*** Sonic ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2405231940243058704.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2405231940243058704.atom to be opened.
Openam> File opened: 2405231940243058704.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 157
First residue number = 39
Last residue number = 195
Number of atoms found = 1557
Mean number per residue = 9.9
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 28.047076 +/- 8.362347 From: 8.680000 To: 57.363000
= 12.663998 +/- 9.016166 From: -8.654000 To: 33.062000
= 13.522575 +/- 8.233201 From: -3.603000 To: 33.514000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 6.5266 % Filled.
Pdbmat> 712144 non-zero elements.
Pdbmat> 78103 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 100.32 +/- 30.75
Maximum number = 158
Minimum number = 12
Pdbmat> Matrix trace = 1.562060E+06
Pdbmat> Larger element = 601.928
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
157 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2405231940243058704.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2405231940243058704.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2405231940243058704.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 1557 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 157 residues.
Blocpdb> 12 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 9 atoms in block 2
Block first atom: 13
Blocpdb> 9 atoms in block 3
Block first atom: 22
Blocpdb> 7 atoms in block 4
Block first atom: 31
Blocpdb> 9 atoms in block 5
Block first atom: 38
Blocpdb> 6 atoms in block 6
Block first atom: 47
Blocpdb> 14 atoms in block 7
Block first atom: 53
Blocpdb> 13 atoms in block 8
Block first atom: 67
Blocpdb> 12 atoms in block 9
Block first atom: 80
Blocpdb> 12 atoms in block 10
Block first atom: 92
Blocpdb> 9 atoms in block 11
Block first atom: 104
Blocpdb> 7 atoms in block 12
Block first atom: 113
Blocpdb> 11 atoms in block 13
Block first atom: 120
Blocpdb> 8 atoms in block 14
Block first atom: 131
Blocpdb> 6 atoms in block 15
Block first atom: 139
Blocpdb> 10 atoms in block 16
Block first atom: 145
Blocpdb> 13 atoms in block 17
Block first atom: 155
Blocpdb> 9 atoms in block 18
Block first atom: 168
Blocpdb> 9 atoms in block 19
Block first atom: 177
Blocpdb> 5 atoms in block 20
Block first atom: 186
Blocpdb> 6 atoms in block 21
Block first atom: 191
Blocpdb> 8 atoms in block 22
Block first atom: 197
Blocpdb> 5 atoms in block 23
Block first atom: 205
Blocpdb> 17 atoms in block 24
Block first atom: 210
Blocpdb> 14 atoms in block 25
Block first atom: 227
Blocpdb> 10 atoms in block 26
Block first atom: 241
Blocpdb> 5 atoms in block 27
Block first atom: 251
Blocpdb> 13 atoms in block 28
Block first atom: 256
Blocpdb> 9 atoms in block 29
Block first atom: 269
Blocpdb> 9 atoms in block 30
Block first atom: 278
Blocpdb> 17 atoms in block 31
Block first atom: 287
Blocpdb> 11 atoms in block 32
Block first atom: 304
Blocpdb> 8 atoms in block 33
Block first atom: 315
Blocpdb> 10 atoms in block 34
Block first atom: 323
Blocpdb> 17 atoms in block 35
Block first atom: 333
Blocpdb> 12 atoms in block 36
Block first atom: 350
Blocpdb> 13 atoms in block 37
Block first atom: 362
Blocpdb> 10 atoms in block 38
Block first atom: 375
Blocpdb> 9 atoms in block 39
