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***  TRANSFERASE 31-MAR-06 2CJD  ***

LOGs for ID: 220405004109145553

output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 220405004109145553.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 220405004109145553.atom to be opened. Openam> File opened: 220405004109145553.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 435 First residue number = 15 Last residue number = 449 Number of atoms found = 3350 Mean number per residue = 7.7 Pdbmat> Coordinate statistics: = -23.530726 +/- 15.338071 From: -55.373000 To: 11.976000 = -36.655331 +/- 11.867310 From: -69.770000 To: -11.947000 = 33.952080 +/- 11.126324 From: 6.872000 To: 60.177000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 2.4748 % Filled. Pdbmat> 1249914 non-zero elements. Pdbmat> 136666 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 81.59 +/- 22.09 Maximum number = 126 Minimum number = 12 Pdbmat> Matrix trace = 2.733320E+06 Pdbmat> Larger element = 491.940 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 435 non-zero elements, NRBL set to 3 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 220405004109145553.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 3 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 220405004109145553.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 220405004109145553.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 3350 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 3 residue(s) per block. Blocpdb> 435 residues. Blocpdb> 21 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 26 atoms in block 2 Block first atom: 22 Blocpdb> 26 atoms in block 3 Block first atom: 48 Blocpdb> 23 atoms in block 4 Block first atom: 74 Blocpdb> 22 atoms in block 5 Block first atom: 97 Blocpdb> 19 atoms in block 6 Block first atom: 119 Blocpdb> 24 atoms in block 7 Block first atom: 138 Blocpdb> 23 atoms in block 8 Block first atom: 162 Blocpdb> 26 atoms in block 9 Block first atom: 185 Blocpdb> 14 atoms in block 10 Block first atom: 211 Blocpdb> 26 atoms in block 11 Block first atom: 225 Blocpdb> 20 atoms in block 12 Block first atom: 251 Blocpdb> 19 atoms in block 13 Block first atom: 271 Blocpdb> 34 atoms in block 14 Block first atom: 290 Blocpdb> 24 atoms in block 15 Block first atom: 324 Blocpdb> 29 atoms in block 16 Block first atom: 348 Blocpdb> 18 atoms in block 17 Block first atom: 377 Blocpdb> 19 atoms in block 18 Block first atom: 395 Blocpdb> 20 atoms in block 19 Block first atom: 414 Blocpdb> 19 atoms in block 20 Block first atom: 434 Blocpdb> 23 atoms in block 21 Block first atom: 453 Blocpdb> 22 atoms in block 22 Block first atom: 476 Blocpdb> 26 atoms in block 23 Block first atom: 498 Blocpdb> 25 atoms in block 24 Block first atom: 524 Blocpdb> 19 atoms in block 25 Block first atom: 549 Blocpdb> 25 atoms in block 26 Block first atom: 568 Blocpdb> 21 atoms in block 27 Block first atom: 593 Blocpdb> 21 atoms in block 28 Block first atom: 614 Blocpdb> 25 atoms in block 29 Block first atom: 635 Blocpdb> 18 atoms in block 30 Block first atom: 660 Blocpdb> 29 atoms in block 31 Block first atom: 678 Blocpdb> 27 atoms in block 32 Block first atom: 707 Blocpdb> 23 atoms in block 33 Block first atom: 734 Blocpdb> 20 atoms in block 34 Block first atom: 757 Blocpdb> 20 atoms in block 35 Block first atom: 777 Blocpdb> 25 atoms in block 36 Block first atom: 797 Blocpdb> 29 atoms in block 37 Block first atom: 822 Blocpdb> 17 atoms in block 38 Block first atom: 851 Blocpdb> 18 atoms in block 39 Block first atom: 868 Blocpdb> 24 atoms in block 40 Block first atom: 886 Blocpdb> 22 atoms in block 41 Block first atom: 910 Blocpdb> 21 atoms in block 42 Block first atom: 932 Blocpdb> 31 atoms in block 43 Block first atom: 953 Blocpdb> 27 atoms in block 44 Block first atom: 984 Blocpdb> 22 atoms in block 45 Block first atom: 1011 Blocpdb> 22 atoms in block 46 Block first atom: 1033 Blocpdb> 20 atoms in block 47 Block first atom: 1055 Blocpdb> 19 atoms in block 48 Block first atom: 1075 Blocpdb> 24 atoms in block 49 Block first atom: 1094 Blocpdb> 29 atoms in block 50 Block first atom: 1118 Blocpdb> 20 atoms in block 51 Block first atom: 1147 Blocpdb> 25 atoms in block 52 Block first atom: 1167 Blocpdb> 22 atoms in block 53 Block first atom: 1192 Blocpdb> 21 atoms in block 54 Block first atom: 1214 Blocpdb> 23 atoms in block 55 Block first atom: 1235 Blocpdb> 23 atoms in block 56 Block first atom: 1258 Blocpdb> 22 atoms in block 57 Block first atom: 1281 Blocpdb> 27 atoms in block 58 Block first atom: 1303 Blocpdb> 27 atoms in block 59 Block first atom: 1330 Blocpdb> 29 atoms in block 60 Block first atom: 1357 Blocpdb> 27 atoms in block 61 Block first atom: 1386 Blocpdb> 24 atoms in block 62 Block first atom: 1413 Blocpdb> 26 atoms in block 63 Block first atom: 1437 Blocpdb> 20 atoms in block 64 Block first atom: 1463 Blocpdb> 21 atoms in block 65 Block first atom: 1483 Blocpdb> 18 atoms in block 66 Block first atom: 1504 Blocpdb> 22 atoms in block 67 Block first atom: 1522 Blocpdb> 22 atoms in block 68 Block first atom: 1544 Blocpdb> 25 atoms in block 69 Block first atom: 1566 Blocpdb> 21 atoms in block 70 Block first atom: 1591 Blocpdb> 27 atoms in block 71 Block first atom: 1612 Blocpdb> 28 atoms in block 72 Block first atom: 1639 Blocpdb> 21 atoms in block 73 Block first atom: 1667 Blocpdb> 24 atoms in block 74 Block first atom: 1688 Blocpdb> 21 atoms in block 75 Block first atom: 1712 Blocpdb> 21 atoms in block 76 Block first atom: 1733 Blocpdb> 17 atoms in block 77 Block first atom: 1754 Blocpdb> 29 atoms in block 78 Block first atom: 1771 