*** dark2light A nrbl 1 cutoff 3 ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 22022217490245406.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 3.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 22022217490245406.atom to be opened.
Openam> File opened: 22022217490245406.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 196
First residue number = 80
Last residue number = 301
Number of atoms found = 1561
Mean number per residue = 8.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -11.274161 +/- 10.931312 From: -37.808000 To: 15.862000
= -18.022439 +/- 9.414348 From: -41.838000 To: 3.568000
= 41.569375 +/- 9.136225 From: 21.621000 To: 64.082000
Pdbmat> Masses are all set to one.
%Pdbmat-W> residue:'B12 ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> 1 residue(s) not known.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 0.4641 % Filled.
Pdbmat> 50896 non-zero elements.
Pdbmat> 4615 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 5.91 +/- 1.92
Maximum number = 13
Minimum number = 2
Pdbmat> Matrix trace = 92300.0
Pdbmat> Larger element = 53.9846
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 22022217490245406.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 22022217490245406.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
22022217490245406.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 1561 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 196 residues.
Blocpdb> 7 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 9 atoms in block 2
Block first atom: 8
Blocpdb> 8 atoms in block 3
Block first atom: 17
Blocpdb> 8 atoms in block 4
Block first atom: 25
Blocpdb> 4 atoms in block 5
Block first atom: 33
Blocpdb> 7 atoms in block 6
Block first atom: 37
Blocpdb> 4 atoms in block 7
Block first atom: 44
Blocpdb> 8 atoms in block 8
Block first atom: 48
Blocpdb> 8 atoms in block 9
Block first atom: 56
Blocpdb> 9 atoms in block 10
Block first atom: 64
Blocpdb> 5 atoms in block 11
Block first atom: 73
Blocpdb> 8 atoms in block 12
Block first atom: 78
Blocpdb> 8 atoms in block 13
Block first atom: 86
Blocpdb> 11 atoms in block 14
Block first atom: 94
Blocpdb> 4 atoms in block 15
Block first atom: 105
Blocpdb> 8 atoms in block 16
Block first atom: 109
Blocpdb> 8 atoms in block 17
Block first atom: 117
Blocpdb> 5 atoms in block 18
Block first atom: 125
Blocpdb> 4 atoms in block 19
Block first atom: 130
Blocpdb> 5 atoms in block 20
Block first atom: 134
Blocpdb> 9 atoms in block 21
Block first atom: 139
Blocpdb> 5 atoms in block 22
Block first atom: 148
Blocpdb> 8 atoms in block 23
Block first atom: 153
Blocpdb> 11 atoms in block 24
Block first atom: 161
Blocpdb> 11 atoms in block 25
Block first atom: 172
Blocpdb> 11 atoms in block 26
Block first atom: 183
Blocpdb> 4 atoms in block 27
Block first atom: 194
Blocpdb> 8 atoms in block 28
Block first atom: 198
Blocpdb> 11 atoms in block 29
Block first atom: 206
Blocpdb> 11 atoms in block 30
Block first atom: 217
Blocpdb> 14 atoms in block 31
Block first atom: 228
Blocpdb> 4 atoms in block 32
Block first atom: 242
Blocpdb> 7 atoms in block 33
Block first atom: 246
Blocpdb> 9 atoms in block 34
Block first atom: 253
Blocpdb> 4 atoms in block 35
Block first atom: 262
Blocpdb> 7 atoms in block 36
Block first atom: 266
Blocpdb> 8 atoms in block 37
Block first atom: 273
Blocpdb> 9 atoms in block 38
Block first atom: 281
Blocpdb> 10 atoms in block 39
Block first atom: 290
Blocpdb> 8 atoms in block 40
Block first atom: 300
Blocpdb> 8 atoms in block 41
Block first atom: 308
Blocpdb> 8 atoms in block 42
Block first atom: 316
Blocpdb> 7 atoms in block 43
Block first atom: 324
Blocpdb> 7 atoms in block 44
Block first atom: 331
Blocpdb> 8 atoms in block 45
Block first atom: 338
Blocpdb> 11 atoms in block 46
Block first atom: 346
Blocpdb> 9 atoms in block 47
Block first atom: 357
Blocpdb> 7 atoms in block 48
Block first atom: 366
