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LOGs for ID: 2405292121564087913

output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 2405292121564087913.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 2405292121564087913.atom to be opened. Openam> File opened: 2405292121564087913.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 1657 First residue number = 1 Last residue number = 1657 Number of atoms found = 12923 Mean number per residue = 7.8 Pdbmat> Coordinate statistics: = 5.885746 +/- 28.538406 From: -52.411000 To: 96.755000 = -0.804744 +/- 25.049114 From: -61.231000 To: 65.072000 = -2.764524 +/- 24.778655 From: -74.334000 To: 59.841000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 0.5682 % Filled. Pdbmat> 4270486 non-zero elements. Pdbmat> 465952 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 72.11 +/- 27.64 Maximum number = 134 Minimum number = 8 Pdbmat> Matrix trace = 9.319040E+06 Pdbmat> Larger element = 502.912 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 1657 non-zero elements, NRBL set to 9 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 2405292121564087913.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 9 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 2405292121564087913.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 2405292121564087913.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 12923 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 9 residue(s) per block. Blocpdb> 1657 residues. Blocpdb> 70 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 66 atoms in block 2 Block first atom: 71 Blocpdb> 71 atoms in block 3 Block first atom: 137 Blocpdb> 75 atoms in block 4 Block first atom: 208 Blocpdb> 66 atoms in block 5 Block first atom: 283 Blocpdb> 59 atoms in block 6 Block first atom: 349 Blocpdb> 72 atoms in block 7 Block first atom: 408 Blocpdb> 74 atoms in block 8 Block first atom: 480 Blocpdb> 60 atoms in block 9 Block first atom: 554 Blocpdb> 64 atoms in block 10 Block first atom: 614 Blocpdb> 66 atoms in block 11 Block first atom: 678 Blocpdb> 64 atoms in block 12 Block first atom: 744 Blocpdb> 71 atoms in block 13 Block first atom: 808 Blocpdb> 55 atoms in block 14 Block first atom: 879 Blocpdb> 76 atoms in block 15 Block first atom: 934 Blocpdb> 61 atoms in block 16 Block first atom: 1010 Blocpdb> 68 atoms in block 17 Block first atom: 1071 Blocpdb> 67 atoms in block 18 Block first atom: 1139 Blocpdb> 69 atoms in block 19 Block first atom: 1206 Blocpdb> 71 atoms in block 20 Block first atom: 1275 Blocpdb> 64 atoms in block 21 Block first atom: 1346 Blocpdb> 75 atoms in block 22 Block first atom: 1410 Blocpdb> 63 atoms in block 23 Block first atom: 1485 Blocpdb> 63 atoms in block 24 Block first atom: 1548 Blocpdb> 68 atoms in block 25 Block first atom: 1611 Blocpdb> 73 atoms in block 26 Block first atom: 1679 Blocpdb> 67 atoms in block 27 Block first atom: 1752 Blocpdb> 73 atoms in block 28 Block first atom: 1819 Blocpdb> 62 atoms in block 29 Block first atom: 1892 Blocpdb> 68 atoms in block 30 Block first atom: 1954 Blocpdb> 60 atoms in block 31 Block first atom: 2022 Blocpdb> 77 atoms in block 32 Block first atom: 2082 Blocpdb> 70 atoms in block 33 Block first atom: 2159 Blocpdb> 67 atoms in block 34 Block first atom: 2229 Blocpdb> 59 atoms in block 35 Block first atom: 2296 Blocpdb> 66 atoms in block 36 Block first atom: 2355 Blocpdb> 60 atoms in block 37 Block first atom: 2421 Blocpdb> 74 atoms in block 38 Block first atom: 2481 Blocpdb> 78 atoms in block 39 Block first atom: 2555 Blocpdb> 73 atoms in block 40 Block first atom: 2633 Blocpdb> 68 atoms in block 41 Block first atom: 2706 Blocpdb> 69 atoms in block 42 Block first atom: 2774 Blocpdb> 67 atoms in block 43 Block first atom: 2843 Blocpdb> 61 atoms in block 44 Block first atom: 2910 Blocpdb> 53 atoms in block 45 Block first atom: 2971 Blocpdb> 65 atoms in block 46 Block first atom: 3024 Blocpdb> 68 atoms in block 47 Block first atom: 3089 Blocpdb> 72 atoms in block 48 Block first atom: 3157 Blocpdb> 52 atoms in block 49 Block first atom: 3229 Blocpdb> 66 atoms in block 50 Block first atom: 3281 Blocpdb> 75 atoms in block 51 Block first atom: 3347 Blocpdb> 64 atoms in block 52 Block first atom: 3422 Blocpdb> 74 atoms in block 53 Block first atom: 3486 Blocpdb> 65 atoms in block 54 Block first atom: 3560 Blocpdb> 70 atoms in block 55 Block first atom: 3625 Blocpdb> 72 atoms in block 56 Block first atom: 3695 Blocpdb> 73 atoms in block 57 Block first atom: 3767 Blocpdb> 60 atoms in block 58 Block first atom: 3840 Blocpdb> 83 atoms in block 59 Block first atom: 3900 Blocpdb> 60 atoms in block 60 Block first atom: 3983 Blocpdb> 72 atoms in block 61 Block first atom: 4043 Blocpdb> 63 atoms in block 62 Block first atom: 4115 Blocpdb> 69 atoms in block 63 Block first atom: 4178 Blocpdb> 65 atoms in block 64 Block first atom: 4247 Blocpdb> 73 atoms in block 65 Block first atom: 4312 Blocpdb> 67 atoms in block 66 Block first atom: 4385 Blocpdb> 73 atoms in block 67 Block first atom: 4452 Blocpdb> 62 atoms in block 68 Block first atom: 4525 Blocpdb> 73 atoms in block 69 Block first atom: 4587 Blocpdb> 72 atoms in block 70 Block first atom: 4660 Blocpdb> 73 atoms in block 71 Block first atom: 4732 Blocpdb> 71 atoms in block 72 Block first atom: 4805 Blocpdb> 67 atoms in block 73 Block first atom: 4876 Blocpdb> 64 atoms in block 74 Block first atom: 4943 Blocpdb> 68 atoms in block 75 Block first atom: 5007 Blocpdb> 67 atoms in block 76 Block first atom: 