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***  t1r1-t1r3  ***

LOGs for ID: 20120212132194036

output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 20120212132194036.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 20120212132194036.atom to be opened. Openam> File opened: 20120212132194036.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 1592 First residue number = 29 Last residue number = 824 Number of atoms found = 12371 Mean number per residue = 7.8 Pdbmat> Coordinate statistics: = 135.714321 +/- 24.617712 From: 84.422000 To: 187.077000 = 135.787984 +/- 13.011689 From: 99.945000 To: 171.728000 = 154.463112 +/- 51.940077 From: 56.256000 To: 231.168000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 0.6286 % Filled. Pdbmat> 4329384 non-zero elements. Pdbmat> 472887 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 76.45 +/- 21.67 Maximum number = 135 Minimum number = 8 Pdbmat> Matrix trace = 9.457740E+06 Pdbmat> Larger element = 490.725 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 1592 non-zero elements, NRBL set to 8 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 20120212132194036.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 8 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 20120212132194036.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 20120212132194036.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 12371 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 8 residue(s) per block. Blocpdb> 1592 residues. Blocpdb> 58 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 64 atoms in block 2 Block first atom: 59 Blocpdb> 58 atoms in block 3 Block first atom: 123 Blocpdb> 69 atoms in block 4 Block first atom: 181 Blocpdb> 62 atoms in block 5 Block first atom: 250 Blocpdb> 72 atoms in block 6 Block first atom: 312 Blocpdb> 61 atoms in block 7 Block first atom: 384 Blocpdb> 59 atoms in block 8 Block first atom: 445 Blocpdb> 62 atoms in block 9 Block first atom: 504 Blocpdb> 64 atoms in block 10 Block first atom: 566 Blocpdb> 58 atoms in block 11 Block first atom: 630 Blocpdb> 60 atoms in block 12 Block first atom: 688 Blocpdb> 66 atoms in block 13 Block first atom: 748 Blocpdb> 65 atoms in block 14 Block first atom: 814 Blocpdb> 53 atoms in block 15 Block first atom: 879 Blocpdb> 55 atoms in block 16 Block first atom: 932 Blocpdb> 60 atoms in block 17 Block first atom: 987 Blocpdb> 57 atoms in block 18 Block first atom: 1047 Blocpdb> 63 atoms in block 19 Block first atom: 1104 Blocpdb> 71 atoms in block 20 Block first atom: 1167 Blocpdb> 68 atoms in block 21 Block first atom: 1238 Blocpdb> 64 atoms in block 22 Block first atom: 1306 Blocpdb> 73 atoms in block 23 Block first atom: 1370 Blocpdb> 59 atoms in block 24 Block first atom: 1443 Blocpdb> 54 atoms in block 25 Block first atom: 1502 Blocpdb> 55 atoms in block 26 Block first atom: 1556 Blocpdb> 63 atoms in block 27 Block first atom: 1611 Blocpdb> 57 atoms in block 28 Block first atom: 1674 Blocpdb> 67 atoms in block 29 Block first atom: 1731 Blocpdb> 57 atoms in block 30 Block first atom: 1798 Blocpdb> 58 atoms in block 31 Block first atom: 1855 Blocpdb> 73 atoms in block 32 Block first atom: 1913 Blocpdb> 60 atoms in block 33 Block first atom: 1986 Blocpdb> 59 atoms in block 34 Block first atom: 2046 Blocpdb> 68 atoms in block 35 Block first atom: 2105 Blocpdb> 54 atoms in block 36 Block first atom: 2173 Blocpdb> 57 atoms in block 37 Block first atom: 2227 Blocpdb> 61 atoms in block 38 Block first atom: 2284 Blocpdb> 60 atoms in block 39 Block first atom: 2345 Blocpdb> 64 atoms in block 40 Block first atom: 2405 Blocpdb> 60 atoms in block 41 Block first atom: 2469 Blocpdb> 63 atoms in block 42 Block first atom: 2529 Blocpdb> 64 atoms in block 43 Block first atom: 2592 Blocpdb> 63 atoms in block 44 Block first atom: 2656 Blocpdb> 62 atoms in block 45 Block first atom: 2719 Blocpdb> 64 atoms in block 46 Block first atom: 2781 Blocpdb> 62 atoms in block 47 Block first atom: 2845 Blocpdb> 42 atoms in block 48 Block first atom: 2907 Blocpdb> 75 atoms in block 49 Block first atom: 2949 Blocpdb> 68 atoms in block 50 Block first atom: 3024 Blocpdb> 71 atoms in block 51 Block first atom: 3092 Blocpdb> 66 atoms in block 52 Block first atom: 3163 Blocpdb> 63 atoms in block 53 Block first atom: 3229 Blocpdb> 69 atoms in block 54 Block first atom: 3292 Blocpdb> 64 atoms in block 55 Block first atom: 3361 Blocpdb> 64 atoms in block 56 Block first atom: 3425 Blocpdb> 66 atoms in block 57 Block first atom: 3489 Blocpdb> 69 atoms in block 58 Block first atom: 3555 Blocpdb> 55 atoms in block 59 Block first atom: 3624 Blocpdb> 64 atoms in block 60 Block first atom: 3679 Blocpdb> 61 atoms in block 61 Block first atom: 3743 Blocpdb> 55 atoms in block 62 Block first atom: 3804 Blocpdb> 61 atoms in block 63 Block first atom: 3859 Blocpdb> 63 atoms in block 64 Block first atom: 3920 Blocpdb> 66 atoms in block 65 Block first atom: 3983 Blocpdb> 64 atoms in block 66 Block first atom: 4049 Blocpdb> 66 atoms in block 67 Block first atom: 4113 Blocpdb> 65 atoms in block 68 Block first atom: 4179 Blocpdb> 60 atoms in block 69 Block first atom: 4244 Blocpdb> 55 atoms in block 70 Block first atom: 4304 Blocpdb> 66 atoms in block 71 Block first atom: 4359 Blocpdb> 56 atoms in block 72 Block first atom: 4425 Blocpdb> 59 atoms in block 73 Block first atom: 4481 Blocpdb> 50 atoms in block 74 Block first atom: 4540 Blocpdb> 64 atoms in block 