*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2404031640212195379.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2404031640212195379.atom to be opened.
Openam> File opened: 2404031640212195379.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 538
First residue number = 79
Last residue number = 22
Number of atoms found = 4290
Mean number per residue = 8.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 160.216694 +/- 10.600713 From: 132.970000 To: 187.131000
= 154.347934 +/- 13.467650 From: 121.778000 To: 188.086000
= 172.451662 +/- 16.923292 From: 126.891000 To: 208.858000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 1.9481 % Filled.
Pdbmat> 1613471 non-zero elements.
Pdbmat> 176444 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 82.26 +/- 21.43
Maximum number = 130
Minimum number = 7
Pdbmat> Matrix trace = 3.528880E+06
Pdbmat> Larger element = 469.695
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
538 non-zero elements, NRBL set to 3
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2404031640212195379.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 3
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2404031640212195379.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2404031640212195379.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 4290 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 3 residue(s) per block.
Blocpdb> 538 residues.
Blocpdb> 27 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 27 atoms in block 2
Block first atom: 28
Blocpdb> 24 atoms in block 3
Block first atom: 55
Blocpdb> 27 atoms in block 4
Block first atom: 79
Blocpdb> 21 atoms in block 5
Block first atom: 106
Blocpdb> 21 atoms in block 6
Block first atom: 127
Blocpdb> 23 atoms in block 7
Block first atom: 148
Blocpdb> 19 atoms in block 8
Block first atom: 171
Blocpdb> 36 atoms in block 9
Block first atom: 190
Blocpdb> 27 atoms in block 10
Block first atom: 226
Blocpdb> 27 atoms in block 11
Block first atom: 253
Blocpdb> 16 atoms in block 12
Block first atom: 280
Blocpdb> 20 atoms in block 13
Block first atom: 296
Blocpdb> 23 atoms in block 14
Block first atom: 316
Blocpdb> 27 atoms in block 15
Block first atom: 339
Blocpdb> 21 atoms in block 16
Block first atom: 366
Blocpdb> 19 atoms in block 17
Block first atom: 387
Blocpdb> 23 atoms in block 18
Block first atom: 406
Blocpdb> 31 atoms in block 19
Block first atom: 429
Blocpdb> 22 atoms in block 20
Block first atom: 460
Blocpdb> 21 atoms in block 21
Block first atom: 482
Blocpdb> 33 atoms in block 22
Block first atom: 503
Blocpdb> 18 atoms in block 23
Block first atom: 536
Blocpdb> 22 atoms in block 24
Block first atom: 554
Blocpdb> 34 atoms in block 25
Block first atom: 576
Blocpdb> 21 atoms in block 26
Block first atom: 610
Blocpdb> 28 atoms in block 27
Block first atom: 631
Blocpdb> 16 atoms in block 28
Block first atom: 659
Blocpdb> 25 atoms in block 29
Block first atom: 675
Blocpdb> 22 atoms in block 30
Block first atom: 700
Blocpdb> 28 atoms in block 31
Block first atom: 722
Blocpdb> 19 atoms in block 32
Block first atom: 750
Blocpdb> 32 atoms in block 33
Block first atom: 769
Blocpdb> 23 atoms in block 34
Block first atom: 801
Blocpdb> 24 atoms in block 35
Block first atom: 824
Blocpdb> 32 atoms in block 36
Block first atom: 848
Blocpdb> 22 atoms in block 37
Block first atom: 880
Blocpdb> 24 atoms in block 38
Block first atom: 902
Blocpdb> 25 atoms in block 39
Block first atom: 926
Blocpdb> 28 atoms in block 40
Block first atom: 951
Blocpdb> 21 atoms in block 41
Block first atom: 979
Blocpdb> 28 atoms in block 42
Block first atom: 1000
Blocpdb> 19 atoms in block 43
Block first atom: 1028
Blocpdb> 21 atoms in block 44
Block first atom: 1047
Blocpdb> 31 atoms in block 45
Block first atom: 1068
Blocpdb> 23 atoms in block 46
Block first atom: 1099
Blocpdb> 23 atoms in block 47
Block first atom: 1122
Blocpdb> 29 atoms in block 48
Block first atom: 1145
Blocpdb> 23 atoms in block 49
Block first atom: 1174
Blocpdb> 18 atoms in block 50
Block first atom: 1197
Blocpdb> 29 atoms in block 51
Block first atom: 1215
Blocpdb> 30 atoms in block 52
Block first atom: 1244
Blocpdb> 25 atoms in block 53
Block first atom: 1274
Blocpdb> 27 atoms in block 54
Block first atom: 1299
Blocpdb> 26 atoms in block 55
Block first atom: 1326
Blocpdb> 21 atoms in block 56
Block first atom: 1352
Blocpdb> 20 atoms in block 57
Block first atom: 1373
Blocpdb> 18 atoms in block 58
Block first atom: 1393
Blocpdb> 31 atoms in block 59
Block first atom: 1411
Blocpdb> 19 atoms in block 60
Block first atom: 1442
Blocpdb> 24 atoms in block 61
Block first atom: 1461
Blocpdb> 26 atoms in block 62
Block first atom: 1485
Blocpdb> 27 atoms in block 63
Block first atom: 1511
Blocpdb> 25 atoms in block 64
Block first atom: 1538
Blocpdb> 27 atoms in block 65
Block first atom: 1563
Blocpdb> 23 atoms in block 66
Block first atom: 1590
Blocpdb> 19 atoms in block 67
Block first atom: 1613
Blocpdb> 28 atoms in block 68
Block first atom: 1632
Blocpdb> 19 atoms in block 69
Block first atom: 1660
Blocpdb> 25 atoms in block 70
Block first atom: 1679
Blocpdb> 25 atoms in block 71