5075 Blocpdb> 70 atoms in block 77 Block first atom: 5142 Blocpdb> 69 atoms in block 78 Block first atom: 5212 Blocpdb> 82 atoms in block 79 Block first atom: 5281 Blocpdb> 74 atoms in block 80 Block first atom: 5363 Blocpdb> 65 atoms in block 81 Block first atom: 5437 Blocpdb> 71 atoms in block 82 Block first atom: 5502 Blocpdb> 74 atoms in block 83 Block first atom: 5573 Blocpdb> 62 atoms in block 84 Block first atom: 5647 Blocpdb> 70 atoms in block 85 Block first atom: 5709 Blocpdb> 72 atoms in block 86 Block first atom: 5779 Blocpdb> 72 atoms in block 87 Block first atom: 5851 Blocpdb> 74 atoms in block 88 Block first atom: 5923 Blocpdb> 67 atoms in block 89 Block first atom: 5997 Blocpdb> 69 atoms in block 90 Block first atom: 6064 Blocpdb> 76 atoms in block 91 Block first atom: 6133 Blocpdb> 71 atoms in block 92 Block first atom: 6209 Blocpdb> 75 atoms in block 93 Block first atom: 6280 Blocpdb> 82 atoms in block 94 Block first atom: 6355 Blocpdb> 71 atoms in block 95 Block first atom: 6437 Blocpdb> 67 atoms in block 96 Block first atom: 6508 Blocpdb> 73 atoms in block 97 Block first atom: 6575 Blocpdb> 72 atoms in block 98 Block first atom: 6648 Blocpdb> 79 atoms in block 99 Block first atom: 6720 Blocpdb> 78 atoms in block 100 Block first atom: 6799 Blocpdb> 70 atoms in block 101 Block first atom: 6877 Blocpdb> 75 atoms in block 102 Block first atom: 6947 Blocpdb> 71 atoms in block 103 Block first atom: 7022 Blocpdb> 77 atoms in block 104 Block first atom: 7093 Blocpdb> 73 atoms in block 105 Block first atom: 7170 Blocpdb> 76 atoms in block 106 Block first atom: 7243 Blocpdb> 70 atoms in block 107 Block first atom: 7319 Blocpdb> 60 atoms in block 108 Block first atom: 7389 Blocpdb> 68 atoms in block 109 Block first atom: 7449 Blocpdb> 69 atoms in block 110 Block first atom: 7517 Blocpdb> 81 atoms in block 111 Block first atom: 7586 Blocpdb> 65 atoms in block 112 Block first atom: 7667 Blocpdb> 71 atoms in block 113 Block first atom: 7732 Blocpdb> 62 atoms in block 114 Block first atom: 7803 Blocpdb> 68 atoms in block 115 Block first atom: 7865 Blocpdb> 85 atoms in block 116 Block first atom: 7933 Blocpdb> 78 atoms in block 117 Block first atom: 8018 Blocpdb> 63 atoms in block 118 Block first atom: 8096 Blocpdb> 74 atoms in block 119 Block first atom: 8159 Blocpdb> 72 atoms in block 120 Block first atom: 8233 Blocpdb> 77 atoms in block 121 Block first atom: 8305 Blocpdb> 71 atoms in block 122 Block first atom: 8382 Blocpdb> 79 atoms in block 123 Block first atom: 8453 Blocpdb> 65 atoms in block 124 Block first atom: 8532 Blocpdb> 67 atoms in block 125 Block first atom: 8597 Blocpdb> 75 atoms in block 126 Block first atom: 8664 Blocpdb> 68 atoms in block 127 Block first atom: 8739 Blocpdb> 65 atoms in block 128 Block first atom: 8807 Blocpdb> 73 atoms in block 129 Block first atom: 8872 Blocpdb> 69 atoms in block 130 Block first atom: 8945 Blocpdb> 79 atoms in block 131 Block first atom: 9014 Blocpdb> 63 atoms in block 132 Block first atom: 9093 Blocpdb> 72 atoms in block 133 Block first atom: 9156 Blocpdb> 79 atoms in block 134 Block first atom: 9228 Blocpdb> 61 atoms in block 135 Block first atom: 9307 Blocpdb> 74 atoms in block 136 Block first atom: 9368 Blocpdb> 72 atoms in block 137 Block first atom: 9442 Blocpdb> 62 atoms in block 138 Block first atom: 9514 Blocpdb> 74 atoms in block 139 Block first atom: 9576 Blocpdb> 69 atoms in block 140 Block first atom: 9650 Blocpdb> 76 atoms in block 141 Block first atom: 9719 Blocpdb> 74 atoms in block 142 Block first atom: 9795 Blocpdb> 71 atoms in block 143 Block first atom: 9869 Blocpdb> 73 atoms in block 144 Block first atom: 9940 Blocpdb> 80 atoms in block 145 Block first atom: 10013 Blocpdb> 59 atoms in block 146 Block first atom: 10093 Blocpdb> 78 atoms in block 147 Block first atom: 10152 Blocpdb> 74 atoms in block 148 Block first atom: 10230 Blocpdb> 74 atoms in block 149 Block first atom: 10304 Blocpdb> 69 atoms in block 150 Block first atom: 10378 Blocpdb> 70 atoms in block 151 Block first atom: 10447 Blocpdb> 78 atoms in block 152 Block first atom: 10517 Blocpdb> 76 atoms in block 153 Block first atom: 10595 Blocpdb> 70 atoms in block 154 Block first atom: 10671 Blocpdb> 73 atoms in block 155 Block first atom: 10741 Blocpdb> 62 atoms in block 156 Block first atom: 10814 Blocpdb> 77 atoms in block 157 Block first atom: 10876 Blocpdb> 80 atoms in block 158 Block first atom: 10953 Blocpdb> 83 atoms in block 159 Block first atom: 11033 Blocpdb> 67 atoms in block 160 Block first atom: 11116 Blocpdb> 64 atoms in block 161 Block first atom: 11183 Blocpdb> 69 atoms in block 162 Block first atom: 11247 Blocpdb> 69 atoms in block 163 Block first atom: 11316 Blocpdb> 61 atoms in block 164 Block first atom: 11385 Blocpdb> 72 atoms in block 165 Block first atom: 11446 Blocpdb> 78 atoms in block 166 Block first atom: 11518 Blocpdb> 77 atoms in block 167 Block first atom: 11596 Blocpdb> 83 atoms in block 168 Block first atom: 11673 Blocpdb> 66 atoms in block 169 Block first atom: 11756 Blocpdb> 84 atoms in block 170 Block first atom: 11822 Blocpdb> 62 atoms in block 171 Block first atom: 11906 Blocpdb> 69 atoms in block 172 Block first atom: 11968 Blocpdb> 62 atoms in block 173 Block first atom: 12037 Blocpdb> 71 atoms in block 174 Block first atom: 12099 Blocpdb> 69 atoms in block 175 Block first atom: 12170 Blocpdb> 77 atoms in block 176 Block first atom: 12239 Blocpdb> 67 atoms in block 177 Block first atom: 12316 Blocpdb> 82 atoms in block 178 Block first