CNRS Nantes University US2B US2B
home |  start a new run |  job status |  references&downloads |  examples |  help  

Should you encounter any unexpected behaviour,
please let us know.


***  pkm2  ***

LOGs for ID: 2407090205092692212

output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 2407090205092692212.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 2407090205092692212.atom to be opened. Openam> File opened: 2407090205092692212.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 536 First residue number = 1 Last residue number = 536 Number of atoms found = 8195 Mean number per residue = 15.3 Pdbmat> Coordinate statistics: = 6.069354 +/- 11.221459 From: -32.243000 To: 32.804000 = 1.681226 +/- 12.919499 From: -31.439000 To: 32.074000 = -3.156454 +/- 18.214542 From: -39.300000 To: 38.987000 Pdbmat> Masses are all set to one. %Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> ........ %Pdbmat-W> 17 residue(s) not known. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 2.0218 % Filled. Pdbmat> 6110429 non-zero elements. Pdbmat> 673571 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 164.39 +/- 48.91 Maximum number = 260 Minimum number = 23 Pdbmat> Matrix trace = 1.347142E+07 Pdbmat> Larger element = 911.003 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 536 non-zero elements, NRBL set to 3 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 2407090205092692212.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 3 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 2407090205092692212.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 2407090205092692212.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 8195 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 3 residue(s) per block. Blocpdb> 536 residues. Blocpdb> 49 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 43 atoms in block 2 Block first atom: 50 Blocpdb> 31 atoms in block 3 Block first atom: 93 Blocpdb> 49 atoms in block 4 Block first atom: 124 Blocpdb> 48 atoms in block 5 Block first atom: 173 Blocpdb> 53 atoms in block 6 Block first atom: 221 Blocpdb> 37 atoms in block 7 Block first atom: 274 Blocpdb> 36 atoms in block 8 Block first atom: 311 Blocpdb> 54 atoms in block 9 Block first atom: 347 Blocpdb> 45 atoms in block 10 Block first atom: 401 Blocpdb> 55 atoms in block 11 Block first atom: 446 Blocpdb> 42 atoms in block 12 Block first atom: 501 Blocpdb> 47 atoms in block 13 Block first atom: 543 Blocpdb> 48 atoms in block 14 Block first atom: 590 Blocpdb> 35 atoms in block 15 Block first atom: 638 Blocpdb> 49 atoms in block 16 Block first atom: 673 Blocpdb> 40 atoms in block 17 Block first atom: 722 Blocpdb> 35 atoms in block 18 Block first atom: 762 Blocpdb> 51 atoms in block 19 Block first atom: 797 Blocpdb> 48 atoms in block 20 Block first atom: 848 Blocpdb> 54 atoms in block 21 Block first atom: 896 Blocpdb> 52 atoms in block 22 Block first atom: 950 Blocpdb> 38 atoms in block 23 Block first atom: 1002 Blocpdb> 50 atoms in block 24 Block first atom: 1040 Blocpdb> 53 atoms in block 25 Block first atom: 1090 Blocpdb> 35 atoms in block 26 Block first atom: 1143 Blocpdb> 46 atoms in block 27 Block first atom: 1178 Blocpdb> 48 atoms in block 28 Block first atom: 1224 Blocpdb> 48 atoms in block 29 Block first atom: 1272 Blocpdb> 52 atoms in block 30 Block first atom: 1320 Blocpdb> 48 atoms in block 31 Block first atom: 1372 Blocpdb> 40 atoms in block 32 Block first atom: 1420 Blocpdb> 41 atoms in block 33 Block first atom: 1460 Blocpdb> 45 atoms in block 34 Block first atom: 1501 Blocpdb> 64 atoms in block 35 Block first atom: 1546 Blocpdb> 40 atoms in block 36 Block first atom: 1610 Blocpdb> 45 atoms in block 37 Block first atom: 1650 Blocpdb> 48 atoms in block 38 Block first atom: 1695 Blocpdb> 36 atoms in block 39 Block first atom: 1743 Blocpdb> 57 atoms in block 40 Block first atom: 1779 Blocpdb> 45 atoms in block 41 Block first atom: 1836 Blocpdb> 40 atoms in block 42 Block first atom: 1881 Blocpdb> 31 atoms in block 43 Block first atom: 1921 Blocpdb> 46 atoms in block 44 Block first atom: 1952 Blocpdb> 63 atoms in block 45 Block first atom: 1998 Blocpdb> 31 atoms in block 46 Block first atom: 2061 Blocpdb> 60 atoms in block 47 Block first atom: 2092 Blocpdb> 45 atoms in block 48 Block first atom: 2152 Blocpdb> 45 atoms in block 49 Block first atom: 2197 Blocpdb> 54 atoms in block 50 Block first atom: 2242 Blocpdb> 38 atoms in block 51 Block first atom: 2296 Blocpdb> 52 atoms in block 52 Block first atom: 2334 Blocpdb> 55 atoms in block 53 Block first atom: 2386 Blocpdb> 57 atoms in block 54 Block first atom: 2441 Blocpdb> 52 atoms in block 55 Block first atom: 2498 Blocpdb> 47 atoms in block 56 Block first atom: 2550 Blocpdb> 34 atoms in block 57 Block first atom: 2597 Blocpdb> 62 atoms in block 58 Block first atom: 2631 Blocpdb> 40 atoms in block 59 Block first atom: 2693 Blocpdb> 45 atoms in block 60 Block first atom: 2733 Blocpdb> 47 atoms in block 61 Block first atom: 2778 Blocpdb> 55 atoms in block 62 Block first atom: 2825 Blocpdb> 39 atoms in block 63 Block first atom: 2880 Blocpdb> 51 atoms in block 64 Block first atom: 2919 Blocpdb> 45 atoms in block 65 Block first atom: 2970 Blocpdb> 45 atoms in block 66 Block first atom: 3015 Blocpdb> 25 atoms in block 67 Block first atom: 3060 Blocpdb> 37 atoms in block 68 Block first atom: 3085 Blocpdb> 51 atoms in block 69 Block first atom: 3122 Blocpdb> 49 atoms in block 70 Block first atom: 3173 Blocpdb> 31 atoms in block 71 Block first atom: 3222 Blocpdb> 38 atoms in block 72 Block first atom: 3253 Blocpdb> 43 atoms in block 73 Block first atom: 3291 Blocpdb> 42 atoms in block 74 Block first atom: 3334 Blocpdb> 53 atoms in block 75 Block first atom: 3376 Blocpdb> 48 atoms in block 76 Block first atom: 3429 Blocpdb> 