*** ca_my_mu_3 ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 21011507581093769.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 12.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 21011507581093769.atom to be opened.
Openam> File opened: 21011507581093769.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 229
First residue number = 2
Last residue number = 1935
Number of atoms found = 229
Mean number per residue = 1.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 59.345633 +/- 10.846029 From: 40.070000 To: 83.490000
= 178.169607 +/- 9.086458 From: 156.920000 To: 198.610000
= -145.161223 +/- 10.274171 From: -165.790000 To: -122.820000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 12.7725 % Filled.
Pdbmat> 30185 non-zero elements.
Pdbmat> 3204 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 27.98 +/- 8.23
Maximum number = 45
Minimum number = 10
Pdbmat> Matrix trace = 64080.0
Pdbmat> Larger element = 183.519
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
229 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 21011507581093769.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 21011507581093769.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
21011507581093769.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 229 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 229 residues.
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 1 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 2th, in residue 3
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 1
Block first atom: 1
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 2 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 6th, in residue 7
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 2
Block first atom: 5
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 3 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 10th, in residue 11
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 3
Block first atom: 9
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 4 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 14th, in residue 15
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 4
Block first atom: 13
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 5 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 18th, in residue 19
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 5
Block first atom: 17
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 6 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 22th, in residue 23
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 6
Block first atom: 21
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 7 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 26th, in residue 27
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 7
Block first atom: 25
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 8 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 30th, in residue 31
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 8
Block first atom: 29
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 9 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 34th, in residue 35
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 9
Block first atom: 33
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 10 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 38th, in residue 39
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 10
Block first atom: 37
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 11 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 42th, in residue 43
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 11
Block first atom: 41
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 12 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 46th, in residue 47
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 12
Block first atom: 45
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 13 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 50th, in residue 51
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 13
Block first atom: 49
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 14 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 54th, in residue 55
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 14
Block first atom: 53
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 15 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 58th, in residue 59
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 15
Block first atom: 57
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 16 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 62th, in residue 63
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 16
Block first atom: 61
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 17 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 66th, in residue 67
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 17
Block first atom: 65
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 18 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 70th, in residue 71
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 18
Block first atom: 69
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 19 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 74th, in residue 75
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 19
Block first atom: 73
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 20 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 78th, in residue 79
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 20
Block first atom: 77
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 21 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 82th, in residue 83
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 21
Block first atom: 81
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 22 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 86th, in residue 87
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 22
Block first atom: 85
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 23 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 90th, in residue 91
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 23
Block first atom: 89
%Blocpdb-Wn> 1 atoms in block 24 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 93th, in residue 94
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 3 atoms in block 24
Block first atom: 93
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 25 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 97th, in residue 5
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 25
Block first atom: 96
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 26 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 101th, in residue 9
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 26
Block first atom: 100
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 27 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 105th, in residue 13
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 27
Block first atom: 104
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 28 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 109th, in residue 17
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 28
Block first atom: 108
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 29 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 113th, in residue 21
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 29
Block first atom: 112
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 30 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 117th, in residue 25
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 30
Block first atom: 116
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 31 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 121th, in residue 29
