***  test  ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 20120411105959066.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 20120411105959066.atom to be opened.
Openam> File opened: 20120411105959066.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1324
First residue number = 1
Last residue number = 1324
Number of atoms found = 10260
Mean number per residue = 7.7
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 133.348272 +/- 11.317458 From: 102.650000 To: 168.740000
= 133.429546 +/- 31.261490 From: 62.880000 To: 192.930000
= 62.872866 +/- 31.784940 From: -4.090000 To: 133.550000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 0.7971 % Filled.
Pdbmat> 3776181 non-zero elements.
Pdbmat> 413426 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 80.59 +/- 22.20
Maximum number = 129
Minimum number = 15
Pdbmat> Matrix trace = 8.268520E+06
Pdbmat> Larger element = 482.839
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
1324 non-zero elements, NRBL set to 7
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 20120411105959066.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 7
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 20120411105959066.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
20120411105959066.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 10260 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 7 residue(s) per block.
Blocpdb> 1324 residues.
Blocpdb> 54 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 47 atoms in block 2
Block first atom: 55
Blocpdb> 51 atoms in block 3
Block first atom: 102
Blocpdb> 47 atoms in block 4
Block first atom: 153
Blocpdb> 48 atoms in block 5
Block first atom: 200
Blocpdb> 74 atoms in block 6
Block first atom: 248
Blocpdb> 52 atoms in block 7
Block first atom: 322
Blocpdb> 55 atoms in block 8
Block first atom: 374
Blocpdb> 53 atoms in block 9
Block first atom: 429
Blocpdb> 47 atoms in block 10
Block first atom: 482
Blocpdb> 51 atoms in block 11
Block first atom: 529
Blocpdb> 51 atoms in block 12
Block first atom: 580
Blocpdb> 64 atoms in block 13
Block first atom: 631
Blocpdb> 58 atoms in block 14
Block first atom: 695
Blocpdb> 45 atoms in block 15
Block first atom: 753
Blocpdb> 60 atoms in block 16
Block first atom: 798
Blocpdb> 44 atoms in block 17
Block first atom: 858
Blocpdb> 58 atoms in block 18
Block first atom: 902
Blocpdb> 52 atoms in block 19
Block first atom: 960
Blocpdb> 47 atoms in block 20
Block first atom: 1012
Blocpdb> 66 atoms in block 21
Block first atom: 1059
Blocpdb> 60 atoms in block 22
Block first atom: 1125
Blocpdb> 48 atoms in block 23
Block first atom: 1185
Blocpdb> 52 atoms in block 24
Block first atom: 1233
Blocpdb> 55 atoms in block 25
Block first atom: 1285
Blocpdb> 52 atoms in block 26
Block first atom: 1340
Blocpdb> 51 atoms in block 27
Block first atom: 1392
Blocpdb> 68 atoms in block 28
Block first atom: 1443
Blocpdb> 53 atoms in block 29
Block first atom: 1511
Blocpdb> 45 atoms in block 30
Block first atom: 1564
Blocpdb> 58 atoms in block 31
Block first atom: 1609
Blocpdb> 7 atoms in block 32
Block first atom: 1667
Blocpdb> 55 atoms in block 33
Block first atom: 1674
Blocpdb> 52 atoms in block 34
Block first atom: 1729
Blocpdb> 44 atoms in block 35
Block first atom: 1781
Blocpdb> 49 atoms in block 36
Block first atom: 1825
Blocpdb> 70 atoms in block 37
Block first atom: 1874
Blocpdb> 57 atoms in block 38
Block first atom: 1944
Blocpdb> 56 atoms in block 39
Block first atom: 2001
Blocpdb> 45 atoms in block 40
Block first atom: 2057
Blocpdb> 56 atoms in block 41
Block first atom: 2102
Blocpdb> 61 atoms in block 42
Block first atom: 2158
Blocpdb> 48 atoms in block 43
Block first atom: 2219
Blocpdb> 58 atoms in block 44
Block first atom: 2267
Blocpdb> 57 atoms in block 45
Block first atom: 2325
Blocpdb> 58 atoms in block 46
Block first atom: 2382
Blocpdb> 69 atoms in block 47
Block first atom: 2440