75 Block first atom: 4590 Blocpdb> 59 atoms in block 76 Block first atom: 4654 Blocpdb> 62 atoms in block 77 Block first atom: 4713 Blocpdb> 64 atoms in block 78 Block first atom: 4775 Blocpdb> 69 atoms in block 79 Block first atom: 4839 Blocpdb> 63 atoms in block 80 Block first atom: 4908 Blocpdb> 76 atoms in block 81 Block first atom: 4971 Blocpdb> 57 atoms in block 82 Block first atom: 5047 Blocpdb> 55 atoms in block 83 Block first atom: 5104 Blocpdb> 65 atoms in block 84 Block first atom: 5159 Blocpdb> 68 atoms in block 85 Block first atom: 5224 Blocpdb> 75 atoms in block 86 Block first atom: 5292 Blocpdb> 62 atoms in block 87 Block first atom: 5367 Blocpdb> 61 atoms in block 88 Block first atom: 5429 Blocpdb> 62 atoms in block 89 Block first atom: 5490 Blocpdb> 59 atoms in block 90 Block first atom: 5552 Blocpdb> 65 atoms in block 91 Block first atom: 5611 Blocpdb> 62 atoms in block 92 Block first atom: 5676 Blocpdb> 65 atoms in block 93 Block first atom: 5738 Blocpdb> 68 atoms in block 94 Block first atom: 5803 Blocpdb> 66 atoms in block 95 Block first atom: 5871 Blocpdb> 50 atoms in block 96 Block first atom: 5937 Blocpdb> 55 atoms in block 97 Block first atom: 5987 Blocpdb> 61 atoms in block 98 Block first atom: 6042 Blocpdb> 67 atoms in block 99 Block first atom: 6103 Blocpdb> 17 atoms in block 100 Block first atom: 6170 Blocpdb> 66 atoms in block 101 Block first atom: 6187 Blocpdb> 61 atoms in block 102 Block first atom: 6253 Blocpdb> 53 atoms in block 103 Block first atom: 6314 Blocpdb> 67 atoms in block 104 Block first atom: 6367 Blocpdb> 61 atoms in block 105 Block first atom: 6434 Blocpdb> 61 atoms in block 106 Block first atom: 6495 Blocpdb> 60 atoms in block 107 Block first atom: 6556 Blocpdb> 63 atoms in block 108 Block first atom: 6616 Blocpdb> 62 atoms in block 109 Block first atom: 6679 Blocpdb> 62 atoms in block 110 Block first atom: 6741 Blocpdb> 57 atoms in block 111 Block first atom: 6803 Blocpdb> 56 atoms in block 112 Block first atom: 6860 Blocpdb> 63 atoms in block 113 Block first atom: 6916 Blocpdb> 74 atoms in block 114 Block first atom: 6979 Blocpdb> 55 atoms in block 115 Block first atom: 7053 Blocpdb> 54 atoms in block 116 Block first atom: 7108 Blocpdb> 75 atoms in block 117 Block first atom: 7162 Blocpdb> 56 atoms in block 118 Block first atom: 7237 Blocpdb> 64 atoms in block 119 Block first atom: 7293 Blocpdb> 71 atoms in block 120 Block first atom: 7357 Blocpdb> 63 atoms in block 121 Block first atom: 7428 Blocpdb> 56 atoms in block 122 Block first atom: 7491 Blocpdb> 72 atoms in block 123 Block first atom: 7547 Blocpdb> 60 atoms in block 124 Block first atom: 7619 Blocpdb> 61 atoms in block 125 Block first atom: 7679 Blocpdb> 49 atoms in block 126 Block first atom: 7740 Blocpdb> 58 atoms in block 127 Block first atom: 7789 Blocpdb> 61 atoms in block 128 Block first atom: 7847 Blocpdb> 62 atoms in block 129 Block first atom: 7908 Blocpdb> 64 atoms in block 130 Block first atom: 7970 Blocpdb> 63 atoms in block 131 Block first atom: 8034 Blocpdb> 53 atoms in block 132 Block first atom: 8097 Blocpdb> 65 atoms in block 133 Block first atom: 8150 Blocpdb> 69 atoms in block 134 Block first atom: 8215 Blocpdb> 60 atoms in block 135 Block first atom: 8284 Blocpdb> 54 atoms in block 136 Block first atom: 8344 Blocpdb> 56 atoms in block 137 Block first atom: 8398 Blocpdb> 61 atoms in block 138 Block first atom: 8454 Blocpdb> 73 atoms in block 139 Block first atom: 8515 Blocpdb> 59 atoms in block 140 Block first atom: 8588 Blocpdb> 56 atoms in block 141 Block first atom: 8647 Blocpdb> 63 atoms in block 142 Block first atom: 8703 Blocpdb> 61 atoms in block 143 Block first atom: 8766 Blocpdb> 59 atoms in block 144 Block first atom: 8827 Blocpdb> 55 atoms in block 145 Block first atom: 8886 Blocpdb> 72 atoms in block 146 Block first atom: 8941 Blocpdb> 56 atoms in block 147 Block first atom: 9013 Blocpdb> 61 atoms in block 148 Block first atom: 9069 Blocpdb> 50 atoms in block 149 Block first atom: 9130 Blocpdb> 69 atoms in block 150 Block first atom: 9180 Blocpdb> 68 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Block first atom: 10427 Blocpdb> 50 atoms in block 170 Block first atom: 10489 Blocpdb> 69 atoms in block 171 Block first atom: 10539 Blocpdb> 56 atoms in block 172 Block first atom: 10608 Blocpdb> 49 atoms in block 173 Block first atom: 10664 Blocpdb> 54 atoms in block 174 Block first atom: 10713 Blocpdb> 59 atoms in block 175 Block first atom: 10767 Blocpdb> 59 atoms in block 176 Block first atom: 10826 Blocpdb> 62 atoms in block 177 Block first atom: 10885 Blocpdb> 53 atoms in block 178 Block first atom: 10947 Blocpdb> 63 atoms in block 179 Block first atom: 11000 Blocpdb> 65 atoms in block 180 Block first atom: 11063 Blocpdb> 62 atoms in block 181 Block first atom: 11128 Blocpdb> 69 atoms in block 182 Block first atom: 11190 Blocpdb> 59 atoms in block 183 Block first atom: 11259 Blocpdb> 63 atoms in block 184 Block first atom: 11318 Blocpdb> 66 atoms in block 185 Block first atom: 11381 Blocpdb> 69 atoms in block 186 Block first atom: 11447 Blocpdb> 59 atoms in block 187 Block first atom: 11516 Blocpdb> 73 atoms in block 188 Block first atom: 11575 Blocpdb> 52 atoms in block 189 Block first atom: 11648 Blocpdb> 64 atoms in block 190 Block first atom: 11700 Blocpdb> 63 atoms in block 191 Block first atom: 11764 Blocpdb> 64 atoms in block 192 Block first atom: 11827 Blocpdb> 56 atoms in block 193 Block