Block first atom: 1704
Blocpdb> 21 atoms in block 72
Block first atom: 1729
Blocpdb> 23 atoms in block 73
Block first atom: 1750
Blocpdb> 20 atoms in block 74
Block first atom: 1773
Blocpdb> 22 atoms in block 75
Block first atom: 1793
Blocpdb> 23 atoms in block 76
Block first atom: 1815
Blocpdb> 22 atoms in block 77
Block first atom: 1838
Blocpdb> 31 atoms in block 78
Block first atom: 1860
Blocpdb> 24 atoms in block 79
Block first atom: 1891
Blocpdb> 31 atoms in block 80
Block first atom: 1915
Blocpdb> 25 atoms in block 81
Block first atom: 1946
Blocpdb> 20 atoms in block 82
Block first atom: 1971
Blocpdb> 29 atoms in block 83
Block first atom: 1991
Blocpdb> 18 atoms in block 84
Block first atom: 2020
Blocpdb> 22 atoms in block 85
Block first atom: 2038
Blocpdb> 28 atoms in block 86
Block first atom: 2060
Blocpdb> 19 atoms in block 87
Block first atom: 2088
Blocpdb> 19 atoms in block 88
Block first atom: 2107
Blocpdb> 23 atoms in block 89
Block first atom: 2126
Blocpdb> 21 atoms in block 90
Block first atom: 2149
Blocpdb> 26 atoms in block 91
Block first atom: 2170
Blocpdb> 28 atoms in block 92
Block first atom: 2196
Blocpdb> 22 atoms in block 93
Block first atom: 2224
Blocpdb> 29 atoms in block 94
Block first atom: 2246
Blocpdb> 20 atoms in block 95
Block first atom: 2275
Blocpdb> 20 atoms in block 96
Block first atom: 2295
Blocpdb> 21 atoms in block 97
Block first atom: 2315
Blocpdb> 21 atoms in block 98
Block first atom: 2336
Blocpdb> 24 atoms in block 99
Block first atom: 2357
Blocpdb> 22 atoms in block 100
Block first atom: 2381
Blocpdb> 26 atoms in block 101
Block first atom: 2403
Blocpdb> 19 atoms in block 102
Block first atom: 2429
Blocpdb> 25 atoms in block 103
Block first atom: 2448
Blocpdb> 28 atoms in block 104
Block first atom: 2473
Blocpdb> 25 atoms in block 105
Block first atom: 2501
Blocpdb> 22 atoms in block 106
Block first atom: 2526
Blocpdb> 21 atoms in block 107
Block first atom: 2548
Blocpdb> 17 atoms in block 108
Block first atom: 2569
Blocpdb> 21 atoms in block 109
Block first atom: 2586
Blocpdb> 27 atoms in block 110
Block first atom: 2607
Blocpdb> 24 atoms in block 111
Block first atom: 2634
Blocpdb> 22 atoms in block 112
Block first atom: 2658
Blocpdb> 21 atoms in block 113
Block first atom: 2680
Blocpdb> 18 atoms in block 114
Block first atom: 2701
Blocpdb> 29 atoms in block 115
Block first atom: 2719
Blocpdb> 21 atoms in block 116
Block first atom: 2748
Blocpdb> 30 atoms in block 117
Block first atom: 2769
Blocpdb> 24 atoms in block 118
Block first atom: 2799
Blocpdb> 19 atoms in block 119
Block first atom: 2823
Blocpdb> 22 atoms in block 120
Block first atom: 2842
Blocpdb> 22 atoms in block 121
Block first atom: 2864
Blocpdb> 21 atoms in block 122
Block first atom: 2886
Blocpdb> 19 atoms in block 123
Block first atom: 2907
Blocpdb> 19 atoms in block 124
Block first atom: 2926
Blocpdb> 25 atoms in block 125
Block first atom: 2945
Blocpdb> 28 atoms in block 126
Block first atom: 2970
Blocpdb> 26 atoms in block 127
Block first atom: 2998
Blocpdb> 31 atoms in block 128
Block first atom: 3024
Blocpdb> 31 atoms in block 129
Block first atom: 3055
Blocpdb> 20 atoms in block 130
Block first atom: 3086
Blocpdb> 22 atoms in block 131
Block first atom: 3106
Blocpdb> 24 atoms in block 132
Block first atom: 3128
Blocpdb> 21 atoms in block 133
Block first atom: 3152
Blocpdb> 22 atoms in block 134
Block first atom: 3173
Blocpdb> 26 atoms in block 135
Block first atom: 3195
Blocpdb> 13 atoms in block 136
Block first atom: 3221
Blocpdb> 26 atoms in block 137
Block first atom: 3234
Blocpdb> 25 atoms in block 138
Block first atom: 3260
Blocpdb> 30 atoms in block 139
Block first atom: 3285
Blocpdb> 16 atoms in block 140
Block first atom: 3315
Blocpdb> 19 atoms in block 141
Block first atom: 3331
Blocpdb> 22 atoms in block 142
Block first atom: 3350
Blocpdb> 21 atoms in block 143
Block first atom: 3372
Blocpdb> 21 atoms in block 144
Block first atom: 3393
Blocpdb> 18 atoms in block 145
Block first atom: 3414
Blocpdb> 37 atoms in block 146
Block first atom: 3432
Blocpdb> 19 atoms in block 147
Block first atom: 3469
Blocpdb> 26 atoms in block 148
Block first atom: 3488
Blocpdb> 26 atoms in block 149
Block first atom: 3514
Blocpdb> 26 atoms in block 150
Block first atom: 3540
Blocpdb> 23 atoms in block 151
Block first atom: 3566
Blocpdb> 17 atoms in block 152
Block first atom: 3589
Blocpdb> 39 atoms in block 153
Block first atom: 3606
Blocpdb> 25 atoms in block 154
Block first atom: 3645
Blocpdb> 26 atoms in block 155
Block first atom: 3670
Blocpdb> 21 atoms in block 156
Block first atom: 3696
Blocpdb> 27 atoms in block 157
Block first atom: 3717
Blocpdb> 27 atoms in block 158
Block first atom: 3744
Blocpdb> 19 atoms in block 159
Block first atom: 3771
Blocpdb> 27 atoms in block 160
Block first atom: 3790
Blocpdb> 20 atoms in block 161
Block first atom: 3817
Blocpdb> 24 atoms in block 162
Block first atom: 3837
Blocpdb> 28 atoms in block 163
Block first atom: 3861
Blocpdb> 32 atoms in block 164
Block first atom: 3889
Blocpdb> 33 atoms in block 165
Block first atom: 3921
Blocpdb> 22 atoms in block 166
