*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2405280836323761248.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2405280836323761248.atom to be opened.
Openam> File opened: 2405280836323761248.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 40
First residue number = 1
Last residue number = 40
Number of atoms found = 591
Mean number per residue = 14.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 0.474063 +/- 6.225021 From: -12.230000 To: 15.154000
= 0.406751 +/- 5.343409 From: -13.859000 To: 12.814000
= 0.627638 +/- 5.023874 From: -11.080000 To: 13.879000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 19.4504 % Filled.
Pdbmat> 305887 non-zero elements.
Pdbmat> 33599 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 113.70 +/- 40.88
Maximum number = 211
Minimum number = 22
Pdbmat> Matrix trace = 671980.
Pdbmat> Larger element = 806.525
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
40 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2405280836323761248.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2405280836323761248.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2405280836323761248.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 591 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 40 residues.
Blocpdb> 26 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 10 atoms in block 2
Block first atom: 27
Blocpdb> 11 atoms in block 3
Block first atom: 37
Blocpdb> 14 atoms in block 4
Block first atom: 48
Blocpdb> 10 atoms in block 5
Block first atom: 62
Blocpdb> 19 atoms in block 6
Block first atom: 72
Blocpdb> 12 atoms in block 7
Block first atom: 91
Blocpdb> 19 atoms in block 8
Block first atom: 103
Blocpdb> 10 atoms in block 9
Block first atom: 122
Blocpdb> 10 atoms in block 10
Block first atom: 132
Blocpdb> 7 atoms in block 11
Block first atom: 142
Blocpdb> 10 atoms in block 12
Block first atom: 149
Blocpdb> 11 atoms in block 13
Block first atom: 159
Blocpdb> 24 atoms in block 14
Block first atom: 170
Blocpdb> 15 atoms in block 15
Block first atom: 194
Blocpdb> 10 atoms in block 16
Block first atom: 209
Blocpdb> 21 atoms in block 17
Block first atom: 219
Blocpdb> 12 atoms in block 18
Block first atom: 240
Blocpdb> 14 atoms in block 19
Block first atom: 252
Blocpdb> 10 atoms in block 20
Block first atom: 266
Blocpdb> 20 atoms in block 21
Block first atom: 276
Blocpdb> 22 atoms in block 22
Block first atom: 296
Blocpdb> 10 atoms in block 23
Block first atom: 318
Blocpdb> 20 atoms in block 24
Block first atom: 328
Blocpdb> 7 atoms in block 25
Block first atom: 348
Blocpdb> 24 atoms in block 26
Block first atom: 355
Blocpdb> 10 atoms in block 27
Block first atom: 379
Blocpdb> 17 atoms in block 28
Block first atom: 389
Blocpdb> 7 atoms in block 29
Block first atom: 406
Blocpdb> 22 atoms in block 30
Block first atom: 413
Blocpdb> 10 atoms in block 31
Block first atom: 435
Blocpdb> 17 atoms in block 32
Block first atom: 445
Blocpdb> 14 atoms in block 33
Block first atom: 462
Blocpdb> 14 atoms in block 34
Block first atom: 476
Blocpdb> 22 atoms in block 35
Block first atom: 490
Blocpdb> 10 atoms in block 36
Block first atom: 512
Blocpdb> 24 atoms in block 37
Block first atom: 522
Blocpdb> 10 atoms in block 38
Block first atom: 546
Blocpdb> 21 atoms in block 39
Block first atom: 556
Blocpdb> 15 atoms in block 40
Block first atom: 576
Blocpdb> 40 blocks.
Blocpdb> At most, 26 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 7 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 305927 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 1773
Prepmat> Matrix trace = 671980.0000
Prepmat> Last element read: 1773 1773 356.8446
Prepmat> 821 lines saved.
