*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2407051425092282339.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2407051425092282339.atom to be opened.
Openam> File opened: 2407051425092282339.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 388
First residue number = 1
Last residue number = 388
Number of atoms found = 5989
Mean number per residue = 15.4
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 1.117891 +/- 10.643449 From: -24.531000 To: 29.392000
= 1.021312 +/- 11.962575 From: -31.135000 To: 28.524000
= -0.384549 +/- 12.504048 From: -31.473000 To: 28.111000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.7047 % Filled.
Pdbmat> 4365842 non-zero elements.
Pdbmat> 481182 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 160.69 +/- 47.36
Maximum number = 245
Minimum number = 23
Pdbmat> Matrix trace = 9.623640E+06
Pdbmat> Larger element = 886.247
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
388 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2407051425092282339.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2407051425092282339.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2407051425092282339.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 5989 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 388 residues.
Blocpdb> 23 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 43 atoms in block 2
Block first atom: 24
Blocpdb> 24 atoms in block 3
Block first atom: 67
Blocpdb> 22 atoms in block 4
Block first atom: 91
Blocpdb> 33 atoms in block 5
Block first atom: 113
Blocpdb> 35 atoms in block 6
Block first atom: 146
Blocpdb> 36 atoms in block 7
Block first atom: 181
Blocpdb> 27 atoms in block 8
Block first atom: 217
Blocpdb> 21 atoms in block 9
Block first atom: 244
Blocpdb> 31 atoms in block 10
Block first atom: 265
Blocpdb> 39 atoms in block 11
Block first atom: 296
Blocpdb> 32 atoms in block 12
Block first atom: 335
Blocpdb> 27 atoms in block 13
Block first atom: 367
Blocpdb> 42 atoms in block 14
Block first atom: 394
Blocpdb> 44 atoms in block 15
Block first atom: 436
Blocpdb> 14 atoms in block 16
Block first atom: 480
Blocpdb> 40 atoms in block 17
Block first atom: 494
Blocpdb> 19 atoms in block 18
Block first atom: 534
Blocpdb> 34 atoms in block 19
Block first atom: 553
Blocpdb> 41 atoms in block 20
Block first atom: 587
Blocpdb> 33 atoms in block 21
Block first atom: 628
Blocpdb> 26 atoms in block 22
Block first atom: 661
Blocpdb> 28 atoms in block 23
Block first atom: 687
Blocpdb> 38 atoms in block 24
Block first atom: 715
Blocpdb> 35 atoms in block 25
Block first atom: 753
Blocpdb> 29 atoms in block 26
Block first atom: 788
Blocpdb> 23 atoms in block 27
Block first atom: 817
Blocpdb> 33 atoms in block 28
Block first atom: 840
Blocpdb> 22 atoms in block 29
Block first atom: 873
Blocpdb> 38 atoms in block 30
Block first atom: 895
Blocpdb> 36 atoms in block 31
Block first atom: 933
Blocpdb> 21 atoms in block 32
Block first atom: 969
Blocpdb> 25 atoms in block 33
