*** urztest3 ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2402070028351760966.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2402070028351760966.atom to be opened.
Openam> File opened: 2402070028351760966.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 374
First residue number = 1
Last residue number = 374
Number of atoms found = 2917
Mean number per residue = 7.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 15.998040 +/- 14.130811 From: -18.983000 To: 46.643000
= 31.619201 +/- 13.375883 From: 0.232000 To: 61.533000
= 23.463551 +/- 9.619969 From: 2.217000 To: 48.822000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.8759 % Filled.
Pdbmat> 1101324 non-zero elements.
Pdbmat> 120448 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 82.58 +/- 21.07
Maximum number = 128
Minimum number = 22
Pdbmat> Matrix trace = 2.408960E+06
Pdbmat> Larger element = 497.130
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
374 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2402070028351760966.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2402070028351760966.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2402070028351760966.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 2917 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 374 residues.
Blocpdb> 10 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 12 atoms in block 2
Block first atom: 11
Blocpdb> 10 atoms in block 3
Block first atom: 23
Blocpdb> 14 atoms in block 4
Block first atom: 33
Blocpdb> 17 atoms in block 5
Block first atom: 47
Blocpdb> 17 atoms in block 6
Block first atom: 64
Blocpdb> 15 atoms in block 7
Block first atom: 81
Blocpdb> 20 atoms in block 8
Block first atom: 96
Blocpdb> 17 atoms in block 9
Block first atom: 116
Blocpdb> 16 atoms in block 10
Block first atom: 133
Blocpdb> 20 atoms in block 11
Block first atom: 149
Blocpdb> 13 atoms in block 12
Block first atom: 169
Blocpdb> 14 atoms in block 13
Block first atom: 182
Blocpdb> 19 atoms in block 14
Block first atom: 196
Blocpdb> 18 atoms in block 15
Block first atom: 215
Blocpdb> 15 atoms in block 16
Block first atom: 233
Blocpdb> 13 atoms in block 17
Block first atom: 248
Blocpdb> 14 atoms in block 18
Block first atom: 261
Blocpdb> 13 atoms in block 19
Block first atom: 275
Blocpdb> 13 atoms in block 20
Block first atom: 288
Blocpdb> 19 atoms in block 21
Block first atom: 301
Blocpdb> 12 atoms in block 22
Block first atom: 320
Blocpdb> 14 atoms in block 23
Block first atom: 332
Blocpdb> 14 atoms in block 24
Block first atom: 346
Blocpdb> 18 atoms in block 25
Block first atom: 360
Blocpdb> 16 atoms in block 26
Block first atom: 378
Blocpdb> 16 atoms in block 27
Block first atom: 394
Blocpdb> 16 atoms in block 28
Block first atom: 410
Blocpdb> 18 atoms in block 29
Block first atom: 426
Blocpdb> 26 atoms in block 30
Block first atom: 444
Blocpdb> 15 atoms in block 31
Block first atom: 470
Blocpdb> 19 atoms in block 32
Block first atom: 485
Blocpdb> 13 atoms in block 33
Block first atom: 504
Blocpdb> 14 atoms in block 34
Block first atom: 517
Blocpdb> 15 atoms in block 35
Block first atom: 531
Blocpdb> 11 atoms in block 36
Block first atom: 546
Blocpdb> 13 atoms in block 37
Block first atom: 557
Blocpdb> 15 atoms in block 38
Block first atom: 570
Blocpdb> 16 atoms in block 39
Block first atom: 585
Blocpdb> 14 atoms in block 40
Block first atom: 601
Blocpdb> 19 atoms in block 41
Block first atom: 615
Blocpdb> 16 atoms in block 42
Block first atom: 634
Blocpdb> 17 atoms in block 43
Block first atom: 650
Blocpdb> 15 atoms in block 44
Block first atom: 667
Blocpdb> 16 atoms in block 45
Block first atom: 682
Blocpdb> 23 atoms in block 46
Block first atom: 698
Blocpdb> 18 atoms in block 47
Block first atom: 721
