*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2405291050273995722.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2405291050273995722.atom to be opened.
Openam> File opened: 2405291050273995722.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 440
First residue number = 5
Last residue number = 444
Number of atoms found = 3223
Mean number per residue = 7.3
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -8.716461 +/- 10.442899 From: -35.102000 To: 18.328000
= 47.999360 +/- 13.239350 From: 19.429000 To: 78.292000
= 14.879590 +/- 11.863388 From: -20.371000 To: 41.745000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.6580 % Filled.
Pdbmat> 1242626 non-zero elements.
Pdbmat> 135942 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 84.36 +/- 23.61
Maximum number = 131
Minimum number = 15
Pdbmat> Matrix trace = 2.718840E+06
Pdbmat> Larger element = 492.062
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
440 non-zero elements, NRBL set to 3
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2405291050273995722.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 3
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2405291050273995722.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2405291050273995722.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 3223 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 3 residue(s) per block.
Blocpdb> 440 residues.
Blocpdb> 22 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 22 atoms in block 2
Block first atom: 23
Blocpdb> 17 atoms in block 3
Block first atom: 45
Blocpdb> 18 atoms in block 4
Block first atom: 62
Blocpdb> 20 atoms in block 5
Block first atom: 80
Blocpdb> 21 atoms in block 6
Block first atom: 100
Blocpdb> 25 atoms in block 7
Block first atom: 121
Blocpdb> 22 atoms in block 8
Block first atom: 146
Blocpdb> 18 atoms in block 9
Block first atom: 168
Blocpdb> 24 atoms in block 10
Block first atom: 186
Blocpdb> 24 atoms in block 11
Block first atom: 210
Blocpdb> 24 atoms in block 12
Block first atom: 234
Blocpdb> 21 atoms in block 13
Block first atom: 258
Blocpdb> 21 atoms in block 14
Block first atom: 279
Blocpdb> 30 atoms in block 15
Block first atom: 300
Blocpdb> 24 atoms in block 16
Block first atom: 330
Blocpdb> 18 atoms in block 17
Block first atom: 354
Blocpdb> 18 atoms in block 18
Block first atom: 372
Blocpdb> 18 atoms in block 19
Block first atom: 390
Blocpdb> 24 atoms in block 20
Block first atom: 408
Blocpdb> 17 atoms in block 21
Block first atom: 432
Blocpdb> 19 atoms in block 22
Block first atom: 449
Blocpdb> 20 atoms in block 23
Block first atom: 468
Blocpdb> 22 atoms in block 24
Block first atom: 488
Blocpdb> 23 atoms in block 25
Block first atom: 510
Blocpdb> 25 atoms in block 26
Block first atom: 533
Blocpdb> 21 atoms in block 27
Block first atom: 558
Blocpdb> 19 atoms in block 28
Block first atom: 579
Blocpdb> 31 atoms in block 29
Block first atom: 598
Blocpdb> 20 atoms in block 30
Block first atom: 629
Blocpdb> 30 atoms in block 31
Block first atom: 649
Blocpdb> 23 atoms in block 32
Block first atom: 679
Blocpdb> 19 atoms in block 33
Block first atom: 702
Blocpdb> 23 atoms in block 34
Block first atom: 721
