*** at ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 22062211422855121.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 22062211422855121.atom to be opened.
Openam> File opened: 22062211422855121.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 703
First residue number = 1
Last residue number = 703
Number of atoms found = 10924
Mean number per residue = 15.5
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 0.617747 +/- 29.173882 From: -57.457000 To: 76.754000
= -0.416728 +/- 12.798495 From: -47.374000 To: 36.684000
= 3.721585 +/- 23.932435 From: -44.162000 To: 57.486000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 1.4416 % Filled.
Pdbmat> 7741661 non-zero elements.
Pdbmat> 853038 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 156.18 +/- 53.01
Maximum number = 264
Minimum number = 18
Pdbmat> Matrix trace = 1.706076E+07
Pdbmat> Larger element = 911.404
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
703 non-zero elements, NRBL set to 4
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 22062211422855121.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 4
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 22062211422855121.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
22062211422855121.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 10924 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 4 residue(s) per block.
Blocpdb> 703 residues.
Blocpdb> 49 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 47 atoms in block 2
Block first atom: 50
Blocpdb> 59 atoms in block 3
Block first atom: 97
Blocpdb> 66 atoms in block 4
Block first atom: 156
Blocpdb> 56 atoms in block 5
Block first atom: 222
Blocpdb> 57 atoms in block 6
Block first atom: 278
Blocpdb> 68 atoms in block 7
Block first atom: 335
Blocpdb> 65 atoms in block 8
Block first atom: 403
Blocpdb> 77 atoms in block 9
Block first atom: 468
Blocpdb> 79 atoms in block 10
Block first atom: 545
Blocpdb> 51 atoms in block 11
Block first atom: 624
Blocpdb> 75 atoms in block 12
Block first atom: 675
Blocpdb> 70 atoms in block 13
Block first atom: 750
Blocpdb> 44 atoms in block 14
Block first atom: 820
Blocpdb> 50 atoms in block 15
Block first atom: 864
Blocpdb> 67 atoms in block 16
Block first atom: 914
Blocpdb> 65 atoms in block 17
Block first atom: 981
Blocpdb> 59 atoms in block 18
Block first atom: 1046
Blocpdb> 49 atoms in block 19
Block first atom: 1105
Blocpdb> 59 atoms in block 20
Block first atom: 1154
Blocpdb> 54 atoms in block 21
Block first atom: 1213
Blocpdb> 61 atoms in block 22
Block first atom: 1267
Blocpdb> 56 atoms in block 23
Block first atom: 1328
Blocpdb> 65 atoms in block 24
Block first atom: 1384
Blocpdb> 58 atoms in block 25
Block first atom: 1449
Blocpdb> 82 atoms in block 26
Block first atom: 1507
Blocpdb> 61 atoms in block 27
Block first atom: 1589
Blocpdb> 58 atoms in block 28
Block first atom: 1650
Blocpdb> 69 atoms in block 29
Block first atom: 1708
Blocpdb> 54 atoms in block 30
Block first atom: 1777
Blocpdb> 58 atoms in block 31
Block first atom: 1831
Blocpdb> 68 atoms in block 32
Block first atom: 1889
Blocpdb> 75 atoms in block 33
Block first atom: 1957
Blocpdb> 72 atoms in block 34
Block first atom: 2032
Blocpdb> 63 atoms in block 35
Block first atom: 2104
Blocpdb> 80 atoms in block 36
Block first atom: 2167
Blocpdb> 86 atoms in block 37
Block first atom: 2247
Blocpdb> 56 atoms in block 38
Block first atom: 2333
Blocpdb> 63 atoms in block 39
Block first atom: 2389
Blocpdb> 59 atoms in block 40
Block first atom: 2452
Blocpdb> 62 atoms in block 41
Block first atom: 2511
Blocpdb> 56 atoms in block 42