Block first atom: 990
Blocpdb> 31 atoms in block 34
Block first atom: 1015
Blocpdb> 36 atoms in block 35
Block first atom: 1046
Blocpdb> 23 atoms in block 36
Block first atom: 1082
Blocpdb> 21 atoms in block 37
Block first atom: 1105
Blocpdb> 28 atoms in block 38
Block first atom: 1126
Blocpdb> 28 atoms in block 39
Block first atom: 1154
Blocpdb> 20 atoms in block 40
Block first atom: 1182
Blocpdb> 28 atoms in block 41
Block first atom: 1202
Blocpdb> 32 atoms in block 42
Block first atom: 1230
Blocpdb> 24 atoms in block 43
Block first atom: 1262
Blocpdb> 27 atoms in block 44
Block first atom: 1286
Blocpdb> 44 atoms in block 45
Block first atom: 1313
Blocpdb> 31 atoms in block 46
Block first atom: 1357
Blocpdb> 35 atoms in block 47
Block first atom: 1388
Blocpdb> 21 atoms in block 48
Block first atom: 1423
Blocpdb> 38 atoms in block 49
Block first atom: 1444
Blocpdb> 29 atoms in block 50
Block first atom: 1482
Blocpdb> 41 atoms in block 51
Block first atom: 1511
Blocpdb> 31 atoms in block 52
Block first atom: 1552
Blocpdb> 31 atoms in block 53
Block first atom: 1583
Blocpdb> 37 atoms in block 54
Block first atom: 1614
Blocpdb> 38 atoms in block 55
Block first atom: 1651
Blocpdb> 27 atoms in block 56
Block first atom: 1689
Blocpdb> 28 atoms in block 57
Block first atom: 1716
Blocpdb> 14 atoms in block 58
Block first atom: 1744
Blocpdb> 31 atoms in block 59
Block first atom: 1758
Blocpdb> 34 atoms in block 60
Block first atom: 1789
Blocpdb> 36 atoms in block 61
Block first atom: 1823
Blocpdb> 27 atoms in block 62
Block first atom: 1859
Blocpdb> 38 atoms in block 63
Block first atom: 1886
Blocpdb> 29 atoms in block 64
Block first atom: 1924
Blocpdb> 18 atoms in block 65
Block first atom: 1953
Blocpdb> 32 atoms in block 66
Block first atom: 1971
Blocpdb> 39 atoms in block 67
Block first atom: 2003
Blocpdb> 36 atoms in block 68
Block first atom: 2042
Blocpdb> 32 atoms in block 69
Block first atom: 2078
Blocpdb> 27 atoms in block 70
Block first atom: 2110
Blocpdb> 30 atoms in block 71
Block first atom: 2137
Blocpdb> 30 atoms in block 72
Block first atom: 2167
Blocpdb> 25 atoms in block 73
Block first atom: 2197
Blocpdb> 39 atoms in block 74
Block first atom: 2222
Blocpdb> 22 atoms in block 75
Block first atom: 2261
Blocpdb> 24 atoms in block 76
Block first atom: 2283
Blocpdb> 37 atoms in block 77
Block first atom: 2307
Blocpdb> 35 atoms in block 78
Block first atom: 2344
Blocpdb> 27 atoms in block 79
Block first atom: 2379
Blocpdb> 28 atoms in block 80
Block first atom: 2406
Blocpdb> 29 atoms in block 81
Block first atom: 2434
Blocpdb> 28 atoms in block 82
Block first atom: 2463
Blocpdb> 29 atoms in block 83
Block first atom: 2491
Blocpdb> 21 atoms in block 84
Block first atom: 2520
Blocpdb> 33 atoms in block 85
Block first atom: 2541
Blocpdb> 30 atoms in block 86
Block first atom: 2574
Blocpdb> 33 atoms in block 87
Block first atom: 2604
Blocpdb> 32 atoms in block 88
Block first atom: 2637
Blocpdb> 26 atoms in block 89
Block first atom: 2669
