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***  HYDROLASE (SULFHYDRYL PROTEINASE) 31-MAR-86 9PAP  ***

LOGs for ID: 201009021054930

output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 201009021054930.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 201009021054930.atom to be opened. Openam> File opened: 201009021054930.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 211 First residue number = 1 Last residue number = 212 Number of atoms found = 1646 Mean number per residue = 7.8 Pdbmat> Coordinate statistics: = 30.858674 +/- 7.498344 From: 14.280000 To: 48.123000 = 70.350708 +/- 11.714952 From: 45.616000 To: 96.708000 = 12.819265 +/- 8.490833 From: -7.654000 To: 33.257000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 5.1549 % Filled. Pdbmat> 628614 non-zero elements. Pdbmat> 68762 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 83.55 +/- 22.97 Maximum number = 129 Minimum number = 15 Pdbmat> Matrix trace = 1.375240E+06 Pdbmat> Larger element = 495.622 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 211 non-zero elements, NRBL set to 2 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 201009021054930.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 2 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 201009021054930.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 201009021054930.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 1646 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 2 residue(s) per block. Blocpdb> 211 residues. Blocpdb> 15 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 21 atoms in block 2 Block first atom: 16 Blocpdb> 15 atoms in block 3 Block first atom: 37 Blocpdb> 25 atoms in block 4 Block first atom: 52 Blocpdb> 18 atoms in block 5 Block first atom: 77 Blocpdb> 9 atoms in block 6 Block first atom: 95 Blocpdb> 14 atoms in block 7 Block first atom: 104 Blocpdb> 14 atoms in block 8 Block first atom: 118 Blocpdb> 17 atoms in block 9 Block first atom: 132 Blocpdb> 13 atoms in block 10 Block first atom: 149 Blocpdb> 12 atoms in block 11 Block first atom: 162 Blocpdb> 10 atoms in block 12 Block first atom: 174 Blocpdb> 19 atoms in block 13 Block first atom: 184 Blocpdb> 17 atoms in block 14 Block first atom: 203 Blocpdb> 12 atoms in block 15 Block first atom: 220 Blocpdb> 14 atoms in block 16 Block first atom: 232 Blocpdb> 17 atoms in block 17 Block first atom: 246 Blocpdb> 12 atoms in block 18 Block first atom: 263 Blocpdb> 17 atoms in block 19 Block first atom: 275 Blocpdb> 19 atoms in block 20 Block first atom: 292 Blocpdb> 11 atoms in block 21 Block first atom: 311 Blocpdb> 16 atoms in block 22 Block first atom: 322 Blocpdb> 17 atoms in block 23 Block first atom: 338 Blocpdb> 18 atoms in block 24 Block first atom: 355 Blocpdb> 18 atoms in block 25 Block first atom: 373 Blocpdb> 17 atoms in block 26 Block first atom: 391 Blocpdb> 16 atoms in block 27 Block first atom: 408 Blocpdb> 14 atoms in block 28 Block first atom: 424 Blocpdb> 22 atoms in block 29 Block first atom: 438 Blocpdb> 18 atoms in block 30 Block first atom: 460 Blocpdb> 10 atoms in block 31 Block first atom: 478 Blocpdb> 12 atoms in block 32 Block first atom: 488 Blocpdb> 16 atoms in block 33 Block first atom: 500 Blocpdb> 21 atoms in block 34 Block first atom: 516 Blocpdb> 11 atoms in block 35 Block first atom: 537 Blocpdb> 17 atoms in block 36 Block first atom: 548 Blocpdb> 15 atoms in block 37 Block first atom: 565 Blocpdb> 14 atoms in block 38 Block first atom: 580 Blocpdb> 16 atoms in block 39 Block first atom: 594 Blocpdb> 18 atoms in block 40 Block first atom: 610 Blocpdb> 23 atoms in block 41 Block first atom: 628 Blocpdb> 15 atoms in block 42 Block first atom: 651 Blocpdb> 19 atoms in block 43 Block first atom: 666 Blocpdb> 21 atoms in block 44 Block first atom: 685 Blocpdb> 11 atoms in block 45 Block first atom: 706 Blocpdb> 20 atoms in block 46 Block first atom: 717 Blocpdb> 18 atoms in block 47 Block first atom: 737 Blocpdb> 17 atoms in block 48 Block first atom: 755 Blocpdb> 20 atoms in block 49 Block first atom: 772 Blocpdb> 13 atoms in block 50 Block first atom: 792 Blocpdb> 19 atoms in block 51 Block first atom: 805 Blocpdb> 10 atoms in block 52 Block first atom: 824 Blocpdb> 16 atoms in block 53 Block first atom: 834 Blocpdb> 12 atoms in block 54 Block first atom: 850 Blocpdb> 18 atoms in block 55 Block first atom: 862 Blocpdb> 16 atoms in block 56 Block first atom: 880 Blocpdb> 16 atoms in block 57 Block first atom: 896 Blocpdb> 20 atoms in block 58 Block first atom: 912 Blocpdb> 13 atoms in block 59 Block first atom: 932 Blocpdb> 13 atoms in block 60 Block first atom: 945 Blocpdb> 20 atoms in block 61 Block first atom: 958 Blocpdb> 14 atoms in block 62 Block first atom: 978 Blocpdb> 13 atoms in block 63 Block first atom: 992 Blocpdb> 16 atoms in block 64 Block first atom: 1005 Blocpdb> 13 atoms in block 65 Block first atom: 1021 Blocpdb> 14 atoms in block 66 Block first atom: 1034 Blocpdb> 17 atoms in block 67 Block first atom: 1048 Blocpdb> 10 atoms in block 68 Block first atom: 1065 Blocpdb> 10 atoms in block 69 Block first atom: 1075 Blocpdb> 19 atoms in block 70 Block first atom: 1085 Blocpdb> 17 atoms in block 71 Block first atom: 1104 Blocpdb> 23 atoms in block 72 Block first atom: 1121 Blocpdb> 8 atoms in block 73 Block first atom: 1144 Blocpdb> 19 atoms