*** PDZ ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 23011717492382850.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 23011717492382850.atom to be opened.
Openam> File opened: 23011717492382850.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1090
First residue number = 1
Last residue number = 113
Number of atoms found = 16700
Mean number per residue = 15.3
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -0.029304 +/- 6.465362 From: -18.176000 To: 14.825000
= -0.087840 +/- 9.807014 From: -28.521000 To: 20.574000
= 0.010164 +/- 6.560698 From: -20.280000 To: 16.105000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is -13.0134 % Filled.
Pdbmat> 116138379 non-zero elements.
Pdbmat> 12895415 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 1544.36 +/- 557.54
Maximum number = 2705
Minimum number = 201
Pdbmat> Matrix trace = 2.579083E+08
Pdbmat> Larger element = 9487.07
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
1090 non-zero elements, NRBL set to 6
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 23011717492382850.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 6
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 23011717492382850.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
23011717492382850.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 16700 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 6 residue(s) per block.
Blocpdb> 1090 residues.
Blocpdb> 82 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 112 atoms in block 2
Block first atom: 83
Blocpdb> 89 atoms in block 3
Block first atom: 195
Blocpdb> 106 atoms in block 4
Block first atom: 284
Blocpdb> 97 atoms in block 5
Block first atom: 390
Blocpdb> 90 atoms in block 6
Block first atom: 487
Blocpdb> 108 atoms in block 7
Block first atom: 577
Blocpdb> 71 atoms in block 8
Block first atom: 685
Blocpdb> 72 atoms in block 9
Block first atom: 756
Blocpdb> 98 atoms in block 10
Block first atom: 828
Blocpdb> 83 atoms in block 11
Block first atom: 926
Blocpdb> 89 atoms in block 12
Block first atom: 1009
Blocpdb> 93 atoms in block 13
Block first atom: 1098
Blocpdb> 97 atoms in block 14
Block first atom: 1191
Blocpdb> 92 atoms in block 15
Block first atom: 1288
Blocpdb> 91 atoms in block 16
Block first atom: 1380
Blocpdb> 102 atoms in block 17
Block first atom: 1471
Blocpdb> 78 atoms in block 18
Block first atom: 1573
Blocpdb> 20 atoms in block 19
Block first atom: 1651
Blocpdb> 82 atoms in block 20
Block first atom: 1671
Blocpdb> 112 atoms in block 21
Block first atom: 1753
Blocpdb> 89 atoms in block 22
Block first atom: 1865
Blocpdb> 106 atoms in block 23
Block first atom: 1954
Blocpdb> 97 atoms in block 24
Block first atom: 2060
Blocpdb> 90 atoms in block 25
Block first atom: 2157
Blocpdb> 108 atoms in block 26
Block first atom: 2247
Blocpdb> 71 atoms in block 27
Block first atom: 2355
Blocpdb> 72 atoms in block 28
Block first atom: 2426
Blocpdb> 98 atoms in block 29
Block first atom: 2498
Blocpdb> 83 atoms in block 30
Block first atom: 2596
