*** LDH ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 22120905455427029.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 22120905455427029.atom to be opened.
Openam> File opened: 22120905455427029.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 418
First residue number = 1
Last residue number = 418
Number of atoms found = 3345
Mean number per residue = 8.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -0.757365 +/- 13.621356 From: -35.611000 To: 32.216000
= 1.281441 +/- 10.597843 From: -26.518000 To: 28.553000
= 0.738037 +/- 11.776676 From: -28.717000 To: 30.203000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.5482 % Filled.
Pdbmat> 1283166 non-zero elements.
Pdbmat> 140364 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 83.92 +/- 24.04
Maximum number = 138
Minimum number = 10
Pdbmat> Matrix trace = 2.807280E+06
Pdbmat> Larger element = 510.397
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
418 non-zero elements, NRBL set to 3
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 22120905455427029.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 3
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 22120905455427029.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
22120905455427029.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 3345 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 3 residue(s) per block.
Blocpdb> 418 residues.
Blocpdb> 25 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 24 atoms in block 2
Block first atom: 26
Blocpdb> 23 atoms in block 3
Block first atom: 50
Blocpdb> 20 atoms in block 4
Block first atom: 73
Blocpdb> 23 atoms in block 5
Block first atom: 93
Blocpdb> 16 atoms in block 6
Block first atom: 116
Blocpdb> 21 atoms in block 7
Block first atom: 132
Blocpdb> 23 atoms in block 8
Block first atom: 153
Blocpdb> 21 atoms in block 9
Block first atom: 176
Blocpdb> 24 atoms in block 10
Block first atom: 197
Blocpdb> 17 atoms in block 11
Block first atom: 221
Blocpdb> 24 atoms in block 12
Block first atom: 238
Blocpdb> 22 atoms in block 13
Block first atom: 262
Blocpdb> 26 atoms in block 14
Block first atom: 284
Blocpdb> 26 atoms in block 15
Block first atom: 310
Blocpdb> 30 atoms in block 16
Block first atom: 336
Blocpdb> 32 atoms in block 17
Block first atom: 366
Blocpdb> 24 atoms in block 18
Block first atom: 398
Blocpdb> 27 atoms in block 19
Block first atom: 422
Blocpdb> 23 atoms in block 20
Block first atom: 449
Blocpdb> 20 atoms in block 21
Block first atom: 472
Blocpdb> 37 atoms in block 22
Block first atom: 492
Blocpdb> 22 atoms in block 23
Block first atom: 529
Blocpdb> 21 atoms in block 24
Block first atom: 551
Blocpdb> 29 atoms in block 25
Block first atom: 572
Blocpdb> 23 atoms in block 26
Block first atom: 601
Blocpdb> 30 atoms in block 27
Block first atom: 624
Blocpdb> 26 atoms in block 28
Block first atom: 654
Blocpdb> 24 atoms in block 29
Block first atom: 680
Blocpdb> 25 atoms in block 30
Block first atom: 704
Blocpdb> 30 atoms in block 31
Block first atom: 729
Blocpdb> 21 atoms in block 32
Block first atom: 759
Blocpdb> 24 atoms in block 33
Block first atom: 780
Blocpdb> 28 atoms in block 34
Block first atom: 804
Blocpdb> 26 atoms in block 35
Block first atom: 832
Blocpdb> 20 atoms in block 36
Block first atom: 858
Blocpdb> 21 atoms in block 37
Block first atom: 878
Blocpdb> 25 atoms in block 38
Block first atom: 899
Blocpdb> 21 atoms in block 39
Block first atom: 924
Blocpdb> 29 atoms in block 40
Block first atom: 945
Blocpdb> 18 atoms in block 41
Block first atom: 974
Blocpdb> 30 atoms in block 42
Block first atom: 992
Blocpdb> 26 atoms in block 43
Block first atom: 1022
Blocpdb> 25 atoms in block 44
Block first atom: 1048
Blocpdb> 28 atoms in block 45
Block first atom: 1073
Blocpdb> 18 atoms in block 46
Block first atom: 1101
Blocpdb> 24 atoms in block 47
Block first atom: 1119
Blocpdb> 25 atoms in block 48
Block first atom: 1143
Blocpdb> 24 atoms in block 49
Block first atom: 1168
Blocpdb> 20 atoms in block 50
Block first atom: 1192
Blocpdb> 18 atoms in block 51
Block first atom: 1212
Blocpdb> 22 atoms in block 52
Block first atom: 1230
Blocpdb> 19 atoms in block 53
Block first atom: 1252
Blocpdb> 27 atoms in block 54
Block first atom: 1271
Blocpdb> 20 atoms in block 55
Block first atom: 1298
Blocpdb> 36 atoms in block 56
Block first atom: 1318
Blocpdb> 22 atoms in block 57
Block first atom: 1354
Blocpdb> 28 atoms in block 58
Block first atom: 1376
Blocpdb> 23 atoms in block 59
Block first atom: 1404
Blocpdb> 27 atoms in block 60
Block first atom: 1427
Blocpdb> 23 atoms in block 61
Block first atom: 1454
Blocpdb> 28 atoms in block 62
