*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2404282114573491381.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2404282114573491381.atom to be opened.
Openam> File opened: 2404282114573491381.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 40
First residue number = 1
Last residue number = 40
Number of atoms found = 598
Mean number per residue = 14.9
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 22.892100 +/- 4.900143 From: 12.657000 To: 36.017000
= 24.957084 +/- 6.450135 From: 10.227000 To: 38.447000
= 26.021766 +/- 7.002511 From: 10.207000 To: 38.467000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 17.8457 % Filled.
Pdbmat> 287336 non-zero elements.
Pdbmat> 31592 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 105.66 +/- 35.44
Maximum number = 186
Minimum number = 33
Pdbmat> Matrix trace = 631840.
Pdbmat> Larger element = 697.730
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
40 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2404282114573491381.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2404282114573491381.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2404282114573491381.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 598 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 40 residues.
Blocpdb> 14 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 10 atoms in block 2
Block first atom: 15
Blocpdb> 15 atoms in block 3
Block first atom: 25
Blocpdb> 20 atoms in block 4
Block first atom: 40
Blocpdb> 24 atoms in block 5
Block first atom: 60
Blocpdb> 17 atoms in block 6
Block first atom: 84
Blocpdb> 12 atoms in block 7
Block first atom: 101
Blocpdb> 11 atoms in block 8
Block first atom: 113
Blocpdb> 7 atoms in block 9
Block first atom: 124
Blocpdb> 21 atoms in block 10
Block first atom: 131
Blocpdb> 15 atoms in block 11
Block first atom: 152
Blocpdb> 16 atoms in block 12
Block first atom: 167
Blocpdb> 17 atoms in block 13
Block first atom: 183
Blocpdb> 17 atoms in block 14
Block first atom: 200
Blocpdb> 17 atoms in block 15
Block first atom: 217
Blocpdb> 22 atoms in block 16
Block first atom: 234
Blocpdb> 19 atoms in block 17
Block first atom: 256
Blocpdb> 16 atoms in block 18
Block first atom: 275
Blocpdb> 20 atoms in block 19
Block first atom: 291
Blocpdb> 20 atoms in block 20
Block first atom: 311
Blocpdb> 10 atoms in block 21
Block first atom: 331
Blocpdb> 15 atoms in block 22
Block first atom: 341
Blocpdb> 12 atoms in block 23
Block first atom: 356
Blocpdb> 16 atoms in block 24
Block first atom: 368
Blocpdb> 7 atoms in block 25
Block first atom: 384
Blocpdb> 11 atoms in block 26
Block first atom: 391
Blocpdb> 14 atoms in block 27
Block first atom: 402
Blocpdb> 22 atoms in block 28
Block first atom: 416
Blocpdb> 7 atoms in block 29
Block first atom: 438
Blocpdb> 10 atoms in block 30
Block first atom: 445
Blocpdb> 19 atoms in block 31
Block first atom: 455
Blocpdb> 19 atoms in block 32
Block first atom: 474
Blocpdb> 7 atoms in block 33
Block first atom: 493
Blocpdb> 19 atoms in block 34
Block first atom: 500
Blocpdb> 17 atoms in block 35
Block first atom: 519
Blocpdb> 16 atoms in block 36
Block first atom: 536
Blocpdb> 7 atoms in block 37
Block first atom: 552
Blocpdb> 7 atoms in block 38
Block first atom: 559
Blocpdb> 16 atoms in block 39
Block first atom: 566
Blocpdb> 17 atoms in block 40
Block first atom: 581
Blocpdb> 40 blocks.
Blocpdb> At most, 24 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 7 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 287376 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 1794
Prepmat> Matrix trace = 631840.0000
Prepmat> Last element read: 1794 1794 261.0538
Prepmat> 821 lines saved.
