*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2407051440252305910.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2407051440252305910.atom to be opened.
Openam> File opened: 2407051440252305910.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 388
First residue number = 1
Last residue number = 388
Number of atoms found = 5984
Mean number per residue = 15.4
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 0.379675 +/- 12.076605 From: -33.276000 To: 30.040000
= -0.837314 +/- 12.042307 From: -33.964000 To: 25.242000
= -1.400502 +/- 11.132692 From: -30.825000 To: 30.311000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.7013 % Filled.
Pdbmat> 4353107 non-zero elements.
Pdbmat> 479767 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 160.35 +/- 46.64
Maximum number = 245
Minimum number = 20
Pdbmat> Matrix trace = 9.595340E+06
Pdbmat> Larger element = 873.227
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
388 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2407051440252305910.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2407051440252305910.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2407051440252305910.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 5984 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 388 residues.
Blocpdb> 23 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 43 atoms in block 2
Block first atom: 24
Blocpdb> 24 atoms in block 3
Block first atom: 67
Blocpdb> 22 atoms in block 4
Block first atom: 91
Blocpdb> 33 atoms in block 5
Block first atom: 113
Blocpdb> 35 atoms in block 6
Block first atom: 146
Blocpdb> 36 atoms in block 7
Block first atom: 181
Blocpdb> 27 atoms in block 8
Block first atom: 217
Blocpdb> 21 atoms in block 9
Block first atom: 244
Blocpdb> 31 atoms in block 10
Block first atom: 265
Blocpdb> 39 atoms in block 11
Block first atom: 296
Blocpdb> 32 atoms in block 12
Block first atom: 335
Blocpdb> 27 atoms in block 13
Block first atom: 367
Blocpdb> 42 atoms in block 14
Block first atom: 394
Blocpdb> 45 atoms in block 15
Block first atom: 436
Blocpdb> 14 atoms in block 16
Block first atom: 481
Blocpdb> 40 atoms in block 17
Block first atom: 495
Blocpdb> 19 atoms in block 18
Block first atom: 535
Blocpdb> 34 atoms in block 19
Block first atom: 554
Blocpdb> 41 atoms in block 20
Block first atom: 588
Blocpdb> 33 atoms in block 21
Block first atom: 629
Blocpdb> 26 atoms in block 22
Block first atom: 662
Blocpdb> 27 atoms in block 23
Block first atom: 688
Blocpdb> 38 atoms in block 24
Block first atom: 715
Blocpdb> 35 atoms in block 25
Block first atom: 753
Blocpdb> 29 atoms in block 26
Block first atom: 788
Blocpdb> 23 atoms in block 27
Block first atom: 817
Blocpdb> 33 atoms in block 28
Block first atom: 840
Blocpdb> 22 atoms in block 29
Block first atom: 873
Blocpdb> 38 atoms in block 30
Block first atom: 895
Blocpdb> 36 atoms in block 31
Block first atom: 933
Blocpdb> 21 atoms in block 32
Block first atom: 969
Blocpdb> 25 atoms in block 33
Block first atom: 990
Blocpdb> 31 atoms in block 34
Block first atom: 1015
Blocpdb> 36 atoms in block 35
Block first atom: 1046
Blocpdb> 23 atoms in block 36
Block first atom: 1082
Blocpdb> 21 atoms in block 37
Block first atom: 1105
Blocpdb> 28 atoms in block 38
Block first atom: 1126
Blocpdb> 28 atoms in block 39
Block first atom: 1154
Blocpdb> 20 atoms in block 40
Block first atom: 1182
Blocpdb> 28 atoms in block 41
Block first atom: 1202
Blocpdb> 32 atoms in block 42
Block first atom: 1230
Blocpdb> 24 atoms in block 43
Block first atom: 1262
Blocpdb> 27 atoms in block 44
Block first atom: 1286
Blocpdb> 44 atoms in block 45
Block first atom: 1313
Blocpdb> 31 atoms in block 46
Block first atom: 1357
Blocpdb> 35 atoms in block 47
Block first atom: 1388
Blocpdb> 21 atoms in block 48
Block first atom: 1423
Blocpdb> 38 atoms in block 49
Block first atom: 1444
Blocpdb> 29 atoms in block 50
Block first atom: 1482
Blocpdb> 41 atoms in block 51
Block first atom: 1511
Blocpdb> 31 atoms in block 52
Block first atom: 1552
Blocpdb> 31 atoms in block 53
Block first atom: 1583
Blocpdb> 37 atoms in block 54
Block first atom: 1614
Blocpdb> 38 atoms in block 55
Block first atom: 1651
Blocpdb> 27 atoms in block 56
Block first atom: 1689
Blocpdb> 28 atoms in block 57
Block first atom: 1716
Blocpdb> 14 atoms in block 58
Block first atom: 1744
Blocpdb> 31 atoms in block 59
Block first atom: 1758
Blocpdb> 34 atoms in block 60
Block first atom: 1789
Blocpdb> 36 atoms in block 61
Block first atom: 1823
Blocpdb> 27 atoms in block 62
Block first atom: 1859
Blocpdb> 38 atoms in block 63
Block first atom: 1886
Blocpdb> 29 atoms in block 64
Block first atom: 1924
Blocpdb> 18 atoms in block 65
Block first atom: 1953
Blocpdb> 32 atoms in block 66
Block first atom: 1971
Blocpdb> 39 atoms in block 67
Block first atom: 2003
Blocpdb> 36 atoms in block 68
Block first atom: 2042
Blocpdb> 32 atoms in block 69
Block first atom: 2078
Blocpdb> 27 atoms in block 70
Block first atom: 2110
