*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 22051222144683654.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 22051222144683654.atom to be opened.
Openam> File opened: 22051222144683654.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 394
First residue number = 50
Last residue number = 464
Number of atoms found = 3156
Mean number per residue = 8.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -50.667637 +/- 12.142139 From: -75.895000 To: -21.047000
= 26.080000 +/- 14.477621 From: -2.837000 To: 62.235000
= -31.043439 +/- 12.532604 From: -56.972000 To: 0.049000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.6815 % Filled.
Pdbmat> 1202029 non-zero elements.
Pdbmat> 131477 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 83.32 +/- 22.86
Maximum number = 129
Minimum number = 15
Pdbmat> Matrix trace = 2.629540E+06
Pdbmat> Larger element = 510.279
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
394 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 22051222144683654.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 22051222144683654.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
22051222144683654.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 3156 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 394 residues.
Blocpdb> 22 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 12 atoms in block 2
Block first atom: 23
Blocpdb> 20 atoms in block 3
Block first atom: 35
Blocpdb> 9 atoms in block 4
Block first atom: 55
Blocpdb> 19 atoms in block 5
Block first atom: 64
Blocpdb> 15 atoms in block 6
Block first atom: 83
Blocpdb> 10 atoms in block 7
Block first atom: 98
Blocpdb> 18 atoms in block 8
Block first atom: 108
Blocpdb> 11 atoms in block 9
Block first atom: 126
Blocpdb> 13 atoms in block 10
Block first atom: 137
Blocpdb> 11 atoms in block 11
Block first atom: 150
Blocpdb> 16 atoms in block 12
Block first atom: 161
Blocpdb> 12 atoms in block 13
Block first atom: 177
Blocpdb> 17 atoms in block 14
Block first atom: 189
Blocpdb> 13 atoms in block 15
Block first atom: 206
Blocpdb> 17 atoms in block 16
Block first atom: 219
Blocpdb> 15 atoms in block 17
Block first atom: 236
Blocpdb> 6 atoms in block 18
Block first atom: 251
Blocpdb> 21 atoms in block 19
Block first atom: 257
Blocpdb> 17 atoms in block 20
Block first atom: 278
Blocpdb> 16 atoms in block 21
Block first atom: 295
Blocpdb> 20 atoms in block 22
Block first atom: 311
Blocpdb> 14 atoms in block 23
Block first atom: 331
Blocpdb> 15 atoms in block 24
Block first atom: 345
Blocpdb> 15 atoms in block 25
Block first atom: 360
Blocpdb> 13 atoms in block 26
Block first atom: 375
Blocpdb> 12 atoms in block 27
Block first atom: 388
Blocpdb> 21 atoms in block 28
Block first atom: 400
Blocpdb> 20 atoms in block 29
Block first atom: 421
Blocpdb> 17 atoms in block 30
Block first atom: 441
Blocpdb> 20 atoms in block 31
Block first atom: 458
Blocpdb> 16 atoms in block 32
Block first atom: 478
Blocpdb> 15 atoms in block 33
Block first atom: 494
Blocpdb> 17 atoms in block 34
Block first atom: 509
Blocpdb> 16 atoms in block 35
Block first atom: 526
Blocpdb> 15 atoms in block 36
Block first atom: 542
Blocpdb> 10 atoms in block 37
Block first atom: 557
Blocpdb> 12 atoms in block 38
Block first atom: 567
Blocpdb> 13 atoms in block 39
Block first atom: 579
Blocpdb> 15 atoms in block 40
Block first atom: 592
Blocpdb> 12 atoms in block 41
Block first atom: 607
Blocpdb> 14 atoms in block 42
Block first atom: 619
Blocpdb> 16 atoms in block 43
Block first atom: 633
Blocpdb> 22 atoms in block 44
Block first atom: 649
Blocpdb> 16 atoms in block 45
Block first atom: 671
Blocpdb> 15 atoms in block 46
Block first atom: 687
Blocpdb> 14 atoms in block 47
Block first atom: 702
Blocpdb> 16 atoms in block 48
Block first atom: 716
Blocpdb> 12 atoms in block 49
Block first atom: 732
Blocpdb> 13 atoms in block 50
Block first atom: 744
Blocpdb> 13 atoms in block 51
Block first atom: 757