Block first atom: 3954
Blocpdb> 24 atoms in block 167
Block first atom: 3976
Blocpdb> 17 atoms in block 168
Block first atom: 4000
Blocpdb> 19 atoms in block 169
Block first atom: 4017
Blocpdb> 25 atoms in block 170
Block first atom: 4036
Blocpdb> 22 atoms in block 171
Block first atom: 4061
Blocpdb> 25 atoms in block 172
Block first atom: 4083
Blocpdb> 31 atoms in block 173
Block first atom: 4108
Blocpdb> 23 atoms in block 174
Block first atom: 4139
Blocpdb> 18 atoms in block 175
Block first atom: 4162
Blocpdb> 29 atoms in block 176
Block first atom: 4180
Blocpdb> 27 atoms in block 177
Block first atom: 4209
Blocpdb> 23 atoms in block 178
Block first atom: 4236
Blocpdb> 24 atoms in block 179
Block first atom: 4259
Blocpdb> 8 atoms in block 180
Block first atom: 4282
Blocpdb> 180 blocks.
Blocpdb> At most, 39 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 8 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1613651 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 12870
Prepmat> Matrix trace = 3528880.0000
Prepmat> Last element read: 12870 12870 44.5588
Prepmat> 16291 lines saved.
Prepmat> 14438 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 4290
RTB> Total mass = 4290.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 4290
RTB> Number of blocks = 180
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 234284.3544
RTB> 63972 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1080
Diagstd> Nb of non-zero elements: 63972
Diagstd> Projected matrix trace = 234284.3544
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1080 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 234284.3544
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 12 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
%Diagstd-Wn> Six expected. Parts of the structure interact too little ?
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 1.6507825 2.2114580 2.8315014
3.3800585 4.4533591 5.3549371 5.5422399 6.0413600
6.6694300 7.5811671 7.7205862 8.1546265 9.3904328
9.7231990 10.2169604 10.9871920 11.5035430 11.7438716
12.7013919 13.2750624 14.1117871 14.9226007 15.2660253
15.8998033 16.6951063 16.9474347 17.5015572 18.3302092
18.6639164 19.1833152 19.4426000 19.8869009 20.8573955
21.9206226 23.2843151 23.4987258 24.0238708 24.3693494
24.4249116 25.2823801 25.5895963 27.0026707 27.1537805
28.1914526 28.4588802 28.8135807 28.9228112 29.6065044
30.9607668 31.4401798 31.9150981 32.3794137 32.6394213
33.4339334 33.5594046 34.0526825 34.7360244 35.3956187
36.1867908 36.6659902 36.9833831 37.1164492 37.6337242
38.4405820 38.7514612 39.1211052 39.7072735 39.9523139
40.5747382 41.0643280 41.1564093 42.2694530 42.6726432
43.6617265 43.9070081 44.4882966 44.7660487 45.3840371
45.6077403 45.9005357 46.7376117 47.1710218 47.5651372
48.1821319 48.3700636 49.0468540 50.1585129 50.5034714
51.5870898 51.6755268 52.2723227 52.8593112 53.2850187
54.0987217
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034332 0.0034339 0.0034340 0.0034340 0.0034340
0.0034340 0.0034340 0.0034340 0.0034340 0.0034342
0.0034347 0.0034352 139.5212000 161.4859079 182.7273996
199.6445179 229.1601715 251.2884160 255.6453762 266.9086442
280.4397938 298.9945798 301.7313381 310.0968227 332.7653406
338.6100690 347.1012158 359.9470655 368.3079482 372.1353501
387.0088875 395.6521819 407.9306037 419.4860663 424.2855771
433.0032498 443.7004560 447.0409063 454.2904701 464.9208161
469.1337420 475.6167183 478.8201865 484.2602641 495.9356384
508.4189423 523.9948445 526.4018862 532.2513501 536.0647470
536.6755140 546.0146034 549.3220057 564.2851751 565.8618714
576.5726101 579.3008744 582.8997862 584.0036102 590.8657918
604.2284000 608.8885269 613.4700597 617.9164689 620.3924517
627.8978800 629.0749673 633.6813784 640.0079015 646.0558069
653.2363074 657.5472856 660.3871266 661.5740953 666.1681722
673.2715415 675.9885219 679.2049431 684.2744337 686.3825737
691.7085495 695.8692411 696.6490019 706.0063288 709.3654835
717.5393661 719.5520293 724.2994728 726.5569505 731.5547643
733.3555073 735.7057618 742.3838885 745.8181055 748.9272918
753.7690243 755.2376102 760.5028716 769.0730738 771.7131412
779.9482617 780.6165176 785.1112122 789.5070817 792.6798920
798.7093744
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 4290
Rtb_to_modes> Number of blocs = 180
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9955E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9997E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.99
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.74
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.11
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.90
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.33
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.28
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.92
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.96
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.95
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.67
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.10
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1080 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00002 1.00003 0.99999 1.00002 1.00000