Blocpdb> 17 atoms in block 35
Block first atom: 744
Blocpdb> 28 atoms in block 36
Block first atom: 761
Blocpdb> 14 atoms in block 37
Block first atom: 789
Blocpdb> 21 atoms in block 38
Block first atom: 803
Blocpdb> 21 atoms in block 39
Block first atom: 824
Blocpdb> 21 atoms in block 40
Block first atom: 845
Blocpdb> 20 atoms in block 41
Block first atom: 866
Blocpdb> 20 atoms in block 42
Block first atom: 886
Blocpdb> 29 atoms in block 43
Block first atom: 906
Blocpdb> 21 atoms in block 44
Block first atom: 935
Blocpdb> 22 atoms in block 45
Block first atom: 956
Blocpdb> 26 atoms in block 46
Block first atom: 978
Blocpdb> 25 atoms in block 47
Block first atom: 1004
Blocpdb> 20 atoms in block 48
Block first atom: 1029
Blocpdb> 24 atoms in block 49
Block first atom: 1049
Blocpdb> 14 atoms in block 50
Block first atom: 1073
Blocpdb> 14 atoms in block 51
Block first atom: 1087
Blocpdb> 14 atoms in block 52
Block first atom: 1101
Blocpdb> 17 atoms in block 53
Block first atom: 1115
Blocpdb> 17 atoms in block 54
Block first atom: 1132
Blocpdb> 22 atoms in block 55
Block first atom: 1149
Blocpdb> 21 atoms in block 56
Block first atom: 1171
Blocpdb> 21 atoms in block 57
Block first atom: 1192
Blocpdb> 14 atoms in block 58
Block first atom: 1213
Blocpdb> 26 atoms in block 59
Block first atom: 1227
Blocpdb> 22 atoms in block 60
Block first atom: 1253
Blocpdb> 21 atoms in block 61
Block first atom: 1275
Blocpdb> 26 atoms in block 62
Block first atom: 1296
Blocpdb> 26 atoms in block 63
Block first atom: 1322
Blocpdb> 28 atoms in block 64
Block first atom: 1348
Blocpdb> 19 atoms in block 65
Block first atom: 1376
Blocpdb> 18 atoms in block 66
Block first atom: 1395
Blocpdb> 33 atoms in block 67
Block first atom: 1413
Blocpdb> 18 atoms in block 68
Block first atom: 1446
Blocpdb> 19 atoms in block 69
Block first atom: 1464
Blocpdb> 23 atoms in block 70
Block first atom: 1483
Blocpdb> 19 atoms in block 71
Block first atom: 1506
Blocpdb> 19 atoms in block 72
Block first atom: 1525
Blocpdb> 24 atoms in block 73
Block first atom: 1544
Blocpdb> 24 atoms in block 74
Block first atom: 1568
Blocpdb> 21 atoms in block 75
Block first atom: 1592
Blocpdb> 24 atoms in block 76
Block first atom: 1613
Blocpdb> 24 atoms in block 77
Block first atom: 1637
Blocpdb> 20 atoms in block 78
Block first atom: 1661
Blocpdb> 22 atoms in block 79
Block first atom: 1681
Blocpdb> 23 atoms in block 80
Block first atom: 1703
Blocpdb> 23 atoms in block 81
Block first atom: 1726
Blocpdb> 29 atoms in block 82
Block first atom: 1749
Blocpdb> 23 atoms in block 83
Block first atom: 1778
Blocpdb> 24 atoms in block 84
Block first atom: 1801
Blocpdb> 23 atoms in block 85
Block first atom: 1825
Blocpdb> 23 atoms in block 86
Block first atom: 1848
Blocpdb> 22 atoms in block 87
Block first atom: 1871
Blocpdb> 20 atoms in block 88
Block first atom: 1893
Blocpdb> 27 atoms in block 89
Block first atom: 1913
Blocpdb> 15 atoms in block 90
Block first atom: 1940
Blocpdb> 18 atoms in block 91
Block first atom: 1955
Blocpdb> 20 atoms in block 92
Block first atom: 1973
Blocpdb> 23 atoms in block 93
Block first atom: 1993
Blocpdb> 28 atoms in block 94
Block first atom: 2016
