*** 7awm_wt ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 22031510354555331.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 22031510354555331.atom to be opened.
Openam> File opened: 22031510354555331.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 412
First residue number = 29
Last residue number = 488
Number of atoms found = 3135
Mean number per residue = 7.6
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -35.984583 +/- 12.250893 From: -66.259000 To: -0.462000
= 30.261989 +/- 12.047476 From: 1.799000 To: 59.083000
= 4.637274 +/- 14.020146 From: -31.683000 To: 34.700000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.5425 % Filled.
Pdbmat> 1124578 non-zero elements.
Pdbmat> 122882 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 78.39 +/- 22.45
Maximum number = 126
Minimum number = 13
Pdbmat> Matrix trace = 2.457640E+06
Pdbmat> Larger element = 485.809
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
412 non-zero elements, NRBL set to 3
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 22031510354555331.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 3
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 22031510354555331.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
22031510354555331.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 3135 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 3 residue(s) per block.
Blocpdb> 412 residues.
Blocpdb> 23 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 25 atoms in block 2
Block first atom: 24
Blocpdb> 23 atoms in block 3
Block first atom: 49
Blocpdb> 26 atoms in block 4
Block first atom: 72
Blocpdb> 22 atoms in block 5
Block first atom: 98
Blocpdb> 30 atoms in block 6
Block first atom: 120
Blocpdb> 24 atoms in block 7
Block first atom: 150
Blocpdb> 24 atoms in block 8
Block first atom: 174
Blocpdb> 22 atoms in block 9
Block first atom: 198
Blocpdb> 20 atoms in block 10
Block first atom: 220
Blocpdb> 20 atoms in block 11
Block first atom: 240
Blocpdb> 22 atoms in block 12
Block first atom: 260
Blocpdb> 23 atoms in block 13
Block first atom: 282
Blocpdb> 26 atoms in block 14
Block first atom: 305
Blocpdb> 27 atoms in block 15
Block first atom: 331
Blocpdb> 24 atoms in block 16
Block first atom: 358
Blocpdb> 25 atoms in block 17
Block first atom: 382
Blocpdb> 28 atoms in block 18
Block first atom: 407
Blocpdb> 22 atoms in block 19
Block first atom: 435
Blocpdb> 25 atoms in block 20
Block first atom: 457
Blocpdb> 27 atoms in block 21
Block first atom: 482
Blocpdb> 25 atoms in block 22
Block first atom: 509
Blocpdb> 24 atoms in block 23
Block first atom: 534
Blocpdb> 23 atoms in block 24
Block first atom: 558
Blocpdb> 19 atoms in block 25
Block first atom: 581
Blocpdb> 23 atoms in block 26
Block first atom: 600
Blocpdb> 17 atoms in block 27
Block first atom: 623
Blocpdb> 22 atoms in block 28
Block first atom: 640
Blocpdb> 19 atoms in block 29
Block first atom: 662
Blocpdb> 21 atoms in block 30
Block first atom: 681
Blocpdb> 20 atoms in block 31
Block first atom: 702
