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LOGs for ID: 2407030742442009844

output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 2407030742442009844.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 2407030742442009844.atom to be opened. Openam> File opened: 2407030742442009844.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 1032 First residue number = -20 Last residue number = 254 Number of atoms found = 15597 Mean number per residue = 15.1 Pdbmat> Coordinate statistics: = -10.966143 +/- 34.003760 From: -83.092000 To: 61.150000 = 20.856025 +/- 26.852243 From: -56.600000 To: 81.527000 = 3.687317 +/- 27.764227 From: -55.229000 To: 92.732000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is -0.5613 % Filled. Pdbmat> 5909340 non-zero elements. Pdbmat> 646307 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 82.88 +/- 22.45 Maximum number = 131 Minimum number = 9 Pdbmat> Matrix trace = 1.292614E+07 Pdbmat> Larger element = 506.158 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 1032 non-zero elements, NRBL set to 6 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 2407030742442009844.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 6 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 2407030742442009844.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 2407030742442009844.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 15597 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 6 residue(s) per block. Blocpdb> 1032 residues. Blocpdb> 104 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 120 atoms in block 2 Block first atom: 105 Blocpdb> 86 atoms in block 3 Block first atom: 225 Blocpdb> 94 atoms in block 4 Block first atom: 311 Blocpdb> 74 atoms in block 5 Block first atom: 405 Blocpdb> 84 atoms in block 6 Block first atom: 479 Blocpdb> 96 atoms in block 7 Block first atom: 563 Blocpdb> 82 atoms in block 8 Block first atom: 659 Blocpdb> 94 atoms in block 9 Block first atom: 741 Blocpdb> 88 atoms in block 10 Block first atom: 835 Blocpdb> 86 atoms in block 11 Block first atom: 923 Blocpdb> 64 atoms in block 12 Block first atom: 1009 Blocpdb> 80 atoms in block 13 Block first atom: 1073 Blocpdb> 98 atoms in block 14 Block first atom: 1153 Blocpdb> 68 atoms in block 15 Block first atom: 1251 Blocpdb> 92 atoms in block 16 Block first atom: 1319 Blocpdb> 96 atoms in block 17 Block first atom: 1411 Blocpdb> 84 atoms in block 18 Block first atom: 1507 Blocpdb> 96 atoms in block 19 Block first atom: 1591 Blocpdb> 80 atoms in block 20 Block first atom: 1687 Blocpdb> 88 atoms in block 21 Block first atom: 1767 Blocpdb> 104 atoms in block 22 Block first atom: 1855 Blocpdb> 80 atoms in block 23 Block first atom: 1959 Blocpdb> 96 atoms in block 24 Block first atom: 2039 Blocpdb> 64 atoms in block 25 Block first atom: 2135 Blocpdb> 94 atoms in block 26 Block first atom: 2199 Blocpdb> 82 atoms in block 27 Block first atom: 2293 Blocpdb> 102 atoms in block 28 Block first atom: 2375 Blocpdb> 90 atoms in block 29 Block first atom: 2477 Blocpdb> 90 atoms in block 30 Block first atom: 2567 Blocpdb> 86 atoms in block 31 Block first atom: 2657 Blocpdb> 100 atoms in block 32 Block first atom: 2743 Blocpdb> 82 atoms in block 33 Block first atom: 2843 Blocpdb> 78 atoms in block 34 Block first atom: 2925 Blocpdb> 94 atoms in block 35 Block first atom: 3003 Blocpdb> 88 atoms in block 36 Block first atom: 3097 Blocpdb> 96 atoms in block 37 Block first atom: 3185 Blocpdb> 78 atoms in block 38 Block first atom: 3281 Blocpdb> 92 atoms in block 39 Block first atom: 3359 Blocpdb> 82 atoms in block 40 Block first atom: 3451 Blocpdb> 100 atoms in block 41 Block first atom: 3533 Blocpdb> 108 atoms in block 42 Block first atom: 3633 Blocpdb> 78 atoms in block 43 Block first atom: 3741 Blocpdb> 88 atoms in block 44 Block first atom: 3819 Blocpdb> 88 atoms in block 45 Block first atom: 3907 Blocpdb> 90 atoms in block 46 Block first atom: 3995 Blocpdb> 96 atoms in block 47 Block first atom: 4085 Blocpdb> 100 atoms in block 48 Block first atom: 4181 Blocpdb> 65 atoms in block 49 Block first atom: 4281 Blocpdb> 48 atoms in block 50 Block first atom: 4346 Blocpdb> 40 atoms in block 51 Block first atom: 4394 Blocpdb> 50 atoms in block 52 Block first atom: 4434 Blocpdb> 102 atoms in block 53 Block first atom: 4484 Blocpdb> 98 atoms in block 54 Block first atom: 4586 Blocpdb> 96 atoms in block 55 Block first atom: 4684 Blocpdb> 114 atoms in block 56 Block first atom: 4780 Blocpdb> 53 atoms in block 57 Block first atom: 4894 Blocpdb> 59 atoms in block 58 Block first atom: 4947 Blocpdb> 62 atoms in block 59 Block first atom: 5006 Blocpdb> 112 atoms in block 60 Block first atom: 5068 Blocpdb> 86 atoms in block 61 Block first atom: 5180 Blocpdb> 108 atoms in block 62 Block first atom: 5266 Blocpdb> 78 atoms in block 63 Block first atom: 5374 Blocpdb> 102 atoms in block 64 Block first atom: 5452 Blocpdb> 108 atoms in block 65 Block first atom: 5554 Blocpdb> 88 atoms in block 66 Block first atom: 5662 Blocpdb> 94 atoms in block 67 Block first atom: 5750 Blocpdb> 94 atoms in block 68 Block first atom: 5844 Blocpdb> 100 atoms in block 69 Block first atom: 5938 Blocpdb> 88 atoms in block 70 Block first atom: 6038 Blocpdb> 98 atoms in block 71 Block first atom: 6126 Blocpdb> 100 atoms in block 72 Block first atom: 6224 Blocpdb> 94 atoms in block 73 Block first atom: 6324 Blocpdb> 96 atoms in block 74 Block first atom: 6418 Blocpdb> 94 atoms in block 75 Block first atom: 6514 Blocpdb> 106 atoms in block 76 Block first atom: 6608 Blocpdb> 110 atoms in block 77 Block first atom: 6714 Blocpdb> 100 atoms in block 78 Block first atom: 6824 