Blocpdb> 14 atoms in block 52
Block first atom: 770
Blocpdb> 20 atoms in block 53
Block first atom: 784
Blocpdb> 22 atoms in block 54
Block first atom: 804
Blocpdb> 14 atoms in block 55
Block first atom: 826
Blocpdb> 22 atoms in block 56
Block first atom: 840
Blocpdb> 18 atoms in block 57
Block first atom: 862
Blocpdb> 17 atoms in block 58
Block first atom: 880
Blocpdb> 11 atoms in block 59
Block first atom: 897
Blocpdb> 15 atoms in block 60
Block first atom: 908
Blocpdb> 18 atoms in block 61
Block first atom: 923
Blocpdb> 14 atoms in block 62
Block first atom: 941
Blocpdb> 18 atoms in block 63
Block first atom: 955
Blocpdb> 17 atoms in block 64
Block first atom: 973
Blocpdb> 20 atoms in block 65
Block first atom: 990
Blocpdb> 23 atoms in block 66
Block first atom: 1010
Blocpdb> 18 atoms in block 67
Block first atom: 1033
Blocpdb> 18 atoms in block 68
Block first atom: 1051
Blocpdb> 13 atoms in block 69
Block first atom: 1069
Blocpdb> 15 atoms in block 70
Block first atom: 1082
Blocpdb> 18 atoms in block 71
Block first atom: 1097
Blocpdb> 14 atoms in block 72
Block first atom: 1115
Blocpdb> 16 atoms in block 73
Block first atom: 1129
Blocpdb> 18 atoms in block 74
Block first atom: 1145
Blocpdb> 13 atoms in block 75
Block first atom: 1163
Blocpdb> 16 atoms in block 76
Block first atom: 1176
Blocpdb> 16 atoms in block 77
Block first atom: 1192
Blocpdb> 18 atoms in block 78
Block first atom: 1208
Blocpdb> 18 atoms in block 79
Block first atom: 1226
Blocpdb> 18 atoms in block 80
Block first atom: 1244
Blocpdb> 9 atoms in block 81
Block first atom: 1262
Blocpdb> 17 atoms in block 82
Block first atom: 1271
Blocpdb> 15 atoms in block 83
Block first atom: 1288
Blocpdb> 22 atoms in block 84
Block first atom: 1303
Blocpdb> 15 atoms in block 85
Block first atom: 1325
Blocpdb> 22 atoms in block 86
Block first atom: 1340
Blocpdb> 14 atoms in block 87
Block first atom: 1362
Blocpdb> 12 atoms in block 88
Block first atom: 1376
Blocpdb> 14 atoms in block 89
Block first atom: 1388
Blocpdb> 16 atoms in block 90
Block first atom: 1402
Blocpdb> 16 atoms in block 91
Block first atom: 1418
Blocpdb> 20 atoms in block 92
Block first atom: 1434
Blocpdb> 17 atoms in block 93
Block first atom: 1454
Blocpdb> 16 atoms in block 94
Block first atom: 1471
Blocpdb> 16 atoms in block 95
Block first atom: 1487
Blocpdb> 11 atoms in block 96
Block first atom: 1503
Blocpdb> 19 atoms in block 97
Block first atom: 1514
Blocpdb> 21 atoms in block 98
Block first atom: 1533
Blocpdb> 16 atoms in block 99
Block first atom: 1554
Blocpdb> 16 atoms in block 100
Block first atom: 1570
Blocpdb> 16 atoms in block 101
Block first atom: 1586
Blocpdb> 17 atoms in block 102
Block first atom: 1602
Blocpdb> 16 atoms in block 103
Block first atom: 1619
Blocpdb> 21 atoms in block 104
Block first atom: 1635
Blocpdb> 20 atoms in block 105
Block first atom: 1656
Blocpdb> 19 atoms in block 106
Block first atom: 1676
Blocpdb> 13 atoms in block 107
Block first atom: 1695
Blocpdb> 21 atoms in block 108
Block first atom: 1708
Blocpdb> 21 atoms in block 109
Block first atom: 1729
Blocpdb> 19 atoms in block 110
Block first atom: 1750
Blocpdb> 12 atoms in block 111
Block first atom: 1769
Blocpdb> 26 atoms in block 112
Block first atom: 1781
Blocpdb> 13 atoms in block 113
Block first atom: 1807
Blocpdb> 22 atoms in block 114
Block first atom: 1820
Blocpdb> 20 atoms in block 115
Block first atom: 1842
Blocpdb> 20 atoms in block 116
Block first atom: 1862
Blocpdb> 15 atoms in block 117
Block first atom: 1882
Blocpdb> 14 atoms in block 118
Block first atom: 1897
Blocpdb> 14 atoms in block 119
Block first atom: 1911
Blocpdb> 14 atoms in block 120
Block first atom: 1925
Blocpdb> 17 atoms in block 121
Block first atom: 1939
Blocpdb> 15 atoms in block 122
Block first atom: 1956
Blocpdb> 14 atoms in block 123
Block first atom: 1971
Blocpdb> 16 atoms in block 124
Block first atom: 1985
Blocpdb> 14 atoms in block 125
Block first atom: 2001
Blocpdb> 15 atoms in block 126