49 atoms in block 77 Block first atom: 3477 Blocpdb> 48 atoms in block 78 Block first atom: 3526 Blocpdb> 40 atoms in block 79 Block first atom: 3574 Blocpdb> 53 atoms in block 80 Block first atom: 3614 Blocpdb> 41 atoms in block 81 Block first atom: 3667 Blocpdb> 65 atoms in block 82 Block first atom: 3708 Blocpdb> 33 atoms in block 83 Block first atom: 3773 Blocpdb> 48 atoms in block 84 Block first atom: 3806 Blocpdb> 62 atoms in block 85 Block first atom: 3854 Blocpdb> 42 atoms in block 86 Block first atom: 3916 Blocpdb> 44 atoms in block 87 Block first atom: 3958 Blocpdb> 55 atoms in block 88 Block first atom: 4002 Blocpdb> 60 atoms in block 89 Block first atom: 4057 Blocpdb> 52 atoms in block 90 Block first atom: 4117 Blocpdb> 46 atoms in block 91 Block first atom: 4169 Blocpdb> 38 atoms in block 92 Block first atom: 4215 Blocpdb> 68 atoms in block 93 Block first atom: 4253 Blocpdb> 46 atoms in block 94 Block first atom: 4321 Blocpdb> 44 atoms in block 95 Block first atom: 4367 Blocpdb> 30 atoms in block 96 Block first atom: 4411 Blocpdb> 52 atoms in block 97 Block first atom: 4441 Blocpdb> 41 atoms in block 98 Block first atom: 4493 Blocpdb> 38 atoms in block 99 Block first atom: 4534 Blocpdb> 53 atoms in block 100 Block first atom: 4572 Blocpdb> 39 atoms in block 101 Block first atom: 4625 Blocpdb> 58 atoms in block 102 Block first atom: 4664 Blocpdb> 46 atoms in block 103 Block first atom: 4722 Blocpdb> 56 atoms in block 104 Block first atom: 4768 Blocpdb> 50 atoms in block 105 Block first atom: 4824 Blocpdb> 49 atoms in block 106 Block first atom: 4874 Blocpdb> 39 atoms in block 107 Block first atom: 4923 Blocpdb> 49 atoms in block 108 Block first atom: 4962 Blocpdb> 35 atoms in block 109 Block first atom: 5011 Blocpdb> 53 atoms in block 110 Block first atom: 5046 Blocpdb> 43 atoms in block 111 Block first atom: 5099 Blocpdb> 63 atoms in block 112 Block first atom: 5142 Blocpdb> 52 atoms in block 113 Block first atom: 5205 Blocpdb> 48 atoms in block 114 Block first atom: 5257 Blocpdb> 33 atoms in block 115 Block first atom: 5305 Blocpdb> 38 atoms in block 116 Block first atom: 5338 Blocpdb> 40 atoms in block 117 Block first atom: 5376 Blocpdb> 38 atoms in block 118 Block first atom: 5416 Blocpdb> 33 atoms in block 119 Block first atom: 5454 Blocpdb> 55 atoms in block 120 Block first atom: 5487 Blocpdb> 33 atoms in block 121 Block first atom: 5542 Blocpdb> 46 atoms in block 122 Block first atom: 5575 Blocpdb> 40 atoms in block 123 Block first atom: 5621 Blocpdb> 48 atoms in block 124 Block first atom: 5661 Blocpdb> 50 atoms in block 125 Block first atom: 5709 Blocpdb> 48 atoms in block 126 Block first atom: 5759 Blocpdb> 48 atoms in block 127 Block first atom: 5807 Blocpdb> 49 atoms in block 128 Block first atom: 5855 Blocpdb> 35 atoms in block 129 Block first atom: 5904 Blocpdb> 57 atoms in block 130 Block first atom: 5939 Blocpdb> 55 atoms in block 131 Block first atom: 5996 Blocpdb> 50 atoms in block 132 Block first atom: 6051 Blocpdb> 67 atoms in block 133 Block first atom: 6101 Blocpdb> 43 atoms in block 134 Block first atom: 6168 Blocpdb> 44 atoms in block 135 Block first atom: 6211 Blocpdb> 40 atoms in block 136 Block first atom: 6255 Blocpdb> 39 atoms in block 137 Block first atom: 6295 Blocpdb> 33 atoms in block 138 Block first atom: 6334 Blocpdb> 41 atoms in block 139 Block first atom: 6367 Blocpdb> 41 atoms in block 140 Block first atom: 6408 Blocpdb> 44 atoms in block 141 Block first atom: 6449 Blocpdb> 28 atoms in block 142 Block first atom: 6493 Blocpdb> 54 atoms in block 143 Block first atom: 6521 Blocpdb> 55 atoms in block 144 Block first atom: 6575 Blocpdb> 42 atoms in block 145 Block first atom: 6630 Blocpdb> 38 atoms in block 146 Block first atom: 6672 Blocpdb> 43 atoms in block 147 Block first atom: 6710 Blocpdb> 69 atoms in block 148 Block first atom: 6753 Blocpdb> 48 atoms in block 149 Block first atom: 6822 Blocpdb> 52 atoms in block 150 Block first atom: 6870 Blocpdb> 40 atoms in block 151 Block first atom: 6922 Blocpdb> 52 atoms in block 152 Block first atom: 6962 Blocpdb> 41 atoms in block 153 Block first atom: 7014 Blocpdb> 51 atoms in block 154 Block first atom: 7055 Blocpdb> 57 atoms in block 155 Block first atom: 7106 Blocpdb> 50 atoms in block 156 Block first atom: 7163 Blocpdb> 50 atoms in block 157 Block first atom: 7213 Blocpdb> 52 atoms in block 158 Block first atom: 7263 Blocpdb> 42 atoms in block 159 Block first atom: 7315 Blocpdb> 42 atoms in block 160 Block first atom: 7357 Blocpdb> 49 atoms in block 161 Block first atom: 7399 Blocpdb> 40 atoms in block 162 Block first atom: 7448 Blocpdb> 59 atoms in block 163 Block first atom: 7488 Blocpdb> 44 atoms in block 164 Block first atom: 7547 Blocpdb> 47 atoms in block 165 Block first atom: 7591 Blocpdb> 39 atoms in block 166 Block first atom: 7638 Blocpdb> 51 atoms in block 167 Block first atom: 7677 Blocpdb> 64 atoms in block 168 Block first atom: 7728 Blocpdb> 35 atoms in block 169 Block first atom: 7792 Blocpdb> 51 atoms in block 170 Block first atom: 7827 Blocpdb> 40 atoms in block 171 Block first atom: 7878 Blocpdb> 62 atoms in block 172 Block first atom: 7918 Blocpdb> 25 atoms in block 173 Block first atom: 7980 Blocpdb> 48 atoms in block 174 Block first atom: 8005 Blocpdb> 55 atoms in block 175 Block first atom: 8053 Blocpdb> 46 atoms in block 176 Block first atom: 8108 Blocpdb> 37 atoms in block 177 Block first atom: 8154 Blocpdb> 3 atoms in block 178 Block first atom: 8191 %Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 179 i.e., less than what is required for a rigid body. %Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 8195th, in residue 536 %Blocpdb-Wn> It is merged with last block. Blocpdb> 178 blocks. Blocpdb> At most, 69 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 3 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 6110607 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 24585 Prepmat> Matrix trace = 13471420.0000 Prepmat> Last element read: 24585 24585 322.3272 Prepmat> 15932 lines saved. Prepmat> 13808 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 8195 RTB> Total mass = 8195.