*** Chappie dimer compare ver 3 ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 221218005903105706.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 221218005903105706.atom to be opened.
Openam> File opened: 221218005903105706.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 554
First residue number = 1
Last residue number = 279
Number of atoms found = 4367
Mean number per residue = 7.9
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -4.265564 +/- 13.372325 From: -33.561000 To: 29.374000
= -2.060334 +/- 19.196831 From: -45.961000 To: 38.653000
= 0.408608 +/- 15.912269 From: -36.871000 To: 42.286000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 1.8702 % Filled.
Pdbmat> 1605118 non-zero elements.
Pdbmat> 175464 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 80.36 +/- 22.65
Maximum number = 126
Minimum number = 12
Pdbmat> Matrix trace = 3.509280E+06
Pdbmat> Larger element = 495.410
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
554 non-zero elements, NRBL set to 3
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 221218005903105706.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 3
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 221218005903105706.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
221218005903105706.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 4367 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 3 residue(s) per block.
Blocpdb> 554 residues.
Blocpdb> 25 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 27 atoms in block 2
Block first atom: 26
Blocpdb> 24 atoms in block 3
Block first atom: 53
Blocpdb> 26 atoms in block 4
Block first atom: 77
Blocpdb> 21 atoms in block 5
Block first atom: 103
Blocpdb> 26 atoms in block 6
Block first atom: 124
Blocpdb> 25 atoms in block 7
Block first atom: 150
Blocpdb> 22 atoms in block 8
Block first atom: 175
Blocpdb> 26 atoms in block 9
Block first atom: 197
Blocpdb> 22 atoms in block 10
Block first atom: 223
Blocpdb> 28 atoms in block 11
Block first atom: 245
Blocpdb> 24 atoms in block 12
Block first atom: 273
Blocpdb> 18 atoms in block 13
Block first atom: 297
Blocpdb> 32 atoms in block 14
Block first atom: 315
Blocpdb> 27 atoms in block 15
Block first atom: 347
Blocpdb> 20 atoms in block 16
Block first atom: 374
Blocpdb> 27 atoms in block 17
Block first atom: 394
Blocpdb> 26 atoms in block 18
Block first atom: 421
Blocpdb> 24 atoms in block 19
Block first atom: 447
Blocpdb> 23 atoms in block 20
Block first atom: 471
Blocpdb> 24 atoms in block 21
Block first atom: 494
Blocpdb> 25 atoms in block 22
Block first atom: 518
Blocpdb> 26 atoms in block 23
Block first atom: 543
Blocpdb> 18 atoms in block 24
Block first atom: 569
Blocpdb> 25 atoms in block 25
Block first atom: 587
Blocpdb> 23 atoms in block 26
Block first atom: 612
Blocpdb> 21 atoms in block 27
Block first atom: 635
Blocpdb> 23 atoms in block 28
Block first atom: 656
Blocpdb> 23 atoms in block 29
Block first atom: 679
Blocpdb> 24 atoms in block 30
Block first atom: 702
Blocpdb> 26 atoms in block 31
Block first atom: 726
Blocpdb> 21 atoms in block 32
Block first atom: 752
Blocpdb> 19 atoms in block 33
Block first atom: 773
Blocpdb> 27 atoms in block 34
Block first atom: 792
Blocpdb> 25 atoms in block 35
Block first atom: 819
Blocpdb> 18 atoms in block 36
Block first atom: 844
Blocpdb> 21 atoms in block 37
Block first atom: 862
Blocpdb> 23 atoms in block 38
Block first atom: 883
Blocpdb> 27 atoms in block 39
Block first atom: 906
Blocpdb> 17 atoms in block 40
Block first atom: 933
Blocpdb> 22 atoms in block 41
Block first atom: 950
Blocpdb> 16 atoms in block 42
Block first atom: 972
Blocpdb> 27 atoms in block 43
Block first atom: 988
Blocpdb> 26 atoms in block 44
Block first atom: 1015
Blocpdb> 23 atoms in block 45
Block first atom: 1041
