Mercredi 22 Novembre 2017                           

PRESENTATION

 

Notre équipe est spécialisée dans l'étude de la structure, des propriétés et/ou des interactions non-covalentes de systèmes moléculaires. Nous avons une approche interdisciplinaire combinant des mesures expérimentales à l'aide de méthodes spectroscopiques et la mise en œuvre de méthodes de modélisation moléculaire allant de la chimie quantique aux méthodes hybrides QM/QM' et QM/MM, à la dynamique moléculaire et au docking.

Nos travaux de recherche sont à l'heure actuelle en particulier consacrés aux thématiques suivantes :

L'équipe a à sa disposition une page wiki (visible uniquement sur le réseau de l'université de Nantes) dédiée aux calculs intensifs du laboratoire CEISAM, ainsi qu'à l'utilisation des différents logiciels, des scripts fréquemment employés par l'équipe, la liste des publications ModES et la liste des séminaires à venir. En effet, des séminaires hebdomadaires ont lieu au sein du groupe (voir programme : ModES-Spring2015.pdf  ).

Personnels ModES :

Responsable de l'équipe : Jean Yves LE QUESTEL

(Enseignants)-Chercheurs Personnels techniques Doctorants, Post-Doctorants
GALLAND Nicolas
GRATON Jérôme
JACQUEMIN Denis
LAURENT Adèle
LE QUESTEL Jean-Yves
RENAULT Eric
BESSEAU François (Spectroscopie optique)
BLONDEL Aymeric (Cluster de calcul intensif)
GOUPILLE Anaïs (Spectroscopie optique)
AZARIAS Cloé
ESCUDERO-MASA Daniel
GUIDO Ciro
JAUNET-LAHARY Titouan
PECH Cecilia
SOUSA Rui
VERITE Pauline

Equipement spécifique :

Clusters de calculs (Responsable A.Blondel) :

Cluster Troy part1 : 16 Noeuds
2x-Intel Hexa-Core Xeon X5650  @ 2.67Ghz sous Linux


Cluster Troy part2 : 19 Noeuds pour le projet ERC Marches
2x-Intel Octo-Core Xeon E5-2670 @ 2.60Ghz sous Linux


Cluster Pekka : 9 Noeuds pour le projet ArronaxPlus
2x-Intel Octo-Core Xeon E5-2670 @ 2.60Ghz sous Linux


Cluster Pauli : 7 Noeuds
2x-Intel Quad-Core Xeon E5472 @ 3.00Ghz sous Linux

 

Spectroscopie optique (Responsable A.Goupille) :

  • Spectromètres IRTF (Bruker Vertex70 et Tensor 27)
  • Spectromètres UV -visible (Shimadzu UV-2501 PC)

4 boîtes à gants (Responsable F.Besseau)

    Caractéristiques :
  • Isolateur I-BOX Noroit Labo
  • Configurée en atmosphère anhydre
  • Possibilité de purge sous N2

Projets scientifiques en cours :

PIRAMID, Protein Interaction in Rational Appaoches for Medical Innovative Drug, regional grant (scientific dynamic) (2016-2021)

Financement : 1 000 000 euros
Porteurs : J. Le Breton, S. Collet and J.-Y. Le Questel
Partenaires : Université de Nantes (CEISAM UMR6230, UFIP UMR 6286, IICiMed EA 1155), INSERM Nantes/Université de Nantes (Institut du Thorax UMR 1087), Université d'Angers (SONAS EA 921 ), Université du Mans (IMMM UMR 6283) and INSERM/Université de Nantes/Université d'Angers (CRCNA UMR 892).
Objectifs : Ce projet réunit les modélisateurs, les biologistes et les chimistes de synthèse autour de la conception d'inhibiteurs ciblant des interactions protéine-protéine présentes dans diverses pathologies (cardiovasculaire, tension artérielle, …).

 

Pari scientifique régional : MES-TransMed, Modélisation Et Spectroscopie d'une protéine de Transport de icaments (2014-2017)

Financement : 200 000 euros
Porteur : Adèle Laurent
Partenaires : Prof. Fabrice Fleury, Université de Nantes, Laboratoire UFIP, UMR 6286
Objectifs : Définir à l'aide d'outils théoriques et spectroscopiques les relations entre une protéine de transport et les inhibiteurs spécifiques de Rad51, cruciaux à la modulation de la réparation des altérations de l'ADN .

 

Pari scientifique régional : ECRIN, Etudes pour la Conception Rationnelle d'Insecticides Néonicotinoïdes (2013-2017)

Financement : 282 000 euros
Porteur : Jean-Yves Le Questel
Partenaires : Prof. Steeve Thany, Université d'Orléans, Laboratoire de Biologie des Ligneux et des Grandes Cultures, UPRES EA 1207 ; Prof. Jacques Lebreton, Laboratoire CEISAM, UMR 6230, Université de Nantes, Prof. Olivier Cocqueret, CRCNA, UMR Inserm 892, Université d'Angers
Objectifs : Mise au point rationnelle à travers une approche pluridisciplinaire et multi-échelle de nouveaux insecticides ciblant les nAChRs.