Prepmat> 474 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 598
RTB> Total mass = 598.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 598
RTB> Number of blocks = 40
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 73565.5034
RTB> 11856 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 240
Diagstd> Nb of non-zero elements: 11856
Diagstd> Projected matrix trace = 73565.5034
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 240 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 73565.5034
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 6.5322146 8.7838542 14.3546258 15.9043664
16.4838679 23.1317230 28.4651224 29.6026683 34.0158358
38.1436799 45.8298064 49.5721034 55.0749579 59.6046368
61.5628405 66.3219516 67.4252145 71.8620356 74.7144854
76.5835410 82.8992702 86.0515170 88.3598733 90.3307444
92.7066259 96.9701432 99.7930602 105.8007934 111.2837504
112.5273336 113.6500198 117.5291309 120.2655373 121.6387852
124.9700833 130.8062854 131.1179718 134.0588339 138.8066706
139.4942981 142.1302460 142.4764446 146.5970333 147.2955054
148.1537630 153.8038700 155.5740919 159.6983398 162.8087347
164.0879521 166.2895767 169.9465367 173.3154970 175.4451528
176.5819736 179.7867075 180.7254125 182.9530689 185.3038223
189.0091123 189.4928220 193.3421511 198.1272856 199.0375546
200.0676992 201.3049562 204.5313458 206.2690588 207.3834705
209.1469259 209.8149826 213.6123209 216.6594154 217.4860816
220.8994662 221.5498599 224.2037325 225.6628379 228.6777759
230.9137495 231.9934835 235.4920923 237.6045398 238.7386029
240.6348652 245.2116318 246.3708392 247.9691702 250.4612165
252.2232500 254.8963862 255.8111468 259.7238634 260.7326275
262.0545982 263.1486123 264.6764063 266.9357187 270.1049277
273.0493802
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034331 0.0034332 0.0034336 0.0034337 0.0034346
0.0034358 277.5399474 321.8383840 411.4255123 433.0653798
440.8845119 522.2750413 579.3644033 590.8275116 633.3384483
670.6664402 735.1387098 764.5641908 805.8836914 838.3691778
852.0294482 884.3494888 891.6747089 920.5450304 938.6370333
950.3049725 988.7138863 1007.3364427 1020.7580711 1032.0793174
1045.5641113 1069.3362727 1084.7894441 1116.9654573 1145.5423703
1151.9252403 1157.6573623 1177.2482202 1190.8741771 1197.6538568
1213.9430411 1241.9656565 1243.4444595 1257.3118217 1279.3826268
1282.5476468 1294.6087383 1296.1844733 1314.7944769 1317.9229710
1321.7570138 1346.7249678 1354.4529319 1372.2886802 1385.5880553
1391.0208116 1400.3216202 1415.6354824 1429.5981542 1438.3546021
1443.0070852 1456.0425610 1459.8387676 1468.8083395 1478.2145377
1492.9203964 1494.8295071 1509.9360474 1528.5069755 1532.0142113
1535.9736634 1540.7157211 1553.0134544 1559.5967578 1563.8041066
1570.4388233 1572.9449698 1587.1151221 1598.3948212 1601.4412638
1613.9594293 1616.3336710 1625.9856162 1631.2679480 1642.1289596
1650.1376633 1653.9911190 1666.4160677 1673.8735521 1677.8634139
1684.5137341 1700.4576252 1704.4722368 1709.9921812 1718.5632600
1724.5978448 1733.7126557 1736.8208041 1750.0530244 1753.4483224
1757.8878829 1761.5534378 1766.6596700 1774.1838662 1784.6848375
1794.3860233
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 598
Rtb_to_modes> Number of blocs = 40
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9947E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9957E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9977E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9985E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0011E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.532
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.784
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 82.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 88.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 90.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 105.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 111.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 112.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 113.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 117.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 120.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 121.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 125.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 130.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 131.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 134.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 138.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 139.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 142.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 142.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 146.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 147.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 148.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 153.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 155.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 159.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 162.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 164.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 166.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 169.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 173.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 175.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 176.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 179.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 180.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 183.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 185.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 189.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 189.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 193.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 198.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 199.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 200.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 201.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 204.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 206.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 207.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 209.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 209.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 213.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 216.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 217.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 220.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 221.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 224.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 225.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 228.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 230.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 232.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 235.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 237.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 238.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 240.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 245.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 246.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 248.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 250.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 252.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 254.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 255.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 259.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 260.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 262.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 263.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 264.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 266.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 270.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 273.0
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 240 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00001 0.99998 1.00002 0.99998 1.00001
1.00005 1.00001 0.99997 1.00000 1.00002
0.99996 0.99998 1.00001 1.00000 1.00004
1.00000 1.00000 0.99999 1.00002 1.00002