Blocpdb> 22 atoms in block 46
Block first atom: 1064
Blocpdb> 24 atoms in block 47
Block first atom: 1086
Blocpdb> 23 atoms in block 48
Block first atom: 1110
Blocpdb> 28 atoms in block 49
Block first atom: 1133
Blocpdb> 23 atoms in block 50
Block first atom: 1161
Blocpdb> 25 atoms in block 51
Block first atom: 1184
Blocpdb> 23 atoms in block 52
Block first atom: 1209
Blocpdb> 23 atoms in block 53
Block first atom: 1232
Blocpdb> 22 atoms in block 54
Block first atom: 1255
Blocpdb> 23 atoms in block 55
Block first atom: 1277
Blocpdb> 25 atoms in block 56
Block first atom: 1300
Blocpdb> 19 atoms in block 57
Block first atom: 1325
Blocpdb> 20 atoms in block 58
Block first atom: 1344
Blocpdb> 21 atoms in block 59
Block first atom: 1364
Blocpdb> 28 atoms in block 60
Block first atom: 1385
Blocpdb> 22 atoms in block 61
Block first atom: 1413
Blocpdb> 23 atoms in block 62
Block first atom: 1435
Blocpdb> 24 atoms in block 63
Block first atom: 1458
Blocpdb> 29 atoms in block 64
Block first atom: 1482
Blocpdb> 27 atoms in block 65
Block first atom: 1511
Blocpdb> 25 atoms in block 66
Block first atom: 1538
Blocpdb> 22 atoms in block 67
Block first atom: 1563
Blocpdb> 27 atoms in block 68
Block first atom: 1585
Blocpdb> 21 atoms in block 69
Block first atom: 1612
Blocpdb> 27 atoms in block 70
Block first atom: 1633
Blocpdb> 22 atoms in block 71
Block first atom: 1660
Blocpdb> 25 atoms in block 72
Block first atom: 1682
Blocpdb> 22 atoms in block 73
Block first atom: 1707
Blocpdb> 18 atoms in block 74
Block first atom: 1729
Blocpdb> 8 atoms in block 75
Block first atom: 1747
Blocpdb> 24 atoms in block 76
Block first atom: 1755
Blocpdb> 30 atoms in block 77
Block first atom: 1779
Blocpdb> 24 atoms in block 78
Block first atom: 1809
Blocpdb> 22 atoms in block 79
Block first atom: 1833
Blocpdb> 18 atoms in block 80
Block first atom: 1855
Blocpdb> 25 atoms in block 81
Block first atom: 1873
Blocpdb> 22 atoms in block 82
Block first atom: 1898
Blocpdb> 22 atoms in block 83
Block first atom: 1920
Blocpdb> 23 atoms in block 84
Block first atom: 1942
Blocpdb> 25 atoms in block 85
Block first atom: 1965
Blocpdb> 23 atoms in block 86
Block first atom: 1990
Blocpdb> 28 atoms in block 87
Block first atom: 2013
Blocpdb> 22 atoms in block 88
Block first atom: 2041
Blocpdb> 23 atoms in block 89
Block first atom: 2063
Blocpdb> 31 atoms in block 90
Block first atom: 2086
Blocpdb> 20 atoms in block 91
Block first atom: 2117
Blocpdb> 25 atoms in block 92
Block first atom: 2137
Blocpdb> 8 atoms in block 93
Block first atom: 2162
Blocpdb> 25 atoms in block 94
Block first atom: 2170
Blocpdb> 27 atoms in block 95
Block first atom: 2195
Blocpdb> 24 atoms in block 96
Block first atom: 2222
Blocpdb> 26 atoms in block 97
Block first atom: 2246
Blocpdb> 21 atoms in block 98
Block first atom: 2272
Blocpdb> 26 atoms in block 99
Block first atom: 2293
Blocpdb> 25 atoms in block 100
Block first atom: 2319
Blocpdb> 22 atoms in block 101
Block first atom: 2344
Blocpdb> 26 atoms in block 102
Block first atom: 2366
Blocpdb> 22 atoms in block 103
Block first atom: 2392
Blocpdb> 21 atoms in block 104
Block first atom: 2414
Blocpdb> 28 atoms in block 105
Block first atom: 2435
Blocpdb> 24 atoms in block 106
Block first atom: 2463
Blocpdb> 18 atoms in block 107
Block first atom: 2487
Blocpdb> 32 atoms in block 108
Block first atom: 2505
Blocpdb> 27 atoms in block 109
Block first atom: 2537
Blocpdb> 20 atoms in block 110
Block first atom: 2564
Blocpdb> 27 atoms in block 111
Block first atom: 2584
Blocpdb> 26 atoms in block 112
Block first atom: 2611
Blocpdb> 24 atoms in block 113
Block first atom: 2637
Blocpdb> 23 atoms in block 114
Block first atom: 2661
Blocpdb> 24 atoms in block 115
Block first atom: 2684
Blocpdb> 25 atoms in block 116
Block first atom: 2708
