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***  19  ***

LOGs for ID: 19081422552029266

output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 19081422552029266.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 19081422552029266.atom to be opened. Openam> File opened: 19081422552029266.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 267 First residue number = 1 Last residue number = 276 Number of atoms found = 4388 Mean number per residue = 16.4 Pdbmat> Coordinate statistics: = 40.169249 +/- 9.222453 From: 15.415000 To: 60.390000 = 31.280600 +/- 9.097248 From: 9.478000 To: 53.782000 = 306.821897 +/- 15.867422 From: 276.135000 To: 340.456000 Pdbmat> Masses are all set to one. %Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> 9 residue(s) not known. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 3.3877 % Filled. Pdbmat> 2935523 non-zero elements. Pdbmat> 323295 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 147.35 +/- 41.64 Maximum number = 235 Minimum number = 19 Pdbmat> Matrix trace = 6.465900E+06 Pdbmat> Larger element = 863.366 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 267 non-zero elements, NRBL set to 2 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 19081422552029266.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 2 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 19081422552029266.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 19081422552029266.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 4388 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 2 residue(s) per block. Blocpdb> 267 residues. Blocpdb> 35 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 33 atoms in block 2 Block first atom: 36 Blocpdb> 25 atoms in block 3 Block first atom: 69 Blocpdb> 34 atoms in block 4 Block first atom: 94 Blocpdb> 29 atoms in block 5 Block first atom: 128 Blocpdb> 29 atoms in block 6 Block first atom: 157 Blocpdb> 35 atoms in block 7 Block first atom: 186 Blocpdb> 30 atoms in block 8 Block first atom: 221 Blocpdb> 33 atoms in block 9 Block first atom: 251 Blocpdb> 21 atoms in block 10 Block first atom: 284 Blocpdb> 34 atoms in block 11 Block first atom: 305 Blocpdb> 35 atoms in block 12 Block first atom: 339 Blocpdb> 29 atoms in block 13 Block first atom: 374 Blocpdb> 38 atoms in block 14 Block first atom: 403 Blocpdb> 35 atoms in block 15 Block first atom: 441 Blocpdb> 27 atoms in block 16 Block first atom: 476 Blocpdb> 38 atoms in block 17 Block first atom: 503 Blocpdb> 28 atoms in block 18 Block first atom: 541 Blocpdb> 35 atoms in block 19 Block first atom: 569 Blocpdb> 43 atoms in block 20 Block first atom: 604 Blocpdb> 35 atoms in block 21 Block first atom: 647 Blocpdb> 25 atoms in block 22 Block first atom: 682 Blocpdb> 38 atoms in block 23 Block first atom: 707 Blocpdb> 39 atoms in block 24 Block first atom: 745 Blocpdb> 18 atoms in block 25 Block first atom: 784 Blocpdb> 29 atoms in block 26 Block first atom: 802 Blocpdb> 26 atoms in block 27 Block first atom: 831 Blocpdb> 31 atoms in block 28 Block first atom: 857 Blocpdb> 26 atoms in block 29 Block first atom: 888 Blocpdb> 27 atoms in block 30 Block first atom: 914 Blocpdb> 39 atoms in block 31 Block first atom: 941 Blocpdb> 37 atoms in block 32 Block first atom: 980 Blocpdb> 31 atoms in block 33 Block first atom: 1017 Blocpdb> 31 atoms in block 34 Block first atom: 1048 Blocpdb> 37 atoms in block 35 Block first atom: 1079 Blocpdb> 36 atoms in block 36 Block first atom: 1116 Blocpdb> 41 atoms in block 37 Block first atom: 1152 Blocpdb> 34 atoms in block 38 Block first atom: 1193 Blocpdb> 35 atoms in block 39 Block first atom: 1227 Blocpdb> 30 atoms in block 40 Block first atom: 1262 Blocpdb> 39 atoms in block 41 Block first atom: 1292 Blocpdb> 42 atoms in block 42 Block first atom: 1331 Blocpdb> 26 atoms in block 43 Block first atom: 1373 Blocpdb> 23 atoms in block 44 Block first atom: 1399 Blocpdb> 24 atoms in block 45 Block first atom: 1422 Blocpdb> 31 atoms in block 46 Block first atom: 1446 Blocpdb> 24 atoms in block 47 Block first atom: 1477 Blocpdb> 27 atoms in block 48 Block first atom: 1501 Blocpdb> 18 atoms in block 49 Block first atom: 1528 Blocpdb> 39 atoms in block 50 Block first atom: 1546 Blocpdb> 33 atoms in block 51 Block first atom: 1585 Blocpdb> 29 atoms in block 52 Block first atom: 1618 Blocpdb> 36 atoms in block 53 Block first atom: 1647 Blocpdb> 40 atoms in block 54 Block first atom: 1683 Blocpdb> 30 atoms in block 55 Block first atom: 1723 Blocpdb> 41 atoms in block 56 Block first atom: 1753 Blocpdb> 33 atoms in block 57 Block first atom: 1794 Blocpdb> 31 atoms in block 58 Block first atom: 1827 Blocpdb> 46 atoms in block 59 Block first atom: 1858 Blocpdb> 35 atoms in block 60 Block first atom: 1904 Blocpdb> 38 atoms in block 61 Block first atom: 1939 Blocpdb> 36 atoms in block 62 Block first atom: 1977 Blocpdb> 26 atoms in block 63 Block first atom: 2013 Blocpdb> 26 atoms in block 64 Block first atom: 2039 Blocpdb> 31 atoms in block 65 Block first atom: 2065 Blocpdb> 36 atoms in block 66 Block first atom: 2096 Blocpdb> 38 atoms in block 67 Block first atom: 2132 Blocpdb> 29 atoms in block 68 Block first atom: 2170 Blocpdb> 35 atoms in block 69 Block first atom: 2199 Blocpdb> 29 atoms in block 70 Block first atom: 2234 Blocpdb> 35 atoms in block 71 Block first atom: 2263 Blocpdb> 33 atoms in block 72 Block first atom: 2298 Blocpdb> 26 atoms in block 73 Block first atom: 2331 Blocpdb> 38 atoms in block 74 Block first atom: 2357 Blocpdb> 25 atoms in block 75 Block first atom: 2395 Blocpdb> 23 atoms in block 76 Block first atom: 2420 Blocpdb> 39 atoms in block 77 Block first atom: 2443 Blocpdb> 31 atoms in block 78 Block first atom: 2482 Blocpdb> 31 atoms in block 79 Block first atom: 2513 Blocpdb> 29 atoms in block 80 Block first atom: 2544 Blocpdb> 40 atoms in block 81 Block first atom: 2573 Blocpdb> 37 atoms in block 82 Block first atom: 2613 Blocpdb> 43 atoms in block 83 Block first atom: 2650 Blocpdb> 23 atoms in block 84 Block first atom: 2693 Blocpdb> 25 atoms in block 85 Block first atom: 2716 Blocpdb> 35 atoms in block 86 Block first atom: 2741 Blocpdb> 38 atoms in block 87 Block first atom: 2776 Blocpdb> 39 atoms in block 88 Block first atom: 2814 Blocpdb> 37 atoms in block 89 Block first atom: 2853 Blocpdb> 31 atoms in block 90 Block first atom: 2890 Blocpdb> 38 atoms in