Prepmat> 378 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 591
RTB> Total mass = 591.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 591
RTB> Number of blocks = 40
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 83469.8213
RTB> 15312 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 240
Diagstd> Nb of non-zero elements: 15312
Diagstd> Projected matrix trace = 83469.8213
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 240 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 83469.8213
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 18.3537959 22.4038414 33.5717318 35.2294700
37.4291914 44.8782461 48.7306377 52.6119216 59.2204373
66.1461616 70.1598972 72.9201936 78.7353743 81.1306426
87.3791524 89.0005433 95.8129862 100.2459966 105.3289012
106.5937896 109.0390741 113.3388223 117.0660956 123.5106374
127.8729660 132.5175490 134.0841689 139.6942243 140.7915619
142.5419011 145.7687069 152.2872864 156.7315283 160.2847931
164.9045707 165.4039706 173.1627696 174.5420862 176.2621903
178.9516396 183.9683535 189.0145016 190.7025798 193.4059031
196.8422188 199.9384061 202.5343632 204.3699490 209.8488456
212.2619795 212.6374149 213.6251119 215.3943601 217.5193032
219.9179036 220.5206523 221.5566146 222.8876376 224.5139184
226.9468338 227.4025366 232.4531485 234.7142163 235.8899399
239.3750830 244.2407322 246.0210142 249.4460624 249.6362281
252.8661894 253.1890384 258.4721179 260.3088611 261.3152121
264.3463316 267.0413132 269.8613598 272.5616407 276.7386873
277.6069187 278.3288619 280.0172022 282.3452056 285.7271089
286.4369135 288.0180836 292.5423318 293.3788610 294.4875123
296.4409870 297.9705489 299.6886658 300.1482310 303.9616349
305.0875111 307.6452918 309.4529248 312.2569528 314.5848791
316.2041202
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034320 0.0034323 0.0034328 0.0034336 0.0034337
0.0034355 465.2198412 513.9921962 629.1904946 644.5377151
664.3554515 727.4668675 758.0473388 787.6574086 835.6628296
883.1767022 909.5775912 927.2977087 963.5632515 978.1100884
1015.0774828 1024.4519869 1062.9368617 1087.2484551 1114.4717313
1121.1435727 1133.9302935 1156.0713222 1174.9269006 1206.8337907
1227.9612144 1250.0632206 1257.4306219 1283.4664053 1288.4975401
1296.4821856 1311.0746820 1340.0688261 1359.4820087 1374.8060695
1394.4778710 1396.5878056 1428.9681267 1434.6480143 1441.6998774
1452.6571339 1472.8782229 1492.9416806 1499.5935520 1510.1849676
1523.5419124 1535.4772744 1545.4132792 1552.4005881 1573.0718973
1582.0907278 1583.4892600 1587.1626391 1593.7215459 1601.5635716
1610.3696379 1612.5749701 1616.3583105 1621.2062555 1627.1100031
1635.9022297 1637.5438285 1655.6288928 1663.6615435 1667.8231208
1680.0985276 1697.0878603 1703.2617064 1715.0769360 1715.7305576
1726.7945219 1727.8965200 1745.8307193 1752.0228109 1755.4061941
1765.5577366 1774.5347475 1783.8799836 1792.7826792 1806.4677743
1809.2993330 1811.6504329 1817.1368527 1824.6748625 1835.5702222
1837.8487742 1842.9143785 1857.3324207 1859.9860601 1863.4971029
1869.6676149 1874.4849194 1879.8813502 1881.3221742 1893.2356171
1896.7386556 1904.6729620 1910.2604150 1918.8955642 1926.0351211
1930.9856329
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 591
Rtb_to_modes> Number of blocs = 40
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9883E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9901E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9931E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9980E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9985E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0009E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 78.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 89.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 95.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 100.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 105.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 106.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 109.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 113.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 117.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 123.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 127.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 132.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 134.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 139.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 140.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 142.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 145.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 152.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 156.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 160.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 164.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 165.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 173.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 174.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 176.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 179.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 184.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 189.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 190.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 193.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 196.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 199.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 202.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 204.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 209.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 212.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 212.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 213.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 215.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 217.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 219.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 220.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 221.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 222.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 224.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 226.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 227.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 232.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 234.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 235.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 239.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 244.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 246.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 249.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 249.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 252.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 253.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 258.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 260.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 261.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 264.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 267.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 269.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 272.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 276.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 277.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 278.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 280.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 282.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 285.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 286.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 288.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 292.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 293.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 294.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 296.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 298.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 299.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 300.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 304.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 305.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 307.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 309.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 312.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 314.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 316.2
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 240 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99999 1.00004 0.99999 0.99999 0.99996
1.00000 1.00001 1.00005 0.99997 1.00003
1.00001 0.99994 0.99999 1.00001 0.99998
0.99999 0.99999 1.00003 1.00001 1.00001
1.00000 0.99999 1.00003 1.00000 0.99999
1.00001 0.99998 1.00001 1.00005 1.00000
0.99999 0.99996 1.00001 1.00002 0.99997
1.00002 0.99999 1.00004 0.99999 1.00001
1.00000 0.99995 0.99999 1.00000 0.99998
0.99998 0.99995 1.00001 1.00004 1.00001
1.00000 1.00001 1.00000 0.99997 0.99997
1.00000 1.00000 1.00001 0.99996 1.00003
0.99999 0.99999 1.00000 1.00002 0.99997
1.00002 0.99999 0.99997 0.99999 1.00002
1.00000 0.99997 0.99998 1.00000 1.00001
1.00002 1.00000 0.99998 0.99997 1.00001
0.99997 0.99997 1.00000 0.99999 0.99998
1.00002 1.00004 1.00001 1.00001 0.99997
1.00000 0.99997 1.00004 0.99999 0.99996
1.00001 0.99997 1.00005 0.99998 1.00005
1.00000 0.99997 1.00001 0.99998 0.99999
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 10638 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 1.00004 0.99999 0.99999 0.99996
1.00000 1.00001 1.00005 0.99997 1.00003
1.00001 0.99994 0.99999 1.00001 0.99998
0.99999 0.99999 1.00003 1.00001 1.00001
1.00000 0.99999 1.00003 1.00000 0.99999
1.00001 0.99998 1.00001 1.00005 1.00000
0.99999 0.99996 1.00001 1.00002 0.99997