Blocpdb> 26 atoms in block 117
Block first atom: 2733
Blocpdb> 18 atoms in block 118
Block first atom: 2759
Blocpdb> 25 atoms in block 119
Block first atom: 2777
Blocpdb> 23 atoms in block 120
Block first atom: 2802
Blocpdb> 21 atoms in block 121
Block first atom: 2825
Blocpdb> 23 atoms in block 122
Block first atom: 2846
Blocpdb> 23 atoms in block 123
Block first atom: 2869
Blocpdb> 24 atoms in block 124
Block first atom: 2892
Blocpdb> 26 atoms in block 125
Block first atom: 2916
Blocpdb> 21 atoms in block 126
Block first atom: 2942
Blocpdb> 19 atoms in block 127
Block first atom: 2963
Blocpdb> 27 atoms in block 128
Block first atom: 2982
Blocpdb> 25 atoms in block 129
Block first atom: 3009
Blocpdb> 18 atoms in block 130
Block first atom: 3034
Blocpdb> 21 atoms in block 131
Block first atom: 3052
Blocpdb> 23 atoms in block 132
Block first atom: 3073
Blocpdb> 27 atoms in block 133
Block first atom: 3096
Blocpdb> 17 atoms in block 134
Block first atom: 3123
Blocpdb> 22 atoms in block 135
Block first atom: 3140
Blocpdb> 16 atoms in block 136
Block first atom: 3162
Blocpdb> 27 atoms in block 137
Block first atom: 3178
Blocpdb> 26 atoms in block 138
Block first atom: 3205
Blocpdb> 23 atoms in block 139
Block first atom: 3231
Blocpdb> 22 atoms in block 140
Block first atom: 3254
Blocpdb> 24 atoms in block 141
Block first atom: 3276
Blocpdb> 23 atoms in block 142
Block first atom: 3300
Blocpdb> 28 atoms in block 143
Block first atom: 3323
Blocpdb> 23 atoms in block 144
Block first atom: 3351
Blocpdb> 25 atoms in block 145
Block first atom: 3374
Blocpdb> 23 atoms in block 146
Block first atom: 3399
Blocpdb> 23 atoms in block 147
Block first atom: 3422
Blocpdb> 22 atoms in block 148
Block first atom: 3445
Blocpdb> 23 atoms in block 149
Block first atom: 3467
Blocpdb> 25 atoms in block 150
Block first atom: 3490
Blocpdb> 19 atoms in block 151
Block first atom: 3515
Blocpdb> 20 atoms in block 152
Block first atom: 3534
Blocpdb> 21 atoms in block 153
Block first atom: 3554
Blocpdb> 28 atoms in block 154
Block first atom: 3575
Blocpdb> 22 atoms in block 155
Block first atom: 3603
Blocpdb> 23 atoms in block 156
Block first atom: 3625
Blocpdb> 24 atoms in block 157
Block first atom: 3648
Blocpdb> 29 atoms in block 158
Block first atom: 3672
Blocpdb> 27 atoms in block 159
Block first atom: 3701
Blocpdb> 25 atoms in block 160
Block first atom: 3728
Blocpdb> 22 atoms in block 161
Block first atom: 3753
Blocpdb> 27 atoms in block 162
Block first atom: 3775
Blocpdb> 21 atoms in block 163
Block first atom: 3802
Blocpdb> 27 atoms in block 164
Block first atom: 3823
Blocpdb> 22 atoms in block 165
Block first atom: 3850
Blocpdb> 25 atoms in block 166
Block first atom: 3872
Blocpdb> 22 atoms in block 167
Block first atom: 3897
Blocpdb> 18 atoms in block 168
Block first atom: 3919
Blocpdb> 24 atoms in block 169
Block first atom: 3937
Blocpdb> 26 atoms in block 170
Block first atom: 3961
Blocpdb> 26 atoms in block 171
Block first atom: 3987
Blocpdb> 22 atoms in block 172
Block first atom: 4013
Blocpdb> 24 atoms in block 173
Block first atom: 4035
Blocpdb> 20 atoms in block 174
Block first atom: 4059
Blocpdb> 24 atoms in block 175
Block first atom: 4079
Blocpdb> 20 atoms in block 176
Block first atom: 4103
Blocpdb> 22 atoms in block 177
Block first atom: 4123
Blocpdb> 26 atoms in block 178
Block first atom: 4145
Blocpdb> 23 atoms in block 179
Block first atom: 4171
Blocpdb> 28 atoms in block 180
Block first atom: 4194
Blocpdb> 23 atoms in block 181
Block first atom: 4222
Blocpdb> 24 atoms in block 182
Block first atom: 4245
Blocpdb> 26 atoms in block 183
Block first atom: 4269
Blocpdb> 29 atoms in block 184
Block first atom: 4295
Blocpdb> 20 atoms in block 185
Block first atom: 4324
Blocpdb> 24 atoms in block 186
Block first atom: 4343
Blocpdb> 186 blocks.