Blocpdb> 30 atoms in block 71
Block first atom: 2137
Blocpdb> 30 atoms in block 72
Block first atom: 2167
Blocpdb> 25 atoms in block 73
Block first atom: 2197
Blocpdb> 39 atoms in block 74
Block first atom: 2222
Blocpdb> 22 atoms in block 75
Block first atom: 2261
Blocpdb> 24 atoms in block 76
Block first atom: 2283
Blocpdb> 37 atoms in block 77
Block first atom: 2307
Blocpdb> 35 atoms in block 78
Block first atom: 2344
Blocpdb> 27 atoms in block 79
Block first atom: 2379
Blocpdb> 28 atoms in block 80
Block first atom: 2406
Blocpdb> 29 atoms in block 81
Block first atom: 2434
Blocpdb> 28 atoms in block 82
Block first atom: 2463
Blocpdb> 29 atoms in block 83
Block first atom: 2491
Blocpdb> 21 atoms in block 84
Block first atom: 2520
Blocpdb> 33 atoms in block 85
Block first atom: 2541
Blocpdb> 25 atoms in block 86
Block first atom: 2574
Blocpdb> 33 atoms in block 87
Block first atom: 2599
Blocpdb> 32 atoms in block 88
Block first atom: 2632
Blocpdb> 26 atoms in block 89
Block first atom: 2664
Blocpdb> 44 atoms in block 90
Block first atom: 2690
Blocpdb> 32 atoms in block 91
Block first atom: 2734
Blocpdb> 36 atoms in block 92
Block first atom: 2766
Blocpdb> 32 atoms in block 93
Block first atom: 2802
Blocpdb> 35 atoms in block 94
Block first atom: 2834
Blocpdb> 25 atoms in block 95
Block first atom: 2869
Blocpdb> 20 atoms in block 96
Block first atom: 2894
Blocpdb> 26 atoms in block 97
Block first atom: 2914
Blocpdb> 25 atoms in block 98
Block first atom: 2940
Blocpdb> 30 atoms in block 99
Block first atom: 2965
Blocpdb> 35 atoms in block 100
Block first atom: 2995
Blocpdb> 28 atoms in block 101
Block first atom: 3030
Blocpdb> 37 atoms in block 102
Block first atom: 3058
Blocpdb> 32 atoms in block 103
Block first atom: 3095
Blocpdb> 41 atoms in block 104
Block first atom: 3127
Blocpdb> 29 atoms in block 105
Block first atom: 3168
Blocpdb> 31 atoms in block 106
Block first atom: 3197
Blocpdb> 43 atoms in block 107
Block first atom: 3228
Blocpdb> 41 atoms in block 108
Block first atom: 3271
Blocpdb> 21 atoms in block 109
Block first atom: 3312
Blocpdb> 26 atoms in block 110
Block first atom: 3333
Blocpdb> 32 atoms in block 111
Block first atom: 3359
Blocpdb> 38 atoms in block 112
Block first atom: 3391
Blocpdb> 35 atoms in block 113
Block first atom: 3429
Blocpdb> 43 atoms in block 114
Block first atom: 3464
Blocpdb> 46 atoms in block 115
Block first atom: 3507
Blocpdb> 25 atoms in block 116
Block first atom: 3553
Blocpdb> 40 atoms in block 117
Block first atom: 3578
Blocpdb> 25 atoms in block 118
Block first atom: 3618
Blocpdb> 26 atoms in block 119
Block first atom: 3643
Blocpdb> 24 atoms in block 120
Block first atom: 3669
Blocpdb> 45 atoms in block 121
Block first atom: 3693
Blocpdb> 31 atoms in block 122
Block first atom: 3738
Blocpdb> 27 atoms in block 123
Block first atom: 3769
Blocpdb> 18 atoms in block 124
Block first atom: 3796
Blocpdb> 25 atoms in block 125
Block first atom: 3814
Blocpdb> 41 atoms in block 126
Block first atom: 3839
Blocpdb> 31 atoms in block 127
Block first atom: 3880
Blocpdb> 40 atoms in block 128
Block first atom: 3911
Blocpdb> 27 atoms in block 129
Block first atom: 3951
Blocpdb> 25 atoms in block 130
Block first atom: 3978
Blocpdb> 28 atoms in block 131
Block first atom: 4003
Blocpdb> 42 atoms in block 132
Block first atom: 4031
Blocpdb> 30 atoms in block 133
Block first atom: 4073
Blocpdb> 31 atoms in block 134
Block first atom: 4103
Blocpdb> 29 atoms in block 135
Block first atom: 4134
Blocpdb> 38 atoms in block 136
Block first atom: 4163
Blocpdb> 45 atoms in block 137
Block first atom: 4201
Blocpdb> 17 atoms in block 138
Block first atom: 4246
Blocpdb> 33 atoms in block 139
Block first atom: 4263
Blocpdb> 21 atoms in block 140
Block first atom: 4296
Blocpdb> 38 atoms in block 141
Block first atom: 4317
Blocpdb> 29 atoms in block 142
Block first atom: 4355
Blocpdb> 26 atoms in block 143
Block first atom: 4384
Blocpdb> 31 atoms in block 144
Block first atom: 4410
Blocpdb> 30 atoms in block 145
Block first atom: 4441
Blocpdb> 21 atoms in block 146
Block first atom: 4471
Blocpdb> 32 atoms in block 147
Block first atom: 4492
Blocpdb> 21 atoms in block 148
Block first atom: 4524
Blocpdb> 34 atoms in block 149
Block first atom: 4545
Blocpdb> 26 atoms in block 150
Block first atom: 4579
Blocpdb> 32 atoms in block 151
Block first atom: 4605
Blocpdb> 38 atoms in block 152
Block first atom: 4637
Blocpdb> 28 atoms in block 153
Block first atom: 4675
Blocpdb> 26 atoms in block 154
Block first atom: 4703
Blocpdb> 31 atoms in block 155
Block first atom: 4729
Blocpdb> 36 atoms in block 156
Block first atom: 4760
Blocpdb> 43 atoms in block 157
Block first atom: 4796
Blocpdb> 29 atoms in block 158
Block first atom: 4839
Blocpdb> 19 atoms in block 159
Block first atom: 4868
Blocpdb> 35 atoms in block 160
Block first atom: 4887
Blocpdb> 28 atoms in block 161
Block first atom: 4922
Blocpdb> 27 atoms in block 162
Block first atom: 4950
Blocpdb> 31 atoms in block 163
Block first atom: 4977
