***  01-JUL-21  ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 22031613451271437.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 22031613451271437.atom to be opened.
Openam> File opened: 22031613451271437.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 289
First residue number = 58
Last residue number = 346
Number of atoms found = 2342
Mean number per residue = 8.1
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -6.978184 +/- 12.967531 From: -38.456000 To: 21.685000
= 1.631626 +/- 9.688645 From: -29.356000 To: 29.335000
= -3.474414 +/- 13.407224 From: -34.237000 To: 25.174000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 3.4084 % Filled.
Pdbmat> 841399 non-zero elements.
Pdbmat> 91938 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 78.51 +/- 22.81
Maximum number = 128
Minimum number = 10
Pdbmat> Matrix trace = 1.838760E+06
Pdbmat> Larger element = 488.181
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
289 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 22031613451271437.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 22031613451271437.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
22031613451271437.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 2342 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 289 residues.
Blocpdb> 12 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 19 atoms in block 2
Block first atom: 13
Blocpdb> 12 atoms in block 3
Block first atom: 32
Blocpdb> 20 atoms in block 4
Block first atom: 44
Blocpdb> 15 atoms in block 5
Block first atom: 64
Blocpdb> 19 atoms in block 6
Block first atom: 79
Blocpdb> 18 atoms in block 7
Block first atom: 98
Blocpdb> 12 atoms in block 8
Block first atom: 116
Blocpdb> 18 atoms in block 9
Block first atom: 128
Blocpdb> 12 atoms in block 10
Block first atom: 146
Blocpdb> 16 atoms in block 11
Block first atom: 158
Blocpdb> 16 atoms in block 12
Block first atom: 174
Blocpdb> 14 atoms in block 13
Block first atom: 190
Blocpdb> 16 atoms in block 14
Block first atom: 204
Blocpdb> 17 atoms in block 15
Block first atom: 220
Blocpdb> 20 atoms in block 16
Block first atom: 237
Blocpdb> 17 atoms in block 17
Block first atom: 257
Blocpdb> 15 atoms in block 18
Block first atom: 274
Blocpdb> 15 atoms in block 19
Block first atom: 289
Blocpdb> 20 atoms in block 20
Block first atom: 304
Blocpdb> 19 atoms in block 21
Block first atom: 324
Blocpdb> 16 atoms in block 22
Block first atom: 343
Blocpdb> 12 atoms in block 23
Block first atom: 359
Blocpdb> 13 atoms in block 24
Block first atom: 371
Blocpdb> 16 atoms in block 25
Block first atom: 384
Blocpdb> 15 atoms in block 26
Block first atom: 400
Blocpdb> 13 atoms in block 27
Block first atom: 415
Blocpdb> 14 atoms in block 28
Block first atom: 428
Blocpdb> 17 atoms in block 29
Block first atom: 442
Blocpdb> 18 atoms in block 30
Block first atom: 459
Blocpdb> 16 atoms in block 31
Block first atom: 477
Blocpdb> 19 atoms in block 32
Block first atom: 493
Blocpdb> 23 atoms in block 33
Block first atom: 512
Blocpdb> 20 atoms in block 34
Block first atom: 535
Blocpdb> 13 atoms in block 35
