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***  TOXIN (HEMOLYTIC POLYPEPTIDE) 04-OCT-90 2MLT  ***

LOGs for ID: 210723142520129552

output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 210723142520129552.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 210723142520129552.atom to be opened. Openam> File opened: 210723142520129552.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 52 First residue number = 1 Last residue number = 26 Number of atoms found = 400 Mean number per residue = 7.7 Pdbmat> Coordinate statistics: = 35.110065 +/- 11.212734 From: 11.409000 To: 57.128000 = 0.472290 +/- 6.048974 From: -14.755000 To: 16.214000 = 16.646203 +/- 3.213495 From: 10.284000 To: 25.772000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 15.5543 % Filled. Pdbmat> 112084 non-zero elements. Pdbmat> 12191 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 60.95 +/- 15.74 Maximum number = 93 Minimum number = 17 Pdbmat> Matrix trace = 243820. Pdbmat> Larger element = 423.890 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 52 non-zero elements, NRBL set to 1 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 210723142520129552.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 1 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 210723142520129552.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 210723142520129552.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 400 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 1 residue(s) per block. Blocpdb> 52 residues. Blocpdb> 4 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 8 atoms in block 2 Block first atom: 5 Blocpdb> 4 atoms in block 3 Block first atom: 13 Blocpdb> 5 atoms in block 4 Block first atom: 17 Blocpdb> 7 atoms in block 5 Block first atom: 22 Blocpdb> 8 atoms in block 6 Block first atom: 29 Blocpdb> 9 atoms in block 7 Block first atom: 37 Blocpdb> 7 atoms in block 8 Block first atom: 46 Blocpdb> 8 atoms in block 9 Block first atom: 53 Blocpdb> 7 atoms in block 10 Block first atom: 61 Blocpdb> 7 atoms in block 11 Block first atom: 68 Blocpdb> 4 atoms in block 12 Block first atom: 75 Blocpdb> 8 atoms in block 13 Block first atom: 79 Blocpdb> 7 atoms in block 14 Block first atom: 87 Blocpdb> 5 atoms in block 15 Block first atom: 94 Blocpdb> 8 atoms in block 16 Block first atom: 99 Blocpdb> 8 atoms in block 17 Block first atom: 107 Blocpdb> 6 atoms in block 18 Block first atom: 115 Blocpdb> 14 atoms in block 19 Block first atom: 121 Blocpdb> 8 atoms in block 20 Block first atom: 135 Blocpdb> 9 atoms in block 21 Block first atom: 143 Blocpdb> 11 atoms in block 22 Block first atom: 152 Blocpdb> 9 atoms in block 23 Block first atom: 163 Blocpdb> 11 atoms in block 24 Block first atom: 172 Blocpdb> 9 atoms in block 25 Block first atom: 183 Blocpdb> 9 atoms in block 26 Block first atom: 192 Blocpdb> 4 atoms in block 27 Block first atom: 201 Blocpdb> 8 atoms in block 28 Block first atom: 205 Blocpdb> 4 atoms in block 29 Block first atom: 213 Blocpdb> 5 atoms in block 30 Block first atom: 217 Blocpdb> 7 atoms in block 31 Block first atom: 222 Blocpdb> 8 atoms in block 32 Block first atom: 229 Blocpdb> 9 atoms in block 33 Block first atom: 237 Blocpdb> 7 atoms in block 34 Block first atom: 246 Blocpdb> 8 atoms in block 35 Block first atom: 253 Blocpdb> 7 atoms in block 36 Block first atom: 261 Blocpdb> 7 atoms in block 37 Block first atom: 268 Blocpdb> 4 atoms in block 38 Block first atom: 275 Blocpdb> 8 atoms in block 39 Block first atom: 279 Blocpdb> 7 atoms in block 40 Block first atom: 287 Blocpdb> 5 atoms in block 41 Block first atom: 294 Blocpdb> 8 atoms in block 42 Block first atom: 299 Blocpdb> 8 atoms in block 43 Block first atom: 307 Blocpdb> 6 atoms in block 44 Block first atom: 315 Blocpdb> 14 atoms in block 45 Block first atom: 321 Blocpdb> 8 atoms in block 46 Block first atom: 335 Blocpdb> 9 atoms in block 47 Block first atom: 343 Blocpdb> 11 atoms in block 48 Block first atom: 352 Blocpdb> 9 atoms in block 49 Block first atom: 363 Blocpdb> 11 atoms in block 50 Block first atom: 372 Blocpdb> 9 atoms in block 51 Block first atom: 383 Blocpdb> 9 atoms in block 52 Block first atom: 391 Blocpdb> 52 blocks. Blocpdb> At most, 14 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 112136 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 1200 Prepmat> Matrix trace = 243820.0000 Prepmat> Last element read: 1200 1200 85.6508 Prepmat> 1379 lines saved. Prepmat> 939 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 400 RTB> Total mass = 400.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 400 RTB> Number of blocks = 52 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 53861.4525 RTB> 15024 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 312 Diagstd> Nb of non-zero elements: 15024 Diagstd> Projected matrix trace = 53861.4525 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 312 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 53861.4525 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 1.0065231 1.7957021 3.4196080 6.5188857 7.7330390 9.0996074 11.5238744 12.7518484 13.5976699 16.1050299 18.9542187 21.5790917 22.5660809 25.0249489 26.8668381 28.1106565 28.8678681 29.6727596 30.9913982 32.4519192 34.9737508 36.1147082 38.0539917 39.5961995 39.7178064 41.5867769 42.2327112 43.5771799 44.2337081 46.2921303 47.9735789 49.4921936 51.0234208 51.6402580 53.2151750 57.2245890 58.4003265 59.1812285 61.4048074 62.4230914 63.8676219 65.3350030 66.6192954 67.1523547 69.9232415 71.1992420 73.0742140 74.9198504 76.0452105 79.1139952 81.1077983 81.7754786 81.9862832 84.5259225 85.6034648 86.1407358 86.8866075 87.9477663 89.7828029 91.4687418 92.1741347 93.2079446 94.4277791 96.6442389 97.8027407 99.9939662 100.6381376 101.9049020 102.7962685 103.2546266 103.6253272 105.0018821 105.8767781 107.1772101 108.0137416 109.6564143 111.5687834 112.8421285 113.2110767 113.5619224 115.2834808 115.9440389 117.2589710 118.1499329 119.9649107 120.6145638 121.6184522 123.5201193 125.4315501 125.6370436 126.9595999 127.3894752 128.1096152 128.5311671 129.5828844 130.4109177 130.8121167 131.1566604 132.5234355 133.2651646 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034327 0.0034330 0.0034332 0.0034334 0.0034336 0.0034337 108.9449647 145.5165615 200.8091251 277.2566449 301.9745756 327.5718762 368.6332782 387.7768253 400.4308488 435.7887837 472.7681646 504.4427225 515.8499005 543.2276656 562.8641122 575.7457948 583.4486465 591.5265597 604.5272266 618.6079159 642.1942106 652.5853729 669.8774983 683.3166960 684.3651842 700.2819164 705.6994218 716.8443077 722.2240630 738.8373868 