Blocpdb> 96 atoms in block 79 Block first atom: 6924 Blocpdb> 104 atoms in block 80 Block first atom: 7020 Blocpdb> 34 atoms in block 81 Block first atom: 7124 Blocpdb> 104 atoms in block 82 Block first atom: 7158 Blocpdb> 120 atoms in block 83 Block first atom: 7262 Blocpdb> 86 atoms in block 84 Block first atom: 7382 Blocpdb> 96 atoms in block 85 Block first atom: 7468 Blocpdb> 78 atoms in block 86 Block first atom: 7564 Blocpdb> 94 atoms in block 87 Block first atom: 7642 Blocpdb> 76 atoms in block 88 Block first atom: 7736 Blocpdb> 80 atoms in block 89 Block first atom: 7812 Blocpdb> 110 atoms in block 90 Block first atom: 7892 Blocpdb> 88 atoms in block 91 Block first atom: 8002 Blocpdb> 84 atoms in block 92 Block first atom: 8090 Blocpdb> 102 atoms in block 93 Block first atom: 8174 Blocpdb> 82 atoms in block 94 Block first atom: 8276 Blocpdb> 76 atoms in block 95 Block first atom: 8358 Blocpdb> 104 atoms in block 96 Block first atom: 8434 Blocpdb> 84 atoms in block 97 Block first atom: 8538 Blocpdb> 102 atoms in block 98 Block first atom: 8622 Blocpdb> 70 atoms in block 99 Block first atom: 8724 Blocpdb> 86 atoms in block 100 Block first atom: 8794 Blocpdb> 86 atoms in block 101 Block first atom: 8880 Blocpdb> 86 atoms in block 102 Block first atom: 8966 Blocpdb> 120 atoms in block 103 Block first atom: 9052 Blocpdb> 86 atoms in block 104 Block first atom: 9172 Blocpdb> 90 atoms in block 105 Block first atom: 9258 Blocpdb> 78 atoms in block 106 Block first atom: 9348 Blocpdb> 100 atoms in block 107 Block first atom: 9426 Blocpdb> 84 atoms in block 108 Block first atom: 9526 Blocpdb> 82 atoms in block 109 Block first atom: 9610 Blocpdb> 82 atoms in block 110 Block first atom: 9692 Blocpdb> 106 atoms in block 111 Block first atom: 9774 Blocpdb> 86 atoms in block 112 Block first atom: 9880 Blocpdb> 94 atoms in block 113 Block first atom: 9966 Blocpdb> 80 atoms in block 114 Block first atom: 10060 Blocpdb> 102 atoms in block 115 Block first atom: 10140 Blocpdb> 104 atoms in block 116 Block first atom: 10242 Blocpdb> 90 atoms in block 117 Block first atom: 10346 Blocpdb> 96 atoms in block 118 Block first atom: 10436 Blocpdb> 90 atoms in block 119 Block first atom: 10532 Blocpdb> 104 atoms in block 120 Block first atom: 10622 Blocpdb> 80 atoms in block 121 Block first atom: 10726 Blocpdb> 76 atoms in block 122 Block first atom: 10806 Blocpdb> 100 atoms in block 123 Block first atom: 10882 Blocpdb> 102 atoms in block 124 Block first atom: 10982 Blocpdb> 104 atoms in block 125 Block first atom: 11084 Blocpdb> 102 atoms in block 126 Block first atom: 11188 Blocpdb> 88 atoms in block 127 Block first atom: 11290 Blocpdb> 104 atoms in block 128 Block first atom: 11378 Blocpdb> 120 atoms in block 129 Block first atom: 11482 Blocpdb> 86 atoms in block 130 Block first atom: 11602 Blocpdb> 96 atoms in block 131 Block first atom: 11688 Blocpdb> 78 atoms in block 132 Block first atom: 11784 Blocpdb> 94 atoms in block 133 Block first atom: 11862 Blocpdb> 76 atoms in block 134 Block first atom: 11956 Blocpdb> 80 atoms in block 135 Block first atom: 12032 Blocpdb> 110 atoms in block 136 Block first atom: 12112 Blocpdb> 88 atoms in block 137 Block first atom: 12222 Blocpdb> 84 atoms in block 138 Block first atom: 12310 Blocpdb> 102 atoms in block 139 Block first atom: 12394 Blocpdb> 82 atoms in block 140 Block first atom: 12496 Blocpdb> 76 atoms in block 141 Block first atom: 12578 Blocpdb> 104 atoms in block 142 Block first atom: 12654 Blocpdb> 84 atoms in block 143 Block first atom: 12758 Blocpdb> 102 atoms in block 144 Block first atom: 12842 Blocpdb> 70 atoms in block 145 Block first atom: 12944 Blocpdb> 86 atoms in block 146 Block first atom: 13014 Blocpdb> 86 atoms in block 147 Block first atom: 13100 Blocpdb> 86 atoms in block 148 Block first atom: 13186 Blocpdb> 120 atoms in block 149 Block first atom: 13272 Blocpdb> 86 atoms in block 150 Block first atom: 13392 Blocpdb> 90 atoms in block 151 Block first atom: 13478 Blocpdb> 78 atoms in block 152 Block first atom: 13568 Blocpdb> 100 atoms in block 153 Block first atom: 13646 Blocpdb> 84 atoms in block 154 Block first atom: 13746 Blocpdb> 82 atoms in block 155 Block first atom: 13830 Blocpdb> 82 atoms in block 156 Block first atom: 13912 Blocpdb> 106 atoms in block 157 Block first atom: 13994 Blocpdb> 86 atoms in block 158 Block first atom: 14100 Blocpdb> 94 atoms in block 159 Block first atom: 14186 Blocpdb> 80 atoms in block 160 Block first atom: 14280 Blocpdb> 102 atoms in block 161 Block first atom: 14360 Blocpdb> 104 atoms in block 162 Block first atom: 14462 Blocpdb> 90 atoms in block 163 Block first atom: 14566 Blocpdb> 96 atoms in block 164 Block first atom: 14656 Blocpdb> 90 atoms in block 165 Block first atom: 14752 Blocpdb> 104 atoms in block 166 Block first atom: 14842 Blocpdb> 80 atoms in block 167 Block first atom: 14946 Blocpdb> 76 atoms in block 168 Block first atom: 15026 Blocpdb> 100 atoms in block 169 Block first atom: 15102 Blocpdb> 102 atoms in block 170 Block first atom: 15202 Blocpdb> 104 atoms in block 171 Block first atom: 15304 Blocpdb> 102 atoms in block 172 Block first atom: 15408 Blocpdb> 88 atoms in block 173 Block first atom: 15509 Blocpdb> 173 blocks. Blocpdb> At most, 120 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 34 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 5909513 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 46791 Prepmat> Matrix trace = 12926140.0000 Prepmat> Last element read: 46791 46791 236.1050 Prepmat> 15052 lines saved. Prepmat> 13520 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 15597 RTB> Total mass = 15597.