Should you encounter any unexpected behaviour,
please let us know.

* STRUCTURAL PROTEIN 17-JUL-23 8PUZ *

LOGs for ID: 2406271123311174200

output from eigenvector calculation:


STDOUT:

CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
 Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
 Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.    

 Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.

 Pdbmat> Coordinate filename     = 2406271123311174200.atom

 Pdbmat> Distance cutoff         =       8.00
         Force constant          =      10.00
         Origin of mass values   =       CONS
 Pdbmat> Levelshift              =    1.0E-09
         PRINTing level          =          2

 Pdbmat> Coordinate file 2406271123311174200.atom to be opened.

 Openam> File opened: 2406271123311174200.atom

 Pdbmat> Coordinate file in PDB format.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:      0

 Rdatompdb> Number of residues found =     50
            First residue number     =    149
            Last  residue number     =     12
            Number of atoms found    =    406
            Mean number per residue  =      8.1

 Pdbmat> Coordinate statistics: 
 =   -61.110315 +/-     5.303651 From:   -72.708000 To:   -49.936000
 =    61.270901 +/-     6.187965 From:    48.089000 To:    76.988000
 =   -25.278091 +/-     6.518674 From:   -38.562000 To:   -10.861000
 Pdbmat> Masses are all set to one.

 Openam> File opened: pdbmat.xyzm
 Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.

 Openam> File opened: pdbmat.sdijb

 Pdbmat> Matrix statistics:

 Pdbmat> The matrix is  15.6936 % Filled.
 Pdbmat>       116505  non-zero elements.
 Pdbmat>        12676 atom-atom interactions.

 Pdbmat> Number per atom=     62.44 +/-     17.44
         Maximum number =    103
         Minimum number =     15

 Pdbmat> Matrix trace   =  253520.    
 Pdbmat> Larger element =  417.157    
 Pdbmat>      0 elements larger than +/-  1.0E+10

 Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
50 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
 Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
 Diagrtb> Version 2.52, November 2004. 
 Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.

 Diagrtb> Options taken into account:

 MATRix filename          = pdbmat.sdijb
 COORdinates filename     = 2406271123311174200.atom
 Eigenvector OUTPut file  = matrix.eigenrtb
 Nb of VECTors required   =        106
 EigeNVALues chosen       =       LOWE
 Type of SUBStructuring   =       NONE
 Nb of residues per BLOck =          1
 Origin of MASS values    =       CONS
 MATRix FORMat            =       BINA
 Temporary files cleaning =       ALL 
 Output PRINting level    =          2

 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.

 Blocpdb> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.xyzm   

 Blocpdb> Coordinate file 2406271123311174200.atom to be opened.

 Openam> file on opening on unit     11:
 2406271123311174200.atom                                                                                                        

 Blocpdb> Coordinate file in PDB format.

 Blocpdb>   406 atoms picked in pdb file.
 Blocpdb>   All masses set to unity.
 Blocpdb> Coordinate file is rewritten.