Blocpdb> 21 atoms in block 164
Block first atom: 5008
Blocpdb> 46 atoms in block 165
Block first atom: 5029
Blocpdb> 18 atoms in block 166
Block first atom: 5075
Blocpdb> 23 atoms in block 167
Block first atom: 5093
Blocpdb> 43 atoms in block 168
Block first atom: 5116
Blocpdb> 30 atoms in block 169
Block first atom: 5159
Blocpdb> 33 atoms in block 170
Block first atom: 5189
Blocpdb> 21 atoms in block 171
Block first atom: 5222
Blocpdb> 41 atoms in block 172
Block first atom: 5243
Blocpdb> 29 atoms in block 173
Block first atom: 5284
Blocpdb> 40 atoms in block 174
Block first atom: 5313
Blocpdb> 26 atoms in block 175
Block first atom: 5353
Blocpdb> 24 atoms in block 176
Block first atom: 5379
Blocpdb> 35 atoms in block 177
Block first atom: 5403
Blocpdb> 30 atoms in block 178
Block first atom: 5438
Blocpdb> 29 atoms in block 179
Block first atom: 5468
Blocpdb> 34 atoms in block 180
Block first atom: 5497
Blocpdb> 38 atoms in block 181
Block first atom: 5531
Blocpdb> 23 atoms in block 182
Block first atom: 5569
Blocpdb> 26 atoms in block 183
Block first atom: 5592
Blocpdb> 28 atoms in block 184
Block first atom: 5618
Blocpdb> 31 atoms in block 185
Block first atom: 5646
Blocpdb> 31 atoms in block 186
Block first atom: 5677
Blocpdb> 34 atoms in block 187
Block first atom: 5708
Blocpdb> 41 atoms in block 188
Block first atom: 5742
Blocpdb> 43 atoms in block 189
Block first atom: 5783
Blocpdb> 29 atoms in block 190
Block first atom: 5826
Blocpdb> 32 atoms in block 191
Block first atom: 5855
Blocpdb> 29 atoms in block 192
Block first atom: 5887
Blocpdb> 30 atoms in block 193
Block first atom: 5916
Blocpdb> 39 atoms in block 194
Block first atom: 5945
Blocpdb> 194 blocks.
Blocpdb> At most, 46 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 14 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 4353301 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 17952
Prepmat> Matrix trace = 9595340.0000
Prepmat> Last element read: 17952 17952 368.0663
Prepmat> 18916 lines saved.
Prepmat> 16308 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 5984
RTB> Total mass = 5984.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 5984
RTB> Number of blocks = 194
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 531533.4079
RTB> 90942 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1164
Diagstd> Nb of non-zero elements: 90942
Diagstd> Projected matrix trace = 531533.4079
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1164 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 531533.4079
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 7.1033686 9.1182743 11.9460511 13.1007852
14.3456759 14.9180775 16.3484200 18.2711181 20.6017548
21.1274883 23.2937509 24.0928159 26.5708389 27.1013081
27.5577744 29.0366067 30.9798860 31.5996002 32.4642441
34.6740741 35.1872665 36.5643149 37.5474895 37.9458542
38.9991714 40.3636337 42.9931503 44.9044108 45.1894728
47.5210076 47.7883449 49.8802674 50.9050812 52.1568738
53.6617857 54.0001811 54.8593513 56.3863036 57.2884943
59.0521833 61.4267283 63.3653927 64.1640834 64.9381648
65.5706338 67.6578997 68.8270851 70.8918422 71.2348422
72.2917146 72.9181489 74.5588691 75.2589326 77.2789336
79.3675995 80.3934809 81.4630665 83.3295074 84.9485847
85.6128727 86.8680294 88.8604484 89.5940289 91.5094030
92.1668916 93.7915022 94.3633791 96.7480191 97.3994932
98.5710535 98.8669442 100.2249897 100.9018827 102.7503315
104.5837519 105.3779197 106.9750371 108.2874520 109.4470022
111.2193068 111.9732781 113.0586868 113.7801570 116.3413598
116.8280141 117.7494898 118.0483008 119.0934316 119.7091836
122.3314255 123.6414414 124.7083596 125.3489463 126.6574561
127.2262017 128.9945116 129.7539272 130.5684279 132.5376252
132.8227951
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034305 0.0034321 0.0034326 0.0034348 0.0034353
0.0034378 289.4192787 327.9076935 375.3249748 393.0465087
411.2972332 419.4224855 439.0694028 464.1708278 492.8870266
499.1363693 524.1010059 533.0145459 559.7549126 565.3148669
570.0557759 585.1513499 604.4149359 610.4302885 618.7253752
639.4369332 644.1515338 656.6349587 665.4044980 668.9250301
678.1456345 689.9067731 712.0244624 727.6788984 729.9849687
748.5797945 750.6824713 766.9369585 774.7754441 784.2437323
795.4773910 797.9816202 804.3047139 815.4213774 821.9189327
834.4748647 851.0870311 864.4131117 869.8438104 875.0750187
879.3261142 893.2119739 900.8966434 914.3098771 916.5190865
923.2930003 927.2847081 937.6590215 942.0507669 954.6096945
967.4241017 973.6563418 980.1118887 991.2762191 1000.8600489
1004.7657331 1012.1042889 1023.6453794 1027.8620072 1038.7909115
1042.5160517 1051.6640449 1054.8653392 1068.1108365 1071.7009825
1078.1271416 1079.7440906 1087.1345304 1090.7994621 1100.7454429
1110.5225692 1114.7310304 1123.1467460 1130.0153627 1136.0493973
1145.2106343 1149.0858498 1154.6417279 1158.3199718 1171.2843704
1173.7315469 1178.3513327 1179.8455272 1185.0568501 1188.1164660
1201.0588801 1207.4726709 1212.6712000 1215.7817614 1222.1110216