Blocpdb> 89 atoms in block 31
Block first atom: 2679
Blocpdb> 93 atoms in block 32
Block first atom: 2768
Blocpdb> 97 atoms in block 33
Block first atom: 2861
Blocpdb> 92 atoms in block 34
Block first atom: 2958
Blocpdb> 91 atoms in block 35
Block first atom: 3050
Blocpdb> 102 atoms in block 36
Block first atom: 3141
Blocpdb> 78 atoms in block 37
Block first atom: 3243
Blocpdb> 20 atoms in block 38
Block first atom: 3321
Blocpdb> 82 atoms in block 39
Block first atom: 3341
Blocpdb> 112 atoms in block 40
Block first atom: 3423
Blocpdb> 89 atoms in block 41
Block first atom: 3535
Blocpdb> 106 atoms in block 42
Block first atom: 3624
Blocpdb> 97 atoms in block 43
Block first atom: 3730
Blocpdb> 90 atoms in block 44
Block first atom: 3827
Blocpdb> 108 atoms in block 45
Block first atom: 3917
Blocpdb> 71 atoms in block 46
Block first atom: 4025
Blocpdb> 72 atoms in block 47
Block first atom: 4096
Blocpdb> 98 atoms in block 48
Block first atom: 4168
Blocpdb> 83 atoms in block 49
Block first atom: 4266
Blocpdb> 89 atoms in block 50
Block first atom: 4349
Blocpdb> 93 atoms in block 51
Block first atom: 4438
Blocpdb> 97 atoms in block 52
Block first atom: 4531
Blocpdb> 92 atoms in block 53
Block first atom: 4628
Blocpdb> 91 atoms in block 54
Block first atom: 4720
Blocpdb> 102 atoms in block 55
Block first atom: 4811
Blocpdb> 78 atoms in block 56
Block first atom: 4913
Blocpdb> 20 atoms in block 57
Block first atom: 4991
Blocpdb> 82 atoms in block 58
Block first atom: 5011
Blocpdb> 112 atoms in block 59
Block first atom: 5093
Blocpdb> 89 atoms in block 60
Block first atom: 5205
Blocpdb> 106 atoms in block 61
Block first atom: 5294
Blocpdb> 97 atoms in block 62
Block first atom: 5400
Blocpdb> 90 atoms in block 63
Block first atom: 5497
Blocpdb> 108 atoms in block 64
Block first atom: 5587
Blocpdb> 71 atoms in block 65
Block first atom: 5695
Blocpdb> 72 atoms in block 66
Block first atom: 5766
Blocpdb> 98 atoms in block 67
Block first atom: 5838
Blocpdb> 83 atoms in block 68
Block first atom: 5936
Blocpdb> 89 atoms in block 69
Block first atom: 6019
Blocpdb> 93 atoms in block 70
Block first atom: 6108
Blocpdb> 97 atoms in block 71
Block first atom: 6201
Blocpdb> 92 atoms in block 72
Block first atom: 6298
Blocpdb> 91 atoms in block 73
Block first atom: 6390
Blocpdb> 102 atoms in block 74
Block first atom: 6481
Blocpdb> 78 atoms in block 75
Block first atom: 6583
Blocpdb> 20 atoms in block 76
Block first atom: 6661
Blocpdb> 82 atoms in block 77
Block first atom: 6681
Blocpdb> 112 atoms in block 78
Block first atom: 6763
Blocpdb> 89 atoms in block 79
Block first atom: 6875
Blocpdb> 106 atoms in block 80
Block first atom: 6964
Blocpdb> 97 atoms in block 81
Block first atom: 7070
Blocpdb> 90 atoms in block 82
Block first atom: 7167
Blocpdb> 108 atoms in block 83
Block first atom: 7257
Blocpdb> 71 atoms in block 84
Block first atom: 7365
Blocpdb> 72 atoms in block 85
Block first atom: 7436
Blocpdb> 98 atoms in block 86
Block first atom: 7508
Blocpdb> 83 atoms in block 87