block 91 Block first atom: 2921 Blocpdb> 38 atoms in block 92 Block first atom: 2959 Blocpdb> 46 atoms in block 93 Block first atom: 2997 Blocpdb> 27 atoms in block 94 Block first atom: 3043 Blocpdb> 28 atoms in block 95 Block first atom: 3070 Blocpdb> 36 atoms in block 96 Block first atom: 3098 Blocpdb> 29 atoms in block 97 Block first atom: 3134 Blocpdb> 43 atoms in block 98 Block first atom: 3163 Blocpdb> 29 atoms in block 99 Block first atom: 3206 Blocpdb> 36 atoms in block 100 Block first atom: 3235 Blocpdb> 35 atoms in block 101 Block first atom: 3271 Blocpdb> 38 atoms in block 102 Block first atom: 3306 Blocpdb> 35 atoms in block 103 Block first atom: 3344 Blocpdb> 35 atoms in block 104 Block first atom: 3379 Blocpdb> 38 atoms in block 105 Block first atom: 3414 Blocpdb> 35 atoms in block 106 Block first atom: 3452 Blocpdb> 21 atoms in block 107 Block first atom: 3487 Blocpdb> 38 atoms in block 108 Block first atom: 3508 Blocpdb> 29 atoms in block 109 Block first atom: 3546 Blocpdb> 33 atoms in block 110 Block first atom: 3575 Blocpdb> 33 atoms in block 111 Block first atom: 3608 Blocpdb> 36 atoms in block 112 Block first atom: 3641 Blocpdb> 29 atoms in block 113 Block first atom: 3677 Blocpdb> 31 atoms in block 114 Block first atom: 3706 Blocpdb> 41 atoms in block 115 Block first atom: 3737 Blocpdb> 41 atoms in block 116 Block first atom: 3778 Blocpdb> 30 atoms in block 117 Block first atom: 3819 Blocpdb> 30 atoms in block 118 Block first atom: 3849 Blocpdb> 31 atoms in block 119 Block first atom: 3879 Blocpdb> 28 atoms in block 120 Block first atom: 3910 Blocpdb> 30 atoms in block 121 Block first atom: 3938 Blocpdb> 38 atoms in block 122 Block first atom: 3968 Blocpdb> 25 atoms in block 123 Block first atom: 4006 Blocpdb> 30 atoms in block 124 Block first atom: 4031 Blocpdb> 28 atoms in block 125 Block first atom: 4061 Blocpdb> 38 atoms in block 126 Block first atom: 4089 Blocpdb> 31 atoms in block 127 Block first atom: 4127 Blocpdb> 43 atoms in block 128 Block first atom: 4158 Blocpdb> 33 atoms in block 129 Block first atom: 4201 Blocpdb> 31 atoms in block 130 Block first atom: 4234 Blocpdb> 41 atoms in block 131 Block first atom: 4265 Blocpdb> 30 atoms in block 132 Block first atom: 4306 Blocpdb> 35 atoms in block 133 Block first atom: 4336 Blocpdb> 18 atoms in block 134 Block first atom: 4370 Blocpdb> 134 blocks. Blocpdb> At most, 46 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 18 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 2935657 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 13164 Prepmat> Matrix trace = 6465900.0000 Prepmat> Last element read: 13164 13164 435.5671 Prepmat> 9046 lines saved. Prepmat> 7552 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 4388 RTB> Total mass = 4388.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 4388 RTB> Number of blocks = 134 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 329023.6014 RTB> 51738 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 804 Diagstd> Nb of non-zero elements: 51738 Diagstd> Projected matrix trace = 329023.6014 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 804 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 329023.6014 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 4.3749578 5.8270459 6.0242700 10.2227535 10.9456588 14.1867467 16.0244077 18.3166519 19.2092728 19.8705010 21.1994892 21.3617097 23.0273417 24.1413568 26.1338356 27.6308866 28.4264249 31.0759297 31.8587876 33.3192090 34.3957392 34.4604020 36.0891601 40.9084613 41.7084978 42.0141790 43.5094499 45.5221483 46.1023603 47.9066304 48.1032429 49.3785976 49.5980738 51.3864465 52.5204121 54.5654060 54.9507091 56.3963775 58.2617381 58.8884504 63.1693874 64.3776625 65.3441792 65.6470145 67.9567820 68.6063290 70.7379607 72.4816982 75.5395408 76.8994022 78.1219487 81.3968760 81.9747922 82.9031380 83.7385869 84.6394090 86.1070209 88.0774429 89.8998878 91.7647790 93.1582800 94.0032777 96.5287133 96.6842726 98.1582184 99.1402861 100.0450189 102.0145872 102.4446793 103.2756001 105.2912017 105.9890937 107.5958794 109.8544331 111.0060127 112.7300345 113.3814171 114.8994736 116.1610260 117.8573720 118.6703969 119.5950242 119.9191419 122.0302048 123.1813386 123.8381092 125.2673880 126.2201664 127.4954652 128.9154551 129.0017652 130.0953098 132.6165170 132.9729823 137.1668795 137.9222892 139.6423311 140.7735267 141.5163703 142.1685733 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034287 0.0034316 0.0034326 0.0034334 0.0034337 0.0034354 227.1340334 262.1316725 266.5308551 347.1996068 359.2660951 409.0126012 434.6966300 464.7488520 475.9383951 484.0605486 499.9861556 501.8954797 521.0953326 533.5512204 555.1327611 570.8114691 578.9704552 605.3511128 612.9286228 626.8196778 636.8653253 637.4636863 652.3545076 694.5473406 701.3060000 703.8712408 716.2870118 732.6670404 737.3214366 751.6109402 753.1516954 763.0704854 764.7644390 778.4300155 786.9721128 802.1470228 804.9741440 815.4942152 828.8711018 833.3171950 863.0751509 871.2903063 877.8063816 879.8381117 895.1827047 899.4507147 913.3170137 924.5054171 943.8053842 952.2626756 959.8023620 979.7136271 983.1854494 988.7369512 993.7064168 999.0370422 1007.6612598 1019.1254079 1029.6149861 1040.2393828 1048.1079399 1052.8506719 1066.8995671 1067.7588933 1075.8670676 1081.2356686 1086.1580258 1096.7974156 1099.1070253 1103.5554094 1114.2722668 1117.9589821 1126.4011882 1138.1619798 1144.1119768 1152.9622823 1156.2885381 1164.0035364 1170.3762492 1178.8910122 1182.9502429 1187.5498134 1189.1579300 1199.5792654 1205.2239125 1208.4326105 1215.3861727 1219.9995051 1226.1473087 1232.9565534 1233.3692224 1238.5858098 1250.5299257 1252.2094728 1271.8031890 1275.3004373 1283.2279941 1288.4150099 1291.8099367 1294.7832810 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 4388 Rtb_to_modes> Number of blocs = 134 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9692E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9863E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9922E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9967E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9982E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0008E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.375 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.827 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.024 