Blocpdb> 44 atoms in block 90
Block first atom: 2695
Blocpdb> 32 atoms in block 91
Block first atom: 2739
Blocpdb> 36 atoms in block 92
Block first atom: 2771
Blocpdb> 32 atoms in block 93
Block first atom: 2807
Blocpdb> 35 atoms in block 94
Block first atom: 2839
Blocpdb> 25 atoms in block 95
Block first atom: 2874
Blocpdb> 20 atoms in block 96
Block first atom: 2899
Blocpdb> 26 atoms in block 97
Block first atom: 2919
Blocpdb> 25 atoms in block 98
Block first atom: 2945
Blocpdb> 30 atoms in block 99
Block first atom: 2970
Blocpdb> 35 atoms in block 100
Block first atom: 3000
Blocpdb> 28 atoms in block 101
Block first atom: 3035
Blocpdb> 37 atoms in block 102
Block first atom: 3063
Blocpdb> 32 atoms in block 103
Block first atom: 3100
Blocpdb> 41 atoms in block 104
Block first atom: 3132
Blocpdb> 29 atoms in block 105
Block first atom: 3173
Blocpdb> 31 atoms in block 106
Block first atom: 3202
Blocpdb> 43 atoms in block 107
Block first atom: 3233
Blocpdb> 41 atoms in block 108
Block first atom: 3276
Blocpdb> 21 atoms in block 109
Block first atom: 3317
Blocpdb> 26 atoms in block 110
Block first atom: 3338
Blocpdb> 32 atoms in block 111
Block first atom: 3364
Blocpdb> 38 atoms in block 112
Block first atom: 3396
Blocpdb> 35 atoms in block 113
Block first atom: 3434
Blocpdb> 43 atoms in block 114
Block first atom: 3469
Blocpdb> 46 atoms in block 115
Block first atom: 3512
Blocpdb> 25 atoms in block 116
Block first atom: 3558
Blocpdb> 40 atoms in block 117
Block first atom: 3583
Blocpdb> 25 atoms in block 118
Block first atom: 3623
Blocpdb> 26 atoms in block 119
Block first atom: 3648
Blocpdb> 24 atoms in block 120
Block first atom: 3674
Blocpdb> 45 atoms in block 121
Block first atom: 3698
Blocpdb> 31 atoms in block 122
Block first atom: 3743
Blocpdb> 27 atoms in block 123
Block first atom: 3774
Blocpdb> 18 atoms in block 124
Block first atom: 3801
Blocpdb> 25 atoms in block 125
Block first atom: 3819
Blocpdb> 41 atoms in block 126
Block first atom: 3844
Blocpdb> 31 atoms in block 127
Block first atom: 3885
Blocpdb> 40 atoms in block 128
Block first atom: 3916
Blocpdb> 27 atoms in block 129
Block first atom: 3956
Blocpdb> 25 atoms in block 130
Block first atom: 3983
Blocpdb> 28 atoms in block 131
Block first atom: 4008
Blocpdb> 42 atoms in block 132
Block first atom: 4036
Blocpdb> 30 atoms in block 133
Block first atom: 4078
Blocpdb> 31 atoms in block 134
Block first atom: 4108
Blocpdb> 29 atoms in block 135
Block first atom: 4139
Blocpdb> 38 atoms in block 136
Block first atom: 4168
Blocpdb> 45 atoms in block 137
Block first atom: 4206
Blocpdb> 17 atoms in block 138
Block first atom: 4251
Blocpdb> 33 atoms in block 139
Block first atom: 4268
Blocpdb> 21 atoms in block 140
Block first atom: 4301
Blocpdb> 38 atoms in block 141
Block first atom: 4322
Blocpdb> 29 atoms in block 142
Block first atom: 4360
Blocpdb> 26 atoms in block 143
Block first atom: 4389
Blocpdb> 31 atoms in block 144
Block first atom: 4415
Blocpdb> 30 atoms in block 145
