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LOGs for ID: 2410041137144006607

output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 2410041137144006607.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 2410041137144006607.atom to be opened. Openam> File opened: 2410041137144006607.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 1246 First residue number = 40 Last residue number = 392 Number of atoms found = 12057 Mean number per residue = 9.7 Pdbmat> Coordinate statistics: = -66.612586 +/- 18.569614 From: -114.871000 To: -20.675000 = -12.167567 +/- 16.213537 From: -51.413000 To: 33.247000 = 25.681772 +/- 21.227948 From: -26.985000 To: 75.712000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 0.8284 % Filled. Pdbmat> 5419289 non-zero elements. Pdbmat> 594203 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 98.57 +/- 24.97 Maximum number = 156 Minimum number = 18 Pdbmat> Matrix trace = 1.188406E+07 Pdbmat> Larger element = 614.871 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 1246 non-zero elements, NRBL set to 7 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 2410041137144006607.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 7 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 2410041137144006607.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 2410041137144006607.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 12057 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 7 residue(s) per block. Blocpdb> 1246 residues. Blocpdb> 70 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 73 atoms in block 2 Block first atom: 71 Blocpdb> 67 atoms in block 3 Block first atom: 144 Blocpdb> 67 atoms in block 4 Block first atom: 211 Blocpdb> 71 atoms in block 5 Block first atom: 278 Blocpdb> 73 atoms in block 6 Block first atom: 349 Blocpdb> 87 atoms in block 7 Block first atom: 422 Blocpdb> 67 atoms in block 8 Block first atom: 509 Blocpdb> 70 atoms in block 9 Block first atom: 576 Blocpdb> 71 atoms in block 10 Block first atom: 646 Blocpdb> 76 atoms in block 11 Block first atom: 717 Blocpdb> 72 atoms in block 12 Block first atom: 793 Blocpdb> 70 atoms in block 13 Block first atom: 865 Blocpdb> 61 atoms in block 14 Block first atom: 935 Blocpdb> 76 atoms in block 15 Block first atom: 996 Blocpdb> 54 atoms in block 16 Block first atom: 1072 Blocpdb> 64 atoms in block 17 Block first atom: 1126 Blocpdb> 78 atoms in block 18 Block first atom: 1190 Blocpdb> 22 atoms in block 19 Block first atom: 1268 Blocpdb> 55 atoms in block 20 Block first atom: 1290 Blocpdb> 69 atoms in block 21 Block first atom: 1345 Blocpdb> 61 atoms in block 22 Block first atom: 1414 Blocpdb> 73 atoms in block 23 Block first atom: 1475 Blocpdb> 55 atoms in block 24 Block first atom: 1548 Blocpdb> 78 atoms in block 25 Block first atom: 1603 Blocpdb> 60 atoms in block 26 Block first atom: 1681 Blocpdb> 79 atoms in block 27 Block first atom: 1741 Blocpdb> 51 atoms in block 28 Block first atom: 1820 Blocpdb> 50 atoms in block 29 Block first atom: 1871 Blocpdb> 67 atoms in block 30 Block first atom: 1921 Blocpdb> 66 atoms in block 31 Block first atom: 1988 Blocpdb> 74 atoms in block 32 Block first atom: 2054 Blocpdb> 68 atoms in block 33 Block first atom: 2128 Blocpdb> 60 atoms in block 34 Block first atom: 2196 Blocpdb> 73 atoms in block 35 Block first atom: 2256 Blocpdb> 85 atoms in block 36 Block first atom: 2329 Blocpdb> 66 atoms in block 37 Block first atom: 2414 Blocpdb> 61 atoms in block 38 Block first atom: 2480 Blocpdb> 87 atoms in block 39 Block first atom: 2541 Blocpdb> 62 atoms in block 40 Block first atom: 2628 Blocpdb> 46 atoms in block 41 Block first atom: 2690 Blocpdb> 58 atoms in block 42 Block first atom: 2736 Blocpdb> 70 atoms in block 43 Block first atom: 2794 Blocpdb> 52 atoms in block 44 Block first atom: 2864 Blocpdb> 68 atoms in block 45 Block first atom: 2916 Blocpdb> 63 atoms in block 46 Block first atom: 2984 Blocpdb> 19 atoms in block 47 Block first atom: 3047 Blocpdb> 69 atoms in block 48 Block first atom: 3066 Blocpdb> 73 atoms in block 49 Block first atom: 3135 Blocpdb> 67 atoms in block 50 Block first atom: 3208 Blocpdb> 73 atoms in block 51 Block first atom: 3275 Blocpdb> 71 atoms in block 52 Block first atom: 3348 Blocpdb> 73 atoms in block 53 Block first atom: 3419 Blocpdb> 87 atoms in block 54 Block first atom: 3492 Blocpdb> 67 atoms in block 55 Block first atom: 3579 Blocpdb> 70 atoms in block 56 Block first atom: 3646 Blocpdb> 73 atoms in block 57 Block first atom: 3716 Blocpdb> 76 atoms in block 58 Block first atom: 3789 Blocpdb> 72 atoms in block 59 Block first atom: 3865 Blocpdb> 70 atoms in block 60 Block first atom: 3937 Blocpdb> 61 atoms in block 61 Block first atom: 4007 Blocpdb> 79 atoms in block 62 Block first atom: 4068 Blocpdb> 58 atoms in block 63 Block first atom: 4147 Blocpdb> 70 atoms in block 64 Block first atom: 4205 Blocpdb> 67 atoms in block 65 Block first atom: 4275 Blocpdb> 28 atoms in block 66 Block first atom: 4342 Blocpdb> 52 atoms in block 67 Block first atom: 4370 Blocpdb> 56 atoms in block 68 Block first atom: 4422 Blocpdb> 69 atoms in block 69 Block first atom: 4478 Blocpdb> 76 atoms in block 70 Block first atom: 4547 Blocpdb> 60 atoms in block 71 Block first atom: 4623 Blocpdb> 74 atoms in block 72 Block first atom: 4683 Blocpdb> 73 atoms in block 73 Block first atom: 4757 Blocpdb> 53 atoms in block 74 Block first atom: 4830 Blocpdb> 6 atoms in block 75 Block first atom: 4883 Blocpdb> 50 atoms in block 76 Block first atom: 4889 Blocpdb> 59 atoms in block 77 Block first atom: 4939 Blocpdb> 77 atoms in block 78 Block first atom: 4998 Blocpdb> 63 atoms in block 79 Block first atom: 5075 Blocpdb> 92 atoms in block 80 Block first atom: 