Blocpdb> 23 atoms in block 32
Block first atom: 722
Blocpdb> 31 atoms in block 33
Block first atom: 745
Blocpdb> 21 atoms in block 34
Block first atom: 776
Blocpdb> 23 atoms in block 35
Block first atom: 797
Blocpdb> 19 atoms in block 36
Block first atom: 820
Blocpdb> 20 atoms in block 37
Block first atom: 839
Blocpdb> 23 atoms in block 38
Block first atom: 859
Blocpdb> 24 atoms in block 39
Block first atom: 882
Blocpdb> 17 atoms in block 40
Block first atom: 906
Blocpdb> 24 atoms in block 41
Block first atom: 923
Blocpdb> 25 atoms in block 42
Block first atom: 947
Blocpdb> 24 atoms in block 43
Block first atom: 972
Blocpdb> 24 atoms in block 44
Block first atom: 996
Blocpdb> 26 atoms in block 45
Block first atom: 1020
Blocpdb> 22 atoms in block 46
Block first atom: 1046
Blocpdb> 18 atoms in block 47
Block first atom: 1068
Blocpdb> 27 atoms in block 48
Block first atom: 1086
Blocpdb> 24 atoms in block 49
Block first atom: 1113
Blocpdb> 7 atoms in block 50
Block first atom: 1137
Blocpdb> 25 atoms in block 51
Block first atom: 1144
Blocpdb> 21 atoms in block 52
Block first atom: 1169
Blocpdb> 24 atoms in block 53
Block first atom: 1190
Blocpdb> 19 atoms in block 54
Block first atom: 1214
Blocpdb> 24 atoms in block 55
Block first atom: 1233
Blocpdb> 26 atoms in block 56
Block first atom: 1257
Blocpdb> 20 atoms in block 57
Block first atom: 1283
Blocpdb> 21 atoms in block 58
Block first atom: 1303
Blocpdb> 21 atoms in block 59
Block first atom: 1324
Blocpdb> 22 atoms in block 60
Block first atom: 1345
Blocpdb> 23 atoms in block 61
Block first atom: 1367
Blocpdb> 30 atoms in block 62
Block first atom: 1390
Blocpdb> 22 atoms in block 63
Block first atom: 1420
Blocpdb> 22 atoms in block 64
Block first atom: 1442
Blocpdb> 24 atoms in block 65
Block first atom: 1464
Blocpdb> 20 atoms in block 66
Block first atom: 1488
Blocpdb> 24 atoms in block 67
Block first atom: 1508
Blocpdb> 31 atoms in block 68
Block first atom: 1532
Blocpdb> 19 atoms in block 69
Block first atom: 1563
Blocpdb> 27 atoms in block 70
Block first atom: 1582
Blocpdb> 21 atoms in block 71
Block first atom: 1609
Blocpdb> 21 atoms in block 72
Block first atom: 1630
Blocpdb> 7 atoms in block 73
Block first atom: 1651
Blocpdb> 17 atoms in block 74
Block first atom: 1658
Blocpdb> 20 atoms in block 75
Block first atom: 1675
Blocpdb> 27 atoms in block 76
Block first atom: 1695
Blocpdb> 22 atoms in block 77
Block first atom: 1722
Blocpdb> 19 atoms in block 78
Block first atom: 1744
Blocpdb> 25 atoms in block 79
Block first atom: 1763
Blocpdb> 20 atoms in block 80
Block first atom: 1788
Blocpdb> 22 atoms in block 81
Block first atom: 1808
Blocpdb> 28 atoms in block 82
Block first atom: 1830
Blocpdb> 27 atoms in block 83
Block first atom: 1858
Blocpdb> 27 atoms in block 84
Block first atom: 1885
Blocpdb> 26 atoms in block 85
Block first atom: 1912
Blocpdb> 26 atoms in block 86
Block first atom: 1938
Blocpdb> 17 atoms in block 87
Block first atom: 1964
Blocpdb> 22 atoms in block 88
Block first atom: 1981
Blocpdb> 23 atoms in block 89