Block first atom: 4446
Blocpdb> 21 atoms in block 146
Block first atom: 4476
Blocpdb> 32 atoms in block 147
Block first atom: 4497
Blocpdb> 21 atoms in block 148
Block first atom: 4529
Blocpdb> 34 atoms in block 149
Block first atom: 4550
Blocpdb> 26 atoms in block 150
Block first atom: 4584
Blocpdb> 32 atoms in block 151
Block first atom: 4610
Blocpdb> 38 atoms in block 152
Block first atom: 4642
Blocpdb> 28 atoms in block 153
Block first atom: 4680
Blocpdb> 26 atoms in block 154
Block first atom: 4708
Blocpdb> 31 atoms in block 155
Block first atom: 4734
Blocpdb> 36 atoms in block 156
Block first atom: 4765
Blocpdb> 43 atoms in block 157
Block first atom: 4801
Blocpdb> 29 atoms in block 158
Block first atom: 4844
Blocpdb> 19 atoms in block 159
Block first atom: 4873
Blocpdb> 35 atoms in block 160
Block first atom: 4892
Blocpdb> 28 atoms in block 161
Block first atom: 4927
Blocpdb> 27 atoms in block 162
Block first atom: 4955
Blocpdb> 31 atoms in block 163
Block first atom: 4982
Blocpdb> 21 atoms in block 164
Block first atom: 5013
Blocpdb> 46 atoms in block 165
Block first atom: 5034
Blocpdb> 18 atoms in block 166
Block first atom: 5080
Blocpdb> 23 atoms in block 167
Block first atom: 5098
Blocpdb> 43 atoms in block 168
Block first atom: 5121
Blocpdb> 30 atoms in block 169
Block first atom: 5164
Blocpdb> 33 atoms in block 170
Block first atom: 5194
Blocpdb> 21 atoms in block 171
Block first atom: 5227
Blocpdb> 41 atoms in block 172
Block first atom: 5248
Blocpdb> 29 atoms in block 173
Block first atom: 5289
Blocpdb> 40 atoms in block 174
Block first atom: 5318
Blocpdb> 26 atoms in block 175
Block first atom: 5358
Blocpdb> 24 atoms in block 176
Block first atom: 5384
Blocpdb> 35 atoms in block 177
Block first atom: 5408
Blocpdb> 30 atoms in block 178
Block first atom: 5443
Blocpdb> 29 atoms in block 179
Block first atom: 5473
Blocpdb> 34 atoms in block 180
Block first atom: 5502
Blocpdb> 38 atoms in block 181
Block first atom: 5536
Blocpdb> 23 atoms in block 182
Block first atom: 5574
Blocpdb> 26 atoms in block 183
Block first atom: 5597
Blocpdb> 28 atoms in block 184
Block first atom: 5623
Blocpdb> 31 atoms in block 185
Block first atom: 5651
Blocpdb> 31 atoms in block 186
Block first atom: 5682
Blocpdb> 34 atoms in block 187
Block first atom: 5713
Blocpdb> 41 atoms in block 188
Block first atom: 5747
Blocpdb> 43 atoms in block 189
Block first atom: 5788
Blocpdb> 29 atoms in block 190
Block first atom: 5831
Blocpdb> 32 atoms in block 191
Block first atom: 5860
Blocpdb> 29 atoms in block 192
Block first atom: 5892
Blocpdb> 30 atoms in block 193
Block first atom: 5921
Blocpdb> 39 atoms in block 194
Block first atom: 5950
Blocpdb> 194 blocks.
Blocpdb> At most, 46 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 14 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 4366036 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 17967
Prepmat> Matrix trace = 9623640.0000
Prepmat> Last element read: 17967 17967 422.8010
Prepmat> 18916 lines saved.