Block first atom: 2015
Blocpdb> 16 atoms in block 127
Block first atom: 2030
Blocpdb> 15 atoms in block 128
Block first atom: 2046
Blocpdb> 16 atoms in block 129
Block first atom: 2061
Blocpdb> 15 atoms in block 130
Block first atom: 2077
Blocpdb> 13 atoms in block 131
Block first atom: 2092
Blocpdb> 18 atoms in block 132
Block first atom: 2105
Blocpdb> 14 atoms in block 133
Block first atom: 2123
Blocpdb> 14 atoms in block 134
Block first atom: 2137
Blocpdb> 15 atoms in block 135
Block first atom: 2151
Blocpdb> 15 atoms in block 136
Block first atom: 2166
Blocpdb> 20 atoms in block 137
Block first atom: 2181
Blocpdb> 16 atoms in block 138
Block first atom: 2201
Blocpdb> 17 atoms in block 139
Block first atom: 2217
Blocpdb> 16 atoms in block 140
Block first atom: 2234
Blocpdb> 19 atoms in block 141
Block first atom: 2250
Blocpdb> 11 atoms in block 142
Block first atom: 2269
Blocpdb> 15 atoms in block 143
Block first atom: 2280
Blocpdb> 18 atoms in block 144
Block first atom: 2295
Blocpdb> 12 atoms in block 145
Block first atom: 2313
Blocpdb> 13 atoms in block 146
Block first atom: 2325
Blocpdb> 20 atoms in block 147
Block first atom: 2338
Blocpdb> 13 atoms in block 148
Block first atom: 2358
Blocpdb> 19 atoms in block 149
Block first atom: 2371
Blocpdb> 13 atoms in block 150
Block first atom: 2390
Blocpdb> 13 atoms in block 151
Block first atom: 2403
Blocpdb> 16 atoms in block 152
Block first atom: 2416
Blocpdb> 16 atoms in block 153
Block first atom: 2432
Blocpdb> 6 atoms in block 154
Block first atom: 2448
Blocpdb> 19 atoms in block 155
Block first atom: 2454
Blocpdb> 17 atoms in block 156
Block first atom: 2473
Blocpdb> 19 atoms in block 157
Block first atom: 2490
Blocpdb> 20 atoms in block 158
Block first atom: 2509
Blocpdb> 17 atoms in block 159
Block first atom: 2529
Blocpdb> 15 atoms in block 160
Block first atom: 2546
Blocpdb> 15 atoms in block 161
Block first atom: 2561
Blocpdb> 17 atoms in block 162
Block first atom: 2576
Blocpdb> 23 atoms in block 163
Block first atom: 2593
Blocpdb> 13 atoms in block 164
Block first atom: 2616
Blocpdb> 14 atoms in block 165
Block first atom: 2629
Blocpdb> 12 atoms in block 166
Block first atom: 2643
Blocpdb> 20 atoms in block 167
Block first atom: 2655
Blocpdb> 11 atoms in block 168
Block first atom: 2675
Blocpdb> 10 atoms in block 169
Block first atom: 2686
Blocpdb> 17 atoms in block 170
Block first atom: 2696
Blocpdb> 18 atoms in block 171
Block first atom: 2713
Blocpdb> 13 atoms in block 172
Block first atom: 2731
Blocpdb> 10 atoms in block 173
Block first atom: 2744
Blocpdb> 17 atoms in block 174
Block first atom: 2754
Blocpdb> 13 atoms in block 175
Block first atom: 2771
Blocpdb> 21 atoms in block 176
Block first atom: 2784
Blocpdb> 16 atoms in block 177
Block first atom: 2805
Blocpdb> 18 atoms in block 178
Block first atom: 2821
Blocpdb> 17 atoms in block 179
Block first atom: 2839
Blocpdb> 8 atoms in block 180
Block first atom: 2856
Blocpdb> 18 atoms in block 181
Block first atom: 2864
Blocpdb> 18 atoms in block 182
Block first atom: 2882
Blocpdb> 12 atoms in block 183
Block first atom: 2900
Blocpdb> 24 atoms in block 184
Block first atom: 2912
Blocpdb> 14 atoms in block 185
Block first atom: 2936
Blocpdb> 16 atoms in block 186
Block first atom: 2950
Blocpdb> 16 atoms in block 187
Block first atom: 2966
Blocpdb> 14 atoms in block 188
Block first atom: 2982
Blocpdb> 20 atoms in block 189
Block first atom: 2996
Blocpdb> 16 atoms in block 190
Block first atom: 3016
Blocpdb> 17 atoms in block 191
Block first atom: 3032
Blocpdb> 22 atoms in block 192
Block first atom: 3049
Blocpdb> 8 atoms in block 193
Block first atom: 3071
Blocpdb> 13 atoms in block 194
Block first atom: 3079
Blocpdb> 12 atoms in block 195
Block first atom: 3092
Blocpdb> 16 atoms in block 196
Block first atom: 3104
Blocpdb> 21 atoms in block 197
Block first atom: 3120
Blocpdb> 16 atoms in block 198
Block first atom: 3140
Blocpdb> 198 blocks.
