*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2405020224544013469.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2405020224544013469.atom to be opened.
Openam> File opened: 2405020224544013469.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 490
First residue number = 28
Last residue number = 1
Number of atoms found = 8321
Mean number per residue = 17.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 45.534068 +/- 14.193839 From: 13.134000 To: 83.605000
= 48.318949 +/- 19.424584 From: 2.324000 To: 83.733000
= 47.705552 +/- 11.096197 From: 16.707000 To: 72.917000
Pdbmat> Masses are all set to one.
%Pdbmat-W> residue:'A5 ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'U ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'C ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'A ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'G ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'A ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'G ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'U ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'G ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> ........
%Pdbmat-W> 32 residue(s) not known.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 1.8850 % Filled.
Pdbmat> 5873410 non-zero elements.
Pdbmat> 647166 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 155.55 +/- 46.33
Maximum number = 250
Minimum number = 21
Pdbmat> Matrix trace = 1.294332E+07
Pdbmat> Larger element = 865.130
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
490 non-zero elements, NRBL set to 3
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2405020224544013469.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 3
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2405020224544013469.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2405020224544013469.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 8321 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 3 residue(s) per block.
Blocpdb> 490 residues.
Blocpdb> 48 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 51 atoms in block 2
Block first atom: 49
Blocpdb> 39 atoms in block 3
Block first atom: 100
Blocpdb> 31 atoms in block 4
Block first atom: 139
Blocpdb> 36 atoms in block 5
Block first atom: 170
Blocpdb> 57 atoms in block 6
Block first atom: 206
Blocpdb> 43 atoms in block 7
Block first atom: 263
Blocpdb> 52 atoms in block 8
Block first atom: 306
Blocpdb> 51 atoms in block 9
Block first atom: 358
Blocpdb> 39 atoms in block 10
Block first atom: 409
Blocpdb> 41 atoms in block 11
Block first atom: 448
Blocpdb> 58 atoms in block 12
Block first atom: 489
Blocpdb> 52 atoms in block 13
Block first atom: 547
Blocpdb> 43 atoms in block 14
Block first atom: 599
Blocpdb> 53 atoms in block 15
Block first atom: 642
Blocpdb> 48 atoms in block 16
Block first atom: 695
Blocpdb> 50 atoms in block 17
Block first atom: 743
Blocpdb> 60 atoms in block 18
Block first atom: 793
Blocpdb> 48 atoms in block 19
Block first atom: 853
Blocpdb> 45 atoms in block 20
Block first atom: 901
Blocpdb> 41 atoms in block 21
Block first atom: 946
Blocpdb> 42 atoms in block 22
Block first atom: 987
Blocpdb> 52 atoms in block 23
Block first atom: 1029
Blocpdb> 52 atoms in block 24
Block first atom: 1081
Blocpdb> 52 atoms in block 25
Block first atom: 1133
Blocpdb> 43 atoms in block 26
Block first atom: 1185
Blocpdb> 40 atoms in block 27
Block first atom: 1228
Blocpdb> 59 atoms in block 28
Block first atom: 1268
Blocpdb> 45 atoms in block 29
Block first atom: 1327
Blocpdb> 58 atoms in block 30
Block first atom: 1372
Blocpdb> 52 atoms in block 31
Block first atom: 1430
Blocpdb> 55 atoms in block 32
Block first atom: 1482
Blocpdb> 48 atoms in block 33
Block first atom: 1537
Blocpdb> 44 atoms in block 34
Block first atom: 1585
Blocpdb> 42 atoms in block 35
Block first atom: 1629
Blocpdb> 54 atoms in block 36
Block first atom: 1671
Blocpdb> 37 atoms in block 37
Block first atom: 1725
Blocpdb> 47 atoms in block 38
Block first atom: 1762
Blocpdb> 45 atoms in block 39
Block first atom: 1809
Blocpdb> 59 atoms in block 40
Block first atom: 1854
Blocpdb> 47 atoms in block 41
Block first atom: 1913
