*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 201230113639147229.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 201230113639147229.atom to be opened.
Openam> File opened: 201230113639147229.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1984
First residue number = 27
Last residue number = 4
Number of atoms found = 15993
Mean number per residue = 8.1
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -170.563824 +/- 136.171819 From: -373.462000 To: 33.614000
= 3.132414 +/- 13.407194 From: -41.682000 To: 38.611000
= -71.908374 +/- 69.592196 From: -190.584000 To: 42.738000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is -0.6203 % Filled.
Pdbmat> 6181293 non-zero elements.
Pdbmat> 676245 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 84.57 +/- 23.15
Maximum number = 138
Minimum number = 10
Pdbmat> Matrix trace = 1.352490E+07
Pdbmat> Larger element = 521.555
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
1984 non-zero elements, NRBL set to 10
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 201230113639147229.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 10
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 201230113639147229.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
201230113639147229.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 15993 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 10 residue(s) per block.
Blocpdb> 1984 residues.
Blocpdb> 88 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 77 atoms in block 2
Block first atom: 89
Blocpdb> 71 atoms in block 3
Block first atom: 166
Blocpdb> 86 atoms in block 4
Block first atom: 237
Blocpdb> 82 atoms in block 5
Block first atom: 323
Blocpdb> 85 atoms in block 6
Block first atom: 405
Blocpdb> 79 atoms in block 7
Block first atom: 490
Blocpdb> 71 atoms in block 8
Block first atom: 569
Blocpdb> 80 atoms in block 9
Block first atom: 640
Blocpdb> 92 atoms in block 10
Block first atom: 720
Blocpdb> 76 atoms in block 11
Block first atom: 812
Blocpdb> 80 atoms in block 12
Block first atom: 888
Blocpdb> 85 atoms in block 13
Block first atom: 968
Blocpdb> 72 atoms in block 14
Block first atom: 1053
Blocpdb> 86 atoms in block 15
Block first atom: 1125
Blocpdb> 85 atoms in block 16
Block first atom: 1211
Blocpdb> 74 atoms in block 17
Block first atom: 1296
Blocpdb> 78 atoms in block 18
Block first atom: 1370
Blocpdb> 81 atoms in block 19
Block first atom: 1448
Blocpdb> 16 atoms in block 20
Block first atom: 1529
Blocpdb> 73 atoms in block 21
Block first atom: 1545
Blocpdb> 72 atoms in block 22
Block first atom: 1618
Blocpdb> 73 atoms in block 23
Block first atom: 1690
Blocpdb> 81 atoms in block 24
Block first atom: 1763
Blocpdb> 87 atoms in block 25
Block first atom: 1844
Blocpdb> 82 atoms in block 26
Block first atom: 1931
Blocpdb> 80 atoms in block 27
Block first atom: 2013
Blocpdb> 86 atoms in block 28
Block first atom: 2093
Blocpdb> 84 atoms in block 29
Block first atom: 2179
Blocpdb> 91 atoms in block 30
Block first atom: 2263
Blocpdb> 77 atoms in block 31
Block first atom: 2354
Blocpdb> 80 atoms in block 32
Block first atom: 2431
Blocpdb> 78 atoms in block 33
Block first atom: 2511
Blocpdb> 79 atoms in block 34
Block first atom: 2589
Blocpdb> 67 atoms in block 35
Block first atom: 2668
Blocpdb> 87 atoms in block 36
Block first atom: 2735
Blocpdb> 75 atoms in block 37
Block first atom: 2822
Blocpdb> 86 atoms in block 38
Block first atom: 2897
Blocpdb> 77 atoms in block 39
Block first atom: 2983
Blocpdb> 86 atoms in block 40
Block first atom: 3060
Blocpdb> 78 atoms in block 41
Block first atom: 3146
Blocpdb> 81 atoms in block 42
Block first atom: 3224
Blocpdb> 74 atoms in block 43
Block first atom: 3305
Blocpdb> 83 atoms in block 44
Block first atom: 3379
Blocpdb> 73 atoms in block 45
Block first atom: 3462
Blocpdb> 88 atoms in block 46
Block first atom: 3535
Blocpdb> 67 atoms in block 47
Block first atom: 3623
Blocpdb> 86 atoms in block 48
Block first atom: 3690
Blocpdb> 77 atoms in block 49
Block first atom: 3776
Blocpdb> 62 atoms in block 50
Block first atom: 3853
Blocpdb> 83 atoms in block 51
Block first atom: 3915
Blocpdb> 86 atoms in block 52
Block first atom: 3998
Blocpdb> 83 atoms in block 53
Block first atom: 4084
Blocpdb> 82 atoms in block 54
Block first atom: 4167
Blocpdb> 87 atoms in block 55
Block first atom: 4249
Blocpdb> 86 atoms in block 56
Block first atom: 4336
Blocpdb> 77 atoms in block 57
Block first atom: 4422
Blocpdb> 78 atoms in block 58
Block first atom: 4499
Blocpdb> 90 atoms in block 59
Block first atom: 4577
Blocpdb> 87 atoms in block 60
Block first atom: 4667
Blocpdb> 16 atoms in block 61