 Blocpdb> Substructuring:
 Blocpdb>     1 residue(s) per block.
 Blocpdb>    50 residues.
 Blocpdb>     5 atoms in block      1
 Block first atom:      1
 Blocpdb>     9 atoms in block      2
 Block first atom:      6
 Blocpdb>     8 atoms in block      3
 Block first atom:     15
 Blocpdb>     8 atoms in block      4
 Block first atom:     23
 Blocpdb>     9 atoms in block      5
 Block first atom:     31
 Blocpdb>     7 atoms in block      6
 Block first atom:     40
 Blocpdb>    10 atoms in block      7
 Block first atom:     47
 Blocpdb>     9 atoms in block      8
 Block first atom:     57
 Blocpdb>     5 atoms in block      9
 Block first atom:     66
 Blocpdb>     8 atoms in block     10
 Block first atom:     71
 Blocpdb>     9 atoms in block     11
 Block first atom:     79
 Blocpdb>     8 atoms in block     12
 Block first atom:     88
 Blocpdb>     9 atoms in block     13
 Block first atom:     96
 Blocpdb>     5 atoms in block     14
 Block first atom:    105
 Blocpdb>     9 atoms in block     15
 Block first atom:    110
 Blocpdb>     8 atoms in block     16
 Block first atom:    119
 Blocpdb>     8 atoms in block     17
 Block first atom:    127
 Blocpdb>     9 atoms in block     18
 Block first atom:    135
 Blocpdb>     7 atoms in block     19
 Block first atom:    144
 Blocpdb>    10 atoms in block     20
 Block first atom:    151
 Blocpdb>     9 atoms in block     21
 Block first atom:    161
 Blocpdb>     5 atoms in block     22
 Block first atom:    170
 Blocpdb>     8 atoms in block     23
 Block first atom:    175
 Blocpdb>     9 atoms in block     24
 Block first atom:    183
 Blocpdb>     8 atoms in block     25
 Block first atom:    192
 Blocpdb>     9 atoms in block     26
 Block first atom:    200
 Blocpdb>     8 atoms in block     27
 Block first atom:    209
 Blocpdb>     8 atoms in block     28
 Block first atom:    217
 Blocpdb>     9 atoms in block     29
 Block first atom:    225
 Blocpdb>     8 atoms in block     30
 Block first atom:    234
 Blocpdb>    11 atoms in block     31
 Block first atom:    242
 Blocpdb>     9 atoms in block     32
 Block first atom:    253
 Blocpdb>     9 atoms in block     33
 Block first atom:    262
 Blocpdb>     8 atoms in block     34
 Block first atom:    271
 Blocpdb>     8 atoms in block     35
 Block first atom:    279
 Blocpdb>     5 atoms in block     36
 Block first atom:    287
 Blocpdb>     5 atoms in block     37
 Block first atom:    292
 Blocpdb>    11 atoms in block     38
 Block first atom:    297
 Blocpdb>     8 atoms in block     39
 Block first atom:    308
 Blocpdb>     8 atoms in block     40
 Block first atom:    316
 Blocpdb>     9 atoms in block     41
 Block first atom:    324
 Blocpdb>     8 atoms in block     42
 Block first atom:    333
 Blocpdb>    11 atoms in block     43
 Block first atom:    341
 Blocpdb>     9 atoms in block     44
 Block first atom:    352
 Blocpdb>     9 atoms in block     45
 Block first atom:    361
 Blocpdb>     8 atoms in block     46
 Block first atom:    370
 Blocpdb>     8 atoms in block     47
 Block first atom:    378
 Blocpdb>     5 atoms in block     48
 Block first atom:    386
 Blocpdb>     5 atoms in block     49
 Block first atom:    391
 Blocpdb>    11 atoms in block     50
 Block first atom:    395

 Blocpdb>    50 blocks.

 Blocpdb> At most,     11 atoms in each of them.
 Blocpdb> At least,     5 atoms in each of them.

 Blocpdb> Normal end of Blocpdb.

 Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB.
 Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.

 Prepmat> Entering in.
 Prepmat> Rewriting of the matrix begins.

 Prepmat>       116555 matrix lines read.

 Prepmat> Matrix order    =       1218

 Prepmat> Matrix trace    =     253520.0000
 Prepmat> Last element read:    1218   1218        28.6598
 Prepmat>         1276 lines saved.
 Prepmat>          817 empty lines.
 Prepmat> Number of lines on output is as expected.
 Prepmat> Normal end of Prepmat.

 RTB> Entering in.
 RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file:   406
 RTB> Total mass =         406.0000
 RTB> Number of atoms found in matrix:   406
 RTB> Number of blocks =    50
 RTB> Projection begins.
 RTB> Projected matrix is being saved.
 RTB> Projected matrix trace =   54596.4891
 RTB>     15738 non-zero elements.
 RTB> Normal end of RTB.

 Diagstd> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> CERFACS matrix format.
 Diagstd> Projected matrix order =      300
 Diagstd> Nb of non-zero elements:    15738
 Diagstd> Projected matrix trace =   54596.4891

 Openam> file on opening on unit     11:
 diagrtb_work.eigenfacs                  
 Diagstd> Diagonalization.

 Diagstd>    300 eigenvectors are computed. 
 Diagstd>    106 of them to be saved. 

