*** dndCD ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2205041037174332.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2205041037174332.atom to be opened.
Openam> File opened: 2205041037174332.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1206
First residue number = 1
Last residue number = 666
Number of atoms found = 19401
Mean number per residue = 16.1
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 1.392010 +/- 23.631200 From: -51.971000 To: 56.282000
= -7.446281 +/- 38.977140 From: -116.604000 To: 60.222000
= 10.155029 +/- 41.667739 From: -41.430000 To: 150.064000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is -3.0317 % Filled.
Pdbmat> 13753742 non-zero elements.
Pdbmat> 1515504 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 156.23 +/- 47.96
Maximum number = 255
Minimum number = 21
Pdbmat> Matrix trace = 3.031008E+07
Pdbmat> Larger element = 902.655
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
1206 non-zero elements, NRBL set to 7
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2205041037174332.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 7
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2205041037174332.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2205041037174332.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 19401 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 7 residue(s) per block.
Blocpdb> 1206 residues.
Blocpdb> 114 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 113 atoms in block 2
Block first atom: 115
Blocpdb> 114 atoms in block 3
Block first atom: 228
Blocpdb> 104 atoms in block 4
Block first atom: 342
Blocpdb> 110 atoms in block 5
Block first atom: 446
Blocpdb> 119 atoms in block 6
Block first atom: 556
Blocpdb> 125 atoms in block 7
Block first atom: 675
Blocpdb> 81 atoms in block 8
Block first atom: 800
Blocpdb> 115 atoms in block 9
Block first atom: 881
Blocpdb> 107 atoms in block 10
Block first atom: 996
Blocpdb> 115 atoms in block 11
Block first atom: 1103
Blocpdb> 105 atoms in block 12
Block first atom: 1218
Blocpdb> 108 atoms in block 13
Block first atom: 1323
Blocpdb> 126 atoms in block 14
Block first atom: 1431
Blocpdb> 111 atoms in block 15
Block first atom: 1557
Blocpdb> 103 atoms in block 16
Block first atom: 1668
Blocpdb> 107 atoms in block 17
Block first atom: 1771
Blocpdb> 107 atoms in block 18
Block first atom: 1878
Blocpdb> 119 atoms in block 19
Block first atom: 1985
Blocpdb> 102 atoms in block 20
Block first atom: 2104
Blocpdb> 128 atoms in block 21
Block first atom: 2206
Blocpdb> 125 atoms in block 22
Block first atom: 2334
Blocpdb> 112 atoms in block 23
Block first atom: 2459
Blocpdb> 113 atoms in block 24
Block first atom: 2571
Blocpdb> 104 atoms in block 25
Block first atom: 2684
Blocpdb> 93 atoms in block 26
Block first atom: 2788
Blocpdb> 118 atoms in block 27
Block first atom: 2881
Blocpdb> 112 atoms in block 28
Block first atom: 2999
Blocpdb> 117 atoms in block 29
Block first atom: 3111
Blocpdb> 108 atoms in block 30
Block first atom: 3228
Blocpdb> 111 atoms in block 31
Block first atom: 3336
Blocpdb> 127 atoms in block 32
Block first atom: 3447
Blocpdb> 116 atoms in block 33
Block first atom: 3574
Blocpdb> 111 atoms in block 34
Block first atom: 3690
Blocpdb> 92 atoms in block 35
Block first atom: 3801
Blocpdb> 128 atoms in block 36
Block first atom: 3893
Blocpdb> 99 atoms in block 37
Block first atom: 4021
Blocpdb> 101 atoms in block 38
Block first atom: 4120
Blocpdb> 85 atoms in block 39
Block first atom: 4221
Blocpdb> 94 atoms in block 40
Block first atom: 4306
Blocpdb> 109 atoms in block 41
Block first atom: 4400
Blocpdb> 109 atoms in block 42
Block first atom: 4509
Blocpdb> 111 atoms in block 43
Block first atom: 4618
Blocpdb> 126 atoms in block 44