5138 Blocpdb> 56 atoms in block 81 Block first atom: 5230 Blocpdb> 86 atoms in block 82 Block first atom: 5286 Blocpdb> 75 atoms in block 83 Block first atom: 5372 Blocpdb> 65 atoms in block 84 Block first atom: 5447 Blocpdb> 62 atoms in block 85 Block first atom: 5512 Blocpdb> 92 atoms in block 86 Block first atom: 5574 Blocpdb> 65 atoms in block 87 Block first atom: 5666 Blocpdb> 5 atoms in block 88 Block first atom: 5731 Blocpdb> 48 atoms in block 89 Block first atom: 5736 Blocpdb> 70 atoms in block 90 Block first atom: 5784 Blocpdb> 54 atoms in block 91 Block first atom: 5854 Blocpdb> 71 atoms in block 92 Block first atom: 5908 Blocpdb> 63 atoms in block 93 Block first atom: 5979 Blocpdb> 32 atoms in block 94 Block first atom: 6042 Blocpdb> 70 atoms in block 95 Block first atom: 6074 Blocpdb> 73 atoms in block 96 Block first atom: 6144 Blocpdb> 67 atoms in block 97 Block first atom: 6217 Blocpdb> 73 atoms in block 98 Block first atom: 6284 Blocpdb> 71 atoms in block 99 Block first atom: 6357 Blocpdb> 73 atoms in block 100 Block first atom: 6428 Blocpdb> 87 atoms in block 101 Block first atom: 6501 Blocpdb> 68 atoms in block 102 Block first atom: 6588 Blocpdb> 64 atoms in block 103 Block first atom: 6656 Blocpdb> 82 atoms in block 104 Block first atom: 6720 Blocpdb> 76 atoms in block 105 Block first atom: 6802 Blocpdb> 72 atoms in block 106 Block first atom: 6878 Blocpdb> 70 atoms in block 107 Block first atom: 6950 Blocpdb> 61 atoms in block 108 Block first atom: 7020 Blocpdb> 65 atoms in block 109 Block first atom: 7081 Blocpdb> 33 atoms in block 110 Block first atom: 7146 Blocpdb> 63 atoms in block 111 Block first atom: 7179 Blocpdb> 66 atoms in block 112 Block first atom: 7242 Blocpdb> 17 atoms in block 113 Block first atom: 7308 Blocpdb> 52 atoms in block 114 Block first atom: 7325 Blocpdb> 61 atoms in block 115 Block first atom: 7377 Blocpdb> 64 atoms in block 116 Block first atom: 7438 Blocpdb> 76 atoms in block 117 Block first atom: 7502 Blocpdb> 53 atoms in block 118 Block first atom: 7578 Blocpdb> 74 atoms in block 119 Block first atom: 7631 Blocpdb> 61 atoms in block 120 Block first atom: 7705 Blocpdb> 62 atoms in block 121 Block first atom: 7766 Blocpdb> 44 atoms in block 122 Block first atom: 7828 Blocpdb> 50 atoms in block 123 Block first atom: 7872 Blocpdb> 54 atoms in block 124 Block first atom: 7922 Blocpdb> 63 atoms in block 125 Block first atom: 7976 Blocpdb> 70 atoms in block 126 Block first atom: 8039 Blocpdb> 72 atoms in block 127 Block first atom: 8109 Blocpdb> 58 atoms in block 128 Block first atom: 8181 Blocpdb> 84 atoms in block 129 Block first atom: 8239 Blocpdb> 76 atoms in block 130 Block first atom: 8323 Blocpdb> 66 atoms in block 131 Block first atom: 8399 Blocpdb> 60 atoms in block 132 Block first atom: 8465 Blocpdb> 89 atoms in block 133 Block first atom: 8525 Blocpdb> 67 atoms in block 134 Block first atom: 8614 Blocpdb> 18 atoms in block 135 Block first atom: 8681 Blocpdb> 57 atoms in block 136 Block first atom: 8699 Blocpdb> 64 atoms in block 137 Block first atom: 8756 Blocpdb> 71 atoms in block 138 Block first atom: 8820 Blocpdb> 51 atoms in block 139 Block first atom: 8891 Blocpdb> 67 atoms in block 140 Block first atom: 8942 Blocpdb> 70 atoms in block 141 Block first atom: 9009 Blocpdb> 73 atoms in block 142 Block first atom: 9079 Blocpdb> 67 atoms in block 143 Block first atom: 9152 Blocpdb> 62 atoms in block 144 Block first atom: 9219 Blocpdb> 71 atoms in block 145 Block first atom: 9281 Blocpdb> 73 atoms in block 146 Block first atom: 9352 Blocpdb> 87 atoms in block 147 Block first atom: 9425 Blocpdb> 71 atoms in block 148 Block first atom: 9512 Blocpdb> 70 atoms in block 149 Block first atom: 9583 Blocpdb> 82 atoms in block 150 Block first atom: 9653 Blocpdb> 76 atoms in block 151 Block first atom: 9735 Blocpdb> 72 atoms in block 152 Block first atom: 9811 Blocpdb> 70 atoms in block 153 Block first atom: 9883 Blocpdb> 61 atoms in block 154 Block first atom: 9953 Blocpdb> 70 atoms in block 155 Block first atom: 10014 Blocpdb> 58 atoms in block 156 Block first atom: 10084 Blocpdb> 64 atoms in block 157 Block first atom: 10142 Blocpdb> 78 atoms in block 158 Block first atom: 10206 Blocpdb> 22 atoms in block 159 Block first atom: 10284 Blocpdb> 55 atoms in block 160 Block first atom: 10306 Blocpdb> 54 atoms in block 161 Block first atom: 10361 Blocpdb> 72 atoms in block 162 Block first atom: 10415 Blocpdb> 68 atoms in block 163 Block first atom: 10487 Blocpdb> 64 atoms in block 164 Block first atom: 10555 Blocpdb> 74 atoms in block 165 Block first atom: 10619 Blocpdb> 68 atoms in block 166 Block first atom: 10693 Blocpdb> 73 atoms in block 167 Block first atom: 10761 Blocpdb> 33 atoms in block 168 Block first atom: 10834 Blocpdb> 54 atoms in block 169 Block first atom: 10867 Blocpdb> 68 atoms in block 170 Block first atom: 10921 Blocpdb> 62 atoms in block 171 Block first atom: 10989 Blocpdb> 78 atoms in block 172 Block first atom: 11051 Blocpdb> 72 atoms in block 173 Block first atom: 11129 Blocpdb> 75 atoms in block 174 Block first atom: 11201 Blocpdb> 64 atoms in block 175 Block first atom: 11276 Blocpdb> 87 atoms in block 176 Block first atom: 11340 Blocpdb> 69 atoms in block 177 Block first atom: 11427 Blocpdb> 62 atoms in block 178 Block first atom: 11496 Blocpdb> 81 atoms in block 179 Block first atom: 11558 Blocpdb> 70 atoms in block 180 Block first atom: 11639 Blocpdb> 46 atoms in block 181 Block first atom: 11709 Blocpdb> 68 atoms in block 182 Block first atom: 11755 Blocpdb> 66 atoms in block 183 Block first atom: 11823 Blocpdb> 67 atoms in block 184 Block first atom: 11889 Blocpdb> 60 atoms in block 185 Block first atom: 11956 Blocpdb> 42 atoms in block 186 Block first atom: 12015 Blocpdb> 186 blocks. Blocpdb> At most, 92 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 5 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 5419475 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 36171 Prepmat> Matrix trace = 11884060.0000 Prepmat> Last element read: 36171 36171 221.5594 Prepmat> 17392 lines saved. Prepmat> 15831 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 12057 RTB> Total mass = 12057.