in block 74 Block first atom: 1152 Blocpdb> 11 atoms in block 75 Block first atom: 1171 Blocpdb> 13 atoms in block 76 Block first atom: 1182 Blocpdb> 12 atoms in block 77 Block first atom: 1195 Blocpdb> 16 atoms in block 78 Block first atom: 1207 Blocpdb> 18 atoms in block 79 Block first atom: 1223 Blocpdb> 12 atoms in block 80 Block first atom: 1241 Blocpdb> 10 atoms in block 81 Block first atom: 1253 Blocpdb> 11 atoms in block 82 Block first atom: 1263 Blocpdb> 16 atoms in block 83 Block first atom: 1274 Blocpdb> 15 atoms in block 84 Block first atom: 1290 Blocpdb> 20 atoms in block 85 Block first atom: 1305 Blocpdb> 16 atoms in block 86 Block first atom: 1325 Blocpdb> 17 atoms in block 87 Block first atom: 1341 Blocpdb> 20 atoms in block 88 Block first atom: 1358 Blocpdb> 11 atoms in block 89 Block first atom: 1378 Blocpdb> 18 atoms in block 90 Block first atom: 1389 Blocpdb> 13 atoms in block 91 Block first atom: 1407 Blocpdb> 12 atoms in block 92 Block first atom: 1420 Blocpdb> 20 atoms in block 93 Block first atom: 1432 Blocpdb> 19 atoms in block 94 Block first atom: 1452 Blocpdb> 20 atoms in block 95 Block first atom: 1471 Blocpdb> 11 atoms in block 96 Block first atom: 1491 Blocpdb> 12 atoms in block 97 Block first atom: 1502 Blocpdb> 18 atoms in block 98 Block first atom: 1514 Blocpdb> 11 atoms in block 99 Block first atom: 1532 Blocpdb> 10 atoms in block 100 Block first atom: 1543 Blocpdb> 20 atoms in block 101 Block first atom: 1553 Blocpdb> 13 atoms in block 102 Block first atom: 1573 Blocpdb> 17 atoms in block 103 Block first atom: 1586 Blocpdb> 19 atoms in block 104 Block first atom: 1603 Blocpdb> 16 atoms in block 105 Block first atom: 1622 Blocpdb> 9 atoms in block 106 Block first atom: 1637 Blocpdb> 106 blocks. Blocpdb> At most, 25 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 8 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 628720 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 4938 Prepmat> Matrix trace = 1375240.0000 Prepmat> Last element read: 4938 4938 161.4949 Prepmat> 5672 lines saved. Prepmat> 4513 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1646 RTB> Total mass = 1646.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 1646 RTB> Number of blocks = 106 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 150861.7691 RTB> 40098 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 636 Diagstd> Nb of non-zero elements: 40098 Diagstd> Projected matrix trace = 150861.7691 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 636 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 150861.7691 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 5.6548290 6.0549322 7.7303479 14.9670789 16.3072082 17.1840247 18.8169025 20.6017227 21.4588667 22.3391038 23.9432897 24.9145574 26.9224556 27.9776752 29.9541509 31.5836919 32.8318518 33.5056216 34.5399096 36.0486705 37.5449388 38.0309710 38.5001573 39.9087182 42.3834060 42.9123556 44.1221207 44.8185126 45.8812193 47.3650071 47.9896068 48.3709934 48.8064042 50.3917335 51.2750163 52.4324931 53.2283707 53.7584362 54.7742651 55.6331570 56.7518124 57.1703141 59.1456285 59.8443962 60.2088059 61.8092200 62.4066547 63.0470179 64.0859992 64.6078612 65.2241388 67.3792713 67.5341249 69.5740053 70.1066217 71.5932159 73.5523303 74.5055210 74.8384912 76.3092650 77.2308351 77.7393464 78.2062531 79.2583595 80.3553750 81.4165069 81.8470951 82.7271819 83.6899445 85.8210383 86.3324170 86.7302022 88.9786371 89.3267040 90.0996689 92.0668090 92.7922455 93.3452525 93.9223092 95.0445638 95.7718377 97.5137610 97.6056485 98.4948653 99.8575132 100.5653603 101.6374770 102.6300936 103.5900613 104.0262735 105.1982092 105.7772352 107.1481196 107.7395581 109.1380383 109.1616015 110.9393793 111.5937091 112.6646593 113.0133240 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034327 0.0034329 0.0034332 0.0034333 0.0034339 0.0034340 258.2290037 267.2082870 301.9220281 420.1107587 438.5156406 450.1504876 471.0525371 492.8866431 503.0355416 513.2490489 531.3579598 542.0281833 563.4464088 574.3823586 594.3247100 610.2766133 622.2185714 628.5706812 638.1986458 651.9884561 665.3818966 669.6748468 673.7930577 686.0079836 706.9573395 711.3551134 721.3125184 726.9825725 735.5509412 747.3500769 752.2615699 755.2448696 758.6364170 770.8589689 777.5855541 786.3131420 792.2584258 796.1934377 803.6807389 809.9573167 818.0599818 821.0707283 835.1348479 840.0536537 842.6074356 853.7326915 857.8487676 862.2387866 869.3143729 872.8466759 876.9997249 891.3708659 892.3945693 905.7717744 909.2321844 918.8216414 931.3083541 937.3235060 939.4156519 948.6017371 954.3125734 957.4491603 960.3201020 966.7581004 973.4255615 979.8317614 982.4193669 987.6871316 993.4177604 1005.9865226 1008.9792387 1011.3010534 1024.3259022 1026.3274276 1030.7583883 1041.9498724 1046.0468173 1049.1592108 1052.3971450 1058.6658917 1062.7085892 1072.3294509 1072.8345615 1077.7104044 1085.1397022 1088.9789558 1094.7683117 1100.1012109 1105.2342261 1107.5588224 1113.7800988 1116.8410956 1124.0549881 1127.1530105 1134.4447559 1134.5672143 1143.7685381 1147.1366008 1152.6279172 1154.4100650 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1646 Rtb_to_modes> Number of blocs = 106 