Block first atom: 4729
Blocpdb> 125 atoms in block 45
Block first atom: 4855
Blocpdb> 106 atoms in block 46
Block first atom: 4980
Blocpdb> 127 atoms in block 47
Block first atom: 5086
Blocpdb> 118 atoms in block 48
Block first atom: 5213
Blocpdb> 117 atoms in block 49
Block first atom: 5331
Blocpdb> 97 atoms in block 50
Block first atom: 5448
Blocpdb> 111 atoms in block 51
Block first atom: 5545
Blocpdb> 144 atoms in block 52
Block first atom: 5656
Blocpdb> 133 atoms in block 53
Block first atom: 5800
Blocpdb> 113 atoms in block 54
Block first atom: 5933
Blocpdb> 107 atoms in block 55
Block first atom: 6046
Blocpdb> 120 atoms in block 56
Block first atom: 6153
Blocpdb> 128 atoms in block 57
Block first atom: 6273
Blocpdb> 103 atoms in block 58
Block first atom: 6401
Blocpdb> 111 atoms in block 59
Block first atom: 6504
Blocpdb> 133 atoms in block 60
Block first atom: 6615
Blocpdb> 116 atoms in block 61
Block first atom: 6748
Blocpdb> 108 atoms in block 62
Block first atom: 6864
Blocpdb> 93 atoms in block 63
Block first atom: 6972
Blocpdb> 106 atoms in block 64
Block first atom: 7065
Blocpdb> 106 atoms in block 65
Block first atom: 7171
Blocpdb> 126 atoms in block 66
Block first atom: 7277
Blocpdb> 96 atoms in block 67
Block first atom: 7403
Blocpdb> 123 atoms in block 68
Block first atom: 7499
Blocpdb> 122 atoms in block 69
Block first atom: 7622
Blocpdb> 108 atoms in block 70
Block first atom: 7744
Blocpdb> 116 atoms in block 71
Block first atom: 7852
Blocpdb> 127 atoms in block 72
Block first atom: 7968
Blocpdb> 119 atoms in block 73
Block first atom: 8095
Blocpdb> 118 atoms in block 74
Block first atom: 8214
Blocpdb> 136 atoms in block 75
Block first atom: 8332
Blocpdb> 94 atoms in block 76
Block first atom: 8468
Blocpdb> 105 atoms in block 77
Block first atom: 8562
Blocpdb> 23 atoms in block 78
Block first atom: 8667
Blocpdb> 131 atoms in block 79
Block first atom: 8690
Blocpdb> 130 atoms in block 80
Block first atom: 8821
Blocpdb> 97 atoms in block 81
Block first atom: 8951
Blocpdb> 127 atoms in block 82
Block first atom: 9048
Blocpdb> 114 atoms in block 83
Block first atom: 9175
Blocpdb> 107 atoms in block 84
Block first atom: 9289
Blocpdb> 85 atoms in block 85
Block first atom: 9396
Blocpdb> 121 atoms in block 86
Block first atom: 9481
Blocpdb> 110 atoms in block 87
Block first atom: 9602
Blocpdb> 104 atoms in block 88
Block first atom: 9712
Blocpdb> 123 atoms in block 89
Block first atom: 9816
Blocpdb> 97 atoms in block 90
Block first atom: 9939
Blocpdb> 117 atoms in block 91
Block first atom: 10036
Blocpdb> 101 atoms in block 92
Block first atom: 10153
Blocpdb> 112 atoms in block 93
Block first atom: 10254
Blocpdb> 98 atoms in block 94
Block first atom: 10366
Blocpdb> 136 atoms in block 95
Block first atom: 10464
Blocpdb> 119 atoms in block 96
Block first atom: 10600
Blocpdb> 103 atoms in block 97
Block first atom: 10719
Blocpdb> 109 atoms in block 98
Block first atom: 10822
Blocpdb> 105 atoms in block 99
Block first atom: 10931
Blocpdb> 110 atoms in block 100
Block first atom: 11036
Blocpdb> 113 atoms in block 101
Block first atom: 11146
Blocpdb> 107 atoms in block 102
Block first atom: 11259
Blocpdb> 84 atoms in block 103
Block first atom: 11366
Blocpdb> 126 atoms in block 104
Block first atom: 11450
Blocpdb> 119 atoms in block 105
Block first atom: 11576
Blocpdb> 121 atoms in block 106
Block first atom: 11695
Blocpdb> 137 atoms in block 107
Block first atom: 11816
Blocpdb> 102 atoms in block 108
Block first atom: 11953
Blocpdb> 109 atoms in block 109
Block first atom: 12055
Blocpdb> 109 atoms in block 110
Block first atom: 12164
Blocpdb> 108 atoms in block 111
Block first atom: 12273
Blocpdb> 99 atoms in block 112
Block first atom: 12381
Blocpdb> 118 atoms in block 113