Blocpdb> 62 atoms in block 48
Block first atom: 2509
Blocpdb> 45 atoms in block 49
Block first atom: 2571
Blocpdb> 44 atoms in block 50
Block first atom: 2616
Blocpdb> 51 atoms in block 51
Block first atom: 2660
Blocpdb> 51 atoms in block 52
Block first atom: 2711
Blocpdb> 41 atoms in block 53
Block first atom: 2762
Blocpdb> 62 atoms in block 54
Block first atom: 2803
Blocpdb> 57 atoms in block 55
Block first atom: 2865
Blocpdb> 44 atoms in block 56
Block first atom: 2922
Blocpdb> 51 atoms in block 57
Block first atom: 2966
Blocpdb> 48 atoms in block 58
Block first atom: 3017
Blocpdb> 52 atoms in block 59
Block first atom: 3065
Blocpdb> 47 atoms in block 60
Block first atom: 3117
Blocpdb> 52 atoms in block 61
Block first atom: 3164
Blocpdb> 55 atoms in block 62
Block first atom: 3216
Blocpdb> 59 atoms in block 63
Block first atom: 3271
Blocpdb> 54 atoms in block 64
Block first atom: 3330
Blocpdb> 45 atoms in block 65
Block first atom: 3384
Blocpdb> 50 atoms in block 66
Block first atom: 3429
Blocpdb> 57 atoms in block 67
Block first atom: 3479
Blocpdb> 56 atoms in block 68
Block first atom: 3536
Blocpdb> 55 atoms in block 69
Block first atom: 3592
Blocpdb> 49 atoms in block 70
Block first atom: 3647
Blocpdb> 55 atoms in block 71
Block first atom: 3696
Blocpdb> 69 atoms in block 72
Block first atom: 3751
Blocpdb> 50 atoms in block 73
Block first atom: 3820
Blocpdb> 61 atoms in block 74
Block first atom: 3870
Blocpdb> 64 atoms in block 75
Block first atom: 3931
Blocpdb> 49 atoms in block 76
Block first atom: 3995
Blocpdb> 65 atoms in block 77
Block first atom: 4044
Blocpdb> 58 atoms in block 78
Block first atom: 4109
Blocpdb> 49 atoms in block 79
Block first atom: 4167
Blocpdb> 53 atoms in block 80
Block first atom: 4216
Blocpdb> 49 atoms in block 81
Block first atom: 4269
Blocpdb> 62 atoms in block 82
Block first atom: 4318
Blocpdb> 55 atoms in block 83
Block first atom: 4380
Blocpdb> 54 atoms in block 84
Block first atom: 4435
Blocpdb> 49 atoms in block 85
Block first atom: 4489
Blocpdb> 57 atoms in block 86
Block first atom: 4538
Blocpdb> 57 atoms in block 87
Block first atom: 4595
Blocpdb> 62 atoms in block 88
Block first atom: 4652
Blocpdb> 51 atoms in block 89
Block first atom: 4714
Blocpdb> 54 atoms in block 90
Block first atom: 4765
Blocpdb> 59 atoms in block 91
Block first atom: 4819
Blocpdb> 62 atoms in block 92
Block first atom: 4878
Blocpdb> 51 atoms in block 93
Block first atom: 4940
Blocpdb> 58 atoms in block 94
Block first atom: 4991
Blocpdb> 61 atoms in block 95
Block first atom: 5049
Blocpdb> 21 atoms in block 96
Block first atom: 5110
Blocpdb> 54 atoms in block 97
Block first atom: 5131
Blocpdb> 47 atoms in block 98
Block first atom: 5185
Blocpdb> 51 atoms in block 99
Block first atom: 5232
Blocpdb> 47 atoms in block 100
Block first atom: 5283
Blocpdb> 48 atoms in block 101
Block first atom: 5330
Blocpdb> 74 atoms in block 102
Block first atom: 5378
Blocpdb> 52 atoms in block 103
Block first atom: 5452
Blocpdb> 55 atoms in block 104
Block first atom: 5504
Blocpdb> 53 atoms in block 105
Block first atom: 5559
Blocpdb> 47 atoms in block 106
Block first atom: 5612
Blocpdb> 51 atoms in block 107
Block first atom: 5659
Blocpdb> 51 atoms in block 108
Block first atom: 5710
Blocpdb> 64 atoms in block 109
Block first atom: 5761
Blocpdb> 58 atoms in block 110
Block first atom: 5825
Blocpdb> 45 atoms in block 111
Block first atom: 5883
Blocpdb> 60 atoms in block 112
Block first atom: 5928
Blocpdb> 44 atoms in block 113
Block first atom: 5988
Blocpdb> 58 atoms in block 114
Block first atom: 6032
Blocpdb> 52 atoms in block 115
Block first atom: 6090
Blocpdb> 47 atoms in block 116
Block first atom: 6142
Blocpdb> 66 atoms in block 117
Block first atom: 6189
Blocpdb> 60 atoms in block 118
Block first atom: 6255
Blocpdb> 48 atoms in block 119
Block first atom: 6315
Blocpdb> 52 atoms in block 120
Block first atom: 6363