Block first atom: 555
Blocpdb> 15 atoms in block 36
Block first atom: 568
Blocpdb> 13 atoms in block 37
Block first atom: 583
Blocpdb> 19 atoms in block 38
Block first atom: 596
Blocpdb> 14 atoms in block 39
Block first atom: 615
Blocpdb> 19 atoms in block 40
Block first atom: 629
Blocpdb> 16 atoms in block 41
Block first atom: 648
Blocpdb> 16 atoms in block 42
Block first atom: 664
Blocpdb> 18 atoms in block 43
Block first atom: 680
Blocpdb> 13 atoms in block 44
Block first atom: 698
Blocpdb> 22 atoms in block 45
Block first atom: 711
Blocpdb> 15 atoms in block 46
Block first atom: 733
Blocpdb> 22 atoms in block 47
Block first atom: 748
Blocpdb> 17 atoms in block 48
Block first atom: 770
Blocpdb> 19 atoms in block 49
Block first atom: 787
Blocpdb> 20 atoms in block 50
Block first atom: 806
Blocpdb> 13 atoms in block 51
Block first atom: 826
Blocpdb> 16 atoms in block 52
Block first atom: 839
Blocpdb> 13 atoms in block 53
Block first atom: 855
Blocpdb> 17 atoms in block 54
Block first atom: 868
Blocpdb> 14 atoms in block 55
Block first atom: 885
Blocpdb> 22 atoms in block 56
Block first atom: 899
Blocpdb> 16 atoms in block 57
Block first atom: 921
Blocpdb> 20 atoms in block 58
Block first atom: 937
Blocpdb> 16 atoms in block 59
Block first atom: 957
Blocpdb> 14 atoms in block 60
Block first atom: 973
Blocpdb> 10 atoms in block 61
Block first atom: 987
Blocpdb> 16 atoms in block 62
Block first atom: 997
Blocpdb> 22 atoms in block 63
Block first atom: 1013
Blocpdb> 11 atoms in block 64
Block first atom: 1035
Blocpdb> 13 atoms in block 65
Block first atom: 1046
Blocpdb> 12 atoms in block 66
Block first atom: 1059
Blocpdb> 15 atoms in block 67
Block first atom: 1071
Blocpdb> 18 atoms in block 68
Block first atom: 1086
Blocpdb> 12 atoms in block 69
Block first atom: 1104
Blocpdb> 17 atoms in block 70
Block first atom: 1116
Blocpdb> 17 atoms in block 71
Block first atom: 1133
Blocpdb> 17 atoms in block 72
Block first atom: 1150
Blocpdb> 17 atoms in block 73
Block first atom: 1167
Blocpdb> 11 atoms in block 74
Block first atom: 1184
Blocpdb> 17 atoms in block 75
Block first atom: 1195
Blocpdb> 16 atoms in block 76
Block first atom: 1212
Blocpdb> 15 atoms in block 77
Block first atom: 1228
Blocpdb> 20 atoms in block 78
Block first atom: 1243
Blocpdb> 16 atoms in block 79
Block first atom: 1263
Blocpdb> 22 atoms in block 80
Block first atom: 1279
Blocpdb> 16 atoms in block 81
Block first atom: 1301
Blocpdb> 15 atoms in block 82
Block first atom: 1317
Blocpdb> 15 atoms in block 83
Block first atom: 1332
Blocpdb> 15 atoms in block 84
Block first atom: 1347
Blocpdb> 18 atoms in block 85
Block first atom: 1362
Blocpdb> 13 atoms in block 86
Block first atom: 1380
Blocpdb> 12 atoms in block 87
Block first atom: 1393
Blocpdb> 14 atoms in block 88
Block first atom: 1405
Blocpdb> 18 atoms in block 89
Block first atom: 1419
Blocpdb> 16 atoms in block 90
Block first atom: 1437
Blocpdb> 18 atoms in block 91
Block first atom: 1453
Blocpdb> 15 atoms in block 92
Block first atom: 1471
Blocpdb> 18 atoms in block 93
Block first atom: 1486
Blocpdb> 15 atoms in block 94
