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LOGs for ID: 19081422531227361

output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 19081422531227361.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 19081422531227361.atom to be opened. Openam> File opened: 19081422531227361.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 267 First residue number = 1 Last residue number = 276 Number of atoms found = 4388 Mean number per residue = 16.4 Pdbmat> Coordinate statistics: = 40.169257 +/- 9.305901 From: 15.184000 To: 59.672000 = 31.280604 +/- 9.085542 From: 9.632000 To: 52.942000 = 306.821894 +/- 15.750107 From: 276.096000 To: 338.906000 Pdbmat> Masses are all set to one. %Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> 9 residue(s) not known. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 3.4121 % Filled. Pdbmat> 2956664 non-zero elements. Pdbmat> 325649 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 148.43 +/- 41.63 Maximum number = 231 Minimum number = 19 Pdbmat> Matrix trace = 6.512980E+06 Pdbmat> Larger element = 860.075 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 267 non-zero elements, NRBL set to 2 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 19081422531227361.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 2 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 19081422531227361.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 19081422531227361.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 4388 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 2 residue(s) per block. Blocpdb> 267 residues. Blocpdb> 35 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 33 atoms in block 2 Block first atom: 36 Blocpdb> 25 atoms in block 3 Block first atom: 69 Blocpdb> 34 atoms in block 4 Block first atom: 94 Blocpdb> 29 atoms in block 5 Block first atom: 128 Blocpdb> 29 atoms in block 6 Block first atom: 157 Blocpdb> 35 atoms in block 7 Block first atom: 186 Blocpdb> 30 atoms in block 8 Block first atom: 221 Blocpdb> 33 atoms in block 9 Block first atom: 251 Blocpdb> 21 atoms in block 10 Block first atom: 284 Blocpdb> 34 atoms in block 11 Block first atom: 305 Blocpdb> 35 atoms in block 12 Block first atom: 339 Blocpdb> 29 atoms in block 13 Block first atom: 374 Blocpdb> 38 atoms in block 14 Block first atom: 403 Blocpdb> 35 atoms in block 15 Block first atom: 441 Blocpdb> 27 atoms in block 16 Block first atom: 476 Blocpdb> 38 atoms in block 17 Block first atom: 503 Blocpdb> 28 atoms in block 18 Block first atom: 541 Blocpdb> 35 atoms in block 19 Block first atom: 569 Blocpdb> 43 atoms in block 20 Block first atom: 604 Blocpdb> 35 atoms in block 21 Block first atom: 647 Blocpdb> 25 atoms in block 22 Block first atom: 682 Blocpdb> 38 atoms in block 23 Block first atom: 707 Blocpdb> 39 atoms in block 24 Block first atom: 745 Blocpdb> 18 atoms in block 25 Block first atom: 784 Blocpdb> 29 atoms in block 26 Block first atom: 802 Blocpdb> 26 atoms in block 27 Block first atom: 831 Blocpdb> 31 atoms in block 28 Block first atom: 857 Blocpdb> 26 atoms in block 29 Block first atom: 888 Blocpdb> 27 atoms in block 30 Block first atom: 914 Blocpdb> 39 atoms in block 31 Block first atom: 941 Blocpdb> 37 atoms in block 32 Block first atom: 980 Blocpdb> 31 atoms in block 33 Block first atom: 1017 Blocpdb> 31 atoms in block 34 Block first atom: 1048 Blocpdb> 37 atoms in block 35 Block first atom: 1079 Blocpdb> 36 atoms in block 36 Block first atom: 1116 Blocpdb> 41 atoms in block 37 Block first atom: 1152 Blocpdb> 34 atoms in block 38 Block first atom: 1193 Blocpdb> 35 atoms in block 39 Block first atom: 1227 Blocpdb> 30 atoms in block 40 Block first atom: 1262 Blocpdb> 39 atoms in block 41 Block first atom: 1292 Blocpdb> 42 atoms in block 42 Block first atom: 1331 Blocpdb> 26 atoms in block 43 Block first atom: 1373 Blocpdb> 23 atoms in block 44 Block first atom: 1399 Blocpdb> 24 atoms in block 45 Block first atom: 1422 Blocpdb> 31 atoms in block 46 Block first atom: 1446 Blocpdb> 24 atoms in block 47 Block first atom: 1477 Blocpdb> 27 atoms in block 48 Block first atom: 1501 Blocpdb> 18 atoms in block 49 Block first atom: 1528 Blocpdb> 39 atoms in block 50 Block first atom: 1546 Blocpdb> 33 atoms in block 51 Block first atom: 1585 Blocpdb> 29 atoms in block 52 Block first atom: 1618 Blocpdb> 36 atoms in block 53 Block first atom: 1647 Blocpdb> 40 atoms in block 54 Block first atom: 1683 Blocpdb> 30 atoms in block 55 Block first atom: 1723 Blocpdb> 41 atoms in block 56 Block first atom: 1753 Blocpdb> 33 atoms in block 57 Block first atom: 1794 Blocpdb> 31 atoms in block 58 Block first atom: 1827 Blocpdb> 46 atoms in block 59 Block first atom: 1858 Blocpdb> 35 atoms in block 60 Block first atom: 1904 Blocpdb> 38 atoms in block 61 Block first atom: 1939 Blocpdb> 36 atoms in block 62 Block first atom: 1977 Blocpdb> 26 atoms in block 63 Block first atom: 2013 Blocpdb> 26 atoms in block 64 Block first atom: 2039 Blocpdb> 31 atoms in block 65 Block first atom: 2065 Blocpdb> 36 atoms in block 66 Block first atom: 2096 Blocpdb> 38 atoms in block 67 Block first atom: 2132 Blocpdb> 29 atoms in block 68 Block first atom: 2170 Blocpdb> 35 atoms in block 69 Block first atom: 2199 Blocpdb> 29 atoms in block 70 Block first atom: 2234 Blocpdb> 35 atoms in block 71 Block first atom: 2263 Blocpdb> 33 atoms in block 72 Block first atom: 2298 Blocpdb> 26 atoms in block 73 Block first atom: 2331 Blocpdb> 38 atoms in block 74 Block first atom: 2357 Blocpdb> 25 atoms in block 75 Block first atom: 2395 Blocpdb> 23 atoms in block 76 Block first atom: 2420 Blocpdb> 39 atoms in block 77 Block first atom: 2443 Blocpdb> 31 atoms in block 78 Block first atom: 2482 Blocpdb> 31 atoms in block 79 Block first atom: 2513 Blocpdb> 29 atoms in block 80 Block first atom: 2544 Blocpdb> 40 atoms in block 81 Block first atom: 2573 Blocpdb> 37 atoms in block 82 Block first atom: 2613 Blocpdb> 43 atoms in block 83 Block