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 12057 RTB> Number of blocks = 186 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 217952.9592 RTB> 53370 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 1116 Diagstd> Nb of non-zero elements: 53370 Diagstd> Projected matrix trace = 217952.9592 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 1116 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 217952.9592 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.8160875 1.1083124 1.2045101 1.4386971 1.6153921 1.8145709 1.9556926 2.3059283 2.7559449 2.9867380 4.1224786 4.3447119 4.6175233 4.8098891 5.0965799 5.2311603 5.6524570 5.9628797 6.3826474 6.6403843 7.2922847 7.3964591 7.6925097 8.0878693 8.4410229 8.6188107 9.2386998 9.4691301 9.5919955 9.8299077 10.1856015 10.3589028 10.8300549 11.2841321 11.4570733 12.3905440 12.9848134 13.3343692 13.5740534 14.3543980 14.5896673 14.8716394 16.4049700 16.6066199 17.4982810 18.0875433 18.3430100 18.5478200 19.2367295 19.5351219 20.0029854 20.2515913 20.7186511 20.9900115 21.5996935 22.0076621 22.2764619 22.5537125 23.1840934 23.9430336 24.1062125 24.4313300 25.4598161 25.8267488 25.9976444 26.6120004 27.2352604 27.5483781 28.4308544 28.6311379 28.9015647 29.1477555 29.8252541 29.9027340 30.3537712 30.7880371 31.2580875 31.4640070 31.8206161 32.4326651 32.7260188 33.2339202 33.4506798 33.7822410 34.2964978 34.7756256 35.2176272 35.9925149 36.5939475 36.9182339 37.4317105 37.7963552 38.3131829 38.5465005 39.1192891 39.7282957 40.1643808 40.4287081 41.0547632 41.1655865 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034310 0.0034333 0.0034334 0.0034339 0.0034342 0.0034359 98.0987906 114.3210968 119.1792124 130.2506705 138.0175314 146.2790920 151.8607608 164.8990596 180.2729426 187.6695626 220.4826822 226.3475368 233.3457142 238.1567037 245.1515822 248.3672307 258.1748391 265.1693384 274.3441517 279.8284622 293.2426183 295.3297582 301.1822033 308.8249227 315.4952460 318.8004695 330.0659374 334.1568147 336.3177301 340.4630611 346.5681290 349.5040078 357.3638432 364.7786067 367.5632864 382.2438147 391.3029630 396.5349928 400.0829620 411.4222474 414.7801599 418.7691727 439.8281288 442.5230559 454.2479470 461.8331176 465.0831244 467.6723743 476.2784146 479.9581199 485.6715784 488.6803287 494.2833919 497.5097755 504.6834635 509.4273240 512.5289340 515.7085131 522.8659241 531.3551179 533.1627144 536.7460235 547.9272647 551.8615665 553.6843900 560.1883091 566.7102221 569.9585823 579.0155620 581.0514440 583.7890678 586.2702264 593.0446011 593.8144051 598.2760374 602.5405518 607.1227143 609.1192090 612.5613233 618.4243751 621.2149061 626.0169132 628.0551115 631.1600588 635.9458936 640.3726217 644.4293714 651.4804339 656.9009815 659.8052071 664.3778071 667.6060154 672.1549426 674.1984634 679.1891779 684.4555476 688.2018226 690.4626836 695.7881949 696.7266676 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 12057 Rtb_to_modes> Number of blocs = 186 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9826E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9961E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9968E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9996E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0012E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8161 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.108 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.205 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.439 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.615 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.815 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.956 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.306 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.756 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.987 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.122 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.345 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.618 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.810 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.097 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.231 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.652 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.963 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.383 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.640 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.292 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.396 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.693 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.088 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.441 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.619 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.239 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.469 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.592 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.830 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.19 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.36 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.83 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.28 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.46 