Prepmat> 16299 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 5989
RTB> Total mass = 5989.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 5989
RTB> Number of blocks = 194
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 534216.7395
RTB> 91266 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1164
Diagstd> Nb of non-zero elements: 91266
Diagstd> Projected matrix trace = 534216.7395
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1164 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 534216.7395
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 6.1995261 7.9585388 10.7482577 12.2229945
13.0771905 14.7981811 15.1354329 15.9402594 18.5006840
19.2448843 21.5132468 22.5100199 23.5579312 25.3992901
26.0986566 27.3456344 29.1182815 30.1789485 32.6751054
33.1097114 34.0703691 34.5526003 37.5011446 38.1222848
39.1922036 41.2035491 41.8273411 43.0876373 44.4598027
47.0598399 48.5625065 49.7529295 50.5615127 52.6721753
54.3299294 55.3913482 55.8235166 57.5111430 58.7810280
59.6339716 60.5069659 61.6883574 62.3136388 65.1821342
67.5862222 68.3684518 68.6134514 70.0687421 70.9377033
71.6968588 72.4821090 72.8051806 74.4032641 76.3744621
77.8198880 79.5162310 80.1268335 81.0261008 82.1177687
83.3383822 85.1263727 85.7501967 87.0872813 87.6045805
89.0114244 90.3488301 92.1827770 92.5225319 93.6101806
95.2668282 96.8205197 97.7470034 98.7688778 100.3302436
100.9986161 102.5960296 104.1759438 105.5163922 106.2915755
106.5942631 107.9038708 108.8159701 109.1824007 111.8251966
113.7655728 113.8067326 114.8798307 116.5478428 118.4674197
118.7070515 120.0717277 120.5411659 122.9039737 124.1730095
124.3244557 126.5834102 127.1971370 129.2008717 129.5849305
130.5674160
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034324 0.0034330 0.0034339 0.0034357 0.0034359
0.0034363 270.3799762 306.3458138 356.0117362 379.6505986
392.6924090 417.7336386 422.4669151 433.5537751 467.0777427
476.3793553 503.6725236 515.2087377 527.0646088 547.2755797
554.7589997 567.8573894 585.9737354 596.5506626 620.7314913
624.8459767 633.8459204 638.3158794 664.9937173 670.4783227
679.8218543 697.0478522 702.3044323 712.8064490 724.0674857
744.9386420 756.7384955 765.9573871 772.1564607 788.1083114
800.4143215 808.1951650 811.3418464 823.5145557 832.5567932
838.5754568 844.6911974 852.8975823 857.2092257 876.7172837
892.7387088 897.8900375 899.4974019 908.9865154 914.6055701
919.4864733 924.5080373 926.5661323 936.6800586 949.0068833
957.9450134 968.3295243 972.0402993 977.4797077 984.0424883
991.3290044 1001.9068465 1005.5712379 1013.3807415 1016.3860306
1024.5146095 1032.1826314 1042.6058896 1044.5254709 1050.6469927
1059.9030293 1068.5109691 1073.6111331 1079.2084571 1087.7052224
1091.3222048 1099.9186283 1108.3552995 1115.4631998 1119.5531145
1121.1460625 1128.0121889 1132.7696366 1134.6752972 1148.3257815
1158.2457338 1158.4552386 1163.9040348 1172.3233092 1181.9381342
1183.1329217 1189.9142353 1192.2380389 1203.8662591 1210.0655132
1210.8032095 1221.7537368 1224.7119302 1234.3206712 1236.1538627
1240.8311427
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 5989
Rtb_to_modes> Number of blocs = 194
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.34
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 85.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 85.75
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.60
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 89.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 90.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 93.61
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.82
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.77
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 101.0
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 111.8
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 113.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 118.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 120.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 120.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 122.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 124.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 126.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 127.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 129.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 130.6
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1164 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00001 0.99999 1.00000 0.99999 0.99999
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1.00001 1.00000 0.99999 0.99997 1.00000
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0.99997 1.00001 0.99999 0.99999 1.00003
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1.00000 1.00002 0.99999 1.00000 1.00001
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0.99998 0.99998 1.00000 0.99999 1.00002
1.00001
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 107802 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 1.00001 0.99998 1.00000
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1.00001 1.00001 1.00001 0.99999 0.99999
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1.00002 0.99998 0.99999 0.99999 0.99999
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1.00001 0.99999 1.00000 0.99999 0.99999
0.99999 0.99998 1.00001 1.00004 0.99999
1.00001 1.00000 0.99997 1.00003 0.99998
1.00001 1.00000 0.99999 0.99997 1.00000
0.99998 1.00002 1.00001 0.99999 1.00000
0.99997 1.00001 0.99999 0.99999 1.00003
1.00000 0.99999 0.99999 1.00000 1.00002
1.00001 1.00001 0.99998 0.99999 0.99998
1.00000 1.00002 0.99999 1.00000 1.00001
1.00000 1.00000 1.00001 1.00003 1.00001
1.00001 0.99999 1.00000 0.99999 0.99999
0.99998 0.99998 1.00000 0.99999 1.00002
1.00001
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000-0.000
Vector 5: 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 6:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 7:-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 8:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 9:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 10:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2407051425092282339.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2407051425092282339.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2407051425092282339.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2407051425092282339.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 388
First residue number = 1
Last residue number = 388
Number of atoms found = 5989
Mean number per residue = 15.4
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9912E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9942E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9997E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0010E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0011E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0014E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.200
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.959
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.40