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9928E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9940E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9956E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9963E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9994E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.655 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.055 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.730 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.97 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.31 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.18 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.82 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.60 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.46 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.34 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.94 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.91 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.92 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.98 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.95 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.58 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.83 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.51 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.54 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.54 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.50 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.91 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.38 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.91 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.12 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.82 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.88 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.37 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.99 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.37 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.81 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.39 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.28 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.43 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.23 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.76 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.77 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.63 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.75 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.17 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.15 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.84 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.21 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.81 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.41 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.61 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.22 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.38 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.57 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.59 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.55 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.51 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> 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Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 201009021054930.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 201009021054930.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 201009021054930.atom Openam> file on opening on unit 11: 201009021054930.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 211 First residue number = 1 Last residue number = 212 Number of atoms found = 1646 Mean number per residue = 7.8 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9928E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9940E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9956E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9963E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9994E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.655 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.055 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.730 Rdmodfacs> Numero du 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lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.37 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.81 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.39 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.28 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.43 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.76 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.77 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.63 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du 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vecteur en lecture: 102.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 107.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 107.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 110.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.0 Bfactors> 106 vectors, 4938 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 5.655000 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= 0.570 for 211 C-alpha atoms. Bfactors> = 0.019 +/- 0.01 Bfactors> = 11.853 +/- 6.92 Bfactors> Shiftng-fct= 11.834 Bfactors> Scaling-fct= 485.321 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 201009021054930.