000 Sum= 1.000 q= 0.0260
Vector: 53 F= 534.62 Cos= -0.002 Sum= 1.000 q= -0.4304
Vector: 54 F= 539.01 Cos= 0.001 Sum= 1.000 q= 0.1478
Vector: 55 F= 543.58 Cos= -0.000 Sum= 1.000 q= -0.0994
Vector: 56 F= 550.80 Cos= -0.000 Sum= 1.000 q= -0.0458
Vector: 57 F= 555.39 Cos= -0.001 Sum= 1.000 q= -0.2642
Vector: 58 F= 559.41 Cos= 0.001 Sum= 1.000 q= 0.2546
Vector: 59 F= 563.92 Cos= 0.001 Sum= 1.000 q= 0.2797
Vector: 60 F= 564.86 Cos= 0.002 Sum= 1.000 q= 0.4164
Vector: 61 F= 570.26 Cos= 0.001 Sum= 1.000 q= 0.1861
Vector: 62 F= 581.62 Cos= -0.002 Sum= 1.000 q= -0.4916
Vector: 63 F= 582.84 Cos= 0.001 Sum= 1.000 q= 0.2033
Vector: 64 F= 585.36 Cos= 0.002 Sum= 1.000 q= 0.3812
Vector: 65 F= 589.08 Cos= 0.003 Sum= 1.000 q= 0.6668
Vector: 66 F= 593.76 Cos= 0.001 Sum= 1.000 q= 0.2242
Vector: 67 F= 598.71 Cos= 0.000 Sum= 1.000 q= 0.0014
Vector: 68 F= 604.00 Cos= 0.000 Sum= 1.000 q= 0.0453
Vector: 69 F= 610.60 Cos= 0.002 Sum= 1.000 q= 0.4129
Vector: 70 F= 613.68 Cos= 0.001 Sum= 1.000 q= 0.2261
Vector: 71 F= 615.79 Cos= 0.003 Sum= 1.000 q= 0.6342
Vector: 72 F= 621.89 Cos= -0.001 Sum= 1.000 q= -0.1840
Vector: 73 F= 623.40 Cos= 0.002 Sum= 1.000 q= 0.3462
Vector: 74 F= 629.52 Cos= -0.000 Sum= 1.000 q= -0.0249
Vector: 75 F= 638.54 Cos= -0.001 Sum= 1.000 q= -0.1746
Vector: 76 F= 645.70 Cos= -0.001 Sum= 1.000 q= -0.1829
Vector: 77 F= 648.53 Cos= 0.001 Sum= 1.000 q= 0.2596
Vector: 78 F= 650.98 Cos= -0.001 Sum= 1.000 q= -0.1572
Vector: 79 F= 653.60 Cos= 0.001 Sum= 1.000 q= 0.2004
Vector: 80 F= 657.11 Cos= 0.000 Sum= 1.000 q= 0.0879
Vector: 81 F= 660.24 Cos= 0.001 Sum= 1.000 q= 0.1248
Vector: 82 F= 665.58 Cos= 0.000 Sum= 1.000 q= 0.0633
Vector: 83 F= 666.20 Cos= -0.000 Sum= 1.000 q= -0.0663
Vector: 84 F= 671.31 Cos= -0.000 Sum= 1.000 q= -0.0832
Vector: 85 F= 676.73 Cos= 0.000 Sum= 1.000 q= 0.0847
Vector: 86 F= 683.41 Cos= 0.002 Sum= 1.000 q= 0.3118
Vector: 87 F= 685.56 Cos= 0.001 Sum= 1.000 q= 0.1935
Vector: 88 F= 686.93 Cos= -0.001 Sum= 1.000 q= -0.1526
Vector: 89 F= 691.89 Cos= 0.000 Sum= 1.000 q= 0.0931
Vector: 90 F= 696.48 Cos= 0.000 Sum= 1.000 q= 0.0324
Vector: 91 F= 697.75 Cos= -0.000 Sum= 1.000 q= -0.0974
Vector: 92 F= 703.47 Cos= 0.001 Sum= 1.000 q= 0.1073
Vector: 93 F= 705.56 Cos= -0.000 Sum= 1.000 q= -0.0337
Vector: 94 F= 707.98 Cos= -0.000 Sum= 1.000 q= -0.0791
Vector: 95 F= 709.23 Cos= 0.003 Sum= 1.000 q= 0.5978
Vector: 96 F= 712.22 Cos= -0.000 Sum= 1.000 q= -0.0148
Vector: 97 F= 714.45 Cos= -0.000 Sum= 1.000 q= -0.0810
Vector: 98 F= 723.39 Cos= -0.001 Sum= 1.000 q= -0.1112
Vector: 99 F= 727.69 Cos= -0.001 Sum= 1.000 q= -0.2762
Vector: 100 F= 729.72 Cos= -0.000 Sum= 1.000 q= -0.0477
Vector: 101 F= 731.01 Cos= -0.001 Sum= 1.000 q= -0.1566
Vector: 102 F= 734.55 Cos= 0.001 Sum= 1.000 q= 0.2168
Vector: 103 F= 735.75 Cos= 0.000 Sum= 1.000 q= 0.0848
Vector: 104 F= 736.87 Cos= 0.000 Sum= 1.000 q= 0.0843
Vector: 105 F= 742.29 Cos= -0.000 Sum= 1.000 q= -0.0073
Vector: 106 F= 743.72 Cos= 0.000 Sum= 1.000 q= 0.0077
Projmod> Best zero-frequency found : 0.003433
Projmod> 6 frequencies less than: 0.003435
Projmod> Lowest non-zero frequency : 125.275361
Projmod> Best overlap with diff.vect. = 1.00 for mode 7 with F= 125.28 cm-1.