1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 1.00002
1.00000 1.00000 1.00002 0.99998 1.00001
1.00000 0.99999 1.00004 0.99996 0.99997
1.00006 0.99997 1.00001 1.00001 1.00000
1.00001 0.99998 0.99998 1.00001 1.00001
1.00000 1.00001 1.00004 0.99998 0.99998
1.00004 0.99998 1.00002 0.99998 0.99998
1.00000 1.00002 1.00000 1.00001 0.99997
1.00001 0.99999 0.99997 1.00001 0.99996
1.00002 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000
0.99997 0.99997 1.00002 1.00002 1.00003
0.99996 0.99994 1.00004 1.00003 0.99995
1.00002 1.00004 0.99998 0.99997 1.00002
1.00001 1.00001 0.99999 0.99997 0.99996
1.00001 1.00001 1.00002 1.00001 1.00005
1.00001 0.99996 1.00000 1.00003 1.00003
1.00001 0.99998 0.99999 1.00000 1.00002
1.00001
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 10764 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 0.99998 1.00002 0.99998 1.00001
1.00005 1.00001 0.99997 1.00000 1.00002
0.99996 0.99998 1.00001 1.00000 1.00004
1.00000 1.00000 0.99999 1.00002 1.00002
1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 1.00002
1.00000 1.00000 1.00002 0.99998 1.00001
1.00000 0.99999 1.00004 0.99996 0.99997
1.00006 0.99997 1.00001 1.00001 1.00000
1.00001 0.99998 0.99998 1.00001 1.00001
1.00000 1.00001 1.00004 0.99998 0.99998
1.00004 0.99998 1.00002 0.99998 0.99998
1.00000 1.00002 1.00000 1.00001 0.99997
1.00001 0.99999 0.99997 1.00001 0.99996
1.00002 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000
0.99997 0.99997 1.00002 1.00002 1.00003
0.99996 0.99994 1.00004 1.00003 0.99995
1.00002 1.00004 0.99998 0.99997 1.00002
1.00001 1.00001 0.99999 0.99997 0.99996
1.00001 1.00001 1.00002 1.00001 1.00005
1.00001 0.99996 1.00000 1.00003 1.00003
1.00001 0.99998 0.99999 1.00000 1.00002
1.00001
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4: 0.000-0.000-0.000
Vector 5: 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 6: 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 7: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 8:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 9: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 10:-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2404282114573491381.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2404282114573491381.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2404282114573491381.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2404282114573491381.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 40
First residue number = 1
Last residue number = 40
Number of atoms found = 598
Mean number per residue = 14.9
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9947E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9957E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9977E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9985E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0011E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.532
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.784
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 117.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 120.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 121.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 125.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 130.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 131.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 134.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 138.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 139.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 142.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 142.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 146.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 147.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 148.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 153.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 155.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 159.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 162.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 164.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 166.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 169.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 173.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 175.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 176.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 179.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 180.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 183.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 185.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 189.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 189.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 193.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 198.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 199.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 200.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 201.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 204.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 206.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 207.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 209.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 209.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 213.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 216.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 217.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 220.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 221.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 224.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 225.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 228.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 230.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 232.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 235.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 237.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 238.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 240.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 245.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 246.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 248.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 250.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 252.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 254.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 255.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 259.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 260.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 262.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 263.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 264.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 266.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 270.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 273.0
Bfactors> 106 vectors, 1794 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 6.532000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.024 +/- 0.02
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.024
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
project conformational change on normal modes
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 2404282114573491381.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2404282114573491381.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 2404282114573491381.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2404282114573491381.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 2404282114573491381.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
2404282114573491381.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4329E-03
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1794.
Projmod> 106 vectors, 1794 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 40
First residue number = 1
Last residue number = 40
Number of atoms found = 598
Mean number per residue = 14.9
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 40
First residue number = 1
Last residue number = 40
Number of atoms found = 598
Mean number per residue = 14.9
Projmod> File dr.res: displacement=f(atom number).
Projmod> 598 atoms are considered.