 Diagstd> Sum of eigenvalues =  54596.4891
 Diagstd> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000

 Diagstd>      6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to:    0.0000000

 Diagstd> Selected eigenvalues: 
      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000
      0.0000000      6.8920281      9.7275016     11.3398489     14.0519112
     15.1305519     17.2577223     18.0354861     20.3777298     24.1100081
     24.6297004     26.6197757     27.5195297     29.2828540     30.8582803
     31.5691870     34.4267369     36.2109885     39.1078264     39.7010219
     40.3034152     42.8581511     44.9083815     46.7047338     48.5860140
     50.8752148     53.2325410     54.7917920     55.2358873     56.2216404
     60.0113701     61.4055747     63.2299126     64.6874814     66.4756866
     67.2616628     68.8649673     71.4447718     71.6954991     73.2232451
     74.6761466     75.1658165     78.5848317     79.5144436     79.9544230
     81.1428863     82.9298340     84.6873281     85.7571494     86.0932458
     87.6153319     88.4118751     88.6634807     90.2355033     92.1925190
     92.3109124     94.1155776     95.7325081     97.0470423     99.0948406
     99.7774385    100.9343137    101.8478085    102.4526777    104.5985903
    105.6179994    106.0580432    108.0528566    110.4855988    110.8191142
    111.3475890    112.1886001    113.6225152    114.5747083    115.1707951
    115.9904205    116.8103711    117.2394784    117.7560169    118.8711526
    119.8436433    121.6365404    122.8148895    123.2150833    124.7911702
    127.3235265    127.4424059    128.1806396    129.0910641    130.6212462
    131.4570038    131.9231012    132.3624371    132.9071436    133.4567751
    134.0970506    135.2233701    136.0168472    136.2583660    138.0589797
    139.3890874

 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
      0.0034329      0.0034334      0.0034335      0.0034341      0.0034343
      0.0034347    285.0813466    338.6849797    365.6780683    407.0642649
    422.3987900    451.1147406    461.1680439    490.1998566    533.2046874
    538.9206749    560.2701387    569.6600770    587.6273230    603.2275110
    610.1364616    637.1522344    653.4546767    679.0896628    684.2205650
    689.3919446    710.9056996    727.7110711    742.1227256    756.9216296
    774.5481272    792.2894607    803.8093110    807.0602315    814.2298817
    841.2247689    850.9404732    863.4885261    873.3843413    885.3738610
    890.5925955    901.1445346    917.8685871    919.4777540    929.2226049
    938.3961779    941.4677981    962.6416411    968.3186409    970.9939567
    978.1838904    988.8961322    999.3198079   1005.6120034   1007.5806557
   1016.4483975   1021.0583962   1022.5102464   1031.5350820   1042.6609802
   1043.3302566   1053.4793719   1062.4903614   1069.7601905   1080.9878236
   1084.7045340   1090.9747454   1095.9004985   1099.1499315   1110.6013474
   1116.0001393   1118.3225583   1128.7906586   1141.4269364   1143.1484124
   1145.8708966   1150.1901516   1157.5172706   1162.3573347   1165.3770543
   1169.5164685   1173.6429169   1175.7966516   1178.3839912   1183.9504234
   1188.7835365   1197.6428055   1203.4298821   1205.3889829   1213.0737610
   1225.3202467   1225.8921414   1229.4376181   1233.7960359   1241.0869005
   1245.0510102   1247.2562998   1249.3314068   1251.8994320   1254.4853484
   1257.4910225   1262.7609931   1266.4604510   1267.5843498   1275.9322364
   1282.0638883

 Diagstd> Normal end.

 Rtb_to_modes> Entering in.

 Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file =    406
 Rtb_to_modes> Number of blocs =     50

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.eigenfacs                  

 Openam> file on opening on unit     11:
 matrix.eigenrtb                         

 Rdmodfacs> Entering in.

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     1
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9938E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     2
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9968E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     3
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9975E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     4
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0001E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     5
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0002E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     6
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0005E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     7
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   6.892    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     8
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   9.728    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     9
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   11.34    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    10
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   14.05    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    11
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   15.13    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   73.22    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   74.68    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   82.93    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   84.69    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   85.76    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    55
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   86.09    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   87.62    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   88.41    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    58
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   88.66    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    59
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   90.24    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    60
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   92.19    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    61
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   92.31    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    62
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   94.12    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    63
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   95.73    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    64
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   97.05    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    65
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   99.09    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    66
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   99.78    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    67
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   100.9    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    68
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   101.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    69
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   102.5    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    70
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   104.6    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    71
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   105.6    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    72
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   106.1    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    73
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   108.1    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    74
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   110.5    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    75
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   110.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    76
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   111.3    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    77
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   112.2    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    78
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   113.6    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    79
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   114.6    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    80
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   115.2    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    81
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   116.0    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    82
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   116.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    83
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   117.2    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    84
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   117.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    85
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   118.9    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    86
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   119.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    87
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   121.6    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    88
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   122.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    89
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   123.2    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    90
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   124.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    91
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   127.3    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    92
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   127.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    93
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   128.2    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    94
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   129.1    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    95
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   130.6    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    96
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   131.5    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    97
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   131.9    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    98
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   132.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    99
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   132.9    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   100
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   133.5    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   101
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   134.1    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   102
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   135.2    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   103
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   136.0    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   104
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   136.3    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   105
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   138.1    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   106
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   139.4    