Projmod> 1-3-6-9-12-all-best contrb. = 0.999 0.999 0.999 1.000 1.000 1.000
Projmod> Normal end.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 241008090208632921 7 -100 100 20 0 on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-100 536 1.445 531 1.419
MODEL 2 MODE=7 DQ=-80 536 1.349 535 1.344
MODEL 3 MODE=7 DQ=-60 536 1.253 536 1.253
MODEL 4 MODE=7 DQ=-40 536 1.157 536 1.157
MODEL 5 MODE=7 DQ=-20 536 1.061 536 1.061
MODEL 6 MODE=7 DQ=0 536 0.965 536 0.965
MODEL 7 MODE=7 DQ=20 536 0.868 536 0.868
MODEL 8 MODE=7 DQ=40 536 0.772 536 0.772
MODEL 9 MODE=7 DQ=60 536 0.676 536 0.676
MODEL 10 MODE=7 DQ=80 536 0.580 536 0.580
MODEL 11 MODE=7 DQ=100 536 0.484 536 0.484
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 241008090208632921 8 -100 100 20 0 on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-100 536 1.266 531 1.232
MODEL 2 MODE=8 DQ=-80 536 1.173 533 1.154
MODEL 3 MODE=8 DQ=-60 536 1.094 536 1.094
MODEL 4 MODE=8 DQ=-40 536 1.030 536 1.030
MODEL 5 MODE=8 DQ=-20 536 0.986 536 0.986
MODEL 6 MODE=8 DQ=0 536 0.965 536 0.965
MODEL 7 MODE=8 DQ=20 536 0.967 536 0.967
MODEL 8 MODE=8 DQ=40 536 0.992 536 0.992
MODEL 9 MODE=8 DQ=60 536 1.040 536 1.040
MODEL 10 MODE=8 DQ=80 536 1.106 536 1.106
MODEL 11 MODE=8 DQ=100 536 1.188 536 1.188
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 241008090208632921 9 -100 100 20 0 on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-100 536 1.069 536 1.069
MODEL 2 MODE=9 DQ=-80 536 1.031 536 1.031
MODEL 3 MODE=9 DQ=-60 536 1.000 536 1.000
MODEL 4 MODE=9 DQ=-40 536 0.979 536 0.979
MODEL 5 MODE=9 DQ=-20 536 0.967 536 0.967
MODEL 6 MODE=9 DQ=0 536 0.965 536 0.965
MODEL 7 MODE=9 DQ=20 536 0.972 536 0.972
MODEL 8 MODE=9 DQ=40 536 0.989 536 0.989
MODEL 9 MODE=9 DQ=60 536 1.016 536 1.016
MODEL 10 MODE=9 DQ=80 536 1.050 534 1.035
MODEL 11 MODE=9 DQ=100 536 1.092 533 1.066
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 241008090208632921 10 -100 100 20 0 on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-100 536 1.030 536 1.030
MODEL 2 MODE=10 DQ=-80 536 0.987 536 0.987
MODEL 3 MODE=10 DQ=-60 536 0.958 536 0.958
MODEL 4 MODE=10 DQ=-40 536 0.945 536 0.945
MODEL 5 MODE=10 DQ=-20 536 0.947 536 0.947
MODEL 6 MODE=10 DQ=0 536 0.965 536 0.965
MODEL 7 MODE=10 DQ=20 536 0.997 536 0.997
MODEL 8 MODE=10 DQ=40 536 1.043 536 1.043
MODEL 9 MODE=10 DQ=60 536 1.101 536 1.101
MODEL 10 MODE=10 DQ=80 536 1.169 536 1.169
MODEL 11 MODE=10 DQ=100 536 1.246 536 1.246
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 241008090208632921 11 -100 100 20 0 on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
241008090208632921.eigenfacs
241008090208632921.atom
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-100 536 1.441 534 1.431
MODEL 2 MODE=11 DQ=-80 536 1.341 536 1.341
MODEL 3 MODE=11 DQ=-60 536 1.244 536 1.244
MODEL 4 MODE=11 DQ=-40 536 1.148 536 1.148
MODEL 5 MODE=11 DQ=-20 536 1.055 536 1.055
MODEL 6 MODE=11 DQ=0 536 0.965 536 0.965
MODEL 7 MODE=11 DQ=20 536 0.879 536 0.879
MODEL 8 MODE=11 DQ=40 536 0.800 536 0.800
MODEL 9 MODE=11 DQ=60 536 0.728 536 0.728
MODEL 10 MODE=11 DQ=80 536 0.666 536 0.666
MODEL 11 MODE=11 DQ=100 536 0.619 536 0.619
241008090208632921.10.pdb
241008090208632921.11.pdb
241008090208632921.7.pdb
241008090208632921.8.pdb
241008090208632921.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 1m55.226s
user 1m54.843s
sys 0m0.304s
rm: cannot remove '241008090208632921.sdijf': No such file or directory
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