Projmod> Atomic r.m.s. displacements= 16.67
Projmod> Atomic average masses = 1.00 +/- 0.00
Projmod> File projmod.res: dr.vector=f(fqcy), and cumulative square sum.
Vector: 1 F= 0.00 Cos= -0.250 Sum= 0.062 q= -101.8362
Vector: 2 F= 0.00 Cos= 0.082 Sum= 0.069 q= 33.3597
Vector: 3 F= 0.00 Cos= -0.035 Sum= 0.070 q= -14.3029
Vector: 4 F= 0.00 Cos= 0.016 Sum= 0.071 q= 6.3847
Vector: 5 F= 0.00 Cos= 0.100 Sum= 0.081 q= 40.8746
Vector: 6 F= 0.00 Cos= -0.148 Sum= 0.103 q= -60.4736
Vector: 7 F= 277.52 Cos= 0.034 Sum= 0.104 q= 13.7089
Vector: 8 F= 321.83 Cos= -0.058 Sum= 0.107 q= -23.7035
Vector: 9 F= 411.34 Cos= -0.060 Sum= 0.111 q= -24.5731
Vector: 10 F= 432.99 Cos= -0.038 Sum= 0.112 q= -15.5497
Vector: 11 F= 440.81 Cos= -0.101 Sum= 0.122 q= -41.1929
Vector: 12 F= 522.23 Cos= -0.007 Sum= 0.122 q= -2.7694
Vector: 13 F= 579.39 Cos= -0.034 Sum= 0.124 q= -13.8733
Vector: 14 F= 590.78 Cos= -0.081 Sum= 0.130 q= -33.0749
Vector: 15 F= 633.35 Cos= -0.053 Sum= 0.133 q= -21.7756
Vector: 16 F= 670.61 Cos= -0.204 Sum= 0.175 q= -83.1185
Vector: 17 F= 735.11 Cos= 0.195 Sum= 0.213 q= 79.5018
Vector: 18 F= 764.52 Cos= -0.001 Sum= 0.213 q= -0.5703
Vector: 19 F= 805.81 Cos= 0.141 Sum= 0.233 q= 57.6823
Vector: 20 F= 838.30 Cos= -0.063 Sum= 0.237 q= -25.7096
Vector: 21 F= 851.97 Cos= -0.047 Sum= 0.239 q= -19.2732
Vector: 22 F= 884.30 Cos= -0.140 Sum= 0.258 q= -56.9884
Vector: 23 F= 891.67 Cos= -0.044 Sum= 0.260 q= -17.8745
Vector: 24 F= 920.49 Cos= -0.051 Sum= 0.263 q= -20.9369
Vector: 25 F= 938.57 Cos= 0.200 Sum= 0.303 q= 81.4127
Vector: 26 F= 950.24 Cos= 0.092 Sum= 0.311 q= 37.4320
Vector: 27 F= 988.68 Cos= -0.280 Sum= 0.390 q= -114.2098
Vector: 28 F= 1007.28 Cos= -0.150 Sum= 0.412 q= -61.2288
Vector: 29 F= 1020.71 Cos= 0.132 Sum= 0.430 q= 53.9606
Vector: 30 F= 1032.03 Cos= -0.207 Sum= 0.473 q= -84.2734
Vector: 31 F= 1045.54 Cos= -0.006 Sum= 0.473 q= -2.3437
Vector: 32 F= 1069.29 Cos= 0.106 Sum= 0.484 q= 43.1886
Vector: 33 F= 1084.73 Cos= 0.031 Sum= 0.485 q= 12.8221
Vector: 34 F= 1116.91 Cos= -0.002 Sum= 0.485 q= -0.9458
Vector: 35 F= 1145.58 Cos= 0.134 Sum= 0.503 q= 54.6775
%Projmod-Wn> Eigenvector 36 Norm= 1.0002