Blocpdb> At most, 26 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 6 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1202227 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 9468
Prepmat> Matrix trace = 2629540.0000
Prepmat> Last element read: 9468 9468 145.3764
Prepmat> 19702 lines saved.
Prepmat> 17463 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 3156
RTB> Total mass = 3156.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 3156
RTB> Number of blocks = 198
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 281581.7615
RTB> 77598 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1188
Diagstd> Nb of non-zero elements: 77598
Diagstd> Projected matrix trace = 281581.7615
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1188 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 281581.7615
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.6290962 0.7714954 1.6839454 3.7679830
5.0791721 5.6274186 8.2142909 9.8122807 10.4305751
10.8997248 11.1878083 12.8248392 14.0367250 14.6942587
14.9319362 15.6720820 16.6811322 17.8400353 18.7321232
20.6567763 21.0625120 21.6363281 21.6959429 22.3587026
22.7817919 23.3256101 23.6707782 24.8654814 25.1126551
26.3069268 27.0552758 27.1963582 27.7065271 28.2449634
29.0710357 29.9239526 30.1029696 30.5871743 31.1733635
31.6568234 32.3221842 32.8904446 33.4404535 33.9896156
34.5110810 34.9063870 35.1802006 35.9351313 37.5193586
38.0122265 38.4064033 39.4309815 40.1157275 40.5885705
41.7285282 42.4464157 42.5053448 42.9244420 43.6913966
44.4403295 45.2469793 46.1487824 46.8918601 47.2287586
47.4517361 48.5239718 49.4626325 49.6288995 49.8823678
50.2556920 50.8618001 51.3123917 52.0499785 52.4726221
53.2926772 53.4456596 54.4245848 54.5921841 55.4979874
55.9346251 56.1912685 56.9638511 57.9064153 58.3737562
58.4770819 59.1215087 60.0997683 60.7655815 61.0684579
61.9720981 62.8091499 63.6982874 63.7742236 64.3940317
64.8901861 65.4252864 65.7286405 66.1398648 66.5802437
66.7631456
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034336 0.0034337 0.0034339 0.0034340 0.0034344
0.0034364 86.1298745 95.3810175 140.9156682 210.7898752
244.7325544 257.6023911 311.2291874 340.1576646 350.7110153
358.5114625 363.2183562 388.8850473 406.8442443 416.2642572
419.6172589 429.8912721 443.5147246 458.6623951 469.9901786
493.5447689 498.3682455 505.1112715 505.8066619 513.4741448
518.3095618 524.4592948 528.3254698 541.4940834 544.1787719
556.9681215 564.8345615 566.3053398 571.5922430 577.1195529
585.4981568 594.0250501 595.7992470 600.5718324 606.2993631
610.9827477 617.3701545 622.7735404 627.9591021 633.0943052
637.9322553 641.5754393 644.0868549 650.9608922 665.1551879
669.5097942 672.9721613 681.8896111 687.7848675 691.8264439
701.4743795 707.4826467 707.9735819 711.4552843 717.7831252
723.9088990 730.4492975 737.6925609 743.6079268 746.2744027
748.0339920 756.4381976 763.7195246 765.0020570 766.9531054
769.8177292 774.4460044 777.8689014 783.4396678 786.6139859
792.7368547 793.8738576 801.1112721 802.3438262 808.9727584
812.1488729 814.0099214 819.5867933 826.3397048 829.6675425
830.4015029 834.9645448 841.8441131 846.4944393 848.6014252
854.8568185 860.6106932 866.6807654 867.1972067 871.4010696
874.7516900 878.3509930 880.3849407 883.1346639 886.0698733
887.2860953
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 3156
Rtb_to_modes> Number of blocs = 198
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.45
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.26
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.59
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.48
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.14
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.76
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1188 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 0.99998 1.00002 1.00002 1.00001
1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 0.99999
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0.99999 1.00000 1.00002 1.00000 0.99999
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1.00003
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 56808 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
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1.00001 1.00002 1.00000 1.00000 1.00002
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1.00001 0.99999 0.99999 1.00000 0.99999
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1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000
1.00001 1.00000 1.00001 1.00002 1.00002
0.99999 0.99997 1.00000 1.00000 1.00001
1.00000 1.00000 1.00001 1.00002 1.00002
1.00003
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4: 0.000 0.000-0.000
Vector 5:-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 6: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 7:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 8:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 10:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 22051222144683654.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
22051222144683654.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 22051222144683654.atom
Openam> file on opening on unit 11:
22051222144683654.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 394
First residue number = 50
Last residue number = 464
Number of atoms found = 3156
Mean number per residue = 8.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9978E-10
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9994E-10
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0014E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7715
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.684
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.768
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.079
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.627
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.214
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.66
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.06
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.70
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.41
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.76
Bfactors> 106 vectors, 9468 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.629100
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.404 for 394 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.032 +/- 0.02
Bfactors> = 66.032 +/- 14.83
Bfactors> Shiftng-fct= 66.000
Bfactors> Scaling-fct= 647.196
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 22051222144683654.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
22051222144683654.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4334E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4343E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4362E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 86.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 95.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 140.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 210.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 244.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 257.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 311.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 340.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 350.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 358.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 363.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 388.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 406.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 416.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 419.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 429.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 443.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 458.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 469.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 493.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 498.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 505.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 505.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 513.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 518.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 524.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 528.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 541.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 544.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 557.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 564.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 566.