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 8195 RTB> Number of blocks = 178 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 465754.5622 RTB> 73758 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 1068 Diagstd> Nb of non-zero elements: 73758 Diagstd> Projected matrix trace = 465754.5622 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 1068 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 465754.5622 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 1.8259198 2.1359753 2.6071094 3.3745541 4.1255683 6.9282893 7.0249654 8.2868353 9.9968408 11.7155676 13.0731590 14.7904751 15.5336985 16.5461160 18.0483616 19.8438817 21.4027622 22.6497047 23.7771160 25.4536658 25.7870855 27.4408407 29.2312878 30.3249641 31.6580970 32.0327741 34.8659992 35.2220087 36.3934066 37.8535901 38.5294295 39.0866046 40.5765221 42.3806701 42.8434120 43.6435075 45.5693891 47.0459247 48.2887818 49.5350503 50.3913313 51.4271066 52.8969159 54.6302892 55.6407778 56.3685711 57.4008242 58.7993776 60.0193092 60.9189837 62.3530248 64.3973244 66.9335112 67.4010385 68.5549845 70.8223987 71.3165813 72.1435914 74.5801886 75.7486407 78.2661069 78.8761379 79.6402359 80.4155027 81.7047728 82.3622722 82.9060427 83.8821823 84.6051848 85.1835815 86.5051418 88.4626274 88.8275758 90.6519729 92.3529758 92.5360209 93.1742606 96.0038080 96.6854255 98.2423002 99.4139581 99.5604742 101.7339415 102.6115676 103.6386057 104.5755999 105.9121000 107.1187751 108.8163148 111.3058827 111.7967962 112.0727776 113.3174043 114.6074111 116.0270157 116.7151311 117.9137728 119.1618416 120.4641484 120.9986519 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034310 0.0034322 0.0034332 0.0034334 0.0034339 0.0034370 146.7358155 158.7060192 175.3375399 199.4818906 220.5652921 285.8303147 287.8176184 312.6004758 343.3417904 371.6866372 392.6318737 417.6248591 427.9891068 441.7161855 461.3326289 483.7362065 502.3775149 516.8048160 529.5108560 547.8610802 551.4376444 568.8450546 587.1096982 597.9920747 610.9950377 614.5999999 641.2041703 644.4694578 655.0985456 668.1113010 674.0491568 678.9053845 691.7237547 706.9345217 710.7834471 717.3896443 733.0471056 744.8284978 754.6027875 764.2783976 770.8558925 778.7379251 789.7878639 802.6237934 810.0127902 815.2931494 822.7243374 832.6867321 841.2804106 847.5622494 857.4800871 871.4233482 888.4174583 891.5148351 899.1140803 913.8619522 917.0447698 922.3466172 937.7930693 945.1107482 960.6875137 964.4241990 969.0842809 973.7896874 981.5648401 985.5063794 988.7542726 994.5580583 998.8350400 1002.2434532 1009.9880645 1021.3514205 1023.4560208 1033.9127961 1043.5679368 1044.6016091 1048.1978336 1063.9948115 1067.7652593 1076.3277597 1082.7269900 1083.5245568 1095.2877128 1100.0019154 1105.4931630 1110.4792878 1117.5528487 1123.9010561 1132.7714304 1145.6562780 1148.1799512 1149.5962753 1155.9620835 1162.5232070 1169.7009465 1173.1643613 1179.1730586 1185.3971630 1191.8570994 1194.4983276 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 8195 Rtb_to_modes> Number of blocs = 178 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9827E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9898E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9954E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9967E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9997E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0018E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.826 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.136 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.607 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.375 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.126 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.928 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.025 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.287 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.997 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.72 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.07 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.79 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.55 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.84 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.40 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.65 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.78 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.45 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.79 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.23 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.32 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.66 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.87 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.22 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.39 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.85 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.58 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.38 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.84 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.64 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.57 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.29 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.54 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.39 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.43 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.90 