Vector: 36 F= 1151.74 Cos= 0.148 Sum= 0.525 q= 60.3472
Vector: 37 F= 1157.86 Cos= 0.007 Sum= 0.525 q= 2.7813
Vector: 38 F= 1177.05 Cos= -0.109 Sum= 0.537 q= -44.4977
Vector: 39 F= 1190.99 Cos= -0.093 Sum= 0.545 q= -37.9843
Vector: 40 F= 1197.41 Cos= -0.007 Sum= 0.545 q= -3.0434
Vector: 41 F= 1214.04 Cos= 0.033 Sum= 0.546 q= 13.3691
Vector: 42 F= 1241.88 Cos= -0.057 Sum= 0.550 q= -23.2605
Vector: 43 F= 1243.31 Cos= 0.032 Sum= 0.551 q= 12.8479
Vector: 44 F= 1257.45 Cos= -0.048 Sum= 0.553 q= -19.4281
Vector: 45 F= 1279.30 Cos= 0.038 Sum= 0.554 q= 15.4894
Vector: 46 F= 1282.52 Cos= -0.019 Sum= 0.555 q= -7.7848
Vector: 47 F= 1294.42 Cos= 0.024 Sum= 0.555 q= 9.8751
Vector: 48 F= 1296.24 Cos= 0.181 Sum= 0.588 q= 73.8342
Vector: 49 F= 1314.75 Cos= -0.020 Sum= 0.589 q= -8.1048
Vector: 50 F= 1317.89 Cos= -0.072 Sum= 0.594 q= -29.3565
Vector: 51 F= 1321.91 Cos= -0.091 Sum= 0.602 q= -36.9590
Vector: 52 F= 1346.65 Cos= 0.007 Sum= 0.602 q= 3.0180
Vector: 53 F= 1354.51 Cos= -0.006 Sum= 0.602 q= -2.4642
Vector: 54 F= 1372.24 Cos= -0.003 Sum= 0.602 q= -1.2748
Vector: 55 F= 1385.49 Cos= -0.103 Sum= 0.613 q= -42.0579
Vector: 56 F= 1391.01 Cos= 0.098 Sum= 0.622 q= 39.8186
Vector: 57 F= 1400.31 Cos= -0.049 Sum= 0.625 q= -20.1522
Vector: 58 F= 1415.38 Cos= -0.070 Sum= 0.630 q= -28.5267
Vector: 59 F= 1429.47 Cos= -0.179 Sum= 0.662 q= -73.0545
Vector: 60 F= 1438.11 Cos= 0.042 Sum= 0.664 q= 17.2912
Vector: 61 F= 1443.02 Cos= -0.045 Sum= 0.666 q= -18.4126
Vector: 62 F= 1456.03 Cos= 0.036 Sum= 0.667 q= 14.8217
Vector: 63 F= 1459.67 Cos= 0.003 Sum= 0.667 q= 1.0675
Vector: 64 F= 1468.93 Cos= -0.029 Sum= 0.668 q= -11.7087
Vector: 65 F= 1478.14 Cos= -0.017 Sum= 0.668 q= -6.9078
Vector: 66 F= 1492.82 Cos= -0.037 Sum= 0.669 q= -14.9957
Vector: 67 F= 1494.79 Cos= 0.075 Sum= 0.675 q= 30.4285
Vector: 68 F= 1509.71 Cos= -0.005 Sum= 0.675 q= -1.9478
Vector: 69 F= 1528.34 Cos= -0.012 Sum= 0.675 q= -4.7904
Vector: 70 F= 1531.80 Cos= -0.048 Sum= 0.677 q= -19.4517
Vector: 71 F= 1536.03 Cos= 0.064 Sum= 0.681 q= 25.9001
Vector: 72 F= 1540.63 Cos= 0.029 Sum= 0.682 q= 11.9455
Vector: 73 F= 1552.83 Cos= 0.109 Sum= 0.694 q= 44.6022