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 571.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 577.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 585.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 594.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 595.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 600.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 606.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 611.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 617.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 622.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 627.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 633.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 637.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 641.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 644.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 651.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 665.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 669.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 673.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 681.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 687.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 691.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 701.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 707.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 708.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 711.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 717.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 723.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 730.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 737.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 743.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 746.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 748.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 756.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 763.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 765.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 766.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 769.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 774.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 777.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 783.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 786.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 792.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 793.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 801.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 802.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 809.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 812.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 814.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 819.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 826.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 829.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 830.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 834.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 841.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 846.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 848.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 854.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 860.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 866.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 867.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 871.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 874.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 878.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 880.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 883.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 886.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 887.2
Chkmod> 106 vectors, 9468 coordinates in file.
Chkmod> That is: 3156 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 13 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 26 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.9342
0.0034 0.9906
0.0034 0.9401
0.0034 0.7747
0.0034 0.7313
0.0034 0.7386
86.1264 0.7030
95.3772 0.7195
140.9119 0.7337
210.7813 0.6885
244.7179 0.7153
257.5818 0.7623
311.2103 0.0556
340.1382 0.3630
350.6863 0.3386
358.5006 0.3360
363.2383 0.3181
388.7950 0.2206
406.8742 0.0817
416.1861 0.3790
419.5720 0.2568
429.8443 0.3085
443.4806 0.3944
458.6423 0.3276
469.9434 0.3376
493.5621 0.1122
498.3171 0.4095
505.1324 0.5533
505.8322 0.5115
513.4670 0.3521
518.2669 0.5148
524.4861 0.6571
528.2941 0.3747
541.5200 0.4163
544.1266 0.5267
556.9767 0.4594
564.8596 0.2786
566.3189 0.3856
571.6035 0.5345
577.0441 0.5186
585.4626 0.3281
593.9603 0.4123
595.7443 0.3763
600.5738 0.4705
606.2406 0.4858
610.9872 0.3541
617.3228 0.4503
622.7426 0.5208
627.9279 0.3447
633.0707 0.4332
637.8949 0.3098
641.5811 0.3695
644.0574 0.3865
650.9770 0.4578
665.1323 0.4636
669.4614 0.2347
672.9748 0.3259
681.8519 0.4268
687.7920 0.1467
691.8089 0.3119
701.4566 0.3147
707.4821 0.2367
707.9820 0.4135
711.3879 0.4292
717.7408 0.3755
723.8751 0.4885
730.4423 0.4697
737.6706 0.3363
743.5613 0.4613
746.2522 0.4403
747.9882 0.3353
756.3748 0.2608
763.6664 0.3708
764.9777 0.4639
766.9020 0.3326
769.8177 0.4455
774.3991 0.5333
777.8174 0.2761
783.4062 0.4253
786.5606 0.2689
792.6829 0.3361
793.8720 0.3999
801.0431 0.5056
802.2933 0.4834
808.9527 0.5317
812.0804 0.4693
813.9658 0.5439
819.5239 0.3993
826.3298 0.4776
829.6052 0.4622
830.3866 0.4445
834.9180 0.3780
841.8096 0.3657
846.4889 0.3547
848.5757 0.4216
854.8057 0.4407
860.5796 0.2711
866.6552 0.3786
867.1313 0.4271
871.3364 0.3670
874.7129 0.3519
878.3449 0.4046
880.3563 0.4160
883.0977 0.3499
886.0302 0.3900
887.2271 0.3643
project conformational change on normal modes
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 22051222144683654.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
22051222144683654.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 22051222144683654.atom
Openam> file on opening on unit 11:
22051222144683654.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 22051222144683654.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
22051222144683654.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4334E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4343E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4362E-03
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 86.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 633.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 673.0
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 681.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 687.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 691.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 701.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 707.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 708.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 711.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 717.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 723.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 730.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 737.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 743.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 746.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 748.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 756.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 763.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 765.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 769.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 774.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 777.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 783.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 786.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 792.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 793.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 880.4
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 886.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 887.2
Projmod> 106 vectors, 9468 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 394
First residue number = 50
Last residue number = 464
Number of atoms found = 3156
Mean number per residue = 8.0
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 394
First residue number = 50
Last residue number = 464
Number of atoms found = 3156
Mean number per residue = 8.0
Projmod> File dr.res: displacement=f(atom number).
