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please let us know.

* UBIQUITIN *

LOGs for ID: 2405231012312834919

output from eigenvector calculation:


STDOUT:

CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
 Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
 Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.    

 Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.

 Pdbmat> Coordinate filename     = 2405231012312834919.atom

 Pdbmat> Distance cutoff         =       8.00
         Force constant          =      10.00
         Origin of mass values   =       CONS
 Pdbmat> Levelshift              =    1.0E-09
         PRINTing level          =          2

 Pdbmat> Coordinate file 2405231012312834919.atom to be opened.

 Openam> File opened: 2405231012312834919.atom

 Pdbmat> Coordinate file in PDB format.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:      0

 Rdatompdb> Number of residues found =     76
            First residue number     =      1
            Last  residue number     =     76
            Number of atoms found    =    601
            Mean number per residue  =      7.9

 Pdbmat> Coordinate statistics: 
 =    19.938875 +/-     7.038585 From:     4.279000 To:    36.562000
 =    18.382837 +/-     6.882594 From:    -0.249000 To:    34.220000
 =     8.535063 +/-     6.220716 From:    -5.338000 To:    21.205000
 Pdbmat> Masses are all set to one.

 Openam> File opened: pdbmat.xyzm
 Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.

 Openam> File opened: pdbmat.sdijb

 Pdbmat> Matrix statistics:

 Pdbmat> The matrix is  12.2227 % Filled.
 Pdbmat>       198778  non-zero elements.
 Pdbmat>        21688 atom-atom interactions.

 Pdbmat> Number per atom=     72.17 +/-     21.75
         Maximum number =    121
         Minimum number =     10

 Pdbmat> Matrix trace   =  433760.    
 Pdbmat> Larger element =  442.090    
 Pdbmat>      0 elements larger than +/-  1.0E+10

 Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
76 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
 Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
 Diagrtb> Version 2.52, November 2004. 
 Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.

 Diagrtb> Options taken into account:

 MATRix filename          = pdbmat.sdijb
 COORdinates filename     = 2405231012312834919.atom
 Eigenvector OUTPut file  = matrix.eigenrtb
 Nb of VECTors required   =        106
 EigeNVALues chosen       =       LOWE
 Type of SUBStructuring   =       NONE
 Nb of residues per BLOck =          1
 Origin of MASS values    =       CONS
 MATRix FORMat            =       BINA
 Temporary files cleaning =       ALL 
 Output PRINting level    =          2

 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.

 Blocpdb> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.xyzm   

 Blocpdb> Coordinate file 2405231012312834919.atom to be opened.

 Openam> file on opening on unit     11:
 2405231012312834919.atom                                                                                                        

 Blocpdb> Coordinate file in PDB format.

 Blocpdb>   601 atoms picked in pdb file.
 Blocpdb>   All masses set to unity.
 Blocpdb> Coordinate file is rewritten.