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 15597 RTB> Number of blocks = 173 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 183482.7549 RTB> 52521 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 1038 Diagstd> Nb of non-zero elements: 52521 Diagstd> Projected matrix trace = 183482.7549 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 1038 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 183482.7549 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0020913 0.0046855 0.0251957 0.0347209 0.1259973 0.1898832 0.3089379 0.4428319 0.5768740 0.8349375 1.4203675 1.9159620 2.0614006 2.2777662 2.4919650 2.8307250 3.0171052 3.1820927 4.1918598 5.0042681 5.1112949 5.4069311 6.0765768 6.8836549 7.4712535 7.9352057 8.8808536 9.4843713 10.1181199 10.5553064 11.6726147 11.8824056 12.2365953 12.8860672 13.1385586 14.3162566 14.9324132 15.4699801 16.1767538 16.3238942 17.0430024 17.4105737 17.9358951 18.1389642 18.5246176 19.2829527 19.3785224 19.5611494 19.6613605 20.1278005 20.8624267 21.0486135 21.4405159 22.0316582 22.6257765 22.9768638 23.3291970 23.5894602 24.3732070 24.5404390 25.7754602 26.3434066 26.7274984 26.7928437 27.0949095 27.3315186 27.8520136 28.0007617 28.1398228 28.4002775 28.6031425 29.2441019 29.6130679 30.4273354 30.8403830 30.8922919 31.1035243 31.7897892 31.8855353 32.2254231 32.8024324 33.4903843 33.7662944 34.2603307 34.4566061 35.0124719 35.0613709 35.6035981 36.0644423 36.3602677 37.0239941 37.5919236 37.8447396 38.3918047 39.1153092 39.5017027 39.6258621 39.9616819 41.1023029 41.1590751 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034320 0.0034320 0.0034339 0.0034341 0.0034346 0.0034351 4.9659844 7.4331226 17.2368775 20.2344239 38.5457004 47.3193291 60.3574516 72.2627908 82.4775526 99.2252663 129.4182851 150.3102944 155.9109007 163.8890179 171.4218798 182.7023457 188.6212027 193.7098447 222.3303014 242.9212809 245.5052296 252.5054164 267.6854556 284.9081178 296.8192182 305.8964058 323.6105231 334.4256305 345.4181793 352.8017266 371.0046521 374.3238226 379.8617615 389.8122434 393.6127356 410.8752842 419.6239622 427.1104112 436.7580998 438.7399339 448.2995811 453.1080945 459.8930089 462.4891214 467.3797650 476.8502863 478.0305030 480.2777478 481.5063990 487.1844741 495.9954495 498.2037895 502.8204076 509.7049756 516.5317558 520.5238765 524.4996168 527.4171916 536.1071741 537.9432266 551.3133318 557.3541613 561.4026216 562.0884818 565.2481276 567.7108070 573.0909881 574.6192924 576.0444006 578.7041174 580.7672993 587.2383699 590.9312832 599.0005773 603.0525548 603.5598546 605.6198210 612.2645359 613.1858666 616.4453694 621.9397358 628.4277374 631.0110744 635.6104888 637.4285762 642.5496137 642.9981554 647.9510905 652.1310679 654.8002197 660.7496084 665.7981053 668.0331915 672.8442482 679.1546277 682.5008373 683.5725934 686.4630399 696.1909251 696.6715631 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 15597 Rtb_to_modes> Number of blocs = 173 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9885E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9888E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9997E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0006E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.0913E-03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.6855E-03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.5196E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.4721E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1260 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1899 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3089 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4428 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5769 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8349 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.420 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.916 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.061 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.278 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.492 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.831 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.017 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.182 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.192 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.004 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.111 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.407 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.077 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.884 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.471 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.935 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.881 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.484 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.12 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.56 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.67 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.88 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.24 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.89 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.14 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.32 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.93 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.47 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.18 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.32 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.04 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.41 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.94 