Block first atom: 4754
Blocpdb> 80 atoms in block 62
Block first atom: 4770
Blocpdb> 77 atoms in block 63
Block first atom: 4850
Blocpdb> 87 atoms in block 64
Block first atom: 4927
Blocpdb> 76 atoms in block 65
Block first atom: 5014
Blocpdb> 73 atoms in block 66
Block first atom: 5090
Blocpdb> 81 atoms in block 67
Block first atom: 5163
Blocpdb> 84 atoms in block 68
Block first atom: 5244
Blocpdb> 78 atoms in block 69
Block first atom: 5328
Blocpdb> 84 atoms in block 70
Block first atom: 5406
Blocpdb> 86 atoms in block 71
Block first atom: 5490
Blocpdb> 81 atoms in block 72
Block first atom: 5576
Blocpdb> 81 atoms in block 73
Block first atom: 5657
Blocpdb> 80 atoms in block 74
Block first atom: 5738
Blocpdb> 76 atoms in block 75
Block first atom: 5818
Blocpdb> 78 atoms in block 76
Block first atom: 5894
Blocpdb> 76 atoms in block 77
Block first atom: 5972
Blocpdb> 83 atoms in block 78
Block first atom: 6048
Blocpdb> 82 atoms in block 79
Block first atom: 6131
Blocpdb> 79 atoms in block 80
Block first atom: 6213
Blocpdb> 82 atoms in block 81
Block first atom: 6292
Blocpdb> 101 atoms in block 82
Block first atom: 6374
Blocpdb> 73 atoms in block 83
Block first atom: 6475
Blocpdb> 87 atoms in block 84
Block first atom: 6548
Blocpdb> 77 atoms in block 85
Block first atom: 6635
Blocpdb> 92 atoms in block 86
Block first atom: 6712
Blocpdb> 69 atoms in block 87
Block first atom: 6804
Blocpdb> 80 atoms in block 88
Block first atom: 6873
Blocpdb> 90 atoms in block 89
Block first atom: 6953
Blocpdb> 69 atoms in block 90
Block first atom: 7043
Blocpdb> 75 atoms in block 91
Block first atom: 7112
Blocpdb> 89 atoms in block 92
Block first atom: 7187
Blocpdb> 86 atoms in block 93
Block first atom: 7276
Blocpdb> 63 atoms in block 94
Block first atom: 7362
Blocpdb> 90 atoms in block 95
Block first atom: 7425
Blocpdb> 74 atoms in block 96
Block first atom: 7515
Blocpdb> 81 atoms in block 97
Block first atom: 7589
Blocpdb> 87 atoms in block 98
Block first atom: 7670
Blocpdb> 91 atoms in block 99
Block first atom: 7757
Blocpdb> 84 atoms in block 100
Block first atom: 7848
Blocpdb> 88 atoms in block 101
Block first atom: 7932
Blocpdb> 77 atoms in block 102
Block first atom: 8020
Blocpdb> 71 atoms in block 103
Block first atom: 8097
Blocpdb> 86 atoms in block 104
Block first atom: 8168
Blocpdb> 82 atoms in block 105
Block first atom: 8254
Blocpdb> 85 atoms in block 106
Block first atom: 8336
Blocpdb> 79 atoms in block 107
Block first atom: 8421
Blocpdb> 71 atoms in block 108
Block first atom: 8500
Blocpdb> 80 atoms in block 109
Block first atom: 8571
Blocpdb> 92 atoms in block 110
Block first atom: 8651
Blocpdb> 76 atoms in block 111
Block first atom: 8743
Blocpdb> 80 atoms in block 112
Block first atom: 8819
Blocpdb> 85 atoms in block 113
Block first atom: 8899
Blocpdb> 72 atoms in block 114
Block first atom: 8984
Blocpdb> 86 atoms in block 115
Block first atom: 9056
Blocpdb> 85 atoms in block 116
Block first atom: 9142
Blocpdb> 74 atoms in block 117
Block first atom: 9227
Blocpdb> 78 atoms in block 118
Block first atom: 9301
Blocpdb> 81 atoms in block 119
Block first atom: 9379
Blocpdb> 37 atoms in block 120
Block first atom: 9460
Blocpdb> 73 atoms in block 121
Block first atom: 9497
Blocpdb> 72 atoms in block 122
Block first atom: 9570
Blocpdb> 73 atoms in block 123
Block first atom: 9642
Blocpdb> 81 atoms in block 124
Block first atom: 9715
Blocpdb> 87 atoms in block 125
Block first atom: 9796
Blocpdb> 82 atoms in block 126
Block first atom: 9883
Blocpdb> 80 atoms in block 127
Block first atom: 9965
Blocpdb> 86 atoms in block 128
Block first atom: 10045
Blocpdb> 84 atoms in block 129
Block first atom: 10131
Blocpdb> 91 atoms in block 130
Block first atom: 10215
Blocpdb> 77 atoms in block 131
Block first atom: 10306
Blocpdb> 80 atoms in block 132
Block first atom: 10383
Blocpdb> 78 atoms in block 133
Block first atom: 10463
Blocpdb> 79 atoms in block 134
Block first atom: 10541
Blocpdb> 67 atoms in block 135
Block first atom: 10620
Blocpdb> 87 atoms in block 136
Block first atom: 10687
Blocpdb> 75 atoms in block 137
Block first atom: 10774
Blocpdb> 86 atoms in block 138
Block first atom: 10849
Blocpdb> 77 atoms in block 139
Block first atom: 10935
Blocpdb> 86 atoms in block 140
Block first atom: 11012
Blocpdb> 78 atoms in block 141
Block first atom: 11098
Blocpdb> 81 atoms in block 142
Block first atom: 11176
Blocpdb> 74 atoms in block 143
Block first atom: 11257
Blocpdb> 83 atoms in block 144
Block first atom: 11331
Blocpdb> 73 atoms in block 145
Block first atom: 11414
Blocpdb> 88 atoms in block 146
Block first atom: 11487
Blocpdb> 67 atoms in block 147