 Blocpdb> Substructuring:
 Blocpdb>     1 residue(s) per block.
 Blocpdb>    76 residues.
 Blocpdb>     8 atoms in block      1
 Block first atom:      1
 Blocpdb>     9 atoms in block      2
 Block first atom:      9
 Blocpdb>     8 atoms in block      3
 Block first atom:     18
 Blocpdb>    11 atoms in block      4
 Block first atom:     26
 Blocpdb>     7 atoms in block      5
 Block first atom:     37
 Blocpdb>     9 atoms in block      6
 Block first atom:     44
 Blocpdb>     7 atoms in block      7
 Block first atom:     53
 Blocpdb>     8 atoms in block      8
 Block first atom:     60
 Blocpdb>     7 atoms in block      9
 Block first atom:     68
 Blocpdb>     4 atoms in block     10
 Block first atom:     75
 Blocpdb>     9 atoms in block     11
 Block first atom:     79
 Blocpdb>     7 atoms in block     12
 Block first atom:     88
 Blocpdb>     8 atoms in block     13
 Block first atom:     95
 Blocpdb>     7 atoms in block     14
 Block first atom:    103
 Blocpdb>     8 atoms in block     15
 Block first atom:    110
 Blocpdb>     9 atoms in block     16
 Block first atom:    118
 Blocpdb>     7 atoms in block     17
 Block first atom:    127
 Blocpdb>     9 atoms in block     18
 Block first atom:    134
 Blocpdb>     7 atoms in block     19
 Block first atom:    143
 Blocpdb>     6 atoms in block     20
 Block first atom:    150
 Blocpdb>     8 atoms in block     21
 Block first atom:    156
 Blocpdb>     7 atoms in block     22
 Block first atom:    164
 Blocpdb>     8 atoms in block     23
 Block first atom:    171
 Blocpdb>     9 atoms in block     24
 Block first atom:    179
 Blocpdb>     8 atoms in block     25
 Block first atom:    188
 Blocpdb>     7 atoms in block     26
 Block first atom:    196
 Blocpdb>     9 atoms in block     27
 Block first atom:    203
 Blocpdb>     5 atoms in block     28
 Block first atom:    212
 Blocpdb>     9 atoms in block     29
 Block first atom:    217
 Blocpdb>     8 atoms in block     30
 Block first atom:    226
 Blocpdb>     9 atoms in block     31
 Block first atom:    234
 Blocpdb>     8 atoms in block     32
 Block first atom:    243
 Blocpdb>     9 atoms in block     33
 Block first atom:    251
 Blocpdb>     9 atoms in block     34
 Block first atom:    260
 Blocpdb>     4 atoms in block     35
 Block first atom:    269
 Blocpdb>     8 atoms in block     36
 Block first atom:    273
 Blocpdb>     7 atoms in block     37
 Block first atom:    281
 Blocpdb>     7 atoms in block     38
 Block first atom:    288
 Blocpdb>     8 atoms in block     39
 Block first atom:    295
 Blocpdb>     9 atoms in block     40
 Block first atom:    303
 Blocpdb>     9 atoms in block     41
 Block first atom:    312
 Blocpdb>    11 atoms in block     42
 Block first atom:    321
 Blocpdb>     8 atoms in block     43
 Block first atom:    332
 Blocpdb>     8 atoms in block     44
 Block first atom:    340
 Blocpdb>    11 atoms in block     45
 Block first atom:    348
 Blocpdb>     5 atoms in block     46
 Block first atom:    359
 Blocpdb>     4 atoms in block     47
 Block first atom:    364
 Blocpdb>     9 atoms in block     48
 Block first atom:    368
 Blocpdb>     9 atoms in block     49
 Block first atom:    377
 Blocpdb>     8 atoms in block     50
 Block first atom:    386
 Blocpdb>     9 atoms in block     51
 Block first atom:    394
 Blocpdb>     8 atoms in block     52
 Block first atom:    403
 Blocpdb>     4 atoms in block     53
 Block first atom:    411
 Blocpdb>    11 atoms in block     54
 Block first atom:    415
 Blocpdb>     7 atoms in block     55
 Block first atom:    426
 Blocpdb>     8 atoms in block     56
 Block first atom:    433
 Blocpdb>     6 atoms in block     57
 Block first atom:    441
 Blocpdb>     8 atoms in block     58
 Block first atom:    447
 Blocpdb>    12 atoms in block     59
 Block first atom:    455
 Blocpdb>     8 atoms in block     60
 Block first atom:    467
 Blocpdb>     8 atoms in block     61
 Block first atom:    475
 Blocpdb>     9 atoms in block     62
 Block first atom:    483
 Blocpdb>     9 atoms in block     63
 Block first atom:    492
 Blocpdb>     9 atoms in block     64
 Block first atom:    501
 Blocpdb>     6 atoms in block     65
 Block first atom:    510
 Blocpdb>     7 atoms in block     66
 Block first atom:    516
 Blocpdb>     8 atoms in block     67
 Block first atom:    523
 Blocpdb>    10 atoms in block     68
 Block first atom:    531
 Blocpdb>     8 atoms in block     69
 Block first atom:    541
 Blocpdb>     7 atoms in block     70
 Block first atom:    549
 Blocpdb>     8 atoms in block     71
 Block first atom:    556
 Blocpdb>    11 atoms in block     72
 Block first atom:    564
 Blocpdb>     8 atoms in block     73
 Block first atom:    575
 Blocpdb>    11 atoms in block     74
 Block first atom:    583
 Blocpdb>     4 atoms in block     75
 Block first atom:    594
 Blocpdb>     4 atoms in block     76
 Block first atom:    597