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.14 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.52 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.28 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.38 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.56 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.66 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.13 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.86 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.63 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.98 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.33 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.59 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.37 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.54 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.78 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.34 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.73 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.79 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.33 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.85 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.00 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.14 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.40 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.60 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.24 Rdmodfacs> Eigenvector number: 79 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.61 Rdmodfacs> Eigenvector number: 80 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.43 Rdmodfacs> Eigenvector number: 81 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.84 Rdmodfacs> Eigenvector number: 82 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.89 Rdmodfacs> Eigenvector number: 83 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 84 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.79 Rdmodfacs> Eigenvector number: 85 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.89 Rdmodfacs> Eigenvector number: 86 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.23 Rdmodfacs> Eigenvector number: 87 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.80 Rdmodfacs> Eigenvector number: 88 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.49 Rdmodfacs> Eigenvector number: 89 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.77 Rdmodfacs> Eigenvector number: 90 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.26 Rdmodfacs> Eigenvector number: 91 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.46 Rdmodfacs> Eigenvector number: 92 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.01 Rdmodfacs> Eigenvector number: 93 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.06 Rdmodfacs> Eigenvector number: 94 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.60 Rdmodfacs> Eigenvector number: 95 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.06 Rdmodfacs> Eigenvector number: 96 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.36 Rdmodfacs> Eigenvector number: 97 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 98 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.59 Rdmodfacs> Eigenvector number: 99 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.84 Rdmodfacs> Eigenvector number: 100 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.39 Rdmodfacs> Eigenvector number: 101 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.12 Rdmodfacs> Eigenvector number: 102 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.50 Rdmodfacs> Eigenvector number: 103 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.63 Rdmodfacs> Eigenvector number: 104 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.96 Rdmodfacs> Eigenvector number: 105 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 106 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.16 Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1038 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 0.99998 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 0.99998 1.00000 0.99999 0.99999 1.00002 1.00002 1.00001 1.00002 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00002 0.99999 0.99994 0.99999 1.00001 1.00002 1.00000 1.00000 0.99998 0.99996 0.99998 1.00001 1.00004 1.00000 0.99997 1.00001 1.00001 0.99998 1.00001 1.00001 0.99999 1.00000 1.00001 0.99999 1.00002 0.99998 1.00000 1.00002 0.99999 1.00000 0.99998 1.00002 1.00000 0.99999 0.99999 0.99998 0.99999 1.00000 0.99998 0.99999 1.00002 0.99997 0.99999 0.99997 1.00001 0.99998 1.00000 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 1.00001 0.99999 1.00002 1.00000 0.99998 1.00004 1.00002 0.99999 0.99999 0.99999 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00002 1.00002 1.00002 1.00001 1.00001 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 280746 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 0.99998 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 0.99998 1.00000 0.99999 0.99999 1.00002 1.00002 1.00001 1.00002 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00002 0.99999 0.99994 0.99999 1.00001 1.00002 1.00000 1.00000 0.99998 0.99996 0.99998 1.00001 1.00004 1.00000 0.99997 1.00001 1.00001 0.99998 1.00001 1.00001 0.99999 1.00000 1.00001 0.99999 1.00002 0.99998 1.00000 1.00002 0.99999 1.00000 0.99998 1.00002 1.00000 0.99999 0.99999 0.99998 0.99999 1.00000 0.99998 0.99999 1.00002 0.99997 0.99999 0.99997 1.00001 0.99998 1.00000 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 1.00001 0.99999 1.00002 1.00000 0.99998 1.00004 1.00002 0.99999 0.99999 0.99999 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00002 1.00002 1.00002 1.00001 1.00001 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2:-0.000 Vector 3:-0.000-0.000 Vector 4:-0.000-0.000 0.000 Vector 5:-0.000-0.000 0.000 0.000 Vector 6:-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 Vector 7: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 Vector 8:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 Vector 9: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 Vector 10: 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2407030742442009844.