Block first atom: 385
Blocpdb> 9 atoms in block 40
Block first atom: 394
Blocpdb> 7 atoms in block 41
Block first atom: 403
Blocpdb> 11 atoms in block 42
Block first atom: 410
Blocpdb> 14 atoms in block 43
Block first atom: 421
Blocpdb> 11 atoms in block 44
Block first atom: 435
Blocpdb> 7 atoms in block 45
Block first atom: 446
Blocpdb> 9 atoms in block 46
Block first atom: 453
Blocpdb> 9 atoms in block 47
Block first atom: 462
Blocpdb> 9 atoms in block 48
Block first atom: 471
Blocpdb> 12 atoms in block 49
Block first atom: 480
Blocpdb> 13 atoms in block 50
Block first atom: 492
Blocpdb> 9 atoms in block 51
Block first atom: 505
Blocpdb> 10 atoms in block 52
Block first atom: 514
Blocpdb> 10 atoms in block 53
Block first atom: 524
Blocpdb> 11 atoms in block 54
Block first atom: 534
Blocpdb> 9 atoms in block 55
Block first atom: 545
Blocpdb> 5 atoms in block 56
Block first atom: 554
Blocpdb> 6 atoms in block 57
Block first atom: 559
Blocpdb> 9 atoms in block 58
Block first atom: 565
Blocpdb> 17 atoms in block 59
Block first atom: 574
Blocpdb> 9 atoms in block 60
Block first atom: 591
Blocpdb> 9 atoms in block 61
Block first atom: 600
Blocpdb> 9 atoms in block 62
Block first atom: 609
Blocpdb> 12 atoms in block 63
Block first atom: 618
Blocpdb> 17 atoms in block 64
Block first atom: 630
Blocpdb> 7 atoms in block 65
Block first atom: 647
Blocpdb> 13 atoms in block 66
Block first atom: 654
Blocpdb> 9 atoms in block 67
Block first atom: 667
Blocpdb> 13 atoms in block 68
Block first atom: 676
Blocpdb> 9 atoms in block 69
Block first atom: 689
Blocpdb> 11 atoms in block 70
Block first atom: 698
Blocpdb> 6 atoms in block 71
Block first atom: 709
Blocpdb> 9 atoms in block 72
Block first atom: 715
Blocpdb> 6 atoms in block 73
Block first atom: 724
Blocpdb> 9 atoms in block 74
Block first atom: 730
Blocpdb> 8 atoms in block 75
Block first atom: 739
Blocpdb> 8 atoms in block 76
Block first atom: 747
Blocpdb> 9 atoms in block 77
Block first atom: 755
Blocpdb> 11 atoms in block 78
Block first atom: 764
Blocpdb> 12 atoms in block 79
Block first atom: 775
Blocpdb> 16 atoms in block 80
Block first atom: 787
Blocpdb> 7 atoms in block 81
Block first atom: 803
Blocpdb> 5 atoms in block 82
Block first atom: 810
Blocpdb> 8 atoms in block 83
Block first atom: 815
Blocpdb> 13 atoms in block 84
Block first atom: 823
Blocpdb> 9 atoms in block 85
Block first atom: 836
Blocpdb> 17 atoms in block 86
Block first atom: 845
Blocpdb> 8 atoms in block 87
Block first atom: 862
Blocpdb> 9 atoms in block 88
Block first atom: 870
Blocpdb> 10 atoms in block 89
Block first atom: 879
Blocpdb> 5 atoms in block 90
Block first atom: 889
Blocpdb> 16 atoms in block 91
Block first atom: 894
Blocpdb> 9 atoms in block 92
Block first atom: 910
Blocpdb> 10 atoms in block 93
Block first atom: 919
Blocpdb> 9 atoms in block 94
Block first atom: 929
Blocpdb> 5 atoms in block 95
Block first atom: 938
Blocpdb> 13 atoms in block 96
Block first atom: 943
Blocpdb> 13 atoms in block 97
Block first atom: 956
Blocpdb> 8 atoms in block 98
Block first atom: 969
Blocpdb> 10 atoms in block 99
Block first atom: 977
Blocpdb> 10 atoms in block 100
Block first atom: 987
Blocpdb> 8 atoms in block 101
Block first atom: 997
Blocpdb> 9 atoms in block 102
Block first atom: 1005