Blocpdb> 17 atoms in block 48
Block first atom: 739
Blocpdb> 13 atoms in block 49
Block first atom: 756
Blocpdb> 17 atoms in block 50
Block first atom: 769
Blocpdb> 20 atoms in block 51
Block first atom: 786
Blocpdb> 14 atoms in block 52
Block first atom: 806
Blocpdb> 16 atoms in block 53
Block first atom: 820
Blocpdb> 19 atoms in block 54
Block first atom: 836
Blocpdb> 16 atoms in block 55
Block first atom: 855
Blocpdb> 13 atoms in block 56
Block first atom: 871
Blocpdb> 20 atoms in block 57
Block first atom: 884
Blocpdb> 15 atoms in block 58
Block first atom: 904
Blocpdb> 16 atoms in block 59
Block first atom: 919
Blocpdb> 13 atoms in block 60
Block first atom: 935
Blocpdb> 23 atoms in block 61
Block first atom: 948
Blocpdb> 8 atoms in block 62
Block first atom: 971
Blocpdb> 17 atoms in block 63
Block first atom: 979
Blocpdb> 15 atoms in block 64
Block first atom: 996
Blocpdb> 19 atoms in block 65
Block first atom: 1011
Blocpdb> 18 atoms in block 66
Block first atom: 1030
Blocpdb> 13 atoms in block 67
Block first atom: 1048
Blocpdb> 14 atoms in block 68
Block first atom: 1061
Blocpdb> 20 atoms in block 69
Block first atom: 1075
Blocpdb> 16 atoms in block 70
Block first atom: 1095
Blocpdb> 14 atoms in block 71
Block first atom: 1111
Blocpdb> 21 atoms in block 72
Block first atom: 1125
Blocpdb> 15 atoms in block 73
Block first atom: 1146
Blocpdb> 16 atoms in block 74
Block first atom: 1161
Blocpdb> 12 atoms in block 75
Block first atom: 1177
Blocpdb> 16 atoms in block 76
Block first atom: 1189
Blocpdb> 19 atoms in block 77
Block first atom: 1205
Blocpdb> 15 atoms in block 78
Block first atom: 1224
Blocpdb> 13 atoms in block 79
Block first atom: 1239
Blocpdb> 12 atoms in block 80
Block first atom: 1252
Blocpdb> 21 atoms in block 81
Block first atom: 1264
Blocpdb> 16 atoms in block 82
Block first atom: 1285
Blocpdb> 13 atoms in block 83
Block first atom: 1301
Blocpdb> 15 atoms in block 84
Block first atom: 1314
Blocpdb> 15 atoms in block 85
Block first atom: 1329
Blocpdb> 13 atoms in block 86
Block first atom: 1344
Blocpdb> 18 atoms in block 87
Block first atom: 1357
Blocpdb> 13 atoms in block 88
Block first atom: 1375
Blocpdb> 22 atoms in block 89
Block first atom: 1388
Blocpdb> 18 atoms in block 90
Block first atom: 1410
Blocpdb> 16 atoms in block 91
Block first atom: 1428
Blocpdb> 17 atoms in block 92
Block first atom: 1444
Blocpdb> 17 atoms in block 93
Block first atom: 1461
Blocpdb> 16 atoms in block 94
Block first atom: 1478
Blocpdb> 13 atoms in block 95
Block first atom: 1494
Blocpdb> 18 atoms in block 96
Block first atom: 1507
Blocpdb> 18 atoms in block 97
Block first atom: 1525
Blocpdb> 11 atoms in block 98
Block first atom: 1543
Blocpdb> 9 atoms in block 99
Block first atom: 1554
Blocpdb> 15 atoms in block 100
Block first atom: 1563
Blocpdb> 14 atoms in block 101
Block first atom: 1578
Blocpdb> 17 atoms in block 102
Block first atom: 1592
Blocpdb> 20 atoms in block 103
Block first atom: 1609
Blocpdb> 17 atoms in block 104
Block first atom: 1629
Blocpdb> 12 atoms in block 105
Block first atom: 1646
Blocpdb> 22 atoms in block 106
Block first atom: 1658
Blocpdb> 12 atoms in block 107
Block first atom: 1680
Blocpdb> 14 atoms in block 108
Block first atom: 1692
Blocpdb> 11 atoms in block 109
Block first atom: 1706
Blocpdb> 18 atoms in block 110
Block first atom: 1717
Blocpdb> 17 atoms in block 111
Block first atom: 1735
Blocpdb> 16 atoms in block 112
Block first atom: 1752
Blocpdb> 17 atoms in block 113
Block first atom: 1768
Blocpdb> 18 atoms in block 114
Block first atom: 1785
Blocpdb> 15 atoms in block 115
Block first atom: 1803
Blocpdb> 15 atoms in block 116
Block first atom: 1818
Blocpdb> 14 atoms in block 117
Block first atom: 1833
Blocpdb> 15 atoms in block 118
Block first atom: 1847