 Blocpdb>    76 blocks.

 Blocpdb> At most,     12 atoms in each of them.
 Blocpdb> At least,     4 atoms in each of them.

 Blocpdb> Normal end of Blocpdb.

 Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB.
 Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.

 Prepmat> Entering in.
 Prepmat> Rewriting of the matrix begins.

 Prepmat>       198854 matrix lines read.

 Prepmat> Matrix order    =       1803

 Prepmat> Matrix trace    =     433760.0000
 Prepmat> Last element read:    1803   1803        86.0388
 Prepmat>         2927 lines saved.
 Prepmat>         2090 empty lines.
 Prepmat> Number of lines on output is as expected.
 Prepmat> Normal end of Prepmat.

 RTB> Entering in.
 RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file:   601
 RTB> Total mass =         601.0000
 RTB> Number of atoms found in matrix:   601
 RTB> Number of blocks =    76
 RTB> Projection begins.
 RTB> Projected matrix is being saved.
 RTB> Projected matrix trace =   98915.2781
 RTB>     28956 non-zero elements.
 RTB> Normal end of RTB.

 Diagstd> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> CERFACS matrix format.
 Diagstd> Projected matrix order =      456
 Diagstd> Nb of non-zero elements:    28956
 Diagstd> Projected matrix trace =   98915.2781

 Openam> file on opening on unit     11:
 diagrtb_work.eigenfacs                  
 Diagstd> Diagonalization.

 Diagstd>    456 eigenvectors are computed. 
 Diagstd>    106 of them to be saved. 

 Diagstd> Sum of eigenvalues =  98915.2781
 Diagstd> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000

 Diagstd>      6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to:    0.0000000

 Diagstd> Selected eigenvalues: 
      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000
      0.0000000      2.7384137      3.7957121      5.8706410     11.7996873
     14.7733959     16.6388103     19.5916459     21.1659045     21.6337409
     23.9328966     24.7004742     27.4481399     28.4985458     29.7332417
     31.1669921     31.7271993     35.6520226     36.6821384     37.0435669
     38.4805347     40.2458800     40.6325773     42.0682576     43.5587359
     44.9404174     46.6597892     47.8306716     49.9643072     52.9383793
     54.2507323     55.7238225     58.8195165     59.1989011     61.0375841
     62.0976661     63.2913581     66.0118983     66.5138689     69.4139320
     70.1252863     71.4776007     72.2711640     72.8470516     73.7716667
     74.9495481     75.3914433     76.2739088     76.9143156     78.8713154
     79.4866727     80.0901443     81.2570643     81.8064285     82.9439099
     83.0998520     84.1921986     85.3919082     87.3255086     88.3988098
     90.1416871     92.4533517     92.6480993     93.8743925     94.2201166
     95.8717142     98.4155244     99.4483649    101.2578580    102.1433711
    103.6984883    104.7478826    106.2575702    106.7218235    108.0331760
    109.3966273    110.5841055    111.5733105    112.3711691    114.0169909
    116.9598160    117.3962901    118.7216995    119.9811187    120.8106476
    120.9880918    121.4440804    123.1866565    123.8308127    125.3935247
    125.9858192    126.4126926    126.9425890    127.7418051    128.4430163
    129.5845058    129.6169568    131.4762170    131.7745723    132.3895082
    133.2141824