Block first atom: 11575
Blocpdb> 86 atoms in block 148
Block first atom: 11642
Blocpdb> 77 atoms in block 149
Block first atom: 11728
Blocpdb> 62 atoms in block 150
Block first atom: 11805
Blocpdb> 83 atoms in block 151
Block first atom: 11867
Blocpdb> 86 atoms in block 152
Block first atom: 11950
Blocpdb> 83 atoms in block 153
Block first atom: 12036
Blocpdb> 82 atoms in block 154
Block first atom: 12119
Blocpdb> 87 atoms in block 155
Block first atom: 12201
Blocpdb> 86 atoms in block 156
Block first atom: 12288
Blocpdb> 77 atoms in block 157
Block first atom: 12374
Blocpdb> 78 atoms in block 158
Block first atom: 12451
Blocpdb> 90 atoms in block 159
Block first atom: 12529
Blocpdb> 87 atoms in block 160
Block first atom: 12619
Blocpdb> 7 atoms in block 161
Block first atom: 12706
Blocpdb> 84 atoms in block 162
Block first atom: 12713
Blocpdb> 70 atoms in block 163
Block first atom: 12797
Blocpdb> 91 atoms in block 164
Block first atom: 12867
Blocpdb> 77 atoms in block 165
Block first atom: 12958
Blocpdb> 71 atoms in block 166
Block first atom: 13035
Blocpdb> 82 atoms in block 167
Block first atom: 13106
Blocpdb> 83 atoms in block 168
Block first atom: 13188
Blocpdb> 80 atoms in block 169
Block first atom: 13271
Blocpdb> 83 atoms in block 170
Block first atom: 13351
Blocpdb> 87 atoms in block 171
Block first atom: 13434
Blocpdb> 82 atoms in block 172
Block first atom: 13521
Blocpdb> 79 atoms in block 173
Block first atom: 13603
Blocpdb> 82 atoms in block 174
Block first atom: 13682
Blocpdb> 75 atoms in block 175
Block first atom: 13764
Blocpdb> 78 atoms in block 176
Block first atom: 13839
Blocpdb> 73 atoms in block 177
Block first atom: 13917
Blocpdb> 82 atoms in block 178
Block first atom: 13990
Blocpdb> 85 atoms in block 179
Block first atom: 14072
Blocpdb> 79 atoms in block 180
Block first atom: 14157
Blocpdb> 85 atoms in block 181
Block first atom: 14236
Blocpdb> 94 atoms in block 182
Block first atom: 14321
Blocpdb> 76 atoms in block 183
Block first atom: 14415
Blocpdb> 90 atoms in block 184
Block first atom: 14491
Blocpdb> 79 atoms in block 185
Block first atom: 14581
Blocpdb> 86 atoms in block 186
Block first atom: 14660
Blocpdb> 70 atoms in block 187
Block first atom: 14746
Blocpdb> 85 atoms in block 188
Block first atom: 14816
Blocpdb> 82 atoms in block 189
Block first atom: 14901
Blocpdb> 73 atoms in block 190
Block first atom: 14983
Blocpdb> 79 atoms in block 191
Block first atom: 15056
Blocpdb> 84 atoms in block 192
Block first atom: 15135
Blocpdb> 83 atoms in block 193
Block first atom: 15219
Blocpdb> 73 atoms in block 194
Block first atom: 15302
Blocpdb> 84 atoms in block 195
Block first atom: 15375
Blocpdb> 78 atoms in block 196
Block first atom: 15459
Blocpdb> 77 atoms in block 197
Block first atom: 15537
Blocpdb> 87 atoms in block 198
Block first atom: 15614
Blocpdb> 91 atoms in block 199
Block first atom: 15701
Blocpdb> 76 atoms in block 200
Block first atom: 15792
Blocpdb> 30 atoms in block 201
Block first atom: 15868
Blocpdb> 30 atoms in block 202
Block first atom: 15898
Blocpdb> 33 atoms in block 203
Block first atom: 15928
Blocpdb> 33 atoms in block 204
Block first atom: 15960
Blocpdb> 204 blocks.
Blocpdb> At most, 101 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 7 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 6181497 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 47979
Prepmat> Matrix trace = 13524900.0000
Prepmat> Last element read: 47979 47979 152.5591
Prepmat> 20911 lines saved.
Prepmat> 19472 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 15993
RTB> Total mass = 15993.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 15993
RTB> Number of blocks = 204
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 198561.2439
RTB> 48708 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1224
Diagstd> Nb of non-zero elements: 48708
Diagstd> Projected matrix trace = 198561.2439
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1224 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 198561.2439
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0010844 0.0014155 0.0077789 0.0106325
0.0129874 0.0376144 0.0534456 0.0875209 0.1041415
0.1650127 0.2405406 0.2763997 0.3587535 0.5006808
0.5816046 0.6828317 0.7289240 0.8057454 0.9658090
0.9946081 1.1458436 1.1954554 1.3565245 1.6268360
1.9457037 2.1239816 2.3616366 2.5046811 3.1392795
3.2550909 3.2729373 3.6195229 4.1437399 4.3960375
4.5084132 4.6478752 4.6793895 5.1347008 5.9096901
6.0719743 6.3945353 6.4990301 6.8132734 7.1474286
7.5182687 7.6801389 7.9402735 8.5649435 8.9742638
9.3244912 10.5191177 10.6425191 11.1257618 11.2808603