Blocpdb> 16 atoms in block 119
Block first atom: 1862
Blocpdb> 21 atoms in block 120
Block first atom: 1878
Blocpdb> 13 atoms in block 121
Block first atom: 1899
Blocpdb> 12 atoms in block 122
Block first atom: 1912
Blocpdb> 12 atoms in block 123
Block first atom: 1924
Blocpdb> 17 atoms in block 124
Block first atom: 1936
Blocpdb> 14 atoms in block 125
Block first atom: 1953
Blocpdb> 16 atoms in block 126
Block first atom: 1967
Blocpdb> 20 atoms in block 127
Block first atom: 1983
Blocpdb> 17 atoms in block 128
Block first atom: 2003
Blocpdb> 13 atoms in block 129
Block first atom: 2020
Blocpdb> 21 atoms in block 130
Block first atom: 2033
Blocpdb> 12 atoms in block 131
Block first atom: 2054
Blocpdb> 12 atoms in block 132
Block first atom: 2066
Blocpdb> 20 atoms in block 133
Block first atom: 2078
Blocpdb> 20 atoms in block 134
Block first atom: 2098
Blocpdb> 17 atoms in block 135
Block first atom: 2118
Blocpdb> 19 atoms in block 136
Block first atom: 2135
Blocpdb> 15 atoms in block 137
Block first atom: 2154
Blocpdb> 19 atoms in block 138
Block first atom: 2169
Blocpdb> 16 atoms in block 139
Block first atom: 2188
Blocpdb> 18 atoms in block 140
Block first atom: 2204
Blocpdb> 21 atoms in block 141
Block first atom: 2222
Blocpdb> 16 atoms in block 142
Block first atom: 2243
Blocpdb> 13 atoms in block 143
Block first atom: 2259
Blocpdb> 15 atoms in block 144
Block first atom: 2272
Blocpdb> 13 atoms in block 145
Block first atom: 2287
Blocpdb> 12 atoms in block 146
Block first atom: 2300
Blocpdb> 15 atoms in block 147
Block first atom: 2312
Blocpdb> 15 atoms in block 148
Block first atom: 2327
Blocpdb> 17 atoms in block 149
Block first atom: 2342
Blocpdb> 12 atoms in block 150
Block first atom: 2359
Blocpdb> 13 atoms in block 151
Block first atom: 2371
Blocpdb> 14 atoms in block 152
Block first atom: 2384
Blocpdb> 12 atoms in block 153
Block first atom: 2398
Blocpdb> 12 atoms in block 154
Block first atom: 2410
Blocpdb> 10 atoms in block 155
Block first atom: 2422
Blocpdb> 14 atoms in block 156
Block first atom: 2432
Blocpdb> 17 atoms in block 157
Block first atom: 2446
Blocpdb> 15 atoms in block 158
Block first atom: 2463
Blocpdb> 12 atoms in block 159
Block first atom: 2478
Blocpdb> 15 atoms in block 160
Block first atom: 2490
Blocpdb> 15 atoms in block 161
Block first atom: 2505
Blocpdb> 14 atoms in block 162
Block first atom: 2520
Blocpdb> 16 atoms in block 163
Block first atom: 2534
Blocpdb> 14 atoms in block 164
Block first atom: 2550
Blocpdb> 15 atoms in block 165
Block first atom: 2564
Blocpdb> 16 atoms in block 166
Block first atom: 2579
Blocpdb> 11 atoms in block 167
Block first atom: 2595
Blocpdb> 14 atoms in block 168
Block first atom: 2606
Blocpdb> 9 atoms in block 169
Block first atom: 2620
Blocpdb> 15 atoms in block 170
Block first atom: 2629
Blocpdb> 10 atoms in block 171
Block first atom: 2644
Blocpdb> 13 atoms in block 172
Block first atom: 2654
Blocpdb> 24 atoms in block 173
Block first atom: 2667
Blocpdb> 22 atoms in block 174
Block first atom: 2691
Blocpdb> 13 atoms in block 175
Block first atom: 2713
Blocpdb> 17 atoms in block 176
Block first atom: 2726
Blocpdb> 19 atoms in block 177
Block first atom: 2743
Blocpdb> 17 atoms in block 178
Block first atom: 2762
Blocpdb> 17 atoms in block 179
Block first atom: 2779
Blocpdb> 18 atoms in block 180
Block first atom: 2796
Blocpdb> 12 atoms in block 181
Block first atom: 2814
Blocpdb> 13 atoms in block 182
Block first atom: 2826
Blocpdb> 15 atoms in block 183
Block first atom: 2839
Blocpdb> 22 atoms in block 184
Block first atom: 2854
Blocpdb> 15 atoms in block 185
Block first atom: 2876
Blocpdb> 13 atoms in block 186
Block first atom: 2891
Blocpdb> 14 atoms in block 187
Block first atom: 2903
Blocpdb> 187 blocks.