Blocpdb> 55 atoms in block 121
Block first atom: 6415
Blocpdb> 52 atoms in block 122
Block first atom: 6470
Blocpdb> 51 atoms in block 123
Block first atom: 6522
Blocpdb> 68 atoms in block 124
Block first atom: 6573
Blocpdb> 53 atoms in block 125
Block first atom: 6641
Blocpdb> 45 atoms in block 126
Block first atom: 6694
Blocpdb> 58 atoms in block 127
Block first atom: 6739
Blocpdb> 7 atoms in block 128
Block first atom: 6797
Blocpdb> 55 atoms in block 129
Block first atom: 6804
Blocpdb> 52 atoms in block 130
Block first atom: 6859
Blocpdb> 44 atoms in block 131
Block first atom: 6911
Blocpdb> 49 atoms in block 132
Block first atom: 6955
Blocpdb> 70 atoms in block 133
Block first atom: 7004
Blocpdb> 57 atoms in block 134
Block first atom: 7074
Blocpdb> 56 atoms in block 135
Block first atom: 7131
Blocpdb> 45 atoms in block 136
Block first atom: 7187
Blocpdb> 56 atoms in block 137
Block first atom: 7232
Blocpdb> 61 atoms in block 138
Block first atom: 7288
Blocpdb> 48 atoms in block 139
Block first atom: 7349
Blocpdb> 58 atoms in block 140
Block first atom: 7397
Blocpdb> 57 atoms in block 141
Block first atom: 7455
Blocpdb> 58 atoms in block 142
Block first atom: 7512
Blocpdb> 69 atoms in block 143
Block first atom: 7570
Blocpdb> 62 atoms in block 144
Block first atom: 7639
Blocpdb> 45 atoms in block 145
Block first atom: 7701
Blocpdb> 44 atoms in block 146
Block first atom: 7746
Blocpdb> 51 atoms in block 147
Block first atom: 7790
Blocpdb> 51 atoms in block 148
Block first atom: 7841
Blocpdb> 41 atoms in block 149
Block first atom: 7892
Blocpdb> 62 atoms in block 150
Block first atom: 7933
Blocpdb> 57 atoms in block 151
Block first atom: 7995
Blocpdb> 44 atoms in block 152
Block first atom: 8052
Blocpdb> 51 atoms in block 153
Block first atom: 8096
Blocpdb> 48 atoms in block 154
Block first atom: 8147
Blocpdb> 52 atoms in block 155
Block first atom: 8195
Blocpdb> 47 atoms in block 156
Block first atom: 8247
Blocpdb> 52 atoms in block 157
Block first atom: 8294
Blocpdb> 55 atoms in block 158
Block first atom: 8346
Blocpdb> 59 atoms in block 159
Block first atom: 8401
Blocpdb> 54 atoms in block 160
Block first atom: 8460
Blocpdb> 45 atoms in block 161
Block first atom: 8514
Blocpdb> 50 atoms in block 162
Block first atom: 8559
Blocpdb> 57 atoms in block 163
Block first atom: 8609
Blocpdb> 56 atoms in block 164
Block first atom: 8666
Blocpdb> 55 atoms in block 165
Block first atom: 8722
Blocpdb> 49 atoms in block 166
Block first atom: 8777
Blocpdb> 55 atoms in block 167
Block first atom: 8826
Blocpdb> 69 atoms in block 168
Block first atom: 8881
Blocpdb> 50 atoms in block 169
Block first atom: 8950
Blocpdb> 61 atoms in block 170
Block first atom: 9000
Blocpdb> 64 atoms in block 171
Block first atom: 9061
Blocpdb> 49 atoms in block 172
Block first atom: 9125
Blocpdb> 65 atoms in block 173
Block first atom: 9174
Blocpdb> 58 atoms in block 174
Block first atom: 9239
Blocpdb> 49 atoms in block 175
Block first atom: 9297
Blocpdb> 53 atoms in block 176
Block first atom: 9346
Blocpdb> 49 atoms in block 177
Block first atom: 9399
Blocpdb> 62 atoms in block 178
Block first atom: 9448
Blocpdb> 55 atoms in block 179
Block first atom: 9510
Blocpdb> 54 atoms in block 180
Block first atom: 9565
Blocpdb> 49 atoms in block 181
Block first atom: 9619
Blocpdb> 57 atoms in block 182
Block first atom: 9668
Blocpdb> 57 atoms in block 183
Block first atom: 9725
Blocpdb> 62 atoms in block 184
Block first atom: 9782
Blocpdb> 51 atoms in block 185
Block first atom: 9844
Blocpdb> 54 atoms in block 186
Block first atom: 9895
Blocpdb> 59 atoms in block 187
Block first atom: 9949
Blocpdb> 62 atoms in block 188
Block first atom: 10008
Blocpdb> 51 atoms in block 189
Block first atom: 10070
Blocpdb> 58 atoms in block 190
Block first atom: 10121
Blocpdb> 61 atoms in block 191
Block first atom: 10179
Blocpdb> 21 atoms in block 192
Block first atom: 10239
Blocpdb> 192 blocks.