Blocpdb> 53 atoms in block 42
Block first atom: 1960
Blocpdb> 50 atoms in block 43
Block first atom: 2013
Blocpdb> 54 atoms in block 44
Block first atom: 2063
Blocpdb> 50 atoms in block 45
Block first atom: 2117
Blocpdb> 42 atoms in block 46
Block first atom: 2167
Blocpdb> 53 atoms in block 47
Block first atom: 2209
Blocpdb> 45 atoms in block 48
Block first atom: 2262
Blocpdb> 60 atoms in block 49
Block first atom: 2307
Blocpdb> 46 atoms in block 50
Block first atom: 2367
Blocpdb> 37 atoms in block 51
Block first atom: 2413
Blocpdb> 43 atoms in block 52
Block first atom: 2450
Blocpdb> 52 atoms in block 53
Block first atom: 2493
Blocpdb> 57 atoms in block 54
Block first atom: 2545
Blocpdb> 44 atoms in block 55
Block first atom: 2602
Blocpdb> 47 atoms in block 56
Block first atom: 2646
Blocpdb> 47 atoms in block 57
Block first atom: 2693
Blocpdb> 47 atoms in block 58
Block first atom: 2740
Blocpdb> 46 atoms in block 59
Block first atom: 2787
Blocpdb> 55 atoms in block 60
Block first atom: 2833
Blocpdb> 42 atoms in block 61
Block first atom: 2888
Blocpdb> 60 atoms in block 62
Block first atom: 2930
Blocpdb> 43 atoms in block 63
Block first atom: 2990
Blocpdb> 57 atoms in block 64
Block first atom: 3033
Blocpdb> 57 atoms in block 65
Block first atom: 3090
Blocpdb> 40 atoms in block 66
Block first atom: 3147
Blocpdb> 57 atoms in block 67
Block first atom: 3187
Blocpdb> 34 atoms in block 68
Block first atom: 3244
Blocpdb> 43 atoms in block 69
Block first atom: 3278
Blocpdb> 39 atoms in block 70
Block first atom: 3321
Blocpdb> 45 atoms in block 71
Block first atom: 3360
Blocpdb> 53 atoms in block 72
Block first atom: 3405
Blocpdb> 50 atoms in block 73
Block first atom: 3458
Blocpdb> 40 atoms in block 74
Block first atom: 3508
Blocpdb> 47 atoms in block 75
Block first atom: 3548
Blocpdb> 45 atoms in block 76
Block first atom: 3595
Blocpdb> 54 atoms in block 77
Block first atom: 3640
Blocpdb> 46 atoms in block 78
Block first atom: 3694
Blocpdb> 49 atoms in block 79
Block first atom: 3740
Blocpdb> 55 atoms in block 80
Block first atom: 3789
Blocpdb> 47 atoms in block 81
Block first atom: 3844
Blocpdb> 59 atoms in block 82
Block first atom: 3891
Blocpdb> 44 atoms in block 83
Block first atom: 3950
Blocpdb> 65 atoms in block 84
Block first atom: 3994
Blocpdb> 48 atoms in block 85
Block first atom: 4059
Blocpdb> 56 atoms in block 86
Block first atom: 4107
Blocpdb> 45 atoms in block 87
Block first atom: 4163
Blocpdb> 41 atoms in block 88
Block first atom: 4208
Blocpdb> 42 atoms in block 89
Block first atom: 4249
Blocpdb> 50 atoms in block 90
Block first atom: 4291
Blocpdb> 60 atoms in block 91
Block first atom: 4341
Blocpdb> 59 atoms in block 92
Block first atom: 4401
Blocpdb> 40 atoms in block 93
Block first atom: 4460
Blocpdb> 37 atoms in block 94
Block first atom: 4500
Blocpdb> 54 atoms in block 95
Block first atom: 4537
Blocpdb> 57 atoms in block 96
Block first atom: 4591
Blocpdb> 37 atoms in block 97
Block first atom: 4648
Blocpdb> 42 atoms in block 98
Block first atom: 4685
Blocpdb> 43 atoms in block 99
Block first atom: 4727
Blocpdb> 54 atoms in block 100
Block first atom: 4770
Blocpdb> 50 atoms in block 101
Block first atom: 4824
Blocpdb> 40 atoms in block 102
Block first atom: 4874
Blocpdb> 58 atoms in block 103
Block first atom: 4914
Blocpdb> 33 atoms in block 104
Block first atom: 4972
Blocpdb> 56 atoms in block 105
Block first atom: 5005
Blocpdb> 48 atoms in block 106
Block first atom: 5061
Blocpdb> 56 atoms in block 107
Block first atom: 5109
Blocpdb> 46 atoms in block 108
Block first atom: 5165
Blocpdb> 43 atoms in block 109
Block first atom: 5211
Blocpdb> 43 atoms in block 110
Block first atom: 5254
Blocpdb> 40 atoms in block 111
Block first atom: 5297
Blocpdb> 45 atoms in block 112
Block first atom: 5337
Blocpdb> 56 atoms in block 113
Block first atom: 5382
Blocpdb> 54 atoms in block 114
Block first atom: 5438
Blocpdb> 43 atoms in block 115
Block first atom: 5492
Blocpdb> 46 atoms in block 116
Block first atom: 5535
Blocpdb> 53 atoms in block 117
Block first atom: 5581
Blocpdb> 42 atoms in block 118
Block first atom: 5634
Blocpdb> 53 atoms in block 119
Block first atom: 5676
Blocpdb> 40 atoms in block 120