Blocpdb> At most, 26 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 8 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1101511 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 8751
Prepmat> Matrix trace = 2408960.0000
Prepmat> Last element read: 8751 8751 226.9080
Prepmat> 17579 lines saved.
Prepmat> 15446 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 2917
RTB> Total mass = 2917.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 2917
RTB> Number of blocks = 187
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 260620.1314
RTB> 73947 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1122
Diagstd> Nb of non-zero elements: 73947
Diagstd> Projected matrix trace = 260620.1314
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1122 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 260620.1314
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 2.2614932 2.6174387 3.2591515 6.6008427
7.8534870 8.4689231 8.7726483 10.3710289 11.3771724
12.9745227 13.2980325 14.0144569 15.1563946 15.7937643
16.9626011 17.6130048 18.0950029 19.4307866 19.9283798
21.0428271 22.2720240 22.8531452 23.1027379 23.4836545
23.8145693 24.9743326 25.3081151 25.8446904 26.5749862
26.9075553 28.2956216 28.6404790 29.1288617 30.5802806
30.8268062 32.0340734 32.3598443 33.1679325 34.9022855
34.9284461 35.2578645 36.2051614 37.0120560 37.9757979
38.5917129 39.3242598 39.8859763 40.8692757 41.2776474
42.2599078 42.3636506 42.7182051 43.0581177 44.1336234
44.7089404 45.4594351 45.7959159 46.8665229 47.3135450
47.4271292 47.9260778 48.3708733 48.9554467 49.4743504
50.4933751 51.2000053 51.7464993 52.7638875 53.0455368
53.4799438 54.1449550 54.9735129 55.4114563 56.3518735
56.8013303 57.2069285 57.7842862 57.9725958 59.5389153
60.1253510 60.4670245 61.1225963 61.6095506 62.4966532
62.7866558 63.2857703 63.7570070 64.3147358 64.5937781
65.1949657 65.6584458 66.5134128 66.7200758 67.4916608
68.4552069 68.8544412 69.6240038 69.9792117 70.3801312
70.5840279
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034311 0.0034336 0.0034338 0.0034347 0.0034352
0.0034354 163.3025347 175.6845372 196.0412916 278.9940687
304.3172321 316.0162216 321.6330278 349.7085118 366.2793627
391.1478750 395.9943370 406.5214039 422.7593597 431.5569411
447.2408913 455.7346048 461.9283409 478.6746976 484.7650221
498.1353051 512.4778780 519.1206077 521.9477215 526.2330509
529.9277298 542.6780128 546.2924282 552.0532203 559.7985948
563.2904668 577.6368617 581.1462215 586.0801827 600.5041505
602.9197996 614.6124638 617.7297133 625.3951098 641.5377451
641.7781293 644.7974070 653.4020977 660.6430726 669.1889085
674.5937419 680.9662041 685.8124951 694.2146124 697.6743380
705.9266098 706.7925598 709.7440795 712.5622337 721.4065357
726.0933660 732.1621906 734.8668466 743.4070021 746.9439687
747.8400140 751.7634804 755.2439320 759.7938767 763.8099833
771.6359994 777.0165755 781.1523933 788.7941354 790.8965929
794.1284435 799.0505943 805.1411530 808.3418474 815.1723870
818.4167960 821.3336107 825.4678373 826.8117767 837.9068470
842.0232675 844.4123557 848.9774934 852.3526204 858.4671093
860.4565724 863.8698472 867.0801439 870.8643759 872.7515400
876.8035726 879.9147127 885.6250583 886.9998488 892.1139651
898.4595392 901.0756612 906.0971769 908.4056010 911.0040680
912.3227387
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 2917
Rtb_to_modes> Number of blocs = 187
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9834E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9980E-10
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.93
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.41
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.35
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.80
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.58
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1122 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00001 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000
1.00000 0.99999 0.99997 1.00001 1.00001
1.00002 1.00000 0.99998 1.00002 1.00000
1.00000 0.99998 0.99999 1.00000 1.00000
0.99999 1.00001 0.99999 0.99998 0.99997
1.00001 0.99999 1.00001 0.99999 1.00000
1.00000 1.00002 0.99999 1.00002 1.00000
0.99999 1.00002 0.99999 1.00002 1.00000
0.99998 1.00001 1.00000 0.99999 1.00001
1.00002 1.00000 0.99999 0.99998 1.00000
0.99999 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001
1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001
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0.99999 1.00002 1.00001 1.00001 1.00000
1.00000 1.00001 1.00001 1.00000 1.00000
1.00002 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000
1.00001 1.00001 0.99997 0.99999 0.99999