Block first atom: 2573
Blocpdb> 73 atoms in block 43
Block first atom: 2629
Blocpdb> 69 atoms in block 44
Block first atom: 2702
Blocpdb> 63 atoms in block 45
Block first atom: 2771
Blocpdb> 57 atoms in block 46
Block first atom: 2834
Blocpdb> 56 atoms in block 47
Block first atom: 2891
Blocpdb> 53 atoms in block 48
Block first atom: 2947
Blocpdb> 59 atoms in block 49
Block first atom: 3000
Blocpdb> 74 atoms in block 50
Block first atom: 3059
Blocpdb> 74 atoms in block 51
Block first atom: 3133
Blocpdb> 62 atoms in block 52
Block first atom: 3207
Blocpdb> 65 atoms in block 53
Block first atom: 3269
Blocpdb> 79 atoms in block 54
Block first atom: 3334
Blocpdb> 63 atoms in block 55
Block first atom: 3413
Blocpdb> 65 atoms in block 56
Block first atom: 3476
Blocpdb> 69 atoms in block 57
Block first atom: 3541
Blocpdb> 63 atoms in block 58
Block first atom: 3610
Blocpdb> 51 atoms in block 59
Block first atom: 3673
Blocpdb> 67 atoms in block 60
Block first atom: 3724
Blocpdb> 59 atoms in block 61
Block first atom: 3791
Blocpdb> 77 atoms in block 62
Block first atom: 3850
Blocpdb> 64 atoms in block 63
Block first atom: 3927
Blocpdb> 75 atoms in block 64
Block first atom: 3991
Blocpdb> 53 atoms in block 65
Block first atom: 4066
Blocpdb> 59 atoms in block 66
Block first atom: 4119
Blocpdb> 63 atoms in block 67
Block first atom: 4178
Blocpdb> 74 atoms in block 68
Block first atom: 4241
Blocpdb> 51 atoms in block 69
Block first atom: 4315
Blocpdb> 62 atoms in block 70
Block first atom: 4366
Blocpdb> 66 atoms in block 71
Block first atom: 4428
Blocpdb> 73 atoms in block 72
Block first atom: 4494
Blocpdb> 65 atoms in block 73
Block first atom: 4567
Blocpdb> 55 atoms in block 74
Block first atom: 4632
Blocpdb> 59 atoms in block 75
Block first atom: 4687
Blocpdb> 57 atoms in block 76
Block first atom: 4746
Blocpdb> 68 atoms in block 77
Block first atom: 4803
Blocpdb> 53 atoms in block 78
Block first atom: 4871
Blocpdb> 62 atoms in block 79
Block first atom: 4924
Blocpdb> 60 atoms in block 80
Block first atom: 4986
Blocpdb> 55 atoms in block 81
Block first atom: 5046
Blocpdb> 79 atoms in block 82
Block first atom: 5101
Blocpdb> 47 atoms in block 83
Block first atom: 5180
Blocpdb> 61 atoms in block 84
Block first atom: 5227
Blocpdb> 77 atoms in block 85
Block first atom: 5288
Blocpdb> 78 atoms in block 86
Block first atom: 5365
Blocpdb> 63 atoms in block 87
Block first atom: 5443
Blocpdb> 65 atoms in block 88
Block first atom: 5506
Blocpdb> 59 atoms in block 89
Block first atom: 5571
Blocpdb> 71 atoms in block 90
Block first atom: 5630
Blocpdb> 43 atoms in block 91
Block first atom: 5701
Blocpdb> 51 atoms in block 92
Block first atom: 5744
Blocpdb> 64 atoms in block 93
Block first atom: 5795
Blocpdb> 57 atoms in block 94
Block first atom: 5859
Blocpdb> 71 atoms in block 95
Block first atom: 5916
Blocpdb> 70 atoms in block 96
Block first atom: 5987
Blocpdb> 52 atoms in block 97
Block first atom: 6057
Blocpdb> 73 atoms in block 98
Block first atom: 6109
Blocpdb> 55 atoms in block 99
Block first atom: 6182
Blocpdb> 74 atoms in block 100
Block first atom: 6237
Blocpdb> 71 atoms in block 101
Block first atom: 6311
Blocpdb> 49 atoms in block 102
Block first atom: 6382
Blocpdb> 50 atoms in block 103
Block first atom: 6431
Blocpdb> 61 atoms in block 104
Block first atom: 6481
Blocpdb> 56 atoms in block 105
Block first atom: 6542
Blocpdb> 77 atoms in block 106
Block first atom: 6598
Blocpdb> 57 atoms in block 107
Block first atom: 6675
Blocpdb> 55 atoms in block 108
Block first atom: 6732
Blocpdb> 62 atoms in block 109
Block first atom: 6787
Blocpdb> 64 atoms in block 110