752.1359369 763.9477074 775.6754857 780.3500847 792.1602161 821.4603791 829.8563427 835.3861456 850.9351567 857.9617307 867.8319857 877.7447451 886.3296910 889.8686423 908.0422515 916.2900387 928.2765012 939.9261471 946.9590816 965.8772536 977.9723730 981.9894627 983.2543566 998.3670515 1004.7105249 1007.8585138 1012.2125098 1018.3749008 1028.9442865 1038.5600981 1042.5570153 1048.3872865 1055.2252334 1067.5378087 1073.9171869 1085.8808586 1089.3729215 1096.2076237 1100.9914724 1103.4433471 1105.4223414 1112.7403126 1117.3664802 1124.2075673 1128.5863294 1137.1357166 1147.0084806 1153.5353688 1155.4196274 1157.2085882 1165.9470304 1169.2826155 1175.8943935 1180.3533040 1189.3848378 1192.6009625 1197.5537532 1206.8801142 1216.1822901 1217.1781133 1223.5678381 1225.6375403 1229.0969575 1231.1175029 1236.1441035 1240.0872887 1241.9933396 1243.6278958 1250.0909846 1253.5844614 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 400 Rtb_to_modes> Number of blocs = 52 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9927E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9942E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9954E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9970E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9980E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9987E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.007 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.796 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.420 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.519 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.733 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.100 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.52 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.75 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.60 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.95 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.58 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.57 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.87 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.87 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.67 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.99 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.45 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.97 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.60 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.72 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.59 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.23 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.58 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.23 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.29 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.97 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.49 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.64 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.22 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.22 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.40 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.18 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.40 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.42 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.87 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.34 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.62 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.15 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.92 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.20 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.07 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.92 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.78 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.99 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 84.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 85.60 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.14 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.89 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.95 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 89.78 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 91.47 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.17 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 93.21 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.43 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.64 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 97.80 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.99 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 100.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 101.9 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 102.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 103.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 103.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 105.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 79 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 105.9 Rdmodfacs> Eigenvector number: 80 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 107.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 81 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 108.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 82 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 109.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 83 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 111.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 84 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 112.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 85 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 113.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 86 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 113.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 87 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 115.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 88 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 115.9 Rdmodfacs> Eigenvector number: 89 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 117.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 90 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 118.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 91 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 120.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 92 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 120.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 93 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 121.