1224.8518462 1233.3345467 1236.9596584 1240.8359506 1250.1579086
1251.5021150
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 5984
Rtb_to_modes> Number of blocs = 194
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 84.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 85.61
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.87
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 91.51
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 93.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.87
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 116.3
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 132.8
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1164 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 107712 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000
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1.00001 0.99999 1.00001 0.99999 0.99997
0.99997 0.99997 1.00001 1.00000 1.00001
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1.00001 1.00000 1.00001 1.00002 1.00000
1.00001 1.00000 1.00001 0.99997 1.00001
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1.00002 0.99999 1.00000 1.00002 1.00001
1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000-0.000
Vector 5:-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 6:-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 7:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 8: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 9: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 10:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2407051440252305910.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2407051440252305910.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2407051440252305910.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2407051440252305910.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 388
First residue number = 1
Last residue number = 388
Number of atoms found = 5984
Mean number per residue = 15.4
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9921E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0008E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.103
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.118
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.4
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 116.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 116.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 117.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 118.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 119.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 119.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 122.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 123.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 124.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 125.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 126.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 127.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 129.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 129.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 130.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 132.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 132.8
Bfactors> 106 vectors, 17952 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 7.103000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.210 for 388 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.005 +/- 0.01
Bfactors> = 93.841 +/- 7.52
Bfactors> Shiftng-fct= 93.836
Bfactors> Scaling-fct= 1161.942
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2407051440252305910.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2407051440252305910.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4304E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4319E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4325E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4347E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4352E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4376E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 289.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 327.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 375.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 393.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 411.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 419.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 439.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 464.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 492.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 499.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 524.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 533.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 559.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 565.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 570.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 585.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 604.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 610.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 618.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 639.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 644.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 656.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 665.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 668.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 678.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 689.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 712.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 727.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 730.0
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 748.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 750.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 766.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 774.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 784.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 795.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 797.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 804.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 815.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 821.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 834.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 851.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 864.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 869.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 875.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 879.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 893.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 900.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 914.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 916.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 923.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 927.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 937.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 942.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 954.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 967.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 973.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 980.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 991.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1001.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1005.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1012.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1024.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1028.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1039.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1042.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1052.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1055.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1068.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1072.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1078.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1080.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1087.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1091.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1101.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1111.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1115.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1123.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1130.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1136.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1145.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1149.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1155.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1158.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1171.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1174.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1178.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1180.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1185.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1188.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1201.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1207.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1213.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1215.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1222.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1225.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1233.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1237.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1241.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1250.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1251.
Chkmod> 106 vectors, 17952 coordinates in file.