1.00002
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 52506 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000
1.00000 1.00001 1.00003 1.00000 1.00001
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1.00001 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000
1.00000 0.99999 0.99997 1.00001 1.00001
1.00002 1.00000 0.99998 1.00002 1.00000
1.00000 0.99998 0.99999 1.00000 1.00000
0.99999 1.00001 0.99999 0.99998 0.99997
1.00001 0.99999 1.00001 0.99999 1.00000
1.00000 1.00002 0.99999 1.00002 1.00000
0.99999 1.00002 0.99999 1.00002 1.00000
0.99998 1.00001 1.00000 0.99999 1.00001
1.00002 1.00000 0.99999 0.99998 1.00000
0.99999 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001
1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001
0.99999 0.99998 1.00000 1.00000 1.00001
0.99999 1.00000 0.99997 1.00003 1.00001
0.99999 1.00002 1.00001 1.00001 1.00000
1.00000 1.00001 1.00001 1.00000 1.00000
1.00002 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000
1.00001 1.00001 0.99997 0.99999 0.99999
1.00002
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4:-0.000-0.000-0.000
Vector 5:-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 6: 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 7:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 8:-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 9: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 10: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2402070028351760966.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2402070028351760966.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2402070028351760966.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2402070028351760966.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 374
First residue number = 1
Last residue number = 374
Number of atoms found = 2917
Mean number per residue = 7.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9834E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9980E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9989E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.261
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.617
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.259
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.601
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.853
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.469
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.773
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.38
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.01
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.61
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.43
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.58
Bfactors> 106 vectors, 8751 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 2.261000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.562 for 383 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.023 +/- 0.02
Bfactors> = 23.436 +/- 13.90
Bfactors> Shiftng-fct= 23.413
Bfactors> Scaling-fct= 601.535
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2402070028351760966 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2402070028351760966 8 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2402070028351760966 9 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2402070028351760966 10 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2402070028351760966 11 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 2402070028351760966 12 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 2402070028351760966 13 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 2402070028351760966 14 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 2402070028351760966 15 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402070028351760966.eigenfacs
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getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 2402070028351760966 16 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
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2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402070028351760966.eigenfacs
2402070028351760966.atom
2402070028351760966.10.pdb
2402070028351760966.11.pdb
2402070028351760966.12.pdb
2402070028351760966.13.pdb
2402070028351760966.14.pdb
2402070028351760966.15.pdb
2402070028351760966.16.pdb
2402070028351760966.7.pdb
2402070028351760966.8.pdb
2402070028351760966.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m22.126s
user 0m22.086s
sys 0m0.040s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2402070028351760966.Chkmod.res: No such file or directory
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