Block first atom: 5729
Blocpdb> 72 atoms in block 121
Block first atom: 5769
Blocpdb> 40 atoms in block 122
Block first atom: 5841
Blocpdb> 51 atoms in block 123
Block first atom: 5881
Blocpdb> 63 atoms in block 124
Block first atom: 5932
Blocpdb> 42 atoms in block 125
Block first atom: 5995
Blocpdb> 27 atoms in block 126
Block first atom: 6037
Blocpdb> 52 atoms in block 127
Block first atom: 6064
Blocpdb> 54 atoms in block 128
Block first atom: 6116
Blocpdb> 43 atoms in block 129
Block first atom: 6170
Blocpdb> 39 atoms in block 130
Block first atom: 6213
Blocpdb> 49 atoms in block 131
Block first atom: 6252
Blocpdb> 44 atoms in block 132
Block first atom: 6301
Blocpdb> 48 atoms in block 133
Block first atom: 6345
Blocpdb> 38 atoms in block 134
Block first atom: 6393
Blocpdb> 50 atoms in block 135
Block first atom: 6431
Blocpdb> 54 atoms in block 136
Block first atom: 6481
Blocpdb> 41 atoms in block 137
Block first atom: 6535
Blocpdb> 41 atoms in block 138
Block first atom: 6576
Blocpdb> 45 atoms in block 139
Block first atom: 6617
Blocpdb> 53 atoms in block 140
Block first atom: 6662
Blocpdb> 50 atoms in block 141
Block first atom: 6715
Blocpdb> 54 atoms in block 142
Block first atom: 6765
Blocpdb> 48 atoms in block 143
Block first atom: 6819
Blocpdb> 48 atoms in block 144
Block first atom: 6867
Blocpdb> 48 atoms in block 145
Block first atom: 6915
Blocpdb> 55 atoms in block 146
Block first atom: 6963
Blocpdb> 38 atoms in block 147
Block first atom: 7018
Blocpdb> 57 atoms in block 148
Block first atom: 7056
Blocpdb> 41 atoms in block 149
Block first atom: 7113
Blocpdb> 42 atoms in block 150
Block first atom: 7154
Blocpdb> 47 atoms in block 151
Block first atom: 7196
Blocpdb> 43 atoms in block 152
Block first atom: 7243
Blocpdb> 34 atoms in block 153
Block first atom: 7286
Blocpdb> 31 atoms in block 154
Block first atom: 7320
Blocpdb> 30 atoms in block 155
Block first atom: 7351
Blocpdb> 31 atoms in block 156
Block first atom: 7381
Blocpdb> 33 atoms in block 157
Block first atom: 7412
Blocpdb> 34 atoms in block 158
Block first atom: 7445
Blocpdb> 33 atoms in block 159
Block first atom: 7479
Blocpdb> 34 atoms in block 160
Block first atom: 7512
Blocpdb> 30 atoms in block 161
Block first atom: 7546
Blocpdb> 34 atoms in block 162
Block first atom: 7576
Blocpdb> 31 atoms in block 163
Block first atom: 7610
Blocpdb> 34 atoms in block 164
Block first atom: 7641
Blocpdb> 33 atoms in block 165
Block first atom: 7675
Blocpdb> 31 atoms in block 166
Block first atom: 7708
Blocpdb> 33 atoms in block 167
Block first atom: 7739
Blocpdb> 31 atoms in block 168
Block first atom: 7772
Blocpdb> 32 atoms in block 169
Block first atom: 7803
Blocpdb> 95 atoms in block 170
Block first atom: 7835
Blocpdb> 95 atoms in block 171
Block first atom: 7930
Blocpdb> 95 atoms in block 172
Block first atom: 8025
Blocpdb> 92 atoms in block 173
Block first atom: 8120
Blocpdb> 66 atoms in block 174
Block first atom: 8212
Blocpdb> 42 atoms in block 175
Block first atom: 8278
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 176 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 8321th, in residue E 1
%Blocpdb-Wn> It is merged with last block.
Blocpdb> 175 blocks.
Blocpdb> At most, 95 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 27 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 5873585 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 24963
Prepmat> Matrix trace = 12943320.0000
Prepmat> Last element read: 24963 24963 497.3149
Prepmat> 15401 lines saved.
Prepmat> 13479 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 8321
RTB> Total mass = 8321.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 8321
RTB> Number of blocks = 175
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 426801.6076
RTB> 66531 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1050
Diagstd> Nb of non-zero elements: 66531
Diagstd> Projected matrix trace = 426801.6076
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1050 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 426801.6076
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.8689669 1.4013408 1.5670305 3.4799190
4.5754469 6.8754979 8.1148342 8.8701502 10.1599751