Block first atom: 6849
Blocpdb> 54 atoms in block 111
Block first atom: 6913
Blocpdb> 56 atoms in block 112
Block first atom: 6967
Blocpdb> 64 atoms in block 113
Block first atom: 7023
Blocpdb> 75 atoms in block 114
Block first atom: 7087
Blocpdb> 60 atoms in block 115
Block first atom: 7162
Blocpdb> 70 atoms in block 116
Block first atom: 7222
Blocpdb> 62 atoms in block 117
Block first atom: 7292
Blocpdb> 64 atoms in block 118
Block first atom: 7354
Blocpdb> 67 atoms in block 119
Block first atom: 7418
Blocpdb> 64 atoms in block 120
Block first atom: 7485
Blocpdb> 81 atoms in block 121
Block first atom: 7549
Blocpdb> 55 atoms in block 122
Block first atom: 7630
Blocpdb> 67 atoms in block 123
Block first atom: 7685
Blocpdb> 76 atoms in block 124
Block first atom: 7752
Blocpdb> 53 atoms in block 125
Block first atom: 7828
Blocpdb> 53 atoms in block 126
Block first atom: 7881
Blocpdb> 69 atoms in block 127
Block first atom: 7934
Blocpdb> 67 atoms in block 128
Block first atom: 8003
Blocpdb> 80 atoms in block 129
Block first atom: 8070
Blocpdb> 51 atoms in block 130
Block first atom: 8150
Blocpdb> 49 atoms in block 131
Block first atom: 8201
Blocpdb> 59 atoms in block 132
Block first atom: 8250
Blocpdb> 47 atoms in block 133
Block first atom: 8309
Blocpdb> 57 atoms in block 134
Block first atom: 8356
Blocpdb> 61 atoms in block 135
Block first atom: 8413
Blocpdb> 57 atoms in block 136
Block first atom: 8474
Blocpdb> 69 atoms in block 137
Block first atom: 8531
Blocpdb> 59 atoms in block 138
Block first atom: 8600
Blocpdb> 53 atoms in block 139
Block first atom: 8659
Blocpdb> 47 atoms in block 140
Block first atom: 8712
Blocpdb> 61 atoms in block 141
Block first atom: 8759
Blocpdb> 69 atoms in block 142
Block first atom: 8820
Blocpdb> 57 atoms in block 143
Block first atom: 8889
Blocpdb> 65 atoms in block 144
Block first atom: 8946
Blocpdb> 50 atoms in block 145
Block first atom: 9011
Blocpdb> 52 atoms in block 146
Block first atom: 9061
Blocpdb> 55 atoms in block 147
Block first atom: 9113
Blocpdb> 67 atoms in block 148
Block first atom: 9168
Blocpdb> 63 atoms in block 149
Block first atom: 9235
Blocpdb> 53 atoms in block 150
Block first atom: 9298
Blocpdb> 57 atoms in block 151
Block first atom: 9351
Blocpdb> 43 atoms in block 152
Block first atom: 9408
Blocpdb> 65 atoms in block 153
Block first atom: 9451
Blocpdb> 57 atoms in block 154
Block first atom: 9516
Blocpdb> 51 atoms in block 155
Block first atom: 9573
Blocpdb> 66 atoms in block 156
Block first atom: 9624
Blocpdb> 67 atoms in block 157
Block first atom: 9690
Blocpdb> 74 atoms in block 158
Block first atom: 9757
Blocpdb> 62 atoms in block 159
Block first atom: 9831
Blocpdb> 60 atoms in block 160
Block first atom: 9893
Blocpdb> 61 atoms in block 161
Block first atom: 9953
Blocpdb> 57 atoms in block 162
Block first atom: 10014
Blocpdb> 55 atoms in block 163
Block first atom: 10071
Blocpdb> 64 atoms in block 164
Block first atom: 10126
Blocpdb> 75 atoms in block 165
Block first atom: 10190
Blocpdb> 61 atoms in block 166
Block first atom: 10265
Blocpdb> 67 atoms in block 167
Block first atom: 10326
Blocpdb> 56 atoms in block 168
Block first atom: 10393
Blocpdb> 67 atoms in block 169
Block first atom: 10449
Blocpdb> 60 atoms in block 170
Block first atom: 10516
Blocpdb> 59 atoms in block 171
Block first atom: 10576
Blocpdb> 68 atoms in block 172
Block first atom: 10635
Blocpdb> 51 atoms in block 173
Block first atom: 10703
Blocpdb> 70 atoms in block 174
Block first atom: 10754
Blocpdb> 52 atoms in block 175
Block first atom: 10824
Blocpdb> 49 atoms in block 176
Block first atom: 10875
Blocpdb> 176 blocks.