first atom: 2650 Blocpdb> 23 atoms in block 84 Block first atom: 2693 Blocpdb> 25 atoms in block 85 Block first atom: 2716 Blocpdb> 35 atoms in block 86 Block first atom: 2741 Blocpdb> 38 atoms in block 87 Block first atom: 2776 Blocpdb> 39 atoms in block 88 Block first atom: 2814 Blocpdb> 37 atoms in block 89 Block first atom: 2853 Blocpdb> 31 atoms in block 90 Block first atom: 2890 Blocpdb> 38 atoms in block 91 Block first atom: 2921 Blocpdb> 38 atoms in block 92 Block first atom: 2959 Blocpdb> 46 atoms in block 93 Block first atom: 2997 Blocpdb> 27 atoms in block 94 Block first atom: 3043 Blocpdb> 28 atoms in block 95 Block first atom: 3070 Blocpdb> 36 atoms in block 96 Block first atom: 3098 Blocpdb> 29 atoms in block 97 Block first atom: 3134 Blocpdb> 43 atoms in block 98 Block first atom: 3163 Blocpdb> 29 atoms in block 99 Block first atom: 3206 Blocpdb> 36 atoms in block 100 Block first atom: 3235 Blocpdb> 35 atoms in block 101 Block first atom: 3271 Blocpdb> 38 atoms in block 102 Block first atom: 3306 Blocpdb> 35 atoms in block 103 Block first atom: 3344 Blocpdb> 35 atoms in block 104 Block first atom: 3379 Blocpdb> 38 atoms in block 105 Block first atom: 3414 Blocpdb> 35 atoms in block 106 Block first atom: 3452 Blocpdb> 21 atoms in block 107 Block first atom: 3487 Blocpdb> 38 atoms in block 108 Block first atom: 3508 Blocpdb> 29 atoms in block 109 Block first atom: 3546 Blocpdb> 33 atoms in block 110 Block first atom: 3575 Blocpdb> 33 atoms in block 111 Block first atom: 3608 Blocpdb> 36 atoms in block 112 Block first atom: 3641 Blocpdb> 29 atoms in block 113 Block first atom: 3677 Blocpdb> 31 atoms in block 114 Block first atom: 3706 Blocpdb> 41 atoms in block 115 Block first atom: 3737 Blocpdb> 41 atoms in block 116 Block first atom: 3778 Blocpdb> 30 atoms in block 117 Block first atom: 3819 Blocpdb> 30 atoms in block 118 Block first atom: 3849 Blocpdb> 31 atoms in block 119 Block first atom: 3879 Blocpdb> 28 atoms in block 120 Block first atom: 3910 Blocpdb> 30 atoms in block 121 Block first atom: 3938 Blocpdb> 38 atoms in block 122 Block first atom: 3968 Blocpdb> 25 atoms in block 123 Block first atom: 4006 Blocpdb> 30 atoms in block 124 Block first atom: 4031 Blocpdb> 28 atoms in block 125 Block first atom: 4061 Blocpdb> 38 atoms in block 126 Block first atom: 4089 Blocpdb> 31 atoms in block 127 Block first atom: 4127 Blocpdb> 43 atoms in block 128 Block first atom: 4158 Blocpdb> 33 atoms in block 129 Block first atom: 4201 Blocpdb> 31 atoms in block 130 Block first atom: 4234 Blocpdb> 41 atoms in block 131 Block first atom: 4265 Blocpdb> 30 atoms in block 132 Block first atom: 4306 Blocpdb> 35 atoms in block 133 Block first atom: 4336 Blocpdb> 18 atoms in block 134 Block first atom: 4370 Blocpdb> 134 blocks. Blocpdb> At most, 46 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 18 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 2956798 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 13164 Prepmat> Matrix trace = 6512980.0000 Prepmat> Last element read: 13164 13164 426.5647 Prepmat> 9046 lines saved. Prepmat> 7544 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 4388 RTB> Total mass = 4388.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 4388 RTB> Number of blocks = 134 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 331481.6578 RTB> 52026 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 804 Diagstd> Nb of non-zero elements: 52026 Diagstd> Projected matrix trace = 331481.6578 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 804 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 331481.6578 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 4.3127640 5.6183480 6.1876990 9.3837770 9.6836357 11.8005202 16.2035753 17.4131720 19.5543957 19.8243178 20.5715701 21.5650293 22.6734915 22.9263245 26.3764065 27.3142677 28.2015706 30.0447564 31.7473068 33.0269063 34.2232170 34.7091660 36.4415247 41.0531275 42.0243534 42.3993736 44.0062235 45.8111486 46.7959773 48.3135262 49.5810448 49.9204080 51.1712413 51.9461467 53.1591674 54.1587498 56.5633581 57.3596199 57.3774228 60.9367909 63.2501799 63.7132694 64.6387291 66.4663607 67.4975369 68.0773598 70.7085920 72.3949566 76.5605732 77.9158365 78.7342908 82.0367752 82.2249065 83.8641569 85.1438382 86.0978337 86.7665075 88.0970025 92.0350728 92.7173991 93.8566456 95.9881637 96.7264848 98.3903010 99.3148644 100.9026402 102.1630783 102.8192154 105.5069293 105.7129898 106.8883003 108.3010072 109.1519508 110.6773049 111.4358441 113.7528793 115.9199930 116.6216436 117.3482954 118.4549634 118.6480887 119.5819930 121.8972212 122.4937254 124.9238241 126.2335976 127.2501595 127.3877718 128.4131316 129.6190610 130.7247902 131.6452842 134.1345793 136.1836361 137.2131719 139.7877481 140.8223600 141.2736718 142.3725330 144.6099154 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034321 0.0034323 0.0034324 0.0034327 0.0034338 0.0034351 225.5138021 257.3946984 270.1219450 332.6473903 337.9204701 373.0318001 437.1200289 453.1419039 480.1948296 483.4976929 492.5258177 504.2783301 517.0761202 519.9510961 557.7031456 567.5316170 576.6760673 595.2228899 611.8552977 624.0641394 635.2661222 639.7604218 655.5314763 695.7743344 703.9564625 707.0904969 720.3645467 734.9890531 742.8472862 754.7961011 764.6331407 767.2454885 776.7982817 782.6578563 791.7432424 799.1523768 816.7005964 822.4289939 822.5566146 847.6861155 863.6269035 866.7826821 873.0551627 885.3117541 892.1528001 895.9765277 913.1274005 923.9520563 950.1624612 958.5353833 963.5566217 983.5570833 984.6842115 994.4511926 1002.0096226 1007.6075021 1011.5126972 1019.2385616 1041.7702722 1045.6248609 1052.0292010 1063.9081163 1067.9919588 1077.1381916 1082.1872359 1090.8035565 1097.5953674 1101.1143514 1115.4131803 1116.5018788 1122.6913222 1130.0860866 1134.5170613 1142.4167652 1146.3249206 1158.1811159 1169.1613588 1172.6944215 1176.3421887 1181.8759945 1182.8390492 1187.4851132 1198.9254603 1201.8553519 