*** ELECTRON TRANSPORT 31-MAR-94 1FDN ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 24050717233232136.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 24050717233232136.atom to be opened.
Openam> File opened: 24050717233232136.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 55
First residue number = 1
Last residue number = 55
Number of atoms found = 383
Mean number per residue = 7.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 2.687883 +/- 5.529798 From: -12.027000 To: 14.926000
= 19.723065 +/- 6.400389 From: 7.151000 To: 32.042000
= 71.004415 +/- 5.117440 From: 59.786000 To: 82.614000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 17.1125 % Filled.
Pdbmat> 113058 non-zero elements.
Pdbmat> 12310 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 64.28 +/- 18.15
Maximum number = 109
Minimum number = 21
Pdbmat> Matrix trace = 246200.
Pdbmat> Larger element = 453.305
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
55 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 24050717233232136.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 24050717233232136.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
24050717233232136.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 383 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 55 residues.
Blocpdb> 5 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 12 atoms in block 2
Block first atom: 6
Blocpdb> 7 atoms in block 3
Block first atom: 18
Blocpdb> 8 atoms in block 4
Block first atom: 25
Blocpdb> 8 atoms in block 5
Block first atom: 33
Blocpdb> 9 atoms in block 6
Block first atom: 41
Blocpdb> 5 atoms in block 7
Block first atom: 50
Blocpdb> 6 atoms in block 8
Block first atom: 55
Blocpdb> 8 atoms in block 9
Block first atom: 61
Blocpdb> 6 atoms in block 10
Block first atom: 69
Blocpdb> 6 atoms in block 11
Block first atom: 75
Blocpdb> 4 atoms in block 12
Block first atom: 81
Blocpdb> 5 atoms in block 13
Block first atom: 85
Blocpdb> 6 atoms in block 14
Block first atom: 90
Blocpdb> 9 atoms in block 15
Block first atom: 96
Blocpdb> 7 atoms in block 16
Block first atom: 105
Blocpdb> 9 atoms in block 17
Block first atom: 112
Blocpdb> 6 atoms in block 18
Block first atom: 121
Blocpdb> 7 atoms in block 19
Block first atom: 127
Blocpdb> 7 atoms in block 20
Block first atom: 134
Blocpdb> 11 atoms in block 21
Block first atom: 141
Blocpdb> 5 atoms in block 22
Block first atom: 152
Blocpdb> 8 atoms in block 23
Block first atom: 157
Blocpdb> 6 atoms in block 24
Block first atom: 165
Blocpdb> 6 atoms in block 25
Block first atom: 171
Blocpdb> 4 atoms in block 26
Block first atom: 177
Blocpdb> 8 atoms in block 27
Block first atom: 181
Blocpdb> 8 atoms in block 28
Block first atom: 189
Blocpdb> 11 atoms in block 29
Block first atom: 197
Blocpdb> 12 atoms in block 30
Block first atom: 208
Blocpdb> 7 atoms in block 31
Block first atom: 220
Blocpdb> 8 atoms in block 32
Block first atom: 227
Blocpdb> 8 atoms in block 33
Block first atom: 235
Blocpdb> 5 atoms in block 34
Block first atom: 243
Blocpdb> 8 atoms in block 35
Block first atom: 248
Blocpdb> 7 atoms in block 36
Block first atom: 256
Blocpdb> 6 atoms in block 37
Block first atom: 263
Blocpdb> 8 atoms in block 38
Block first atom: 269
Blocpdb> 8 atoms in block 39
Block first atom: 277
Blocpdb> 6 atoms in block 40
Block first atom: 285
Blocpdb> 4 atoms in block 41
Block first atom: 291
Blocpdb> 5 atoms in block 42
Block first atom: 295
Blocpdb> 6 atoms in block 43
Block first atom: 300
Blocpdb> 5 atoms in block 44
Block first atom: 306
Blocpdb> 4 atoms in block 45
Block first atom: 311
Blocpdb> 7 atoms in block 46
Block first atom: 315
Blocpdb> 6 atoms in block 47
Block first atom: 322
Blocpdb> 7 atoms in block 48
Block first atom: 328
Blocpdb> 7 atoms in block 49
Block first atom: 335
Blocpdb> 8 atoms in block 50
Block first atom: 342
Blocpdb> 5 atoms in block 51
Block first atom: 350
Blocpdb> 7 atoms in block 52
Block first atom: 355
Blocpdb> 7 atoms in block 53
Block first atom: 362
Blocpdb> 9 atoms in block 54
Block first atom: 369
Blocpdb> 6 atoms in block 55
Block first atom: 377
Blocpdb> 55 blocks.