atom: 12383 Blocpdb> 78 atoms in block 179 Block first atom: 12465 Blocpdb> 70 atoms in block 180 Block first atom: 12543 Blocpdb> 74 atoms in block 181 Block first atom: 12613 Blocpdb> 72 atoms in block 182 Block first atom: 12687 Blocpdb> 69 atoms in block 183 Block first atom: 12759 Blocpdb> 87 atoms in block 184 Block first atom: 12828 Blocpdb> 9 atoms in block 185 Block first atom: 12914 Blocpdb> 185 blocks. Blocpdb> At most, 87 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 9 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 4270671 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 38769 Prepmat> Matrix trace = 9319040.0000 Prepmat> Last element read: 38769 38769 95.0357 Prepmat> 17206 lines saved. Prepmat> 15999 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 12923 RTB> Total mass = 12923.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 12923 RTB> Number of blocks = 185 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 147191.2514 RTB> 40641 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 1110 Diagstd> Nb of non-zero elements: 40641 Diagstd> Projected matrix trace = 147191.2514 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 1110 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 147191.2514 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0006312 0.0008711 0.0020190 0.0027750 0.0039787 0.0052932 0.0065059 0.0088610 0.0161430 0.0188740 0.0247510 0.0278004 0.0363070 0.0462027 0.0509338 0.0564983 0.0720115 0.0793692 0.0945926 0.1011981 0.1036875 0.1074689 0.1235362 0.1305710 0.1393615 0.1495158 0.1609514 0.1676946 0.2071019 0.2241593 0.2274480 0.2331059 0.2667078 0.2722175 0.2906020 0.2987924 0.3129529 0.3289428 0.3817284 0.4070059 0.4349565 0.4501279 0.4889664 0.5555404 0.6371800 0.6422460 0.6882862 0.7422462 0.8024109 0.8494683 0.8782189 0.8896860 0.9815413 1.0858648 1.1142848 1.1594345 1.2852949 1.3223007 1.3557807 1.4150818 1.4350474 1.4581663 1.4887318 1.5736380 1.6048038 1.6774012 1.7392339 1.7921712 1.9648293 1.9816599 2.0237431 2.1704198 2.3527446 2.3817660 2.6279192 2.6550393 2.7830744 2.8188485 2.9211645 3.0128725 3.1043349 3.1814113 3.3017633 3.3460205 3.5118276 3.5946909 3.6884608 3.7902594 4.0823140 4.2428948 4.2822435 4.3909511 4.4204176 4.4755487 4.6680851 4.7291902 5.0229575 5.0922082 5.1635421 5.1955359 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034330 0.0034337 0.0034339 0.0034339 0.0034340 0.0034341 2.7282830 3.2050463 4.8793133 5.7204317 6.8496175 7.9005338 8.7588817 10.2220005 13.7970762 14.9185874 17.0840772 18.1059182 20.6914190 23.3415040 24.5074603 25.8114849 29.1404553 30.5929416 33.3982643 34.5446992 34.9670138 35.5989069 38.1673880 39.2390717 40.5384113 41.9893165 43.5654993 44.4687446 49.4182395 51.4130850 51.7888560 52.4290380 56.0806621 56.6569614 58.5389039 59.3581111 60.7483944 62.2809863 67.0922755 69.2780485 71.6173401 72.8556541 75.9337422 80.9381151 86.6814872 87.0253898 90.0906684 93.5554864 97.2733086 100.0849689 101.7645871 102.4268107 107.5844680 113.1574491 114.6287051 116.9279658 123.1109468 124.8706545 126.4416066 129.1772548 130.0853524 131.1290172 132.4962276 136.2221406 137.5644611 140.6415847 143.2103069 145.3734274 152.2150848 152.8656249 154.4802526 159.9805378 166.5645880 167.5887370 176.0359168 176.9419304 181.1580705 182.3186722 185.5979968 188.4888462 191.3284549 193.6891027 197.3187019 198.6367407 203.4988101 205.8856404 208.5536837 211.4120548 219.4059911 223.6796171 224.7144284 227.5488174 228.3110504 229.7303763 234.6198015 236.1503917 243.3744764 245.0464165 246.7568063 247.5200917 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 12923 Rtb_to_modes> Number of blocs = 185 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9942E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9986E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9994E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9998E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.3123E-04 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.7112E-04 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.0190E-03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.7750E-03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.9787E-03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.2932E-03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.5059E-03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.8610E-03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.6143E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.8874E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.4751E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.7800E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.6307E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.6203E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.0934E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.6498E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.2012E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.9369E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.4593E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1012 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1037 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1075 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1235 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1306 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1394 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1495 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1610 