Block first atom: 1477
Blocpdb> 29 atoms in block 63
Block first atom: 1505
Blocpdb> 19 atoms in block 64
Block first atom: 1534
Blocpdb> 25 atoms in block 65
Block first atom: 1553
Blocpdb> 27 atoms in block 66
Block first atom: 1578
Blocpdb> 27 atoms in block 67
Block first atom: 1605
Blocpdb> 15 atoms in block 68
Block first atom: 1632
Blocpdb> 14 atoms in block 69
Block first atom: 1647
Blocpdb> 26 atoms in block 70
Block first atom: 1661
Blocpdb> 25 atoms in block 71
Block first atom: 1687
Blocpdb> 19 atoms in block 72
Block first atom: 1712
Blocpdb> 20 atoms in block 73
Block first atom: 1731
Blocpdb> 22 atoms in block 74
Block first atom: 1751
Blocpdb> 26 atoms in block 75
Block first atom: 1773
Blocpdb> 24 atoms in block 76
Block first atom: 1799
Blocpdb> 22 atoms in block 77
Block first atom: 1823
Blocpdb> 29 atoms in block 78
Block first atom: 1845
Blocpdb> 21 atoms in block 79
Block first atom: 1874
Blocpdb> 23 atoms in block 80
Block first atom: 1895
Blocpdb> 26 atoms in block 81
Block first atom: 1918
Blocpdb> 24 atoms in block 82
Block first atom: 1944
Blocpdb> 24 atoms in block 83
Block first atom: 1968
Blocpdb> 27 atoms in block 84
Block first atom: 1992
Blocpdb> 31 atoms in block 85
Block first atom: 2019
Blocpdb> 18 atoms in block 86
Block first atom: 2050
Blocpdb> 25 atoms in block 87
Block first atom: 2068
Blocpdb> 25 atoms in block 88
Block first atom: 2093
Blocpdb> 19 atoms in block 89
Block first atom: 2118
Blocpdb> 27 atoms in block 90
Block first atom: 2137
Blocpdb> 23 atoms in block 91
Block first atom: 2164
Blocpdb> 14 atoms in block 92
Block first atom: 2187
Blocpdb> 28 atoms in block 93
Block first atom: 2201
Blocpdb> 24 atoms in block 94
Block first atom: 2229
Blocpdb> 22 atoms in block 95
Block first atom: 2253
Blocpdb> 20 atoms in block 96
Block first atom: 2275
Blocpdb> 21 atoms in block 97
Block first atom: 2295
Blocpdb> 29 atoms in block 98
Block first atom: 2316
Blocpdb> 25 atoms in block 99
Block first atom: 2345
Blocpdb> 27 atoms in block 100
Block first atom: 2370
Blocpdb> 25 atoms in block 101
Block first atom: 2397
Blocpdb> 24 atoms in block 102
Block first atom: 2422
Blocpdb> 24 atoms in block 103
Block first atom: 2446
Blocpdb> 25 atoms in block 104
Block first atom: 2470
Blocpdb> 28 atoms in block 105
Block first atom: 2495
Blocpdb> 23 atoms in block 106
Block first atom: 2523
Blocpdb> 25 atoms in block 107
Block first atom: 2546
Blocpdb> 26 atoms in block 108
Block first atom: 2571
Blocpdb> 25 atoms in block 109
Block first atom: 2597
Blocpdb> 23 atoms in block 110
Block first atom: 2622
Blocpdb> 27 atoms in block 111
Block first atom: 2645
Blocpdb> 22 atoms in block 112
Block first atom: 2672
Blocpdb> 28 atoms in block 113
Block first atom: 2694
Blocpdb> 22 atoms in block 114
Block first atom: 2722
Blocpdb> 18 atoms in block 115
Block first atom: 2744
Blocpdb> 28 atoms in block 116
Block first atom: 2762
Blocpdb> 22 atoms in block 117
Block first atom: 2790
Blocpdb> 19 atoms in block 118
Block first atom: 2812
Blocpdb> 21 atoms in block 119
Block first atom: 2831
Blocpdb> 24 atoms in block 120
Block first atom: 2852
Blocpdb> 25 atoms in block 121
Block first atom: 2876
Blocpdb> 19 atoms in block 122
Block first atom: 2901
Blocpdb> 28 atoms in block 123
Block first atom: 2920
Blocpdb> 29 atoms in block 124
Block first atom: 2948
Blocpdb> 24 atoms in block 125
Block first atom: 2977
Blocpdb> 21 atoms in block 126
Block first atom: 3001
Blocpdb> 16 atoms in block 127
Block first atom: 3022
Blocpdb> 18 atoms in block 128
Block first atom: 3038
Blocpdb> 27 atoms in block 129
Block first atom: 3056
Blocpdb> 33 atoms in block 130
Block first atom: 3083
Blocpdb> 24 atoms in block 131
Block first atom: 3116
Blocpdb> 21 atoms in block 132
Block first atom: 3140
Blocpdb> 22 atoms in block 133
Block first atom: 3161
Blocpdb> 30 atoms in block 134
Block first atom: 3183
Blocpdb> 23 atoms in block 135
Block first atom: 3213
Blocpdb> 25 atoms in block 136
Block first atom: 3236
Blocpdb> 20 atoms in block 137
Block first atom: 3261
Blocpdb> 21 atoms in block 138
Block first atom: 3281
Blocpdb> 32 atoms in block 139
Block first atom: 3302
Blocpdb> 12 atoms in block 140
Block first atom: 3333
Blocpdb> 140 blocks.
Blocpdb> At most, 37 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 12 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1283306 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 10035
Prepmat> Matrix trace = 2807280.0000
Prepmat> Last element read: 10035 10035 226.5457
Prepmat> 9871 lines saved.
Prepmat> 8448 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 3345