 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
      0.0034332      0.0034335      0.0034339      0.0034344      0.0034346
      0.0034347    179.6986486    211.5640698    263.1104163    373.0186352
    417.3836656    442.9517441    480.6519868    499.5899534    505.0810710
    531.2426232    539.6944170    568.9207047    579.7044448    592.1291086
    606.2374008    611.6615046    648.3915807    657.6920658    660.9242386
    673.6213277    688.8996976    692.2013875    704.3240896    716.6925897
    727.9705848    741.7655622    751.0148419    767.5827662    790.0973424
    799.8307241    810.6170426    832.8293181    835.5108671    848.3868884
    855.7224365    863.9079841    882.2799123    885.6280952    904.7291918
    909.3532097    918.0794436    923.1617571    926.8325333    932.6959224
    940.1124186    942.8797511    948.3819548    952.3550090    964.3947160
    968.1495303    971.8177302    978.8718608    982.1752740    988.9800527
    989.9093021    996.3942342   1003.4682588   1014.7658467   1020.9829490
   1030.9987088   1044.1348957   1045.2340219   1052.1286580   1054.0642862
   1063.2625722   1077.2762512   1082.9143378   1092.7219029   1097.4894998
   1105.8124951   1111.3936387   1119.3740139   1121.8166946   1128.6878556
   1135.7879236   1141.9356593   1147.0317515   1151.1256464   1159.5248693
   1174.3934446   1176.5827222   1183.2059168   1189.4651814   1193.5699779
   1194.4462021   1196.6949424   1205.2499281   1208.3970095   1215.9979293
   1218.8664202   1220.9295957   1223.4858641   1227.3312849   1230.6952606
   1236.1518374   1236.3066083   1245.1419925   1246.5539752   1249.4591581
   1253.3446515

 Diagstd> Normal end.

 Rtb_to_modes> Entering in.

 Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file =    601
 Rtb_to_modes> Number of blocs =     76

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.eigenfacs                  

 Openam> file on opening on unit     11:
 matrix.eigenrtb                         

 Rdmodfacs> Entering in.

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     1
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9955E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     2
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9972E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     3
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9994E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     4
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0003E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     5
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0004E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     6
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0004E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     7
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   2.738    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     8
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   3.796    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     9
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   5.871    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    10
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   11.80    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    11
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   14.77    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    12
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   16.64    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    13
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   19.59    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    14
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   21.17    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    15
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   21.63    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    16
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   23.93    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    17
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   24.70    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    18
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   27.45    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    19
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   28.50    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    20
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   29.73    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    21
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   31.17    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    22
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   31.73    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    23
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   35.65    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    24
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   36.68    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    25
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   37.04    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    26
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   38.48    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    27
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   40.25    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    28
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   40.63    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    29
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   42.07    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    30
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   43.56    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    31
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   44.94    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    32
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   46.66    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    33
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   47.83    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    34
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   49.96    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    35
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   52.94    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    36
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   54.25    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    37
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   55.72    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    38
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   58.82    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    39
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   59.20    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    40
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   61.04    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    41
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   62.10    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    42
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   63.29    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    43
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   66.01    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    44
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   66.51    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    45
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   69.41    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    46
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   70.13    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    47
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   71.48    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    48
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   72.27    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    49
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   72.85    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    50
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   73.77    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    51
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   74.95    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    52
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   75.39    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    53
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   76.27    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    54
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   76.91    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    55
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   78.87    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    56
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   79.49    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    57
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   80.09    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    58
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   81.26    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    59
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   81.81    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    60
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   82.94    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    61
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   83.10    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    62
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   84.19    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    63
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   85.39    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    64
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   87.33    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    65
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   88.40    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    66
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   90.14    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    67
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   92.45    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    68
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   92.65    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    69
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   93.87    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    70
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   94.22    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    71
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   95.87    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    72
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   98.42    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    73
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   99.45    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    74
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   101.3    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    75
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   102.1    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    76
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   103.7    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    77
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   104.7    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    78
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   106.3    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    79
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   106.7    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    80
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   108.0    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    81
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   109.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    82
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   110.6    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    83
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   111.6    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    84
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   112.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    85
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   114.0    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    86
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   117.0    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    87
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   117.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    88
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   118.7    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    89
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   120.0    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    90
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   120.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    91
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   121.0    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    92
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   121.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    93
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   123.2    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    94
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   123.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    95
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   125.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    96
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   126.0    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    97
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   126.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    98
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   126.9    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    99
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   127.7    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   100
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   128.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   101
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   129.6    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   102
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   129.6    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   103
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   131.5    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   104
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   131.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   105
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   132.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   106
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   133.2    