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.22 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.95 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.19 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.32 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.21 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.87 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.20 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.36 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.14 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.13 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.63 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.43 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.08 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.86 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> 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Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 0.99999 0.99999 1.00000 0.99998 1.00000 1.00000 0.99998 1.00000 1.00005 0.99997 1.00004 0.99999 0.99997 1.00000 1.00002 1.00000 0.99999 1.00000 0.99998 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 1.00004 0.99997 1.00000 1.00001 0.99999 1.00003 1.00001 1.00001 1.00001 1.00000 1.00000 0.99998 1.00000 1.00001 1.00003 0.99999 0.99999 0.99997 0.99998 1.00002 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 1.00002 0.99998 0.99997 1.00001 1.00002 1.00002 1.00001 0.99998 1.00002 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 0.99997 1.00000 1.00000 1.00003 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 0.99999 1.00002 1.00000 0.99997 0.99999 1.00002 0.99999 0.99999 1.00000 0.99999 0.99999 0.99998 1.00002 0.99997 1.00000 1.00000 0.99997 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00001 0.99997 1.00000 1.00001 0.99997 1.00001 1.00001 0.99997 0.99999 1.00001 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2:-0.000 Vector 3:-0.000 0.000 Vector 4:-0.000-0.000-0.000 Vector 5: 0.000-0.000-0.000 0.000 Vector 6:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 Vector 7: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 Vector 8: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 Vector 9: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 Vector 10:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 19081422552029266.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 19081422552029266.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 19081422552029266.atom Openam> file on opening on unit 11: 19081422552029266.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 267 First residue number = 1 Last residue number = 276 Number of atoms found = 4388 Mean number per residue = 16.4 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9692E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9863E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9922E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9967E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9982E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0008E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.375 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.827 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.024 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.22 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.95 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.19 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.32 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.21 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.87 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.20 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.36 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.13 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.63 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.43 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.08 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.86 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.32 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.46 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lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.38 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.60 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.39 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.52 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.57 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.95 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.26 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.89 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.17 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.38 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.34 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.65 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.96 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.61 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.74 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.48 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.54 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.90 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.12 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.97 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.90 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.74 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.64 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.08 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.90 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.76 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.16 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.00 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.68 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.16 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 107.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 114.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 116.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 117.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 118.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 119.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 119.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 122.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 123.