Projmod> 3156 atoms are considered.
Projmod> Atomic r.m.s. displacements= 8.40
Projmod> Atomic average masses = 1.00 +/- 0.00
Projmod> File projmod.res: dr.vector=f(fqcy), and cumulative square sum.
Vector: 1 F= 0.00 Cos= -0.151 Sum= 0.023 q= -71.0524
Vector: 2 F= 0.00 Cos= -0.315 Sum= 0.122 q= -148.8652
Vector: 3 F= 0.00 Cos= -0.472 Sum= 0.345 q= -222.8432
Vector: 4 F= 0.00 Cos= 0.547 Sum= 0.644 q= 258.0461
Vector: 5 F= 0.00 Cos= -0.360 Sum= 0.774 q= -169.8681
Vector: 6 F= 0.00 Cos= -0.066 Sum= 0.778 q= -30.9370
Vector: 7 F= 86.13 Cos= -0.376 Sum= 0.919 q= -177.4842
Vector: 8 F= 95.38 Cos= -0.030 Sum= 0.920 q= -14.3259
Vector: 9 F= 140.91 Cos= -0.170 Sum= 0.949 q= -80.4311
Vector: 10 F= 210.78 Cos= -0.022 Sum= 0.950 q= -10.5986
Vector: 11 F= 244.72 Cos= 0.020 Sum= 0.950 q= 9.2971
Vector: 12 F= 257.58 Cos= -0.050 Sum= 0.953 q= -23.5653
%Projmod-Wn> Eigenvector 13 Norm= 0.9999
Vector: 13 F= 311.21 Cos= -0.027 Sum= 0.954 q= -12.9437
Vector: 14 F= 340.14 Cos= -0.003 Sum= 0.954 q= -1.5488
Vector: 15 F= 350.69 Cos= -0.021 Sum= 0.954 q= -9.7255
Vector: 16 F= 358.50 Cos= 0.009 Sum= 0.954 q= 4.2911
Vector: 17 F= 363.24 Cos= -0.016 Sum= 0.954 q= -7.5215
Vector: 18 F= 388.79 Cos= 0.013 Sum= 0.955 q= 6.1044
Vector: 19 F= 406.87 Cos= 0.007 Sum= 0.955 q= 3.4134
Vector: 20 F= 416.19 Cos= 0.010 Sum= 0.955 q= 4.8614
Vector: 21 F= 419.57 Cos= -0.019 Sum= 0.955 q= -8.9979
Vector: 22 F= 429.84 Cos= 0.017 Sum= 0.955 q= 7.9956
Vector: 23 F= 443.48 Cos= 0.002 Sum= 0.955 q= 0.9368
Vector: 24 F= 458.64 Cos= -0.015 Sum= 0.956 q= -7.3144
Vector: 25 F= 469.94 Cos= 0.004 Sum= 0.956 q= 1.7457
%Projmod-Wn> Eigenvector 26 Norm= 1.0001
Vector: 26 F= 493.56 Cos= 0.011 Sum= 0.956 q= 5.2717
Vector: 27 F= 498.32 Cos= -0.034 Sum= 0.957 q= -15.9966
Vector: 28 F= 505.13 Cos= -0.031 Sum= 0.958 q= -14.7780
Vector: 29 F= 505.83 Cos= 0.022 Sum= 0.958 q= 10.2317
Vector: 30 F= 513.47 Cos= 0.014 Sum= 0.958 q= 6.4702
Vector: 31 F= 518.27 Cos= -0.012 Sum= 0.959 q= -5.8414
Vector: 32 F= 524.49 Cos= 0.025 Sum= 0.959 q= 11.6548
Vector: 33 F= 528.29 Cos= 0.019 Sum= 0.960 q= 8.8904
Vector: 34 F= 541.52 Cos= 0.006 Sum= 0.960 q= 2.8065
Vector: 35 F= 544.13 Cos= -0.004 Sum= 0.960 q= -1.7802
Vector: 36 F= 556.98 Cos= -0.012 Sum= 0.960 q= -5.6291
Vector: 37 F= 564.86 Cos= 0.001 Sum= 0.960 q= 0.4178
Vector: 38 F= 566.32 Cos= 0.023 Sum= 0.960 q= 11.0550
Vector: 39 F= 571.60 Cos= 0.031 Sum= 0.961 q= 14.6307
Vector: 40 F= 577.04 Cos= 0.031 Sum= 0.962 q= 14.4476
Vector: 41 F= 585.46 Cos= -0.036 Sum= 0.964 q= -17.1332
Vector: 42 F= 593.96 Cos= 0.028 Sum= 0.964 q= 13.1607