Block first atom: 2003
Blocpdb> 17 atoms in block 90
Block first atom: 2026
Blocpdb> 19 atoms in block 91
Block first atom: 2043
Blocpdb> 17 atoms in block 92
Block first atom: 2062
Blocpdb> 22 atoms in block 93
Block first atom: 2079
Blocpdb> 26 atoms in block 94
Block first atom: 2101
Blocpdb> 23 atoms in block 95
Block first atom: 2127
Blocpdb> 26 atoms in block 96
Block first atom: 2150
Blocpdb> 19 atoms in block 97
Block first atom: 2176
Blocpdb> 28 atoms in block 98
Block first atom: 2195
Blocpdb> 26 atoms in block 99
Block first atom: 2223
Blocpdb> 26 atoms in block 100
Block first atom: 2249
Blocpdb> 18 atoms in block 101
Block first atom: 2275
Blocpdb> 20 atoms in block 102
Block first atom: 2293
Blocpdb> 24 atoms in block 103
Block first atom: 2313
Blocpdb> 16 atoms in block 104
Block first atom: 2337
Blocpdb> 29 atoms in block 105
Block first atom: 2353
Blocpdb> 17 atoms in block 106
Block first atom: 2382
Blocpdb> 24 atoms in block 107
Block first atom: 2399
Blocpdb> 22 atoms in block 108
Block first atom: 2423
Blocpdb> 23 atoms in block 109
Block first atom: 2445
Blocpdb> 29 atoms in block 110
Block first atom: 2468
Blocpdb> 23 atoms in block 111
Block first atom: 2497
Blocpdb> 25 atoms in block 112
Block first atom: 2520
Blocpdb> 21 atoms in block 113
Block first atom: 2545
Blocpdb> 20 atoms in block 114
Block first atom: 2566
Blocpdb> 17 atoms in block 115
Block first atom: 2586
Blocpdb> 18 atoms in block 116
Block first atom: 2603
Blocpdb> 14 atoms in block 117
Block first atom: 2621
Blocpdb> 24 atoms in block 118
Block first atom: 2635
Blocpdb> 17 atoms in block 119
Block first atom: 2659
Blocpdb> 22 atoms in block 120
Block first atom: 2676
Blocpdb> 22 atoms in block 121
Block first atom: 2698
Blocpdb> 20 atoms in block 122
Block first atom: 2720
Blocpdb> 19 atoms in block 123
Block first atom: 2740
Blocpdb> 22 atoms in block 124
Block first atom: 2759
Blocpdb> 23 atoms in block 125
Block first atom: 2781
Blocpdb> 24 atoms in block 126
Block first atom: 2804
Blocpdb> 20 atoms in block 127
Block first atom: 2828
Blocpdb> 30 atoms in block 128
Block first atom: 2848
Blocpdb> 30 atoms in block 129
Block first atom: 2878
Blocpdb> 26 atoms in block 130
Block first atom: 2908
Blocpdb> 22 atoms in block 131
Block first atom: 2934
Blocpdb> 20 atoms in block 132
Block first atom: 2956
Blocpdb> 17 atoms in block 133
Block first atom: 2976
Blocpdb> 17 atoms in block 134
Block first atom: 2993
Blocpdb> 26 atoms in block 135
Block first atom: 3010
Blocpdb> 25 atoms in block 136
Block first atom: 3036
Blocpdb> 26 atoms in block 137
Block first atom: 3061
Blocpdb> 27 atoms in block 138
Block first atom: 3087
Blocpdb> 22 atoms in block 139
Block first atom: 3113
Blocpdb> 139 blocks.
Blocpdb> At most, 31 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 7 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1124717 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 9405
Prepmat> Matrix trace = 2457640.0000
Prepmat> Last element read: 9405 9405 83.7611
Prepmat> 9731 lines saved.