1213.7183424 1220.0644139 1224.9671658 1225.6293455 1230.5520802 1236.3166435 1241.5787101 1245.9423087 1257.6669724 1267.2367037 1272.0177811 1283.8959669 1288.6384612 1290.7017435 1295.7117173 1305.8530758 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 4388 Rtb_to_modes> Number of blocs = 134 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9889E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9904E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9908E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9927E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9992E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0007E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.313 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.618 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.188 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.384 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.684 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.80 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.20 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.41 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.55 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.82 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.57 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.57 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.67 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.93 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.38 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.31 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.20 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.04 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.75 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> 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Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 1.00001 0.99999 1.00002 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00002 1.00002 1.00004 0.99999 1.00000 1.00000 1.00002 1.00000 1.00000 0.99998 1.00002 0.99998 1.00002 0.99999 0.99995 1.00000 1.00001 1.00001 0.99999 1.00000 0.99999 0.99998 1.00001 0.99999 1.00001 1.00000 1.00002 0.99999 1.00004 0.99998 0.99997 0.99999 1.00004 0.99999 0.99998 0.99999 0.99999 1.00001 1.00000 1.00003 0.99999 1.00003 0.99999 0.99997 1.00002 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 0.99997 1.00000 0.99998 1.00000 1.00003 1.00000 1.00002 0.99999 0.99999 0.99999 1.00001 1.00000 0.99998 0.99998 0.99999 1.00001 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000 1.00002 1.00001 1.00002 1.00001 1.00002 0.99997 0.99999 0.99998 1.00002 1.00002 0.99998 0.99999 1.00001 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999 1.00000 1.00001 1.00001 1.00000 0.99999 1.00004 0.99998 0.99999 0.99999 1.00000 1.00001 1.00003 1.00002 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2: 0.000 Vector 3:-0.000-0.000 Vector 4:-0.000-0.000-0.000 Vector 5:-0.000 0.000 0.000 0.000 Vector 6: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 Vector 7: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 Vector 8: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 Vector 9: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 Vector 10:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 19081422531227361.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 19081422531227361.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 19081422531227361.atom Openam> file on opening on unit 11: 19081422531227361.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 267 First residue number = 1 Last residue number = 276 Number of atoms found = 4388 Mean number per residue = 16.4 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9889E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9904E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9908E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9927E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9992E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0007E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.313 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.618 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.188 Rdmodfacs> Numero du 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lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.17 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.95 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.16 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.16 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.36 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.38 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.94 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.25 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.71 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.64 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.47 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.50 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.08 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.71 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.39 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.73 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.04 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.22 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.86 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.77 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.04 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.72 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.86 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.99 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.73 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.39 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.31 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 110.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 115.