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.10
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 107.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 114.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 116.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 118.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 118.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 120.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 120.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 122.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 124.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 124.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 126.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 127.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 129.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 129.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 130.6
Bfactors> 106 vectors, 17967 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 6.200000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.441 for 388 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.005 +/- 0.01
Bfactors> = 94.277 +/- 7.02
Bfactors> Shiftng-fct= 94.272
Bfactors> Scaling-fct= 693.694
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2407051425092282339.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2407051425092282339.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4323E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4328E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4355E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4357E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4362E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 270.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 306.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 356.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 379.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 392.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 417.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 422.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 433.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 467.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 476.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 503.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 515.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 527.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 547.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 554.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 567.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 586.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 596.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 620.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 624.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 633.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 638.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 665.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 670.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 679.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 697.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 702.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 712.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 724.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 744.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 756.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 765.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 772.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 788.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 800.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 808.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 811.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 823.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 832.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 838.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 844.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 852.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 857.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 876.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 892.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 897.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 899.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 909.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 914.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 919.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 924.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 926.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 936.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 948.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 957.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 968.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 972.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 977.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 984.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 991.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1002.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1006.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1013.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1016.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1024.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1032.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1043.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1044.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1051.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1060.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1068.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1074.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1079.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1087.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1091.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1100.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1108.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1115.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1120.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1121.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1128.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1133.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1135.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1148.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1158.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1158.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1164.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1172.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1182.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1183.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1190.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1192.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1204.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1210.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1211.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1222.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1225.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1234.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1236.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1241.