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 123.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 125.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 126.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 127.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 128.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 129.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 130.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 132.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 133.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 137.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 137.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 139.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 140.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 141.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 142.2 Bfactors> 106 vectors, 13164 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 4.375000 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) %Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant ! Bfactors> = 0.007 +/- 0.01 Bfactors> = 20.000 +/- 0.00 Bfactors> Shiftng-fct= 19.993 Bfactors> Scaling-fct= 0.000 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 19081422552029266.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 19081422552029266.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4285E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4315E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4325E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4332E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4352E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 227.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 262.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 266.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 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CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 533.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 555.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 570.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 579.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 605.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 612.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 626.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 636.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 637.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 652.3 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vecteur en lecture: 764.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 778.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 786.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 802.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 804.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 815.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 828.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 833.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 863.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 871.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 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CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 983.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 988.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 993.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 999.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1008. 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Chkmod> Normal end. 0.0034 0.8222 0.0034 0.7920 0.0034 0.8980 0.0034 0.8174 0.0034 0.9590 0.0034 0.9316 227.1254 0.6301 262.1194 0.5629 266.5134 0.4481 347.1379 0.3463 359.3219 0.1976 409.0419 0.4059 434.6182 0.2662 464.7714 0.5049 475.9270 0.4527 484.0337 0.4963 499.9707 0.3364 501.8539 0.3923 521.1030 0.2417 533.5133 0.3190 555.0682 0.2158 570.7778 0.3639 578.9820 0.3021 605.3648 0.3506 612.9140 0.4035 626.8002 0.4646 636.8774 0.4092 637.4326 0.4345 652.3341 0.3688 694.5306 0.3779 701.2885 0.4704 703.8060 0.6234 716.2608 0.4829 732.6183 0.4744 737.2709 0.3492 751.6051 0.2141 753.0940 0.3546 763.0486 0.4411 764.7465 0.2388 778.4235 0.4973 786.9352 0.3080 802.1464 0.3985 804.9344 0.2662 815.4854 0.3905 828.8232 0.3798 833.2924 0.4263 863.0423 0.4823 871.2687 0.3707 877.7406 0.5519 879.8203 0.2969 895.1655 0.4481 899.4362 0.4852 913.2910 0.4005 924.4549 0.4380 943.7677 0.4254 952.2255 0.4099 959.7492 0.4161 979.6904 0.4554 983.1145 0.3739 988.6758 0.3892 993.6721 0.3364 998.9976 0.4579 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calculating perturbed structure for DQ=-90 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-70 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-50 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-30 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-10 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=0 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=10 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=20 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=30 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=40 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=50 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=60 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=70 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=80 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=90 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=100 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom making animated gifs 21 models are in 19081422552029266.7.pdb, 3 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 13 will be plotted MODEL 17 will be plotted MODEL 21 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 21 models are in 19081422552029266.7.pdb, 3 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 13 will be plotted MODEL 17 will be plotted MODEL 21 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 21 models are in 19081422552029266.7.pdb, 3 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 13 will be plotted MODEL 17 will be plotted MODEL 21 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 8 running: ../../bin/get_modes.sh 19081422552029266 8 -100 100 10 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 8 calculating perturbed structure for DQ=-100 