Blocpdb> 13 atoms in block 103
Block first atom: 1014
Blocpdb> 14 atoms in block 104
Block first atom: 1027
Blocpdb> 10 atoms in block 105
Block first atom: 1041
Blocpdb> 5 atoms in block 106
Block first atom: 1051
Blocpdb> 17 atoms in block 107
Block first atom: 1056
Blocpdb> 6 atoms in block 108
Block first atom: 1073
Blocpdb> 8 atoms in block 109
Block first atom: 1079
Blocpdb> 9 atoms in block 110
Block first atom: 1087
Blocpdb> 9 atoms in block 111
Block first atom: 1096
Blocpdb> 9 atoms in block 112
Block first atom: 1105
Blocpdb> 9 atoms in block 113
Block first atom: 1114
Blocpdb> 8 atoms in block 114
Block first atom: 1123
Blocpdb> 9 atoms in block 115
Block first atom: 1131
Blocpdb> 17 atoms in block 116
Block first atom: 1140
Blocpdb> 9 atoms in block 117
Block first atom: 1157
Blocpdb> 17 atoms in block 118
Block first atom: 1166
Blocpdb> 8 atoms in block 119
Block first atom: 1183
Blocpdb> 13 atoms in block 120
Block first atom: 1191
Blocpdb> 14 atoms in block 121
Block first atom: 1204
Blocpdb> 5 atoms in block 122
Block first atom: 1218
Blocpdb> 9 atoms in block 123
Block first atom: 1223
Blocpdb> 9 atoms in block 124
Block first atom: 1232
Blocpdb> 6 atoms in block 125
Block first atom: 1241
Blocpdb> 17 atoms in block 126
Block first atom: 1247
Blocpdb> 9 atoms in block 127
Block first atom: 1264
Blocpdb> 6 atoms in block 128
Block first atom: 1273
Blocpdb> 8 atoms in block 129
Block first atom: 1279
Blocpdb> 10 atoms in block 130
Block first atom: 1287
Blocpdb> 6 atoms in block 131
Block first atom: 1297
Blocpdb> 5 atoms in block 132
Block first atom: 1303
Blocpdb> 12 atoms in block 133
Block first atom: 1308
Blocpdb> 9 atoms in block 134
Block first atom: 1320
Blocpdb> 16 atoms in block 135
Block first atom: 1329
Blocpdb> 8 atoms in block 136
Block first atom: 1345
Blocpdb> 14 atoms in block 137
Block first atom: 1353
Blocpdb> 14 atoms in block 138
Block first atom: 1367
Blocpdb> 10 atoms in block 139
Block first atom: 1381
Blocpdb> 8 atoms in block 140
Block first atom: 1391
Blocpdb> 13 atoms in block 141
Block first atom: 1399
Blocpdb> 6 atoms in block 142
Block first atom: 1412
Blocpdb> 13 atoms in block 143
Block first atom: 1418
Blocpdb> 9 atoms in block 144
Block first atom: 1431
Blocpdb> 13 atoms in block 145
Block first atom: 1440
Blocpdb> 7 atoms in block 146
Block first atom: 1453
Blocpdb> 8 atoms in block 147
Block first atom: 1460
Blocpdb> 8 atoms in block 148
Block first atom: 1468
Blocpdb> 13 atoms in block 149
Block first atom: 1476
Blocpdb> 6 atoms in block 150
Block first atom: 1489
Blocpdb> 10 atoms in block 151
Block first atom: 1495
Blocpdb> 11 atoms in block 152
Block first atom: 1505
Blocpdb> 8 atoms in block 153
Block first atom: 1516
Blocpdb> 8 atoms in block 154
Block first atom: 1524
Blocpdb> 6 atoms in block 155
Block first atom: 1532
Blocpdb> 6 atoms in block 156
Block first atom: 1538
Blocpdb> 14 atoms in block 157
Block first atom: 1543
Blocpdb> 157 blocks.
Blocpdb> At most, 17 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 5 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 712301 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 4671
Prepmat> Matrix trace = 1562060.0000
Prepmat> Last element read: 4671 4671 61.3741
Prepmat> 12404 lines saved.