 Rtb_to_modes>  106 vectors, with    456 coordinates in vector file.

 Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
 1.00001 0.99998 0.99999 1.00000 0.99997
 0.99999 0.99999 0.99998 0.99999 0.99999
 0.99997 1.00004 1.00001 1.00002 0.99999
 1.00001 1.00000 0.99998 1.00001 1.00000
 1.00003 1.00002 1.00002 1.00003 1.00000
 1.00000 0.99999 1.00001 0.99997 1.00002
 1.00000 0.99999 1.00000 1.00002 0.99998
 1.00000 1.00002 0.99999 0.99998 0.99997
 1.00000 0.99999 1.00001 0.99999 1.00001
 1.00000 1.00002 1.00001 1.00002 0.99999
 1.00001 0.99997 1.00001 0.99997 1.00000
 1.00000 0.99999 0.99999 1.00001 0.99999
 1.00002 1.00001 1.00001 0.99999 1.00001
 0.99999 1.00000 1.00000 0.99996 1.00000
 0.99998 1.00000 1.00000 0.99998 1.00000
 0.99995 1.00001 0.99997 1.00004 0.99999
 1.00001 0.99998 1.00000 1.00000 1.00000
 0.99998 1.00000 0.99997 1.00003 0.99997
 1.00001 1.00002 0.99996 1.00002 1.00001
 1.00002 0.99999 1.00000 0.99999 1.00001
 0.99998 1.00000 0.99998 1.00001 1.00000
 1.00004

 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
 Rtb_to_modes>    10818 lines found in RTB file.

 Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
 1.00001 0.99998 0.99999 1.00000 0.99997
 0.99999 0.99999 0.99998 0.99999 0.99999
 0.99997 1.00004 1.00001 1.00002 0.99999
 1.00001 1.00000 0.99998 1.00001 1.00000
 1.00003 1.00002 1.00002 1.00003 1.00000
 1.00000 0.99999 1.00001 0.99997 1.00002
 1.00000 0.99999 1.00000 1.00002 0.99998
 1.00000 1.00002 0.99999 0.99998 0.99997
 1.00000 0.99999 1.00001 0.99999 1.00001
 1.00000 1.00002 1.00001 1.00002 0.99999
 1.00001 0.99997 1.00001 0.99997 1.00000
 1.00000 0.99999 0.99999 1.00001 0.99999
 1.00002 1.00001 1.00001 0.99999 1.00001
 0.99999 1.00000 1.00000 0.99996 1.00000
 0.99998 1.00000 1.00000 0.99998 1.00000
 0.99995 1.00001 0.99997 1.00004 0.99999
 1.00001 0.99998 1.00000 1.00000 1.00000
 0.99998 1.00000 0.99997 1.00003 0.99997
 1.00001 1.00002 0.99996 1.00002 1.00001
 1.00002 0.99999 1.00000 0.99999 1.00001
 0.99998 1.00000 0.99998 1.00001 1.00000
 1.00004

 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
 Vector   2: 0.000
 Vector   3:-0.000 0.000
 Vector   4: 0.000 0.000 0.000
 Vector   5: 0.000 0.000-0.000-0.000
 Vector   6:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
 Vector   7: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
 Vector   8:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
 Vector   9: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
 Vector  10:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000

 Rtb_to_modes>   106 eigenvectors saved.