11.6954943 12.1506048 12.6230393 12.6727248 12.8402141
13.1925104 13.5788510 14.1426189 14.4862938 14.7016884
15.9717025 16.1965853 16.4410412 16.5764317 16.9545883
17.5323800 18.0376036 18.7161587 18.8416948 19.1171962
19.3989206 20.0629449 20.5632477 21.0130402 21.7280804
22.1075679 22.3063267 22.6177781 22.7600202 23.3309255
23.7420016 23.8398999 23.9766149 24.6784893 24.6921458
24.8001902 25.3322185 25.5549740 26.1455479 26.4838482
26.7848681 26.9203786 27.3397162 27.6516327 27.7736623
28.3056008
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034334 0.0034336 0.0034338 0.0034338 0.0034340
0.0034344 3.5758863 4.0856009 9.5775188 11.1972992
12.3753259 21.0606919 25.1044844 32.1255995 35.0434706
44.1117195 53.2585720 57.0905251 65.0419206 76.8379479
82.8150343 89.7329823 92.7120997 97.4752115 106.7187952
108.2982084 116.2406287 118.7304092 126.4762863 138.5055468
151.4724436 158.2598166 166.8790500 171.8586910 192.4023046
195.9191285 196.4554692 206.5955422 221.0505111 227.6805711
230.5723028 234.1113720 234.9037117 246.0667026 263.9840168
267.5840615 274.5995204 276.8340810 283.4478632 290.3154797
297.7516676 300.9399308 305.9940707 317.8026624 325.3079637
331.5949069 352.1964201 354.2562328 362.2097695 364.7257211
371.3680791 378.5247035 385.8133466 386.5719008 389.1180817
394.4200680 400.1536579 408.3759894 413.3081073 416.3694788
433.9811703 437.0257347 440.3114100 442.1206543 447.1352460
454.6903292 461.1951161 469.7898613 471.3627542 474.7963585
478.2820293 486.3989413 492.4261791 497.7826162 506.1811402
510.5823098 512.8723775 516.4404484 518.0618373 524.5190475
529.1197166 530.2094867 531.7276136 539.4541837 539.6034240
540.7826955 546.5525094 548.9502686 555.2571432 558.8378656
562.0048144 563.4246737 567.7959380 571.0257198 572.2843312
577.7387119
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 15993
Rtb_to_modes> Number of blocs = 204
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9966E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9979E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.7789E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0633E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.2987E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.7521E-02
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1041
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2405
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2764
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5007
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5816
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7289
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8057
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9658
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9946
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.146
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.195
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.627
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.946
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.124
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.362
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.505
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.139
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.255
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.273
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.620
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.144
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.396
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.508
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.679
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.135
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.910
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.072
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.395
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.499
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.813
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.147
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.518
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.680
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.940
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.565
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.974
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.324
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.31
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1224 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
1.00000 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000