Vector: 43 F= 595.74 Cos= -0.001 Sum= 0.964 q= -0.3166
Vector: 44 F= 600.57 Cos= -0.016 Sum= 0.965 q= -7.3605
Vector: 45 F= 606.24 Cos= 0.027 Sum= 0.965 q= 12.6877
Vector: 46 F= 610.99 Cos= -0.006 Sum= 0.965 q= -3.0591
Vector: 47 F= 617.32 Cos= -0.002 Sum= 0.965 q= -0.8161
Vector: 48 F= 622.74 Cos= 0.006 Sum= 0.965 q= 2.6515
Vector: 49 F= 627.93 Cos= 0.017 Sum= 0.966 q= 7.9489
Vector: 50 F= 633.07 Cos= -0.002 Sum= 0.966 q= -0.7094
Vector: 51 F= 637.89 Cos= 0.013 Sum= 0.966 q= 6.0597
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Vector: 55 F= 665.13 Cos= 0.013 Sum= 0.967 q= 6.3097
Vector: 56 F= 669.46 Cos= 0.013 Sum= 0.967 q= 6.3600
Vector: 57 F= 672.97 Cos= -0.015 Sum= 0.967 q= -6.9943
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Vector: 64 F= 711.39 Cos= -0.018 Sum= 0.968 q= -8.4838
Vector: 65 F= 717.74 Cos= 0.015 Sum= 0.968 q= 7.2023
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Vector: 75 F= 766.90 Cos= -0.010 Sum= 0.969 q= -4.5090
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Vector: 78 F= 777.82 Cos= 0.007 Sum= 0.969 q= 3.2275
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Vector: 83 F= 801.04 Cos= 0.011 Sum= 0.970 q= 5.4174
Vector: 84 F= 802.29 Cos= -0.015 Sum= 0.970 q= -6.9001
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Vector: 87 F= 813.97 Cos= -0.001 Sum= 0.970 q= -0.5298
Vector: 88 F= 819.52 Cos= 0.007 Sum= 0.970 q= 3.2567
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Vector: 90 F= 829.61 Cos= 0.001 Sum= 0.970 q= 0.5792
Vector: 91 F= 830.39 Cos= 0.014 Sum= 0.970 q= 6.8248
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Vector: 93 F= 841.81 Cos= -0.003 Sum= 0.970 q= -1.4975
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Vector: 96 F= 854.81 Cos= 0.007 Sum= 0.971 q= 3.3072
Vector: 97 F= 860.58 Cos= -0.016 Sum= 0.971 q= -7.7540
Vector: 98 F= 866.66 Cos= -0.000 Sum= 0.971 q= -0.1019
Vector: 99 F= 867.13 Cos= -0.005 Sum= 0.971 q= -2.5231
Vector: 100 F= 871.34 Cos= 0.003 Sum= 0.971 q= 1.3782
Vector: 101 F= 874.71 Cos= -0.001 Sum= 0.971 q= -0.5687
Vector: 102 F= 878.34 Cos= -0.002 Sum= 0.971 q= -0.9255
Vector: 103 F= 880.36 Cos= -0.002 Sum= 0.971 q= -0.7668
Vector: 104 F= 883.10 Cos= -0.006 Sum= 0.971 q= -3.0496
Vector: 105 F= 886.03 Cos= 0.012 Sum= 0.971 q= 5.5529
Vector: 106 F= 887.23 Cos= -0.011 Sum= 0.972 q= -5.0280
Projmod> Best zero-frequency found : 0.003433
Projmod> 6 frequencies less than: 0.003436
Projmod> Lowest non-zero frequency : 86.126437
Projmod> Best overlap with diff.vect. = 0.55 for mode 4 with F= 0.00 cm-1.