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.39 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.98 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.33 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.57 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.35 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.59 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.87 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.40 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.61 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.50 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.34 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.55 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.24 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.54 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.00 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.25 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.72 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.99 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.60 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.01 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.28 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.55 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.18 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.94 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.43 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.46 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.83 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.00 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.61 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.24 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.55 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.43 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.63 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.90 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.15 Rdmodfacs> Eigenvector number: 79 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.83 Rdmodfacs> Eigenvector number: 80 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.90 Rdmodfacs> Eigenvector number: 81 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.35 Rdmodfacs> Eigenvector number: 82 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.79 Rdmodfacs> Eigenvector number: 83 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.26 Rdmodfacs> Eigenvector number: 84 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.46 Rdmodfacs> Eigenvector number: 85 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.82 Rdmodfacs> Eigenvector number: 86 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.43 Rdmodfacs> Eigenvector number: 87 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.73 Rdmodfacs> Eigenvector number: 88 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.23 Rdmodfacs> Eigenvector number: 89 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.45 Rdmodfacs> Eigenvector number: 90 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.78 Rdmodfacs> Eigenvector number: 91 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.30 Rdmodfacs> Eigenvector number: 92 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.78 Rdmodfacs> Eigenvector number: 93 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.22 Rdmodfacs> Eigenvector number: 94 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.99 Rdmodfacs> Eigenvector number: 95 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.59 Rdmodfacs> Eigenvector number: 96 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.92 Rdmodfacs> Eigenvector number: 97 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.43 Rdmodfacs> Eigenvector number: 98 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.80 Rdmodfacs> Eigenvector number: 99 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.31 Rdmodfacs> Eigenvector number: 100 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.55 Rdmodfacs> Eigenvector number: 101 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.12 Rdmodfacs> Eigenvector number: 102 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.73 Rdmodfacs> Eigenvector number: 103 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.16 Rdmodfacs> Eigenvector number: 104 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.43 Rdmodfacs> Eigenvector number: 105 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 106 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.17 Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1116 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00002 0.99999 1.00002 1.00000 1.00001 1.00000 1.00002 1.00001 0.99998 0.99999 1.00001 1.00003 1.00001 0.99999 1.00000 1.00002 1.00001 1.00003 1.00005 1.00000 1.00000 0.99997 0.99999 0.99998 1.00001 1.00001 1.00001 1.00000 0.99999 1.00000 1.00002 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00002 1.00002 1.00002 1.00000 0.99998 1.00004 1.00002 0.99998 1.00002 1.00003 0.99998 1.00001 1.00001 1.00000 0.99998 1.00001 0.99998 0.99999 1.00001 1.00001 0.99999 0.99998 1.00001 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999 1.00001 1.00001 0.99998 1.00000 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 0.99998 0.99999 1.00002 0.99998 0.99999 0.99999 0.99998 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 0.99996 1.00003 1.00001 0.99999 1.00002 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000 0.99999 0.99998 0.99999 0.99999 1.00000 1.00001 1.00001 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 217026 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00002 0.99999 1.00002 1.00000 1.00001 1.00000 1.00002 1.00001 0.99998 0.99999 1.00001 