Blocpdb> At most, 74 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 7 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 3776373 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 30780
Prepmat> Matrix trace = 8268520.0000
Prepmat> Last element read: 30780 30780 102.6380
Prepmat> 18529 lines saved.
Prepmat> 16986 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 10260
RTB> Total mass = 10260.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 10260
RTB> Number of blocks = 192
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 208385.1472
RTB> 52632 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1152
Diagstd> Nb of non-zero elements: 52632
Diagstd> Projected matrix trace = 208385.1472
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1152 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 208385.1472
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0555007 0.0778524 0.1195846 0.1254744
0.1553026 0.2957333 0.4649982 0.5363887 1.0559037
1.1004916 1.2732576 1.5181342 1.7747432 2.2494395
2.4381403 2.5172692 2.6895604 2.8771155 3.5297427
3.7446852 3.9294100 4.2625108 5.0122434 5.0972346
6.0709961 6.3164681 6.6876322 7.4584100 7.7089409
7.8308904 8.1890831 8.3318360 8.3915020 8.9134992
9.0900313 9.4764698 9.9073360 10.1803940 10.2289891
11.0764124 11.8469009 12.4087095 13.0464840 13.2402113
13.6136363 14.7754315 15.0655695 15.2988794 15.8259064
16.5464842 17.5602596 18.1789918 18.4889543 18.8287698
19.3428939 19.8742907 20.2860420 20.3178494 21.0219447
21.2757499 21.4539315 21.7494361 21.8012570 22.2883899
22.8691371 23.3207300 23.6810259 24.3583309 24.5338451
25.5084090 26.1009386 26.2481300 26.8680741 27.2922918
27.7333212 27.8451530 28.4100778 28.8783389 29.0478564
29.9440055 30.3347972 30.4754119 31.0163635 31.3886955
32.0058264 32.2527667 32.6114958 32.8527947 33.0983933
33.4754970 33.9327892 34.6280683 34.9577264 35.1362591
35.5463921 35.9905436 36.5634065 36.9592018 37.0631450
37.4141672
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034309 0.0034334 0.0034340 0.0034341 0.0034346
0.0034352 25.5826006 30.2992102 37.5519885 38.4656274
42.7941667 59.0534701 74.0492964 79.5307526 111.5854168
113.9170276 122.5331017 133.7982278 144.6648547 162.8667525
169.5604772 172.2900163 178.0885210 184.1933421 204.0172100
210.1371983 215.2578280 224.1960860 243.1147765 245.1673263
267.5625071 272.9181590 280.8222211 296.5639842 301.5036951
303.8791143 310.7512742 313.4480966 314.5684270 324.2047655
327.3994685 334.2862951 341.8013121 346.4795243 347.3054826
361.4055679 373.7641621 382.5239119 392.2310978 395.1324877
400.6658732 417.4124197 421.4907580 424.7418862 431.9958518
441.7210999 455.0517057 462.9991326 466.9296521 471.2010544
477.5908587 484.1067066 489.0958080 489.4790956 497.8880754
500.8846452 502.9776938 506.4298331 507.0327921 512.6661327
519.3022082 524.4044286 528.4398203 535.9435436 537.8709508
548.4499052 554.7832527 556.3453523 562.8770593 567.3032654
571.8685603 573.0204018 578.8039571 583.5544494 585.2646919
594.2240531 598.0890181 599.4736143 604.7706681 608.3897851
614.3414283 616.7068434 620.1269983 622.4169920 624.7391705
628.2880466 632.5648562 639.0125874 642.0470722 643.6844841
647.4303349 651.4625925 656.6268020 660.1711966 661.0988700
664.2221001
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 10260
Rtb_to_modes> Number of blocs = 192
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9822E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9967E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.5501E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.7852E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1196
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1255
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1553
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2957
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4650
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5364
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.056
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.100
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.273
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.518
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.775
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.249
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.438
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.517
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.690
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.877
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.530
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.745
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.929
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.263
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.012
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.097
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.071
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.316
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.688
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.458
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.709
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.831
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.189
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.332
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.392
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.913
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.090
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.476
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.907
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.41
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1152 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
1.00001 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001
0.99998 1.00002 0.99999 0.99999 0.99998
1.00001 1.00001 0.99999 1.00001 1.00003
1.00000 0.99998 0.99998 0.99998 0.99999
1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 0.99998
0.99998 1.00001 1.00001 0.99999 1.00000
1.00000 1.00001 1.00000 0.99998 0.99999
1.00001 0.99999 1.00002 1.00000 0.99999
1.00001 1.00000 1.00002 1.00001 1.00000
1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 1.00002
1.00000 1.00002 1.00000 1.00000 0.99999
0.99999 1.00000 0.99995 1.00000 0.99998
1.00000 1.00000 1.00003 0.99999 1.00000
1.00004 0.99999 1.00000 1.00000 0.99999
1.00000 0.99998 1.00001 1.00003 0.99996
1.00001 0.99998 1.00000 1.00001 0.99999
1.00001 0.99998 1.00001 0.99999 1.00000
1.00000 1.00000 1.00001 1.00002 1.00003
1.00000 0.99998 1.00002 1.00001 1.00002
0.99998 1.00002 1.00002 1.00001 1.00000
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 184680 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
1.00001 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001
0.99998 1.00002 0.99999 0.99999 0.99998
1.00001 1.00001 0.99999 1.00001 1.00003
1.00000 0.99998 0.99998 0.99998 0.99999
1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 0.99998
0.99998 1.00001 1.00001 0.99999 1.00000
1.00000 1.00001 1.00000 0.99998 0.99999
1.00001 0.99999 1.00002 1.00000 0.99999
1.00001 1.00000 1.00002 1.00001 1.00000
1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 1.00002
1.00000 1.00002 1.00000 1.00000 0.99999
0.99999 1.00000 0.99995 1.00000 0.99998
1.00000 1.00000 1.00003 0.99999 1.00000
1.00004 0.99999 1.00000 1.00000 0.99999
1.00000 0.99998 1.00001 1.00003 0.99996
1.00001 0.99998 1.00000 1.00001 0.99999
1.00001 0.99998 1.00001 0.99999 1.00000
1.00000 1.00000 1.00001 1.00002 1.00003
1.00000 0.99998 1.00002 1.00001 1.00002
0.99998 1.00002 1.00002 1.00001 1.00000
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4: 0.000 0.000 0.000
Vector 5: 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 6:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 7:-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 8: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 9: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 10:-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 20120411105959066.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
20120411105959066.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 20120411105959066.atom
Openam> file on opening on unit 11:
20120411105959066.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1324
First residue number = 1
Last residue number = 1324
Number of atoms found = 10260
Mean number per residue = 7.7