11.8150250 12.6010612 13.0297646 13.7176612 15.2955306
17.1228202 18.1510030 19.6458385 21.7044411 21.9265444
23.8014454 26.2178491 26.8116277 26.9168692 29.2130052
31.6245570 32.3661516 33.2970227 33.8142241 36.6670822
37.0631580 37.6139824 38.6250543 39.4765885 41.9065072
42.8495544 44.3895992 46.7190000 47.6976406 49.6804876
50.5196457 51.0887858 52.2747947 55.0319792 56.0907395
56.4151434 57.9454354 58.0277622 58.7778870 60.0434445
60.3904810 62.1865761 65.0041462 65.7573249 66.2366482
67.9142469 68.5873346 69.0252665 69.2440807 71.0408110
71.7164091 72.0216799 72.9045551 74.1551185 74.3783183
75.6832114 76.1300819 77.1181649 78.1940771 79.3429921
79.8850671 80.8199624 81.1772302 82.0491566 83.4270132
83.9889295 84.7632746 86.9882245 87.2610797 88.4313546
89.1004427 90.0952343 90.4469446 90.7017593 91.6114612
92.5099088 94.8473840 95.3698480 95.9788298 96.7124914
98.0753696 98.3675146 99.4823299 100.5985703 101.9597384
102.8183859 103.5726361 103.7007739 105.1028788 106.4685498
107.0873836
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034311 0.0034311 0.0034334 0.0034341 0.0034355
0.0034370 101.2271238 128.5485458 135.9358503 202.5722013
232.2801184 284.7392629 309.3393043 323.4154534 346.1318806
373.2609894 385.4773286 391.9796896 402.1937488 424.6953963
449.3481200 462.6425723 481.3162947 505.9057133 508.4876117
529.7816915 556.0243481 562.2854821 563.3879480 586.9260672
610.6712943 617.7899117 626.6109520 631.4587613 657.5570767
661.0989854 665.9934206 674.8850870 682.2838441 702.9687397
710.8343973 723.4955962 742.2360594 749.9697197 765.3995543
771.8367056 776.1721771 785.1297756 805.5691875 813.2814433
815.6298817 826.6180711 827.2050778 832.5345488 841.4495439
843.8777275 856.3348192 875.5194721 880.5770227 883.7805797
894.9025072 899.3261942 902.1927368 903.6216071 915.2700170
919.6118277 921.5669767 927.1982695 935.1167728 936.5230216
944.7024815 947.4873682 953.6162071 960.2453428 967.2741180
970.5727245 976.2355134 978.3908775 983.6313020 991.8560076
995.1906871 999.7677957 1012.8042466 1014.3914301 1021.1708737
1025.0267779 1030.7330214 1032.7429301 1034.1966717 1039.3700191
1044.4542143 1057.5671657 1060.4759539 1063.8563879 1067.9147031
1075.4129380 1077.0134564 1083.0992480 1089.1587495 1096.5025262
1101.1099098 1105.1412644 1105.8246816 1113.2753319 1120.4847489
1123.7363625
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 8321
Rtb_to_modes> Number of blocs = 175
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.92
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.30
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.61
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.91
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.42
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.03
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 77.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 78.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 80.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 82.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 88.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 90.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 90.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 90.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 91.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 95.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 95.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 100.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 102.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 103.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 103.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 105.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 106.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 107.1
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1050 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99998 1.00001 1.00000 0.99999 1.00000
1.00000 1.00001 0.99999 1.00001 1.00001
1.00000 0.99998 1.00000 0.99999 0.99998
1.00001 1.00002 1.00002 1.00001 0.99999
1.00001 1.00002 1.00002 1.00002 1.00000
1.00002 1.00000 0.99997 0.99999 1.00001
1.00001 1.00002 0.99998 0.99999 0.99998