Chkmod> That is: 5984 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.9647
0.0034 0.8138
0.0034 0.7502
0.0034 0.8989
0.0034 0.9727
0.0034 0.7701
289.3993 0.3155
327.8887 0.0567
375.3709 0.3163
393.0179 0.2678
411.3416 0.3285
419.4315 0.3414
439.0718 0.2281
464.1367 0.3600
492.8449 0.2356
499.1446 0.2491
524.0363 0.1116
532.9605 0.1277
559.7220 0.3806
565.2770 0.1313
570.0543 0.3336
585.1604 0.4154
604.3901 0.3210
610.4079 0.2460
618.6584 0.2486
639.3719 0.3524
644.1489 0.4741
656.5680 0.1244
665.3982 0.5853
668.9329 0.4150
678.1237 0.3220
689.8461 0.4016
711.9678 0.4371
727.6119 0.4015
729.9579 0.2633
748.5397 0.4337
750.6632 0.2726
766.9020 0.2964
774.7796 0.2921
784.2336 0.2011
795.4300 0.2385
797.9460 0.1835
804.2749 0.4013
815.4131 0.2906
821.8945 0.3959
834.4236 0.3539
851.0732 0.3659
864.4074 0.3718
869.7788 0.3799
875.0498 0.2599
879.2841 0.3280
893.1875 0.3782
900.8770 0.3904
914.2587 0.2975
916.4486 0.2883
923.2424 0.4416
927.2567 0.3510
937.6259 0.4426
942.0170 0.3668
954.5753 0.4107
967.3972 0.4139
973.5935 0.3176
980.0514 0.4837
991.2366 0.4141
1000.8254 0.3440
1004.7057 0.3777
1012.0723 0.4387
1023.5989 0.4329
1027.7948 0.4458
1038.7497 0.3375
1042.4889 0.4463
1051.6105 0.4655
1054.8012 0.3300
1068.0759 0.3582
1071.6578 0.4480
1078.0751 0.3772
1079.7144 0.4380
1086.9523 0.4359
1090.7425 0.5027
1100.9642 0.3863
1110.5612 0.3600
1114.8000 0.4036
1123.2296 0.3466
1130.0323 0.3744
1135.7567 0.3981
1145.0621 0.3688
1149.1736 0.4424
1154.8031 0.3681
1158.3712 0.3917
1171.0259 0.5278
1173.5404 0.4701
1178.0531 0.3630
1179.5535 0.3327
1185.0387 0.4228
1188.0199 0.4851
1200.8530 0.4388
1207.2185 0.2374
1212.5785 0.2680
1215.4922 0.3761
1222.2638 0.3540
1224.6731 0.3657
1233.3078 0.4569
1237.1261 0.3673
1240.9327 0.4534
1249.9268 0.5197
1251.3410 0.4681
project conformational change on normal modes
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 2407051440252305910.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2407051440252305910.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 2407051440252305910.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2407051440252305910.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 2407051440252305910.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
2407051440252305910.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4304E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4319E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4325E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4347E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4352E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4376E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 289.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 327.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 375.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 393.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 411.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 419.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 439.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 464.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 492.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 499.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 524.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 533.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 559.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 565.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 570.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 585.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 604.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 610.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 618.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 639.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 644.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 656.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 665.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 668.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 678.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 689.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 712.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 727.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 730.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 748.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 750.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 766.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 774.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 784.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 795.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 797.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 804.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 815.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 821.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 834.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 851.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 864.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 869.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 875.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 879.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 893.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 900.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 914.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 916.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 923.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 927.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 937.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 942.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 954.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 967.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 973.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 980.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 991.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1001.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1005.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1012.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1024.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1028.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1039.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1042.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1052.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1055.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1068.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1072.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1078.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1080.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1087.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1091.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1101.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1111.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1115.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1123.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1130.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1136.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1145.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1149.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1155.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1158.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1171.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1174.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1178.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1180.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1185.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1188.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1201.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1207.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1213.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1215.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1222.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1225.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1233.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1237.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1241.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1250.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1251.
Projmod> 106 vectors, 17952 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 388
First residue number = 1
Last residue number = 388
Number of atoms found = 5984
Mean number per residue = 15.4
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 388
First residue number = 1
Last residue number = 388
Number of atoms found = 5983
Mean number per residue = 15.4
%Projmod-Wn> Different number of atoms for the other conformer.