Blocpdb> At most, 86 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 43 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 7741837 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 32772
Prepmat> Matrix trace = 17060760.0000
Prepmat> Last element read: 32772 32772 93.1410
Prepmat> 15577 lines saved.
Prepmat> 13823 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 10924
RTB> Total mass = 10924.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 10924
RTB> Number of blocks = 176
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 403499.7026
RTB> 60468 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1056
Diagstd> Nb of non-zero elements: 60468
Diagstd> Projected matrix trace = 403499.7026
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1056 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 403499.7026
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0824208 0.1048567 0.1851832 0.2292298
0.3303321 0.3579103 0.4313707 0.5913984 1.2851261
1.6607360 1.8254606 2.4288933 2.7198309 2.9548346
3.1464852 3.3394946 3.6617445 3.7378224 4.4423071
4.8464460 5.5201922 6.6586407 7.5422005 7.6883458
8.2878241 8.7536542 9.0031956 10.1383791 10.4721617
10.8962127 12.5045862 12.7385026 13.1068868 13.7229141
15.2118659 15.8445156 16.4602690 16.5716803 17.3926304
17.9280782 19.3784991 20.3933243 20.9401697 21.6173986
22.7307020 23.2316861 24.3537812 25.4169063 25.9134555
26.0108973 27.3800975 28.1117912 28.9484533 29.3610890
30.1064058 30.9285270 31.4160301 32.0722044 33.1387659
34.7701645 35.3040557 36.4373218 36.6700201 36.9518601
37.6119293 38.0553640 39.1385445 39.9849410 40.8896791
41.1613550 43.2360669 43.9325059 44.4347935 45.4391566
45.4888641 45.8903889 46.9368064 47.4820371 48.1324059
48.4939201 49.2984513 50.6832445 51.0293518 51.7959848
53.0757866 53.7786534 54.1832522 55.5578742 55.7984859
56.3345368 57.1195493 58.1479936 58.5058569 59.2121538
60.9297135 62.4768040 63.6358232 64.4281502 64.9336457
66.1160509
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034301 0.0034312 0.0034332 0.0034336 0.0034340
0.0034344 31.1755204 35.1636039 46.7300263 51.9913140
62.4123720 64.9654376 71.3215246 83.5093946 123.1028642
139.9411961 146.7173609 169.2386280 179.0878949 186.6645600
192.6229923 198.4429411 207.7970116 209.9445538 228.8756396
239.0600298 255.1363756 280.2128657 298.2251847 301.1006793
312.6191244 321.2846472 325.8319166 345.7638176 351.4094607
358.4536997 383.9988664 387.5738525 393.1380283 402.2707483
423.5322883 432.2497620 440.5688057 442.0572865 452.8745494
459.7927818 478.0302158 490.3873891 496.9187437 504.8902634
517.7280607 523.4023231 535.8934882 547.4653342 552.7871579
553.8254987 568.2151064 575.7574142 584.2624322 588.4117814
595.8332515 603.9137238 608.6546333 614.9781498 625.1200743
640.3223380 645.2196426 655.4936733 657.5834197 660.1056239
665.9752446 669.8895768 679.3563129 686.6627844 694.3878793
696.6908582 714.0331427 719.7609296 723.8638087 731.9988711
732.3991416 735.6244394 743.9642192 748.2727882 753.3799629
756.2039243 762.4509649 773.0854231 775.7205668 781.5258142
791.1220694 796.3431373 799.3331321 809.4091142 811.1599268
815.0469831 820.7061092 828.0616037 830.6057866 835.6043834
847.6368879 858.3307725 866.2557167 871.6318905 875.0445695
882.9756620
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 10924
Rtb_to_modes> Number of blocs = 176
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.93
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.12
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1056 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 1.00000 0.99995 1.00002 1.00001
1.00001 1.00000 1.00003 1.00000 1.00002
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1.00001 1.00001 0.99995 1.00001 1.00001
1.00000 1.00000 1.00000 1.00003 1.00000
0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999
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0.99999 1.00000 0.99998 1.00000 0.99997
1.00002 1.00002 0.99999 0.99998 1.00000
1.00000 1.00001 1.00002 1.00001 1.00001
1.00001 0.99999 1.00001 1.00000 1.00001
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1.00002 1.00000 1.00001 1.00003 1.00000
1.00001
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 196632 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999
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1.00001 1.00001 0.99995 1.00001 1.00001
1.00000 1.00000 1.00000 1.00003 1.00000
0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999
1.00000 1.00001 1.00000 0.99998 0.99997
0.99999 1.00000 0.99998 1.00000 0.99997
1.00002 1.00002 0.99999 0.99998 1.00000
1.00000 1.00001 1.00002 1.00001 1.00001
1.00001 0.99999 1.00001 1.00000 1.00001
1.00001 1.00002 1.00001 1.00000 1.00001
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1.00000 1.00005 0.99998 1.00000 1.00001
1.00002 1.00000 1.00001 1.00003 1.00000
1.00001
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4: 0.000-0.000 0.000
Vector 5: 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 6: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 7: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 8: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 10:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 22062211422855121.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
22062211422855121.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 22062211422855121.atom
Openam> file on opening on unit 11:
22062211422855121.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 703
First residue number = 1
Last residue number = 703
Number of atoms found = 10924
Mean number per residue = 15.5
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1049
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2292
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3303
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.288
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.754
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.89
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.12
Bfactors> 106 vectors, 32772 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.082421
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.461 for 703 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.070 +/- 0.31
Bfactors> = 88.138 +/- 14.93
Bfactors> Shiftng-fct= 88.068
Bfactors> Scaling-fct= 47.511
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 22062211422855121.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