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 116.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 117.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 118.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 118.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 119.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 121.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 122.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 124.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 126.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 127.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 127.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 128.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 129.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 130.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 131.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 134.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 136.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 137.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 139.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 140.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 141.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 142.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 144.6 Bfactors> 106 vectors, 13164 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 4.313000 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) %Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant ! Bfactors> = 0.007 +/- 0.01 Bfactors> = 20.000 +/- 0.00 Bfactors> Shiftng-fct= 19.993 Bfactors> Scaling-fct= 0.000 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 19081422531227361.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 19081422531227361.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4319E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4322E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4322E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4326E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4350E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 225.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 257.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 270.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 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CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 520.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 557.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 567.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 576.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 595.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 611.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 624.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 635.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 639.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 655.5 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vecteur en lecture: 776.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 782.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 791.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 799.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 816.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 822.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 822.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 847.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 863.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 866.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 873.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 885.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 892.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 896.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 913.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 923.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 950.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 958.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 963.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 983.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 984.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 994.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1002. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1008. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1011. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1019. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1042. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1046. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1052. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1064. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1068. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1077. 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Chkmod> That is: 4388 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. Chkmod> Normal end. 0.0034 0.7838 0.0034 0.9054 0.0034 0.6853 0.0034 0.7967 0.0034 0.8253 0.0034 0.8645 225.5103 0.6289 257.3757 0.4702 270.1169 0.4413 332.6371 0.3856 337.9123 0.2368 373.0076 0.2104 437.0530 0.2587 453.0812 0.4965 480.1202 0.5080 483.4243 0.4664 492.4859 0.5085 504.3148 0.2484 517.0141 0.1870 519.9705 0.4045 557.7172 0.2259 567.4629 0.3169 576.6353 0.2823 595.1502 0.4141 611.8550 0.3796 624.0666 0.4371 635.2090 0.4444 639.7406 0.4185 655.4896 0.3343 695.7180 0.4510 703.8898 0.6220 707.0654 0.6368 720.3645 0.4430 734.9483 0.4111 742.8473 0.5512 754.7362 0.3005 764.5923 0.3410 767.2094 0.2310 776.7555 0.4537 782.6533 0.3592 791.7155 0.2630 799.1273 0.3805 816.6413 0.3121 822.3964 0.3904 822.5398 0.4332 847.6720 0.3172 863.5886 0.2817 866.7232 0.4362 873.0263 0.3697 885.2980 0.5806 892.1308 0.4320 895.9554 0.4683 913.0973 0.4513 923.8808 0.4115 950.1181 0.4985 958.5198 0.4565 963.4890 0.3359 983.5342 0.3642 984.6126 0.4918 994.3839 0.4760 1001.9440 0.2164 