Projmod> 1-3-6-9-12-all-best contrb. = 0.299 0.663 0.922 0.951 0.954 0.972
Projmod> Normal end.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 22051222144683654 7 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
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calculating perturbed structure for DQ=100
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22051222144683654.atom
making animated gifs
11 models are in 22051222144683654.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22051222144683654.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22051222144683654.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-100 394 2.211 362 1.881
MODEL 2 MODE=7 DQ=-80 394 2.420 324 1.945
MODEL 3 MODE=7 DQ=-60 394 2.658 288 2.008
MODEL 4 MODE=7 DQ=-40 394 2.918 251 2.032
MODEL 5 MODE=7 DQ=-20 394 3.195 215 2.047
MODEL 6 MODE=7 DQ=0 394 3.484 184 2.046
MODEL 7 MODE=7 DQ=20 394 3.783 163 2.019
MODEL 8 MODE=7 DQ=40 394 4.090 151 2.042
MODEL 9 MODE=7 DQ=60 394 4.403 138 2.064
MODEL 10 MODE=7 DQ=80 394 4.720 203 1.005
MODEL 11 MODE=7 DQ=100 394 5.042 94 2.128
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 22051222144683654 8 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
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22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
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22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
22051222144683654.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=80
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calculating perturbed structure for DQ=100
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22051222144683654.atom
making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22051222144683654.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22051222144683654.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-100 394 3.919 209 1.255
MODEL 2 MODE=8 DQ=-80 394 3.773 212 1.064
MODEL 3 MODE=8 DQ=-60 394 3.654 218 1.201
MODEL 4 MODE=8 DQ=-40 394 3.565 222 1.280
MODEL 5 MODE=8 DQ=-20 394 3.507 183 2.070
MODEL 6 MODE=8 DQ=0 394 3.484 184 2.046
MODEL 7 MODE=8 DQ=20 394 3.495 185 2.042
MODEL 8 MODE=8 DQ=40 394 3.540 185 2.055
MODEL 9 MODE=8 DQ=60 394 3.618 182 2.043
MODEL 10 MODE=8 DQ=80 394 3.726 174 2.051
MODEL 11 MODE=8 DQ=100 394 3.862 170 2.043
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 22051222144683654 9 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
22051222144683654.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-20
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
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22051222144683654.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=100
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
making animated gifs
11 models are in 22051222144683654.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22051222144683654.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22051222144683654.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-100 394 3.176 207 2.076
MODEL 2 MODE=9 DQ=-80 394 3.167 215 2.059
MODEL 3 MODE=9 DQ=-60 394 3.195 210 2.053
MODEL 4 MODE=9 DQ=-40 394 3.258 205 2.025
MODEL 5 MODE=9 DQ=-20 394 3.356 195 2.049
MODEL 6 MODE=9 DQ=0 394 3.484 184 2.046
MODEL 7 MODE=9 DQ=20 394 3.640 178 2.080
MODEL 8 MODE=9 DQ=40 394 3.820 166 2.091
MODEL 9 MODE=9 DQ=60 394 4.021 150 2.049
MODEL 10 MODE=9 DQ=80 394 4.240 133 2.063
MODEL 11 MODE=9 DQ=100 394 4.474 206 1.353
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 22051222144683654 10 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
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22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
22051222144683654.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=100
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
making animated gifs
11 models are in 22051222144683654.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22051222144683654.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22051222144683654.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-100 394 4.009 206 1.655
MODEL 2 MODE=10 DQ=-80 394 3.847 223 1.309
MODEL 3 MODE=10 DQ=-60 394 3.711 228 1.297
MODEL 4 MODE=10 DQ=-40 394 3.603 227 1.316
MODEL 5 MODE=10 DQ=-20 394 3.527 228 1.363
MODEL 6 MODE=10 DQ=0 394 3.484 184 2.046
MODEL 7 MODE=10 DQ=20 394 3.476 195 2.069
MODEL 8 MODE=10 DQ=40 394 3.503 246 1.830
MODEL 9 MODE=10 DQ=60 394 3.564 256 1.735
MODEL 10 MODE=10 DQ=80 394 3.657 259 1.717
MODEL 11 MODE=10 DQ=100 394 3.780 263 1.632
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 22051222144683654 11 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
22051222144683654.eigenfacs
22051222144683654.atom
making animated gifs
11 models are in 22051222144683654.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22051222144683654.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22051222144683654.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-100 394 3.881 219 1.587
MODEL 2 MODE=11 DQ=-80 394 3.740 220 1.534
MODEL 3 MODE=11 DQ=-60 394 3.628 226 1.420
MODEL 4 MODE=11 DQ=-40 394 3.546 231 1.470
MODEL 5 MODE=11 DQ=-20 394 3.498 230 1.388
MODEL 6 MODE=11 DQ=0 394 3.484 184 2.046
MODEL 7 MODE=11 DQ=20 394 3.505 183 2.035
MODEL 8 MODE=11 DQ=40 394 3.560 228 1.283
MODEL 9 MODE=11 DQ=60 394 3.649 229 1.647
MODEL 10 MODE=11 DQ=80 394 3.767 226 1.320
MODEL 11 MODE=11 DQ=100 394 3.913 225 1.597
22051222144683654.10.pdb
22051222144683654.11.pdb
22051222144683654.7.pdb
22051222144683654.8.pdb
22051222144683654.9.pdb
STDERR:
real 0m20.682s
user 0m20.596s
sys 0m0.052s
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elNémo
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