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1.00001 1.00002 0.99997 0.99999 1.00001
0.99999 1.00001 0.99999 1.00001 0.99999
1.00000 0.99999 0.99998 1.00000 1.00000
1.00001 1.00000 1.00001 0.99998 1.00001
1.00001 1.00001 1.00003 1.00002 1.00002
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0.99999 0.99998 0.99999 1.00000 1.00001
1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001
0.99998 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000
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0.99998 1.00001 0.99999 0.99999 0.99997
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0.99999 1.00001 1.00000 0.99999 0.99999
0.99999 1.00002 1.00002 1.00000 1.00001
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1.00003 0.99998 1.00001 0.99998 1.00000
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 77220 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 0.99999 1.00000 0.99998 1.00001
1.00002 1.00003 0.99999 1.00002 1.00000
1.00001 0.99998 1.00003 1.00003 0.99997
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1.00001 1.00002 0.99997 0.99999 1.00001
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1.00001 1.00000 1.00001 0.99998 1.00001
1.00001 1.00001 1.00003 1.00002 1.00002
0.99999 1.00001 0.99999 1.00001 0.99999
0.99999 0.99998 0.99999 1.00000 1.00001
1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001
0.99998 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000
0.99999 1.00001 1.00004 0.99998 0.99999
0.99998 1.00001 0.99999 0.99999 0.99997
1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001
0.99999 1.00001 1.00000 0.99999 0.99999
0.99999 1.00002 1.00002 1.00000 1.00001
1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
1.00002 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999
1.00003 0.99998 1.00001 0.99998 1.00000
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4: 0.000 0.000 0.000
Vector 5: 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 6: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 7: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 8: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 9:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2404031640212195379.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2404031640212195379.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2404031640212195379.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2404031640212195379.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 538
First residue number = 79
Last residue number = 22
Number of atoms found = 4290
Mean number per residue = 8.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9955E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9997E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.651
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.211
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.832
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.380
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.453
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.355
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.542
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.041
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.10
Bfactors> 106 vectors, 12870 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 12 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 1.651000
Bfactors> 94 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.237 for 538 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.020 +/- 0.03
Bfactors> = 147.217 +/- 16.41
Bfactors> Shiftng-fct= 147.197
Bfactors> Scaling-fct= 606.525
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
project conformational change on normal modes
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 2404031640212195379.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2404031640212195379.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 2404031640212195379.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2404031640212195379.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 2404031640212195379.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
2404031640212195379.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4330E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4350E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 139.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 161.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 182.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 199.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 229.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 251.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 255.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 266.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 280.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 299.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 301.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 310.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 332.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 338.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 347.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 360.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 368.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 372.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 387.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 395.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 407.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 419.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 424.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 433.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 443.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 447.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 454.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 464.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 469.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 475.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 478.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 484.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 495.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 508.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 523.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 526.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 532.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 536.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 536.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 546.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 549.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 564.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 565.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 576.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 579.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 582.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 584.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 590.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 604.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 608.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 613.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 617.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 620.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 627.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 629.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 633.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 640.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 646.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 653.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 657.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 660.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 661.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 666.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 673.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 675.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 679.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 684.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 686.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 691.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 695.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 696.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 706.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 709.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 717.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 719.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 724.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 726.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 731.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 733.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 735.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 742.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 745.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 748.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 753.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 755.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 760.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 769.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 771.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 779.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 780.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 785.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 789.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 792.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 798.7
Projmod> 106 vectors, 12870 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 538
First residue number = 79
Last residue number = 22
Number of atoms found = 4290
Mean number per residue = 8.0
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 537
First residue number = 79
Last residue number = 615
Number of atoms found = 4292
Mean number per residue = 8.0
%Projmod-Wn> Different number of atoms for the other conformer.
