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***  01-JUL-21  ***

LOGs for ID: 220201125949101310

output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 220201125949101310.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 220201125949101310.atom to be opened. Openam> File opened: 220201125949101310.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 201 First residue number = 1 Last residue number = 201 Number of atoms found = 1522 Mean number per residue = 7.6 Pdbmat> Coordinate statistics: = -15.650982 +/- 23.925322 From: -75.269000 To: 14.629000 = -2.318920 +/- 14.098161 From: -52.505000 To: 20.629000 = 9.788584 +/- 29.663874 From: -53.400000 To: 66.770000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 4.2129 % Filled. Pdbmat> 439255 non-zero elements. Pdbmat> 47797 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 62.81 +/- 24.89 Maximum number = 127 Minimum number = 8 Pdbmat> Matrix trace = 955940. Pdbmat> Larger element = 471.431 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 201 non-zero elements, NRBL set to 2 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 220201125949101310.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 2 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 220201125949101310.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 220201125949101310.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 1522 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 2 residue(s) per block. Blocpdb> 201 residues. Blocpdb> 13 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 22 atoms in block 2 Block first atom: 14 Blocpdb> 16 atoms in block 3 Block first atom: 36 Blocpdb> 16 atoms in block 4 Block first atom: 52 Blocpdb> 16 atoms in block 5 Block first atom: 68 Blocpdb> 15 atoms in block 6 Block first atom: 84 Blocpdb> 17 atoms in block 7 Block first atom: 99 Blocpdb> 10 atoms in block 8 Block first atom: 116 Blocpdb> 11 atoms in block 9 Block first atom: 126 Blocpdb> 22 atoms in block 10 Block first atom: 137 Blocpdb> 13 atoms in block 11 Block first atom: 159 Blocpdb> 16 atoms in block 12 Block first atom: 172 Blocpdb> 16 atoms in block 13 Block first atom: 188 Blocpdb> 19 atoms in block 14 Block first atom: 204 Blocpdb> 15 atoms in block 15 Block first atom: 223 Blocpdb> 13 atoms in block 16 Block first atom: 238 Blocpdb> 12 atoms in block 17 Block first atom: 251 Blocpdb> 16 atoms in block 18 Block first atom: 263 Blocpdb> 15 atoms in block 19 Block first atom: 279 Blocpdb> 12 atoms in block 20 Block first atom: 294 Blocpdb> 19 atoms in block 21 Block first atom: 306 Blocpdb> 11 atoms in block 22 Block first atom: 325 Blocpdb> 13 atoms in block 23 Block first atom: 336 Blocpdb> 19 atoms in block 24 Block first atom: 349 Blocpdb> 13 atoms in block 25 Block first atom: 368 Blocpdb> 10 atoms in block 26 Block first atom: 381 Blocpdb> 14 atoms in block 27 Block first atom: 391 Blocpdb> 25 atoms in block 28 Block first atom: 405 Blocpdb> 19 atoms in block 29 Block first atom: 430 Blocpdb> 16 atoms in block 30 Block first atom: 449 Blocpdb> 14 atoms in block 31 Block first atom: 465 Blocpdb> 13 atoms in block 32 Block first atom: 479 Blocpdb> 16 atoms in block 33 Block first atom: 492 Blocpdb> 19 atoms in block 34 Block first atom: 508 Blocpdb> 11 atoms in block 35 Block first atom: 527 Blocpdb> 16 atoms in block 36 Block first atom: 538 Blocpdb> 22 atoms in block 37 Block first atom: 554 Blocpdb> 15 atoms in block 38 Block first atom: 576 Blocpdb> 13 atoms in block 39 Block first atom: 591 Blocpdb> 15 atoms in block 40 Block first atom: 604 Blocpdb> 11 atoms in block 41 Block first atom: 619 Blocpdb> 17 atoms in block 42 Block first atom: 630 Blocpdb> 19 atoms in block 43 Block first atom: 647 Blocpdb> 18 atoms in block 44 Block first atom: 666 Blocpdb> 19 atoms in block 45 Block first atom: 684 Blocpdb> 14 atoms in block 46 Block first atom: 703 Blocpdb> 18 atoms in block 47 Block first atom: 717 Blocpdb> 19 atoms in block 48 Block first atom: 735 Blocpdb> 15 atoms in block 49 Block first atom: 754 Blocpdb> 15 atoms in block 50 Block first atom: 769 Blocpdb> 18 atoms in block 51 Block first atom: 784 Blocpdb> 11 atoms in block 52 Block first atom: 802 Blocpdb> 20 atoms in block 53 Block first atom: 813 Blocpdb> 13 atoms in block 54 Block first atom: 833 Blocpdb> 18 atoms in block 55 Block first atom: 846 Blocpdb> 16 atoms in block 56 Block first atom: 864 Blocpdb> 12 atoms in block 57 Block first atom: 880 Blocpdb> 12 atoms in block 58 Block first atom: 892 Blocpdb> 11 atoms in block 59 Block first atom: 904 Blocpdb> 11 atoms in block 60 Block first atom: 915 Blocpdb> 12 atoms in block 61 Block first atom: 926 Blocpdb> 18 atoms in block 62 Block first atom: 938 Blocpdb> 15 atoms in block 63 Block first atom: 956 Blocpdb> 16 atoms in block 64 Block first atom: 971 Blocpdb> 18 atoms in block 65 Block first atom: 987 Blocpdb> 17 atoms in block 66 Block first atom: 1005 Blocpdb> 17 atoms in block 67 Block first atom: 1022 Blocpdb> 9 atoms in block 68 Block first atom: 1039 Blocpdb> 11 atoms in block 69 Block first atom: 1048 Blocpdb> 15 atoms in block 70 Block first atom: 1059 Blocpdb> 16 atoms in block 71 Block first atom: 1074 Blocpdb> 16 atoms in block 72 Block first atom: 1090 Blocpdb> 15 atoms in block 73 Block first atom: 1106 Blocpdb> 17 atoms in block 74 Block first atom: 1121 Blocpdb> 13 atoms in block 75 Block first atom: 1138 Blocpdb> 19 atoms in block 76 Block first atom: 1151 Blocpdb> 13 atoms in block 77 Block first atom: 1170 Blocpdb> 12 atoms in block 78 Block first atom: 1183 Blocpdb> 10 atoms in block 79 Block first atom: 1195 Blocpdb> 14 atoms in block 80 Block first atom: 1205 Blocpdb> 24 atoms in block 81 Block first atom: 1219 Blocpdb> 13 atoms in block 82 Block first atom: 1243 Blocpdb> 15 atoms in block 83 Block first atom: 1256 Blocpdb> 15 atoms in block 84 Block first atom: 1271 Blocpdb> 23 atoms in block 85 Block first atom: 1286 Blocpdb> 11 atoms in block 86 Block first atom: 1309 Blocpdb> 22 atoms in block 87 Block first atom: 1320 Blocpdb> 17 atoms in block 88 Block first atom: 1342 Blocpdb> 12 atoms in block 89 Block first atom: 1359 Blocpdb> 14 atoms in block 90 Block first atom: 1371 Blocpdb> 12 atoms in block 91 Block first atom: 1385 Blocpdb> 15 atoms in block 92 Block first atom: 1397 Blocpdb> 14 atoms in block 93 Block first atom: 1412 Blocpdb> 13 atoms in block 94 Block first atom: 1426 Blocpdb> 10 atoms in block 95 Block first atom: 1439 Blocpdb> 11 atoms in block 96 Block first atom: 1449 Blocpdb> 18 atoms in block 97 Block first atom: 1460 Blocpdb> 15 atoms in block 98 Block first atom: 1478 Blocpdb> 14 atoms in block 99 Block first atom: 1493 Blocpdb> 11 atoms in block 100 Block first atom: 1507 Blocpdb> 5 atoms in block 101 Block first atom: 1517 Blocpdb> 101 blocks. Blocpdb> At most, 25 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 5 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 439356 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 4566 Prepmat> Matrix trace = 955940.0000 Prepmat> Last element read: 4566 4566 5.2178 Prepmat> 5152 lines saved. Prepmat> 4442 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1522 RTB> Total mass = 1522.