first atom: 11891 Blocpdb> 76 atoms in block 194 Block first atom: 11947 Blocpdb> 59 atoms in block 195 Block first atom: 12023 Blocpdb> 61 atoms in block 196 Block first atom: 12082 Blocpdb> 54 atoms in block 197 Block first atom: 12143 Blocpdb> 59 atoms in block 198 Block first atom: 12197 Blocpdb> 68 atoms in block 199 Block first atom: 12256 Blocpdb> 48 atoms in block 200 Block first atom: 12323 Blocpdb> 200 blocks. Blocpdb> At most, 80 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 17 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 4329584 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 37113 Prepmat> Matrix trace = 9457740.0000 Prepmat> Last element read: 37113 37113 246.9785 Prepmat> 20101 lines saved. Prepmat> 18708 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 12371 RTB> Total mass = 12371.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 12371 RTB> Number of blocks = 200 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 177275.5028 RTB> 47112 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 1200 Diagstd> Nb of non-zero elements: 47112 Diagstd> Projected matrix trace = 177275.5028 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 1200 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 177275.5028 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0116205 0.0133159 0.0225397 0.0437128 0.0671724 0.0874652 0.1301302 0.1383955 0.1986217 0.2165917 0.3448633 0.4481304 0.4823552 0.5697376 0.8006867 1.0468682 1.1540761 1.2935365 1.3817679 1.6075064 1.8492701 1.9410706 2.1319725 2.1467817 2.6570228 2.8083293 2.8572961 3.0326473 3.2875764 3.3621612 3.7565405 3.8330479 3.9915385 4.2403453 4.4466518 4.5498766 5.2319129 5.2656205 5.5867031 5.6539756 5.9920064 6.3172542 6.6148175 6.8887342 7.0122664 7.4446363 7.5659802 7.7363527 7.8868588 8.4183371 8.4599867 8.7499960 9.1521770 9.5680370 9.6841495 9.8418708 10.1839181 10.6300736 10.8041373 10.8951899 11.0773299 11.7533323 12.0473107 12.1290778 12.5640973 13.3646042 13.7237839 13.9262314 14.3363404 14.6591461 15.1261413 15.2315360 15.6364404 15.9184082 16.5227653 16.7216998 17.0913350 17.3361901 17.5830170 17.9059041 17.9889666 18.0802567 18.4965217 18.7200136 18.8100570 19.3573504 19.6578853 19.7874202 20.0744481 20.1091786 20.1964815 20.4825080 20.6091173 20.8258385 21.5139923 21.5934894 21.9923475 22.1041675 22.3426965 22.9047027 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034335 0.0034341 0.0034341 0.0034343 0.0034343 0.0034345 11.7060014 12.5308427 16.3030720 22.7038614 28.1443069 32.1153783 39.1727754 40.3976701 48.3959021 50.5377858 63.7703453 72.6938175 75.4186522 81.9658079 97.1687442 111.1069655 116.6574542 123.5050238 127.6476527 137.6802474 147.6710820 151.2919945 158.5572423 159.1069769 177.0080114 181.9781714 183.5578261 189.1064013 196.8943299 199.1152612 210.4695718 212.6020272 216.9528912 223.6124043 228.9875336 231.6301514 248.3850965 249.1839454 256.6687973 258.2095173 265.8161820 272.9351426 279.2892467 285.0132128 287.5573572 296.2900199 298.6949505 302.0392683 304.9631137 315.0710029 315.8494471 321.2175066 328.5167251 335.8974475 337.9294358 340.6701717 346.5394881 354.0490364 356.9359801 358.4368755 361.4205349 372.2852140 376.9123224 378.1892426 384.9115348 396.9843001 402.2834957 405.2397926 411.1633842 415.7666185 422.3372205 423.8060292 429.4021626 433.2565116 441.4043894 444.0536988 448.9348020 452.1391474 455.3464742 459.5083502 460.5729081 461.7400829 467.0251984 469.8382386 470.9668462 477.7692953 481.4638440 483.0475329 486.5383601 486.9590553 488.0149633 491.4584957 492.9750906 495.5603245 503.6812509 504.6109779 509.2500434 510.5430423 513.2903190 519.7058556 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 12371 Rtb_to_modes> Number of blocs = 200 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9971E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.1621E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.3316E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.2540E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.3713E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.7172E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.7465E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1301 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1384 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1986 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2166 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3449 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4481 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4824 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5697 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8007 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.047 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.154 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.294 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.382 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.608 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.849 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.941 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.132 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.147 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.657 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.808 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.857 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.033 