Block first atom: 7606
Blocpdb> 89 atoms in block 88
Block first atom: 7689
Blocpdb> 93 atoms in block 89
Block first atom: 7778
Blocpdb> 97 atoms in block 90
Block first atom: 7871
Blocpdb> 92 atoms in block 91
Block first atom: 7968
Blocpdb> 91 atoms in block 92
Block first atom: 8060
Blocpdb> 102 atoms in block 93
Block first atom: 8151
Blocpdb> 78 atoms in block 94
Block first atom: 8253
Blocpdb> 20 atoms in block 95
Block first atom: 8331
Blocpdb> 82 atoms in block 96
Block first atom: 8351
Blocpdb> 112 atoms in block 97
Block first atom: 8433
Blocpdb> 89 atoms in block 98
Block first atom: 8545
Blocpdb> 106 atoms in block 99
Block first atom: 8634
Blocpdb> 97 atoms in block 100
Block first atom: 8740
Blocpdb> 90 atoms in block 101
Block first atom: 8837
Blocpdb> 108 atoms in block 102
Block first atom: 8927
Blocpdb> 71 atoms in block 103
Block first atom: 9035
Blocpdb> 72 atoms in block 104
Block first atom: 9106
Blocpdb> 98 atoms in block 105
Block first atom: 9178
Blocpdb> 83 atoms in block 106
Block first atom: 9276
Blocpdb> 89 atoms in block 107
Block first atom: 9359
Blocpdb> 93 atoms in block 108
Block first atom: 9448
Blocpdb> 97 atoms in block 109
Block first atom: 9541
Blocpdb> 92 atoms in block 110
Block first atom: 9638
Blocpdb> 91 atoms in block 111
Block first atom: 9730
Blocpdb> 102 atoms in block 112
Block first atom: 9821
Blocpdb> 78 atoms in block 113
Block first atom: 9923
Blocpdb> 20 atoms in block 114
Block first atom: 10001
Blocpdb> 82 atoms in block 115
Block first atom: 10021
Blocpdb> 112 atoms in block 116
Block first atom: 10103
Blocpdb> 89 atoms in block 117
Block first atom: 10215
Blocpdb> 106 atoms in block 118
Block first atom: 10304
Blocpdb> 97 atoms in block 119
Block first atom: 10410
Blocpdb> 90 atoms in block 120
Block first atom: 10507
Blocpdb> 108 atoms in block 121
Block first atom: 10597
Blocpdb> 71 atoms in block 122
Block first atom: 10705
Blocpdb> 72 atoms in block 123
Block first atom: 10776
Blocpdb> 98 atoms in block 124
Block first atom: 10848
Blocpdb> 83 atoms in block 125
Block first atom: 10946
Blocpdb> 89 atoms in block 126
Block first atom: 11029
Blocpdb> 93 atoms in block 127
Block first atom: 11118
Blocpdb> 97 atoms in block 128
Block first atom: 11211
Blocpdb> 92 atoms in block 129
Block first atom: 11308
Blocpdb> 91 atoms in block 130
Block first atom: 11400
Blocpdb> 102 atoms in block 131
Block first atom: 11491
Blocpdb> 78 atoms in block 132
Block first atom: 11593
Blocpdb> 20 atoms in block 133
Block first atom: 11671
Blocpdb> 82 atoms in block 134
Block first atom: 11691
Blocpdb> 112 atoms in block 135
Block first atom: 11773
Blocpdb> 89 atoms in block 136
Block first atom: 11885
Blocpdb> 106 atoms in block 137
Block first atom: 11974
Blocpdb> 97 atoms in block 138
Block first atom: 12080
Blocpdb> 90 atoms in block 139
Block first atom: 12177
Blocpdb> 108 atoms in block 140
Block first atom: 12267
Blocpdb> 71 atoms in block 141
Block first atom: 12375
Blocpdb> 72 atoms in block 142