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 1522 RTB> Number of blocks = 101 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 98564.0966 RTB> 24009 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 606 Diagstd> Nb of non-zero elements: 24009 Diagstd> Projected matrix trace = 98564.0966 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 606 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 98564.0966 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0003851 0.0006343 0.0027295 0.0054529 0.0092593 0.0123652 0.0129874 0.0247290 0.0354999 0.0457622 0.0663988 0.0731963 0.1088691 0.1216180 0.1905819 0.2746013 0.2990985 0.4556907 0.5678247 0.6339274 0.7113877 0.7491320 0.8851358 0.9933285 1.1168554 1.3479883 1.4109471 1.5179553 1.5886173 1.9136100 2.0882434 2.6547501 2.9088120 3.1428146 3.1885733 3.2317867 4.1290739 4.4561381 4.6520463 5.1401233 5.2492425 5.6053536 5.7036391 5.8762068 6.2458552 6.7443652 7.2058543 7.4624004 7.5715353 7.7101170 8.1348325 8.7691309 9.0771455 9.4383084 10.0423962 10.4168416 10.6958587 11.1545539 11.3437448 12.1541612 12.3232052 13.0239998 13.2646742 14.2419855 15.4615854 15.9751954 16.0765669 16.6925655 17.2096865 18.0638625 18.3525500 18.6852381 19.1692979 20.1025063 20.8928279 21.2397339 21.9030350 22.4228378 23.2172764 23.3612036 23.5459062 24.6796378 25.5154584 26.0866489 26.5244473 27.8963101 28.2740692 28.8390510 29.1557346 30.0010207 30.1460786 31.1626555 31.8568156 32.1821802 32.8456347 34.0883549 34.6235356 35.1644009 35.4462010 37.4529280 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034330 0.0034333 0.0034335 0.0034338 0.0034338 0.0034339 2.1309045 2.7348394 5.6733517 8.0187806 10.4492108 12.0752293 12.3752952 17.0765039 20.4601441 23.2299646 27.9817751 29.3791997 35.8300652 37.8699039 47.4063073 56.9044986 59.3885076 73.3044575 81.8280884 86.4599621 91.5900846 93.9884441 102.1645512 108.2285241 114.7608498 126.0777173 128.9883950 133.7903451 136.8689444 150.2180068 156.9227244 176.9322910 185.2051693 192.5106054 193.9069978 195.2165454 220.6589806 229.2316599 234.2163956 246.1965983 248.7961175 257.0968693 259.3410702 263.2351119 271.3883730 282.0108509 291.4996365 296.6433069 298.8045848 301.5266932 309.7202396 321.5685418 327.1673296 333.6125357 344.1232032 350.4800561 355.1428776 362.6781423 365.7408795 378.5800961 381.2037108 391.8929674 395.4973468 409.8081114 426.9945104 434.0286223 435.4035210 443.6666910 450.4864788 461.5306943 465.2040509 469.4016361 475.4429184 486.8782607 496.3567057 500.4605118 508.2149407 514.2100586 523.2399751 524.8592887 526.9300727 539.4667364 548.5256844 554.6313659 559.2660443 573.5465365 577.4168309 583.1573623 586.3504658 594.7895029 596.2257021 606.1952226 612.9096524 616.0316297 622.3491624 634.0132027 638.9707637 643.9422068 646.5172667 664.5660757 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1522 Rtb_to_modes> Number of blocs = 101 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9945E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9960E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9972E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9991E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9993E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9997E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.8507E-04 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.3427E-04 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.7295E-03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.4529E-03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.2593E-03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.2365E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.2987E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.4729E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.5500E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.5762E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.6399E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.3196E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1089 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1216 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1906 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2746 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2991 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4557 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5678 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6339 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7114 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7491 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8851 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9933 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.117 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.348 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.411 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.518 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.589 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.914 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.088 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.655 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.909 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.143 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.189 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.232 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.129 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.456 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.652 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.140 