Blocpdb> At most, 32 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 8 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1605304 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 13101
Prepmat> Matrix trace = 3509280.0000
Prepmat> Last element read: 13101 13101 92.9814
Prepmat> 17392 lines saved.
Prepmat> 15579 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 4367
RTB> Total mass = 4367.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 4367
RTB> Number of blocks = 186
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 230348.3033
RTB> 62442 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1116
Diagstd> Nb of non-zero elements: 62442
Diagstd> Projected matrix trace = 230348.3033
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1116 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 230348.3033
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.3932929 0.6025349 0.9111915 1.4205363
1.7089656 2.5491715 2.8773159 3.8598068 4.0860914
5.4339020 5.6514736 5.9293388 6.2742148 7.3521850
7.8569944 8.5793038 9.2635365 10.0286852 10.8710196
11.7449965 12.3700632 12.9444782 13.3211094 14.0756002
15.3615649 15.6330741 16.2473452 17.0793891 17.2322742
17.8041756 18.1981884 19.2051590 20.1676160 20.3410093
20.6120572 21.1546995 21.6352531 21.7866629 22.3562910
22.7670132 22.8542135 23.0739147 24.3421965 25.6511223
25.8768711 26.3302756 27.0715714 27.3805814 27.5705879
28.1477812 28.8396847 29.8286188 30.2508159 30.8404763
30.9952951 31.2823610 31.4406903 32.3161654 32.6720967
32.9471173 33.7317485 34.3470918 34.8208816 35.0841339
35.7542984 36.0926433 36.1768472 36.6317438 36.8540053
37.1268301 37.7734864 38.5698770 38.6594736 38.9749928
39.4811395 39.9717281 40.0564984 40.2371422 40.7391731
41.2773546 41.5243061 42.2558320 42.4192800 42.6564915
42.9100615 43.3221376 43.6141342 44.6802627 45.0280002
45.5130680 45.8305411 46.4674579 46.9019726 47.0584928
47.7547951 48.1540066 48.7680055 48.8729856 49.3346100
49.5862518
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034304 0.0034328 0.0034330 0.0034337 0.0034340
0.0034352 68.1009786 84.2920028 103.6573531 129.4259739
141.9586771 173.3783271 184.1997573 213.3428347 219.5074783
253.1344085 258.1523788 264.4225044 272.0037999 294.4445320
304.3851791 318.0689703 330.5093032 343.8882047 358.0390697
372.1531727 381.9277721 390.6947309 396.3377852 407.4072393
425.6111628 429.3559385 437.7100159 448.7778843 450.7820128
458.2011916 463.2435266 475.8874307 487.6660942 489.7579898
493.0102510 499.4576977 505.0987225 506.8630556 513.4464520
518.1414193 519.1327414 521.6220264 535.7660157 549.9819876
552.3968091 557.2152362 565.0046387 568.2201271 570.1882899
576.1258523 583.1637697 593.0780522 597.2605458 603.0534668
604.5652320 607.3584000 608.8934699 617.3126708 620.7029127
623.3098522 630.6882022 636.4147922 640.7891678 643.2068490
649.3209424 652.3859883 653.1465514 657.2401361 659.2310081
661.6666048 667.4040164 674.4028664 675.1857200 677.9353845
682.3231711 686.5493218 687.2769382 688.8249103 693.1087556
697.6718629 699.7557440 705.8925670 707.2564660 709.2312222
711.3360989 714.7435075 717.1481922 725.8604596 728.6795980
732.5939641 735.1446024 740.2352071 743.6881038 744.9279796
750.4189165 753.5489934 758.3379279 759.1537040 762.7305296
764.6732906
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 4367
Rtb_to_modes> Number of blocs = 186
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.73
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.97
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.97
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.66
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.59
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1116 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000
0.99999 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000
0.99998 1.00001 0.99999 0.99996 1.00000
1.00000 0.99999 1.00000 0.99998 1.00001
1.00001 0.99997 1.00000 1.00002 1.00000
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1.00001 1.00000 1.00001 0.99998 0.99999
0.99999 1.00002 1.00002 1.00000 1.00001
1.00001 0.99997 1.00002 1.00001 1.00002
0.99999 1.00000 1.00001 0.99997 0.99999
1.00001 0.99999 1.00002 0.99998 0.99999
0.99998 0.99998 0.99999 1.00001 1.00001
1.00000 1.00000 1.00001 1.00001 1.00001
1.00002 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000
1.00000 1.00002 1.00000 1.00000 0.99999
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1.00000 0.99997 0.99998 1.00000 1.00003
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 78606 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 1.00002 1.00001 1.00000 1.00000
0.99999 0.99999 0.99999 1.00002 1.00002
1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000
0.99999 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000
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1.00000 0.99999 1.00000 0.99998 1.00001
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0.99999 1.00000 1.00003 1.00002 0.99999
1.00001 1.00000 1.00001 0.99998 0.99999
0.99999 1.00002 1.00002 1.00000 1.00001
1.00001 0.99997 1.00002 1.00001 1.00002
0.99999 1.00000 1.00001 0.99997 0.99999
1.00001 0.99999 1.00002 0.99998 0.99999
0.99998 0.99998 0.99999 1.00001 1.00001
1.00000 1.00000 1.00001 1.00001 1.00001
1.00002 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000
1.00000 1.00002 1.00000 1.00000 0.99999
1.00004 1.00000 1.00000 1.00001 1.00002
1.00000 1.00003 0.99999 1.00001 1.00001
1.00001 0.99999 0.99999 0.99999 1.00000
1.00000 0.99997 0.99998 1.00000 1.00003
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4: 0.000 0.000 0.000
Vector 5: 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 6: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 7: 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 8: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 9: 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 10:-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 221218005903105706.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
221218005903105706.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 221218005903105706.atom
Openam> file on opening on unit 11:
221218005903105706.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 554
First residue number = 1
Last residue number = 279
Number of atoms found = 4367
Mean number per residue = 7.9
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9793E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9930E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9946E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9986E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6025
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9112
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.421
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.709
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.549