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 94 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 123.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 95 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 125.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 96 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 125.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 97 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 127.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 98 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 127.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 99 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 128.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 100 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 128.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 101 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 129.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 102 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 130.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 103 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 130.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 104 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 131.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 105 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 132.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 106 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 133.3 Rtb_to_modes> 106 vectors, with 312 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 1.00005 0.99999 0.99999 1.00007 1.00002 1.00002 1.00002 1.00001 1.00001 0.99998 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 1.00004 1.00001 1.00003 0.99998 1.00000 1.00002 0.99998 1.00003 1.00002 0.99997 1.00004 1.00002 1.00000 1.00000 1.00002 1.00002 0.99999 1.00006 0.99996 1.00001 0.99999 0.99999 1.00001 1.00002 0.99999 1.00000 1.00002 1.00003 1.00002 1.00002 1.00000 0.99997 0.99999 1.00002 1.00000 1.00003 0.99996 1.00005 1.00006 1.00001 1.00003 1.00001 0.99996 0.99999 1.00001 1.00001 1.00002 1.00000 1.00002 0.99996 1.00001 1.00001 1.00003 1.00001 1.00003 0.99998 1.00002 1.00002 0.99999 1.00002 1.00002 0.99999 1.00001 1.00001 1.00002 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000 0.99999 0.99999 1.00001 1.00002 1.00001 1.00003 1.00001 1.00003 1.00001 1.00002 0.99997 1.00000 1.00001 1.00001 0.99995 0.99999 1.00001 0.99999 0.99998 1.00002 0.99997 1.00001 1.00000 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 7200 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 1.00005 0.99999 0.99999 1.00007 1.00002 1.00002 1.00002 1.00001 1.00001 0.99998 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 1.00004 1.00001 1.00003 0.99998 1.00000 1.00002 0.99998 1.00003 1.00002 0.99997 1.00004 1.00002 1.00000 1.00000 1.00002 1.00002 0.99999 1.00006 0.99996 1.00001 0.99999 0.99999 1.00001 1.00002 0.99999 1.00000 1.00002 1.00003 1.00002 1.00002 1.00000 0.99997 0.99999 1.00002 1.00000 1.00003 0.99996 1.00005 1.00006 1.00001 1.00003 1.00001 0.99996 0.99999 1.00001 1.00001 1.00002 1.00000 1.00002 0.99996 1.00001 1.00001 1.00003 1.00001 1.00003 0.99998 1.00002 1.00002 0.99999 1.00002 1.00002 0.99999 1.00001 1.00001 1.00002 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000 0.99999 0.99999 1.00001 1.00002 1.00001 1.00003 1.00001 1.00003 1.00001 1.00002 0.99997 1.00000 1.00001 1.00001 0.99995 0.99999 1.00001 0.99999 0.99998 1.00002 0.99997 1.00001 1.00000 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2:-0.000 Vector 3: 0.000 0.000 Vector 4: 0.000-0.000-0.000 Vector 5: 0.000-0.000 0.000 0.000 Vector 6: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 Vector 7: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 Vector 8:-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 Vector 9: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 Vector 10:-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 210723142520129552.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 210723142520129552.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 210723142520129552.atom Openam> file on opening on unit 11: 210723142520129552.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 52 First residue number = 1 Last residue number = 26 Number of atoms found = 400 Mean number per residue = 7.7 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9927E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9942E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9954E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9970E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9980E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9987E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.007 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.796 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.420 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.519 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.733 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.100 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.52 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.75 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.60 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.95 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.58 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.57 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.87 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.87 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.67 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.99 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.45 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.97 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.60 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.72 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.58 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.29 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.97 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.49 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.64 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.22 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.22 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.18 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.42 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.87 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.34 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.62 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.15 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.20 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.07 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.78 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.99 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.60 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.89 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.95 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.78 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.47 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.17 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.21 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.43 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.64 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.80 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.99 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 107.