RTB> Total mass = 3345.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 3345
RTB> Number of blocks = 140
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 185140.8862
RTB> 49092 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 840
Diagstd> Nb of non-zero elements: 49092
Diagstd> Projected matrix trace = 185140.8862
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 840 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 185140.8862
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.7677130 3.6250902 4.2010012 4.6978309
5.3435984 6.7345459 7.6267148 8.6179182 9.7093649
10.0560832 10.4685984 10.8184899 11.3641770 11.9528410
12.8125019 13.2265203 13.7061835 13.8994805 14.8296488
15.2267482 16.1599925 17.2374844 17.4636483 18.2080521
19.1671236 20.1733587 20.8853001 21.3361588 22.1782496
22.8980867 23.0115412 23.3150620 24.1412555 24.6693526
25.4785067 25.6020274 25.9062442 26.4187799 26.6588564
26.9518385 27.7030908 28.2031176 29.6190388 30.0594942
30.6758062 31.4336268 32.3222796 32.7897614 33.5359167
34.3556625 34.7597924 35.1891599 35.9540566 36.3364550
36.4974008 37.4938248 38.4898260 39.5413451 39.7300995
40.9162477 41.1219853 41.8092072 42.3840939 42.6240823
43.1470765 45.3194696 45.8959032 46.1788440 46.6058838
46.8695797 47.6834743 48.6872434 49.0116971 49.7262256
50.6633141 50.9476360 51.3136693 52.1564160 53.2800993
53.6890770 53.8350119 55.1390815 56.2295393 56.7512064
57.4700244 57.8455201 58.7731206 59.4652322 59.9714054
61.0774263 61.6851884 62.5747527 63.1074514 63.8424829
64.3144079 64.4422674 65.3023749 65.9423026 66.8894658
67.4614202
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034321 0.0034333 0.0034337 0.0034339 0.0034344
0.0034347 95.1469200 206.7543666 222.5725929 235.3661315
251.0222313 281.8054836 299.8914142 318.7839614 338.3690962
344.3576292 351.3496701 357.1729837 366.0701148 375.4316239
388.6979512 394.9281418 402.0254545 404.8503928 418.1775500
423.7394151 436.5317710 450.8501552 453.7982001 463.3690518
475.4159547 487.7355206 496.2672780 501.5952299 511.3978690
519.6307918 520.9165236 524.3406973 533.5501016 539.3543137
548.1283510 549.4554173 552.7102366 558.1509371 560.6812564
563.7537950 571.5567959 576.6918835 590.9908547 595.3688582
601.4413359 608.8250686 617.3710657 621.8196018 628.8547868
636.4941906 640.2268254 644.1688640 651.1322849 654.5857672
656.0338502 664.9288141 673.7026475 682.8432173 684.4710853
694.6134366 696.3575953 702.1521762 706.9630767 708.9617438
713.2979366 731.0341904 735.6686356 737.9327900 741.3369623
743.4312448 749.8583395 757.7097456 760.2302578 765.7518037
772.9334060 775.0992181 777.8785854 784.2402907 792.6433001
795.6796469 796.7603012 806.3526991 814.2870780 818.0556138
823.2201100 825.9050949 832.5007925 837.3882061 840.9446144
848.6637352 852.8756754 859.0033376 862.6519356 867.6611753
870.8621556 871.7273795 877.5255461 881.8147002 888.1251001
891.9140805
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 3345
Rtb_to_modes> Number of blocs = 140
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9893E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9960E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9983E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0005E-09
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.46
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 840 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 0.99998 1.00000 0.99998 0.99997
1.00000 0.99998 1.00001 0.99999 1.00000
0.99999 1.00001 0.99999 1.00000 0.99998
0.99999 1.00001 1.00000 0.99998 1.00001
0.99999 0.99999 0.99999 0.99999 1.00000
1.00000 0.99997 0.99999 1.00000 1.00001
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1.00001 1.00002 0.99999 0.99999 0.99998
0.99999 1.00002 0.99998 0.99998 1.00001
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1.00001 1.00003 1.00000 1.00002 0.99998
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0.99998 1.00001 1.00001 1.00000 1.00000
1.00002
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 60210 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 1.00000 1.00000 0.99998 0.99999
1.00000 0.99997 1.00001 0.99999 1.00004
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1.00000 0.99998 1.00001 0.99999 1.00000
0.99999 1.00001 0.99999 1.00000 0.99998
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1.00000 0.99997 0.99999 1.00000 1.00001
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1.00001 1.00002 0.99999 0.99999 0.99998
0.99999 1.00002 0.99998 0.99998 1.00001
1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00002
1.00001 1.00000 0.99998 1.00001 0.99999
1.00000 1.00001 0.99999 0.99999 1.00000
