Should you encounter any unexpected behaviour,
please let us know.

* conf_1 *

LOGs for ID: 2404230347031977915

output from eigenvector calculation:


STDOUT:

CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
 Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
 Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.    

 Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.

 Pdbmat> Coordinate filename     = 2404230347031977915.atom

 Pdbmat> Distance cutoff         =       8.00
         Force constant          =      10.00
         Origin of mass values   =       CONS
 Pdbmat> Levelshift              =    1.0E-09
         PRINTing level          =          2

 Pdbmat> Coordinate file 2404230347031977915.atom to be opened.

 Openam> File opened: 2404230347031977915.atom

 Pdbmat> Coordinate file in PDB format.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:      0

 Rdatompdb> Number of residues found =     40
            First residue number     =      1
            Last  residue number     =     40
            Number of atoms found    =    598
            Mean number per residue  =     14.9

 Pdbmat> Coordinate statistics: 
 =    22.892100 +/-     4.900143 From:    12.657000 To:    36.017000
 =    24.957084 +/-     6.450135 From:    10.227000 To:    38.447000
 =    26.021766 +/-     7.002511 From:    10.207000 To:    38.467000
 Pdbmat> Masses are all set to one.

 Openam> File opened: pdbmat.xyzm
 Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.

 Openam> File opened: pdbmat.sdijb

 Pdbmat> Matrix statistics:

 Pdbmat> The matrix is  17.8457 % Filled.
 Pdbmat>       287336  non-zero elements.
 Pdbmat>        31592 atom-atom interactions.

 Pdbmat> Number per atom=    105.66 +/-     35.44
         Maximum number =    186
         Minimum number =     33

 Pdbmat> Matrix trace   =  631840.    
 Pdbmat> Larger element =  697.730    
 Pdbmat>      0 elements larger than +/-  1.0E+10

 Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
40 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
 Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
 Diagrtb> Version 2.52, November 2004. 
 Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.

 Diagrtb> Options taken into account:

 MATRix filename          = pdbmat.sdijb
 COORdinates filename     = 2404230347031977915.atom
 Eigenvector OUTPut file  = matrix.eigenrtb
 Nb of VECTors required   =        106
 EigeNVALues chosen       =       LOWE
 Type of SUBStructuring   =       NONE
 Nb of residues per BLOck =          1
 Origin of MASS values    =       CONS
 MATRix FORMat            =       BINA
 Temporary files cleaning =       ALL 
 Output PRINting level    =          2

 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.

 Blocpdb> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.xyzm   

 Blocpdb> Coordinate file 2404230347031977915.atom to be opened.

 Openam> file on opening on unit     11:
 2404230347031977915.atom                                                                                                        

 Blocpdb> Coordinate file in PDB format.

 Blocpdb>   598 atoms picked in pdb file.
 Blocpdb>   All masses set to unity.
 Blocpdb> Coordinate file is rewritten.