1.00002 1.00000 1.00001 1.00002 1.00002
1.00002 0.99999 1.00001 0.99999 1.00001
1.00002 1.00002 1.00002 1.00003 0.99999
0.99997 0.99999 0.99998 1.00002 1.00002
0.99999 1.00002 1.00000 1.00001 0.99999
1.00002 1.00003 1.00000 0.99999 0.99998
0.99999 1.00001 1.00003 1.00001 0.99999
0.99999 1.00001 1.00000 0.99998 0.99998
1.00000 1.00000 1.00003 1.00000 0.99998
0.99999 1.00002 1.00004 1.00000 1.00001
1.00000 0.99999 0.99999 0.99999 0.99999
0.99999 1.00001 0.99998 1.00000 0.99998
0.99999 0.99999 1.00001 1.00001 1.00003
1.00000 0.99998 1.00001 1.00000 1.00000
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 149778 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99998 1.00001 1.00000 0.99999 1.00000
1.00000 1.00001 0.99999 1.00001 1.00001
1.00000 0.99998 1.00000 0.99999 0.99998
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1.00001 1.00002 1.00002 1.00002 1.00000
1.00002 1.00000 0.99997 0.99999 1.00001
1.00001 1.00002 0.99998 0.99999 0.99998
1.00002 1.00000 1.00001 1.00002 1.00002
1.00002 0.99999 1.00001 0.99999 1.00001
1.00002 1.00002 1.00002 1.00003 0.99999
0.99997 0.99999 0.99998 1.00002 1.00002
0.99999 1.00002 1.00000 1.00001 0.99999
1.00002 1.00003 1.00000 0.99999 0.99998
0.99999 1.00001 1.00003 1.00001 0.99999
0.99999 1.00001 1.00000 0.99998 0.99998
1.00000 1.00000 1.00003 1.00000 0.99998
0.99999 1.00002 1.00004 1.00000 1.00001
1.00000 0.99999 0.99999 0.99999 0.99999
0.99999 1.00001 0.99998 1.00000 0.99998
0.99999 0.99999 1.00001 1.00001 1.00003
1.00000 0.99998 1.00001 1.00000 1.00000
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4: 0.000 0.000-0.000
Vector 5: 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 6: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 7: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 8: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 9: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 10:-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2405020224544013469.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2405020224544013469.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2405020224544013469.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2405020224544013469.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 490
First residue number = 28
Last residue number = 1
Number of atoms found = 8321
Mean number per residue = 17.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9832E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9836E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9969E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0009E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0018E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8690
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.401
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.567
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.480
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.575
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.875
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.115
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.870
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.82
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.12
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.21
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.6
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.7
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 107.1
Bfactors> 106 vectors, 24963 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.869000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.008 +/- 0.01
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.008
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2405020224544013469 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2405020224544013469.eigenfacs
2405020224544013469.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2405020224544013469.eigenfacs
2405020224544013469.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2405020224544013469.eigenfacs
2405020224544013469.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2405020224544013469.eigenfacs