Block first atom: 12446
Blocpdb> 98 atoms in block 143
Block first atom: 12518
Blocpdb> 83 atoms in block 144
Block first atom: 12616
Blocpdb> 89 atoms in block 145
Block first atom: 12699
Blocpdb> 93 atoms in block 146
Block first atom: 12788
Blocpdb> 97 atoms in block 147
Block first atom: 12881
Blocpdb> 92 atoms in block 148
Block first atom: 12978
Blocpdb> 91 atoms in block 149
Block first atom: 13070
Blocpdb> 102 atoms in block 150
Block first atom: 13161
Blocpdb> 78 atoms in block 151
Block first atom: 13263
Blocpdb> 20 atoms in block 152
Block first atom: 13341
Blocpdb> 82 atoms in block 153
Block first atom: 13361
Blocpdb> 112 atoms in block 154
Block first atom: 13443
Blocpdb> 89 atoms in block 155
Block first atom: 13555
Blocpdb> 106 atoms in block 156
Block first atom: 13644
Blocpdb> 97 atoms in block 157
Block first atom: 13750
Blocpdb> 90 atoms in block 158
Block first atom: 13847
Blocpdb> 108 atoms in block 159
Block first atom: 13937
Blocpdb> 71 atoms in block 160
Block first atom: 14045
Blocpdb> 72 atoms in block 161
Block first atom: 14116
Blocpdb> 98 atoms in block 162
Block first atom: 14188
Blocpdb> 83 atoms in block 163
Block first atom: 14286
Blocpdb> 89 atoms in block 164
Block first atom: 14369
Blocpdb> 93 atoms in block 165
Block first atom: 14458
Blocpdb> 97 atoms in block 166
Block first atom: 14551
Blocpdb> 92 atoms in block 167
Block first atom: 14648
Blocpdb> 91 atoms in block 168
Block first atom: 14740
Blocpdb> 102 atoms in block 169
Block first atom: 14831
Blocpdb> 78 atoms in block 170
Block first atom: 14933
Blocpdb> 20 atoms in block 171
Block first atom: 15011
Blocpdb> 82 atoms in block 172
Block first atom: 15031
Blocpdb> 112 atoms in block 173
Block first atom: 15113
Blocpdb> 89 atoms in block 174
Block first atom: 15225
Blocpdb> 106 atoms in block 175
Block first atom: 15314
Blocpdb> 97 atoms in block 176
Block first atom: 15420
Blocpdb> 90 atoms in block 177
Block first atom: 15517
Blocpdb> 108 atoms in block 178
Block first atom: 15607
Blocpdb> 71 atoms in block 179
Block first atom: 15715
Blocpdb> 72 atoms in block 180
Block first atom: 15786
Blocpdb> 98 atoms in block 181
Block first atom: 15858
Blocpdb> 83 atoms in block 182
Block first atom: 15956
Blocpdb> 89 atoms in block 183
Block first atom: 16039
Blocpdb> 93 atoms in block 184
Block first atom: 16128
Blocpdb> 97 atoms in block 185
Block first atom: 16221
Blocpdb> 92 atoms in block 186
Block first atom: 16318
Blocpdb> 91 atoms in block 187
Block first atom: 16410
Blocpdb> 102 atoms in block 188
Block first atom: 16501
Blocpdb> 78 atoms in block 189
Block first atom: 16603
Blocpdb> 20 atoms in block 190
Block first atom: 16680
Blocpdb> 190 blocks.
Blocpdb> At most, 112 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 20 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 116138569 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 50100
Prepmat> Matrix trace = 257908300.0000
Prepmat> Last element read: 50100 50100 6759.8159
Prepmat> 18146 lines saved.
