*** POPC ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 22032808071688658.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 22032808071688658.atom to be opened.
Openam> File opened: 22032808071688658.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 286
First residue number = 35
Last residue number = 1
Number of atoms found = 2331
Mean number per residue = 8.2
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 111.860045 +/- 10.746919 From: 84.682000 To: 135.675000
= 94.819926 +/- 11.529212 From: 65.532000 To: 124.281000
= 114.984705 +/- 13.618335 From: 84.177000 To: 146.344000
Pdbmat> Masses are all set to one.
%Pdbmat-W> residue:'UNL ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> 1 residue(s) not known.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 3.4123 % Filled.
Pdbmat> 834452 non-zero elements.
Pdbmat> 91179 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 78.23 +/- 20.65
Maximum number = 131
Minimum number = 17
Pdbmat> Matrix trace = 1.823580E+06
Pdbmat> Larger element = 475.451
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
286 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 22032808071688658.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 22032808071688658.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
22032808071688658.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 2331 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 286 residues.
Blocpdb> 17 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 19 atoms in block 2
Block first atom: 18
Blocpdb> 12 atoms in block 3
Block first atom: 37
Blocpdb> 15 atoms in block 4
Block first atom: 49
Blocpdb> 13 atoms in block 5
Block first atom: 64
Blocpdb> 11 atoms in block 6
Block first atom: 77
Blocpdb> 12 atoms in block 7
Block first atom: 88
Blocpdb> 13 atoms in block 8
Block first atom: 100
Blocpdb> 12 atoms in block 9
Block first atom: 113
Blocpdb> 19 atoms in block 10
Block first atom: 125
Blocpdb> 14 atoms in block 11
Block first atom: 144
Blocpdb> 12 atoms in block 12
Block first atom: 158
Blocpdb> 9 atoms in block 13
Block first atom: 170
Blocpdb> 16 atoms in block 14
Block first atom: 179
Blocpdb> 15 atoms in block 15
Block first atom: 195
Blocpdb> 16 atoms in block 16
Block first atom: 210
Blocpdb> 14 atoms in block 17
Block first atom: 226
Blocpdb> 17 atoms in block 18
Block first atom: 240
Blocpdb> 22 atoms in block 19
Block first atom: 257
Blocpdb> 17 atoms in block 20
Block first atom: 279
Blocpdb> 18 atoms in block 21
Block first atom: 296
Blocpdb> 14 atoms in block 22
Block first atom: 314
Blocpdb> 16 atoms in block 23
Block first atom: 328
Blocpdb> 20 atoms in block 24
Block first atom: 344
Blocpdb> 12 atoms in block 25
Block first atom: 364
Blocpdb> 13 atoms in block 26
Block first atom: 376
Blocpdb> 17 atoms in block 27
Block first atom: 389
Blocpdb> 16 atoms in block 28
Block first atom: 406
Blocpdb> 16 atoms in block 29
Block first atom: 422
Blocpdb> 19 atoms in block 30
Block first atom: 438
Blocpdb> 14 atoms in block 31
Block first atom: 457
Blocpdb> 15 atoms in block 32
Block first atom: 471
Blocpdb> 16 atoms in block 33
Block first atom: 486
Blocpdb> 18 atoms in block 34
Block first atom: 502
Blocpdb> 22 atoms in block 35
Block first atom: 520
Blocpdb> 21 atoms in block 36
Block first atom: 542
Blocpdb> 18 atoms in block 37
Block first atom: 563
Blocpdb> 22 atoms in block 38
Block first atom: 581
Blocpdb> 15 atoms in block 39
Block first atom: 603
Blocpdb> 16 atoms in block 40
Block first atom: 618
Blocpdb> 14 atoms in block 41
Block first atom: 634
Blocpdb> 17 atoms in block 42
Block first atom: 648
Blocpdb> 20 atoms in block 43
Block first atom: 665
Blocpdb> 18 atoms in block 44
Block first atom: 685
Blocpdb> 15 atoms in block 45
Block first atom: 703
Blocpdb> 12 atoms in block 46
Block first atom: 718
Blocpdb> 19 atoms in block 47
Block first atom: 730
Blocpdb> 12 atoms in block 48
Block first atom: 749
Blocpdb> 15 atoms in block 49
Block first atom: 761
Blocpdb> 15 atoms in block 50
Block first atom: 776
Blocpdb> 12 atoms in block 51
Block first atom: 791
Blocpdb> 14 atoms in block 52
Block first atom: 803
Blocpdb> 16 atoms in block 53
Block first atom: 817
Blocpdb> 23 atoms in block 54
Block first atom: 833
Blocpdb> 16 atoms in block 55
Block first atom: 856
Blocpdb> 14 atoms in block 56
Block first atom: 872
Blocpdb> 18 atoms in block 57
Block first atom: 886
Blocpdb> 19 atoms in block 58
Block first atom: 904
Blocpdb> 14 atoms in block 59
Block first atom: 923
Blocpdb> 14 atoms in block 60