Blocpdb> 4 atoms in block 49
Block first atom: 373
Blocpdb> 9 atoms in block 50
Block first atom: 377
Blocpdb> 5 atoms in block 51
Block first atom: 386
Blocpdb> 14 atoms in block 52
Block first atom: 391
Blocpdb> 10 atoms in block 53
Block first atom: 405
Blocpdb> 11 atoms in block 54
Block first atom: 415
Blocpdb> 4 atoms in block 55
Block first atom: 426
Blocpdb> 9 atoms in block 56
Block first atom: 430
Blocpdb> 8 atoms in block 57
Block first atom: 439
Blocpdb> 4 atoms in block 58
Block first atom: 447
Blocpdb> 7 atoms in block 59
Block first atom: 451
Blocpdb> 5 atoms in block 60
Block first atom: 458
Blocpdb> 9 atoms in block 61
Block first atom: 463
Blocpdb> 9 atoms in block 62
Block first atom: 472
Blocpdb> 10 atoms in block 63
Block first atom: 481
Blocpdb> 8 atoms in block 64
Block first atom: 491
Blocpdb> 5 atoms in block 65
Block first atom: 499
Blocpdb> 6 atoms in block 66
Block first atom: 504
Blocpdb> 7 atoms in block 67
Block first atom: 510
Blocpdb> 11 atoms in block 68
Block first atom: 517
Blocpdb> 8 atoms in block 69
Block first atom: 528
Blocpdb> 11 atoms in block 70
Block first atom: 536
Blocpdb> 5 atoms in block 71
Block first atom: 547
Blocpdb> 11 atoms in block 72
Block first atom: 552
Blocpdb> 8 atoms in block 73
Block first atom: 563
Blocpdb> 9 atoms in block 74
Block first atom: 571
Blocpdb> 9 atoms in block 75
Block first atom: 580
Blocpdb> 8 atoms in block 76
Block first atom: 589
Blocpdb> 8 atoms in block 77
Block first atom: 597
Blocpdb> 8 atoms in block 78
Block first atom: 605
Blocpdb> 8 atoms in block 79
Block first atom: 613
Blocpdb> 5 atoms in block 80
Block first atom: 621
Blocpdb> 4 atoms in block 81
Block first atom: 626
Blocpdb> 11 atoms in block 82
Block first atom: 630
Blocpdb> 7 atoms in block 83
Block first atom: 641
Blocpdb> 7 atoms in block 84
Block first atom: 648
Blocpdb> 4 atoms in block 85
Block first atom: 655
Blocpdb> 7 atoms in block 86
Block first atom: 659
Blocpdb> 7 atoms in block 87
Block first atom: 666
Blocpdb> 7 atoms in block 88
Block first atom: 673
Blocpdb> 8 atoms in block 89
Block first atom: 680
Blocpdb> 7 atoms in block 90
Block first atom: 688
Blocpdb> 7 atoms in block 91
Block first atom: 695
Blocpdb> 7 atoms in block 92
Block first atom: 702
Blocpdb> 7 atoms in block 93
Block first atom: 709
Blocpdb> 7 atoms in block 94
Block first atom: 716
Blocpdb> 4 atoms in block 95
Block first atom: 723
Blocpdb> 9 atoms in block 96
Block first atom: 727
Blocpdb> 11 atoms in block 97
Block first atom: 736
Blocpdb> 10 atoms in block 98
Block first atom: 747
Blocpdb> 9 atoms in block 99
Block first atom: 757
Blocpdb> 8 atoms in block 100
Block first atom: 766
Blocpdb> 4 atoms in block 101
Block first atom: 774
Blocpdb> 5 atoms in block 102
Block first atom: 778
Blocpdb> 8 atoms in block 103
Block first atom: 783
Blocpdb> 8 atoms in block 104
Block first atom: 791
Blocpdb> 5 atoms in block 105
Block first atom: 799
Blocpdb> 5 atoms in block 106
Block first atom: 804
Blocpdb> 12 atoms in block 107
Block first atom: 809
Blocpdb> 10 atoms in block 108
Block first atom: 821
Blocpdb> 8 atoms in block 109
Block first atom: 831
Blocpdb> 11 atoms in block 110
Block first atom: 839
Blocpdb> 11 atoms in block 111
Block first atom: 850
Blocpdb> 9 atoms in block 112
Block first atom: 861
Blocpdb> 4 atoms in block 113
Block first atom: 870
Blocpdb> 7 atoms in block 114
Block first atom: 874
Blocpdb> 7 atoms in block 115
Block first atom: 881
Blocpdb> 5 atoms in block 116
Block first atom: 888
Blocpdb> 8 atoms in block 117
Block first atom: 893
Blocpdb> 12 atoms in block 118
Block first atom: 901
Blocpdb> 8 atoms in block 119
Block first atom: 913
Blocpdb> 4 atoms in block 120
Block first atom: 921
Blocpdb> 7 atoms in block 121
Block first atom: 925
Blocpdb> 8 atoms in block 122
Block first atom: 932
Blocpdb> 7 atoms in block 123
Block first atom: 940