Chkmod> 106 vectors, 17967 coordinates in file.
Chkmod> That is: 5989 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.9437
0.0034 0.7429
0.0034 0.8903
0.0034 0.7599
0.0034 0.6775
0.0034 0.9829
270.3787 0.0225
306.3415 0.2273
356.0253 0.1435
379.5878 0.3677
392.7177 0.3958
417.7414 0.2560
422.5125 0.1649
433.5316 0.2811
467.0491 0.0358
476.2985 0.2758
503.6129 0.0884
515.1864 0.2564
527.0651 0.3025
547.2597 0.4427
554.7495 0.3850
567.8783 0.3501
585.9659 0.3790
596.5354 0.6065
620.7513 0.4395
624.8219 0.3906
633.8153 0.3167
638.2645 0.2901
664.9550 0.4096
670.4294 0.4559
679.7736 0.5877
696.9879 0.4634
702.2966 0.3340
712.7954 0.3480
724.0380 0.3381
744.9079 0.3630
756.6865 0.3087
765.9020 0.2000
772.1118 0.3502
788.0582 0.3807
800.3805 0.2742
808.1506 0.3756
811.2815 0.3132
823.4710 0.2842
832.5138 0.3669
838.5115 0.3455
844.6761 0.2117
852.8723 0.3451
857.1474 0.3276
876.6653 0.4109
892.7253 0.3776
897.8617 0.4556
899.4362 0.2518
908.9557 0.1537
914.5811 0.2573
919.4671 0.1912
924.4549 0.3569
926.5570 0.4070
936.6193 0.3615
948.9384 0.3286
957.9046 0.4047
968.3109 0.2904
972.0178 0.4941
977.4613 0.3439
984.0136 0.4114
991.2961 0.1932
1001.8852 0.3755
1005.5269 0.3148
1013.3531 0.4540
1016.3158 0.5424
1024.4624 0.4077
1032.1450 0.5074
1042.5454 0.3836
1044.4663 0.4361
1050.6009 0.4158
1059.8752 0.3805
1068.4622 0.4314
1073.5815 0.2888
1079.1683 0.2768
1087.4946 0.2945
1091.2828 0.3046
1099.8927 0.3848
1108.4357 0.4213
1115.3287 0.4053
1119.5494 0.3723
1121.1281 0.4325
1127.9435 0.2108
1132.6379 0.3588
1134.7180 0.3924
1148.1471 0.4237
1158.3712 0.4153
1158.3712 0.4151
1163.9562 0.3215
1172.0324 0.1430
1182.0499 0.2593
1183.0470 0.3786
1190.0032 0.4059
1191.9833 0.3828
1203.7951 0.3447
1210.1451 0.4880
1210.6321 0.3292
1221.7813 0.4155
1224.6731 0.4383
1234.2635 0.3977
1236.1727 0.3806
1240.9327 0.4207
project conformational change on normal modes
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 2407051425092282339.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2407051425092282339.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 2407051425092282339.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2407051425092282339.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 2407051425092282339.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
2407051425092282339.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4323E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4328E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4355E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4357E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4362E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 270.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 306.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 356.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 379.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 392.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 417.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 422.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 433.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 467.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 476.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 503.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 515.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 527.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 547.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 554.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 567.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 586.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 596.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 620.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 624.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 633.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 638.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 665.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 670.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 679.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 697.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 702.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 712.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 724.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 744.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 756.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 765.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 772.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 788.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 800.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 808.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 811.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 823.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 832.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 838.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 844.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 852.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 857.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 876.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 892.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 897.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 899.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 909.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 914.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 919.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 924.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 926.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 936.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 948.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 957.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 968.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 972.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 977.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 984.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 991.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1002.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1006.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1013.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1016.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1024.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1032.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1043.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1044.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1051.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1060.