1.00003 1.00001 0.99999 1.00000 1.00002 1.00001 1.00003 1.00005 1.00000 1.00000 0.99997 0.99999 0.99998 1.00001 1.00001 1.00001 1.00000 0.99999 1.00000 1.00002 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00002 1.00002 1.00002 1.00000 0.99998 1.00004 1.00002 0.99998 1.00002 1.00003 0.99998 1.00001 1.00001 1.00000 0.99998 1.00001 0.99998 0.99999 1.00001 1.00001 0.99999 0.99998 1.00001 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999 1.00001 1.00001 0.99998 1.00000 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 0.99998 0.99999 1.00002 0.99998 0.99999 0.99999 0.99998 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 0.99996 1.00003 1.00001 0.99999 1.00002 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000 0.99999 0.99998 0.99999 0.99999 1.00000 1.00001 1.00001 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2: 0.000 Vector 3:-0.000-0.000 Vector 4: 0.000-0.000-0.000 Vector 5: 0.000 0.000-0.000-0.000 Vector 6: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 Vector 7:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 Vector 8: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 Vector 9:-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 Vector 10: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2410041137144006607.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2410041137144006607.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 2410041137144006607.atom Openam> file on opening on unit 11: 2410041137144006607.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 1246 First residue number = 40 Last residue number = 392 Number of atoms found = 12057 Mean number per residue = 9.7 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9826E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9961E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9968E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9996E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0012E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8161 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.108 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.205 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.439 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.615 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.815 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.956 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.306 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.756 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.987 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.122 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.345 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.618 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.810 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.097 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.231 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.652 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.963 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.383 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.640 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.292 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.396 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.693 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.088 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.441 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.619 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.239 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.469 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.592 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.830 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.19 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.36 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.83 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.28 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.46 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.39 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.33 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.57 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.35 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.87 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.61 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.50 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.34 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.24 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.54 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.00 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.25 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.72 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.99 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.60 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.01 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.28 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.18 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.94 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.43 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.46 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.83 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.00 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.61 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.24 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.43 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.63 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.90 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.15 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.83 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.90 