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.288 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.362 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.757 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.833 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.992 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.240 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.447 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.550 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.232 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.266 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.587 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.654 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.992 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.317 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.615 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.889 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.012 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.445 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.566 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.736 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.887 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.418 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.460 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.750 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.152 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.568 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.684 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.842 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.18 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.63 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.80 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.90 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.08 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.75 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.13 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.56 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.36 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.72 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.93 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.34 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.66 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.13 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.23 Rdmodfacs> Eigenvector number: 79 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.64 Rdmodfacs> Eigenvector number: 80 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.92 Rdmodfacs> Eigenvector number: 81 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.52 Rdmodfacs> Eigenvector number: 82 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.72 Rdmodfacs> Eigenvector number: 83 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 84 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.34 Rdmodfacs> Eigenvector number: 85 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.58 Rdmodfacs> Eigenvector number: 86 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.91 Rdmodfacs> Eigenvector number: 87 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.99 Rdmodfacs> Eigenvector number: 88 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.08 Rdmodfacs> Eigenvector number: 89 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.50 Rdmodfacs> Eigenvector number: 90 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.72 Rdmodfacs> Eigenvector number: 91 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.81 Rdmodfacs> Eigenvector number: 92 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.36 Rdmodfacs> Eigenvector number: 93 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.66 Rdmodfacs> Eigenvector number: 94 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.79 Rdmodfacs> Eigenvector number: 95 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.07 Rdmodfacs> Eigenvector number: 96 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 97 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.20 Rdmodfacs> Eigenvector number: 98 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.48 Rdmodfacs> Eigenvector number: 99 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.61 Rdmodfacs> Eigenvector number: 100 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.83 Rdmodfacs> Eigenvector number: 101 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.51 Rdmodfacs> Eigenvector number: 102 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.59 Rdmodfacs> Eigenvector number: 103 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.99 Rdmodfacs> Eigenvector number: 104 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 105 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.34 Rdmodfacs> Eigenvector number: 106 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.90 Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1200 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 0.99998 0.99998 1.00002 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99998 1.00000 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 1.00003 0.99998 0.99998 1.00002 0.99999 1.00003 0.99998 0.99999 1.00000 1.00001 1.00002 0.99999 1.00002 1.00002 1.00003 1.00000 0.99999 1.00002 0.99997 1.00003 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 0.99999 1.00002 1.00001 1.00000 0.99998 