Blocpdb> 7 atoms in block 124
Block first atom: 947
Blocpdb> 8 atoms in block 125
Block first atom: 954
Blocpdb> 7 atoms in block 126
Block first atom: 962
Blocpdb> 8 atoms in block 127
Block first atom: 969
Blocpdb> 8 atoms in block 128
Block first atom: 977
Blocpdb> 11 atoms in block 129
Block first atom: 985
Blocpdb> 5 atoms in block 130
Block first atom: 996
Blocpdb> 8 atoms in block 131
Block first atom: 1001
Blocpdb> 5 atoms in block 132
Block first atom: 1009
Blocpdb> 11 atoms in block 133
Block first atom: 1014
Blocpdb> 11 atoms in block 134
Block first atom: 1025
Blocpdb> 8 atoms in block 135
Block first atom: 1036
Blocpdb> 4 atoms in block 136
Block first atom: 1044
Blocpdb> 5 atoms in block 137
Block first atom: 1048
Blocpdb> 4 atoms in block 138
Block first atom: 1053
Blocpdb> 5 atoms in block 139
Block first atom: 1057
Blocpdb> 7 atoms in block 140
Block first atom: 1062
Blocpdb> 7 atoms in block 141
Block first atom: 1069
Blocpdb> 8 atoms in block 142
Block first atom: 1076
Blocpdb> 6 atoms in block 143
Block first atom: 1084
Blocpdb> 5 atoms in block 144
Block first atom: 1090
Blocpdb> 7 atoms in block 145
Block first atom: 1095
Blocpdb> 8 atoms in block 146
Block first atom: 1102
Blocpdb> 6 atoms in block 147
Block first atom: 1110
Blocpdb> 9 atoms in block 148
Block first atom: 1116
Blocpdb> 7 atoms in block 149
Block first atom: 1125
Blocpdb> 8 atoms in block 150
Block first atom: 1132
Blocpdb> 11 atoms in block 151
Block first atom: 1140
Blocpdb> 5 atoms in block 152
Block first atom: 1151
Blocpdb> 8 atoms in block 153
Block first atom: 1156
Blocpdb> 7 atoms in block 154
Block first atom: 1164
Blocpdb> 8 atoms in block 155
Block first atom: 1171
Blocpdb> 4 atoms in block 156
Block first atom: 1179
Blocpdb> 5 atoms in block 157
Block first atom: 1183
Blocpdb> 8 atoms in block 158
Block first atom: 1188
Blocpdb> 9 atoms in block 159
Block first atom: 1196
Blocpdb> 8 atoms in block 160
Block first atom: 1205
Blocpdb> 8 atoms in block 161
Block first atom: 1213
Blocpdb> 5 atoms in block 162
Block first atom: 1221
Blocpdb> 7 atoms in block 163
Block first atom: 1226
Blocpdb> 11 atoms in block 164
Block first atom: 1233
Blocpdb> 7 atoms in block 165
Block first atom: 1244
Blocpdb> 11 atoms in block 166
Block first atom: 1251
Blocpdb> 8 atoms in block 167
Block first atom: 1262
Blocpdb> 4 atoms in block 168
Block first atom: 1270
Blocpdb> 4 atoms in block 169
Block first atom: 1274
Blocpdb> 9 atoms in block 170
Block first atom: 1278
Blocpdb> 4 atoms in block 171
Block first atom: 1287
Blocpdb> 5 atoms in block 172
Block first atom: 1291
Blocpdb> 4 atoms in block 173
Block first atom: 1296
Blocpdb> 7 atoms in block 174
Block first atom: 1300
Blocpdb> 9 atoms in block 175
Block first atom: 1307
Blocpdb> 9 atoms in block 176
Block first atom: 1316
Blocpdb> 5 atoms in block 177
Block first atom: 1325
Blocpdb> 11 atoms in block 178
Block first atom: 1330
Blocpdb> 11 atoms in block 179
Block first atom: 1341
Blocpdb> 8 atoms in block 180
Block first atom: 1352
Blocpdb> 4 atoms in block 181
Block first atom: 1360
Blocpdb> 5 atoms in block 182
Block first atom: 1364
Blocpdb> 9 atoms in block 183
Block first atom: 1369
Blocpdb> 12 atoms in block 184
Block first atom: 1378
Blocpdb> 8 atoms in block 185
Block first atom: 1390
Blocpdb> 9 atoms in block 186
Block first atom: 1398
Blocpdb> 8 atoms in block 187
Block first atom: 1407
Blocpdb> 8 atoms in block 188
Block first atom: 1415
Blocpdb> 9 atoms in block 189
Block first atom: 1423
Blocpdb> 4 atoms in block 190
Block first atom: 1432
Blocpdb> 8 atoms in block 191
Block first atom: 1436
Blocpdb> 5 atoms in block 192
Block first atom: 1444
Blocpdb> 9 atoms in block 193
Block first atom: 1449
Blocpdb> 5 atoms in block 194
Block first atom: 1458
Blocpdb> 8 atoms in block 195
Block first atom: 1463
Blocpdb> 91 atoms in block 196
Block first atom: 1470
Blocpdb> 196 blocks.