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-90 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-70 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-50 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-30 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-10 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=0 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=10 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=20 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=30 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=40 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=50 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=60 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=70 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=80 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=90 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=100 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom making animated gifs 21 models are in 19081422552029266.8.pdb, 3 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 13 will be plotted MODEL 17 will be plotted MODEL 21 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 21 models are in 19081422552029266.8.pdb, 3 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 13 will be plotted MODEL 17 will be plotted MODEL 21 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 21 models are in 19081422552029266.8.pdb, 3 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 13 will be plotted MODEL 17 will be plotted MODEL 21 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 9 running: ../../bin/get_modes.sh 19081422552029266 9 -100 100 10 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 9 calculating perturbed structure for DQ=-100 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-90 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-70 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-50 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-30 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-10 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=0 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=10 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=20 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=30 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=40 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=50 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=60 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=70 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=80 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=90 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=100 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom making animated gifs 21 models are in 19081422552029266.9.pdb, 3 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 13 will be plotted MODEL 17 will be plotted MODEL 21 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 21 models are in 19081422552029266.9.pdb, 3 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 13 will be plotted MODEL 17 will be plotted MODEL 21 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 21 models are in 19081422552029266.9.pdb, 3 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 13 will be plotted MODEL 17 will be plotted MODEL 21 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 10 running: ../../bin/get_modes.sh 19081422552029266 10 -100 100 10 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 10 calculating perturbed structure for DQ=-100 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-90 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-70 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-50 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-30 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-10 19081422552029266.eigenfacs 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will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 13 running: ../../bin/get_modes.sh 19081422552029266 13 -100 100 10 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 13 calculating perturbed structure for DQ=-100 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-90 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-70 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-50 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-30 19081422552029266.eigenfacs 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plotted MODEL 13 will be plotted MODEL 17 will be plotted MODEL 21 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 14 running: ../../bin/get_modes.sh 19081422552029266 14 -100 100 10 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 14 calculating perturbed structure for DQ=-100 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-90 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-70 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-50 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating 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in 19081422552029266.15.pdb, 3 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 13 will be plotted MODEL 17 will be plotted MODEL 21 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 16 running: ../../bin/get_modes.sh 19081422552029266 16 -100 100 10 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 16 calculating perturbed structure for DQ=-100 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-90 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-70 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 19081422552029266.eigenfacs 19081422552029266.atom calculating perturbed structure for DQ=-50 19081422552029266.eigenfacs 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animated gif 100x100 making animated gif 300x300 21 models are in 19081422552029266.16.pdb, 3 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 13 will be plotted MODEL 17 will be plotted MODEL 21 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 19081422552029266.10.pdb 19081422552029266.11.pdb 19081422552029266.12.pdb 19081422552029266.13.pdb 19081422552029266.14.pdb 19081422552029266.15.pdb 19081422552029266.16.pdb 19081422552029266.7.pdb 19081422552029266.8.pdb 19081422552029266.9.pdb STDERR: real 0m13.356s user 0m13.256s sys 0m0.092s pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file 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