Block first atom: 937
Blocpdb> 14 atoms in block 61
Block first atom: 951
Blocpdb> 13 atoms in block 62
Block first atom: 965
Blocpdb> 18 atoms in block 63
Block first atom: 978
Blocpdb> 17 atoms in block 64
Block first atom: 996
Blocpdb> 15 atoms in block 65
Block first atom: 1013
Blocpdb> 18 atoms in block 66
Block first atom: 1028
Blocpdb> 22 atoms in block 67
Block first atom: 1046
Blocpdb> 12 atoms in block 68
Block first atom: 1068
Blocpdb> 16 atoms in block 69
Block first atom: 1080
Blocpdb> 12 atoms in block 70
Block first atom: 1096
Blocpdb> 9 atoms in block 71
Block first atom: 1108
Blocpdb> 15 atoms in block 72
Block first atom: 1117
Blocpdb> 18 atoms in block 73
Block first atom: 1132
Blocpdb> 15 atoms in block 74
Block first atom: 1150
Blocpdb> 11 atoms in block 75
Block first atom: 1165
Blocpdb> 19 atoms in block 76
Block first atom: 1176
Blocpdb> 17 atoms in block 77
Block first atom: 1195
Blocpdb> 11 atoms in block 78
Block first atom: 1212
Blocpdb> 15 atoms in block 79
Block first atom: 1223
Blocpdb> 22 atoms in block 80
Block first atom: 1238
Blocpdb> 15 atoms in block 81
Block first atom: 1260
Blocpdb> 15 atoms in block 82
Block first atom: 1275
Blocpdb> 18 atoms in block 83
Block first atom: 1290
Blocpdb> 16 atoms in block 84
Block first atom: 1308
Blocpdb> 16 atoms in block 85
Block first atom: 1324
Blocpdb> 18 atoms in block 86
Block first atom: 1340
Blocpdb> 10 atoms in block 87
Block first atom: 1358
Blocpdb> 16 atoms in block 88
Block first atom: 1368
Blocpdb> 14 atoms in block 89
Block first atom: 1384
Blocpdb> 15 atoms in block 90
Block first atom: 1398
Blocpdb> 21 atoms in block 91
Block first atom: 1413
Blocpdb> 12 atoms in block 92
Block first atom: 1434
Blocpdb> 19 atoms in block 93
Block first atom: 1446
Blocpdb> 22 atoms in block 94
Block first atom: 1465
Blocpdb> 15 atoms in block 95
Block first atom: 1487
Blocpdb> 18 atoms in block 96
Block first atom: 1502
Blocpdb> 14 atoms in block 97
Block first atom: 1520
Blocpdb> 14 atoms in block 98
Block first atom: 1534
Blocpdb> 20 atoms in block 99
Block first atom: 1548
Blocpdb> 14 atoms in block 100
Block first atom: 1568
Blocpdb> 12 atoms in block 101
Block first atom: 1582
Blocpdb> 20 atoms in block 102
Block first atom: 1594
Blocpdb> 22 atoms in block 103
Block first atom: 1614
Blocpdb> 11 atoms in block 104
Block first atom: 1636
Blocpdb> 18 atoms in block 105
Block first atom: 1647
Blocpdb> 18 atoms in block 106
Block first atom: 1665
Blocpdb> 14 atoms in block 107
Block first atom: 1683
Blocpdb> 17 atoms in block 108
Block first atom: 1697
Blocpdb> 13 atoms in block 109
Block first atom: 1714
Blocpdb> 14 atoms in block 110
Block first atom: 1727
Blocpdb> 18 atoms in block 111
Block first atom: 1741
Blocpdb> 16 atoms in block 112
Block first atom: 1759
Blocpdb> 16 atoms in block 113
Block first atom: 1775
Blocpdb> 20 atoms in block 114
Block first atom: 1791
Blocpdb> 15 atoms in block 115
Block first atom: 1811
Blocpdb> 21 atoms in block 116
Block first atom: 1826
Blocpdb> 11 atoms in block 117
Block first atom: 1847
Blocpdb> 23 atoms in block 118
Block first atom: 1858
Blocpdb> 19 atoms in block 119
Block first atom: 1881
Blocpdb> 15 atoms in block 120
Block first atom: 1900
Blocpdb> 17 atoms in block 121
Block first atom: 1915
Blocpdb> 16 atoms in block 122
Block first atom: 1932
Blocpdb> 10 atoms in block 123
Block first atom: 1948
Blocpdb> 17 atoms in block 124
Block first atom: 1958
Blocpdb> 13 atoms in block 125
Block first atom: 1975
Blocpdb> 17 atoms in block 126
Block first atom: 1988
Blocpdb> 15 atoms in block 127
Block first atom: 2005
Blocpdb> 18 atoms in block 128
Block first atom: 2020
Blocpdb> 16 atoms in block 129
Block first atom: 2038
Blocpdb> 12 atoms in block 130
Block first atom: 2054
Blocpdb> 18 atoms in block 131
Block first atom: 2066
Blocpdb> 19 atoms in block 132
Block first atom: 2084
Blocpdb> 20 atoms in block 133
Block first atom: 2103
Blocpdb> 11 atoms in block 134
Block first atom: 2123
Blocpdb> 13 atoms in block 135
Block first atom: 2134
Blocpdb> 15 atoms in block 136
Block first atom: 2147
Blocpdb> 16 atoms in block 137
Block first atom: 2162
Blocpdb> 20 atoms in block 138
Block first atom: 2178
Blocpdb> 16 atoms in block 139
Block first atom: 2198
Blocpdb> 15 atoms in block 140
Block first atom: 2214
Blocpdb> 21 atoms in block 141
Block first atom: 2229
Blocpdb> 18 atoms in block 142
Block first atom: 2250
Blocpdb> 12 atoms in block 143
Block first atom: 2268
Blocpdb> 52 atoms in block 144
Block first atom: 2279
Blocpdb> 144 blocks.