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9822E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9967E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.5501E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.7852E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1196
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1255
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1553
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2957
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4650
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5364
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.056
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.100
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.273
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.518
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.775
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.249
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.438
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.517
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.690
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.877
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.530
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.745
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.929
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.263
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.012
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.097
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.071
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.316
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.688
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.458
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.709
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.831
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.189
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.332
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.392
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.913
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.090
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.476
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.907
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.41
Bfactors> 106 vectors, 30780 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.055501
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.108 +/- 0.06
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.108
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 20120411105959066.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
20120411105959066.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4308E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4332E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4350E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 25.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 30.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 37.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 38.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 42.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 59.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 74.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 79.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 111.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 113.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 122.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 133.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 144.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 162.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 169.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 172.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 178.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 184.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 204.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 210.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 215.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 224.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 243.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 245.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 267.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 272.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 280.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 296.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 301.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 303.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 310.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 313.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 314.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 324.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 327.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 334.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 341.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 346.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 347.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 361.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 373.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 382.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 392.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 395.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 400.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 417.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 421.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 424.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 432.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 441.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 455.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 463.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 466.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 471.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 477.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 484.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 489.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 489.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 497.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 500.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 502.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 506.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 507.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 512.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 519.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 524.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 528.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 535.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 537.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 548.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 554.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 556.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 562.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 567.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 571.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 573.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 578.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 583.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 585.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 594.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 598.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 599.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 604.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 608.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 614.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 616.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 620.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 622.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 624.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 628.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 632.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 639.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 642.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 643.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 647.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 651.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 656.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 660.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 661.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 664.2
Chkmod> 106 vectors, 30780 coordinates in file.