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.877
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.860
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.274
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.352
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.59
Bfactors> 106 vectors, 13101 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.393300
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.266 for 554 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.040 +/- 0.03
Bfactors> = 35.955 +/- 8.42
Bfactors> Shiftng-fct= 35.915
Bfactors> Scaling-fct= 269.470
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 221218005903105706.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
221218005903105706.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4303E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4326E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4329E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4350E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 68.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 84.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 103.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 129.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 142.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 173.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 184.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 213.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 219.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 253.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 258.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 264.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 272.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 294.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 304.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 318.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 330.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 343.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 358.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 372.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 381.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 390.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 396.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 407.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 425.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 429.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 437.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 448.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 450.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 458.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 463.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 475.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 487.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 489.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 493.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 499.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 505.1
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 506.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 513.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 518.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 519.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 521.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 535.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 549.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 552.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 557.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 565.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 568.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 570.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 576.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 583.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 593.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 597.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 603.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 604.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 607.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 608.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 617.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 620.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 623.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 630.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 636.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 640.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 643.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 649.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 652.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 653.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 657.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 659.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 661.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 667.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 674.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 675.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 677.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 682.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 686.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 687.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 688.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 693.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 697.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 699.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 705.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 707.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 709.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 711.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 714.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 717.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 725.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 728.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 732.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 735.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 740.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 743.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 744.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 750.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 753.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 758.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 759.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 762.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 764.7
Chkmod> 106 vectors, 13101 coordinates in file.