Blocpdb> At most, 12 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 113113 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 1149
Prepmat> Matrix trace = 246200.0000
Prepmat> Last element read: 1149 1149 190.7159
Prepmat> 1541 lines saved.
Prepmat> 984 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 383
RTB> Total mass = 383.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 383
RTB> Number of blocks = 55
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 63544.0130
RTB> 19191 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 330
Diagstd> Nb of non-zero elements: 19191
Diagstd> Projected matrix trace = 63544.0130
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 330 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 63544.0130
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 6.6838296 13.7632686 15.7083277 21.5721550
22.2333682 25.3638496 28.4280713 30.7195139 32.4547616
34.1221572 35.0056932 36.0817007 38.0065541 39.8048156
44.1340236 45.8793813 46.8896772 49.1486819 52.0128404
52.1738282 55.1268823 57.4962550 58.6408814 63.7249851
64.3601096 65.8448662 67.5420958 70.4085595 71.4619406
72.3822570 74.6185092 75.0374716 76.7407683 78.0304673
82.0504849 83.0728564 83.5869366 84.6029046 86.3970409
87.1073191 88.4055062 89.1830494 89.9077081 91.6321652
92.4735322 94.5609802 94.9564616 95.7844091 97.7119823
98.4168799 98.8364067 100.0341756 101.0200862 102.6279949
103.3834411 104.8557743 104.9722458 106.1909266 107.4718929
108.6240224 110.5676556 111.4333382 113.0901077 114.0686955
115.5562969 116.1978650 117.1802916 118.4400845 119.0851483
119.6160326 120.9040951 121.2252314 122.0274668 123.3684031
123.9954563 124.0975557 125.5711705 126.3453365 126.8069751
127.9986453 128.4148602 128.9327217 129.7439822 130.0178131
131.1807018 132.3850583 132.7717562 133.9709571 134.8956921
135.6041133 136.2649367 137.2539228 138.1257767 139.3237125
139.8691409 140.4135532 141.0287218 142.5077848 143.1169728
143.7783041
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034331 0.0034332 0.0034332 0.0034334 0.0034336
0.0034346 280.7423725 402.8617855 430.3881013 504.3616375
512.0329515 546.8936304 578.9872213 601.8696584 618.6350070
634.3274709 642.4874094 652.2870855 669.4598379 685.1143886
721.4098071 735.5362083 743.5906183 761.2919154 783.1601225
784.3711874 806.2634934 823.4079569 831.5637038 866.8623715
871.1715175 881.1629738 892.4472314 911.1880380 917.9788668
923.8710125 938.0339659 940.6636810 951.2799688 959.2402289
983.6392640 989.7484994 992.8062095 998.8215801 1009.3568025
1013.4973185 1021.0216193 1025.5018288 1029.6597676 1039.4874601
1044.2488451 1055.9692290 1058.1751094 1062.7783347 1073.4187873
1077.2836696 1079.5773247 1086.0991628 1091.4381945 1100.0899627
1104.1314285 1111.9658662 1112.5832688 1119.0229293 1125.7520055
1131.7701119 1141.8507222 1146.3120314 1154.8021642 1159.7877510
1167.3258106 1170.5618194 1175.4998215 1181.8017658 1185.0156370
1187.6541132 1194.0315046 1195.6162008 1199.5658075 1206.1386983
1209.2000762 1209.6978090 1216.8589802 1220.6042801 1222.8321592
1228.5645138 1230.5603623 1233.0391200 1236.9122539 1238.2168470
1243.7418711 1249.4381595 1251.2616389 1256.8996644 1261.2300819
1264.5374969 1267.6149127 1272.2066553 1276.2408660 1281.7632025
1284.2696932 1286.7666455 1289.5823043 1296.3270247 1299.0948198
1302.0928636
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 383
Rtb_to_modes> Number of blocs = 55
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9949E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9954E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9958E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9965E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9981E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.684
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 78.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 82.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 84.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 88.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 89.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 89.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 91.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 95.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 97.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 100.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 101.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 102.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 103.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 104.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 105.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 106.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 107.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 108.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 110.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 111.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 113.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 114.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 115.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 116.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 117.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 118.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 119.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 119.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 120.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 121.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 122.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 123.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 124.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 124.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 125.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 126.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 126.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 128.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 128.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 128.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 129.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 130.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 131.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 132.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 132.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 134.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 134.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 135.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 136.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 137.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 138.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 139.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 139.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 140.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 141.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 142.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 143.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 143.8
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 330 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00002 1.00002 1.00001 1.00001 0.99996
0.99998 0.99996 1.00001 1.00003 0.99996
1.00002 0.99997 0.99997 1.00001 0.99997
1.00001 1.00000 1.00002 1.00002 0.99997
1.00001 1.00004 0.99999 0.99998 1.00000