Prepmat> 10210 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1557
RTB> Total mass = 1557.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 1557
RTB> Number of blocks = 157
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 291569.3985
RTB> 76593 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 942
Diagstd> Nb of non-zero elements: 76593
Diagstd> Projected matrix trace = 291569.3985
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 942 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 291569.3985
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 1.0382046 1.3987526 6.0782439 6.7954247
8.5668359 9.8315696 12.0255203 13.4781844 14.0045965
19.3837917 19.9940151 21.2986605 23.3620136 23.7683576
24.4446229 26.1026058 26.5364382 27.6413331 29.8037014
31.2050522 31.4523724 32.2191210 34.5510332 35.3663083
36.1874847 37.7309573 38.3130551 40.3708664 41.5884733
42.6098615 43.3834274 47.2910673 48.0709453 48.8628054
50.6623049 52.6932792 53.7368067 54.8964024 55.0042020
56.8669120 57.7546713 58.9959213 59.7815920 59.9865615
62.3945092 63.5526918 64.0639623 65.8357600 67.5778307
67.9870031 69.1464342 70.8340361 72.2302318 73.1348157
73.4558751 74.5448565 75.4957794 76.7634854 77.6134627
78.8278906 79.7368550 80.0986354 81.8626004 83.5639906
84.5495579 84.9890958 86.3834299 86.7552842 87.0080515
88.6556030 89.7952639 90.8136338 91.1432765 93.4242100
94.0365274 96.2055871 97.6414747 99.1309306 99.9022527
100.3521550 101.2471703 101.7896953 101.9902016 103.5255487
104.6441832 105.6090950 106.3096026 108.8082241 109.1001362
109.6229335 110.4072261 111.7615906 112.8736481 114.6843436
115.5808220 116.4200761 117.3131852 118.0516462 120.7047939
121.5407480
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034326 0.0034341 0.0034345 0.0034349 0.0034355
0.0034364 110.6462641 128.4297780 267.7221736 283.0763478
317.8377699 340.4918414 376.5713006 398.6676332 406.3783673
478.0954908 485.5626676 501.1542595 524.8683878 529.4133237
536.8920226 554.8009713 559.3924429 570.9193631 592.8302853
606.6074457 609.0065799 616.3850892 638.3014044 645.7882580
653.2425705 667.0281962 672.1538222 689.9685820 700.2961990
708.8434680 715.2489186 746.7665188 752.8988116 759.0746345
772.9257081 788.2661795 796.0332489 804.5762754 805.3658575
818.8891240 825.2562810 834.0772467 839.6127372 841.0508704
857.7652866 865.6897100 869.1648970 881.1020406 892.6832860
895.3817316 902.9842485 913.9370314 922.9002943 928.6613393
930.6975032 937.5709051 943.5319627 951.4207585 956.6736456
964.1291921 969.6719467 971.8692449 982.5124182 992.6699291
998.5066251 1001.0986708 1009.2772924 1011.4472750 1012.9196628
1022.4648206 1029.0156876 1034.8342809 1036.7107425 1049.6028407
1053.0368562 1065.1123672 1073.0314358 1081.1846514 1085.3827644
1087.8239891 1092.6642332 1095.5877997 1096.6663184 1104.8900199
1110.8433681 1115.9530944 1119.6480490 1132.7293179 1134.2477506
1136.9621054 1141.0220300 1147.9991520 1153.6964629 1162.9133254
1167.4496777 1171.6805473 1176.1661970 1179.8622449 1193.0469635
1197.1711230
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1557
Rtb_to_modes> Number of blocs = 157
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9920E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0009E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0014E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.038
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.399
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.078
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.795
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.567
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.832
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 77.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 78.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 80.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 84.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 84.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 88.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 89.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 90.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 91.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 93.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 97.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 100.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 101.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 101.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 102.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 103.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 104.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 105.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 106.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 108.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 109.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 109.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 110.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 111.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 112.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 114.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 115.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 116.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 117.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 118.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 120.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 121.5
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 942 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00001 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000
1.00001 0.99999 0.99996 1.00002 1.00004
0.99999 0.99998 0.99997 1.00000 1.00006
0.99998 0.99998 1.00000 1.00003 0.99995
0.99998 1.00001 1.00002 1.00003 1.00003
0.99999 1.00002 1.00000 1.00000 1.00000
1.00001 0.99998 0.99999 1.00000 1.00002
1.00001 1.00003 0.99999 1.00002 1.00003
0.99999 1.00001 1.00001 1.00000 1.00002
0.99999 1.00000 1.00001 1.00003 0.99999
1.00002 1.00001 0.99999 0.99997 0.99997
1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
0.99999 1.00003 0.99998 1.00001 0.99996
1.00001 1.00001 0.99998 0.99998 1.00002
1.00002 0.99997 0.99999 1.00000 0.99996
1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000
0.99998 0.99999 1.00001 1.00002 0.99998
0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 1.00002
1.00001 1.00000 0.99998 0.99998 1.00001
1.00001 0.99997 0.99997 1.00001 0.99998
1.00000 1.00003 1.00001 0.99999 1.00000
1.00002
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 28026 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000
1.00001 0.99999 0.99996 1.00002 1.00004
0.99999 0.99998 0.99997 1.00000 1.00006
0.99998 0.99998 1.00000 1.00003 0.99995
0.99998 1.00001 1.00002 1.00003 1.00003
0.99999 1.00002 1.00000 1.00000 1.00000
1.00001 0.99998 0.99999 1.00000 1.00002
1.00001 1.00003 0.99999 1.00002 1.00003
0.99999 1.00001 1.00001 1.00000 1.00002
0.99999 1.00000 1.00001 1.00003 0.99999
1.00002 1.00001 0.99999 0.99997 0.99997
1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
0.99999 1.00003 0.99998 1.00001 0.99996
1.00001 1.00001 0.99998 0.99998 1.00002
1.00002 0.99997 0.99999 1.00000 0.99996
1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000
0.99998 0.99999 1.00001 1.00002 0.99998
0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 1.00002
1.00001 1.00000 0.99998 0.99998 1.00001
1.00001 0.99997 0.99997 1.00001 0.99998
1.00000 1.00003 1.00001 0.99999 1.00000
1.00002
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4: 0.000-0.000 0.000
Vector 5: 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 6: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 7: 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 8: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2405231940243058704.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2405231940243058704.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2405231940243058704.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2405231940243058704.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 157