 

Pari scientifique régional : SAPOMAP, Simulations Ab initio des Propriétés Optiques de Macrocycles Alternatifs aux Porphyrines. (2013-2017)

Financement : 200 000 euros
Porteur : Denis Jacquemin
Partenaires : Prof. Olivier Siri, Université Aix-Marseilles, Laboratoire CiNAM, UMR 7325
Objectifs : Evaluer le potentiel des azacalixphyrines pour des applications pratiques à l'aide d'approches de chimie quantique.

 

ANR : JCJC ProOFE, Probing Organic Fluorine Effects on molecular properties (2013-2016)

Financement : 219 960 euros
Porteur : Jérôme Graton
Partenaires : Dr. Bruno Linclau, Université de Southampton, Royaume-Uni
Objectifs : Quantification, à travers une approche expérimentale et théorique, de l'influence de la fluoration de composés organiques originaux issus de la synthèse sur leurs propriétés physicochimiques en termes d'interactions moléculaires.

 

Collaboration Syngenta, Hydrogen- bond basicity measurements of nitrogen heterocyclic fragments of potential agrochemical compounds (3 mois, 2014)

Financement : 16 000 euros
Porteur : Jean-Yves Le Questel

 

Projet LABEX IRON, Innovative Radiopharmaceuticals in Oncology and Neurology (2012-2020)

Financement : 4 500 000 euros
Porteur : Pr. Françoise Kraeber-Bodéré
Partenaires : CRCNA UMR 892, GIP Arronax, LEMNA EA 4272, SPHERE EA 4275, SUBATECH UMR 6457, MiNT UMR 1066, ISTCT UMR 6301, ICOA UMR 7311, Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Rennes, IPHC UMR 7178, NiND UMR 825, CERRP UMR 930
Site web : http://www.labex-iron.com/
Objectifs : créer un centre de recherche international en médecine translationnelle avec pour mission de transférer en clinique de nouveaux médicaments utilisés pour la médecine personnalisée dans trois domaines : imagerie fonctionnelle des maladies neurodégénératives, imagerie phénotypique en neurologie et oncologie, et nanomédecine et radiothérapie vectorisée.

 

Projet EQUIPEX ArronaxPlus (2012-2019)

Financement : 8 000 000euros
Porteur : Dr. Jacques Barbet
Partenaires : CRCNA UMR 892, GIP Arronax, SUBATECH UMR 6457, CHU de Nantes
Site web : http://www.cyclotron-nantes.fr/spip.php?article159
Objectifs : la structuration des cinq plates-formes scientifiques et technologiques : production de radionucléides, chimie et radiopharmacie, expérimentation préclinique et recherche clinique, expérimentation sous faisceau, et formation.

 

Projet ERC MARCHES, Modelling of Architectures Ruled by Coupled or Heightened Excited States (2012-2017)

Financement : 1 500 000euros
Porteur : Dr. Denis Jacquemin
Partenaires : CRCNA UMR 892, GIP Arronax, SUBATECH UMR 6457, CHU de Nantes
Site web : http://www.sciences.univ-nantes.fr/CEISAM/erc/marches/
Objectifs : rationaliser et optimiser les interactions entre les états excités électroniques d'architectures moléculaires complexes incluant plusieurs unités photochromiques (diaryléthènes, azobenzènes, spiropyranes…).

Partenaires principaux (collaborations) :

Pour le thème Chimie des radioélément :

Pour le thème Interactions lumière-(macro)molécules :

  • Carlo Adamo, Ilaria Ciofini et Aurélie Perrier (Paris Tech)  Institut de recherche Chimie Paris, équipe de Modélisation des Systèmes Complexes
  • Benedetta Mennucci (université de Pise) DCCI “Dipartimento di Chimica e Chimica Industriale” Mennucci Research Group
  • Hubert Le Bozec, Véronique Guerchais et Julien Boixel (iSCR Rennes « Institut des sciences chimiques de Rennes » ) équipe O2 « Organometallics for Optics ».
  • Boris Le Guennic et Abdou Bouccekine, (iSCR Rennes « Institut des sciences chimiques de Rennes » ) UMR 6226, Chimie théorique inorganique groupe.
  • Stéphane Aloïse (Université de Lille 1) Laboratoire de Spectrochimie Infrarouge et Raman, UMR 8516, équipe Photoréactivité et dynamique en phase condensée
  • Xavier Blase (Institut Néel, université de Grenoble-Alpes) équipe de Matière condensée théorique
  • Olivier Siri ( Université Aix-Marseilles) Laboratoire CiNAM, UMR 7325 Ingénierie moléculaire et matériaux fonctionnels,
  • Fabrice Fleury (Université de Nantes) Unité Fonctionnalité et ingénierie des Protéines (UFIP) UMR 6286, équipe Mécanisme et régulation de la réparation de l'ADN.
  • Gilles Ulrich (ICPEES - Institut de Chimie et Procédés pour l'Énergie, l'Environnement et la Santé)
  • Daniel Vercauteren (université de Namur) Unité de chimie physique théorique et structurale, Laboratoire de chimie théorique

Pour le thème Interactions moléculaires et ligands d'intérêt biologique :