Chkmod> That is: 4367 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7685
0.0034 0.7037
0.0034 0.8933
0.0034 0.9629
0.0034 0.9598
0.0034 0.7406
68.0987 0.5952
84.2859 0.6510
103.6534 0.6221
129.4415 0.7220
141.9540 0.6942
173.3651 0.7946
184.1817 0.6387
213.3390 0.5915
219.4956 0.6167
253.1258 0.6206
258.1305 0.4721
264.4036 0.3958
271.9875 0.4556
294.4282 0.5137
304.3722 0.4679
318.0497 0.3143
330.5034 0.3807
343.8960 0.2431
358.0069 0.4032
372.0580 0.3676
381.9104 0.3940
390.6104 0.2049
396.3043 0.2039
407.4534 0.3894
425.5712 0.4210
429.2953 0.3358
437.7270 0.4428
448.7666 0.4951
450.7329 0.3110
458.1278 0.3002
463.2467 0.2880
475.9270 0.2061
487.6740 0.3558
489.7248 0.4386
492.9645 0.2096
499.3808 0.4516
505.1324 0.3997
506.8801 0.2206
513.4670 0.4522
518.1532 0.4046
519.0626 0.3643
521.5554 0.4140
535.7188 0.2950
549.9463 0.4453
552.4065 0.4743
557.1884 0.3554
564.9640 0.4260
568.1897 0.2801
570.1577 0.4159
576.1238 0.3994
583.1419 0.2774
593.0663 0.4114
597.2269 0.3963
603.0229 0.4692
604.5852 0.2949
607.3094 0.3172
608.8606 0.2656
617.3228 0.2542
620.6564 0.2907
623.3104 0.4363
630.6448 0.3096
636.4144 0.3342
640.7535 0.2866
643.1413 0.4678
649.2540 0.5258
652.3341 0.3563
653.1470 0.4102
657.1963 0.4341
659.1669 0.2817
661.6664 0.4583
667.3446 0.3873
674.3750 0.4595
675.1613 0.4314
677.8629 0.4758
682.2840 0.4414
686.5050 0.3294
687.2775 0.4899
688.8198 0.4723
693.0860 0.4766
697.6643 0.4553
699.6894 0.4522
705.8971 0.4395
707.2321 0.4388
709.2299 0.2962
711.3051 0.4223
714.6952 0.2148
717.0834 0.5107
725.8272 0.2215
728.6645 0.3798
732.5378 0.4690
735.1087 0.4008
740.2237 0.3559
743.6405 0.3286
744.9079 0.5092
750.3490 0.4210
753.4853 0.3782
758.3209 0.4087
759.0979 0.4579
762.6622 0.3978
764.6694 0.5222
project conformational change on normal modes
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 221218005903105706.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
221218005903105706.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 221218005903105706.atom
Openam> file on opening on unit 11:
221218005903105706.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 221218005903105706.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
221218005903105706.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4303E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4326E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4329E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4350E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 68.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 84.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 103.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 129.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 142.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 173.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 184.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 213.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 219.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 253.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 258.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 264.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 272.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 294.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 304.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 318.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 330.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 343.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 358.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 372.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 381.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 390.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 396.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 407.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 425.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 429.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 437.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 448.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 450.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 458.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 463.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 475.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 487.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 489.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 493.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 499.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 505.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 506.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 513.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 518.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 519.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 521.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 535.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 549.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 552.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 557.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 565.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 568.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 570.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 576.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 583.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 593.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 597.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 603.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 604.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 607.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 608.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 617.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 620.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 623.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 630.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 636.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 640.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 643.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 649.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 652.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 653.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 657.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 659.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 661.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 667.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 674.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 675.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 677.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 682.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 686.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 687.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 688.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 693.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 697.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 699.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 705.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 707.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 709.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 711.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 714.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 717.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 725.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 728.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 732.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 735.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 740.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 743.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 744.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 750.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 753.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 758.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 759.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 762.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 764.7
Projmod> 106 vectors, 13101 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 554
First residue number = 1
Last residue number = 279
Number of atoms found = 4367
Mean number per residue = 7.9
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 558
First residue number = 1
Last residue number = 279
Number of atoms found = 4396
Mean number per residue = 7.9
%Projmod-Wn> Different number of atoms for the other conformer.
%Projmod-Wn> Different number of residues for the other conformer.