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1068.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1074.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1079.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1087.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1091.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1100.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1108.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1115.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1120.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1121.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1128.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1133.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1135.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1148.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1158.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1158.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1164.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1172.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1182.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1183.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1190.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1192.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1204.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1210.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1211.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1222.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1225.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1234.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1236.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1241.
Projmod> 106 vectors, 17967 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 388
First residue number = 1
Last residue number = 388
Number of atoms found = 5989
Mean number per residue = 15.4
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 388
First residue number = 1
Last residue number = 388
Number of atoms found = 5988
Mean number per residue = 15.4
%Projmod-Wn> Different number of atoms for the other conformer.
%Projmod-Er> Not enough of them.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2407051425092282339 7 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2407051425092282339.eigenfacs
2407051425092282339.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2407051425092282339.eigenfacs
2407051425092282339.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2407051425092282339.eigenfacs
2407051425092282339.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2407051425092282339.eigenfacs
2407051425092282339.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2407051425092282339.eigenfacs
2407051425092282339.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2407051425092282339.eigenfacs
2407051425092282339.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2407051425092282339.eigenfacs
2407051425092282339.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2407051425092282339.eigenfacs
2407051425092282339.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2407051425092282339.eigenfacs
2407051425092282339.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2407051425092282339.eigenfacs
2407051425092282339.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2407051425092282339.eigenfacs
2407051425092282339.atom
making animated gifs
11 models are in 2407051425092282339.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2407051425092282339.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2407051425092282339.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-100 388 2.106 350 1.325
MODEL 2 MODE=7 DQ=-80 388 1.948 353 1.320
MODEL 3 MODE=7 DQ=-60 388 1.814 356 1.317
MODEL 4 MODE=7 DQ=-40 388 1.710 358 1.317
MODEL 5 MODE=7 DQ=-20 388 1.641 360 1.321
MODEL 6 MODE=7 DQ=0 388 1.613 361 1.324
MODEL 7 MODE=7 DQ=20 388 1.627 360 1.318
MODEL 8 MODE=7 DQ=40 388 1.682 362 1.341
MODEL 9 MODE=7 DQ=60 388 1.775 364 1.373
MODEL 10 MODE=7 DQ=80 388 1.899 362 1.376
MODEL 11 MODE=7 DQ=100 388 2.050 360 1.385
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2407051425092282339 8 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
2407051425092282339.eigenfacs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-100 388 1.930 350 1.469
MODEL 2 MODE=8 DQ=-80 388 1.799 355 1.416
MODEL 3 MODE=8 DQ=-60 388 1.697 366 1.415
MODEL 4 MODE=8 DQ=-40 388 1.630 365 1.350
MODEL 5 MODE=8 DQ=-20 388 1.601 362 1.309
MODEL 6 MODE=8 DQ=0 388 1.613 361 1.324
MODEL 7 MODE=8 DQ=20 388 1.665 358 1.362
MODEL 8 MODE=8 DQ=40 388 1.753 352 1.384
MODEL 9 MODE=8 DQ=60 388 1.873 341 1.358
MODEL 10 MODE=8 DQ=80 388 2.018 334 1.368
MODEL 11 MODE=8 DQ=100 388 2.184 329 1.392
getting mode 9
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normal mode computation
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-100 388 1.896 354 1.326
MODEL 2 MODE=9 DQ=-80 388 1.776 354 1.290
MODEL 3 MODE=9 DQ=-60 388 1.683 357 1.293
MODEL 4 MODE=9 DQ=-40 388 1.623 362 1.318
MODEL 5 MODE=9 DQ=-20 388 1.599 364 1.324
MODEL 6 MODE=9 DQ=0 388 1.613 361 1.324
MODEL 7 MODE=9 DQ=20 388 1.664 360 1.379
MODEL 8 MODE=9 DQ=40 388 1.749 354 1.421
MODEL 9 MODE=9 DQ=60 388 1.863 345 1.445
MODEL 10 MODE=9 DQ=80 388 2.001 340 1.494
MODEL 11 MODE=9 DQ=100 388 2.158 335 1.541
getting mode 10
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2407051425092282339.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-100 388 2.104 341 1.695
MODEL 2 MODE=10 DQ=-80 388 1.953 352 1.632
MODEL 3 MODE=10 DQ=-60 388 1.824 360 1.552
MODEL 4 MODE=10 DQ=-40 388 1.721 361 1.448
MODEL 5 MODE=10 DQ=-20 388 1.649 362 1.376
MODEL 6 MODE=10 DQ=0 388 1.613 361 1.324
MODEL 7 MODE=10 DQ=20 388 1.615 355 1.254
MODEL 8 MODE=10 DQ=40 388 1.654 353 1.227
MODEL 9 MODE=10 DQ=60 388 1.729 352 1.236
MODEL 10 MODE=10 DQ=80 388 1.834 350 1.270
MODEL 11 MODE=10 DQ=100 388 1.965 345 1.289
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2407051425092282339 11 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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making animated gif 300x300
11 models are in 2407051425092282339.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-100 388 2.199 333 1.496
MODEL 2 MODE=11 DQ=-80 388 2.035 342 1.453
MODEL 3 MODE=11 DQ=-60 388 1.889 346 1.390
MODEL 4 MODE=11 DQ=-40 388 1.766 357 1.387
MODEL 5 MODE=11 DQ=-20 388 1.673 361 1.356
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MODEL 7 MODE=11 DQ=20 388 1.591 365 1.345
MODEL 8 MODE=11 DQ=40 388 1.608 364 1.349
MODEL 9 MODE=11 DQ=60 388 1.663 362 1.369
MODEL 10 MODE=11 DQ=80 388 1.752 359 1.401
MODEL 11 MODE=11 DQ=100 388 1.871 358 1.464
2407051425092282339.10.pdb
2407051425092282339.11.pdb
2407051425092282339.7.pdb
2407051425092282339.8.pdb
2407051425092282339.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m33.689s
user 0m33.568s
sys 0m0.120s
rm: cannot remove '2407051425092282339.sdijf': No such file or directory
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