Block first atom: 1504
Blocpdb> 21 atoms in block 95
Block first atom: 1519
Blocpdb> 15 atoms in block 96
Block first atom: 1540
Blocpdb> 19 atoms in block 97
Block first atom: 1555
Blocpdb> 18 atoms in block 98
Block first atom: 1574
Blocpdb> 20 atoms in block 99
Block first atom: 1592
Blocpdb> 14 atoms in block 100
Block first atom: 1612
Blocpdb> 19 atoms in block 101
Block first atom: 1626
Blocpdb> 16 atoms in block 102
Block first atom: 1645
Blocpdb> 13 atoms in block 103
Block first atom: 1661
Blocpdb> 14 atoms in block 104
Block first atom: 1674
Blocpdb> 15 atoms in block 105
Block first atom: 1688
Blocpdb> 22 atoms in block 106
Block first atom: 1703
Blocpdb> 13 atoms in block 107
Block first atom: 1725
Blocpdb> 22 atoms in block 108
Block first atom: 1738
Blocpdb> 16 atoms in block 109
Block first atom: 1760
Blocpdb> 15 atoms in block 110
Block first atom: 1776
Blocpdb> 19 atoms in block 111
Block first atom: 1791
Blocpdb> 13 atoms in block 112
Block first atom: 1810
Blocpdb> 18 atoms in block 113
Block first atom: 1823
Blocpdb> 17 atoms in block 114
Block first atom: 1841
Blocpdb> 18 atoms in block 115
Block first atom: 1858
Blocpdb> 16 atoms in block 116
Block first atom: 1876
Blocpdb> 9 atoms in block 117
Block first atom: 1892
Blocpdb> 12 atoms in block 118
Block first atom: 1901
Blocpdb> 15 atoms in block 119
Block first atom: 1913
Blocpdb> 15 atoms in block 120
Block first atom: 1928
Blocpdb> 22 atoms in block 121
Block first atom: 1943
Blocpdb> 15 atoms in block 122
Block first atom: 1965
Blocpdb> 17 atoms in block 123
Block first atom: 1980
Blocpdb> 15 atoms in block 124
Block first atom: 1997
Blocpdb> 14 atoms in block 125
Block first atom: 2012
Blocpdb> 15 atoms in block 126
Block first atom: 2026
Blocpdb> 16 atoms in block 127
Block first atom: 2041
Blocpdb> 10 atoms in block 128
Block first atom: 2057
Blocpdb> 17 atoms in block 129
Block first atom: 2067
Blocpdb> 14 atoms in block 130
Block first atom: 2084
Blocpdb> 14 atoms in block 131
Block first atom: 2098
Blocpdb> 15 atoms in block 132
Block first atom: 2112
Blocpdb> 16 atoms in block 133
Block first atom: 2127
Blocpdb> 18 atoms in block 134
Block first atom: 2143
Blocpdb> 19 atoms in block 135
Block first atom: 2161
Blocpdb> 13 atoms in block 136
Block first atom: 2180
Blocpdb> 18 atoms in block 137
Block first atom: 2193
Blocpdb> 19 atoms in block 138
Block first atom: 2211
Blocpdb> 17 atoms in block 139
Block first atom: 2230
Blocpdb> 19 atoms in block 140
Block first atom: 2247
Blocpdb> 20 atoms in block 141
Block first atom: 2266
Blocpdb> 18 atoms in block 142
Block first atom: 2286
Blocpdb> 16 atoms in block 143
Block first atom: 2304
Blocpdb> 16 atoms in block 144
Block first atom: 2320
Blocpdb> 7 atoms in block 145
Block first atom: 2335
Blocpdb> 145 blocks.
Blocpdb> At most, 23 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 7 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 841544 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 7026
Prepmat> Matrix trace = 1838760.0000
Prepmat> Last element read: 7026 7026 48.7463
Prepmat> 10586 lines saved.