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1677 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2071 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2242 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2274 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2331 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2667 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2722 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2906 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2988 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3130 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3289 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3817 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4070 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4350 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4501 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4890 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5555 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6372 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6422 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6883 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7422 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8024 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8495 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8782 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8897 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9815 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.086 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.114 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.159 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.285 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.322 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.356 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.415 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.435 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.458 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.489 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.574 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.605 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.677 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.739 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.792 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.965 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.982 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.024 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.170 Rdmodfacs> Eigenvector number: 79 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.353 Rdmodfacs> Eigenvector number: 80 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.382 Rdmodfacs> Eigenvector number: 81 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.628 Rdmodfacs> Eigenvector number: 82 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.655 Rdmodfacs> Eigenvector number: 83 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.783 Rdmodfacs> Eigenvector number: 84 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.819 Rdmodfacs> Eigenvector number: 85 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.921 Rdmodfacs> Eigenvector number: 86 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.013 Rdmodfacs> Eigenvector number: 87 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.104 Rdmodfacs> Eigenvector number: 88 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.181 Rdmodfacs> Eigenvector number: 89 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.302 Rdmodfacs> Eigenvector number: 90 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.346 Rdmodfacs> Eigenvector number: 91 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.512 Rdmodfacs> Eigenvector number: 92 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.595 Rdmodfacs> Eigenvector number: 93 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.688 Rdmodfacs> Eigenvector number: 94 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.790 Rdmodfacs> Eigenvector number: 95 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.082 Rdmodfacs> Eigenvector number: 96 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.243 Rdmodfacs> Eigenvector number: 97 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.282 Rdmodfacs> Eigenvector number: 98 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.391 Rdmodfacs> Eigenvector number: 99 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.420 Rdmodfacs> Eigenvector number: 100 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.476 Rdmodfacs> Eigenvector number: 101 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.668 Rdmodfacs> Eigenvector number: 102 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.729 Rdmodfacs> Eigenvector number: 103 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.023 Rdmodfacs> Eigenvector number: 104 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.092 Rdmodfacs> Eigenvector number: 105 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.164 Rdmodfacs> Eigenvector number: 106 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.196 Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1110 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 1.00002 1.00000 1.00000 1.00003 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 1.00001 1.00001 0.99999 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 0.99998 1.00004 1.00001 1.00001 0.99996 