Block first atom: 12480
Blocpdb> 118 atoms in block 114
Block first atom: 12598
Blocpdb> 112 atoms in block 115
Block first atom: 12716
Blocpdb> 85 atoms in block 116
Block first atom: 12828
Blocpdb> 105 atoms in block 117
Block first atom: 12913
Blocpdb> 125 atoms in block 118
Block first atom: 13018
Blocpdb> 126 atoms in block 119
Block first atom: 13143
Blocpdb> 122 atoms in block 120
Block first atom: 13269
Blocpdb> 95 atoms in block 121
Block first atom: 13391
Blocpdb> 105 atoms in block 122
Block first atom: 13486
Blocpdb> 119 atoms in block 123
Block first atom: 13591
Blocpdb> 109 atoms in block 124
Block first atom: 13710
Blocpdb> 117 atoms in block 125
Block first atom: 13819
Blocpdb> 115 atoms in block 126
Block first atom: 13936
Blocpdb> 115 atoms in block 127
Block first atom: 14051
Blocpdb> 93 atoms in block 128
Block first atom: 14166
Blocpdb> 105 atoms in block 129
Block first atom: 14259
Blocpdb> 114 atoms in block 130
Block first atom: 14364
Blocpdb> 106 atoms in block 131
Block first atom: 14478
Blocpdb> 112 atoms in block 132
Block first atom: 14584
Blocpdb> 107 atoms in block 133
Block first atom: 14696
Blocpdb> 110 atoms in block 134
Block first atom: 14803
Blocpdb> 132 atoms in block 135
Block first atom: 14913
Blocpdb> 130 atoms in block 136
Block first atom: 15045
Blocpdb> 113 atoms in block 137
Block first atom: 15175
Blocpdb> 95 atoms in block 138
Block first atom: 15288
Blocpdb> 104 atoms in block 139
Block first atom: 15383
Blocpdb> 119 atoms in block 140
Block first atom: 15487
Blocpdb> 123 atoms in block 141
Block first atom: 15606
Blocpdb> 126 atoms in block 142
Block first atom: 15729
Blocpdb> 133 atoms in block 143
Block first atom: 15855
Blocpdb> 127 atoms in block 144
Block first atom: 15988
Blocpdb> 109 atoms in block 145
Block first atom: 16115
Blocpdb> 126 atoms in block 146
Block first atom: 16224
Blocpdb> 111 atoms in block 147
Block first atom: 16350
Blocpdb> 106 atoms in block 148
Block first atom: 16461
Blocpdb> 103 atoms in block 149
Block first atom: 16567
Blocpdb> 118 atoms in block 150
Block first atom: 16670
Blocpdb> 116 atoms in block 151
Block first atom: 16788
Blocpdb> 114 atoms in block 152
Block first atom: 16904
Blocpdb> 130 atoms in block 153
Block first atom: 17018
Blocpdb> 119 atoms in block 154
Block first atom: 17148
Blocpdb> 104 atoms in block 155
Block first atom: 17267
Blocpdb> 113 atoms in block 156
Block first atom: 17371
Blocpdb> 94 atoms in block 157
Block first atom: 17484
Blocpdb> 128 atoms in block 158
Block first atom: 17578
Blocpdb> 111 atoms in block 159
Block first atom: 17706
Blocpdb> 102 atoms in block 160
Block first atom: 17817
Blocpdb> 107 atoms in block 161
Block first atom: 17919
Blocpdb> 111 atoms in block 162
Block first atom: 18026
Blocpdb> 109 atoms in block 163
Block first atom: 18137
Blocpdb> 122 atoms in block 164
Block first atom: 18246
Blocpdb> 120 atoms in block 165
Block first atom: 18368
Blocpdb> 106 atoms in block 166
Block first atom: 18488
Blocpdb> 101 atoms in block 167
Block first atom: 18594
Blocpdb> 120 atoms in block 168
Block first atom: 18695
Blocpdb> 114 atoms in block 169
Block first atom: 18815
Blocpdb> 118 atoms in block 170
Block first atom: 18929
Blocpdb> 99 atoms in block 171
Block first atom: 19047
Blocpdb> 117 atoms in block 172
Block first atom: 19146
Blocpdb> 119 atoms in block 173
Block first atom: 19263
Blocpdb> 20 atoms in block 174
Block first atom: 19381
Blocpdb> 174 blocks.
Blocpdb> At most, 144 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 20 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 13753916 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 58203
Prepmat> Matrix trace = 30310080.0001
Prepmat> Last element read: 58203 58203 107.4055
Prepmat> 15226 lines saved.