0.99999 1.00002 0.99995 0.99998 1.00001
1.00001 0.99999 0.99997 0.99998 1.00002
0.99999 1.00001 1.00002 0.99998 1.00002
1.00003 0.99998 1.00000 0.99998 0.99997
0.99998 1.00002 1.00005 0.99999 1.00002
0.99999 0.99999 1.00000 1.00001 1.00004
1.00000 1.00000 1.00001 1.00004 1.00003
1.00003 0.99996 1.00001 1.00000 1.00001
1.00000 1.00003 1.00001 1.00000 1.00004
0.99999 1.00003 1.00000 1.00001 1.00004
0.99999 1.00000 1.00002 1.00002 1.00001
0.99998 1.00004 1.00000 1.00002 0.99998
1.00001 1.00006 0.99997 1.00001 0.99999
1.00000 1.00000 1.00003 1.00001 1.00001
1.00001 1.00001 0.99997 0.99998 1.00001
1.00000 0.99997 0.99998 0.99999 1.00001
1.00003
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 6894 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00002 1.00002 1.00001 1.00001 0.99996
0.99998 0.99996 1.00001 1.00003 0.99996
1.00002 0.99997 0.99997 1.00001 0.99997
1.00001 1.00000 1.00002 1.00002 0.99997
1.00001 1.00004 0.99999 0.99998 1.00000
0.99999 1.00002 0.99995 0.99998 1.00001
1.00001 0.99999 0.99997 0.99998 1.00002
0.99999 1.00001 1.00002 0.99998 1.00002
1.00003 0.99998 1.00000 0.99998 0.99997
0.99998 1.00002 1.00005 0.99999 1.00002
0.99999 0.99999 1.00000 1.00001 1.00004
1.00000 1.00000 1.00001 1.00004 1.00003
1.00003 0.99996 1.00001 1.00000 1.00001
1.00000 1.00003 1.00001 1.00000 1.00004
0.99999 1.00003 1.00000 1.00001 1.00004
0.99999 1.00000 1.00002 1.00002 1.00001
0.99998 1.00004 1.00000 1.00002 0.99998
1.00001 1.00006 0.99997 1.00001 0.99999
1.00000 1.00000 1.00003 1.00001 1.00001
1.00001 1.00001 0.99997 0.99998 1.00001
1.00000 0.99997 0.99998 0.99999 1.00001
1.00003
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4:-0.000 0.000 0.000
Vector 5: 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 6: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 7: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 8: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 9: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 10: 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 24050717233232136.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
24050717233232136.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 24050717233232136.atom
Openam> file on opening on unit 11:
24050717233232136.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 55
First residue number = 1
Last residue number = 55
Number of atoms found = 383
Mean number per residue = 7.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9949E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9954E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9958E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9965E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9981E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.684
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 107.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 110.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 114.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 115.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 116.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 117.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 118.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 119.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 119.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 120.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 121.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 122.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 123.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 124.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 124.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 125.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 126.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 126.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 128.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 128.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 128.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 129.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 130.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 131.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 132.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 132.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 134.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 134.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 135.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 136.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 137.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 138.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 139.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 139.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 140.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 141.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 142.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 143.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 143.8
Bfactors> 106 vectors, 1149 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 6.684000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.416 for 55 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.044 +/- 0.03
Bfactors> = 12.892 +/- 4.48
Bfactors> Shiftng-fct= 12.848
Bfactors> Scaling-fct= 134.345
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 24050717233232136 7 -20 20 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-20
24050717233232136.eigenfacs
24050717233232136.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24050717233232136.eigenfacs
24050717233232136.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24050717233232136.eigenfacs
24050717233232136.atom
making animated gifs
3 models are in 24050717233232136.7.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 24050717233232136.7.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 24050717233232136.7.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 24050717233232136 8 -20 20 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-20
24050717233232136.eigenfacs
24050717233232136.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24050717233232136.eigenfacs
24050717233232136.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24050717233232136.eigenfacs
24050717233232136.atom
making animated gifs
3 models are in 24050717233232136.8.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 24050717233232136.8.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 24050717233232136.8.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 24050717233232136 9 -20 20 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-20
24050717233232136.eigenfacs
24050717233232136.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24050717233232136.eigenfacs
24050717233232136.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24050717233232136.eigenfacs
24050717233232136.atom
making animated gifs
3 models are in 24050717233232136.9.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 24050717233232136.9.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 24050717233232136.9.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
24050717233232136.7.pdb
24050717233232136.8.pdb
24050717233232136.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m0.749s
user 0m0.745s
sys 0m0.004s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 24050717233232136.Chkmod.res: No such file or directory
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