 Rtb_to_modes>  106 vectors, with    300 coordinates in vector file.

 Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
 1.00001 0.99996 1.00002 0.99996 1.00001
 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 1.00002
 1.00004 0.99999 1.00003 1.00001 1.00001
 1.00001 0.99997 1.00001 0.99998 1.00002
 1.00002 1.00003 1.00000 1.00003 0.99999
 1.00002 1.00004 0.99996 1.00000 1.00001
 0.99999 1.00002 0.99999 1.00001 0.99997
 1.00001 1.00001 1.00005 0.99999 0.99997
 1.00001 1.00000 1.00000 0.99999 1.00002
 0.99999 1.00001 1.00002 0.99996 0.99996
 1.00000 1.00003 1.00001 1.00001 1.00002
 1.00000 1.00001 1.00002 0.99997 1.00005
 1.00000 0.99994 1.00003 0.99999 0.99998
 0.99997 1.00001 0.99998 0.99999 1.00001
 1.00002 0.99999 1.00001 1.00003 0.99997
 1.00002 0.99997 1.00002 1.00002 1.00001
 0.99998 1.00004 1.00001 1.00001 1.00002
 1.00000 1.00002 0.99998 0.99997 1.00000
 1.00002 0.99997 1.00000 0.99998 1.00000
 1.00001 1.00000 1.00001 1.00003 1.00001
 1.00001 0.99998 1.00003 0.99999 0.99999
 1.00002

 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
 Rtb_to_modes>     7308 lines found in RTB file.

 Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
 1.00001 0.99996 1.00002 0.99996 1.00001
 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 1.00002
 1.00004 0.99999 1.00003 1.00001 1.00001
 1.00001 0.99997 1.00001 0.99998 1.00002
 1.00002 1.00003 1.00000 1.00003 0.99999
 1.00002 1.00004 0.99996 1.00000 1.00001
 0.99999 1.00002 0.99999 1.00001 0.99997
 1.00001 1.00001 1.00005 0.99999 0.99997
 1.00001 1.00000 1.00000 0.99999 1.00002
 0.99999 1.00001 1.00002 0.99996 0.99996
 1.00000 1.00003 1.00001 1.00001 1.00002
 1.00000 1.00001 1.00002 0.99997 1.00005
 1.00000 0.99994 1.00003 0.99999 0.99998
 0.99997 1.00001 0.99998 0.99999 1.00001
 1.00002 0.99999 1.00001 1.00003 0.99997
 1.00002 0.99997 1.00002 1.00002 1.00001
 0.99998 1.00004 1.00001 1.00001 1.00002
 1.00000 1.00002 0.99998 0.99997 1.00000
 1.00002 0.99997 1.00000 0.99998 1.00000
 1.00001 1.00000 1.00001 1.00003 1.00001
 1.00001 0.99998 1.00003 0.99999 0.99999
 1.00002

 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
 Vector   2: 0.000
 Vector   3: 0.000-0.000
 Vector   4:-0.000 0.000-0.000
 Vector   5: 0.000-0.000 0.000 0.000
 Vector   6: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
 Vector   7:-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
 Vector   8:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
 Vector   9:-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
 Vector  10: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000

 Rtb_to_modes>   106 eigenvectors saved.

 Rtb_to_modes> Normal end.

 Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
 Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 2406271123311174200.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 2406271123311174200.eigenfacs                                   
 Getnam> Corresponding pdb filename ?
 Getnam> 2406271123311174200.atom

 Openam> file on opening on unit     11:
 2406271123311174200.atom                                        
 Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
 Getnum>            0
 Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
 Getnum>        10000
%Getnum-Err: number larger than    106 This is not allowed. Sorry.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:            0

 Rdatompdb> Number of residues found =     50
            First residue number     =    149
            Last  residue number     =     12
            Number of atoms found    =    406
            Mean number per residue  =      8.1

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9938E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9968E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9975E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0001E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0002E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0005E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   6.892    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   9.728    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   11.34    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   14.05    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   15.13    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   17.26    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   18.04    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   20.38    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   24.11    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   24.63    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   26.62    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   27.52    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   29.28    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   30.86    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   31.57    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   34.43    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   36.21    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   39.11    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   39.70    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   40.30    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   42.86    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   44.91    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   46.70    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   48.59    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   50.88    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   53.23    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   54.79    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   55.24    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   56.22    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   60.01    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   61.41    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   63.23    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   64.69    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   66.48    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    41
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   67.26    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    42
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   68.86    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    43
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   71.44    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    44
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   71.70    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    45
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   73.22    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    46
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   74.68    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    47
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   75.17    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    48
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   78.58    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    49
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   79.51    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    50
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   79.95    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    51
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   81.14    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    52
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   82.93    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    53
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   84.69    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    54
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   85.76    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    55
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   86.09    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    56
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   87.62    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    57
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   88.41    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    58
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   88.66    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    59
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   90.24    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    60
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   92.19    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    61
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   92.31    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   94.12    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    63
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   95.73    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    64
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   97.05    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    65
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   99.09    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    66
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   99.78    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    67
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   100.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    68
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   101.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    69
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   102.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    70
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   104.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    71
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   105.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    72
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   106.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    73
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   108.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    74
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   110.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    75
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   110.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    76
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   111.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    77
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   112.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    78
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   113.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    79
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   114.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    80
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   115.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    81
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   116.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    82
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   116.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    83
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   117.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    84
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   117.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    85
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   118.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    86
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   119.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    87
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   121.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    88
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   122.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    89
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   123.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    90
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   124.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    91
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   127.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    92
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   127.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    93
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   128.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    94
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   129.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    95
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   130.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    96
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   131.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    97
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   131.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    98
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   132.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    99
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   132.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   100
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   133.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   101
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   134.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   102
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   135.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   136.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   136.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   138.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   139.4    

 Bfactors>  106 vectors,   1218 coordinates in file.

 Openam> file on opening on unit     12:
 bfactors.pred                                                   

 Bfactors> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000
 Bfactors>     6 eigenvalues less than :     0.000000
 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue  :     6.892000
 Bfactors>   100 eigenvectors will be considered.
 Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.

 Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
          (CHARMM units assumed for eigenvalues)

 Bfactors> Correlation=     -0.093 for     50 C-alpha atoms.
 Bfactors> =      0.050 +/-   0.04
 Bfactors> =     88.414 +/-  22.86
 Bfactors> Shiftng-fct=     88.364
 Bfactors> Scaling-fct=    616.708

 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.

 Bfactors> Normal end.
check_modes
 Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 2406271123311174200.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 2406271123311174200.eigenfacs                                   

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4327E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4333E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4334E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4340E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4342E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4347E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   285.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   338.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   365.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   407.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   422.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   451.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   461.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   490.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   533.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   538.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   560.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   569.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   587.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   603.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   610.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   637.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   653.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   679.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   684.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   689.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   710.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   727.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   742.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   756.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   774.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   792.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   803.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   807.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   814.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   841.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   850.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   863.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   873.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   885.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    41
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   890.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    42
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   901.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    43
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   917.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    44
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   919.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    45
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   929.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    46
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   938.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    47
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   941.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    48
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   962.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    49
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   968.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    50
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   970.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    51
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   978.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    52
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   988.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    53
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   999.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    54
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1006.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    55
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1008.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    56
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1016.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    57
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1021.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    58
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1022.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    59
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1032.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    60
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1043.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    61
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1043.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1053.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    63
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1062.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    64
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1070.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    65
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1081.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    66
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1085.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    67
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1091.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    68
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1096.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    69
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1099.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    70
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1111.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    71
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1116.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    72
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1118.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    73
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1129.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    74
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1141.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    75
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1143.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    76
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1146.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    77
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1150.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    78
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1157.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    79
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1162.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    80
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1165.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    81
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1170.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    82
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1174.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    83
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1176.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    84
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1179.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    85
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1184.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    86
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1189.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    87
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1197.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    88
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1203.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    89
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1205.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    90
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1213.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    91
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1225.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    92
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1226.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    93
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1229.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    94
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1234.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    95
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1241.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    96
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1245.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    97
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1247.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    98
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1249.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    99
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1252.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   100
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1255.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   101
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1257.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   102
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1263.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1266.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1268.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1276.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1282.    