First residue number = 39
Last residue number = 195
Number of atoms found = 1557
Mean number per residue = 9.9
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9920E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0009E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0014E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.038
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.399
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.078
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.795
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.567
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.832
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 110.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 114.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 115.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 116.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 117.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 118.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 120.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 121.5
Bfactors> 106 vectors, 4671 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 1.038000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.359 for 157 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.020 +/- 0.05
Bfactors> = 11.458 +/- 7.32
Bfactors> Shiftng-fct= 11.439
Bfactors> Scaling-fct= 158.350
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2405231940243058704.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2405231940243058704.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4324E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4343E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4348E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4354E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4362E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 110.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 128.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 267.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 283.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 317.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 340.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 376.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 398.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 406.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 478.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 485.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 501.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 524.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 529.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 536.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 554.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 559.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 570.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 592.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 606.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 609.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 616.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 638.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 645.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 653.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 667.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 672.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 689.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 700.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 708.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 715.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 746.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 752.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 759.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 772.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 788.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 796.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 804.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 805.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 818.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 825.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 834.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 839.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 841.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 857.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 865.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 869.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 881.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 892.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 895.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 903.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 913.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 922.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 928.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 930.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 937.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 943.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 951.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 956.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 964.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 969.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 971.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 982.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 992.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 998.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1001.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1009.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1011.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1013.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1022.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1029.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1035.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1037.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1050.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1053.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1065.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1073.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1081.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1085.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1088.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1092.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1096.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1097.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1105.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1111.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1116.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1120.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1133.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1134.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1137.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1141.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1148.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1154.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1163.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1167.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1172.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1176.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1180.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1193.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1197.