1007.5769 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19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-90 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-70 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-50 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-30 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-10 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=0 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=10 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=20 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=30 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=40 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=50 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=60 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=70 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=80 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=90 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=100 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom making animated gifs 21 models are in 19081422531227361.7.pdb, 3 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 13 will be plotted MODEL 17 will be plotted MODEL 21 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 21 models are in 19081422531227361.7.pdb, 3 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 13 will be plotted MODEL 17 will be plotted MODEL 21 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 21 models are in 19081422531227361.7.pdb, 3 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 13 will be plotted MODEL 17 will be plotted MODEL 21 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 8 running: ../../bin/get_modes.sh 19081422531227361 8 -100 100 10 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 8 calculating perturbed structure for DQ=-100 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-90 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-70 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-50 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-30 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-10 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=0 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=10 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=20 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=30 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=40 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=50 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=60 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=70 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=80 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=90 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=100 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom making animated gifs 21 models are in 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generate a series of perturbations for mode 9 calculating perturbed structure for DQ=-100 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-90 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-70 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-50 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-30 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-10 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=0 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=10 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=20 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=30 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=40 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=50 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=60 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=70 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=80 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=90 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=100 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom making animated gifs 21 models are in 19081422531227361.9.pdb, 3 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 13 will be plotted MODEL 17 will be plotted MODEL 21 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 21 models are in 19081422531227361.9.pdb, 3 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 13 will be plotted MODEL 17 will be plotted MODEL 21 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 21 models are in 19081422531227361.9.pdb, 3 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 13 will be plotted MODEL 17 will be plotted MODEL 21 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 10 running: ../../bin/get_modes.sh 19081422531227361 10 -100 100 10 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 10 calculating perturbed structure for DQ=-100 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-90 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-70 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-50 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-30 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-10 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perturbed structure for DQ=100 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom making animated gifs 21 models are in 19081422531227361.10.pdb, 3 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 13 will be plotted MODEL 17 will be plotted MODEL 21 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 21 models are in 19081422531227361.10.pdb, 3 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 13 will be plotted MODEL 17 will be plotted MODEL 21 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 21 models are in 19081422531227361.10.pdb, 3 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 13 will be plotted MODEL 17 will be plotted MODEL 21 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 11 running: ../../bin/get_modes.sh 19081422531227361 11 -100 100 10 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 