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.249 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.605 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.704 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.876 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.246 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.744 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.206 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.462 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.572 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.710 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.135 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.769 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.077 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.438 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.04 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.42 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.70 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> 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Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 220201125949101310.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 220201125949101310.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 220201125949101310.atom Openam> file on opening on unit 11: 220201125949101310.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 201 First residue number = 1 Last residue number = 201 Number of atoms found = 1522 Mean number per residue = 7.6 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. 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lecture: 22.42 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.22 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.36 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.68 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.52 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.52 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.90 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.27 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.84 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.16 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.00 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.15 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.16 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.86 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.18 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.85 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.62 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.16 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.45 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.45 Bfactors> 106 vectors, 4566 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.000385 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= -0.401 for 201 C-alpha atoms. Bfactors> = 56.721 +/- 144.66 Bfactors> = 83.485 +/- 17.05 Bfactors> Shiftng-fct= 26.763 Bfactors> Scaling-fct= 0.118 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 220201125949101310.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 220201125949101310.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4329E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4331E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2.131 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2.735 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5.673 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 8.018 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 10.45 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 12.07 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 12.37 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 17.08 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 20.46 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 23.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 27.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 29.38 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 35.83 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 37.87 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 47.41 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 56.90 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 59.39 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 73.30 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 81.82 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 86.45 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 91.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 93.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 102.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 108.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 114.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 126.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 129.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 133.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 136.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 150.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 156.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 176.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 185.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 192.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 193.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 195.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 220.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 229.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 234.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 246.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 248.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 257.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 259.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 263.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 271.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 282.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 291.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 296.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 298.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 301.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 309.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 321.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 327.