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.63 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.64 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.37 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.40 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.80 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.92 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.35 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.40 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.93 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.40 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.55 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.82 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.32 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.14 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.58 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.75 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 78.27 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 78.88 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.64 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 80.42 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.70 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 82.36 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 82.91 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.88 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 84.61 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 85.18 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.51 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 88.46 Rdmodfacs> Eigenvector number: 79 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 88.83 Rdmodfacs> Eigenvector number: 80 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 90.65 Rdmodfacs> Eigenvector number: 81 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.35 Rdmodfacs> Eigenvector number: 82 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.54 Rdmodfacs> Eigenvector number: 83 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 93.17 Rdmodfacs> Eigenvector number: 84 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.00 Rdmodfacs> Eigenvector number: 85 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.69 Rdmodfacs> Eigenvector number: 86 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.24 Rdmodfacs> Eigenvector number: 87 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.41 Rdmodfacs> Eigenvector number: 88 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.56 Rdmodfacs> Eigenvector number: 89 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 101.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 90 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 102.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 91 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 103.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 92 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 104.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 93 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 105.9 Rdmodfacs> Eigenvector number: 94 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 107.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 95 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 108.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 96 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 111.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 97 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 111.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 98 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 112.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 99 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 113.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 100 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 114.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 101 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 116.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 102 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 116.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 103 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 117.9 Rdmodfacs> Eigenvector number: 104 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 119.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 105 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 120.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 106 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 121.0 Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1068 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00004 1.00001 0.99999 1.00001 1.00002 0.99999 0.99999 1.00001 1.00002 1.00000 1.00000 1.00001 1.00001 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000 0.99997 1.00000 1.00000 1.00001 1.00001 0.99998 1.00000 1.00001 0.99999 0.99998 0.99996 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 0.99997 1.00002 1.00004 1.00000 1.00000 0.99999 1.00004 0.99998 0.99998 1.00001 1.00004 0.99999 0.99999 0.99999 1.00002 0.99999 0.99998 1.00003 1.00000 1.00001 0.99997 1.00001 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 0.99999 0.99998 1.00000 0.99998 1.00000 1.00002 0.99998 1.00003 1.00000 0.99999 1.00001 1.00002 0.99998 0.99998 0.99998 1.00000 1.00000 1.00002 0.99999 1.00000 0.99997 1.00002 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 1.00002 0.99998 1.00002 1.00001 0.99999 0.99998 0.99998 1.00002 0.99997 1.00001 1.00000 1.00000 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 147510 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00004 1.00001 0.99999 1.00001 1.00002 0.99999 0.99999 1.00001 1.00002 1.00000 1.00000 1.00001 1.00001 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000 0.99997 