1.00002 1.00003 1.00000 1.00000 1.00000
0.99999 1.00001 1.00001 0.99999 1.00003
1.00001 1.00003 1.00000 1.00002 0.99998
1.00001 0.99998 1.00000 0.99999 1.00001
0.99998 1.00001 1.00001 1.00000 1.00000
1.00002
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000 0.000
Vector 5: 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 6:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 7: 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 8: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 9:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 10: 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 22120905455427029.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
22120905455427029.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 22120905455427029.atom
Openam> file on opening on unit 11:
22120905455427029.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 418
First residue number = 1
Last residue number = 418
Number of atoms found = 3345
Mean number per residue = 8.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9893E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9960E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9983E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7677
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.625
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.201
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.698
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.344
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.735
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.627
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.618
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.36
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.46
Bfactors> 106 vectors, 10035 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.767700
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.420 for 418 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.024 +/- 0.09
Bfactors> = 91.733 +/- 14.42
Bfactors> Shiftng-fct= 91.709
Bfactors> Scaling-fct= 159.921
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 22120905455427029.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
22120905455427029.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4320E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4331E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4343E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4347E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 95.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 206.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 222.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 235.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 251.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 281.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 299.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 318.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 338.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 344.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 351.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 357.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 375.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 388.6
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 395.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 402.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 520.9
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 524.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 533.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 539.3
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 548.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 549.4
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 552.7
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 560.7
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 591.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 595.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 601.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 608.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 617.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 621.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 628.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 636.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 640.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 644.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 651.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 654.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 656.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 664.