Blocpdb> At most, 91 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 51092 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 4683
Prepmat> Matrix trace = 92300.0000
Prepmat> Last element read: 4683 4683 12.5764
Prepmat> 19307 lines saved.
Prepmat> 18806 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1561
RTB> Total mass = 1561.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 1561
RTB> Number of blocks = 196
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 7993.3835
RTB> 15060 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1176
Diagstd> Nb of non-zero elements: 15060
Diagstd> Projected matrix trace = 7993.3835
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1176 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 7993.3835
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 61 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000001
%Diagstd-Wn> Six expected. Parts of the structure interact too little ?
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000001
0.0000001 0.0000001 0.0000001 0.0000001 0.0000001
0.0000002 0.0000002 0.0000002 0.0000002 0.0000002
0.0000002 0.0000002 0.0000003 0.0000003 0.0000004
0.0000004 0.0000005 0.0000005 0.0000006 0.0000007
0.0000008 0.0000009 0.0000009 0.0000009 0.0000011
0.0000011 0.0000012 0.0000012 0.0000013 0.0000013
0.0000013 0.0000016 0.0000017 0.0000017 0.0000018
0.0000020 0.0000021 0.0000021 0.0000023 0.0000026
0.0000028 0.0000030 0.0000033 0.0000033 0.0000034
0.0000034
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034339 0.0034339 0.0034339 0.0034339 0.0034339
0.0034339 0.0034339 0.0034339 0.0034339 0.0034340
0.0034340 0.0034340 0.0034340 0.0034340 0.0034340
0.0034340 0.0034340 0.0034340 0.0034340 0.0034340
0.0034340 0.0034340 0.0034340 0.0034340 0.0034340
0.0034340 0.0034340 0.0034340 0.0034340 0.0034340
0.0034340 0.0034340 0.0034340 0.0034340 0.0034340
0.0034340 0.0034340 0.0034340 0.0034799 0.0034940
0.0036618 0.0038083 0.0043573 0.0044182 0.0051114
0.0056008 0.0065228 0.0088025 0.0089894 0.0105118
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0.0192921 0.0209802 0.0214540 0.0216719 0.0276520
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0.0535557 0.0541839 0.0559188 0.0638586 0.0653406
0.0708227 0.0732207 0.0743387 0.0845396 0.0905384
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0.1164370 0.1181847 0.1184787 0.1220475 0.1233699
0.1249106 0.1382969 0.1406023 0.1406361 0.1472159
0.1520634 0.1569202 0.1582328 0.1647528 0.1748027
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0.2015451
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1561
Rtb_to_modes> Number of blocs = 196
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9997E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9999E-10
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0269E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0353E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.1371E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.2299E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.2156E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.6602E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.6081E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.3705E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.9008E-08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.1562E-08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.7327E-08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.9032E-08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.9830E-08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.4843E-08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.4318E-08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.6517E-07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.2536E-07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.5465E-07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.6864E-07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.0608E-07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.9515E-07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.9636E-07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0997E-06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.1497E-06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.1845E-06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.1904E-06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.6765E-06
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.1233E-06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.3018E-06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.5912E-06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.9703E-06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.2742E-06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.4303E-06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.4447E-06
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1176 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
1.00001 1.00000 1.00001 0.99998 0.99999
1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 1.00001
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0.99998 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000
1.00003 0.99997 1.00000 0.99997 0.99997
1.00003 0.99997 1.00002 1.00004 1.00004
1.00001 1.00000 1.00002 0.99999 1.00002
1.00000 1.00002 0.99999 1.00000 1.00000
1.00000 0.99998 1.00002 1.00000 1.00002
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1.00000 0.99998 0.99997 0.99999 1.00000
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1.00003 1.00001 1.00002 0.99998 0.99996
1.00001
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 28098 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 1.00003 0.99999 0.99997 0.99999
0.99999 1.00003 1.00001 0.99998 1.00000
1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
1.00001 1.00000 1.00001 0.99998 0.99999
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1.00000 1.00003 1.00000 1.00002 0.99999
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0.99999 0.99995 0.99998 0.99999 1.00002
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1.00001 0.99999 1.00001 1.00003 0.99999
0.99998 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000
1.00003 0.99997 1.00000 0.99997 0.99997
1.00003 0.99997 1.00002 1.00004 1.00004
1.00001 1.00000 1.00002 0.99999 1.00002
1.00000 1.00002 0.99999 1.00000 1.00000
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1.00000 0.99998 0.99997 0.99999 1.00000
1.00002 0.99999 0.99996 1.00002 0.99995
1.00003 1.00001 1.00002 0.99998 0.99996
1.00001
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4: 0.000 0.000-0.000
Vector 5:-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 6: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 7: 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 8: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 9:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 10:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 22022217490245406.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
22022217490245406.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 22022217490245406.atom
Openam> file on opening on unit 11:
22022217490245406.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 196
First residue number = 80
Last residue number = 301
Number of atoms found = 1561
Mean number per residue = 8.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9997E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.4447E-06
Bfactors> 106 vectors, 4683 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 61 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.000000
Bfactors> 45 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.069 for 195 C-alpha atoms.