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.35 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.79 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.26 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.46 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.82 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.43 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.73 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.45 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.78 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.30 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.78 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.22 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.99 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.43 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.80 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.31 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.12 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.73 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.16 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.43 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.17 Bfactors> 106 vectors, 36171 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.816100 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) %Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant ! Bfactors> = 0.018 +/- 0.04 Bfactors> = 0.000 +/- 0.00 Bfactors> Shiftng-fct= -0.018 Bfactors> Scaling-fct= 0.000 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2410041137144006607.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2410041137144006607.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4308E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4331E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4359E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 98.10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 114.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 119.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 130.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 138.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 146.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 151.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 164.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 180.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 187.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 220.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 226.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 233.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 238.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 245.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 248.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 258.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 265.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 274.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 279.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 293.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 295.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 301.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 308.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 315.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 318.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 330.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 334.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 336.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 340.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 346.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 349.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 357.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 364.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 367.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 382.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 391.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 396.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 400.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 411.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 414.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 418.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 439.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 442.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 454.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 461.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 465.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 467.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 476.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 480.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 485.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 488.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 494.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 497.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 504.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 509.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 512.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 515.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 522.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 531.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 533.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 536.7 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Chkmod> That is: 12057 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. Chkmod> Normal end. 0.0034 0.8889 0.0034 0.7189 0.0034 0.6920 0.0034 0.7090 0.0034 0.7525 0.0034 0.8383 98.0953 0.0302 114.3001 0.1929 119.1983 0.1905 130.2588 0.0894 137.9949 0.1181 146.2901 0.2062 151.8662 0.0672 164.8945 0.2329 180.2670 0.2743 187.6697 0.1457 220.4604 0.2361 226.3453 0.0957 233.3477 0.3045 238.1492 0.0868 245.1512 0.3287 248.3528 0.1821 258.1533 0.2397 265.1606 0.2752 274.3400 0.3123 279.8084 0.2929 293.2243 0.2984 295.3079 0.3376 301.1789 0.5488 308.8142 0.1775 315.4813 0.2358 318.7903 0.4204 330.0571 0.2977 334.1402 0.6229 336.3034 0.5616 340.4500 0.5458 346.6281 0.4482 349.5075 0.6249 357.3476 0.5984 364.6962 0.4210 367.5944 0.5472 382.2190 0.4911 391.2136 0.5250 396.4530 0.1900 400.0061 0.5348 411.3416 0.3402 414.7671 0.2658 418.7281 0.5685 439.7426 0.3266 442.5491 0.4358 454.2508 0.3526 461.8447 0.2928 465.0250 0.4236 467.6798 0.5250 476.2985 0.4713 479.9974 0.2925 485.6145 0.1975 488.6402 0.2642 494.2783 0.4154 497.4883 0.3928 504.6654 0.3200 509.4325 0.4365 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generate a series of perturbations for mode 8 calculating perturbed structure for DQ=-100 2410041137144006607.eigenfacs 2410041137144006607.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2410041137144006607.eigenfacs 2410041137144006607.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2410041137144006607.eigenfacs 2410041137144006607.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2410041137144006607.eigenfacs 2410041137144006607.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2410041137144006607.eigenfacs 2410041137144006607.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2410041137144006607.eigenfacs 2410041137144006607.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2410041137144006607.eigenfacs 2410041137144006607.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2410041137144006607.eigenfacs 2410041137144006607.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2410041137144006607.eigenfacs 2410041137144006607.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2410041137144006607.eigenfacs 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animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 9 running: ../../bin/get_modes.sh 2410041137144006607 9 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 9 calculating perturbed structure for DQ=-100 2410041137144006607.eigenfacs 2410041137144006607.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2410041137144006607.eigenfacs 2410041137144006607.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2410041137144006607.eigenfacs 2410041137144006607.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2410041137144006607.eigenfacs 2410041137144006607.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2410041137144006607.eigenfacs 2410041137144006607.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2410041137144006607.eigenfacs 2410041137144006607.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2410041137144006607.eigenfacs 2410041137144006607.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2410041137144006607.eigenfacs 2410041137144006607.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2410041137144006607.eigenfacs 2410041137144006607.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2410041137144006607.eigenfacs 2410041137144006607.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2410041137144006607.eigenfacs 2410041137144006607.atom making animated gifs 11 models are in 2410041137144006607.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2410041137144006607.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2410041137144006607.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 10 running: ../../bin/get_modes.sh 2410041137144006607 10 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 10 calculating perturbed structure for DQ=-100 2410041137144006607.eigenfacs 2410041137144006607.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2410041137144006607.eigenfacs 2410041137144006607.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2410041137144006607.eigenfacs 2410041137144006607.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2410041137144006607.eigenfacs 2410041137144006607.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2410041137144006607.eigenfacs 2410041137144006607.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2410041137144006607.eigenfacs 2410041137144006607.atom calculating perturbed structure for DQ=20 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100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2410041137144006607.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 11 running: ../../bin/get_modes.sh 2410041137144006607 11 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 11 calculating perturbed structure for DQ=-100 2410041137144006607.eigenfacs 2410041137144006607.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2410041137144006607.eigenfacs 2410041137144006607.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2410041137144006607.eigenfacs 2410041137144006607.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2410041137144006607.eigenfacs 2410041137144006607.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2410041137144006607.eigenfacs 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MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2410041137144006607.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 2410041137144006607.10.pdb 2410041137144006607.11.pdb 2410041137144006607.7.pdb 2410041137144006607.8.pdb 2410041137144006607.9.pdb STDERR: Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL real 1m9.582s user 1m9.401s sys 0m0.180s rm: cannot remove '2410041137144006607.sdijf': No such file or directory pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: 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