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 673.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 682.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 684.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 694.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 696.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 702.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 706.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 708.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 713.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 731.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 735.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 737.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 741.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 743.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 749.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 757.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 760.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 765.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 772.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 775.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 777.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 784.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 792.6
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 796.8
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 814.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 818.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 852.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 858.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 862.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 867.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 870.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 871.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 877.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 881.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 888.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 891.9
Chkmod> 106 vectors, 10035 coordinates in file.
Chkmod> That is: 3345 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 10 is: 1.0002 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 12 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7587
0.0034 0.9815
0.0034 0.7306
0.0034 0.9472
0.0034 0.8560
0.0034 0.7378
95.1420 0.0087
206.7429 0.0457
222.5630 0.3200
235.3603 0.0284
251.0209 0.4425
281.8029 0.1854
299.8841 0.5075
318.7718 0.3054
338.3482 0.3381
344.4099 0.2078
351.3581 0.3022
357.1826 0.5951
365.9871 0.4589
375.3709 0.2968
388.6433 0.5281
394.9631 0.4459
402.0642 0.0485
404.8406 0.6133
418.1645 0.3946
423.7665 0.5582
436.5131 0.5146
450.8637 0.3763
453.7313 0.4031
463.3739 0.4658
475.4312 0.4069
487.6740 0.3850
496.3018 0.3651
501.6188 0.3753
511.3961 0.1566
519.6302 0.2225
520.8767 0.2603
524.3737 0.3299
533.5133 0.2762
539.3382 0.2254
548.1209 0.4808
549.4101 0.2408
552.7266 0.3046
558.1399 0.3087
560.6692 0.4071
563.7104 0.5783
571.5004 0.4428
576.6353 0.3427
590.9751 0.2908
595.3483 0.2796
601.4566 0.4899
608.7638 0.3016
617.3228 0.5235
621.7952 0.3798
628.8661 0.2275
636.5070 0.5231
640.2013 0.5484
644.1489 0.4586
651.0676 0.2893
654.5896 0.3320
656.0290 0.4723
664.8664 0.4665
673.6753 0.2493
682.8023 0.4116
684.4408 0.3580
694.6155 0.3328
696.3109 0.4248
702.1287 0.5351
706.8986 0.5646
708.8974 0.3871
713.2915 0.4406
731.0071 0.5374
735.6699 0.4226
737.9103 0.3389
741.3379 0.4586
743.4027 0.3083
749.7988 0.4897
757.6987 0.3887
760.1845 0.4608
765.7480 0.5352
772.8749 0.5606
775.0839 0.4162
777.8174 0.4671
784.2336 0.4742
792.6085 0.5467
795.6523 0.4527
796.7630 0.3806
806.3248 0.5200
814.2555 0.5160
818.0118 0.3996
823.1846 0.5366
825.9016 0.4973
832.4430 0.3847
837.3858 0.4154
840.8987 0.4155
848.6452 0.5486
852.8723 0.4426
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
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MODEL 9 will be plotted
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making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
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MODEL 5 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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making thumbnail 100x100
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getting mode 10
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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getting mode 11
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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