Bfactors> = 699045.592 +/- ******
Bfactors> = 30.461 +/- 6.33
Bfactors> Shiftng-fct= **********
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 22022217490245406.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
22022217490245406.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1406
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1406
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1472
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1521
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1569
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1582
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1647
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1748
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1810
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1871
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1965
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1984
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.2011
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.2015
Chkmod> 106 vectors, 4683 coordinates in file.
Chkmod> That is: 1561 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 3 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 37 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 44 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 61 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 68 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 91 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 98 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.0046
0.0034 0.0404
0.0034 0.0808
0.0034 0.1245
0.0034 0.2388
0.0034 0.3312
0.0034 0.3204
0.0034 0.4345
0.0034 0.4309
0.0034 0.5581
0.0034 0.5348
0.0034 0.5041
0.0034 0.5102
0.0034 0.3119
0.0034 0.5434
0.0034 0.5574
0.0034 0.6471
0.0034 0.5295
0.0034 0.6817
0.0034 0.6794
0.0034 0.2848
0.0034 0.6758
0.0034 0.5728
0.0034 0.6054
0.0034 0.5670
0.0034 0.6193
0.0034 0.4858
0.0034 0.5166
0.0034 0.5776
0.0034 0.4596
0.0034 0.4520
0.0034 0.2748
0.0034 0.4520
0.0034 0.4504
0.0034 0.4790
0.0034 0.3989
0.0034 0.1017
0.0034 0.0835
0.0035 0.5603
0.0035 0.5224
0.0037 0.1810
0.0038 0.3189
0.0044 0.2080
0.0044 0.2343
0.0051 0.4798
0.0056 0.1760
0.0065 0.0283
0.0088 0.2951
0.0090 0.2384
0.0105 0.4279
0.0116 0.2367
0.0120 0.3638
0.0143 0.4341
0.0150 0.3937
0.0185 0.2590
0.0193 0.0850
0.0210 0.0239
0.0215 0.0739
0.0217 0.4242
0.0277 0.3857
0.0333 0.2392
0.0346 0.3923
0.0371 0.1256
0.0399 0.2117
0.0399 0.2244
0.0437 0.0885
0.0446 0.4589
0.0458 0.2479
0.0475 0.1097
0.0492 0.1993
0.0536 0.2099
0.0542 0.1339
0.0559 0.2519
0.0639 0.1107
0.0653 0.3693
0.0708 0.0979
0.0732 0.2492
0.0743 0.2351
0.0845 0.1397
0.0905 0.1649
0.0969 0.2521
0.1029 0.1906
0.1052 0.1191
0.1057 0.2165
0.1139 0.2819
0.1164 0.1782
0.1182 0.3046
0.1185 0.2907
0.1220 0.3271
0.1234 0.1069
0.1249 0.0432
0.1383 0.1533
0.1406 0.2071
0.1406 0.1095
0.1472 0.1865
0.1521 0.1886
0.1569 0.1701
0.1582 0.1081
0.1647 0.1936
0.1748 0.1372
0.1810 0.0879
0.1871 0.2151
0.1965 0.1502
0.1984 0.1540
0.2011 0.1266
0.2015 0.3870
project conformational change on normal modes
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 22022217490245406.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
22022217490245406.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 22022217490245406.atom
Openam> file on opening on unit 11:
22022217490245406.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 22022217490245406.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
22022217490245406.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4797E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4939E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.6616E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.8081E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4.3572E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4.4180E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5.1112E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5.6006E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 6.5225E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 8.8022E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 8.9891E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1.0511E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1.1641E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1.1971E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1.4282E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1.4990E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1.8494E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1.9291E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2.0979E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2.1453E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2.1671E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2.7651E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.3348E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4646E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.7095E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.9868E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.9928E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4.3690E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4.4599E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4.5835E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4.7544E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4.9172E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5.3553E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5.4181E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5.5916E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 6.3856E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 6.5338E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 7.0820E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 7.3218E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 7.4336E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 8.4536E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 9.0535E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 9.6902E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1029
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1052
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1057
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1139
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1164
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1182
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1185
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1220
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1234
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1249
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1383
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1406
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1406
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1472
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1521
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1569
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1582
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1647
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1748
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1810
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1871
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1965
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.1984
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.2011
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 0.2015
Projmod> 106 vectors, 4683 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 196
First residue number = 80
Last residue number = 301
Number of atoms found = 1561
Mean number per residue = 8.0
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 196
First residue number = 80
Last residue number = 301
Number of atoms found = 1561
Mean number per residue = 8.0
Projmod> File dr.res: displacement=f(atom number).