Blocpdb> 22 atoms in block 95
Block first atom: 2044
Blocpdb> 23 atoms in block 96
Block first atom: 2066
Blocpdb> 25 atoms in block 97
Block first atom: 2089
Blocpdb> 25 atoms in block 98
Block first atom: 2114
Blocpdb> 21 atoms in block 99
Block first atom: 2139
Blocpdb> 24 atoms in block 100
Block first atom: 2160
Blocpdb> 22 atoms in block 101
Block first atom: 2184
Blocpdb> 27 atoms in block 102
Block first atom: 2206
Blocpdb> 21 atoms in block 103
Block first atom: 2233
Blocpdb> 23 atoms in block 104
Block first atom: 2254
Blocpdb> 25 atoms in block 105
Block first atom: 2277
Blocpdb> 21 atoms in block 106
Block first atom: 2302
Blocpdb> 31 atoms in block 107
Block first atom: 2323
Blocpdb> 22 atoms in block 108
Block first atom: 2354
Blocpdb> 21 atoms in block 109
Block first atom: 2376
Blocpdb> 25 atoms in block 110
Block first atom: 2397
Blocpdb> 24 atoms in block 111
Block first atom: 2422
Blocpdb> 23 atoms in block 112
Block first atom: 2446
Blocpdb> 24 atoms in block 113
Block first atom: 2469
Blocpdb> 24 atoms in block 114
Block first atom: 2493
Blocpdb> 20 atoms in block 115
Block first atom: 2517
Blocpdb> 20 atoms in block 116
Block first atom: 2537
Blocpdb> 17 atoms in block 117
Block first atom: 2557
Blocpdb> 21 atoms in block 118
Block first atom: 2574
Blocpdb> 26 atoms in block 119
Block first atom: 2595
Blocpdb> 24 atoms in block 120
Block first atom: 2621
Blocpdb> 20 atoms in block 121
Block first atom: 2645
Blocpdb> 26 atoms in block 122
Block first atom: 2665
Blocpdb> 21 atoms in block 123
Block first atom: 2691
Blocpdb> 19 atoms in block 124
Block first atom: 2712
Blocpdb> 18 atoms in block 125
Block first atom: 2731
Blocpdb> 25 atoms in block 126
Block first atom: 2749
Blocpdb> 23 atoms in block 127
Block first atom: 2774
Blocpdb> 23 atoms in block 128
Block first atom: 2797
Blocpdb> 20 atoms in block 129
Block first atom: 2820
Blocpdb> 23 atoms in block 130
Block first atom: 2840
Blocpdb> 20 atoms in block 131
Block first atom: 2863
Blocpdb> 21 atoms in block 132
Block first atom: 2883
Blocpdb> 18 atoms in block 133
Block first atom: 2904
Blocpdb> 24 atoms in block 134
Block first atom: 2922
Blocpdb> 19 atoms in block 135
Block first atom: 2946
Blocpdb> 18 atoms in block 136
Block first atom: 2965
Blocpdb> 24 atoms in block 137
Block first atom: 2983
Blocpdb> 24 atoms in block 138
Block first atom: 3007
Blocpdb> 27 atoms in block 139
Block first atom: 3031
Blocpdb> 26 atoms in block 140
Block first atom: 3058
Blocpdb> 25 atoms in block 141
Block first atom: 3084
Blocpdb> 18 atoms in block 142
Block first atom: 3109
Blocpdb> 22 atoms in block 143
Block first atom: 3127
Blocpdb> 24 atoms in block 144
Block first atom: 3149
Blocpdb> 20 atoms in block 145
Block first atom: 3173
Blocpdb> 18 atoms in block 146
Block first atom: 3193
Blocpdb> 13 atoms in block 147
Block first atom: 3210
Blocpdb> 147 blocks.
Blocpdb> At most, 33 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 13 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1242773 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 9669
Prepmat> Matrix trace = 2718840.0000
Prepmat> Last element read: 9669 9669 86.0668
Prepmat> 10879 lines saved.