Prepmat> 9082 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 2342
RTB> Total mass = 2342.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 2342
RTB> Number of blocks = 145
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 190817.7594
RTB> 51933 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 870
Diagstd> Nb of non-zero elements: 51933
Diagstd> Projected matrix trace = 190817.7594
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 870 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 190817.7594
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 1.4345016 1.7229051 1.9841549 2.8647979
3.0444525 3.5033514 4.1636006 4.7760634 5.0184256
6.3554317 8.0223390 8.5035614 8.9695036 9.2580169
10.0914916 10.5615143 10.9490097 11.4275580 11.9919345
12.9048585 13.0774422 14.1889889 14.5134682 15.2228971
16.3318248 16.5917707 17.0396360 17.9715200 19.2003221
19.9104893 21.4994969 21.7170289 22.4260909 23.2386892
23.4177676 23.7085355 24.2360970 24.6818425 25.2333455
25.9784014 26.8749634 27.1046271 28.3248075 28.3982414
29.3414108 29.5970329 30.9352415 31.1788101 31.6025572
32.0942326 32.2859966 33.4414266 33.7193717 34.0775096
35.1663221 35.5893849 36.4043920 36.5301888 37.5193858
38.4270962 38.6246823 39.4737337 40.4970314 40.7543817
41.3803143 41.9419646 42.4988253 43.9229823 44.2137250
44.7234348 45.4775026 45.8170163 47.3522310 47.8067585
48.3906686 49.3596413 49.9063140 50.2867945 50.7110658
51.6833045 52.6540012 53.6150970 54.1447138 54.4157156
55.0386899 55.2172492 55.9400684 57.2967353 57.5185054
57.9090733 58.7030813 59.2854352 60.4455498 60.6893580
61.8109095 62.4696098 62.6487010 63.6344486 64.8585687
65.8257496
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034318 0.0034323 0.0034340 0.0034340 0.0034342
0.0034344 130.0606142 142.5364587 152.9618286 183.7986330
189.4741117 203.2530768 221.5796192 237.3178035 243.2646623
273.7586242 307.5712840 316.6618223 325.2216772 330.4108228
344.9633540 352.9054586 359.3210838 367.0895294 376.0450736
390.0963654 392.6961875 409.0449207 413.6955820 423.6858262
438.8464977 442.3251661 448.2553042 460.3495102 475.8274996
484.5473771 503.5115407 506.0523959 514.2473582 523.4812060
525.4943204 528.7466686 534.5971277 539.4908313 545.4848550
553.4794385 562.9492188 565.3494822 577.9346909 578.6833717
588.2145683 590.7712712 603.9792738 606.3523272 610.4588489
615.1893067 617.0244574 627.9682383 630.5724860 633.9123379
643.9597977 647.8217448 655.1974087 656.3284633 665.1554294
673.1534316 674.8818377 682.2591735 691.0458680 693.2381179
698.5414358 703.2660702 707.9192844 719.6829113 722.0609076
726.2110544 732.3076721 735.0361214 747.2492760 750.8270819
755.3984542 762.9240013 767.1371727 770.0559073 773.2975770
780.6752606 787.9723346 795.1312610 799.0488144 801.0459935
805.6183025 806.9240581 812.1883896 821.9780474 823.5672661
826.3586697 832.0046031 836.1212984 844.2623969 845.9633573
853.7443593 858.2813522 859.5107556 866.2463606 874.5385547
881.0350513
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 2342
Rtb_to_modes> Number of blocs = 145
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9873E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9900E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.83
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 870 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 1.00000 0.99998 1.00001 0.99997
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1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 0.99997
1.00001
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 42156 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 0.99997
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1.00002 1.00002 1.00002 1.00002 1.00002
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1.00001 1.00002 0.99998 1.00001 1.00001
1.00001 0.99999 1.00002 1.00000 1.00001
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0.99998 1.00000 0.99999 1.00002 0.99999
0.99999 0.99998 0.99999 0.99998 0.99999
1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 0.99997
1.00001
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4:-0.000 0.000 0.000
Vector 5:-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 6:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 7:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 8:-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 9:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 10:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 22031613451271437.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
22031613451271437.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 22031613451271437.atom
Openam> file on opening on unit 11:
22031613451271437.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 289
First residue number = 58
Last residue number = 346
Number of atoms found = 2342
Mean number per residue = 8.1
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.723
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.984
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.865
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.71
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.98
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.60
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.72
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.83
Bfactors> 106 vectors, 7026 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 1.435000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.467 for 289 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.037 +/- 0.08
Bfactors> = 86.356 +/- 11.80
Bfactors> Shiftng-fct= 86.319
Bfactors> Scaling-fct= 156.780
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 22031613451271437.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
22031613451271437.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4316E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4321E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4343E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 130.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 142.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 152.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 183.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 189.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 203.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 221.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 237.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 243.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 273.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 307.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 316.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 325.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 330.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 344.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 352.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 359.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 367.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 376.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 390.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 392.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 409.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 413.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 423.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 438.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 442.