Prepmat> 5527 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 16700
RTB> Total mass = 16700.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 16700
RTB> Number of blocks = 190
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 5476552.3688
RTB> 451398 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1140
Diagstd> Nb of non-zero elements: 451398
Diagstd> Projected matrix trace = 5476552.3688
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1140 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues =5476552.3688
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 131.9595371 182.3432516 239.6607121 332.3171626
421.5645350 448.8514190 698.9116972 732.9028787 832.6153572
897.9778271 954.2585504 1125.8770099 1181.3227228 1185.9669731
1240.7221319 1317.3080532 1408.6666905 1411.8412429 1419.1365577
1426.6486591 1432.8067177 1434.0777705 1445.9878191 1450.4669369
1454.7169531 1458.2071279 1465.8015340 1470.0432236 1473.1151899
1478.9879934 1479.3978663 1487.3380037 1489.2992809 1497.1393224
1503.5535275 1509.6187284 1545.6831680 1586.1609453 1658.2753700
1695.6454551 1776.3594297 1818.1829255 1889.5945804 1908.9409303
1913.1385345 1934.3359537 1974.0130230 1977.3147200 1982.3228923
1986.4202467 1991.0152222 2009.1602929 2024.3563423 2044.2278856
2049.4970394 2054.5687440 2058.2588448 2059.8003089 2070.4486056
2074.3899101 2075.1468394 2082.5399864 2092.6876280 2097.9921857
2103.5333292 2109.6725089 2133.6585205 2140.1304360 2169.0228327
2186.0315628 2193.5705249 2232.7333496 2241.0164867 2250.6670595
2264.9376160 2272.7204839 2276.3592746 2283.1664913 2304.8791087
2313.5671329 2326.0165880 2332.2505556 2334.7208041 2336.9954254
2344.0033097 2360.2946906 2366.9242913 2368.5621858 2371.0122272
2377.1105356 2381.0310461 2388.6497568 2401.4935612 2405.5969962
2417.0630678 2425.4007447 2429.4340938 2444.6699273 2445.6259410
2455.0399253
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034135 0.0034257 0.0034269 0.0034300 0.0034346
0.0034430 1247.4285284 1466.3583879 1681.1005991 1979.5736568
2229.6018404 2300.6289558 2870.8231175 2939.8047958 3133.4119024
3254.0789601 3354.5039706 3643.6844214 3732.3259050 3739.6553385
3825.0097356 3941.2951027 4075.6736625 4080.2635198 4090.7917761
4101.6046476 4110.4473028 4112.2701019 4129.3110422 4135.7016110
4141.7561931 4146.7216927 4157.5058233 4163.5169065 4167.8649108
4176.1645690 4176.7432004 4187.9367866 4190.6970869 4201.7130437
4210.7041390 4219.1883940 4269.2886528 4324.8286611 4422.0495580
4471.5985366 4576.7870207 4630.3526437 4720.4086508 4744.5117359
4749.7252671 4775.9660655 4824.6996993 4828.7328645 4834.8441407
4839.8382423 4845.4327514 4867.4620434 4885.8346098 4909.7562810
4916.0798451 4922.1587754 4926.5770052 4928.4214574 4941.1439637
4945.8447067 4946.7469752 4955.5510538 4967.6098969 4973.9018765
4980.4659929 4987.7284638 5016.0024212 5023.6040509 5057.4004415
5077.1909161 5085.9382292 5131.1381765 5140.6472778 5151.7040675
5168.0106810 5176.8823271 5181.0249522 5188.7658287 5213.3796938
5223.1961232 5237.2304476 5244.2439140 5247.0204505 5249.5758050
5257.4407930 5275.6793897 5283.0833639 5284.9109756 5287.6436258
5294.4392411 5298.8034373 5307.2740971 5321.5236127 5326.0681193
5338.7461533 5347.9462483 5352.3911167 5369.1482464 5370.1979747
5380.5238387
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 16700
Rtb_to_modes> Number of blocs = 190
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.8811E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9517E-10
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 448.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 698.9
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1186.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1479.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1487.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1489.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1497.
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1818.
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1909.
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2024.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2044.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2049.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2055.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2058.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2060.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2070.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2074.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2075.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2083.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2098.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2104.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2110.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2134.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2140.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2169.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2186.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2194.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2233.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2241.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2251.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2265.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2276.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2283.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2305.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2314.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2326.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2332.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2335.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2337.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2344.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2360.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2367.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2369.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2371.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2377.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2381.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2389.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2401.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2406.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2417.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2425.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2429.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2445.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2446.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2455.