%Projmod-Wn> Different number of residues for the other conformer.
%Projmod-Er> Not enough of them.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2404031640212195379 7 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2404031640212195379.eigenfacs
2404031640212195379.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2404031640212195379.eigenfacs
2404031640212195379.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2404031640212195379.eigenfacs
2404031640212195379.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2404031640212195379.eigenfacs
2404031640212195379.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2404031640212195379.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=0
2404031640212195379.eigenfacs
2404031640212195379.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2404031640212195379.eigenfacs
2404031640212195379.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2404031640212195379.eigenfacs
2404031640212195379.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2404031640212195379.eigenfacs
2404031640212195379.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2404031640212195379.eigenfacs
2404031640212195379.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2404031640212195379.eigenfacs
2404031640212195379.atom
making animated gifs
11 models are in 2404031640212195379.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404031640212195379.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404031640212195379.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-100 537 1.429 526 1.265
MODEL 2 MODE=7 DQ=-80 537 1.429 526 1.265
MODEL 3 MODE=7 DQ=-60 537 1.429 526 1.265
MODEL 4 MODE=7 DQ=-40 537 1.429 526 1.265
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MODEL 6 MODE=7 DQ=0 537 1.429 526 1.265
MODEL 7 MODE=7 DQ=20 537 1.429 526 1.265
MODEL 8 MODE=7 DQ=40 537 1.429 526 1.265
MODEL 9 MODE=7 DQ=60 537 1.429 526 1.265
MODEL 10 MODE=7 DQ=80 537 1.429 526 1.265
MODEL 11 MODE=7 DQ=100 537 1.429 526 1.265
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2404031640212195379 8 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
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calculating perturbed structure for DQ=-60
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calculating perturbed structure for DQ=20
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calculating perturbed structure for DQ=40
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calculating perturbed structure for DQ=60
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calculating perturbed structure for DQ=80
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calculating perturbed structure for DQ=100
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making animated gifs
11 models are in 2404031640212195379.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404031640212195379.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404031640212195379.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-100 537 1.429 526 1.265
MODEL 2 MODE=8 DQ=-80 537 1.429 526 1.265
MODEL 3 MODE=8 DQ=-60 537 1.429 526 1.265
MODEL 4 MODE=8 DQ=-40 537 1.429 526 1.265
MODEL 5 MODE=8 DQ=-20 537 1.429 526 1.265
MODEL 6 MODE=8 DQ=0 537 1.429 526 1.265
MODEL 7 MODE=8 DQ=20 537 1.429 526 1.265
MODEL 8 MODE=8 DQ=40 537 1.429 526 1.265
MODEL 9 MODE=8 DQ=60 537 1.429 526 1.265
MODEL 10 MODE=8 DQ=80 537 1.429 526 1.265
MODEL 11 MODE=8 DQ=100 537 1.429 526 1.265
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2404031640212195379 9 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
2404031640212195379.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-80
2404031640212195379.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-60
2404031640212195379.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-40
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calculating perturbed structure for DQ=-20
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2404031640212195379.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=20
2404031640212195379.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=60
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calculating perturbed structure for DQ=80
2404031640212195379.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=100
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2404031640212195379.atom
making animated gifs
11 models are in 2404031640212195379.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404031640212195379.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404031640212195379.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-100 537 1.418 526 1.254