%Projmod-Er> Not enough of them.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2407051440252305910 7 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2407051440252305910.eigenfacs
2407051440252305910.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2407051440252305910.eigenfacs
2407051440252305910.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2407051440252305910.eigenfacs
2407051440252305910.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2407051440252305910.eigenfacs
2407051440252305910.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2407051440252305910.eigenfacs
2407051440252305910.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2407051440252305910.eigenfacs
2407051440252305910.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2407051440252305910.eigenfacs
2407051440252305910.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2407051440252305910.eigenfacs
2407051440252305910.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2407051440252305910.eigenfacs
2407051440252305910.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2407051440252305910.eigenfacs
2407051440252305910.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2407051440252305910.eigenfacs
2407051440252305910.atom
making animated gifs
11 models are in 2407051440252305910.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2407051440252305910.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2407051440252305910.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-100 388 1.814 362 1.348
MODEL 2 MODE=7 DQ=-80 388 1.697 361 1.295
MODEL 3 MODE=7 DQ=-60 388 1.613 367 1.315
MODEL 4 MODE=7 DQ=-40 388 1.565 369 1.304
MODEL 5 MODE=7 DQ=-20 388 1.558 369 1.289
MODEL 6 MODE=7 DQ=0 388 1.591 367 1.292
MODEL 7 MODE=7 DQ=20 388 1.664 363 1.318
MODEL 8 MODE=7 DQ=40 388 1.769 359 1.372
MODEL 9 MODE=7 DQ=60 388 1.904 351 1.419
MODEL 10 MODE=7 DQ=80 388 2.060 341 1.448
MODEL 11 MODE=7 DQ=100 388 2.235 333 1.512
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2407051440252305910 8 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
2407051440252305910.eigenfacs
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MODEL 1 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-100 388 2.239 355 1.375
MODEL 2 MODE=8 DQ=-80 388 2.071 358 1.361
MODEL 3 MODE=8 DQ=-60 388 1.918 360 1.335
MODEL 4 MODE=8 DQ=-40 388 1.784 361 1.306
MODEL 5 MODE=8 DQ=-20 388 1.673 363 1.290
MODEL 6 MODE=8 DQ=0 388 1.591 367 1.292
MODEL 7 MODE=8 DQ=20 388 1.542 369 1.274
MODEL 8 MODE=8 DQ=40 388 1.530 370 1.278
MODEL 9 MODE=8 DQ=60 388 1.554 369 1.294
MODEL 10 MODE=8 DQ=80 388 1.614 370 1.339
MODEL 11 MODE=8 DQ=100 388 1.705 369 1.370
getting mode 9
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normal mode computation
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-100 388 1.892 356 1.403
MODEL 2 MODE=9 DQ=-80 388 1.767 360 1.335
MODEL 3 MODE=9 DQ=-60 388 1.670 365 1.306
MODEL 4 MODE=9 DQ=-40 388 1.606 367 1.276
MODEL 5 MODE=9 DQ=-20 388 1.579 368 1.273
MODEL 6 MODE=9 DQ=0 388 1.591 367 1.292
MODEL 7 MODE=9 DQ=20 388 1.642 365 1.335
MODEL 8 MODE=9 DQ=40 388 1.727 364 1.410
MODEL 9 MODE=9 DQ=60 388 1.842 352 1.419
MODEL 10 MODE=9 DQ=80 388 1.982 352 1.521
MODEL 11 MODE=9 DQ=100 388 2.142 348 1.611
getting mode 10
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2407051440252305910.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-100 388 1.936 351 1.402
MODEL 2 MODE=10 DQ=-80 388 1.802 359 1.391
MODEL 3 MODE=10 DQ=-60 388 1.696 366 1.376
MODEL 4 MODE=10 DQ=-40 388 1.622 368 1.340
MODEL 5 MODE=10 DQ=-20 388 1.587 370 1.320
MODEL 6 MODE=10 DQ=0 388 1.591 367 1.292
MODEL 7 MODE=10 DQ=20 388 1.636 363 1.290
MODEL 8 MODE=10 DQ=40 388 1.717 360 1.322
MODEL 9 MODE=10 DQ=60 388 1.831 355 1.352
MODEL 10 MODE=10 DQ=80 388 1.970 348 1.379
MODEL 11 MODE=10 DQ=100 388 2.131 338 1.386
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2407051440252305910 11 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-100 388 2.009 353 1.374
MODEL 2 MODE=11 DQ=-80 388 1.866 358 1.331
MODEL 3 MODE=11 DQ=-60 388 1.748 362 1.295
MODEL 4 MODE=11 DQ=-40 388 1.660 365 1.279
MODEL 5 MODE=11 DQ=-20 388 1.606 366 1.269
MODEL 6 MODE=11 DQ=0 388 1.591 367 1.292
MODEL 7 MODE=11 DQ=20 388 1.616 368 1.349
MODEL 8 MODE=11 DQ=40 388 1.678 365 1.402
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MODEL 10 MODE=11 DQ=80 388 1.898 353 1.500
MODEL 11 MODE=11 DQ=100 388 2.046 349 1.557
2407051440252305910.10.pdb
2407051440252305910.11.pdb
2407051440252305910.7.pdb
2407051440252305910.8.pdb
2407051440252305910.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m34.393s
user 0m34.261s
sys 0m0.108s
rm: cannot remove '2407051440252305910.sdijf': No such file or directory
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