*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 22121818403577073.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 22121818403577073.atom to be opened.
Openam> File opened: 22121818403577073.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 4084
First residue number = 5
Last residue number = 166
Number of atoms found = 32038
Mean number per residue = 7.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 146.533470 +/- 16.701009 From: 97.972000 To: 190.265000
= 147.196814 +/- 21.757809 From: 87.639000 To: 203.101000
= 133.555312 +/- 69.654269 From: 3.437000 To: 284.593000
Pdbmat> Masses are all set to one.
%Pdbmat-W> residue:'MG ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'ADP ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'MG ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'ADP ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'MG ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'ADP ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'MG ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'ADP ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'MG ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> ........
%Pdbmat-W> 18 residue(s) not known.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 3.7725 % Filled.
Pdbmat> 12224129 non-zero elements.
Pdbmat> 1337099 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 83.47 +/- 20.13
Maximum number = 132
Minimum number = 13
Pdbmat> Matrix trace = 2.674198E+07
Pdbmat> Larger element = 511.071
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 22121818403577073.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 8
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 22121818403577073.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
22121818403577073.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 32038 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 8 residue(s) per block.
Blocpdb> 4084 residues.
Blocpdb> 56 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 47 atoms in block 2
Block first atom: 57
Blocpdb> 59 atoms in block 3
Block first atom: 104
Blocpdb> 55 atoms in block 4
Block first atom: 163
Blocpdb> 67 atoms in block 5
Block first atom: 218
Blocpdb> 55 atoms in block 6
Block first atom: 285
Blocpdb> 60 atoms in block 7
Block first atom: 340
Blocpdb> 64 atoms in block 8
Block first atom: 400
Blocpdb> 66 atoms in block 9
Block first atom: 464
Blocpdb> 71 atoms in block 10
Block first atom: 530
Blocpdb> 80 atoms in block 11
Block first atom: 601
Blocpdb> 65 atoms in block 12
Block first atom: 681
Blocpdb> 61 atoms in block 13
Block first atom: 746
Blocpdb> 63 atoms in block 14
Block first atom: 807
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Block first atom: 870
Blocpdb> 62 atoms in block 16
Block first atom: 939
Blocpdb> 61 atoms in block 17
Block first atom: 1001
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Blocpdb> At least, 15 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
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Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
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Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 12224662 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 96114
Prepmat> Matrix trace = 26741980.0001
Prepmat> Last element read: 96114 96114 126.7304
Prepmat> 142312 lines saved.
Prepmat> 137721 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 32038
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RTB> Number of atoms found in matrix: 32038
RTB> Number of blocks = 533
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 559786.2744
RTB> 157245 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
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Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 3198
Diagstd> Nb of non-zero elements: 157245
Diagstd> Projected matrix trace = 559786.2744
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 3198 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 559786.2744
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
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0.2226136 0.3141892 0.4072418 0.4130201 0.5153670
0.5548457 0.6753962 0.7224098 0.7639645 0.9164964
1.0308749 1.1582416 1.2733801 1.3565988 1.3901852
1.5220266 1.6671170 1.7462572 1.8694669 2.0546183
2.1342839 2.2358683 2.3319034 2.6290629 2.7300494
2.7349396 2.9399491 3.0399074 3.3022474 3.3370708
3.5343108 3.7415092 3.7874076 3.9636468 4.0838485
4.2154422 4.2993257 4.4032187 4.5233558 4.7143873
4.8083545 4.8837014 5.1105684 5.1568014 5.3003950
5.4500123 5.5621297 5.7143728 5.9080511 6.1282826
6.2483061 6.3272903 6.4850527 6.5925951 6.6695288
6.8313445 6.9128440 7.2113077 7.4527089 7.4909042
7.5624624 7.8887705 7.9652987 8.0825722 8.1068127
8.3324387 8.4362578 8.6425795 8.7388257 8.7895614
8.9689715 9.0297893 9.4718285 9.5563077 9.7311335
9.8086984 9.9795604 10.1499056 10.2984439 10.3812044
10.6022063 10.6862972 10.8107187 10.9110149 11.0134148
11.0462122 11.2220851 11.4027899 11.5223542 11.8583756
11.9224314 12.1060820 12.3284013 12.3517088 12.5579412
12.6484563
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
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0.0034367 20.5611549 28.5144267 33.4984245 49.8838723
51.2355214 60.8682581 69.2981177 69.7880171 77.9567213
80.8874977 89.2430852 92.2968963 94.9143499 103.9586586
110.2549902 116.8677973 122.5389952 126.4797504 128.0358587
133.9696456 140.2097823 143.4991705 148.4752873 155.6542055
158.6431687 162.3747106 165.8252091 176.0742179 179.4239984
179.5846251 186.1937878 189.3326258 197.3331666 198.3709123
204.1491851 210.0480658 211.3325057 216.1935592 219.4472249
222.9548113 225.1621849 227.8664627 230.9540890 235.7805147
238.1187097 239.9771179 245.4877822 246.5956916 250.0054061
253.5093723 256.1036904 259.5849823 263.9474082 268.8219164
271.4416147 273.1518588 276.5362279 278.8197178 280.4418710
283.8235156 285.5115349 291.6099209 296.4506176 297.2093039
298.6255034 305.0000711 306.4758898 308.7237746 309.1863757
313.4594332 315.4061824 319.2397569 321.0124079 321.9429231
325.2120303 326.3127842 334.2044232 335.6914978 338.7481998
340.0955661 343.0449155 345.9603142 348.4825880 349.8800266
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360.9125387 363.7743380 366.6914980 368.6089628 373.9451295
374.9537458 377.8305638 381.2840708 381.6443197 384.8172249
386.2015763
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 32038
Rtb_to_modes> Number of blocs = 533
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9809E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9838E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9937E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9991E-10
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0016E-09
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2110
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.040
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.302
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.337
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.787
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.964
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.084
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.215
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.299
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.403
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.714
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.808
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.327
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.485
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.491
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.562
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.889
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.965
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.083
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.107
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.332
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.436
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.643
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.739
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.790
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.030
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.472
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.556
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.731
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.980
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.91
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.01
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.65
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 3198 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 576684 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
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1.00001 0.99999 0.99999 1.00000 1.00001
1.00000 1.00000 1.00000 1.00001 1.00001
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4: 0.000 0.000-0.000
Vector 5:-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 6: 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 7:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 8: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 9:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 10:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 22121818403577073.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
22121818403577073.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 22121818403577073.atom
Openam> file on opening on unit 11:
22121818403577073.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 4084
First residue number = 5
Last residue number = 166
Number of atoms found = 32038