%Projmod-Wn> Eigenvector 74 Norm= 1.0001
Vector: 74 F= 1559.65 Cos= -0.082 Sum= 0.701 q= -33.5644
Vector: 75 F= 1563.80 Cos= 0.027 Sum= 0.702 q= 11.2114
Vector: 76 F= 1570.20 Cos= -0.038 Sum= 0.703 q= -15.4154
Vector: 77 F= 1572.82 Cos= 0.101 Sum= 0.713 q= 41.1684
Vector: 78 F= 1587.00 Cos= 0.094 Sum= 0.722 q= 38.3009
Vector: 79 F= 1598.48 Cos= -0.130 Sum= 0.739 q= -52.8481
Vector: 80 F= 1601.42 Cos= -0.019 Sum= 0.739 q= -7.7679
Vector: 81 F= 1613.89 Cos= -0.090 Sum= 0.748 q= -36.8727
Vector: 82 F= 1616.08 Cos= 0.056 Sum= 0.751 q= 22.9215
Vector: 83 F= 1625.90 Cos= 0.081 Sum= 0.757 q= 33.1906
Vector: 84 F= 1631.33 Cos= 0.050 Sum= 0.760 q= 20.2051
Vector: 85 F= 1642.14 Cos= 0.141 Sum= 0.780 q= 57.2920
Vector: 86 F= 1650.02 Cos= -0.048 Sum= 0.782 q= -19.5356
Vector: 87 F= 1653.94 Cos= -0.014 Sum= 0.782 q= -5.8843
Vector: 88 F= 1666.37 Cos= 0.012 Sum= 0.782 q= 4.9172
Vector: 89 F= 1673.79 Cos= -0.017 Sum= 0.782 q= -6.8697
Vector: 90 F= 1677.66 Cos= -0.031 Sum= 0.783 q= -12.4435
Vector: 91 F= 1684.32 Cos= 0.043 Sum= 0.785 q= 17.6015
Vector: 92 F= 1700.34 Cos= 0.027 Sum= 0.786 q= 11.0662
Vector: 93 F= 1704.50 Cos= 0.016 Sum= 0.786 q= 6.6327
Vector: 94 F= 1710.03 Cos= 0.034 Sum= 0.787 q= 13.7053
Vector: 95 F= 1718.62 Cos= -0.025 Sum= 0.788 q= -10.2369
Vector: 96 F= 1724.44 Cos= 0.014 Sum= 0.788 q= 5.6924
Vector: 97 F= 1733.65 Cos= 0.006 Sum= 0.788 q= 2.3369
Vector: 98 F= 1736.71 Cos= 0.025 Sum= 0.789 q= 10.3538
%Projmod-Wn> Eigenvector 99 Norm= 1.0001
Vector: 99 F= 1749.90 Cos= 0.040 Sum= 0.790 q= 16.1291
Vector: 100 F= 1753.26 Cos= 0.066 Sum= 0.795 q= 27.0159
Vector: 101 F= 1757.96 Cos= -0.033 Sum= 0.796 q= -13.4066
Vector: 102 F= 1761.32 Cos= -0.025 Sum= 0.797 q= -10.1247
Vector: 103 F= 1766.66 Cos= 0.099 Sum= 0.806 q= 40.4493
Vector: 104 F= 1773.99 Cos= -0.015 Sum= 0.807 q= -6.1146
Vector: 105 F= 1784.59 Cos= 0.027 Sum= 0.807 q= 10.9190
Vector: 106 F= 1794.15 Cos= 0.046 Sum= 0.809 q= 18.9236
Projmod> Best zero-frequency found : 0.003433
Projmod> 6 frequencies less than: 0.003436
Projmod> Lowest non-zero frequency : 277.523475
Projmod> Best overlap with diff.vect. = -0.28 for mode 27 with F= 988.68 cm-1.