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 333.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 344.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 350.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 355.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 362.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 365.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 378.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 381.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 391.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 395.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 409.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 427.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 434.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 435.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 443.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 450.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 461.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 465.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 469.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 475.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 486.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 496.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 500.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 508.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 514.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 523.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 524.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 527.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 539.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 548.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 554.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 559.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 573.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 577.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 583.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 586.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 594.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 596.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 606.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 612.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 616.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 622.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 634.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 638.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 643.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 646.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 664.5 Chkmod> 106 vectors, 4566 coordinates in file. Chkmod> That is: 1522 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. %Chkmod-Wn> Norm of vector 21 is: 1.0001 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 27 is: 0.9999 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 52 is: 0.9999 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 65 is: 1.0001 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 68 is: 0.9999 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 87 is: 0.9999 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 90 is: 1.0001 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 106 is: 0.9999 (instead of 1.0000). Chkmod> Normal end. 0.0034 0.7896 0.0034 0.8357 0.0034 0.4497 0.0034 0.9831 0.0034 0.7943 0.0034 0.9337 2.1308 0.1239 2.7347 0.3989 5.6731 0.4307 8.0184 0.5281 10.4488 0.2967 12.0746 0.4239 12.3746 0.4677 17.0758 0.3564 20.4593 0.0696 23.2289 0.2954 27.9806 0.4399 29.3779 0.2117 35.8336 0.4661 37.8655 0.4043 47.4065 0.2201 56.9019 0.1744 59.3861 0.2290 73.3021 0.2244 81.8228 0.1924 86.4544 0.3397 91.5869 0.3391 93.9824 0.4012 102.1581 0.1762 108.2223 0.1562 114.7634 0.2826 126.0729 0.1216 128.9853 0.5465 133.7866 0.2571 136.8796 0.0838 150.2269 0.1521 156.9068 0.2565 176.9330 0.2181 185.2032 0.3744 192.5080 0.3228 193.9116 0.1372 195.2146 0.2287 220.6475 0.1589 229.2183 0.2209 234.2052 0.4836 246.1831 0.5874 248.7797 0.0232 257.0777 0.1939 259.3381 0.2338 263.2192 0.2014 271.3799 0.3664 281.9911 0.0371 291.4901 0.1860 296.6226 0.1206 298.8009 0.3122 301.5115 0.1182 309.7101 0.5372 321.5523 0.1349 327.1507 0.2196 333.5928 0.2427 344.0674 0.2600 350.5181 0.1197 355.1964 0.1012 362.5885 0.0319 365.6648 0.2437 378.4990 0.3468 381.1378 0.0813 391.8160 0.0629 395.4107 0.1126 409.7620 0.4912 426.9543 0.4022 434.0753 0.3505 435.4313 0.1327 443.6136 0.2296 450.4712 0.2511 461.4615 0.3148 465.1518 0.1166 469.4413 0.2528 475.4312 0.3703 486.8270 0.4524 496.3018 0.1993 500.4422 0.3493 508.1579 0.3155 514.1554 0.1812 523.2482 0.5357 524.8232 0.1598 526.9533 0.3267 539.4475 0.2979 548.5510 0.1652 554.6432 0.2794 559.1952 0.1852 573.5598 0.4456 577.3505 0.2169 583.1419 0.1394 586.3682 0.4063 594.7539 0.4782 596.2389 0.0806 606.1434 0.5211 612.9140 0.2426 615.9843 0.3296 622.3638 0.1705 634.0013 0.0665 638.9107 0.3336 643.8743 0.3296 646.5242 0.1193 664.5116 0.2315 getting mode 7 running: ../../bin/get_modes.sh 220201125949101310 7 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 7 calculating perturbed structure for DQ=-100 220201125949101310.eigenfacs 220201125949101310.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 220201125949101310.eigenfacs 220201125949101310.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 220201125949101310.eigenfacs 220201125949101310.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 220201125949101310.eigenfacs 220201125949101310.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 220201125949101310.eigenfacs 220201125949101310.atom calculating perturbed structure for DQ=0 220201125949101310.eigenfacs 220201125949101310.atom calculating perturbed structure for DQ=20 220201125949101310.eigenfacs 220201125949101310.atom calculating perturbed structure for DQ=40 220201125949101310.eigenfacs 220201125949101310.atom calculating perturbed structure for DQ=60 220201125949101310.eigenfacs 220201125949101310.atom calculating perturbed structure for DQ=80 220201125949101310.eigenfacs 220201125949101310.atom calculating perturbed structure for DQ=100 220201125949101310.eigenfacs 220201125949101310.atom making animated gifs 11 models are in 220201125949101310.7.pdb, 1 models will be skipped 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