Prepmat> 9280 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 3223
RTB> Total mass = 3223.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 3223
RTB> Number of blocks = 147
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 201474.4499
RTB> 55323 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 882
Diagstd> Nb of non-zero elements: 55323
Diagstd> Projected matrix trace = 201474.4499
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 882 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 201474.4499
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 3.0177734 4.0893500 4.7846707 5.5310033
6.4792467 6.6902924 10.4649366 10.6024831 11.0264199
11.9216774 13.2565566 13.4222476 13.6986408 14.3664692
15.3216678 16.4714198 17.1344134 18.1564007 19.0213701
19.3244849 20.5000660 21.0676035 22.0560751 23.1045737
23.8270204 23.9276873 25.0735007 25.3645983 26.1407327
27.3914265 28.7115983 28.9760961 29.3101268 29.7578886
30.5136897 31.4063506 31.6065684 32.1249686 33.3482562
34.2059704 35.1594908 36.0753204 36.4353323 37.7555143
37.8729871 38.5612379 38.6806975 39.0059376 39.9952782
40.7856175 41.7791651 42.2626215 43.7141457 44.2008632
44.2818699 45.5170185 45.8819044 46.6027163 46.9808069
47.4229347 47.5302114 48.2718834 49.4148448 49.7659090
50.4524442 50.9960175 52.1055493 52.2930895 52.5531685
53.5087608 54.1376245 54.4337023 55.7021793 56.4235930
57.0027920 57.4419217 57.6436902 59.2858573 59.4986180
60.2120626 60.7838666 61.0291322 61.5204982 62.6965942
63.3541014 63.9602657 64.2102485 64.6032891 65.8223078
66.2550757 66.8415938 68.1447123 68.5410844 69.1609120
70.2538335 70.3469026 71.0641029 71.6795058 72.0445064
72.8577620
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034333 0.0034334 0.0034336 0.0034338 0.0034347
0.0034350 188.6420869 219.5949858 237.5315532 255.3860896
276.4124115 280.8780685 351.2882157 353.5892686 360.5890584
374.9418883 395.3763120 397.8395021 401.9148191 411.5952025
425.0581048 440.7180097 449.5002113 462.7113575 473.6048905
477.3635385 491.6690948 498.4284789 509.9873412 521.9684586
530.0662443 531.1848039 543.7543787 546.9017019 555.2060102
568.3326486 581.8673178 584.5413218 587.9009049 592.3744755
599.8499721 608.5608605 610.4975889 615.4838140 627.0928438
635.1060329 643.8972477 652.2294114 655.4757782 667.2452268
668.2824564 674.3273331 675.3710317 678.2044598 686.7515387
693.5037299 701.8998649 705.9492744 717.9699674 721.9558762
722.6171359 732.6257580 735.5564333 741.3117702 744.3128485
747.8069434 748.6522826 754.4707412 763.3505064 766.0572920
771.3231843 775.4671608 783.8577731 785.2671516 787.2174874
794.3423673 798.9965019 801.1783724 810.4596052 815.6909603
819.8668830 823.0188088 824.4629956 836.1242750 837.6232422
842.6302237 846.6217894 848.3281481 851.7363891 859.8392284
864.3360913 868.4611793 870.1566745 872.8157909 881.0120184
883.9035083 887.8072326 896.4196363 899.0229238 903.0787770
910.1862993 910.7889862 915.4200477 919.3751935 921.7130051
926.9006651
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 3223
Rtb_to_modes> Number of blocs = 147
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.86
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 882 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00002 1.00002 1.00001 0.99999 1.00000
1.00000 1.00001 1.00001 1.00001 1.00001
1.00004 1.00000 1.00001 1.00000 1.00002
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0.99999 0.99999 0.99999 1.00000 0.99998
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1.00001 1.00001 1.00002 1.00000 1.00002
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1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
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1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 58014 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999
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1.00000 1.00001 1.00001 1.00001 1.00001
1.00004 1.00000 1.00001 1.00000 1.00002
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0.99999 0.99999 0.99999 1.00000 0.99998
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1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
1.00001 1.00001 1.00002 1.00000 1.00002
1.00000 0.99998 1.00001 0.99998 1.00000
0.99999 0.99999 0.99999 1.00003 1.00000
1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
1.00000 1.00002 1.00000 1.00000 1.00001
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1.00000 1.00002 1.00001 0.99999 1.00002
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0.99999 1.00001 1.00000 0.99999 0.99999
1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4:-0.000 0.000-0.000
Vector 5: 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 6: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 7:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 8:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 9: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 10:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2405291050273995722.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2405291050273995722.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2405291050273995722.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2405291050273995722.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 440
First residue number = 5
Last residue number = 444
Number of atoms found = 3223
Mean number per residue = 7.3
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9990E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.089
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.785
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.531
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.35
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.86
Bfactors> 106 vectors, 9669 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 3.018000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.231 for 440 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.019 +/- 0.02
Bfactors> = 111.942 +/- 28.74
Bfactors> Shiftng-fct= 111.923
Bfactors> Scaling-fct= 1362.300
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2405291050273995722.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2405291050273995722.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4331E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4334E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4347E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4348E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 188.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 219.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 237.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 255.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 276.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 280.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 351.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 353.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 360.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 374.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 395.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 397.