Prepmat> 13831 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 19401
RTB> Total mass = 19401.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 19401
RTB> Number of blocks = 174
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 334502.8422
RTB> 47574 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1044
Diagstd> Nb of non-zero elements: 47574
Diagstd> Projected matrix trace = 334502.8422
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1044 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 334502.8422
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0049658 0.0092958 0.0493973 0.0846032
0.1907139 0.2131484 0.2812062 0.3186909 0.4760896
0.7645658 0.9091240 0.9884351 1.1339360 1.5013165
1.7974197 2.1495912 2.9887358 3.1151973 3.5091980
4.3408489 4.7710020 5.2842342 6.0080827 6.3406194
7.0559181 7.7598780 8.3549632 8.6497666 9.5905556
10.2367859 10.4056750 11.5125345 12.2869813 12.9253651
14.0350996 14.5002268 15.3273184 16.2709596 17.0294052
17.2580281 18.6450723 19.7583680 20.7188118 21.1569035
21.4132445 22.3449402 23.0262973 23.8352336 24.7677052
26.1671530 26.4572931 27.0331479 27.3313857 27.8716446
28.0156860 28.8413180 29.3141035 31.1884695 31.3516450
32.2137859 32.6095480 33.1194647 33.9260330 34.3840341
35.2740904 35.5439519 36.4727084 37.1279873 37.6707107
38.9048395 39.5678323 40.4335126 41.9961253 43.7253972
44.0229890 45.0477350 45.5526442 46.5719215 47.8820017
48.9970081 49.1513139 49.5211273 51.0973898 51.2827296
52.7228593 53.2402308 54.0502743 55.5352580 56.1560641
57.5401559 57.8882262 59.2499141 59.4709620 59.7096670
61.5319708 62.2894916 62.8598584 63.5795924 64.1518961
65.3910627
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034324 0.0034326 0.0034346 0.0034349 0.0034350
0.0034357 7.6522504 10.4698009 24.1349837 31.5855681
47.4227243 50.1344625 57.5847851 61.3027690 74.9272249
94.9516908 103.5396843 107.9616137 115.6350684 133.0550652
145.5861410 159.2110556 187.7323180 191.6629020 203.4226085
226.2468871 237.1920242 249.6239845 266.1725303 273.4394192
288.4509972 302.4981519 313.8828244 319.3724687 336.2924868
347.4378200 350.2921530 368.4518600 380.6430272 390.4061856
406.8206884 413.5068207 425.1364770 438.0279903 448.1207141
451.1187373 468.8968515 482.6927938 494.2853091 499.4837149
502.5005231 513.3160908 521.0835153 530.1575941 540.4284017
555.4865110 558.5576244 564.6035319 567.7094265 573.2929194
574.7724065 583.1802820 587.9407861 606.4462461 608.0306144
616.3340537 620.1084789 624.9380026 632.5018792 636.7569512
644.9457601 647.4081120 655.8118922 661.6769164 666.4954470
677.3249822 683.0718834 690.5037094 703.7199962 718.0623599
720.5017558 728.8392629 732.9124109 741.0668024 751.4177145
760.1163270 761.3122997 764.1709812 776.2375327 777.6440379
788.4874006 792.3466842 798.3516576 809.2443521 813.7548890
823.7222503 826.2099131 835.8707787 837.4285485 839.1075036
851.8158032 857.0431208 860.9580272 865.8729052 869.7611979
878.1212319
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 19401
Rtb_to_modes> Number of blocs = 174
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9908E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9923E-10
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.591
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.41
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.87
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.57
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.39
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1044 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 1.00001 0.99998 1.00002 0.99999
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0.99999 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000
1.00001 0.99999 1.00001 1.00002 1.00000
1.00002 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001
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0.99999 0.99999 0.99999 0.99998 1.00000
1.00000 1.00002 1.00000 1.00001 1.00001
1.00001 0.99999 0.99999 1.00001 0.99999
1.00000 1.00001 1.00001 0.99999 1.00000
1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 0.99998
1.00002 0.99999 1.00002 1.00001 0.99999
1.00001 0.99998 0.99998 1.00002 1.00001
1.00001 0.99999 1.00001 1.00001 1.00001
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1.00001 0.99998 1.00000 1.00001 1.00000
1.00004
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 349218 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
0.99999 1.00000 1.00005 0.99998 0.99999
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1.00000 1.00001 0.99998 1.00002 0.99999
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0.99999 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000
1.00001 0.99999 1.00001 1.00002 1.00000
1.00002 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001
1.00001 1.00000 1.00001 1.00001 0.99998
1.00000 0.99999 1.00000 0.99998 0.99998
0.99999 0.99999 0.99999 0.99998 1.00000
1.00000 1.00002 1.00000 1.00001 1.00001
1.00001 0.99999 0.99999 1.00001 0.99999
1.00000 1.00001 1.00001 0.99999 1.00000
1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 0.99998
1.00002 0.99999 1.00002 1.00001 0.99999
1.00001 0.99998 0.99998 1.00002 1.00001
1.00001 0.99999 1.00001 1.00001 1.00001
1.00000 1.00000 1.00002 1.00001 1.00002
1.00001 0.99998 1.00000 1.00001 1.00000
1.00004
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4: 0.000-0.000 0.000
Vector 5: 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 6:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 7: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 8:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 9:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 10:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2205041037174332.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2205041037174332.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2205041037174332.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2205041037174332.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1206
First residue number = 1
Last residue number = 666
Number of atoms found = 19401
Mean number per residue = 16.1
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9908E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9923E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0010E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.9658E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.2958E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.9397E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.4603E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1907
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2131
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2812
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3187
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7646
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9091
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9884
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.134
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.501
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.284
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.341
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.39
Bfactors> 106 vectors, 58203 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.004966
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.326 for 1206 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.300 +/- 0.51
Bfactors> = 87.277 +/- 8.92
Bfactors> Shiftng-fct= 86.977
Bfactors> Scaling-fct= 17.587
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2205041037174332.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2205041037174332.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4322E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4325E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4347E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4348E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4355E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 7.652