1.00000 1.00000 1.00001 1.00001 0.99998 1.00000 1.00001 0.99999 0.99998 0.99996 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 0.99997 1.00002 1.00004 1.00000 1.00000 0.99999 1.00004 0.99998 0.99998 1.00001 1.00004 0.99999 0.99999 0.99999 1.00002 0.99999 0.99998 1.00003 1.00000 1.00001 0.99997 1.00001 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 0.99999 0.99998 1.00000 0.99998 1.00000 1.00002 0.99998 1.00003 1.00000 0.99999 1.00001 1.00002 0.99998 0.99998 0.99998 1.00000 1.00000 1.00002 0.99999 1.00000 0.99997 1.00002 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 1.00002 0.99998 1.00002 1.00001 0.99999 0.99998 0.99998 1.00002 0.99997 1.00001 1.00000 1.00000 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2:-0.000 Vector 3:-0.000-0.000 Vector 4: 0.000-0.000 0.000 Vector 5: 0.000-0.000 0.000-0.000 Vector 6:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 Vector 7: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 Vector 8:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 Vector 9: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 Vector 10:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2407090205092692212.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2407090205092692212.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 2407090205092692212.atom Openam> file on opening on unit 11: 2407090205092692212.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 536 First residue number = 1 Last residue number = 536 Number of atoms found = 8195 Mean number per residue = 15.3 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9827E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9898E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9954E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9967E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9997E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0018E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.826 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.136 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.607 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.375 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.126 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.928 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.025 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.287 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.997 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.72 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.07 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.79 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.84 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.65 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.78 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.45 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.79 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.32 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.66 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.87 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.22 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.39 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.85 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.58 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.38 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.84 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.64 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.57 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.29 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.54 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.39 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.43 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.90 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.63 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.64 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.37 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.80 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.35 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.93 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.82 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.32 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.58 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.75 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.27 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.88 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.64 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.42 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.70 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.36 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.91 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.88 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.61 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.18 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.51 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.46 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.83 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.65 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.35 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.54 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.17 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.00 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.69 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.24 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.41 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 107.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 114.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 116.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 116.