1.00005 1.00002 0.99995 1.00002 0.99999 1.00002 1.00001 1.00000 0.99998 1.00003 1.00001 0.99995 1.00001 1.00004 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 1.00001 0.99999 1.00004 0.99996 1.00002 0.99999 1.00001 1.00001 0.99999 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 1.00001 0.99998 1.00004 0.99999 1.00001 0.99998 0.99998 0.99999 0.99998 1.00002 0.99997 1.00002 0.99996 1.00000 0.99996 0.99999 1.00000 0.99998 0.99996 1.00004 0.99999 1.00003 0.99997 1.00001 1.00000 0.99999 1.00000 1.00003 0.99996 0.99995 1.00001 0.99998 0.99996 1.00001 1.00000 0.99998 1.00001 1.00002 1.00002 1.00001 1.00001 1.00000 1.00002 1.00000 1.00000 1.00001 0.99997 0.99999 1.00001 0.99999 1.00002 1.00004 1.00000 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 232614 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 1.00002 1.00000 1.00000 1.00003 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 1.00001 1.00001 0.99999 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 0.99998 1.00004 1.00001 1.00001 0.99996 1.00005 1.00002 0.99995 1.00002 0.99999 1.00002 1.00001 1.00000 0.99998 1.00003 1.00001 0.99995 1.00001 1.00004 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 1.00001 0.99999 1.00004 0.99996 1.00002 0.99999 1.00001 1.00001 0.99999 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 1.00001 0.99998 1.00004 0.99999 1.00001 0.99998 0.99998 0.99999 0.99998 1.00002 0.99997 1.00002 0.99996 1.00000 0.99996 0.99999 1.00000 0.99998 0.99996 1.00004 0.99999 1.00003 0.99997 1.00001 1.00000 0.99999 1.00000 1.00003 0.99996 0.99995 1.00001 0.99998 0.99996 1.00001 1.00000 0.99998 1.00001 1.00002 1.00002 1.00001 1.00001 1.00000 1.00002 1.00000 1.00000 1.00001 0.99997 0.99999 1.00001 0.99999 1.00002 1.00004 1.00000 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2:-0.000 Vector 3:-0.000-0.000 Vector 4:-0.000 0.000-0.000 Vector 5:-0.000 0.000 0.000-0.000 Vector 6:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 Vector 7:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 Vector 8:-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 Vector 9: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 Vector 10: 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2405292121564087913.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2405292121564087913.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 2405292121564087913.atom Openam> file on opening on unit 11: 2405292121564087913.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 1657 First residue number = 1 Last residue number = 1657 Number of atoms found = 12923 Mean number per residue = 7.8 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9942E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9986E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9994E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9998E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.3123E-04 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.7112E-04 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.0190E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.7750E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.9787E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.2932E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.5059E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.8610E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.6143E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.8874E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.4751E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.7800E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.6307E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.6203E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.0934E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.6498E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.2012E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.9369E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.4593E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1012 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1037 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1075 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1235 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1306 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1394 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1495 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1610 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1677 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2071 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2242 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2274 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2331 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2667 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2722 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2906 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2988 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3130 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3289 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3817 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4070 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4350 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4501 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4890 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5555 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6372 