 Chkmod>  106 vectors,   1218 coordinates in file.
 Chkmod>      That is:    406 cartesian points.

 Openam> file on opening on unit     11:
 Chkmod.res                                                      
 Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector    11 is:   1.0001 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector    24 is:   1.0001 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector    38 is:   1.0001 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector    45 is:   1.0001 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector    49 is:   0.9999 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector    60 is:   1.0001 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector    62 is:   0.9999 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector    74 is:   1.0001 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector    75 is:   0.9999 (instead of 1.0000). 

 Chkmod> Normal end.
      0.0034      0.9930
      0.0034      0.8002
      0.0034      0.8169
      0.0034      0.8102
      0.0034      0.7527
      0.0034      0.9910
    285.0685      0.5935
    338.6791      0.3420
    365.6648      0.3730
    407.0191      0.3484
    422.3730      0.1726
    451.1251      0.5851
    461.2060      0.4752
    490.2061      0.3506
    533.1817      0.4967
    538.9008      0.6611
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    610.1181      0.3603
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    653.4177      0.5049
    679.0794      0.3140
    684.1824      0.4711
    689.3331      0.4306
    710.8905      0.3198
    727.6929      0.5639
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    774.5513      0.4475
    792.2365      0.4696
    803.7617      0.3420
    807.0556      0.4153
    814.1831      0.3965
    841.1791      0.5060
    850.9346      0.3232
    863.4521      0.3828
    873.3639      0.4573
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   1188.5160      0.3393
   1197.4115      0.3921
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   1245.2011      0.4090
   1247.0936      0.3993
   1249.4550      0.1755
   1251.8120      0.4129
   1254.6346      0.4278
   1257.4509      0.3654
   1262.5977      0.4783
   1266.3277      0.4180
   1267.7236      0.4687
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getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2406271123311174200 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
making animated gifs
11 models are in 2406271123311174200.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2406271123311174200.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2406271123311174200.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2406271123311174200 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
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2406271123311174200.eigenfacs
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2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
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2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
making animated gifs
11 models are in 2406271123311174200.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2406271123311174200.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2406271123311174200.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2406271123311174200 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2406271123311174200.eigenfacs
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2406271123311174200.eigenfacs
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making animated gifs
11 models are in 2406271123311174200.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2406271123311174200.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2406271123311174200.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2406271123311174200 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2406271123311174200.eigenfacs
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2406271123311174200.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=0
2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
making animated gifs
11 models are in 2406271123311174200.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2406271123311174200.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2406271123311174200.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2406271123311174200 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2406271123311174200.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
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2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
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calculating perturbed structure for DQ=40
2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
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calculating perturbed structure for DQ=80
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2406271123311174200.eigenfacs
2406271123311174200.atom
making animated gifs
11 models are in 2406271123311174200.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2406271123311174200.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2406271123311174200.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2406271123311174200.10.pdb
2406271123311174200.11.pdb
2406271123311174200.7.pdb
2406271123311174200.8.pdb
2406271123311174200.9.pdb



STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL

real	0m0.671s
user	0m0.663s
sys	0m0.008s
rm: cannot remove '2406271123311174200.sdijf': No such file or directory
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K. Suhre & Y.H. Sanejouand, ElNemo: a normal mode web-server for protein movement analysis and the generation of templates for molecular replacement. Nucleic Acids Research, 32, W610-W614, 2004.
K. Suhre & Y.H. Sanejouand, On the potential of normal mode analysis for solving difficult molecular replacement problems. Acta Cryst. D vol.60, p796-799, 2004 © International Union of Crystallography.
elNémo is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Last modification: April 25th, 2023.
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*** STRUCTURAL PROTEIN 17-JUL-23 8PUZ ***

LOGs for ID: 2406271123311174200

output from eigenvector calculation:

Should you encounter any unexpected behaviour,
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* STRUCTURAL PROTEIN 17-JUL-23 8PUZ *