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 117.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 119.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 120.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 121.0 Bfactors> 106 vectors, 24585 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 1.826000 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) %Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant ! Bfactors> = 0.008 +/- 0.01 Bfactors> = 0.000 +/- 0.00 Bfactors> Shiftng-fct= -0.008 Bfactors> Scaling-fct= 0.000 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2407090205092692212.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2407090205092692212.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4308E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4321E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4330E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4332E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4369E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 146.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 158.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 175.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 199.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 220.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 285.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 287.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 312.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 343.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 371.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 392.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 417.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 427.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 441.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 461.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 483.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 502.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 516.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 529.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 547.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 551.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 568.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 587.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 597.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 611.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 614.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 641.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 644.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 655.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 668.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 674.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 678.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 691.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 706.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 710.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 717.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 733.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 744.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 754.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 764.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 770.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 778.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 789.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 802.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 810.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 815.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 822.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 832.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 841.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 847.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 857.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 871.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 888.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 891.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 899.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 913.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 917.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 922.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 937.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 945.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 960.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 964.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 969.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 973.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 981.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 985.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 988.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 994.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 998.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1002. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1010. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1021. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1023. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1034. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1044. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1045. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1048. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1064. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1068. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1076. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1083. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1083. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1095. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1100. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1105. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1111. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1117. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1124. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1133. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1146. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1148. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1150. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1156. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1162. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1170. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1173. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1179. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1186. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1192. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1194. Chkmod> 106 vectors, 24585 coordinates in file. Chkmod> That is: 8195 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. Chkmod> Normal end. 0.0034 0.9852 0.0034 0.7213 0.0034 0.8048 0.0034 0.8870 0.0034 0.8620 0.0034 0.7641 146.7327 0.3103 158.7001 0.4971 175.3263 0.3507 199.4865 0.2582 220.5674 0.2435 285.8121 0.3669 287.8060 0.2660 312.5902 0.4545 343.3298 0.4346 371.7410 0.1160 392.5676 0.2290 417.6002 0.4597 427.9198 0.4066 441.7491 0.0864 461.3338 0.3002 483.6681 0.4113 502.3235 0.3871 516.7860 0.2377 529.5202 0.3607 547.7981 0.0784 551.4451 0.2472 568.8119 0.4270 587.0716 0.4050 597.9175 0.1908 610.9872 0.2874 614.5470 0.1230 641.2134 0.1377 644.4234 0.3888 655.0398 0.3236 668.0509 0.2221 674.0252 0.3696 678.9057 0.2935 691.7237 0.2989 706.8986 0.3396 710.7246 0.2554 717.3300 0.2742 733.0206 0.3548 744.8288 0.2433 754.5799 0.3965 764.2838 0.3128 770.8126 0.2616 778.7264 0.3384 789.7770 0.1875 802.5872 0.3016 809.9724 0.4382 815.2685 0.4559 822.6831 0.3546 832.6554 0.2656 841.2491 0.3719 847.5329 0.2592 857.4225 0.4089 871.4040 0.4130 888.3560 0.3649 891.4697 0.1837 899.0428 0.1878 913.8072 0.3622 917.0274 0.4066 922.2841 0.3348 937.7516 0.1221 945.0787 0.3131 960.6702 0.4397 964.4064 0.3939 969.0412 0.3582 973.7751 0.3686 981.4940 0.3640 985.4505 0.2308 988.7354 0.3392 994.5024 0.4052 998.8206 0.1731 1002.1794 0.4435 1009.9731 0.4342 1021.2924 0.2600 1023.4261 0.5217 1033.8572 0.5353 1043.5063 0.3816 1044.5792 0.4660 1048.1289 0.4438 1063.9280 0.3803 1067.7447 0.5219 1076.2690 0.4189 1082.6590 0.4604 1083.4755 0.3823 1095.0580 0.4455 1099.8927 0.3396 1105.2398 0.1709 1110.5612 0.3337 1117.4410 0.4575 1123.7543 0.5502 1132.6379 0.4943 1145.5768 0.4592 1148.1471 0.4112 1149.6865 0.4012 1155.8237 0.4938 1162.4357 0.3188 1169.5146 0.3903 1173.0380 0.3566 1179.0536 0.3254 1185.5360 0.4027 1191.9833 0.4919 1194.4537 0.4104 getting mode 7 running: ../../bin/get_modes.sh 2407090205092692212 7 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 7 calculating perturbed structure for DQ=-100 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom making animated gifs 11 models are in 2407090205092692212.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2407090205092692212.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2407090205092692212.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 8 running: ../../bin/get_modes.sh 2407090205092692212 8 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 8 calculating perturbed structure for DQ=-100 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom making animated gifs 11 models are in 2407090205092692212.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2407090205092692212.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2407090205092692212.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 9 running: ../../bin/get_modes.sh 2407090205092692212 9 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 9 calculating perturbed structure for DQ=-100 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom making animated gifs 11 models are in 2407090205092692212.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2407090205092692212.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2407090205092692212.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 10 running: ../../bin/get_modes.sh 2407090205092692212 10 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 10 calculating perturbed structure for DQ=-100 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom making animated gifs 11 models are in 2407090205092692212.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2407090205092692212.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2407090205092692212.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 11 running: ../../bin/get_modes.sh 2407090205092692212 11 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 11 calculating perturbed structure for DQ=-100 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2407090205092692212.eigenfacs 2407090205092692212.atom making animated gifs 11 models are in 2407090205092692212.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2407090205092692212.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2407090205092692212.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 2407090205092692212.10.pdb 2407090205092692212.11.pdb 2407090205092692212.7.pdb 2407090205092692212.8.pdb 2407090205092692212.9.pdb STDERR: Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL real 0m41.248s user 0m41.000s sys 0m0.216s rm: cannot remove '2407090205092692212.sdijf': No such file or directory pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format




If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:

elNémo is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Last modification: April 25th, 2023.