Chkmod> That is: 10260 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 63 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.6616
0.0034 0.7904
0.0034 0.6869
0.0034 0.6962
0.0034 0.9453
0.0034 0.8939
25.5816 0.5762
30.2978 0.7499
37.5528 0.6842
38.4679 0.5320
42.7920 0.6161
59.0476 0.5694
74.0463 0.7745
79.5282 0.7197
111.5857 0.5505
113.8867 0.7045
122.5154 0.7284
133.7866 0.5895
144.6691 0.6604
162.8439 0.2925
169.5483 0.6579
172.2734 0.3669
178.0954 0.2462
184.1817 0.1694
204.0159 0.7000
210.1370 0.7110
215.2374 0.6933
224.1993 0.5804
243.0984 0.5833
245.1512 0.4887
267.5511 0.4541
272.8963 0.5518
280.8179 0.4032
296.5431 0.2550
301.4919 0.4039
303.8682 0.6540
310.7364 0.3415
313.4377 0.4013
314.5643 0.5355
324.1818 0.5807
327.3849 0.4545
334.2637 0.2235
341.7808 0.2951
346.4579 0.4550
347.3077 0.3756
361.4486 0.4492
373.7970 0.3155
382.5274 0.2071
392.2671 0.4299
395.1124 0.4845
400.5952 0.3563
417.4590 0.5462
421.5346 0.2623
424.7392 0.4903
432.0332 0.4454
441.7491 0.4968
455.0288 0.2856
462.9921 0.3518
466.9228 0.2825
471.1962 0.4670
477.5346 0.3935
484.0337 0.4040
489.1225 0.4546
489.4840 0.2855
497.8437 0.4994
500.9132 0.4349
502.9100 0.4079
506.4147 0.4054
506.9964 0.4574
512.6626 0.2945
519.2897 0.3588
524.3737 0.5308
528.4057 0.4228
535.9389 0.5728
537.8057 0.3631
548.4435 0.5654
554.7495 0.3628
556.3413 0.4524
562.8731 0.1235
567.2551 0.2480
571.8098 0.3522
573.0457 0.2903
578.7783 0.4182
583.5462 0.4062
585.2612 0.4526
594.1588 0.4649
598.0161 0.3699
599.4930 0.3270
604.7802 0.3294
608.3763 0.4255
614.3551 0.3492
616.6539 0.5253
620.0862 0.3762
622.3638 0.3211
624.7275 0.3360
628.3033 0.4484
632.5117 0.4267
639.0030 0.3588
642.0404 0.2235
643.6911 0.4537
647.4354 0.4144
651.4297 0.3375
656.5680 0.4027
660.1500 0.4360
661.0424 0.4230
664.1566 0.4850
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 20120411105959066 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
making animated gifs
11 models are in 20120411105959066.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 20120411105959066.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 20120411105959066.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 20120411105959066 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
making animated gifs
11 models are in 20120411105959066.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 20120411105959066.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 20120411105959066.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 20120411105959066 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
making animated gifs
11 models are in 20120411105959066.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 20120411105959066.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 20120411105959066.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 20120411105959066 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
making animated gifs
11 models are in 20120411105959066.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 20120411105959066.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 20120411105959066.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 20120411105959066 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
20120411105959066.eigenfacs
20120411105959066.atom
making animated gifs
11 models are in 20120411105959066.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 20120411105959066.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 20120411105959066.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
20120411105959066.10.pdb
20120411105959066.11.pdb
20120411105959066.7.pdb
20120411105959066.8.pdb
20120411105959066.9.pdb
STDERR:
real 0m46.981s
user 0m46.696s
sys 0m0.240s
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
pstopnm: Writing ppmraw file
If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:
elNémo
is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed
by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Last modification: October 18th, 2018.
|