MODEL 2 MODE=9 DQ=-80 537 1.422 526 1.258
MODEL 3 MODE=9 DQ=-60 537 1.425 526 1.261
MODEL 4 MODE=9 DQ=-40 537 1.427 526 1.263
MODEL 5 MODE=9 DQ=-20 537 1.429 526 1.265
MODEL 6 MODE=9 DQ=0 537 1.429 526 1.265
MODEL 7 MODE=9 DQ=20 537 1.429 526 1.265
MODEL 8 MODE=9 DQ=40 537 1.427 526 1.263
MODEL 9 MODE=9 DQ=60 537 1.425 526 1.261
MODEL 10 MODE=9 DQ=80 537 1.422 526 1.258
MODEL 11 MODE=9 DQ=100 537 1.418 526 1.254
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2404031640212195379 10 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
2404031640212195379.eigenfacs
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2404031640212195379.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-20
2404031640212195379.eigenfacs
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2404031640212195379.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=40
2404031640212195379.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=60
2404031640212195379.eigenfacs
2404031640212195379.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2404031640212195379.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=100
2404031640212195379.eigenfacs
2404031640212195379.atom
making animated gifs
11 models are in 2404031640212195379.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404031640212195379.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404031640212195379.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-100 537 1.424 526 1.259
MODEL 2 MODE=10 DQ=-80 537 1.426 526 1.261
MODEL 3 MODE=10 DQ=-60 537 1.427 526 1.263
MODEL 4 MODE=10 DQ=-40 537 1.428 526 1.264
MODEL 5 MODE=10 DQ=-20 537 1.429 526 1.265
MODEL 6 MODE=10 DQ=0 537 1.429 526 1.265
MODEL 7 MODE=10 DQ=20 537 1.429 526 1.265
MODEL 8 MODE=10 DQ=40 537 1.428 526 1.264
MODEL 9 MODE=10 DQ=60 537 1.427 526 1.263
MODEL 10 MODE=10 DQ=80 537 1.425 526 1.261
MODEL 11 MODE=10 DQ=100 537 1.424 526 1.259
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2404031640212195379 11 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2404031640212195379.eigenfacs
2404031640212195379.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2404031640212195379.eigenfacs
2404031640212195379.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2404031640212195379.eigenfacs
2404031640212195379.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2404031640212195379.eigenfacs
2404031640212195379.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2404031640212195379.eigenfacs
2404031640212195379.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2404031640212195379.eigenfacs
2404031640212195379.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2404031640212195379.eigenfacs
2404031640212195379.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2404031640212195379.eigenfacs
2404031640212195379.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2404031640212195379.eigenfacs
2404031640212195379.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2404031640212195379.eigenfacs
2404031640212195379.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2404031640212195379.eigenfacs
2404031640212195379.atom
making animated gifs
11 models are in 2404031640212195379.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404031640212195379.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404031640212195379.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-100 537 1.424 526 1.260
MODEL 2 MODE=11 DQ=-80 537 1.426 526 1.262
MODEL 3 MODE=11 DQ=-60 537 1.427 526 1.263
MODEL 4 MODE=11 DQ=-40 537 1.428 526 1.264
MODEL 5 MODE=11 DQ=-20 537 1.429 526 1.265
MODEL 6 MODE=11 DQ=0 537 1.429 526 1.265
MODEL 7 MODE=11 DQ=20 537 1.429 526 1.265
MODEL 8 MODE=11 DQ=40 537 1.428 526 1.264
MODEL 9 MODE=11 DQ=60 537 1.427 526 1.263
MODEL 10 MODE=11 DQ=80 537 1.426 526 1.262
MODEL 11 MODE=11 DQ=100 537 1.424 526 1.260
2404031640212195379.10.pdb
2404031640212195379.11.pdb
2404031640212195379.7.pdb
2404031640212195379.8.pdb
2404031640212195379.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m22.859s
user 0m22.791s
sys 0m0.068s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2404031640212195379.Chkmod.res: No such file or directory
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
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pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
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pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
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pstopnm: Writing ppmraw format
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pstopnm: Writing ppmraw format
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