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6422 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6883 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7422 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8024 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8495 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8782 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8897 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9815 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.086 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.114 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.159 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.285 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.322 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.356 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.415 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.435 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.458 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.489 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.574 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.605 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.677 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.739 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.792 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.965 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.982 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.024 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.170 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.353 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.382 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.628 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.655 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.783 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.819 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.921 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.013 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.104 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.181 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.302 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.346 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.512 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.595 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.688 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.790 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.082 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.243 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.282 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.391 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.420 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.476 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.668 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.729 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.023 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.092 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.164 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.196 Bfactors> 106 vectors, 38769 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.000631 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= -0.470 for 1657 C-alpha atoms. Bfactors> = 5.804 +/- 22.88 Bfactors> = 74.520 +/- 25.73 Bfactors> Shiftng-fct= 68.717 Bfactors> Scaling-fct= 1.124 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2405292121564087913.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2405292121564087913.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4328E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2.728 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.205 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4.879 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5.720 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 6.849 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 7.900 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 8.759 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 10.22 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 13.80 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 14.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 17.08 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 18.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 20.69 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 23.34 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 24.51 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 25.81 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 29.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 30.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 33.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 34.54 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 34.97 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 35.60 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 38.16 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 39.24 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 40.54 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 41.99 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 43.57 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 44.47 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 49.42 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 51.42 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 51.78 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 52.43 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 56.08 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 56.65 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 58.54 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 59.36 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 60.75 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 62.27 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 67.09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 69.27 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 71.62 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 72.85 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 75.93 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 80.93 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 86.68 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 87.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 90.09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 93.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 97.27 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 100.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 101.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 102.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur 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Chkmod> That is: 12923 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. %Chkmod-Wn> Norm of vector 22 is: 1.0001 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 33 is: 0.9999 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 72 is: 0.9999 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 83 is: 0.9999 (instead of 1.0000). Chkmod> Normal end. 0.0034 0.7509 0.0034 0.8913 0.0034 0.7836 0.0034 0.7397 0.0034 0.9604 0.0034 0.9120 2.7282 0.0558 3.2049 0.1239 4.8792 0.0600 5.7202 0.0700 6.8493 0.0630 7.9002 0.0567 8.7585 0.0821 10.2216 0.0529 13.7965 0.0599 14.9179 0.0557 17.0833 0.0633 18.1050 0.0505 20.6905 0.2538 23.3406 0.0374 24.5065 0.0100 25.8103 0.1616 29.1393 0.2232 30.5916 0.0989 33.3969 0.1244 34.5435 0.0338 34.9676 0.0708 35.6025 0.2239 38.1602 0.1423 39.2417 0.1294 40.5423 0.0831 41.9853 0.2617 43.5702 0.1209 44.4675 0.1031 49.4159 0.1118 51.4155 0.0080 51.7812 0.0756 52.4261 0.0788 56.0774 0.0702 56.6527 0.0469 58.5362 0.6974 59.3563 0.0919 60.7504 0.0633 62.2743 0.0766 67.0869 0.2049 69.2746 0.3399 71.6178 0.4800 72.8503 0.1502 75.9331 0.0267 80.9317 0.3557 86.6791 0.0807 87.0185 0.0707 90.0877 0.1956 93.5486 0.2214 97.2685 0.1326 100.0825 0.0519 101.7591 0.0433 102.4232 0.0541 107.5776 0.1747 113.1596 0.0250 114.6091 0.1948 116.9010 0.0514 123.0915 0.1939 124.8511 0.0374 126.4464 0.0416 129.1680 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will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2405292121564087913.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2405292121564087913.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 8 running: ../../bin/get_modes.sh 2405292121564087913 8 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 8 calculating perturbed structure for DQ=-100 2405292121564087913.eigenfacs 2405292121564087913.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2405292121564087913.eigenfacs 2405292121564087913.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2405292121564087913.eigenfacs 2405292121564087913.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2405292121564087913.eigenfacs 2405292121564087913.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2405292121564087913.eigenfacs 2405292121564087913.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2405292121564087913.eigenfacs 2405292121564087913.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2405292121564087913.eigenfacs 2405292121564087913.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2405292121564087913.eigenfacs 2405292121564087913.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2405292121564087913.eigenfacs 2405292121564087913.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2405292121564087913.eigenfacs 2405292121564087913.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2405292121564087913.eigenfacs 2405292121564087913.atom making animated gifs 11 models are in 2405292121564087913.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2405292121564087913.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2405292121564087913.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 9 running: ../../bin/get_modes.sh 2405292121564087913 9 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 9 calculating perturbed structure for DQ=-100 2405292121564087913.eigenfacs 2405292121564087913.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2405292121564087913.eigenfacs 2405292121564087913.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2405292121564087913.eigenfacs 2405292121564087913.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2405292121564087913.eigenfacs 2405292121564087913.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2405292121564087913.eigenfacs 2405292121564087913.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2405292121564087913.eigenfacs 2405292121564087913.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2405292121564087913.eigenfacs 2405292121564087913.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2405292121564087913.eigenfacs 2405292121564087913.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2405292121564087913.eigenfacs 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