Prepmat> 8400 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 3135
RTB> Total mass = 3135.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 3135
RTB> Number of blocks = 139
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 171574.6527
RTB> 45795 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 834
Diagstd> Nb of non-zero elements: 45795
Diagstd> Projected matrix trace = 171574.6527
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 834 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 171574.6527
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0326950 0.0499558 0.3100635 0.4651082
1.1952933 1.6510109 2.0395253 2.5129963 2.9324268
3.1044743 3.4522931 3.6614925 4.0087032 4.6540060
5.2530928 5.8750422 6.0524671 7.2336064 7.3984533
8.1555086 8.2788681 8.6000166 9.3564962 9.9603974
10.6785410 10.8173637 11.2528953 12.3807006 12.5866837
13.1478426 13.8519197 14.1313727 14.9943672 16.0444863
17.6321388 18.2253038 18.7296609 18.9121774 20.3285659
20.6084521 21.4022513 21.7826234 22.3572198 23.8200917
24.0355402 24.7481580 26.0546931 26.8253633 27.2194919
28.4739401 28.7544128 29.3962707 30.1646257 30.6068259
31.0308965 31.5827691 31.9700134 32.6513479 34.0788215
35.4412841 35.9893900 36.3052516 37.0681657 37.5784788
38.6454657 39.3323648 39.8553038 40.7542748 41.3345854
41.7624011 42.6754444 43.2693654 44.0271634 44.1122438
44.5577986 44.6878875 45.6277760 45.9570811 46.0350172
47.1977801 47.4080167 48.0188624 48.2862557 49.0992276
49.7586617 50.2580336 51.1208085 52.1123802 53.4953973
53.8162966 54.0435605 54.9634041 55.2973552 55.6288804
55.9928269 56.4585198 57.0045133 57.6052964 58.1150761
58.8034147
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034336 0.0034337 0.0034339 0.0034347 0.0034347
0.0034355 19.6352177 24.2710422 60.4673058 74.0580484
118.7223620 139.5308555 155.0814422 172.1437279 185.9554321
191.3327518 201.7665242 207.7898617 217.4188694 234.2657243
248.8873459 263.2090245 267.1538884 292.0604286 295.3695694
310.1135952 312.4501681 318.4526924 332.1634966 342.7153939
354.8552534 357.1543936 364.2733659 382.0919522 385.2573561
393.7517786 404.1571468 408.2135874 420.4935620 434.9688828
455.9820825 463.5885155 469.9592878 472.2435632 489.6081648
492.9671349 502.3715193 506.8160636 513.4571177 529.9891696
532.3806036 540.2151017 554.2915543 562.4294936 566.5461433
579.4541321 582.3009944 588.7642057 596.4090855 600.7647281
604.9123363 610.2676976 613.9976228 620.5057888 633.9245403
646.4724245 651.4521521 654.3046483 661.1436451 665.6790331
675.0633851 681.0363762 685.5487484 693.2372088 698.1553542
701.7590314 709.3887657 714.3080478 720.5359153 721.2317795
724.8650213 725.9223920 733.5165729 736.1587848 736.7827256
746.0296126 747.6893138 752.4908330 754.5830491 760.9088062
766.0015101 769.8356637 776.4153930 783.9091524 794.2431705
796.6217951 798.3020732 805.0671228 807.5091651 809.9261846
812.5712972 815.9433818 819.8792612 824.1883812 827.8271877
832.7153176
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 3135
Rtb_to_modes> Number of blocs = 139
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9980E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9984E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9997E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0009E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.2695E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.80
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 834 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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0.99999 0.99999 1.00002 0.99998 0.99999
1.00000 1.00000 1.00002 1.00002 1.00000
1.00001 0.99999 0.99995 0.99999 1.00001
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1.00001 1.00001 1.00000 1.00002 1.00001
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1.00000 1.00000 1.00000 0.99997 1.00002
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1.00001 0.99999 1.00001 0.99998 0.99999
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0.99999 0.99999 1.00000 0.99999 1.00001
1.00004
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 56430 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 1.00004 1.00001 1.00001 0.99999
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1.00000 1.00000 1.00000 0.99997 1.00002
0.99998 1.00001 0.99998 1.00000 1.00000
1.00001 0.99999 1.00001 0.99998 0.99999
1.00001 0.99998 0.99999 1.00001 1.00003
1.00002 0.99997 1.00000 1.00001 0.99998
1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000
0.99999 0.99999 1.00000 0.99999 1.00001
1.00004
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4: 0.000-0.000 0.000
Vector 5:-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 6: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 7:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 8:-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 9:-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 22031510354555331.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
22031510354555331.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 22031510354555331.atom
Openam> file on opening on unit 11:
22031510354555331.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 412
First residue number = 29
Last residue number = 488
Number of atoms found = 3135
Mean number per residue = 7.6
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9980E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9984E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9997E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0009E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.2695E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.9956E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3101
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4651
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.195
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.651
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.040
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.513
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.279
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.600
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.356
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.960
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.65
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.80
Bfactors> 106 vectors, 9405 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.032695
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.375 for 412 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.282 +/- 1.69
Bfactors> = 129.378 +/- 33.89
Bfactors> Shiftng-fct= 129.097
Bfactors> Scaling-fct= 20.040
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 22031510354555331.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
22031510354555331.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4354E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 19.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 24.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 60.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 74.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 118.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 139.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 155.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 172.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 185.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 191.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 201.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 207.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 234.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 248.9
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 263.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 267.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 292.1
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 295.3
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 385.3
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 393.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 408.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 420.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 434.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 455.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 463.6
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 469.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 472.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 489.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 493.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 506.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 513.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 530.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 532.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 540.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 554.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 562.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 566.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 579.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 582.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 588.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 596.3
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 600.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 604.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 610.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 614.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 620.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 633.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 646.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 651.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 654.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 661.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 665.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 675.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 681.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 685.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 693.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 698.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 701.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 709.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 714.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 720.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 721.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 724.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 725.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 733.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 736.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 736.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 746.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 747.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 754.6
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 760.9
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 796.6
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 807.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 809.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 812.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 819.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 824.2
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 827.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 832.7
Chkmod> 106 vectors, 9405 coordinates in file.