Blocpdb> 29 atoms in block 79 Block first atom: 1800 Blocpdb> 31 atoms in block 80 Block first atom: 1829 Blocpdb> 18 atoms in block 81 Block first atom: 1860 Blocpdb> 28 atoms in block 82 Block first atom: 1878 Blocpdb> 23 atoms in block 83 Block first atom: 1906 Blocpdb> 24 atoms in block 84 Block first atom: 1929 Blocpdb> 24 atoms in block 85 Block first atom: 1953 Blocpdb> 28 atoms in block 86 Block first atom: 1977 Blocpdb> 23 atoms in block 87 Block first atom: 2005 Blocpdb> 14 atoms in block 88 Block first atom: 2028 Blocpdb> 19 atoms in block 89 Block first atom: 2042 Blocpdb> 26 atoms in block 90 Block first atom: 2061 Blocpdb> 26 atoms in block 91 Block first atom: 2087 Blocpdb> 25 atoms in block 92 Block first atom: 2113 Blocpdb> 19 atoms in block 93 Block first atom: 2138 Blocpdb> 23 atoms in block 94 Block first atom: 2157 Blocpdb> 20 atoms in block 95 Block first atom: 2180 Blocpdb> 25 atoms in block 96 Block first atom: 2200 Blocpdb> 22 atoms in block 97 Block first atom: 2225 Blocpdb> 19 atoms in block 98 Block first atom: 2247 Blocpdb> 20 atoms in block 99 Block first atom: 2266 Blocpdb> 26 atoms in block 100 Block first atom: 2286 Blocpdb> 21 atoms in block 101 Block first atom: 2312 Blocpdb> 23 atoms in block 102 Block first atom: 2333 Blocpdb> 23 atoms in block 103 Block first atom: 2356 Blocpdb> 24 atoms in block 104 Block first atom: 2379 Blocpdb> 22 atoms in block 105 Block first atom: 2403 Blocpdb> 25 atoms in block 106 Block first atom: 2425 Blocpdb> 20 atoms in block 107 Block first atom: 2450 Blocpdb> 23 atoms in block 108 Block first atom: 2470 Blocpdb> 23 atoms in block 109 Block first atom: 2493 Blocpdb> 30 atoms in block 110 Block first atom: 2516 Blocpdb> 24 atoms in block 111 Block first atom: 2546 Blocpdb> 22 atoms in block 112 Block first atom: 2570 Blocpdb> 21 atoms in block 113 Block first atom: 2592 Blocpdb> 31 atoms in block 114 Block first atom: 2613 Blocpdb> 21 atoms in block 115 Block first atom: 2644 Blocpdb> 23 atoms in block 116 Block first atom: 2665 Blocpdb> 31 atoms in block 117 Block first atom: 2688 Blocpdb> 24 atoms in block 118 Block first atom: 2719 Blocpdb> 25 atoms in block 119 Block first atom: 2743 Blocpdb> 18 atoms in block 120 Block first atom: 2768 Blocpdb> 23 atoms in block 121 Block first atom: 2786 Blocpdb> 22 atoms in block 122 Block first atom: 2809 Blocpdb> 26 atoms in block 123 Block first atom: 2831 Blocpdb> 19 atoms in block 124 Block first atom: 2857 Blocpdb> 22 atoms in block 125 Block first atom: 2876 Blocpdb> 22 atoms in block 126 Block first atom: 2898 Blocpdb> 22 atoms in block 127 Block first atom: 2920 Blocpdb> 20 atoms in block 128 Block first atom: 2942 Blocpdb> 28 atoms in block 129 Block first atom: 2962 Blocpdb> 27 atoms in block 130 Block first atom: 2990 Blocpdb> 31 atoms in block 131 Block first atom: 3017 Blocpdb> 25 atoms in block 132 Block first atom: 3048 Blocpdb> 22 atoms in block 133 Block first atom: 3073 Blocpdb> 20 atoms in block 134 Block first atom: 3095 Blocpdb> 17 atoms in block 135 Block first atom: 3115 Blocpdb> 25 atoms in block 136 Block first atom: 3132 Blocpdb> 29 atoms in block 137 Block first atom: 3157 Blocpdb> 22 atoms in block 138 Block first atom: 3186 Blocpdb> 20 atoms in block 139 Block first atom: 3208 Blocpdb> 22 atoms in block 140 Block first atom: 3228 Blocpdb> 18 atoms in block 141 Block first atom: 3250 Blocpdb> 18 atoms in block 142 Block first atom: 3268 Blocpdb> 24 atoms in block 143 Block first atom: 3286 Blocpdb> 20 atoms in block 144 Block first atom: 3310 Blocpdb> 21 atoms in block 145 Block first atom: 3329 Blocpdb> 145 blocks. Blocpdb> At most, 34 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 14 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 1250059 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 10050 Prepmat> Matrix trace = 2733320.0000 Prepmat> Last element read: 10050 10050 186.8729 Prepmat> 10586 lines saved. Prepmat> 9164 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 3350 RTB> Total mass = 3350.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 3350 RTB> Number of blocks = 145 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 187434.1271 RTB> 48981 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 870 Diagstd> Nb of non-zero elements: 48981 Diagstd> Projected matrix trace = 187434.1271 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 870 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 187434.1271 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.4226295 0.6596272 1.5076560 1.9438785 2.6716069 3.3869550 4.1307474 5.4664243 5.5632558 6.5681462 7.1153884 8.4827251 8.8092114 9.7586953 10.1072975 10.2691368 11.1025172 11.8315786 12.6392558 13.2184661 14.1512992 14.6797988 15.6499084 15.9589330 16.5513513 17.1345670 17.9968111 19.1801321 19.4831355 19.9922363 22.4370470 23.5469057 24.4466047 24.8053608 25.4894649 26.2112435 26.2350531 26.7242969 27.2287855 27.8800100 28.5859773 29.6398711 30.8296283 31.0467565 32.1464811 32.8362129 33.3262385 34.5494925 35.4461993 36.0156839 36.2571900 37.3858499 37.8737249 38.5151563 39.2409615 39.6681503 40.3856690 40.6689162 40.9401525 42.0721484 43.3685621 43.9004951 44.3327007 44.5654645 45.2858860 46.0087131 46.6787193 47.6370965 48.4065705 48.9331098 49.6162778 50.1814370 50.3356267 51.0227635 51.6654965 51.9605673 53.0463559 53.4968858 54.1824760 54.6720546 55.3288979 56.1595047 57.1328039 58.2825844 59.1440046 59.7772540 59.8973756 61.0244822 61.6106438 62.2307683 62.6705408 62.8891819 63.3536398 63.9086289 64.4561641 65.6005902 66.0485584 67.1986944 67.5338199 67.7541567 