11 calculating perturbed structure for DQ=-100 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-90 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-70 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-50 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-30 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 19081422531227361.eigenfacs 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thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 12 running: ../../bin/get_modes.sh 19081422531227361 12 -100 100 10 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 12 calculating perturbed structure for DQ=-100 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-90 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-70 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-50 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-30 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom 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MODEL 17 will be plotted MODEL 21 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 13 running: ../../bin/get_modes.sh 19081422531227361 13 -100 100 10 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 13 calculating perturbed structure for DQ=-100 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-90 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-70 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-50 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-30 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perturbed structure for DQ=80 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=90 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=100 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom making animated gifs 21 models are in 19081422531227361.13.pdb, 3 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 13 will be plotted MODEL 17 will be plotted MODEL 21 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 21 models are in 19081422531227361.13.pdb, 3 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 13 will be plotted MODEL 17 will be plotted MODEL 21 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 21 models are in 19081422531227361.13.pdb, 3 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 13 will be plotted MODEL 17 will be plotted MODEL 21 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 14 running: ../../bin/get_modes.sh 19081422531227361 14 -100 100 10 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 14 calculating perturbed structure for DQ=-100 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-90 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-70 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-50 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 19081422531227361.eigenfacs 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models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 13 will be plotted MODEL 17 will be plotted MODEL 21 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 15 running: ../../bin/get_modes.sh 19081422531227361 15 -100 100 10 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 15 calculating perturbed structure for DQ=-100 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-90 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-70 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-50 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-30 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-10 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=0 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=10 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=20 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=30 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=40 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=50 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=60 19081422531227361.eigenfacs 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animated gif 300x300 21 models are in 19081422531227361.15.pdb, 3 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 13 will be plotted MODEL 17 will be plotted MODEL 21 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 16 running: ../../bin/get_modes.sh 19081422531227361 16 -100 100 10 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 16 calculating perturbed structure for DQ=-100 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-90 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-70 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=-50 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perturbed structure for DQ=60 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=70 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=80 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=90 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom calculating perturbed structure for DQ=100 19081422531227361.eigenfacs 19081422531227361.atom making animated gifs 21 models are in 19081422531227361.16.pdb, 3 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 13 will be plotted MODEL 17 will be plotted MODEL 21 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 21 models are in 19081422531227361.16.pdb, 3 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 13 will be plotted MODEL 17 will be plotted MODEL 21 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 21 models are in 19081422531227361.16.pdb, 3 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 13 will be plotted MODEL 17 will be plotted MODEL 21 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 19081422531227361.10.pdb 19081422531227361.11.pdb 19081422531227361.12.pdb 19081422531227361.13.pdb 19081422531227361.14.pdb 19081422531227361.15.pdb 19081422531227361.16.pdb 19081422531227361.7.pdb 19081422531227361.8.pdb 19081422531227361.9.pdb STDERR: real 0m13.020s user 0m12.876s sys 0m0.116s pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file 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