Blocpdb> At most, 52 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 9 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 834596 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 6993
Prepmat> Matrix trace = 1823580.0000
Prepmat> Last element read: 6993 6993 158.4189
Prepmat> 10441 lines saved.
Prepmat> 9017 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 2331
RTB> Total mass = 2331.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 2331
RTB> Number of blocks = 144
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 188245.0272
RTB> 49068 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 864
Diagstd> Nb of non-zero elements: 49068
Diagstd> Projected matrix trace = 188245.0272
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 864 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 188245.0272
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 1.9017733 2.2257503 2.7320018 4.0367273
4.5200954 4.8682378 6.5408428 6.6303733 8.2752983
8.3428535 9.2674202 9.5714769 11.3616049 11.4973500
12.4357219 12.8397277 13.6955038 15.1952806 15.5750378
16.2316673 16.7362004 17.2682240 18.0165418 19.1408655
20.2011557 20.7045305 21.4703738 22.6521334 23.0348660
23.7499320 24.4831967 24.6061322 24.9940407 26.0122848
26.7474348 27.8985406 28.1484435 28.8654166 29.3245278
29.8771847 31.0782996 31.3926312 32.6046779 32.8289794
34.0479119 34.4309253 35.3994795 35.7098370 36.2602076
37.2709862 37.8671646 38.8644074 39.1065469 39.7174374
40.2904260 41.5673766 42.3114455 42.9080459 43.4712612
43.6823171 44.6532297 44.9954198 46.0704753 46.3126684
47.1673561 47.4014095 48.2575739 49.1310426 49.8486054
50.5854780 50.9029051 51.1911120 52.0844030 52.6445578
53.9888642 55.2186739 55.6180971 56.1573241 56.6536144
57.0925438 58.0262793 58.8561273 59.3782595 59.9764490
60.6483198 60.8598274 61.5562247 62.9671066 63.2129671
63.5945144 64.3394390 65.3238819 66.5237540 66.9839387
67.7828064 68.3456797 69.6372750 70.3695535 71.3904716
71.5101606
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034317 0.0034342 0.0034343 0.0034347 0.0034355
0.0034355 149.7526962 162.0068956 179.4881469 218.1775136
230.8708399 239.5968870 277.7231835 279.6174499 312.3827961
313.6552707 330.5785777 335.9578225 366.0286844 368.2087933
382.9400431 389.1107119 401.8687973 423.3013395 428.5582255
437.4987807 444.2461919 451.2519763 460.9257777 475.0901929
488.0714317 494.1149262 503.1703979 516.8325232 521.1804608
529.2080794 537.3154652 538.6627659 542.8920930 553.8402700
561.6119610 573.5694657 576.1326304 583.4238715 588.0453145
593.5606698 605.3741955 608.4279257 620.0621723 622.1913531
633.6369891 637.1909915 646.0910401 648.9170930 653.8986239
662.9499203 668.2310847 676.9729336 679.0785541 684.3620052
689.2808458 700.1185560 706.3569322 711.3193916 715.9725969
717.7085396 725.6408419 728.4159293 737.0664220 739.0012661
745.7891258 747.6372103 754.3589065 761.1552904 766.6935090
772.3394336 774.7588837 776.9490892 783.6986989 787.9016706
797.8979989 806.9344678 809.8476816 813.7640183 817.3519284
820.5120757 827.1945078 833.0884655 836.7756078 840.9799753
845.6772880 847.1506304 851.9836652 861.6921747 863.3728116
865.9745084 871.0316082 877.6700385 885.6939024 888.7520604
894.0360958 897.7404910 906.1835294 910.9356067 917.5197166
918.2885238
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 2331
Rtb_to_modes> Number of blocs = 144
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9869E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.51
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 864 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 41958 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
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1.00002 0.99998 0.99998 1.00002 0.99997
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0.99999 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001
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0.99999 0.99998 1.00002 1.00000 1.00000
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4: 0.000-0.000-0.000
Vector 5:-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 6:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 7:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 8: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 9: 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 10:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 22032808071688658.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
22032808071688658.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 22032808071688658.atom
Openam> file on opening on unit 11:
22032808071688658.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 286
First residue number = 35
Last residue number = 1
Number of atoms found = 2331
Mean number per residue = 8.2
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0009E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0009E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.902
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.226
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.732
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.037
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.520
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.51
Bfactors> 106 vectors, 6993 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 1.902000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.358 for 285 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.032 +/- 0.03
Bfactors> = 82.556 +/- 7.54
Bfactors> Shiftng-fct= 82.524
Bfactors> Scaling-fct= 224.932
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 22032808071688658.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
22032808071688658.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4316E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4354E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4354E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 149.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 162.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 179.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 218.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 230.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 239.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 277.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 279.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 312.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 313.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 330.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 335.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 366.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 368.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 383.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 389.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 401.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 423.