%Projmod-Er> Atom 8 of first conformer: MET 1 SE not found in second one.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 221218005903105706 7 -200 200 25 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-200
221218005903105706.eigenfacs
221218005903105706.atom
calculating perturbed structure for DQ=-175
221218005903105706.eigenfacs
221218005903105706.atom
calculating perturbed structure for DQ=-150
221218005903105706.eigenfacs
221218005903105706.atom
calculating perturbed structure for DQ=-125
221218005903105706.eigenfacs
221218005903105706.atom
calculating perturbed structure for DQ=-100
221218005903105706.eigenfacs
221218005903105706.atom
calculating perturbed structure for DQ=-75
221218005903105706.eigenfacs
221218005903105706.atom
calculating perturbed structure for DQ=-50
221218005903105706.eigenfacs
221218005903105706.atom
calculating perturbed structure for DQ=-25
221218005903105706.eigenfacs
221218005903105706.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
221218005903105706.eigenfacs
221218005903105706.atom
calculating perturbed structure for DQ=25
221218005903105706.eigenfacs
221218005903105706.atom
calculating perturbed structure for DQ=50
221218005903105706.eigenfacs
221218005903105706.atom
calculating perturbed structure for DQ=75
221218005903105706.eigenfacs
221218005903105706.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
221218005903105706.eigenfacs
221218005903105706.atom
calculating perturbed structure for DQ=125
221218005903105706.eigenfacs
221218005903105706.atom
calculating perturbed structure for DQ=150
221218005903105706.eigenfacs
221218005903105706.atom
calculating perturbed structure for DQ=175
221218005903105706.eigenfacs
221218005903105706.atom
calculating perturbed structure for DQ=200
221218005903105706.eigenfacs
221218005903105706.atom
making animated gifs
17 models are in 221218005903105706.7.pdb, 2 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 4 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 10 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 16 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
17 models are in 221218005903105706.7.pdb, 2 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 4 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 10 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 16 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
17 models are in 221218005903105706.7.pdb, 2 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 4 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 10 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 16 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-200 279 19.047 110 1.076
MODEL 2 MODE=7 DQ=-175 279 19.119 112 1.080
MODEL 3 MODE=7 DQ=-150 279 19.192 111 1.001
MODEL 4 MODE=7 DQ=-125 279 19.264 114 1.037
MODEL 5 MODE=7 DQ=-100 279 19.337 117 1.081
MODEL 6 MODE=7 DQ=-75 279 19.410 120 1.121
MODEL 7 MODE=7 DQ=-50 279 19.482
MODEL 8 MODE=7 DQ=-25 279 19.554
MODEL 9 MODE=7 DQ=0 279 19.624
MODEL 10 MODE=7 DQ=25 279 19.693
MODEL 11 MODE=7 DQ=50 279 19.761
MODEL 12 MODE=7 DQ=75 279 19.828
MODEL 13 MODE=7 DQ=100 279 19.892
MODEL 14 MODE=7 DQ=125 279 19.955
MODEL 15 MODE=7 DQ=150 279 20.017
MODEL 16 MODE=7 DQ=175 279 20.076
MODEL 17 MODE=7 DQ=200 279 20.134
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 221218005903105706 8 -200 200 25 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
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calculating perturbed structure for DQ=-175
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calculating perturbed structure for DQ=-150
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 4 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 10 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 16 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 4 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 10 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 16 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 4 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 10 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 16 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-200 279 19.054
MODEL 2 MODE=8 DQ=-175 279 19.108
MODEL 3 MODE=8 DQ=-150 279 19.167
MODEL 4 MODE=8 DQ=-125 279 19.231
MODEL 5 MODE=8 DQ=-100 279 19.300
MODEL 6 MODE=8 DQ=-75 279 19.374
MODEL 7 MODE=8 DQ=-50 279 19.453
MODEL 8 MODE=8 DQ=-25 279 19.536
MODEL 9 MODE=8 DQ=0 279 19.624
MODEL 10 MODE=8 DQ=25 279 19.716
MODEL 11 MODE=8 DQ=50 279 19.813
MODEL 12 MODE=8 DQ=75 279 19.914
MODEL 13 MODE=8 DQ=100 279 20.019
MODEL 14 MODE=8 DQ=125 279 20.128
MODEL 15 MODE=8 DQ=150 279 20.241
MODEL 16 MODE=8 DQ=175 279 20.358
MODEL 17 MODE=8 DQ=200 279 20.478
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 221218005903105706 9 -200 200 25 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 4 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 10 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 16 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
17 models are in 221218005903105706.9.pdb, 2 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 4 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 10 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 16 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