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 10.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 24.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 31.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 47.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 50.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 57.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 61.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 74.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 94.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 103.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 108.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 115.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 133.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 145.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 159.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 187.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 191.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 203.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 226.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 237.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 249.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 266.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 273.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 288.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 302.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 313.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 319.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 336.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 347.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 350.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 368.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 380.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 390.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 406.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 413.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 425.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 438.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 448.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 451.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 468.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 482.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 494.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 499.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 502.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 513.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 521.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 530.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 540.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 555.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 558.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 564.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 567.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 573.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 574.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 583.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 587.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 606.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 608.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 616.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 620.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 624.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 632.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 636.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 644.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 647.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 655.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 661.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 666.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 677.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 683.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 690.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 703.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 718.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 720.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 728.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 732.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 741.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 751.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 760.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 761.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 764.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 776.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 777.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 788.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 792.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 798.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 809.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 813.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 823.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 826.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 835.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 837.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 839.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 851.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 857.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 860.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 865.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 869.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 878.1
Chkmod> 106 vectors, 58203 coordinates in file.
Chkmod> That is: 19401 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 8 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 26 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7936
0.0034 0.4903
0.0034 0.9697
0.0034 0.9552
0.0034 0.9436
0.0034 0.4687
7.6519 0.4061
10.4694 0.5163
24.1339 0.5236
31.5842 0.4196
47.4190 0.2635
50.1266 0.1817
57.5817 0.7172
61.3010 0.6318
74.9248 0.6047
94.9497 0.6953
103.5339 0.2535
107.9551 0.3642
115.6334 0.4274
133.0353 0.4663
145.5629 0.6151
159.2194 0.7071
187.7326 0.5420
191.6486 0.4518
203.4081 0.3949
226.2411 0.2658
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2205041037174332.atom
calculating perturbed structure for DQ=130
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2205041037174332.atom
calculating perturbed structure for DQ=150
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2205041037174332.atom
calculating perturbed structure for DQ=170
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2205041037174332.atom
calculating perturbed structure for DQ=190
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calculating perturbed structure for DQ=210
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calculating perturbed structure for DQ=250
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making animated gifs
26 models are in 2205041037174332.10.pdb, 4 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 6 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
MODEL 16 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
MODEL 26 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
26 models are in 2205041037174332.10.pdb, 4 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 6 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
MODEL 16 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
MODEL 26 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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26 models are in 2205041037174332.10.pdb, 4 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 6 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
MODEL 16 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
MODEL 26 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2205041037174332 11 -250 250 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-250
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calculating perturbed structure for DQ=-150
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calculating perturbed structure for DQ=-130
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calculating perturbed structure for DQ=-110
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calculating perturbed structure for DQ=50
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calculating perturbed structure for DQ=70
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calculating perturbed structure for DQ=110
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calculating perturbed structure for DQ=130
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calculating perturbed structure for DQ=150
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 6 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
MODEL 16 will be plotted
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MODEL 26 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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STDERR:
real 1m57.401s
user 1m56.684s
sys 0m0.388s
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elNémo
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