1.00001 1.00000 1.00001 1.00001 1.00000
1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 0.99998
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1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000
1.00000 1.00000 1.00000 1.00002 1.00000
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1.00000 1.00001 1.00000 1.00002 0.99999
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0.99998 0.99999 1.00001 0.99999 1.00000
0.99998 0.99998 0.99999 0.99999 1.00001
0.99998 1.00002 1.00000 1.00002 1.00001
1.00002 1.00001 0.99998 1.00004 1.00000
1.00002 1.00000 1.00000 0.99999 0.99997
1.00001 0.99999 1.00001 0.99999 1.00000
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0.99997 0.99997 0.99999 1.00002 1.00001
1.00000 0.99999 1.00001 0.99999 1.00002
1.00000 1.00000 1.00001 1.00001 0.99998
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 287874 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
1.00000 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000
1.00001 1.00000 1.00001 1.00001 1.00000
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1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000
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0.99998 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000
1.00000 1.00001 1.00000 1.00002 0.99999
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0.99998 0.99998 0.99999 0.99999 1.00001
0.99998 1.00002 1.00000 1.00002 1.00001
1.00002 1.00001 0.99998 1.00004 1.00000
1.00002 1.00000 1.00000 0.99999 0.99997
1.00001 0.99999 1.00001 0.99999 1.00000
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0.99997 0.99997 0.99999 1.00002 1.00001
1.00000 0.99999 1.00001 0.99999 1.00002
1.00000 1.00000 1.00001 1.00001 0.99998
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4: 0.000-0.000 0.000
Vector 5:-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 6: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 7:-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 8: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 9:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 201230113639147229.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
201230113639147229.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 201230113639147229.atom
Openam> file on opening on unit 11:
201230113639147229.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1984
First residue number = 27
Last residue number = 4
Number of atoms found = 15993
Mean number per residue = 8.1
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9966E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9979E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9992E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9993E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0844E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.4155E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.7789E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0633E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.2987E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.7614E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.3446E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.7521E-02
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.31
Bfactors> 106 vectors, 47979 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.001084
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.462 for 1984 C-alpha atoms.
Bfactors> = 1.967 +/- 1.17
Bfactors> = 57.629 +/- 30.85
Bfactors> Shiftng-fct= 55.662
Bfactors> Scaling-fct= 26.371
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 201230113639147229.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
201230113639147229.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 572.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 577.8
Chkmod> 106 vectors, 47979 coordinates in file.
Chkmod> That is: 15993 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
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Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
Chkmod> Normal end.
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
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MODEL 3 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 201230113639147229.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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getting mode 9
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MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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real 1m37.568s
user 1m36.892s
sys 0m0.324s
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