Mean number per residue = 7.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9809E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9838E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9937E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9988E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9991E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0016E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.5851E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.8951E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.5161E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2110
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2226
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.084
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.215
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.299
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.403
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.523
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.714
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.884
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.111
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.157
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.300
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.450
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.562
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.714
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.908
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.472
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.556
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.65
Bfactors> 106 vectors, 96114 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.035851
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.129 for 4066 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.048 +/- 0.04
Bfactors> = 66.390 +/- 23.39
Bfactors> Shiftng-fct= 66.342
Bfactors> Scaling-fct= 594.999
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 22121818403577073.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
22121818403577073.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4305E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4366E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 20.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 28.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 33.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 49.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 51.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 60.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 69.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 69.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 77.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 80.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 89.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 92.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 104.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 110.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 116.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 122.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 126.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 134.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 140.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 143.5
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 155.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 158.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 162.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 165.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 176.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 179.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 179.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 186.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 189.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 197.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 198.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 204.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 210.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 211.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 216.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 219.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 225.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 227.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 230.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 235.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 238.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 240.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 245.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 246.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 250.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 253.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 256.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 259.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 263.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 268.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 271.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 273.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 276.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 278.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 280.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 283.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 285.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 291.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 296.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 297.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 298.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 305.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 306.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 308.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 309.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 313.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 315.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 319.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 321.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 321.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 325.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 326.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 334.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 335.7
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Chkmod> 106 vectors, 96114 coordinates in file.
Chkmod> That is: 32038 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
Chkmod> Normal end.
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getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 22121818403577073 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
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22121818403577073.atom
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22121818403577073.atom
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22121818403577073.atom
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22121818403577073.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
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22121818403577073.atom
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22121818403577073.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
22121818403577073.eigenfacs
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22121818403577073.atom
making animated gifs
11 models are in 22121818403577073.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22121818403577073.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22121818403577073.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 22121818403577073 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
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22121818403577073.atom
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22121818403577073.atom
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22121818403577073.eigenfacs
22121818403577073.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
22121818403577073.eigenfacs
22121818403577073.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
22121818403577073.eigenfacs
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making animated gifs
11 models are in 22121818403577073.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22121818403577073.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22121818403577073.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 22121818403577073 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
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calculating perturbed structure for DQ=20
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calculating perturbed structure for DQ=40
22121818403577073.eigenfacs
22121818403577073.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
22121818403577073.eigenfacs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22121818403577073.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22121818403577073.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 22121818403577073 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22121818403577073.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 22121818403577073 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
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22121818403577073.eigenfacs
22121818403577073.atom
making animated gifs
11 models are in 22121818403577073.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22121818403577073.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22121818403577073.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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