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 201009021054930.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4326E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4328E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4331E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4332E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 258.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 267.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 301.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 420.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 438.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 450.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 471.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 492.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 503.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 513.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 531.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 542.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 563.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 574.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 594.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 610.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 622.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 628.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 638.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 652.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 665.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 669.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 673.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 686.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 706.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 711.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 721.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 727.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 735.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 747.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 752.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 755.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 758.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 770.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 777.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 786.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 792.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 796.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 803.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 809.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 818.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 821.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 835.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 840.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 842.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 853.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 857.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 862.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 869.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 872.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 876.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 891.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 892.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 905.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 909.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 918.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 931.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 937.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 939.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 948.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 954.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 957.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 960.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 966.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 973.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 979.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 982.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 987.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 993.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1006. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1009. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1011. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1024. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1026. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1031. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1042. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1046. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1049. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1052. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1059. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1063. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1072. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1073. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1078. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1085. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1089. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1095. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1100. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1105. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1107. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1114. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1117. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1124. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1127. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1134. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1135. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1144. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1147. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1153. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1154. Chkmod> 106 vectors, 4938 coordinates in file. Chkmod> That is: 1646 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. %Chkmod-Wn> Norm of vector 44 is: 1.0001 (instead of 1.0000). Chkmod> Normal end. 0.0034 0.9117 0.0034 0.7329 0.0034 0.7403 0.0034 0.7595 0.0034 0.8815 0.0034 0.7218 258.2218 0.6483 267.1983 0.6307 301.9023 0.6180 420.1337 0.5841 438.5344 0.6700 450.0784 0.7456 471.0711 0.5912 492.8449 0.5167 503.0272 0.2321 513.2373 0.5170 531.2986 0.4638 541.9553 0.5038 563.3965 0.4642 574.3816 0.3685 594.2580 0.5424 610.2147 0.6436 622.1743 0.4699 628.5848 0.6517 638.1721 0.2736 651.9725 0.5026 665.3096 0.3516 669.6376 0.3216 673.7628 0.5725 685.9896 0.3693 706.8986 0.5203 711.3051 0.3651 721.2642 0.4423 726.9634 0.3716 735.5096 0.5115 747.3574 0.5396 752.2324 0.3935 755.2047 0.5439 758.6318 0.5624 770.8126 0.3546 777.5900 0.2274 786.2607 0.4389 792.2365 0.3068 796.1708 0.1267 803.6149 0.4252 809.8996 0.5477 818.0118 0.3691 821.0332 0.5597 835.1299 0.5635 839.9867 0.5105 842.5796 0.5275 853.7014 0.5507 857.8349 0.3455 862.2222 0.3857 869.3042 0.4430 872.8237 0.3895 876.9343 0.5038 891.3374 0.4575 892.3290 0.3232 905.7068 0.4075 909.2151 0.5932 918.7616 0.3688 931.2536 0.5685 937.3114 0.4631 939.3848 0.4023 948.5656 0.4913 954.2664 0.5329 957.4121 0.5148 960.3019 0.4173 966.7266 0.3696 973.4118 0.3677 979.8107 0.3792 982.3946 0.3885 987.6616 0.3707 993.3754 0.4692 1005.9373 0.3731 1008.9218 0.4835 1011.2565 0.4506 1024.2898 0.5258 1026.3023 0.4337 1030.7160 0.4255 1041.9232 0.5499 1045.9893 0.3485 1049.1409 0.4554 1052.3390 0.4857 1058.5950 0.4446 1062.6528 0.5169 1072.2627 0.5077 1072.8124 0.4460 1077.6375 0.4226 1085.1066 0.4451 1089.1197 0.5604 1094.5195 0.4916 1099.8927 0.2896 1105.2398 0.4328 1107.3714 0.4524 1113.7418 0.4753 1116.9133 0.3585 1123.7543 0.3667 1126.8977 0.5300 1134.1984 0.4404 1134.7180 0.5469 1143.5164 0.4665 1147.1197 0.3681 1152.7592 0.5087 1154.2925 0.4433 getting mode 7 running: ../../bin/get_modes.sh 201009021054930 7 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 7 calculating perturbed structure for DQ=-100 201009021054930.eigenfacs 201009021054930.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 201009021054930.eigenfacs 201009021054930.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 201009021054930.eigenfacs 201009021054930.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 201009021054930.eigenfacs 201009021054930.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 201009021054930.eigenfacs 201009021054930.atom calculating perturbed structure for DQ=0 201009021054930.eigenfacs 201009021054930.atom calculating perturbed structure for DQ=20 201009021054930.eigenfacs 201009021054930.atom calculating perturbed structure for DQ=40 201009021054930.eigenfacs 201009021054930.atom calculating perturbed structure for DQ=60 201009021054930.eigenfacs 201009021054930.atom calculating perturbed structure for DQ=80 201009021054930.eigenfacs 201009021054930.atom calculating perturbed structure for DQ=100 201009021054930.eigenfacs 201009021054930.atom making animated gifs 11 models are in 201009021054930.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 201009021054930.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 201009021054930.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 8 running: ../../bin/get_modes.sh 201009021054930 8 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 8 calculating perturbed structure for DQ=-100 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mode 11 running: ../../bin/get_modes.sh 201009021054930 11 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 11 calculating perturbed structure for DQ=-100 201009021054930.eigenfacs 201009021054930.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 201009021054930.eigenfacs 201009021054930.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 201009021054930.eigenfacs 201009021054930.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 201009021054930.eigenfacs 201009021054930.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 201009021054930.eigenfacs 201009021054930.atom calculating perturbed structure for DQ=0 201009021054930.eigenfacs 201009021054930.atom calculating perturbed structure for DQ=20 201009021054930.eigenfacs 201009021054930.atom calculating perturbed structure for DQ=40 201009021054930.eigenfacs 201009021054930.atom calculating perturbed structure for DQ=60 201009021054930.eigenfacs 201009021054930.atom calculating perturbed structure for DQ=80 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