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 31
Block first atom: 120
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 32 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 125th, in residue 33
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 32
Block first atom: 124
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 33 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 129th, in residue 37
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 33
Block first atom: 128
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 34 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 133th, in residue 41
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 34
Block first atom: 132
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 35 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 137th, in residue 45
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 35
Block first atom: 136
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 36 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 141th, in residue 49
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 36
Block first atom: 140
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 37 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 145th, in residue 53
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 37
Block first atom: 144
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 38 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 149th, in residue 57
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 38
Block first atom: 148
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 39 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 153th, in residue 61
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 39
Block first atom: 152
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 40 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 157th, in residue 65
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 40
Block first atom: 156
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 41 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 161th, in residue 69
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 41
Block first atom: 160
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 42 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 165th, in residue 73
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 42
Block first atom: 164
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 43 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 169th, in residue 77
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 43
Block first atom: 168
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 44 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 173th, in residue 81
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 44
Block first atom: 172
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 45 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 177th, in residue 85
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 45
Block first atom: 176
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 46 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 181th, in residue 89
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 46
Block first atom: 180
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 47 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 185th, in residue 93
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 3 atoms in block 47
Block first atom: 184
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 48 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 188th, in residue 1894
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 48
Block first atom: 187
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 49 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 192th, in residue 1898
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 49
Block first atom: 191
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 50 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 196th, in residue 1902
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 50
Block first atom: 195
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 51 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 200th, in residue 1906
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 51
Block first atom: 199
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 52 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 204th, in residue 1910
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 52
Block first atom: 203
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 53 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 208th, in residue 1914
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 53
Block first atom: 207
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 54 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 212th, in residue 1918
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 54
Block first atom: 211
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 55 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 216th, in residue 1922
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 55
Block first atom: 215
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 56 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 220th, in residue 1926
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 56
Block first atom: 219
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 57 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 224th, in residue 1930
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 57
Block first atom: 223
Blocpdb> 3 atoms in block 58
Block first atom: 226
Blocpdb> 58 blocks.
Blocpdb> At most, 4 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 3 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 30243 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 687
Prepmat> Matrix trace = 64080.0000
Prepmat> Last element read: 687 687 49.8931
Prepmat> 1712 lines saved.
Prepmat> 1230 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 229
RTB> Total mass = 229.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 229
RTB> Number of blocks = 58
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 29574.1108
RTB> 16446 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 348
Diagstd> Nb of non-zero elements: 16446
Diagstd> Projected matrix trace = 29574.1108
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 348 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 29574.1108
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 3.3376456 3.8490471 3.8743665 5.6416384
6.7790197 7.7434036 9.5303257 10.2716816 10.9307679
11.2818121 12.0508212 12.7808515 13.5984103 13.7469965
14.6089674 15.4099427 15.6573610 16.2035371 16.7725595
17.5670402 17.9533705 18.2956206 19.4383814 19.4699059
20.1035745 21.1188966 21.1788629 22.0575246 22.5683013
23.4893208 24.0874997 24.5209188 24.7099009 24.8103043
25.3736086 25.7994123 26.9212604 27.7230347 28.6090356
28.8501963 29.0019923 30.6019009 31.0720289 31.5185335
32.3691514 32.9229640 33.4844205 33.6079449 34.4497988
35.1451365 35.8436546 36.1417452 36.7058406 36.9719565
37.4275119 38.3692364 38.8748229 39.3551780 39.8188931
40.0980464 40.5696704 41.0466878 41.7534154 42.3605456
42.8605241 43.4143956 44.4014604 44.6826806 45.2970174
45.5840497 46.2765468 46.5212456 47.3535103 48.0579722
48.3308579 48.8164244 49.1654344 49.7548909 50.6796979
51.0649545 51.1385622 52.0023979 52.1121876 52.2361809
52.7014833 53.1352195 53.9661415 54.1116518 54.4617235
55.4539730 55.6152594 55.7737235 56.1979874 56.5415124
57.4782353 57.8437208 57.8974683 58.5757385 58.7425425
58.9632566
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034334 0.0034335 0.0034336 0.0034337 0.0034338