Projmod> 1561 atoms are considered.
Projmod> Atomic r.m.s. displacements= 1.48
Projmod> Atomic average masses = 1.00 +/- 0.00
Projmod> File projmod.res: dr.vector=f(fqcy), and cumulative square sum.
Vector: 1 F= 0.00 Cos= -0.010 Sum= 0.000 q= -0.5674
Vector: 2 F= 0.00 Cos= 0.100 Sum= 0.010 q= 5.8150
%Projmod-Wn> Eigenvector 3 Norm= 0.9999
Vector: 3 F= 0.00 Cos= -0.053 Sum= 0.013 q= -3.0999
Vector: 4 F= 0.00 Cos= -0.114 Sum= 0.026 q= -6.6689
Vector: 5 F= 0.00 Cos= 0.079 Sum= 0.032 q= 4.6306
Vector: 6 F= 0.00 Cos= 0.055 Sum= 0.035 q= 3.1992
Vector: 7 F= 0.00 Cos= -0.076 Sum= 0.041 q= -4.4150
Vector: 8 F= 0.00 Cos= 0.000 Sum= 0.041 q= 0.0116
Vector: 9 F= 0.00 Cos= 0.058 Sum= 0.044 q= 3.3739
Vector: 10 F= 0.00 Cos= -0.067 Sum= 0.049 q= -3.9024
Vector: 11 F= 0.00 Cos= -0.009 Sum= 0.049 q= -0.5247
Vector: 12 F= 0.00 Cos= -0.009 Sum= 0.049 q= -0.5064
Vector: 13 F= 0.00 Cos= 0.024 Sum= 0.050 q= 1.4122
Vector: 14 F= 0.00 Cos= -0.143 Sum= 0.070 q= -8.3427
Vector: 15 F= 0.00 Cos= 0.016 Sum= 0.070 q= 0.9203
Vector: 16 F= 0.00 Cos= -0.050 Sum= 0.073 q= -2.8880
Vector: 17 F= 0.00 Cos= -0.188 Sum= 0.108 q= -10.9842
Vector: 18 F= 0.00 Cos= 0.135 Sum= 0.127 q= 7.8948
Vector: 19 F= 0.00 Cos= 0.073 Sum= 0.132 q= 4.2646
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Vector: 21 F= 0.00 Cos= 0.100 Sum= 0.157 q= 5.8021
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Vector: 32 F= 0.00 Cos= -0.002 Sum= 0.299 q= -0.1073
Vector: 33 F= 0.00 Cos= 0.048 Sum= 0.301 q= 2.8120
Vector: 34 F= 0.00 Cos= 0.036 Sum= 0.302 q= 2.1037
Vector: 35 F= 0.00 Cos= 0.021 Sum= 0.303 q= 1.2119
Vector: 36 F= 0.00 Cos= -0.026 Sum= 0.303 q= -1.5367
%Projmod-Wn> Eigenvector 37 Norm= 0.9999
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Vector: 40 F= 0.00 Cos= -0.006 Sum= 0.338 q= -0.3481
Vector: 41 F= 0.00 Cos= 0.009 Sum= 0.338 q= 0.5210
Vector: 42 F= 0.00 Cos= -0.090 Sum= 0.346 q= -5.2667
Vector: 43 F= 0.00 Cos= 0.043 Sum= 0.348 q= 2.4815
%Projmod-Wn> Eigenvector 44 Norm= 0.9999
Vector: 44 F= 0.00 Cos= -0.076 Sum= 0.354 q= -4.4253
Vector: 45 F= 0.01 Cos= -0.049 Sum= 0.356 q= -2.8387
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Vector: 55 F= 0.02 Cos= 0.018 Sum= 0.393 q= 1.0596
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Vector: 58 F= 0.02 Cos= -0.025 Sum= 0.399 q= -1.4860
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Vector: 60 F= 0.03 Cos= -0.040 Sum= 0.402 q= -2.3169
%Projmod-Wn> Eigenvector 61 Norm= 1.0001
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Vector: 63 F= 0.04 Cos= -0.010 Sum= 0.402 q= -0.5726
Vector: 64 F= 0.04 Cos= 0.102 Sum= 0.413 q= 5.9416
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%Projmod-Wn> Eigenvector 68 Norm= 1.0001
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%Projmod-Wn> Eigenvector 91 Norm= 0.9999
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%Projmod-Wn> Eigenvector 98 Norm= 0.9999
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Vector: 99 F= 0.16 Cos= -0.073 Sum= 0.460 q= -4.2712
Vector: 100 F= 0.17 Cos= -0.040 Sum= 0.461 q= -2.3355
Vector: 101 F= 0.18 Cos= -0.056 Sum= 0.465 q= -3.2524
Vector: 102 F= 0.19 Cos= -0.018 Sum= 0.465 q= -1.0608
Vector: 103 F= 0.20 Cos= -0.055 Sum= 0.468 q= -3.1997
Vector: 104 F= 0.20 Cos= 0.010 Sum= 0.468 q= 0.5633
Vector: 105 F= 0.20 Cos= 0.031 Sum= 0.469 q= 1.8181
Vector: 106 F= 0.20 Cos= 0.043 Sum= 0.471 q= 2.5297
Projmod> Best zero-frequency found : 0.003434
%Projmod-Wn> ...but this is not a null frequency.
Projmod> 0 frequencies less than: 0.003434
Projmod> Lowest non-zero frequency : 0.003434