Projmod> 1-3-6-9-12-all-best contrb. = 0.078 0.184 0.303 0.391 0.454 0.809
Projmod> Normal end.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2404282114573491381 7 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
making animated gifs
11 models are in 2404282114573491381.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404282114573491381.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404282114573491381.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-100 40 4.847 20 1.579
MODEL 2 MODE=7 DQ=-80 40 4.504 22 1.626
MODEL 3 MODE=7 DQ=-60 40 4.236 23 1.537
MODEL 4 MODE=7 DQ=-40 40 4.057 23 1.510
MODEL 5 MODE=7 DQ=-20 40 3.979 23 1.642
MODEL 6 MODE=7 DQ=0 40 4.007 21 1.734
MODEL 7 MODE=7 DQ=20 40 4.139 19 1.909
MODEL 8 MODE=7 DQ=40 40 4.367 16 2.084
MODEL 9 MODE=7 DQ=60 40 4.676 15 2.351
MODEL 10 MODE=7 DQ=80 40 5.051 15 1.242
MODEL 11 MODE=7 DQ=100 40 5.479 14 1.166
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2404282114573491381 8 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
making animated gifs
11 models are in 2404282114573491381.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404282114573491381.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404282114573491381.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-100 40 5.699 14 1.217
MODEL 2 MODE=8 DQ=-80 40 5.208 19 1.475
MODEL 3 MODE=8 DQ=-60 40 4.775 20 1.415
MODEL 4 MODE=8 DQ=-40 40 4.417 20 1.372
MODEL 5 MODE=8 DQ=-20 40 4.155 21 1.532
MODEL 6 MODE=8 DQ=0 40 4.007 21 1.734
MODEL 7 MODE=8 DQ=20 40 3.986 21 1.999
MODEL 8 MODE=8 DQ=40 40 4.096 17 2.132
MODEL 9 MODE=8 DQ=60 40 4.326 14 1.907
MODEL 10 MODE=8 DQ=80 40 4.659 15 2.201
MODEL 11 MODE=8 DQ=100 40 5.075 14 2.199
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2404282114573491381 9 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
making animated gifs
11 models are in 2404282114573491381.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404282114573491381.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404282114573491381.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-100 40 6.276 18 1.456
MODEL 2 MODE=9 DQ=-80 40 5.720 18 1.253
MODEL 3 MODE=9 DQ=-60 40 5.201 18 1.105
MODEL 4 MODE=9 DQ=-40 40 4.731 18 1.038
MODEL 5 MODE=9 DQ=-20 40 4.326 18 1.466
MODEL 6 MODE=9 DQ=0 40 4.007 21 1.734
MODEL 7 MODE=9 DQ=20 40 3.794 22 1.649
MODEL 8 MODE=9 DQ=40 40 3.707 23 1.568
MODEL 9 MODE=9 DQ=60 40 3.753 23 1.758
MODEL 10 MODE=9 DQ=80 40 3.930 23 1.860
MODEL 11 MODE=9 DQ=100 40 4.220 20 1.851
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2404282114573491381 10 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
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2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
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2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
making animated gifs
11 models are in 2404282114573491381.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404282114573491381.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404282114573491381.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-100 40 5.825 13 1.110
MODEL 2 MODE=10 DQ=-80 40 5.283 15 1.450
MODEL 3 MODE=10 DQ=-60 40 4.808 17 1.886
MODEL 4 MODE=10 DQ=-40 40 4.420 18 1.720
MODEL 5 MODE=10 DQ=-20 40 4.146 20 1.672
MODEL 6 MODE=10 DQ=0 40 4.007 21 1.734
MODEL 7 MODE=10 DQ=20 40 4.017 20 1.779
MODEL 8 MODE=10 DQ=40 40 4.177 23 2.014
MODEL 9 MODE=10 DQ=60 40 4.469 16 1.821
MODEL 10 MODE=10 DQ=80 40 4.870 12 2.079
MODEL 11 MODE=10 DQ=100 40 5.355 17 1.545
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2404282114573491381 11 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2404282114573491381.eigenfacs
2404282114573491381.atom
making animated gifs
11 models are in 2404282114573491381.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404282114573491381.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404282114573491381.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-100 40 5.330 17 1.655
MODEL 2 MODE=11 DQ=-80 40 4.845 18 1.185
MODEL 3 MODE=11 DQ=-60 40 4.445 18 1.323
MODEL 4 MODE=11 DQ=-40 40 4.158 20 1.661
MODEL 5 MODE=11 DQ=-20 40 4.007 20 1.553
MODEL 6 MODE=11 DQ=0 40 4.007 21 1.734
MODEL 7 MODE=11 DQ=20 40 4.158 22 2.005
MODEL 8 MODE=11 DQ=40 40 4.445 19 1.575
MODEL 9 MODE=11 DQ=60 40 4.844 19 1.654
MODEL 10 MODE=11 DQ=80 40 5.329 18 1.702
MODEL 11 MODE=11 DQ=100 40 5.880 12 1.539
2404282114573491381.10.pdb
2404282114573491381.11.pdb
2404282114573491381.7.pdb
2404282114573491381.8.pdb
2404282114573491381.9.pdb
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real 0m0.633s
user 0m0.612s
sys 0m0.020s
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mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2404282114573491381.Chkmod.res: No such file or directory
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