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 448.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 460.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 475.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 484.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 503.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 506.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 514.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 523.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 525.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 528.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 534.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 539.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 545.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 553.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 562.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 565.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 577.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 578.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 588.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 590.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 604.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 606.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 610.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 615.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 617.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 627.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 630.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 633.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 644.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 647.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 655.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 656.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 665.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 673.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 674.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 682.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 691.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 693.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 698.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 703.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 707.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 719.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 722.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 726.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 732.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 735.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 747.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 750.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 755.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 762.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 767.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 770.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 773.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 780.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 787.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 795.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 799.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 801.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 805.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 806.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 812.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 822.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 823.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 826.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 831.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 836.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 844.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 845.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 853.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 858.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 859.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 866.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 874.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 881.0
Chkmod> 106 vectors, 7026 coordinates in file.
Chkmod> That is: 2342 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 8 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 12 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 15 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.8622
0.0034 0.8103
0.0034 0.7941
0.0034 0.7575
0.0034 0.8713
0.0034 0.7164
130.0776 0.2775
142.5343 0.0831
152.9493 0.3215
183.7972 0.2751
189.4519 0.2028
203.2342 0.2534
221.5807 0.1359
237.3060 0.2955
243.2439 0.1322
273.7376 0.2061
307.5516 0.2560
316.6564 0.2856
325.2167 0.1986
330.3963 0.2853
344.9231 0.2457
352.8650 0.3511
359.3219 0.2939
367.1130 0.3750
375.9986 0.1311
390.0062 0.3043
392.7177 0.3202
409.0419 0.2713
413.6284 0.3569
423.6273 0.4684
438.8031 0.3036
442.2826 0.3219
448.2408 0.3376
460.3103 0.3771
475.8031 0.4722
484.5206 0.4558
503.4958 0.2557
506.0653 0.3403
514.2701 0.3392
523.4735 0.2771
525.4968 0.2009
528.7403 0.4791
534.6172 0.4985
539.4475 0.4864
545.4253 0.3157
553.4727 0.5030
562.8731 0.3968
565.2770 0.3973
577.8608 0.4002
578.6764 0.3955
588.1752 0.5469
590.7755 0.2221
603.9998 0.3161
606.3379 0.3407
610.4079 0.3142
615.1223 0.4077
617.0362 0.2307
627.9279 0.2300
630.5513 0.2068
633.9083 0.3844
643.9658 0.3682
647.7995 0.1997
655.1298 0.4400
656.2986 0.3721
665.1323 0.1985
673.1500 0.3306
674.8120 0.4740
682.1976 0.4146
691.0415 0.4682
693.1711 0.4052
698.5088 0.3534
703.2194 0.3307
707.8987 0.3710
719.6276 0.3044
721.9995 0.3296
726.1520 0.3647
732.2963 0.2340
735.0285 0.4757
747.1996 0.4887
750.8203 0.4998
755.3608 0.5178
762.8940 0.3468
767.1326 0.3063
770.0474 0.4853
773.2563 0.2744
780.6168 0.3938
787.9086 0.5837
795.1335 0.4440
798.9797 0.5899
801.0431 0.4484
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getting mode 7
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
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MODEL 9 will be plotted
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
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getting mode 8
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MODEL 5 will be plotted
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MODEL 9 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
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MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
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getting mode 9
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normal mode computation
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MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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getting mode 10
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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MODEL 5 will be plotted
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MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 22031613451271437 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
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MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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