Projmod> Best overlap with diff.vect. = -0.23 for mode 29 with F= 0.00 cm-1.
Projmod> 1-3-6-9-12-all-best contrb. = 0.054 0.120 0.182 0.230 0.268 0.471
Projmod> Normal end.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 22022217490245406 7 -200 200 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
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calculating perturbed structure for DQ=-180
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calculating perturbed structure for DQ=-160
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calculating perturbed structure for DQ=-140
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calculating perturbed structure for DQ=-120
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calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
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calculating perturbed structure for DQ=-60
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calculating perturbed structure for DQ=20
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calculating perturbed structure for DQ=40
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calculating perturbed structure for DQ=120
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calculating perturbed structure for DQ=140
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calculating perturbed structure for DQ=160
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calculating perturbed structure for DQ=180
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calculating perturbed structure for DQ=200
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
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MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
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MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
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compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-200 195 4.367 116 1.683
MODEL 2 MODE=7 DQ=-180 195 3.929 132 1.736
MODEL 3 MODE=7 DQ=-160 195 3.491 141 1.672
MODEL 4 MODE=7 DQ=-140 195 3.055 149 1.591
MODEL 5 MODE=7 DQ=-120 195 2.619 160 1.545
MODEL 6 MODE=7 DQ=-100 195 2.185 167 1.417
MODEL 7 MODE=7 DQ=-80 195 1.755 176 1.289
MODEL 8 MODE=7 DQ=-60 195 1.330 190 1.190
MODEL 9 MODE=7 DQ=-40 195 0.919 194 0.895
MODEL 10 MODE=7 DQ=-20 195 0.555 195 0.555
MODEL 11 MODE=7 DQ=0 195 0.395 195 0.395
MODEL 12 MODE=7 DQ=20 195 0.624 195 0.624
MODEL 13 MODE=7 DQ=40 195 1.004 194 0.973
MODEL 14 MODE=7 DQ=60 195 1.418 185 1.165
MODEL 15 MODE=7 DQ=80 195 1.844 174 1.260
MODEL 16 MODE=7 DQ=100 195 2.274 165 1.349
MODEL 17 MODE=7 DQ=120 195 2.707 157 1.492
MODEL 18 MODE=7 DQ=140 195 3.141 149 1.492
MODEL 19 MODE=7 DQ=160 195 3.576 139 1.543
MODEL 20 MODE=7 DQ=180 195 4.011 132 1.619
MODEL 21 MODE=7 DQ=200 195 4.447 125 1.687
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 22022217490245406 8 -200 200 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
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calculating perturbed structure for DQ=0
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calculating perturbed structure for DQ=40
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
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making small animated gif 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
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MODEL 3 MODE=8 DQ=-160 195 3.698 133 1.881
MODEL 4 MODE=8 DQ=-140 195 3.248 142 1.769
MODEL 5 MODE=8 DQ=-120 195 2.799 154 1.698
MODEL 6 MODE=8 DQ=-100 195 2.350 158 1.515
MODEL 7 MODE=8 DQ=-80 195 1.905 171 1.421