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034327 0.0034327 0.0034336 0.0034337 0.0034345 0.0034347 70.5952055 88.1951211 133.3356910 151.4013835 177.4931340 199.8480855 220.7036918 253.8907917 256.1296136 278.3022297 289.6640426 316.2736252 322.3025900 339.2275842 345.2334002 347.9863828 361.8311962 373.5223790 386.0610902 394.8078785 408.5012941 416.0593937 429.5870491 433.8076496 441.7860601 449.5022264 460.6733192 475.5772572 479.3190670 485.5410670 514.3729584 526.9412566 536.9137862 540.8390667 548.2462116 555.9542993 556.2067491 561.3689979 566.6428527 573.3789476 580.5930098 591.1986526 602.9473972 605.0669034 615.6898592 622.2598958 626.8857953 638.2871724 646.5172511 651.6900843 653.8714146 663.9706914 668.2889658 673.9242940 680.2445956 683.9372456 690.0950638 692.5108464 694.8163165 704.3566594 715.1263688 719.4986601 723.0317602 724.9273734 730.7632775 736.5721992 741.9160157 749.4935882 755.5225611 759.6205216 764.9047722 769.2487990 770.4297067 775.6704895 780.5407546 782.7664842 790.9026989 794.2542200 799.3274069 802.9305420 807.7394421 813.7798173 820.8013264 829.0193759 835.1233827 839.5822737 840.4254151 848.2958294 852.3601823 856.6390381 859.6605584 861.1588178 864.3329427 868.1105427 871.8213666 879.5269546 882.5248679 890.1756247 892.3925541 893.8471347 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 3350 Rtb_to_modes> Number of blocs = 145 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9924E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9929E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9981E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9986E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4226 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6596 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.508 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.944 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.672 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.387 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.131 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.466 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.563 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.568 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.115 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.483 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.809 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.759 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.27 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.83 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.64 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> 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Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 220405004109145553.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 220405004109145553.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 220405004109145553.atom Openam> file on opening on unit 11: 220405004109145553.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 435 First residue number = 15 Last residue number = 449 Number of atoms found = 3350 Mean number per residue = 7.7 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9924E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9929E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9981E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9986E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4226 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6596 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.508 Rdmodfacs> Numero du 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lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.45 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.81 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.49 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.21 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.24 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.72 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.88 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.64 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.83 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.15 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.84 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.33 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.45 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.02 Rdmodfacs> Numero du 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Valeur propre du vecteur en lecture: 42.07 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.37 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.90 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.33 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.57 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.29 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.01 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.68 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.64 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.41 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lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.18 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.67 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.33 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.16 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.13 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.28 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.78 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.90 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.61 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.67 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.89 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.35 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.91 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.46 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.60 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.20 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.75 Bfactors> 106 vectors, 10050 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.422600 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= 0.202 for 435 C-alpha atoms. Bfactors> = 0.043 +/- 0.10 Bfactors> = 20.425 +/- 6.55 Bfactors> Shiftng-fct= 20.383 Bfactors> Scaling-fct= 63.390 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 220405004109145553.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 220405004109145553.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4325E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4326E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4343E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 70.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 88.19 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 133.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 151.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 177.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 199.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 220.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 253.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 256.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 278.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 289.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 316.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 322.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 339.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 345.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 348.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 361.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 373.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 386.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 394.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 408.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 416.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 429.6 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vecteur en lecture: 536.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 540.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 548.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 555.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 556.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 561.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 566.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 573.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 580.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 591.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 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CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 668.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 673.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 680.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 683.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 690.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 692.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 694.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 704.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 715.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 719.5 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vecteur en lecture: 769.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 770.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 775.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 780.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 782.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 790.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 794.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 799.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 802.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 807.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 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CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 861.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 864.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 868.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 871.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 879.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 882.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 890.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 892.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 893.8 Chkmod> 106 vectors, 10050 coordinates in file. Chkmod> That is: 3350 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. 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MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 220405004109145553.13.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 220405004109145553.13.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 14 running: ../../bin/get_modes.sh 220405004109145553 14 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 14 calculating perturbed structure for DQ=-100 220405004109145553.eigenfacs 220405004109145553.atom calculating perturbed structure 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