 Blocpdb> Substructuring:
 Blocpdb>     1 residue(s) per block.
 Blocpdb>    40 residues.
 Blocpdb>    14 atoms in block      1
 Block first atom:      1
 Blocpdb>    10 atoms in block      2
 Block first atom:     15
 Blocpdb>    15 atoms in block      3
 Block first atom:     25
 Blocpdb>    20 atoms in block      4
 Block first atom:     40
 Blocpdb>    24 atoms in block      5
 Block first atom:     60
 Blocpdb>    17 atoms in block      6
 Block first atom:     84
 Blocpdb>    12 atoms in block      7
 Block first atom:    101
 Blocpdb>    11 atoms in block      8
 Block first atom:    113
 Blocpdb>     7 atoms in block      9
 Block first atom:    124
 Blocpdb>    21 atoms in block     10
 Block first atom:    131
 Blocpdb>    15 atoms in block     11
 Block first atom:    152
 Blocpdb>    16 atoms in block     12
 Block first atom:    167
 Blocpdb>    17 atoms in block     13
 Block first atom:    183
 Blocpdb>    17 atoms in block     14
 Block first atom:    200
 Blocpdb>    17 atoms in block     15
 Block first atom:    217
 Blocpdb>    22 atoms in block     16
 Block first atom:    234
 Blocpdb>    19 atoms in block     17
 Block first atom:    256
 Blocpdb>    16 atoms in block     18
 Block first atom:    275
 Blocpdb>    20 atoms in block     19
 Block first atom:    291
 Blocpdb>    20 atoms in block     20
 Block first atom:    311
 Blocpdb>    10 atoms in block     21
 Block first atom:    331
 Blocpdb>    15 atoms in block     22
 Block first atom:    341
 Blocpdb>    12 atoms in block     23
 Block first atom:    356
 Blocpdb>    16 atoms in block     24
 Block first atom:    368
 Blocpdb>     7 atoms in block     25
 Block first atom:    384
 Blocpdb>    11 atoms in block     26
 Block first atom:    391
 Blocpdb>    14 atoms in block     27
 Block first atom:    402
 Blocpdb>    22 atoms in block     28
 Block first atom:    416
 Blocpdb>     7 atoms in block     29
 Block first atom:    438
 Blocpdb>    10 atoms in block     30
 Block first atom:    445
 Blocpdb>    19 atoms in block     31
 Block first atom:    455
 Blocpdb>    19 atoms in block     32
 Block first atom:    474
 Blocpdb>     7 atoms in block     33
 Block first atom:    493
 Blocpdb>    19 atoms in block     34
 Block first atom:    500
 Blocpdb>    17 atoms in block     35
 Block first atom:    519
 Blocpdb>    16 atoms in block     36
 Block first atom:    536
 Blocpdb>     7 atoms in block     37
 Block first atom:    552
 Blocpdb>     7 atoms in block     38
 Block first atom:    559
 Blocpdb>    16 atoms in block     39
 Block first atom:    566
 Blocpdb>    17 atoms in block     40
 Block first atom:    581

 Blocpdb>    40 blocks.

 Blocpdb> At most,     24 atoms in each of them.
 Blocpdb> At least,     7 atoms in each of them.

 Blocpdb> Normal end of Blocpdb.

 Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB.
 Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.

 Prepmat> Entering in.
 Prepmat> Rewriting of the matrix begins.

 Prepmat>       287376 matrix lines read.

 Prepmat> Matrix order    =       1794

 Prepmat> Matrix trace    =     631840.0000
 Prepmat> Last element read:    1794   1794       261.0538
 Prepmat>          821 lines saved.
 Prepmat>          474 empty lines.
 Prepmat> Number of lines on output is as expected.
 Prepmat> Normal end of Prepmat.

 RTB> Entering in.
 RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file:   598
 RTB> Total mass =         598.0000
 RTB> Number of atoms found in matrix:   598
 RTB> Number of blocks =    40
 RTB> Projection begins.
 RTB> Projected matrix is being saved.
 RTB> Projected matrix trace =   73565.5034
 RTB>     11856 non-zero elements.
 RTB> Normal end of RTB.

 Diagstd> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> CERFACS matrix format.
 Diagstd> Projected matrix order =      240
 Diagstd> Nb of non-zero elements:    11856
 Diagstd> Projected matrix trace =   73565.5034

 Openam> file on opening on unit     11:
 diagrtb_work.eigenfacs                  
 Diagstd> Diagonalization.

 Diagstd>    240 eigenvectors are computed. 
 Diagstd>    106 of them to be saved. 

 Diagstd> Sum of eigenvalues =  73565.5034
 Diagstd> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000

 Diagstd>      6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to:    0.0000000