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2407030742442009844.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 2407030742442009844.atom Openam> file on opening on unit 11: 2407030742442009844.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 1032 First residue number = -20 Last residue number = 254 Number of atoms found = 15597 Mean number per residue = 15.1 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9885E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9888E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9997E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.0913E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.6855E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.5196E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.4721E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1260 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1899 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3089 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4428 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5769 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8349 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.420 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.916 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.061 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.278 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.492 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.831 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.017 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.182 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.192 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.004 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.111 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.407 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.077 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.884 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.471 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.935 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.881 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.484 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.12 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.67 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.88 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.24 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.89 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.32 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.93 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.47 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.18 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.32 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.04 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.41 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.94 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.52 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.28 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.38 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.66 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.13 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.86 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.63 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.33 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.37 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.54 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.78 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.34 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.73 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.79 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.33 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.85 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.00 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.60 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.24 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.61 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.43 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.84 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.89 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.79 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.89 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.80 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.49 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.77 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.26 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.46 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.01 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.06 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.60 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.06 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.36 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.84 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.39 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.12 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.50 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.63 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.96 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.16 Bfactors> 106 vectors, 46791 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.002091 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= 0.035 for 2028 C-alpha atoms. Bfactors> = 0.766 +/- 1.34 Bfactors> = 63.906 +/- 34.16 Bfactors> Shiftng-fct= 63.139 Bfactors> Scaling-fct= 25.465 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2407030742442009844.