0.99997 1.00000 1.00002 1.00002 1.00000 1.00002 0.99999 1.00003 0.99998 0.99999 0.99999 0.99999 1.00002 1.00002 0.99999 1.00004 1.00000 1.00001 1.00001 1.00003 0.99998 0.99999 1.00002 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00004 1.00000 1.00003 1.00000 0.99998 1.00003 0.99999 0.99998 0.99999 1.00001 0.99999 1.00002 1.00000 1.00002 1.00001 0.99999 1.00004 1.00002 1.00000 1.00000 1.00000 1.00002 1.00002 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 222678 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 0.99998 0.99998 1.00002 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99998 1.00000 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 1.00003 0.99998 0.99998 1.00002 0.99999 1.00003 0.99998 0.99999 1.00000 1.00001 1.00002 0.99999 1.00002 1.00002 1.00003 1.00000 0.99999 1.00002 0.99997 1.00003 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 0.99999 1.00002 1.00001 1.00000 0.99998 0.99997 1.00000 1.00002 1.00002 1.00000 1.00002 0.99999 1.00003 0.99998 0.99999 0.99999 0.99999 1.00002 1.00002 0.99999 1.00004 1.00000 1.00001 1.00001 1.00003 0.99998 0.99999 1.00002 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00004 1.00000 1.00003 1.00000 0.99998 1.00003 0.99999 0.99998 0.99999 1.00001 0.99999 1.00002 1.00000 1.00002 1.00001 0.99999 1.00004 1.00002 1.00000 1.00000 1.00000 1.00002 1.00002 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2: 0.000 Vector 3: 0.000-0.000 Vector 4:-0.000-0.000 0.000 Vector 5:-0.000-0.000-0.000 0.000 Vector 6:-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 Vector 7:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 Vector 8: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 Vector 9: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 Vector 10: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 20120212132194036.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 20120212132194036.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 20120212132194036.atom Openam> file on opening on unit 11: 20120212132194036.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 1592 First residue number = 29 Last residue number = 824 Number of atoms found = 12371 Mean number per residue = 7.8 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9971E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.1621E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.3316E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.2540E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.3713E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.7172E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.7465E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1301 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1384 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1986 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2166 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3449 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4481 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4824 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5697 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8007 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.047 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.154 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.294 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.382 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.608 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.849 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.941 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.132 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.147 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.657 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.808 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.857 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.033 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.288 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.362 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.757 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.833 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.992 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.240 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.447 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.550 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.232 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.266 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.587 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.654 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.992 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.317 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.615 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.889 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.012 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.445 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.566 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.736 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.887 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.418 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.460 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.750 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.152 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.568 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.684 