17 models are in 221218005903105706.9.pdb, 2 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 4 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 10 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 16 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-200 279 19.013
MODEL 2 MODE=9 DQ=-175 279 19.077
MODEL 3 MODE=9 DQ=-150 279 19.145
MODEL 4 MODE=9 DQ=-125 279 19.216
MODEL 5 MODE=9 DQ=-100 279 19.291
MODEL 6 MODE=9 DQ=-75 279 19.369
MODEL 7 MODE=9 DQ=-50 279 19.451
MODEL 8 MODE=9 DQ=-25 279 19.536
MODEL 9 MODE=9 DQ=0 279 19.624
MODEL 10 MODE=9 DQ=25 279 19.715
MODEL 11 MODE=9 DQ=50 279 19.810
MODEL 12 MODE=9 DQ=75 279 19.907
MODEL 13 MODE=9 DQ=100 279 20.008
MODEL 14 MODE=9 DQ=125 279 20.111
MODEL 15 MODE=9 DQ=150 279 20.218
MODEL 16 MODE=9 DQ=175 279 20.327 111 0.945
MODEL 17 MODE=9 DQ=200 279 20.439 112 1.034
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 221218005903105706 10 -200 200 25 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 4 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 10 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 16 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
17 models are in 221218005903105706.10.pdb, 2 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 4 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 10 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 16 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
17 models are in 221218005903105706.10.pdb, 2 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 4 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 10 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 16 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-200 279 19.869
MODEL 2 MODE=10 DQ=-175 279 19.840
MODEL 3 MODE=10 DQ=-150 279 19.809
MODEL 4 MODE=10 DQ=-125 279 19.779
MODEL 5 MODE=10 DQ=-100 279 19.747
MODEL 6 MODE=10 DQ=-75 279 19.716
MODEL 7 MODE=10 DQ=-50 279 19.685
MODEL 8 MODE=10 DQ=-25 279 19.654
MODEL 9 MODE=10 DQ=0 279 19.624
MODEL 10 MODE=10 DQ=25 279 19.595
MODEL 11 MODE=10 DQ=50 279 19.567
MODEL 12 MODE=10 DQ=75 279 19.541 116 1.199
MODEL 13 MODE=10 DQ=100 279 19.516 113 1.206
MODEL 14 MODE=10 DQ=125 279 19.494 110 1.190
MODEL 15 MODE=10 DQ=150 279 19.473 109 1.271
MODEL 16 MODE=10 DQ=175 279 19.456 106 1.293
MODEL 17 MODE=10 DQ=200 279 19.441 105 1.363
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 221218005903105706 11 -200 200 25 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
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calculating perturbed structure for DQ=-175
221218005903105706.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-150
221218005903105706.eigenfacs
221218005903105706.atom
calculating perturbed structure for DQ=-125
221218005903105706.eigenfacs
221218005903105706.atom
calculating perturbed structure for DQ=-100
221218005903105706.eigenfacs
221218005903105706.atom
calculating perturbed structure for DQ=-75
221218005903105706.eigenfacs
221218005903105706.atom
calculating perturbed structure for DQ=-50
221218005903105706.eigenfacs
221218005903105706.atom
calculating perturbed structure for DQ=-25
221218005903105706.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=0
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calculating perturbed structure for DQ=25
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calculating perturbed structure for DQ=50
221218005903105706.eigenfacs
221218005903105706.atom
calculating perturbed structure for DQ=75
221218005903105706.eigenfacs
221218005903105706.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
221218005903105706.eigenfacs
221218005903105706.atom
calculating perturbed structure for DQ=125
221218005903105706.eigenfacs
221218005903105706.atom
calculating perturbed structure for DQ=150
221218005903105706.eigenfacs
221218005903105706.atom
calculating perturbed structure for DQ=175
221218005903105706.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=200
221218005903105706.eigenfacs
221218005903105706.atom
making animated gifs
17 models are in 221218005903105706.11.pdb, 2 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 4 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 10 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 16 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
17 models are in 221218005903105706.11.pdb, 2 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 4 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 10 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 16 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
17 models are in 221218005903105706.11.pdb, 2 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 4 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 10 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 16 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-200 279 20.069
MODEL 2 MODE=11 DQ=-175 279 20.002
MODEL 3 MODE=11 DQ=-150 279 19.938
MODEL 4 MODE=11 DQ=-125 279 19.877
MODEL 5 MODE=11 DQ=-100 279 19.820
MODEL 6 MODE=11 DQ=-75 279 19.766
MODEL 7 MODE=11 DQ=-50 279 19.715
MODEL 8 MODE=11 DQ=-25 279 19.668
MODEL 9 MODE=11 DQ=0 279 19.624
MODEL 10 MODE=11 DQ=25 279 19.584
MODEL 11 MODE=11 DQ=50 279 19.547
MODEL 12 MODE=11 DQ=75 279 19.513 122 1.174
MODEL 13 MODE=11 DQ=100 279 19.483 121 1.198
MODEL 14 MODE=11 DQ=125 279 19.457 115 1.101
MODEL 15 MODE=11 DQ=150 279 19.434 115 1.160
MODEL 16 MODE=11 DQ=175 279 19.415 115 1.224
MODEL 17 MODE=11 DQ=200 279 19.399
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