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 401.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 411.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 425.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 440.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 449.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 462.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 473.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 477.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 491.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 498.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 510.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 521.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 530.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 531.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 543.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 546.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 555.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 568.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 581.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 584.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 587.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 592.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 599.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 608.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 610.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 615.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 627.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 635.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 643.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 652.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 655.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 667.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 668.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 674.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 675.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 678.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 686.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 693.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 701.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 705.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 717.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 721.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 722.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 732.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 735.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 741.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 744.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 747.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 748.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 754.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 763.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 766.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 771.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 775.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 783.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 785.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 787.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 794.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 799.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 801.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 810.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 815.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 819.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 823.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 824.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 836.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 837.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 842.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 846.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 848.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 851.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 859.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 864.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 868.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 870.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 872.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 881.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 883.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 887.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 896.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 899.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 903.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 910.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 910.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 915.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 919.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 921.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 926.9
Chkmod> 106 vectors, 9669 coordinates in file.
Chkmod> That is: 3223 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 28 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.9076
0.0034 0.7926
0.0034 0.7408
0.0034 0.8017
0.0034 0.7615
0.0034 0.8534
188.6411 0.2055
219.5762 0.3523
237.5295 0.5604
255.3751 0.2006
276.3953 0.2772
280.8599 0.4616
351.1903 0.4498
353.5327 0.4247
360.6321 0.5746
374.8994 0.3122
395.4107 0.2876
397.7891 0.4210
401.9175 0.5731
411.6281 0.5369
425.0167 0.2213
440.6801 0.3904
449.4230 0.5042
462.7374 0.4023
473.5675 0.3264
477.2877 0.5101
491.6472 0.6383
498.4354 0.0541
510.0108 0.2777
521.8944 0.3897
530.0766 0.5154
531.1877 0.3604
543.6931 0.3805
546.8287 0.4545
555.1744 0.2377
568.2935 0.4293
581.8261 0.4911
584.5556 0.3555
587.8744 0.2490
592.3701 0.4438
599.7880 0.4402
608.5701 0.4966
610.5045 0.4219
615.4098 0.5435
627.0823 0.6041
635.1162 0.5482
643.8743 0.2830
652.2437 0.4329
655.4896 0.4074
667.2562 0.5022
668.2274 0.4662
674.2876 0.4920
675.3360 0.5438
678.2107 0.5599
686.7626 0.4301
693.5112 0.4922
701.8767 0.3994
705.8971 0.4300
717.9051 0.5094
721.9178 0.5096
722.5709 0.4716
732.6183 0.4675
735.5096 0.5906
741.2583 0.4121
744.2745 0.3445
747.7517 0.4825
748.6185 0.3503
754.4236 0.4104
763.2803 0.4549
766.0559 0.4736
771.2714 0.4114
775.4641 0.3414
783.8576 0.4466
785.2102 0.4160
787.1600 0.4154
794.3175 0.3200
798.9797 0.4573
801.1167 0.2509
810.4090 0.5506
815.6300 0.4847
819.8116 0.4838
822.9697 0.4007
824.4012 0.4903
836.1176 0.4332
837.5970 0.4684
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846.5585 0.4022
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making small animated gif 100x100
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MODEL 3 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
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MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m13.306s
user 0m13.258s
sys 0m0.048s
rm: cannot remove '2405291050273995722.sdijf': No such file or directory
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