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2407030742442009844.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4318E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4319E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4348E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4.966 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 7.433 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 17.24 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 20.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 38.54 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 47.32 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 60.35 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 72.26 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 82.48 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 99.22 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 129.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 150.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 155.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 163.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 171.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 182.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 188.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 193.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 222.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 242.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 245.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 252.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 267.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 284.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 296.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 305.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 323.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 334.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 345.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 352.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 370.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 374.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 379.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 389.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 393.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 410.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 419.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 427.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 436.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 438.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 448.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 453.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 459.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 462.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 467.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 476.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 478.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 480.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 481.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 487.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 495.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 498.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 502.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 509.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 516.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 520.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 524.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 527.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 536.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 537.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 551.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 557.3 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vecteur en lecture: 587.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 590.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 599.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 603.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 603.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 605.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 612.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 613.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 616.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 621.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 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CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 665.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 668.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 672.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 679.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 682.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 683.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 686.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 696.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 696.6 Chkmod> 106 vectors, 46791 coordinates in file. Chkmod> That is: 15597 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. %Chkmod-Wn> Norm of vector 23 is: 0.9999 (instead of 1.0000). Chkmod> Normal end. 0.0034 0.7168 0.0034 0.8535 0.0034 0.7011 0.0034 0.9267 0.0034 0.7485 0.0034 0.9185 4.9657 0.2793 7.4328 0.5684 17.2362 0.4857 20.2336 0.6080 38.5445 0.4193 47.3194 0.3105 60.3512 0.2480 72.2571 0.4483 82.4759 0.5534 99.2188 0.3789 129.3960 0.0971 150.3053 0.1721 155.8891 0.0542 163.8904 0.0546 171.4157 0.3651 182.7034 0.3527 188.6098 0.0525 193.6987 0.4769 222.3245 0.0618 242.9043 0.0760 245.4876 0.0517 252.4962 0.1140 267.6833 0.0323 284.9030 0.0422 296.8014 0.0451 305.8793 0.0654 323.5993 0.0485 334.4047 0.2033 345.4354 0.1145 352.8650 0.2917 370.9472 0.2514 374.2699 0.2694 379.8983 0.0908 389.8550 0.1097 393.6174 0.1587 410.9114 0.2721 419.5720 0.4901 427.0924 0.2599 436.7832 0.2696 438.6688 0.3022 448.2408 0.3574 453.0812 0.1561 459.9259 0.3679 462.4825 0.1705 467.3014 0.0657 476.7933 0.4592 478.0282 0.3354 480.2430 0.4928 481.4691 0.3172 487.1902 0.1536 495.9453 0.4662 498.1988 0.3838 502.7928 0.4570 509.6639 0.2792 516.5578 0.3413 520.5371 0.1704 524.4861 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perturbations for mode 8 calculating perturbed structure for DQ=-100 2407030742442009844.eigenfacs 2407030742442009844.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2407030742442009844.eigenfacs 2407030742442009844.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2407030742442009844.eigenfacs 2407030742442009844.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2407030742442009844.eigenfacs 2407030742442009844.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2407030742442009844.eigenfacs 2407030742442009844.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2407030742442009844.eigenfacs 2407030742442009844.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2407030742442009844.eigenfacs 2407030742442009844.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2407030742442009844.eigenfacs 2407030742442009844.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2407030742442009844.eigenfacs 2407030742442009844.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2407030742442009844.eigenfacs 2407030742442009844.atom 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animated gif 300x300 getting mode 9 running: ../../bin/get_modes.sh 2407030742442009844 9 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 9 calculating perturbed structure for DQ=-100 2407030742442009844.eigenfacs 2407030742442009844.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2407030742442009844.eigenfacs 2407030742442009844.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2407030742442009844.eigenfacs 2407030742442009844.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2407030742442009844.eigenfacs 2407030742442009844.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2407030742442009844.eigenfacs 2407030742442009844.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2407030742442009844.eigenfacs 2407030742442009844.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2407030742442009844.eigenfacs 2407030742442009844.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2407030742442009844.eigenfacs 2407030742442009844.atom calculating perturbed structure for DQ=60 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will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 10 running: ../../bin/get_modes.sh 2407030742442009844 10 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 10 calculating perturbed structure for DQ=-100 2407030742442009844.eigenfacs 2407030742442009844.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2407030742442009844.eigenfacs 2407030742442009844.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2407030742442009844.eigenfacs 2407030742442009844.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2407030742442009844.eigenfacs 2407030742442009844.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2407030742442009844.eigenfacs 2407030742442009844.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2407030742442009844.eigenfacs 2407030742442009844.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2407030742442009844.eigenfacs 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gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2407030742442009844.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 11 running: ../../bin/get_modes.sh 2407030742442009844 11 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 11 calculating perturbed structure for DQ=-100 2407030742442009844.eigenfacs 2407030742442009844.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2407030742442009844.eigenfacs 2407030742442009844.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2407030742442009844.eigenfacs 2407030742442009844.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2407030742442009844.eigenfacs 2407030742442009844.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2407030742442009844.eigenfacs 2407030742442009844.atom 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MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2407030742442009844.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 2407030742442009844.10.pdb 2407030742442009844.11.pdb 2407030742442009844.7.pdb 2407030742442009844.8.pdb 2407030742442009844.9.pdb STDERR: Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL real 1m32.869s user 1m32.623s sys 0m0.216s rm: cannot remove '2407030742442009844.sdijf': No such file or directory pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format 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