0.0034339 198.3879963 213.0452696 213.7448363 257.9276516
282.7344504 302.1768760 335.2348442 348.0294979 359.0216315
364.7411072 376.9672332 388.2175595 400.4417500 402.6235659
415.0544172 426.2808199 429.6893230 437.1195129 444.7284883
455.1395521 460.1169975 464.4819617 478.7682363 479.1563044
486.8911959 499.0348691 499.7428624 510.0040983 515.8752780
526.2965336 532.9557372 537.7292368 539.7973920 540.8929559
546.9988317 551.5694289 563.4339019 571.7624949 580.8271242
583.2700361 584.8024684 600.7163911 605.3131186 609.6467765
617.8185411 623.0813381 628.3717816 629.5297502 637.3656074
643.7657947 650.1318194 652.8296035 657.9045155 660.2850999
664.3405457 672.6464558 677.0636403 681.2338522 685.2355276
687.6332798 691.6653505 695.7197613 701.6835308 706.7666574
710.9253799 715.5041545 723.5922511 725.8800995 730.8530835
733.1650142 738.7130173 740.6635072 747.2593702 752.7972102
754.9314745 758.7142892 761.4216492 765.9724849 773.0583738
775.9911264 776.5502021 783.0815019 783.9077041 784.8397467
788.3275419 791.5648845 797.7300724 798.8048184 801.3845599
808.6519044 809.8270217 810.9799177 814.0585869 816.5428695
823.2789154 825.8922504 826.2758645 831.1016923 832.2842004
833.8463101
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 229
Rtb_to_modes> Number of blocs = 58
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9967E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9974E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9980E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9984E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9993E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9997E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.338
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.849
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.874
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.642
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.779
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.743
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.530
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.47
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.96
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 348 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00003 1.00005 1.00000 1.00000 0.99998
1.00001 0.99997 1.00000 1.00003 0.99996
1.00003 1.00002 0.99998 0.99998 0.99999
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1.00003 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000
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0.99997 1.00002 0.99998 1.00000 0.99998
0.99999 0.99999 1.00003 1.00001 0.99999
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1.00003 1.00001 1.00002 0.99999 1.00001
1.00001 1.00002 1.00002 0.99998 1.00002
1.00002 1.00001 0.99999 1.00001 0.99999
0.99999 1.00000 0.99996 0.99999 0.99996
0.99999 0.99999 0.99999 1.00004 1.00004
1.00003 0.99997 1.00000 0.99999 0.99999
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 4122 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00002
1.00001 1.00000 1.00002 1.00000 1.00000
0.99997 1.00001 1.00001 1.00001 0.99999
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1.00000 1.00000 1.00000 1.00001 1.00003
1.00003 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000
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0.99997 1.00002 0.99998 1.00000 0.99998
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0.99995 0.99995 0.99998 1.00001 1.00003
1.00003 1.00001 1.00002 0.99999 1.00001
1.00001 1.00002 1.00002 0.99998 1.00002
1.00002 1.00001 0.99999 1.00001 0.99999
0.99999 1.00000 0.99996 0.99999 0.99996
0.99999 0.99999 0.99999 1.00004 1.00004
1.00003 0.99997 1.00000 0.99999 0.99999
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4: 0.000-0.000-0.000
Vector 5: 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 6:-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 7: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 8:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 9:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 10: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 21011507581093769.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
21011507581093769.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 21011507581093769.atom
Openam> file on opening on unit 11:
21011507581093769.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 229
First residue number = 2
Last residue number = 1935
Number of atoms found = 229
Mean number per residue = 1.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9967E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9974E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9980E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9984E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9993E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9997E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.338
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.849
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.874
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.642
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.779
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.743
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.530
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.96
Bfactors> 106 vectors, 687 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 3.338000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.311 +/- 0.33
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.311
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 21011507581093769.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
21011507581093769.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 832.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 833.8
Chkmod> 106 vectors, 687 coordinates in file.
Chkmod> That is: 229 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 19 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 29 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 72 is: 0.9998 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 96 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
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getting mode 7
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
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calculating perturbed structure for DQ=-80
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21011507581093769.atom
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21011507581093769.atom
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21011507581093769.eigenfacs
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21011507581093769.atom
making animated gifs
11 models are in 21011507581093769.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 21011507581093769.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 21011507581093769.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 21011507581093769 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 21011507581093769.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 21011507581093769.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 21011507581093769 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
11 models are in 21011507581093769.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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getting mode 10
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 21011507581093769.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 21011507581093769.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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sys 0m0.012s
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elNémo
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