 Rtb_to_modes> Normal end.

 Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
 Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 2405231012312834919.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 2405231012312834919.eigenfacs                                   
 Getnam> Corresponding pdb filename ?
 Getnam> 2405231012312834919.atom

 Openam> file on opening on unit     11:
 2405231012312834919.atom                                        
 Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
 Getnum>            0
 Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
 Getnum>        10000
%Getnum-Err: number larger than    106 This is not allowed. Sorry.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:            0

 Rdatompdb> Number of residues found =     76
            First residue number     =      1
            Last  residue number     =     76
            Number of atoms found    =    601
            Mean number per residue  =      7.9

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9955E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9972E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9994E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0003E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0004E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0004E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   2.738    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   3.796    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   5.871    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   11.80    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   14.77    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   16.64    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   19.59    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   21.17    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   21.63    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   23.93    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   24.70    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   27.45    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   28.50    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   29.73    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   31.17    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   31.73    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   35.65    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   36.68    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   37.04    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   38.48    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   40.25    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   40.63    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   42.07    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   43.56    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   44.94    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   46.66    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   47.83    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   49.96    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   52.94    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   54.25    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   55.72    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   58.82    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   59.20    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   61.04    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    41
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   62.10    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    42
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   63.29    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    43
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   66.01    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    44
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   66.51    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    45
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   69.41    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    46
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   70.13    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    47
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   71.48    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    48
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   72.27    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    49
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   72.85    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    50
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   73.77    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    51
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   74.95    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    52
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   75.39    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    53
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   76.27    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    54
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   76.91    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    55
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   78.87    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    56
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   79.49    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    57
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   80.09    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    58
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   81.26    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    59
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   81.81    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    60
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   82.94    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    61
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   83.10    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   84.19    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    63
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   85.39    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    64
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   87.33    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    65
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   88.40    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    66
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   90.14    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    67
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   92.45    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    68
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   92.65    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    69
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   93.87    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    70
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   94.22    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    71
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   95.87    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    72
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   98.42    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    73
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   99.45    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    74
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   101.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    75
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   102.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    76
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   103.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    77
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   104.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    78
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   106.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    79
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   106.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    80
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   108.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    81
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   109.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    82
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   110.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    83
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   111.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    84
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   112.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    85
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   114.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    86
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   117.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    87
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   117.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    88
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   118.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    89
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   120.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    90
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   120.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    91
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   121.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    92
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   121.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    93
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   123.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    94
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   123.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    95
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   125.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    96
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   126.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    97
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   126.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    98
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   126.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    99
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   127.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   100
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   128.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   101
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   129.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   102
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   129.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   131.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   131.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   132.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   133.2    

 Bfactors>  106 vectors,   1803 coordinates in file.

 Openam> file on opening on unit     12:
 bfactors.pred                                                   

 Bfactors> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000
 Bfactors>     6 eigenvalues less than :     0.000000
 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue  :     2.738000
 Bfactors>   100 eigenvectors will be considered.
 Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.

 Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
          (CHARMM units assumed for eigenvalues)

 Bfactors> Correlation=      0.794 for     76 C-alpha atoms.
 Bfactors> =      0.052 +/-   0.11
 Bfactors> =     13.307 +/-   4.99
 Bfactors> Shiftng-fct=     13.255
 Bfactors> Scaling-fct=     44.692

 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.