MODEL 8 MODE=8 DQ=-60 195 1.464 185 1.297
MODEL 9 MODE=8 DQ=-40 195 1.034 195 1.034
MODEL 10 MODE=8 DQ=-20 195 0.638 195 0.638
MODEL 11 MODE=8 DQ=0 195 0.395 195 0.395
MODEL 12 MODE=8 DQ=20 195 0.563 195 0.563
MODEL 13 MODE=8 DQ=40 195 0.943 195 0.943
MODEL 14 MODE=8 DQ=60 195 1.369 190 1.267
MODEL 15 MODE=8 DQ=80 195 1.809 172 1.343
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MODEL 18 MODE=8 DQ=140 195 3.153 146 1.786
MODEL 19 MODE=8 DQ=160 195 3.604 131 1.789
MODEL 20 MODE=8 DQ=180 195 4.055 117 1.733
MODEL 21 MODE=8 DQ=200 195 4.508 110 1.830
getting mode 9
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normal mode computation
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-200 195 3.966 124 1.564
MODEL 2 MODE=9 DQ=-180 195 3.583 128 1.498
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MODEL 5 MODE=9 DQ=-120 195 2.432 155 1.453
MODEL 6 MODE=9 DQ=-100 195 2.048 164 1.374
MODEL 7 MODE=9 DQ=-80 195 1.667 184 1.393
MODEL 8 MODE=9 DQ=-60 195 1.290 192 1.181
MODEL 9 MODE=9 DQ=-40 195 0.924 193 0.864
MODEL 10 MODE=9 DQ=-20 195 0.591 195 0.591
MODEL 11 MODE=9 DQ=0 195 0.395 195 0.395
MODEL 12 MODE=9 DQ=20 195 0.524 195 0.524
MODEL 13 MODE=9 DQ=40 195 0.841 195 0.841
MODEL 14 MODE=9 DQ=60 195 1.207 192 1.129
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MODEL 18 MODE=9 DQ=140 195 2.770 144 1.422
MODEL 19 MODE=9 DQ=160 195 3.169 135 1.436
MODEL 20 MODE=9 DQ=180 195 3.570 129 1.480
MODEL 21 MODE=9 DQ=200 195 3.972 121 1.428
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 22022217490245406 10 -200 200 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
making thumbnail 100x100
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compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-200 195 4.610 86 1.741
MODEL 2 MODE=10 DQ=-180 195 4.157 93 1.769
MODEL 3 MODE=10 DQ=-160 195 3.705 100 1.682
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MODEL 7 MODE=10 DQ=-80 195 1.905 178 1.672
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MODEL 9 MODE=10 DQ=-40 195 1.032 195 1.032
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MODEL 11 MODE=10 DQ=0 195 0.395 195 0.395
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MODEL 18 MODE=10 DQ=140 195 3.166 112 1.894
MODEL 19 MODE=10 DQ=160 195 3.618 98 1.894
MODEL 20 MODE=10 DQ=180 195 4.071 88 1.864
MODEL 21 MODE=10 DQ=200 195 4.525 83 1.985
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 22022217490245406 11 -200 200 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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21 models are in 22022217490245406.11.pdb, 3 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-200 195 3.990 111 1.696
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MODEL 3 MODE=11 DQ=-160 195 3.202 131 1.721
MODEL 4 MODE=11 DQ=-140 195 2.810 150 1.784
MODEL 5 MODE=11 DQ=-120 195 2.419 157 1.611
MODEL 6 MODE=11 DQ=-100 195 2.030 169 1.496
MODEL 7 MODE=11 DQ=-80 195 1.645 184 1.400
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MODEL 10 MODE=11 DQ=-20 195 0.571 195 0.571
MODEL 11 MODE=11 DQ=0 195 0.395 195 0.395
MODEL 12 MODE=11 DQ=20 195 0.545 195 0.545
MODEL 13 MODE=11 DQ=40 195 0.866 195 0.866
MODEL 14 MODE=11 DQ=60 195 1.231 194 1.210
MODEL 15 MODE=11 DQ=80 195 1.609 186 1.457
MODEL 16 MODE=11 DQ=100 195 1.995 173 1.612
MODEL 17 MODE=11 DQ=120 195 2.383 161 1.741
MODEL 18 MODE=11 DQ=140 195 2.773 139 1.701
MODEL 19 MODE=11 DQ=160 195 3.165 124 1.706
MODEL 20 MODE=11 DQ=180 195 3.557 117 1.473
MODEL 21 MODE=11 DQ=200 195 3.951 110 1.467
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