2405020224544013469.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2405020224544013469.eigenfacs
2405020224544013469.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2405020224544013469.eigenfacs
2405020224544013469.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2405020224544013469.eigenfacs
2405020224544013469.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2405020224544013469.eigenfacs
2405020224544013469.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2405020224544013469.eigenfacs
2405020224544013469.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2405020224544013469.eigenfacs
2405020224544013469.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2405020224544013469.eigenfacs
2405020224544013469.atom
making animated gifs
11 models are in 2405020224544013469.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2405020224544013469.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2405020224544013469.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2405020224544013469 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2405020224544013469.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
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2405020224544013469.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2405020224544013469.eigenfacs
2405020224544013469.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2405020224544013469.eigenfacs
2405020224544013469.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2405020224544013469.eigenfacs
2405020224544013469.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2405020224544013469.eigenfacs
2405020224544013469.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2405020224544013469.eigenfacs
2405020224544013469.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
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2405020224544013469.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2405020224544013469.eigenfacs
2405020224544013469.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2405020224544013469.eigenfacs
2405020224544013469.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2405020224544013469.eigenfacs
2405020224544013469.atom
making animated gifs
11 models are in 2405020224544013469.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2405020224544013469.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2405020224544013469.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2405020224544013469 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
2405020224544013469.eigenfacs
2405020224544013469.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2405020224544013469.eigenfacs
2405020224544013469.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2405020224544013469.eigenfacs
2405020224544013469.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2405020224544013469.eigenfacs
2405020224544013469.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2405020224544013469.eigenfacs
2405020224544013469.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2405020224544013469.eigenfacs
2405020224544013469.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2405020224544013469.eigenfacs
2405020224544013469.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2405020224544013469.eigenfacs
2405020224544013469.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2405020224544013469.eigenfacs
2405020224544013469.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2405020224544013469.eigenfacs
2405020224544013469.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2405020224544013469.eigenfacs
2405020224544013469.atom
making animated gifs
11 models are in 2405020224544013469.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2405020224544013469.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2405020224544013469.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2405020224544013469.7.pdb
2405020224544013469.8.pdb
2405020224544013469.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m40.092s
user 0m39.924s
sys 0m0.136s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2405020224544013469.Chkmod.res: No such file or directory
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
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