 Bfactors> Normal end.
check_modes
 Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 2405231012312834919.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 2405231012312834919.eigenfacs                                   

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4330E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4333E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4337E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4343E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4345E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4345E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   179.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   211.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   263.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   373.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   417.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   442.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   480.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   499.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   505.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   531.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   539.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   568.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   579.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   592.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   606.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   611.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   648.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   657.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   660.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   673.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   688.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   692.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   704.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   716.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   727.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   741.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   751.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   767.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   790.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   799.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   810.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   832.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   835.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   848.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    41
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   855.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    42
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   863.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    43
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   882.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    44
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   885.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    45
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   904.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    46
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   909.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    47
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   918.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    48
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   923.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    49
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   926.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    50
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   932.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    51
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   940.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    52
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   942.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    53
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   948.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    54
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   952.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    55
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   964.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    56
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   968.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    57
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   971.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    58
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   978.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    59
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   982.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    60
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   988.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    61
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   989.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   996.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    63
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1003.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    64
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1015.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    65
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1021.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    66
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1031.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    67
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1044.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    68
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1045.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    69
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1052.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    70
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1054.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    71
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1063.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    72
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1077.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    73
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1083.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    74
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1093.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    75
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1097.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    76
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1106.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    77
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1111.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    78
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1120.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    79
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1122.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    80
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1128.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    81
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1136.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    82
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1142.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    83
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1147.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    84
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1151.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    85
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1159.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    86
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1175.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    87
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1177.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    88
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1183.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    89
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1190.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    90
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1193.    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1196.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    93
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1205.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    94
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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1216.    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1219.    

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 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   100
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1230.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   101
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1236.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   102
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1236.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1245.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1247.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1249.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1253.    

 Chkmod>  106 vectors,   1803 coordinates in file.
 Chkmod>      That is:    601 cartesian points.

 Openam> file on opening on unit     11:
 Chkmod.res                                                      
 Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector    24 is:   1.0001 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector    52 is:   0.9999 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector    69 is:   0.9998 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector    93 is:   0.9999 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector   106 is:   1.0001 (instead of 1.0000). 

 Chkmod> Normal end.
      0.0034      0.8304
      0.0034      0.9281
      0.0034      0.7356
      0.0034      0.8645
      0.0034      0.7875
      0.0034      0.8641
    179.6774      0.0916
    211.5630      0.0580
    263.1072      0.0777
    373.0076      0.1350
    417.3178      0.2746
    442.9486      0.3421
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    790.0755      0.3505
    799.7910      0.5186
    810.5544      0.4464
    832.7970      0.3940
    835.4828      0.3934
    848.3673      0.0663
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   1236.1727      0.4511
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getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2405231012312834919 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2405231012312834919.eigenfacs
2405231012312834919.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2405231012312834919.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-60
2405231012312834919.eigenfacs
2405231012312834919.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2405231012312834919.eigenfacs
2405231012312834919.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
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2405231012312834919.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2405231012312834919.eigenfacs
2405231012312834919.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2405231012312834919.eigenfacs
2405231012312834919.atom
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2405231012312834919.eigenfacs
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2405231012312834919.eigenfacs
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2405231012312834919.eigenfacs
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2405231012312834919.atom
making animated gifs
11 models are in 2405231012312834919.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2405231012312834919.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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11 models are in 2405231012312834919.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2405231012312834919 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
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making animated gifs
11 models are in 2405231012312834919.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2405231012312834919.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2405231012312834919.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2405231012312834919 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
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MODEL 5 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2405231012312834919 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
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MODEL 1 will be plotted
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MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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making thumbnail 100x100
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getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2405231012312834919 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
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2405231012312834919.8.pdb
2405231012312834919.9.pdb



STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL

real	0m1.708s
user	0m1.703s
sys	0m0.004s
rm: cannot remove '2405231012312834919.sdijf': No such file or directory
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K. Suhre & Y.H. Sanejouand, ElNemo: a normal mode web-server for protein movement analysis and the generation of templates for molecular replacement. Nucleic Acids Research, 32, W610-W614, 2004.
K. Suhre & Y.H. Sanejouand, On the potential of normal mode analysis for solving difficult molecular replacement problems. Acta Cryst. D vol.60, p796-799, 2004 © International Union of Crystallography.
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