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1140 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 1.00003 0.99999 1.00000 1.00000
1.00001 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000
1.00001 1.00000 0.99998 0.99995 0.99999
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1.00000 1.00002 0.99998 1.00002 0.99998
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1.00002 1.00001 1.00000 0.99999 0.99999
1.00000 1.00001 1.00001 0.99999 0.99999
1.00001 1.00001 0.99998 1.00003 0.99997
1.00000 1.00001 0.99998 1.00000 0.99999
0.99998 1.00001 0.99997 1.00001 1.00002
1.00002 1.00002 0.99998 0.99998 1.00005
1.00002 0.99999 1.00000 0.99999 1.00001
0.99999 1.00001 1.00001 0.99998 1.00000
0.99998 1.00001 0.99996 0.99997 1.00004
1.00001 1.00002 0.99999 0.99998 0.99999
1.00003 1.00000 1.00000 1.00002 1.00000
0.99997 1.00000 0.99999 1.00000 1.00001
1.00005 0.99998 0.99999 1.00003 1.00004
0.99997
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 300600 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 0.99997 1.00000 1.00000
1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000
1.00000 1.00003 0.99999 1.00000 1.00000
1.00001 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000
1.00001 1.00000 0.99998 0.99995 0.99999
0.99999 1.00005 0.99999 1.00002 1.00000
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0.99996 1.00005 1.00004 1.00001 1.00001
1.00002 1.00001 1.00000 0.99999 0.99999
1.00000 1.00001 1.00001 0.99999 0.99999
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1.00000 1.00001 0.99998 1.00000 0.99999
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1.00002 1.00002 0.99998 0.99998 1.00005
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1.00001 1.00002 0.99999 0.99998 0.99999
1.00003 1.00000 1.00000 1.00002 1.00000
0.99997 1.00000 0.99999 1.00000 1.00001
1.00005 0.99998 0.99999 1.00003 1.00004
0.99997
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4: 0.000-0.000-0.000
Vector 5: 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 6:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 7:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 8: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 10: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 23011717492382850.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
23011717492382850.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 23011717492382850.atom
Openam> file on opening on unit 11:
23011717492382850.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1090
First residue number = 1
Last residue number = 113
Number of atoms found = 16700
Mean number per residue = 15.3
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.8811E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9517E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9586E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9772E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0053E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 132.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 182.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 239.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 332.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 421.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 448.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 698.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 732.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 832.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2455.
Bfactors> 106 vectors, 50100 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 132.000000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.000
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 23011717492382850.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
23011717492382850.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4429E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1248.
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5380.
Chkmod> 106 vectors, 50100 coordinates in file.
Chkmod> That is: 16700 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 37 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 101 is: 1.0002 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7524
0.0034 0.7000
0.0034 0.6319
0.0034 0.7333
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0.0034 0.8818
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getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 23011717492382850 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
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23011717492382850.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
23011717492382850.eigenfacs
23011717492382850.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
23011717492382850.eigenfacs
23011717492382850.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
23011717492382850.eigenfacs
23011717492382850.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
23011717492382850.eigenfacs
23011717492382850.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
23011717492382850.eigenfacs
23011717492382850.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
23011717492382850.eigenfacs
23011717492382850.atom
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23011717492382850.eigenfacs
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23011717492382850.atom
making animated gifs
11 models are in 23011717492382850.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 23011717492382850.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 23011717492382850.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 23011717492382850 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
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23011717492382850.atom
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23011717492382850.eigenfacs
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23011717492382850.eigenfacs
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23011717492382850.eigenfacs
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23011717492382850.eigenfacs
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23011717492382850.eigenfacs
23011717492382850.atom
making animated gifs
11 models are in 23011717492382850.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 23011717492382850.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 23011717492382850.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 23011717492382850 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 23011717492382850.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 23011717492382850 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 23011717492382850.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 23011717492382850.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 23011717492382850 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
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23011717492382850.atom
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23011717492382850.eigenfacs
23011717492382850.atom
making animated gifs
11 models are in 23011717492382850.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 23011717492382850.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 23011717492382850.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
23011717492382850.10.pdb
23011717492382850.11.pdb
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23011717492382850.9.pdb
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user 1m57.808s
sys 0m2.336s
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pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
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