 Diagstd> Selected eigenvalues: 
      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000
      0.0000000      6.5322146      8.7838542     14.3546258     15.9043664
     16.4838679     23.1317230     28.4651224     29.6026683     34.0158358
     38.1436799     45.8298064     49.5721034     55.0749579     59.6046368
     61.5628405     66.3219516     67.4252145     71.8620356     74.7144854
     76.5835410     82.8992702     86.0515170     88.3598733     90.3307444
     92.7066259     96.9701432     99.7930602    105.8007934    111.2837504
    112.5273336    113.6500198    117.5291309    120.2655373    121.6387852
    124.9700833    130.8062854    131.1179718    134.0588339    138.8066706
    139.4942981    142.1302460    142.4764446    146.5970333    147.2955054
    148.1537630    153.8038700    155.5740919    159.6983398    162.8087347
    164.0879521    166.2895767    169.9465367    173.3154970    175.4451528
    176.5819736    179.7867075    180.7254125    182.9530689    185.3038223
    189.0091123    189.4928220    193.3421511    198.1272856    199.0375546
    200.0676992    201.3049562    204.5313458    206.2690588    207.3834705
    209.1469259    209.8149826    213.6123209    216.6594154    217.4860816
    220.8994662    221.5498599    224.2037325    225.6628379    228.6777759
    230.9137495    231.9934835    235.4920923    237.6045398    238.7386029
    240.6348652    245.2116318    246.3708392    247.9691702    250.4612165
    252.2232500    254.8963862    255.8111468    259.7238634    260.7326275
    262.0545982    263.1486123    264.6764063    266.9357187    270.1049277
    273.0493802

 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
      0.0034331      0.0034332      0.0034336      0.0034337      0.0034346
      0.0034358    277.5399474    321.8383840    411.4255123    433.0653798
    440.8845119    522.2750413    579.3644033    590.8275116    633.3384483
    670.6664402    735.1387098    764.5641908    805.8836914    838.3691778
    852.0294482    884.3494888    891.6747089    920.5450304    938.6370333
    950.3049725    988.7138863   1007.3364427   1020.7580711   1032.0793174
   1045.5641113   1069.3362727   1084.7894441   1116.9654573   1145.5423703
   1151.9252403   1157.6573623   1177.2482202   1190.8741771   1197.6538568
   1213.9430411   1241.9656565   1243.4444595   1257.3118217   1279.3826268
   1282.5476468   1294.6087383   1296.1844733   1314.7944769   1317.9229710
   1321.7570138   1346.7249678   1354.4529319   1372.2886802   1385.5880553
   1391.0208116   1400.3216202   1415.6354824   1429.5981542   1438.3546021
   1443.0070852   1456.0425610   1459.8387676   1468.8083395   1478.2145377
   1492.9203964   1494.8295071   1509.9360474   1528.5069755   1532.0142113
   1535.9736634   1540.7157211   1553.0134544   1559.5967578   1563.8041066
   1570.4388233   1572.9449698   1587.1151221   1598.3948212   1601.4412638
   1613.9594293   1616.3336710   1625.9856162   1631.2679480   1642.1289596
   1650.1376633   1653.9911190   1666.4160677   1673.8735521   1677.8634139
   1684.5137341   1700.4576252   1704.4722368   1709.9921812   1718.5632600
   1724.5978448   1733.7126557   1736.8208041   1750.0530244   1753.4483224
   1757.8878829   1761.5534378   1766.6596700   1774.1838662   1784.6848375
   1794.3860233

 Diagstd> Normal end.

 Rtb_to_modes> Entering in.

 Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file =    598
 Rtb_to_modes> Number of blocs =     40

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.eigenfacs                  

 Openam> file on opening on unit     11:
 matrix.eigenrtb                         

 Rdmodfacs> Entering in.

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     1
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9947E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     2
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9957E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     3
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9977E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     4
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9985E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     5
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0004E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     6
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0011E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     7
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   6.532    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     8
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   8.784    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     9
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   14.35    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    10
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   15.90    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    11
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   16.48    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    12
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   23.13    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    13
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   28.47    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    14
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   29.60    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    15
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   34.02    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    16
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   38.14    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    17
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   45.83    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    18
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   49.57    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    19
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   55.07    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    20
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   59.60    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   176.6    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   179.8    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   183.0    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   189.0    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   189.5    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   193.3    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    69
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   198.1    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    70
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   199.0    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    71
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   200.1    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   201.3    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    73
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   204.5    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    74
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   206.3    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    75
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   207.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    76
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   209.1    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    77
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   209.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    78
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   213.6    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    79
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   216.7    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    80
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   217.5    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    81
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   220.9    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    82
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   221.5    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    83
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   224.2    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    84
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   225.7    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    85
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   228.7    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    86
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   230.9    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    87
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   232.0    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    88
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   235.5    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    89
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   237.6    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    90
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   238.7    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    91
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   240.6    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    92
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   245.2    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    93
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   246.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    94
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   248.0    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    95
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   250.5    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    96
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   252.2    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    97
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   254.9    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    98
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   255.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    99
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   259.7    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   100
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   260.7    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   101
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   262.1    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   102
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   263.1    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   103
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   264.7    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   104
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   266.9    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   105
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   270.1    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   106
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   273.0    

 Rtb_to_modes>  106 vectors, with    240 coordinates in vector file.

 Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
 1.00001 0.99998 1.00002 0.99998 1.00001
 1.00005 1.00001 0.99997 1.00000 1.00002
 0.99996 0.99998 1.00001 1.00000 1.00004
 1.00000 1.00000 0.99999 1.00002 1.00002
 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 1.00002
 1.00000 1.00000 1.00002 0.99998 1.00001
 1.00000 0.99999 1.00004 0.99996 0.99997
 1.00006 0.99997 1.00001 1.00001 1.00000
 1.00001 0.99998 0.99998 1.00001 1.00001
 1.00000 1.00001 1.00004 0.99998 0.99998
 1.00004 0.99998 1.00002 0.99998 0.99998
 1.00000 1.00002 1.00000 1.00001 0.99997
 1.00001 0.99999 0.99997 1.00001 0.99996
 1.00002 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000
 0.99997 0.99997 1.00002 1.00002 1.00003
 0.99996 0.99994 1.00004 1.00003 0.99995
 1.00002 1.00004 0.99998 0.99997 1.00002
 1.00001 1.00001 0.99999 0.99997 0.99996
 1.00001 1.00001 1.00002 1.00001 1.00005
 1.00001 0.99996 1.00000 1.00003 1.00003
 1.00001 0.99998 0.99999 1.00000 1.00002
 1.00001

 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
 Rtb_to_modes>    10764 lines found in RTB file.

 Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
 1.00001 0.99998 1.00002 0.99998 1.00001
 1.00005 1.00001 0.99997 1.00000 1.00002
 0.99996 0.99998 1.00001 1.00000 1.00004
 1.00000 1.00000 0.99999 1.00002 1.00002
 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 1.00002
 1.00000 1.00000 1.00002 0.99998 1.00001
 1.00000 0.99999 1.00004 0.99996 0.99997
 1.00006 0.99997 1.00001 1.00001 1.00000
 1.00001 0.99998 0.99998 1.00001 1.00001
 1.00000 1.00001 1.00004 0.99998 0.99998
 1.00004 0.99998 1.00002 0.99998 0.99998
 1.00000 1.00002 1.00000 1.00001 0.99997
 1.00001 0.99999 0.99997 1.00001 0.99996
 1.00002 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000
 0.99997 0.99997 1.00002 1.00002 1.00003
 0.99996 0.99994 1.00004 1.00003 0.99995
 1.00002 1.00004 0.99998 0.99997 1.00002
 1.00001 1.00001 0.99999 0.99997 0.99996
 1.00001 1.00001 1.00002 1.00001 1.00005
 1.00001 0.99996 1.00000 1.00003 1.00003
 1.00001 0.99998 0.99999 1.00000 1.00002
 1.00001

 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
 Vector   2: 0.000
 Vector   3: 0.000 0.000
 Vector   4: 0.000-0.000-0.000
 Vector   5: 0.000-0.000-0.000 0.000
 Vector   6: 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
 Vector   7: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
 Vector   8:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
 Vector   9: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
 Vector  10:-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000

 Rtb_to_modes>   106 eigenvectors saved.

 Rtb_to_modes> Normal end.

 Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
 Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 2404230347031977915.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 2404230347031977915.eigenfacs                                   
 Getnam> Corresponding pdb filename ?
 Getnam> 2404230347031977915.atom

 Openam> file on opening on unit     11:
 2404230347031977915.atom                                        
 Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
 Getnum>            0
 Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
 Getnum>        10000
%Getnum-Err: number larger than    106 This is not allowed. Sorry.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:            0

 Rdatompdb> Number of residues found =     40
            First residue number     =      1
            Last  residue number     =     40
            Number of atoms found    =    598
            Mean number per residue  =     14.9

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9947E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9957E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9977E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9985E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0004E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0011E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   6.532    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   8.784    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   14.35    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   15.90    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   16.48    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   23.13    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   28.47    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   29.60    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   34.02    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   38.14    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   45.83    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   49.57    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   55.07    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   59.60    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   61.56    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   66.32    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   67.43    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   71.86    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   74.71    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   76.58    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   82.90    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   86.05    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   88.36    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   90.33    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   92.71    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   96.97    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   99.79    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   105.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   111.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   112.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   113.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   117.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   120.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   121.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    41
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   125.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    42
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   130.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    43
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   131.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    44
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   134.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    45
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   138.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    46
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   139.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    47
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   142.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    48
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   142.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    49
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   146.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    50
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   147.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    51
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   148.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    52
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   153.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    53
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   155.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    54
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   159.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    55
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   162.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    56
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   164.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    57
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   166.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    58
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   169.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    59
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   173.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    60
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   175.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    61
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   176.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   179.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    63
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   180.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    64
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   183.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    65
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   185.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    66
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   189.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    67
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   189.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    68
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   193.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    69
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   198.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    70
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   199.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    71
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   200.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    72
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   201.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    73
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   204.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    74
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   206.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    75
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   207.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    76
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   209.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    77
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   209.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    78
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   213.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    79
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   216.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    80
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   217.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    81
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   220.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    82
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   221.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    83
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   224.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    84
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   225.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    85
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   228.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    86
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   230.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    87
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   232.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    88
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   235.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    89
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   237.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    90
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   238.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    91
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   240.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    92
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   245.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    93
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   246.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    94
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   248.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    95
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   250.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    96
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   252.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    97
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   254.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    98
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   255.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    99
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   259.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   100
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   260.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   101
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   262.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   102
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   263.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   264.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   266.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   270.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   273.0    

 Bfactors>  106 vectors,   1794 coordinates in file.

 Openam> file on opening on unit     12:
 bfactors.pred                                                   

 Bfactors> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000
 Bfactors>     6 eigenvalues less than :     0.000000
 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue  :     6.532000
 Bfactors>   100 eigenvectors will be considered.
 Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.

 Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
          (CHARMM units assumed for eigenvalues)

%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !

 Bfactors> =      0.024 +/-   0.02
 Bfactors> =      0.000 +/-   0.00
 Bfactors> Shiftng-fct=     -0.024
 Bfactors> Scaling-fct=      0.000

 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.

 Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2404230347031977915 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
making animated gifs
11 models are in 2404230347031977915.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404230347031977915.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404230347031977915.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2404230347031977915 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
making animated gifs
11 models are in 2404230347031977915.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404230347031977915.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404230347031977915.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2404230347031977915 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
making animated gifs
11 models are in 2404230347031977915.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404230347031977915.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404230347031977915.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2404230347031977915 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
making animated gifs
11 models are in 2404230347031977915.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404230347031977915.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404230347031977915.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2404230347031977915 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
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2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2404230347031977915.eigenfacs
2404230347031977915.atom
making animated gifs
11 models are in 2404230347031977915.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404230347031977915.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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11 models are in 2404230347031977915.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2404230347031977915.10.pdb
2404230347031977915.11.pdb
2404230347031977915.7.pdb
2404230347031977915.8.pdb
2404230347031977915.9.pdb



STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL

real	0m0.648s
user	0m0.636s
sys	0m0.012s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2404230347031977915.Chkmod.res: No such file or directory
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K. Suhre & Y.H. Sanejouand, ElNemo: a normal mode web-server for protein movement analysis and the generation of templates for molecular replacement. Nucleic Acids Research, 32, W610-W614, 2004.
K. Suhre & Y.H. Sanejouand, On the potential of normal mode analysis for solving difficult molecular replacement problems. Acta Cryst. D vol.60, p796-799, 2004 © International Union of Crystallography.
elNémo is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Last modification: April 25th, 2023.
Should you encounter any unexpected behaviour, please let us know.

*** conf_1 ***

LOGs for ID: 2404230347031977915

output from eigenvector calculation:

Should you encounter any unexpected behaviour,
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* conf_1 *