Chkmod> That is: 3135 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 7 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 8 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 38 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 52 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.8237
0.0034 0.7161
0.0034 0.7305
0.0034 0.8620
0.0034 0.7773
0.0034 0.8705
19.6344 0.0316
24.2700 0.0355
60.4683 0.0631
74.0542 0.0868
118.7027 0.1115
139.5244 0.2311
155.0928 0.2303
172.1365 0.4660
185.9339 0.0925
191.3099 0.4507
201.7493 0.4575
207.7670 0.3288
217.4176 0.4506
234.2555 0.3263
248.8745 0.2619
263.1968 0.2902
267.1321 0.1799
292.0558 0.3306
295.3478 0.1050
310.1096 0.3215
312.4392 0.5456
318.4387 0.3388
332.1404 0.4230
342.6938 0.6335
354.8643 0.0827
357.1826 0.4719
364.2109 0.1471
382.0647 0.3386
385.2916 0.2539
393.7672 0.4501
404.1118 0.4317
408.1762 0.1428
420.4143 0.2849
434.8894 0.5070
455.9349 0.5284
463.6283 0.4118
469.9434 0.4946
472.1961 0.4527
489.6044 0.5435
492.9645 0.3963
502.3235 0.4999
506.7638 0.3697
513.4670 0.4037
529.9654 0.3280
532.4071 0.5886
540.2120 0.0861
554.2178 0.4852
562.4540 0.4628
566.5271 0.4768
579.3892 0.3551
582.2313 0.4585
588.7763 0.5091
596.3378 0.2480
600.7701 0.2033
604.8776 0.2680
610.2147 0.4662
613.9711 0.3608
620.4663 0.4873
633.9083 0.4761
646.4330 0.2230
651.4297 0.3005
654.3193 0.5062
661.1316 0.5655
665.6639 0.4595
675.0740 0.4539
680.9867 0.4578
685.5597 0.5026
693.1711 0.3496
698.0867 0.3776
701.7087 0.4309
709.3962 0.4844
714.2826 0.4953
720.5282 0.4418
721.1825 0.5663
724.8518 0.4734
725.9084 0.4672
733.5030 0.5032
736.1506 0.3993
736.7910 0.3949
746.0151 0.0649
747.6729 0.5588
752.4674 0.4493
754.5799 0.4348
760.8821 0.3328
765.9789 0.5505
769.8177 0.4710
776.3759 0.4509
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794.2432 0.3638
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normal mode computation
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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MODEL 3 will be plotted
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getting mode 8
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MODEL 5 will be plotted
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
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MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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MODEL 7 will be plotted
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MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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getting mode 9
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MODEL 5 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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making small animated gif 100x100
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getting mode 10
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
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MODEL 9 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 22031510354555331 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
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MODEL 3 will be plotted
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MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 3 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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