22062211422855121.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4299E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4311E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4330E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4334E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 31.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 35.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 46.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 51.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 62.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 64.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 71.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 83.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 123.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 139.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 146.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 169.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 179.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 186.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 192.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 198.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 207.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 209.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 228.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 239.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 255.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 280.2
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 301.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 312.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 321.3
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 345.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 351.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 358.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 383.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 387.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 393.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 402.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 423.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 432.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 440.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 442.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 452.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 459.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 478.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 490.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 496.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 504.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 517.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 523.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 535.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 547.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 552.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 553.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 568.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 575.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 584.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 588.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 595.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 603.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 608.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 614.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 625.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 640.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 645.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 655.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 657.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 660.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 665.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 669.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 679.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 686.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 694.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 696.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 714.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 719.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 723.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 732.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 732.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 735.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 744.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 748.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 753.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 756.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 762.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 773.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 775.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 781.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 791.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 796.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 799.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 809.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 811.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 815.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 820.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 828.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 830.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 835.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 847.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 858.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 866.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 871.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 875.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 883.0
Chkmod> 106 vectors, 32772 coordinates in file.
Chkmod> That is: 10924 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 19 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 23 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 43 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 48 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.6552
0.0034 0.6501
0.0034 0.9598
0.0034 0.8585
0.0034 0.9205
0.0034 0.5961
31.1742 0.3960
35.1694 0.0246
46.7301 0.0323
51.9857 0.2528
62.4067 0.0996
64.9617 0.0528
71.3209 0.1162
83.5059 0.5295
123.0915 0.0293
139.9463 0.1938
146.6926 0.3799
169.2351 0.3290
179.0858 0.0197
186.6618 0.0862
192.5999 0.6433
198.4197 0.0444
207.7953 0.0602
209.9405 0.0216
228.8579 0.0581
239.0388 0.0533
255.1210 0.0179
280.2084 0.0578
298.2084 0.2321
301.0810 0.1945
312.6090 0.3826
321.2772 0.0512
325.8144 0.4626
345.7766 0.0851
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
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MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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MODEL 5 will be plotted
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
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MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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getting mode 11
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normal mode computation
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