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.842 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.18 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.63 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.80 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.90 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.08 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.75 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.13 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.36 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.72 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.93 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.34 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.66 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.13 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.64 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.52 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.72 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.34 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.58 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.91 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.99 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.08 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.50 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.72 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.81 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.36 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.66 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.79 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.07 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.20 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.48 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.61 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.83 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.51 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.99 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.34 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.90 Bfactors> 106 vectors, 37113 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.011621 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= -0.328 for 1592 C-alpha atoms. Bfactors> = 0.374 +/- 0.29 Bfactors> = 0.556 +/- 0.14 Bfactors> Shiftng-fct= 0.182 Bfactors> Scaling-fct= 0.482 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 20120212132194036.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 20120212132194036.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4343E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 11.71 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 12.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 16.30 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 22.70 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 28.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 32.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 39.17 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 40.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 48.39 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 50.54 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 63.77 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 72.69 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 75.42 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 81.96 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 97.17 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 111.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 116.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 123.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 127.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 137.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 147.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 151.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 158.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 159.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 177.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 182.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 183.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 189.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 196.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 199.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 210.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 212.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 217.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 223.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 229.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 231.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 248.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 249.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 256.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 258.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 265.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 272.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 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CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 328.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 335.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 337.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 340.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 346.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 354.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 356.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 358.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 361.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 372.2 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vecteur en lecture: 423.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 429.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 433.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 441.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 444.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 448.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 452.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 455.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 459.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 460.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 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CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 491.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 493.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 495.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 503.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 504.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 509.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 510.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 513.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 519.6 Chkmod> 106 vectors, 37113 coordinates in file. Chkmod> That is: 12371 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. Chkmod> Normal end. 0.0034 0.7987 0.0034 0.9164 0.0034 0.9379 0.0034 0.9099 0.0034 0.7908 0.0034 0.8531 11.7057 0.5571 12.5304 0.7535 16.3025 0.5178 22.7029 0.6207 28.1430 0.5344 32.1140 0.5249 39.1665 0.4624 40.3966 0.4932 48.3912 0.7339 50.5366 0.6445 63.7710 0.6459 72.6882 0.5351 75.4189 0.6363 81.9596 0.6818 97.1654 0.5809 111.1092 0.6431 116.6486 0.4901 123.5218 0.5139 127.6529 0.4472 137.6955 0.2474 147.6540 0.3282 151.2827 0.2321 158.5515 0.3487 159.1082 0.4080 176.9997 0.3986 181.9597 0.3044 183.5404 0.3550 189.1093 0.4123 196.8986 0.3937 199.1019 0.3024 210.4734 0.1973 212.5916 0.2056 216.9561 0.2442 223.5937 0.2594 228.9867 0.2529 231.6233 0.3358 248.3765 0.3660 249.1822 0.4510 256.6646 0.3357 258.1990 0.3892 265.8046 0.4647 272.9179 0.3795 279.2811 0.1549 285.0065 0.2582 287.5396 0.3445 296.2845 0.3505 298.6825 0.3948 302.0194 0.2795 304.9528 0.1984 315.0512 0.5557 315.8361 0.0770 321.2038 0.2289 328.4994 0.3981 335.8824 0.3337 337.9123 0.4095 340.6578 0.2186 346.4579 0.1381 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plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 20120212132194036.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 20120212132194036.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 8 running: ../../bin/get_modes.sh 20120212132194036 8 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 8 calculating perturbed structure for DQ=-100 20120212132194036.eigenfacs 20120212132194036.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 20120212132194036.eigenfacs 20120212132194036.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 20120212132194036.eigenfacs 20120212132194036.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 20120212132194036.eigenfacs 20120212132194036.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 20120212132194036.eigenfacs 20120212132194036.atom calculating perturbed structure for DQ=0 20120212132194036.eigenfacs 20120212132194036.atom calculating perturbed structure for DQ=20 20120212132194036.eigenfacs 20120212132194036.atom calculating perturbed structure for DQ=40 20120212132194036.eigenfacs 20120212132194036.atom calculating perturbed structure for DQ=60 20120212132194036.eigenfacs 20120212132194036.atom calculating perturbed structure for DQ=80 20120212132194036.eigenfacs 20120212132194036.atom calculating perturbed structure for DQ=100 20120212132194036.eigenfacs 20120212132194036.atom making animated gifs 11 models are in 20120212132194036.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 20120212132194036.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 20120212132194036.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 9 running: ../../bin/get_modes.sh 20120212132194036 9 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 9 calculating perturbed structure for DQ=-100 20120212132194036.eigenfacs 20120212132194036.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 20120212132194036.eigenfacs 20120212132194036.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 20120212132194036.eigenfacs 20120212132194036.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 20120212132194036.eigenfacs 20120212132194036.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 20120212132194036.eigenfacs 20120212132194036.atom calculating perturbed structure for DQ=0 20120212132194036.eigenfacs 20120212132194036.atom calculating perturbed structure for DQ=20 20120212132194036.eigenfacs 20120212132194036.atom calculating perturbed structure for DQ=40 20120212132194036.eigenfacs 20120212132194036.atom calculating perturbed structure for DQ=60 20120212132194036.eigenfacs 20120212132194036.atom calculating perturbed structure for DQ=80 20120212132194036.eigenfacs 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