Chkmod> 106 vectors, 4671 coordinates in file.
Chkmod> That is: 1557 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 10 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 15 is: 1.0002 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 75 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7253
0.0034 0.9556
0.0034 0.7400
0.0034 0.7370
0.0034 0.7240
0.0034 0.9790
110.6306 0.0069
128.4356 0.0115
267.7053 0.0457
283.0553 0.0263
317.8272 0.3478
340.4847 0.4798
376.6253 0.1415
398.6774 0.1316
406.2942 0.1625
478.0282 0.3462
485.4931 0.0818
501.1485 0.4381
524.8232 0.3936
529.4089 0.4926
536.8182 0.0335
554.7495 0.1083
559.4060 0.2947
570.8811 0.2590
592.7680 0.3844
606.6295 0.3955
608.9575 0.3023
616.3670 0.3656
638.2645 0.5268
645.7942 0.4915
653.2372 0.3717
666.9911 0.4153
672.0982 0.3027
689.9316 0.3724
700.2790 0.5145
708.8142 0.4590
715.1900 0.4925
746.7260 0.3279
752.8591 0.4568
759.0203 0.4042
772.8749 0.3074
788.2078 0.4285
796.0227 0.2799
804.5681 0.4123
805.3005 0.4200
818.8762 0.4950
825.1875 0.3548
834.0703 0.3190
839.5655 0.4660
841.0389 0.3738
857.6975 0.2483
865.6342 0.3731
869.1007 0.3011
881.0926 0.2989
892.6593 0.3014
895.3630 0.3143
902.9688 0.3075
913.8718 0.3683
922.8592 0.3952
928.5909 0.2233
930.6837 0.3307
937.5001 0.3274
943.5178 0.3407
951.3583 0.2937
956.6112 0.3078
964.1007 0.4296
969.6494 0.2684
971.8358 0.1858
982.4546 0.1338
992.6036 0.2738
998.4664 0.2950
1001.0610 0.2812
1009.2139 0.2553
1011.4313 0.4746
1012.8875 0.0677
1022.4463 0.2654
1028.9987 0.2485
1034.7692 0.4232
1036.6476 0.3182
1049.5341 0.5421
1053.0111 0.2806
1065.0911 0.3072
1072.9773 0.2853
1081.1332 0.1614
1085.3239 0.3642
1088.0366 0.3294
1092.3628 0.3213
1095.5962 0.2014
1096.6719 0.3760
1104.7063 0.4337
1110.5612 0.3339
1115.8571 0.0992
1119.5494 0.2929
1132.6379 0.3700
1134.1984 0.3777
1136.7944 0.3451
1140.9357 0.2662
1148.1471 0.3496
1153.7816 0.4225
1162.9428 0.3912
1167.4964 0.3970
1171.5292 0.4054
1176.0496 0.2656
1180.0532 0.3246
1192.9721 0.3428
1196.9190 0.4117
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2405231940243058704 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
making animated gifs
11 models are in 2405231940243058704.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2405231940243058704.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2405231940243058704.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2405231940243058704 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
making animated gifs
11 models are in 2405231940243058704.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2405231940243058704.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2405231940243058704.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2405231940243058704 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
making animated gifs
11 models are in 2405231940243058704.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2405231940243058704.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2405231940243058704.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2405231940243058704 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
making animated gifs
11 models are in 2405231940243058704.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2405231940243058704.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2405231940243058704.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2405231940243058704 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2405231940243058704.eigenfacs
2405231940243058704.atom
making animated gifs
11 models are in 2405231940243058704.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2405231940243058704.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2405231940243058704.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2405231940243058704.10.pdb
2405231940243058704.11.pdb
2405231940243058704.7.pdb
2405231940243058704.8.pdb
2405231940243058704.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m12.450s
user 0m12.422s
sys 0m0.028s
rm: cannot remove '2405231940243058704.sdijf': No such file or directory
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:
elNémo
is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed
by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Last modification: April 25th, 2023.
|