1.00002 0.99999 1.00004 0.99999 1.00001
1.00000 0.99995 0.99999 1.00000 0.99998
0.99998 0.99995 1.00001 1.00004 1.00001
1.00000 1.00001 1.00000 0.99997 0.99997
1.00000 1.00000 1.00001 0.99996 1.00003
0.99999 0.99999 1.00000 1.00002 0.99997
1.00002 0.99999 0.99997 0.99999 1.00002
1.00000 0.99997 0.99998 1.00000 1.00001
1.00002 1.00000 0.99998 0.99997 1.00001
0.99997 0.99997 1.00000 0.99999 0.99998
1.00002 1.00004 1.00001 1.00001 0.99997
1.00000 0.99997 1.00004 0.99999 0.99996
1.00001 0.99997 1.00005 0.99998 1.00005
1.00000 0.99997 1.00001 0.99998 0.99999
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000-0.000
Vector 5: 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 6:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 7:-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 8:-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 10: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2405280836323761248.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2405280836323761248.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2405280836323761248.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2405280836323761248.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 40
First residue number = 1
Last residue number = 40
Number of atoms found = 591
Mean number per residue = 14.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9883E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9901E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9931E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9980E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9985E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0009E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 117.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 123.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 127.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 132.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 134.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 139.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 140.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 142.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 145.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 152.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 156.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 160.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 164.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 165.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 173.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 174.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 176.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 179.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 184.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 189.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 190.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 193.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 196.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 199.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 202.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 204.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 209.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 212.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 212.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 213.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 215.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 217.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 219.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 220.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 221.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 222.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 224.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 226.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 227.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 232.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 234.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 235.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 239.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 244.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 246.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 249.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 249.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 252.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 253.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 258.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 260.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 261.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 264.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 267.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 269.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 272.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 276.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 277.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 278.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 280.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 282.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 285.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 286.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 288.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 292.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 293.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 294.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 296.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 298.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 299.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 300.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 304.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 305.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 307.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 309.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 312.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 314.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 316.2
Bfactors> 106 vectors, 1773 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 18.350000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.770 for 40 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.012 +/- 0.01
Bfactors> = 0.713 +/- 0.42
Bfactors> Shiftng-fct= 0.701
Bfactors> Scaling-fct= 43.452
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2405280836323761248.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2405280836323761248.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4318E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4321E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4326E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4354E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
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Chkmod> 106 vectors, 1773 coordinates in file.
Chkmod> That is: 591 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 8 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 12 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 29 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 46 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 47 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 68 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 93 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
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0.0034 0.7467
0.0034 0.9081
0.0034 0.7954
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0.0034 0.9912
465.1518 0.3548
513.9261 0.4359
629.1473 0.2512
644.5149 0.3025
664.3341 0.5462
727.4499 0.2502
758.0098 0.2700
787.6092 0.2917
835.6239 0.3091
883.1644 0.4706
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1086.9523 0.4436
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1121.1281 0.3026
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1296.2360 0.4688
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getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2405280836323761248 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
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calculating perturbed structure for DQ=-80
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calculating perturbed structure for DQ=-60
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calculating perturbed structure for DQ=-40
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calculating perturbed structure for DQ=20
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calculating perturbed structure for DQ=60
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making animated gifs
11 models are in 2405280836323761248.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2405280836323761248.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2405280836323761248.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2405280836323761248 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
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MODEL 3 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2405280836323761248.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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making small animated gif 100x100
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MODEL 1 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2405280836323761248.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2405280836323761248.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
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Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m0.656s
user 0m0.644s
sys 0m0.012s
rm: cannot remove '2405280836323761248.sdijf': No such file or directory
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