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 115.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 115.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 117.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 118.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 120.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 120.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 121.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 123.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 125.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 125.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 127.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 127.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 128.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 128.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 129.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 130.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 130.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 131.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 132.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 133.3 Bfactors> 106 vectors, 1200 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 1.007000 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= 0.688 for 52 C-alpha atoms. Bfactors> = 0.132 +/- 0.12 Bfactors> = 23.035 +/- 7.01 Bfactors> Shiftng-fct= 22.903 Bfactors> Scaling-fct= 58.553 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 210723142520129552.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 210723142520129552.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4326E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4328E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4330E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 109.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 145.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 200.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 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CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 543.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 562.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 575.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 583.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 591.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 604.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 618.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 642.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 652.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 669.8 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Chkmod> That is: 400 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. %Chkmod-Wn> Norm of vector 1 is: 1.0001 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 4 is: 1.0001 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 32 is: 1.0001 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 50 is: 1.0001 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 52 is: 1.0001 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 64 is: 0.9999 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 89 is: 1.0001 (instead of 1.0000). Chkmod> Normal end. 0.0034 0.9775 0.0034 0.8721 0.0034 0.8094 0.0034 0.7675 0.0034 0.8389 0.0034 0.7216 108.9661 0.7134 145.5224 0.6280 200.8120 0.6646 277.2472 0.5864 301.9609 0.5928 327.5649 0.6218 368.5555 0.6126 387.7321 0.5236 400.4480 0.4250 435.8373 0.2278 472.6953 0.3186 504.4317 0.5818 515.8725 0.4668 543.1506 0.3997 562.8731 0.4955 575.7144 0.4036 583.4451 0.3293 591.4737 0.4232 604.4876 0.3561 618.5631 0.1053 642.1322 0.2981 652.5148 0.3018 669.8136 0.5769 683.3202 0.3809 684.3547 0.4692 700.2790 0.5301 705.6465 0.2892 716.8367 0.1436 722.1628 0.4975 738.7887 0.1802 752.0756 0.3907 763.8980 0.3886 775.6162 0.4614 780.3146 0.1527 792.1621 0.2364 821.3922 0.3443 829.8184 0.4992 835.3416 0.4389 850.8653 0.3284 857.9037 0.4738 867.8109 0.3664 877.7406 0.4228 886.2963 0.1461 889.8148 0.2450 907.9822 0.3728 916.2556 0.4198 928.2099 0.3316 939.8867 0.1881 946.9483 0.3236 965.8114 0.2491 977.9437 0.2104 981.9745 0.2858 983.2344 0.2469 998.3483 0.5055 1004.6471 0.4031 1007.8109 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11 models are in 210723142520129552.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 210723142520129552.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 210723142520129552.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 8 running: ../../bin/get_modes.sh 210723142520129552 8 -100 100 20 on 0 normal mode 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gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 9 running: ../../bin/get_modes.sh 210723142520129552 9 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 9 calculating perturbed structure for DQ=-100 210723142520129552.eigenfacs 210723142520129552.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 210723142520129552.eigenfacs 210723142520129552.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 210723142520129552.eigenfacs 210723142520129552.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 210723142520129552.eigenfacs 210723142520129552.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 210723142520129552.eigenfacs 210723142520129552.atom calculating perturbed structure for DQ=0 210723142520129552.eigenfacs 210723142520129552.atom calculating perturbed structure for DQ=20 210723142520129552.eigenfacs 210723142520129552.atom calculating perturbed structure for DQ=40 210723142520129552.eigenfacs 210723142520129552.atom calculating perturbed structure for 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