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 428.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 437.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 444.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 451.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 461.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 475.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 488.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 494.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 503.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 516.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 521.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 529.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 537.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 538.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 542.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 553.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 561.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 573.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 576.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 583.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 588.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 593.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 605.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 608.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 620.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 622.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 633.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 637.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 646.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 648.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 653.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 662.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 668.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 676.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 679.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 684.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 689.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 700.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 706.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 711.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 715.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 717.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 725.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 728.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 737.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 738.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 745.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 747.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 754.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 761.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 766.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 772.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 774.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 776.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 783.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 787.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 797.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 806.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 809.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 813.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 817.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 820.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 827.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 833.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 836.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 841.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 845.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 847.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 852.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 861.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 863.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 865.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 871.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 877.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 885.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 888.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 894.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 897.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 906.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 910.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 917.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 918.2
Chkmod> 106 vectors, 6993 coordinates in file.
Chkmod> That is: 2331 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7916
0.0034 0.9448
0.0034 0.7546
0.0034 0.7945
0.0034 0.7750
0.0034 0.6515
149.7552 0.5933
162.0090 0.4971
179.4804 0.3374
218.1755 0.2443
230.8585 0.3777
239.5808 0.3246
277.7146 0.2820
279.5976 0.2744
312.3638 0.3750
313.6446 0.3983
330.5569 0.4686
335.9350 0.3153
365.9871 0.4782
368.2354 0.4452
382.9895 0.3689
389.0981 0.2779
401.9175 0.3057
423.3489 0.2824
428.6081 0.3744
437.4575 0.3594
444.2775 0.2642
451.2558 0.3692
460.9502 0.4109
475.0591 0.4249
488.0365 0.4357
494.0397 0.6217
503.1444 0.4468
516.7860 0.4267
521.1030 0.6126
529.1861 0.5237
537.2573 0.5510
538.6820 0.6187
542.8249 0.5566
553.7922 0.3952
561.6148 0.5713
573.5598 0.2572
576.1238 0.4688
583.4451 0.2496
587.9747 0.4869
593.5632 0.2124
605.3648 0.5289
608.3763 0.3170
619.9911 0.4269
622.1743 0.4824
633.6292 0.3807
637.1551 0.4796
646.0681 0.5320
648.8907 0.4771
653.8687 0.4602
662.9127 0.4159
668.2274 0.5069
676.9055 0.2909
679.0794 0.5157
684.3547 0.4596
689.2476 0.4997
700.1106 0.3295
706.3145 0.4052
711.3051 0.3827
715.9315 0.4353
717.6587 0.5314
725.5835 0.4023
728.4217 0.3682
737.0310 0.3561
738.9483 0.4209
745.7780 0.5274
747.5940 0.5804
754.3455 0.4212
761.1145 0.5241
766.6713 0.5053
772.3408 0.3579
774.7035 0.5946
776.9073 0.6062
783.6319 0.4983
787.8337 0.5123
797.8721 0.5220
806.9095 0.5130
809.8268 0.3415
813.7485 0.5743
817.2908 0.5629
820.4586 0.6098
827.1855 0.4945
833.0801 0.4114
836.7520 0.4765
840.9688 0.4857
845.6527 0.3084
847.1155 0.5690
851.9732 0.4733
861.6750 0.5069
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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MODEL 5 will be plotted
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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getting mode 9
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making thumbnail 100x100
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getting mode 10
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MODEL 5 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
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